Summary

The Debian Med Pure Blend contains 1351 packages which are grouped by metapackages. Each metapackage will cause the installation of packages for a specific topic. The following table lists the metapackages of Debian Med

Tasks page

This is a list of the Tasks Debian Med is made of:

Biology
Biology development
Next generation sequencing
Phylogeny
Cloud
Content management
Covid-19
Medical data
Dental
Epidemiology
Hospital information systems
Imaging
Imaging development
Laboratory
Oncology
Pharmacology
Physics
Practice
Psychology
Rehabilitation
Research
Statistics
Tools
Typesetting

Biology - pacchetti di bioinformatica per Debian Med

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian per l'uso in biologia molecolare, biologia strutturale e altre scienze biologiche.

Official Debian packages with high relevance

Abacas: chiude vuoti in allineamenti genomici da letture corte
Abpoa: adaptive banded Partial Order Alignment
Abyss: assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte
Acedb-other: scarica sequenze di proteine o DNA
Adapterremoval: identificazione e taglio di adattatore e unione di letture di sequenze geniche veloci
Adun-core: simulatore molecolare
Aegean: toolkit per analisi integrata del genoma
Aevol: modello digitale di genetica per condurre esperimenti di evoluzione in silico
Alien-hunter: Interpolated Variable Order Motif per identificare DNA acquisito orizzontalmente
Alter-sequence-alignment: ambiente per trasformazione di allineamenti di sequenze genomiche
Altree: programma per effettuare analisi di associazioni e localizzazioni basate su filogenesi
Amap-align: allineamenti multipli di proteine con appaiamento di sequenze
Ampliconnoise: rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454
Andi: stima efficiente delle distanze evolutive
Anfo: strumento per allineare/mappare letture corte da MPG
Any2fasta: converte vari formati per sequenze in FASTA
Aragorn: rilevamento di tRNA e tmRNA in sequenze nucleotidiche
Arden: controllo di specificità per allineamento di letture che usa un riferimento artificiale
Ariba: identificazione della resistenza agli antibiotici tramite assemblati
Art-nextgen-simulation-tools: strumenti di simulazione per generare letture sintetiche di sequenziamento di prossima generazione
Artemis: navigatore di genomi e strumento per annotazioni
Artfastqgenerator: produce in output file FASTQ artificiali derivati da un genoma di riferimento
Assembly-stats: ottiene statistiche sugli assemblaggi da file FASTA e FASTQ
Assemblytics: rileva e analizza varianti strutturali dall'assemblato di un genoma
Atac: confronto di genomi assemblaggio-verso-assemblaggio
Ataqv: QC e visualizzazione di ATAC-seq
Atropos: strumento per taglio di letture NGS che è specifico, sensibile e veloce
Augur: componenti della catena di elaborazione di dati per analisi in tempo reale di virus
Augustus: predizione di geni in genomi di eucarioti
Autodock: analisi dei legami dei ligandi alla struttura di una proteina
Autodock-vina: docking di molecole piccole su proteine
Autogrid: pre-calcola il legame di legandi ai loro recettori
Avogadro: sistema di grafica e modellamento molecolare
Axe-demultiplexer: demultiplatore di letture di sequenziamento di DNA basato su trie
Baitfisher: software package for designing hybrid enrichment probes
Bali-phy: inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie
Ballview: strumento libero per modelli e grafici molecolari
Bamclipper: rimuove sequenze primer specifiche di geni da allineamenti SAM/BAM
Bamkit: strumenti per comuni manipolazioni di file BAM
Bamtools: toolkit per manipolare file BAM (allineamento di genoma)
Bandage: applicazione bioinformatica per navigare facilmente grafi di assemblati de novo
Barrnap: predizione veloce di RNA ribosomiale
Bbmap: BBTools genomic aligner and other tools for short sequences
Bcalm: compattamento de Bruijn in poca memoria
Bcftools: identificazione di varianti genomiche e manipolazione di file VCF/BCF
Beads: identificazione di spot in immagini di gel di elettroforesi 2-DE
Beagle: identificazione del genotipo, determinazione della fase di genotipo e imputazione di marcatori non genotipizzati
