DebiChem Project
Summary
Molecular mechanics
DebiChem - Molekülmechanik

Dieses Metapaket installiert für Chemiker*innen nützliche Molekülmechanik-Pakete.

The list to the right includes various software projects which are of some interest to the DebiChem Project. Currently, only a few of them are available as Debian packages. It is our goal, however, to include all software in DebiChem which can sensibly add to a high quality Debian Pure Blend.

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Molecular mechanics packages

Official Debian packages with high relevance

Adun.app
Molekularsimulator für GNUstep
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.81-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.81-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.81-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid0.81-6amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 15 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Adun ist ein Simulator für Biomoleküle, der zusätzlich die Fähigkeiten für Datenverwaltung und -analyse mitbringt. Adun wurde am »Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory«, einem Teil der »Research Unit on Biomedical Informatics« der UPF entwickelt.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Screenshots of package adun.app
Avogadro
System für Molekülgrafiken und -modellierung
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-10.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch1.0.3-10.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.0.3-10.1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
experimental1.1.0-4amd64,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 77 users (27 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Avogadro ist ein System für Molekülgrafiken und -modellierung, das für Moleküle und Biomoleküle gedacht ist. Es kann Eigenschaften wie Molekülorbitale oder elektrostatische Potentiale visualisieren und enthält einen intuitiven Moleküleditor.

Es verfügt über die folgenden Fähigkeiten:

  • Molekülmodellierer mit automatischer kraftfeldbasierter Geometrie-Optimierung
  • Molekülmechanik einschließlich der Suche mit Bedingungen und Conformern
  • Visualisierung von Molekülorbitalen und allgemeinen Isoflächen
  • Visualisierung von Schwingungen und Darstellung von Schwingungsspektren
  • Unterstützung von kristallografischen Einheitszellen
  • Eingabeerzeugung für die quantenchemischen Pakete Gaussian, GAMESS und MOLPRO
  • Flexible Erweiterungsarchitektur und Python-Skripting

Avogadro kann die Dateiformate PDB, XYZ, CML, CIF und Molden sowie die Ausgabe von Gaussian, GAMESS und MOLPRO lesen.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
0.8.1-5http://screenshots.debian.net/screenshots/a/avogadro/1732_large.png
Screenshots of package avogadro
Ghemical
GNOME-Umgebung für molekulare Modellierung
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.99.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid3.0.0-1amd64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 30 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Ghemical ist ein Paket für die rechnergestützte Chemie, das in C++ geschrieben wurde. Es hat eine grafische Benutzeroberfläche und es unterstützt sowohl quantenmechanische (semi-empirische) als auch molekularmechanische Modelle. Zurzeit bietet es geometrische Optimierungen, molekulare Dynamik und eine große Menge an Visualisierungswerkzeugen, die OpenGL benutzen.

Ghemical benötigt externen Code, um quantenmechanische Berechnungen durchführen zu können. Semi-empirische Funktionen MNDO, MINDO/3, AM1 und PM3 werden vom MOPAC7-Paket (Public Domain) erbracht und sind in diesem Paket enthalten. Das MPQC-Paket wird verwendet, um ab-initio-Methoden zur Verfügung zu stellen. Die Methoden, die auf der Hartree-Fock-Theorie basieren, werden im Moment mit Basissätzen von STO-3G bis 6-31G** unterstützt.

Screenshots of package ghemical
Gromacs
Simulator für Moleküldynamik, Werkzeuge für das Erstellen der Modelle und deren Analyse
Versions of package gromacs
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.0.7-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie5.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch5.0.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid5.0.6-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream5.1
Debtags of package gromacs:
fieldbiology, biology:structural, chemistry
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkitxlib
x11application
Popcon: 33 users (36 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

GROMACS ist ein vielseitiges Paket, um Molekulardynamik anzuwenden, z.B. um die Newtonschen Bewegungsgleichungen für Systeme mit Hunderten bis zu Millionen von Teilchen zu simulieren.

Es wurde primär für biochemische Moleküle wie Proteine und Fette entworfen, die eine Vielzahl von komplizierten Wechselwirkungen zwischen Bindungen aufweisen. Da aber GROMACS die zwischenmolekularen Interaktionen (welche in Simulationen dominieren) extrem schnell berechnen kann, nutzen es viele Gruppen auch für Forschungen an nicht-biologischen Systemen, z.B. an Polymeren.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Lammps
Molecular Dynamics Simulator
Versions of package lammps
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0~20120615.gite442279-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0~20140523.gite5e877d-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch0~20150313.gitfa668e1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid0~20150313.gitfa668e1-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Popcon: 30 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

LAMMPS is a classical molecular dynamics code, and an acronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.

LAMMPS has potentials for soft materials (biomolecules, polymers) and solid-state materials (metals, semiconductors) and coarse-grained or mesoscopic systems. It can be used to model atoms or, more generically, as a parallel particle simulator at the atomic, meso, or continuum scale.

LAMMPS runs on single processors or in parallel using message-passing techniques and a spatial-decomposition of the simulation domain. The code is designed to be easy to modify or extend with new functionality.

Screenshots of package lammps
Votca-csg
VOTCA's coarse-graining engine
Versions of package votca-csg
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch1.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

VOTCA is a software package which focuses on the analysis of molecular dynamics data, the development of systematic coarse-graining techniques as well as methods used for simulating microscopic charge transport in disordered semiconductors.

csg is Votca's coarse-graining engine.

Please cite: Victor Ruehle, Christoph Junghans, Alexander Lukyanov, Kurt Kremer and Denis Andrienko: Versatile object-oriented toolkit for coarse-graining applications. J. Chem. Theo. Comp. 5:3211-3223 (2009)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Vmd
presentation of traces of molecular dynamics runs
License: University_of_Illinois_non-free
Debian package not available
Svn
Version: 1.9.1-3

VMD stands for Visual Molecular Dynamics. While text books and even structure databases because of technical problems only present static pictures of proteins or DNA, for the understanding of the properties of those molecules their vibration or their movement in general is important.

The movements itself are calculated by molecular dynamics programs, such as NAMD (by the same group), Rosetta, BALLView or GROMACS. The latter two are already in the distribution, we have package build instructions for Rosetta.

VMD has a series of nice features, from displaying through animation to analysing. It can be scripted, clustered, and runs on all common OS. Its license does not allow to redistribute a Debian package. But to share these build instructions for such a package is just fine.

Please cite: W. Humphrey, A. Dalke and K. Schulten: VMD: visual molecular dynamics. (PubMed,eprint) Journal of Molecular Graphics 14(1):33-38 (1996)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 179798