Beast-mcmc: inferenza filogenetica bayesiana MCMC
Beast2-mcmc: inferenza filogenetica bayesiana MCMC
Bedops: operazioni ad alte prestazioni su tratti genomici
Bedtools: suite di utilità per confrontare tratti genomici
Belvu: visualizzatore di allineamenti multipli di sequenze e strumento filogenetico
Berkeley-express: quantificazione in streaming per sequenziamento ad alte prestazioni
Bifrost: parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
Bio-eagle: fasi di aplotipi con una coorte genotipizzata o usando un panel di riferimento con fase
Bio-rainbow: raggruppamento in cluster e assemblaggio di letture corte per bioinformatica
Bio-tradis: analizza l'output da analisi TraDIS di sequenze genomiche
Bio-vcf: linguaggio specifico per dominio (DSL) per elaborare il formato VCF
Bioawk: estensione di awk per analisi di sequenze biologiche
Biobambam2: strumenti per elaborare file di allineamento a livello iniziale
Biosyntax: evidenziazione della sintassi per biologia computazionale (metapacchetto)
Bitseq: inferenza bayesiana di trascritti da dati di sequenziamento
Blasr: mappatura di letture di sequenziamento di singole molecole
Blixem: navigatore interattivo di allineamenti di sequenze
Bolt-lmm: Efficient large cohorts genome-wide Bayesian mixed-model association testing
Bowtie: allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria
Bowtie2: allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente
Boxshade: belle stampe di allineamenti multisequenza
Bppphyview: visualizzatore filogenetico Bio++
Bppsuite: suite di programmi Bio++
Brig: BLAST Ring Image Generator
Btllib-tools: strumenti della libreria di codice comune di Bioinformatics Technology Lab
Busco: insiemi per benchmark di ortologhi universali a singola copia
Bustools: programma per manipolare file BUS per insiemi di dati RNA-Seq di cellule singole
Bwa: Burrows-Wheeler Aligner
Canu: assemblatore di sequenze di molecole singole per genomi
Cassiopee: strumento per indici e ricerche in sequenze genomiche
Cat-bat: taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)
Cct: confronta visivamente sequenze di batteri, plasmidi, cloroplasti o mitocondri
Cd-hit: suite di programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze
Cdbfasta: strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA
Centrifuge: sistema rapido ed efficiente nell'uso della memoria per classificare sequenze di DNA
Cgview: visualizzatore di genoma circolare
Changeo: toolkit per assegnazione di repertori clonali (Python 3)
Chimeraslayer: rileva probabili chimere in DNA amplificato con PCR
Chromhmm: scoperta e caratterizzazione dello stato della cromatina
Chromimpute: Large-scale systematic epigenome imputation
Cif-tools: suite di strumenti per manipolare, validare e interrogare file mmCIF
Circlator: circolarizza assemblati genomici
Circos: disegnatore per visualizzare i dati
Clearcut: ricostruzione estremamente efficiente di alberi filogenetici
Clonalframe: inferenza della microevoluzione batterica usando dati di sequenze multi-loci
Clonalframeml: efficiente inferenza di ricombinazione in genomi interi di batteri
Clonalorigin: inferenza di ricombinazione omologa in batteri usando sequenze di genomi interi
Clustalo: programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine
Clustalw: allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
Clustalx: allineamento multiplo di sequenze di acidi nucleici e di proteine (interfaccia grafica)
Cnvkit: rilevamento della variabilità del numero di copie da sequenziamento mirato di DNA
Codonw: analisi di corrispondenza dell'uso di codoni
Comet-ms: motore di ricerca per spettrometria di massa tandem (MS/MS)
Concavity: predizione dei siti di legame di proteine con ligandi da struttura e conservazione
Conservation-code: strumento per punteggio di conservazione per le sequenze di proteine
Covtobed: converte la traccia di copertura da un file BAM in un file BED
Crac: analisi integrata di letture RNA-Seq
Csb: insieme di strumenti CSB (Computational Structural Biology)
Ctffind: fast and accurate defocus estimation from electron micrographs
Cutadapt: pulisce sequenze biologiche provenienti da letture di sequenziamento ad alte prestazioni
Cutesv: comprehensive discovery of structural variations of genomic sequences
Daligner: rilevazione di allineamenti locali tra letture lunghe di sequenze nucleotidiche
Damapper: long read to reference genome mapping tool
Datamash: strumento per statistiche con interfaccia a riga di comando
Dawg: simula l'evoluzione di sequenze di DNA ricombinante
Dazzdb: gestione dei dati di letture di sequenziamento di nucleotidi
Deblur: deconvolution for Illumina amplicon sequencing
Deepnano: strumento di identificazione basi alternativo per letture MinION di sequenze genomiche
Delly: Structural variant discovery by read analysis
Density-fitness: Calculates per-residue electron density scores
Dextractor: (d)extractor and compression command library
Dialign: allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Dialign-tx: allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Diamond-aligner: allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST
Discosnp: scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze
Disulfinder: predittore della connettività e stato di legame del ponte disulfuro di cisteine
Dnaclust: strumento per raggruppare in cluster milioni di corte sequenze di DNA
Dnarrange: metodo per trovare riarrangiamenti in letture lunghe di DNA rispetto ad una sequenza genomica
Dotter: confronto dettagliato tra due sequenze genomiche
Drop-seq-tools: analisi di dati Drop-seq
Dssp: assegnazione della struttura secondaria di una proteina in base alla struttura 3D
Dwgsim: simulatore di letture corte di sequenziamento
E-mem: calcolo efficiente di Maximal Exact Match per genomi molto grandi
Ea-utils: strumenti a riga di comando per elaborare dati di sequenziamento biologici
Ecopcr: stima della qualità dei primer dei codici a barre PCR
Edtsurf: mesh triangolari di superfici per strutture di proteine
Eigensoft: riduzione del bias della popolazione per analisi genetiche
Elph: strumento per trovare motivi in sequenze di DNA/proteine
Embassy-domainatrix: comandi EMBOSS extra per gestire file di classificazione di domini
Embassy-domalign: comandi EMBOSS extra per allineamento di domini di proteine
Embassy-domsearch: comandi EMBOSS extra per cercare domini proteici
Emboss: suite software open source europea per la biologia molecolare
Emmax: genetic mapping considering population structure
Estscan: strumento per rilevare sequenze di DNA codificante indipendente da ORF
Examl: Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference
Exonerate: strumento generico per il confronto di sequenze di coppie
Fasta3: tools for searching collections of biological sequences
Fastahack: utilità per indicizzare ed estrarre sequenze da file FASTA
Fastani: calcolo veloce senza allineamento dell'identità nucleotidica media di interi genomi
Fastaq: strumenti per manipolare file FASTA e FASTQ
Fastdnaml: strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA
Fastlink: versione più veloce dei programmi di Linkage per pedigree
Fastml: ricostruzione di sequenze di amminoacidi ancestrali con massima verosimiglianza
Fastp: preprocessore di FASTQ ultraveloce tutto in uno
Fastq-pair: Rewrites paired end fastq so all reads have a mate to separate out singletons
Fastqc: controllo di qualità per elevati flussi di dati di sequenze
Fastqtl: mappatore Quantitative Trait Loci (QTL) in cis per fenotipi molecolari
Fasttree: phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
Ffindex: semplice indice/database per grandi quantità di piccoli file
Figtree: visualizzatore grafico di alberi filogenetici
Filtlong: strumento per filtrare la qualità di letture lunghe di sequenze di genoma
Fitgcp: fit di distribuzioni di copertura del genoma con modelli di mistura
Flash: Fast Length Adjustment of SHort reads
Flexbar: rimozione flessibile di codice a barre e adattatore per piattaforme di sequenziamento
Flye: de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
Fml-asm: strumento per assemblare letture corte Illumina in piccole regioni
Freebayes: scoperta e genotipizzazione bayesiana di polimorfismo basati su aplotipi
Freecontact: fast protein contact predictor
Fsa: allineamento statistico veloce di proteine, sequenze di DNA e RNA
Fsm-lite: ricerca di stringhe basata sulla frequenza (lite)
Gamgi: GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface)
Garli: analisi filogenetica di dati di sequenze molecolari usando la massima verosimiglianza
Garlic: programma per visualizzazione di biomolecole
Gasic: correzione della similarità dell'abbondanza del genoma
Gatb-core: toolbox di analisi genomica con grafi di de Bruijn
Gbrowse: browser generico per genoma di GMOD
Gdpc: visualizzatore di simulazioni di dinamiche molecolari
Gemma: efficiente modello misto di associazione genome-wide
Genometester: toolkit per eseguire operazioni di insiemistica su liste di k-meri
Genomethreader: software tool to compute gene structure predictions
Genometools: toolkit versatile per analisi genomiche
Genomicsdb-tools: sparse array storage library for genomics (tools)
Gentle: suite per pianificare clonazioni genetiche
Gff2aplot: grafici di allineamento di coppie per sequenze genomiche in PostScript
Gff2ps: produce PostScript grafico da file GFF
Gffread: conversioni di formati GFF/GTF, filtraggio di regioni, estrazione di sequenze FASTA
Ggd-utils: programmi per l'uso in ggd
Ghemical: ambiente di modellazione molecolare per GNOME
Ghmm: libreria generica per modelli di Markov nascosti - strumenti
Glam2: motivi proteici con interruzioni da sequenze non allineate
Gmap: allineamento tollerante agli SNP e con splicing per mRNA e letture corte
Grabix: piccolo strumento per accesso casuale a file BGZF
Graphlan: rappresentazioni circolari di alberi tassonomici e filogenetici
Grinder: versatile simulatore di letture di sequenziamento "omiche" shotgun e di ampliconi
Gromacs: simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
Gsort: sort genomic data
Gubbins: analisi filogenetica di sequenze di genoma
Gwama: meta-analisi di associazioni a livello di intero genoma
Harvest-tools: archiviazione e post-elaborazione per allineamenti multipli genomici con riferimenti compressi
Hhsuite: sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
Hilive: allineamento in tempo reale di letture Illumina
Hisat2: allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi
Hmmer: profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
Hmmer2: profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
Hyphy-mpi: test di ipotesi usando filogenesi (versione MPI)
Hyphy-pt: test di ipotesi usando filogenesi (versione Pthreads)
Idba: assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di letture corte
Igblast: Immunoglobulin and T cell receptor variable domain sequence analysis
Igdiscover: analizza repertori di anticorpi per trovare nuovi geni V
Igor: inferisce processi di ricombinazione V(D)J da dati di sequenziamento
Igv: Integrative Genomics Viewer
Indelible: powerful and flexible simulator of biological evolution
Infernal: inferenza degli allineamenti strutturali secondari dell'RNA
Insilicoseq: sequencing simulator producing realistic Illumina reads
Ipig: integrazione di PSM con la visualizzazione con browser genomici
Iqtree: efficiente software filogenetico per massima verosimiglianza
Iva: assemblatore iterativo di sequenze di virus
Jaligner: algoritmo Smith-Waterman con miglioramento di Gotoh
Jalview: editor per allineamenti multipli
Jellyfish: conta i k-meri in sequenze di DNA
Jellyfish1: conta i k-meri in sequenze di DNA
Jmodeltest: selezione HPC di modelli di sostituzione di nucleotide
Jmol: visualizzatore molecolare
Kalign: allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
Kallisto: near-optimal RNA-Seq quantification
Kaptive: obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies
Khmer: attraversamento grafi, filtri e conteggi in memoria di k-meri in sequenze di DNA
Kineticstools: rilevazione di modifiche al DNA
King-probe: valuta e visualizza il fattore di impacchettamento interatomico delle proteine
Kissplice: rilevamento di vari tipi di polimorfismi in dati RNA-Seq
Kleborate: strumento per screening di assemblati di genomi di Klebsiella
Kma: mapping genomic sequences to raw reads directly against redundant databases
Kmc: conta i k-meri in sequenze genomiche
Kmer: insieme di strumenti per l'analisi di sequenze di DNA
Kmerresistance: correla geni mappati con le specie predette di campioni WGS
Kraken: assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA
Kraken2: taxonomic classification system using exact k-mer matches
Lagan: strumento estremamente parametrizzabile per allineamento globale di coppia di sequenze genomiche
Lamarc: analisi di verosimiglianza con algoritmo Metropolis che usa coalescenza casuale
Lamassemble: unisce letture "lunghe" di DNA che si sovrappongono in una sequenza di consenso
Lambda-align: allineatore locale per molti dati biologici
Lambda-align2: Local Aligner for Massive Biological DatA - v2
Last-align: confronto di sequenze biologiche su scala genomica
Lastz: allineamento di coppie di sequenze di DNA
Leaff: applicazioni e utilità per librerie di sequenze biologiche
Lefse: determina caratteristiche di organismi, cladi, unità tassonomiche, geni
Libpwiz-tools: strumenti a riga di comando di ProteoWizard
Librg-utils-perl: analizzatori e utilità di conversione del formato usati da (ad esempio) profphd
Libvcflib-tools: libreria C++ per analizzare e manipolare file VCF (strumenti)
Lighter: fast and memory-efficient sequencing error corrector
Logol: strumento di corrispondenza a modelli che usa il linguaggio Logol
Loki: analisi MCMC di linkage in generici alberi genealogici
Ltrsift: post-elaborazione e classificazione di retrotrasposoni LTR
Lucy: DNA sequence quality and vector trimming tool
Lumpy-sv: infrastruttura probabilistica generica per scoperta di varianti strutturali
Macs: analisi basata su modelli di ChIP-Seq su sequenziatori di letture corte
Macsyfinder: rilevamento di sistemi macromolecolari in insiemi di dati di proteine
Maffilter: elabora allineamenti di genoma in Multiple Alignment Format
Mafft: programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
Malt: sequence alignment and analysis tool to process sequencing data
Mapdamage: tracciamento e quantificazione di modelli di danno in sequenze di DNA antico
Mapsembler2: software per assemblaggio pensato per la bioinformatica
Maq: mappatura di corte sequenze di lunghezza fissa di DNA polimorfo su sequenze di riferimento
Maqview: visualizzatore grafico di allineamento di letture per brevi sequenze geniche
Mash: veloce stima di distanze in genoma e metagenoma usando MinHash
Massxpert: pacchetto di transizione per massxpert -> massxpert2
Mauve-aligner: allineamento multiplo di genomi
Mcaller: trova metilazioni in letture nanopore
Mecat2: ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads
Megadepth: calcola la copertura da file di sequenziamento BigWig e BAM
Megahit: ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler
Megan-ce: interactive tool to explore and analyse microbiome sequencing data
Melting: calcola la temperatura di fusione di doppie eliche di acidi nucleici
Meryl: conteggio di k-meri in- e out-of-core e utilità
Metabat: robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data
Metaeuk: rilevamento e annotazione di geni sensibili e ad alte prestazioni per metagenomica
Metaphlan: analisi filogenetica metagenomica
Metastudent: strumento di predizione di termini Gene Ontology da sequenze proteiche
Mhap: hash con sensibilità locale per rilevare sovrapposizioni di letture lunghe
Microbegps: strumento di profilazione tassonomica esplorativa per dati metagenomici
Microbiomeutil: utilità per analisi di microbioma
Mindthegap: performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets
Minexpert2: estrazione e visualizzazione di dati spettrometrici di massa MS^n (runtime)
Minia: assemblatore di sequenze biologiche a letture corte
Miniasm: assemblatore de novo ultraveloce per letture lunghe di sequenze di DNA con rumore
Minimac4: Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM
Minimap: strumento per mappatura approssimata di biosequenze lunghe come letture di DNA
Minimap2: allineatore a coppie versatile per sequenze genomiche e nucleotidiche con splice
Mipe: strumenti per archiviare dati derivanti da PCR
Mira-assembler: assemblatore di sequenze di genomi interi con metodo shotgun e di EST
Mirtop: annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming
Mlv-smile: trova schemi statisticamente significativi in sequenze
Mmb: modella la struttura e la dinamica di macromolecole
Mmseqs2: raggruppamento in cluster e ricerca di proteine ultra-veloce e sensibile
Mosdepth: calcolo di profondità per BAM/CRAM per sequenziamenti biologici
Mothur: suite di analisi di sequenze per ricerche su microrganismi
Mptp: single-locus species delimitation
Mrbayes: inferenza bayesiana per filogenetica
Multiqc: output integration for RNA sequencing across tools and samples
Mummer: Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
Murasaki: strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti
Murasaki-mpi: strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti (versione MPI)
Muscle: programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Muscle3: programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Mustang: allineamento strutturale multiplo di proteine
Nanofilt: filtraggio e ritaglio di dati di sequenziamento con letture lunghe
Nanolyse: rimuove le letture del fago lambda da un file fastq
Nanook: analisi pre- e post-allineamento di dati di sequenziamento Nanopore
Nanopolish: identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori
Nanostat: statistiche su sequenze biologiche lunghe
Nanosv: structural variant caller for nanopore data
Nast-ier: strumento per allineamento di DNA basato su NAST
Ncbi-acc-download: scarica file di genoma da NCBI per accession
Ncbi-blast+: suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST
Ncbi-blast+-legacy: script per vecchia chiamata a NCBI Blast
Ncbi-entrez-direct: NCBI Entrez utilities on the command line
Ncbi-epcr: strumento per testare la presenza di STS in sequenze di DNA
Ncbi-seg: strumento per mascherare segmenti con bassa complessità composizionale in sequenze di amminoacidi
Ncbi-tools-bin: librerie NCBI per applicazioni biologiche (utilità testuali)
Ncbi-tools-x11: librerie NCBI per applicazioni biologiche (utilità basate su X)
Ncl-tools: strumenti per lavorare con file NEXUS
Ncoils: predizione della struttura secondaria di una spirale superavvolta
Neobio: calcola allineamenti di sequenze di nucleotidi e aminoacidi
Ngmlr: CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads
Njplot: programma per disegnare alberi filogenetici
Norsnet: tool to identify unstructured loops in proteins
Norsp: predictor of non-regular secondary structure
Ntcard: algoritmo in streaming per stimare la cardinalità in insiemi di dati genomici
Nxtrim: trimming ottimizzato di letture Illumina Mate Pair
Obitools: programmi per analizzare dati NGS in un contesto di DNA meta-barcoding
Openms: pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS
Optimir: Integrating genetic variations in miRNA alignment
Pal2nal: converts proteins to genomic DNA alignment
Paleomix: pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data
Paml: PAML (Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood)
Paraclu: raggruppamento in cluster parametrico di caratteristiche genomiche e transcrittomiche
Parasail: allineatore basato su libparasail
Parsinsert: INSERimenTo PARSimonioso di sequenze non classificate in alberi filogenetici
Parsnp: allineamenti multipli rapidi del genoma fondamentale
Patman: allineamento rapido di sequenze corte con vasti database
Pbdagcon: sequence consensus using directed acyclic graphs
Pbhoney: genomic structural variation discovery
Pbjelly: strumento per aggiornare assemblati di genoma
Pbsim: simulatore per letture di sequenziamento PacBio
Pbsuite: software per dati di sequenziamento di Pacific Biosciences
Pdb2pqr: preparazione di strutture di proteine per calcoli elettrostatici
Perlprimer: progettazione grafica di primer per PCR
Perm: mappatura efficiente di letture brevi con semi spaziati periodicamente
Pftools: build and search protein and DNA generalized profiles
Phast: phylogenetic analysis with space/time models
Phipack: test PHI e altri test di ricombinazione
Phybin: binning/clustering newick trees by topology
Phylip: pacchetto di programmi per inferire alberi filogenetici
Phylonium: stima veloce e accurata delle distanze evolutive
Phyml: stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza
Physamp: sample sequence alignment corresponding to phylogeny
Phyutility: semplici analisi o modifica di alberi filogenetici e matrici di dati
Phyx: UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences
Picard-tools: strumenti a riga di comando per manipolare file SAM e BAM
Picopore: lossless compression of Nanopore files
Pigx-rnaseq: pipeline for checkpointed and distributed RNA-seq analyses
Piler: analisi di ripetizioni genomiche
Pilercr: software per trovare ripetizioni CRISPR
Pilon: automated genome assembly improvement and variant detection tool
Pinfish: Collection of tools to annotate genomes using long read transcriptomics data
Pique: software pipeline for performing genome wide association studies
Pirs: Profile based Illumina pair-end Reads Simulator
Pizzly: Identifies gene fusions in RNA sequencing data
Placnet: progetto Plasmid Constellation Network
Plasmidid: mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool
Plasmidomics: Disegna mappe di plasmidi e vettori, esporta grafica PostScript
Plasmidseeker: identificazione di plasmidi noti da letture di sequenziamento di genomi interi
Plast: Parallel Local Sequence Alignment Search Tool
Plink: insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Plink1.9: insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Plink2: insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Plip: strumento di profilazione dell'interazione proteina-ligando completamente automatizzato
Poa: Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
Populations: software di genetica delle popolazioni
Porechop: adapter trimmer for Oxford Nanopore reads
Poretools: toolkit per dati Nanopore di sequenziamento di nucleotidi
Pplacer: phylogenetic placement and downstream analysis
Prank: kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
Predictnls: predizione e analisi dei segnali di localizzazione nucleare delle proteine
Presto: toolkit per elaborare sequenze di cellule B e T
Prime-phylo: stima bayesiana di alberi genetici che tiene in considerazione l'albero delle specie
Primer3: strumento per progettare oligonucleotidi fiancheggianti per amplificazione di DNA
Prinseq-lite: dati per PReprocessing and INformation of SEQuence (versione leggera)
Proalign: programma per allineamenti multipli probabilistici
Probabel: insieme di strumenti per analisi di associazione a livello di genoma
Probalign: allineamento di sequenze multiple usando le probabilità a posteriori della funzione di ripartizione
Probcons: allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
Proda: allineamento multiplo di sequenze proteiche
Prodigal: programma per trovare geni microbici (di batteri e archeobatteri)
Profbval: predittore di residui flessibili/rigidi di proteine da sequenze
Profisis: predizione di siti di interazione proteina-proteina dalla sequenza
Profnet-bval: architettura di rete neurale per profbval
Profnet-chop: architettura di rete neurale per profchop
Profnet-con: architettura di rete neurale per profcon
Profnet-isis: architettura di rete neurale per profisis
Profnet-md: architettura di rete neurale per metadisordine
Profnet-norsnet: architettura di rete neurale per norsnet
Profnet-prof: architettura di rete neurale per profacc
Profnet-snapfun: architettura di rete neurale per snapfun
Profphd: secondary structure and solvent accessibility predictor
Profphd-net: architettura di rete neurale per profphd
Profphd-utils: utilità ausiliarie convert_seq e filter_hssp per profphd
Proftmb: per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels
Progressivemauve: algoritmi per allineamenti multipli di genomi
Prokka: annotazione rapida di genomi di procarioti
Proteinortho: rilevazione di (co-)ortologhi in analisi su vasta scala di proteine
Prottest: selezione di modelli di best-fit per evoluzione di proteine
Provean: Protein Variation Effect Analyzer
Pscan-chip: ChIP-based identifcation of TF binding sites
Pscan-tfbs: search for transcription factor binding sites
Psortb: bacterial localization prediction tool
Pullseq: estrae sequenze da un FASTA o FASTQ
Pycoqc: computes metrics and generates Interactive QC plots
Pycorrfit: strumento per fare il fit di curve di correlazione su un grafico logaritmico
Pyensembl: installs data from the Ensembl genome database
Pyfastx: fast random access to sequences from FASTA/Q file - command
Pymol: sistema di grafica per molecole
Pyscanfcs: strumento scientifico per FCS con scansione a linee perpendicolari
Python3-biomaj3-daemon: libreria per demone di BioMAJ
Python3-bioxtasraw: process biological small angle scattering data
Python3-cogent3: infrastruttura per biologia genomica
Python3-emperor: visualizzazione di dati di comunità microbiche ad alte prestazioni
Python3-geneimpacts: wrapper per strumenti a riga di comando per valutare varianti in sequenze geniche
Python3-gffutils: lavorare con file GFF e GTF in un'infrastruttura a database flessibile
Python3-pairtools: infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C
Python3-pybedtools: wrapper in Python 3 intorno a BEDTools per lavori di bioinformatica
Python3-sqt: SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
Python3-treetime: inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
Pyvcf: script ausiliari per l'analizzatore di Variant Call Format (VCF)
Qcat: demultiplexing di letture Oxford Nanopore da file FASTQ
Qcumber: controllo di qualità di sequenze genomiche
Qiime: Quantitative Insights Into Microbial Ecology
Qtltools: insieme di strumenti per scoperta e analisi di QTL molecolari
Quicktree: algoritmo di unione dei vicini per filogenie
Quorum: QUality Optimized Reads di sequenze genomiche
Qutemol: visualizzazione interattiva di macromolecole
R-bioc-annotate: annotazioni BioConductor per microarray
R-bioc-biostrings: oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche
R-bioc-bitseq: transcript expression inference and analysis for RNA-seq data
R-bioc-cner: rilevazione e visualizzazione di CNE
R-bioc-cummerbund: strumento per l'analisi dell'output RNA-Seq di Cufflinks
R-bioc-deseq2: pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
R-bioc-ebseq: pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
R-bioc-edger: analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R
R-bioc-genefilter: metodi per filtrare geni da esperimenti con microarray
R-bioc-geoquery: ottiene dati da Gene Expression Omnibus (GEO) dell'NCBI
R-bioc-hilbertvis: pacchetto GNU R per visualizzare dati vettoriali lunghi
R-bioc-htsfilter: GNU R filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data
R-bioc-impute: imputazione per dati di microarray
R-bioc-limma: modelli lineari per dati di microarray
R-bioc-megadepth: BioCOnductor BigWig and BAM related utilities
R-bioc-mergeomics: Integrative network analysis of omics data
R-bioc-metagenomeseq: analisi statistiche per GNU R per sequenziamento sparso ad alte prestazioni
R-bioc-mofa: Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)
R-bioc-multiassayexperiment: Software for integrating multi-omics experiments in BioConductor
R-bioc-mutationalpatterns: GNU R comprehensive genome-wide analysis of mutational processes
R-bioc-phyloseq: gestione ed analisi per GNU R di dati di censimenti di microbiomi ad alte prestazioni
R-bioc-rtracklayer: interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione
R-bioc-scater: Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R
R-bioc-tfbstools: GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis
R-cran-adegenet: analisi esplorative di GNU R per dati genetici e genomici
R-cran-adephylo: analisi esplorative per GNU R per il metodo di confronto filogenetico
R-cran-alakazam: analisi di linee clonali e diversità per immunoglobuline
R-cran-ape: pacchetto GNU R per analisi su filogenesi ed evoluzione
R-cran-bio3d: pacchetto GNU R per l'analisi di strutture biologiche
R-cran-distory: distanza tra storie filogenetiche per GNU R
R-cran-genabel: pacchetto GNU R per l'analisi di associazioni SNP a livello di intero genoma
R-cran-kaos: Encoding of Sequences Based on Frequency Matrix Chaos
R-cran-metamix: GNU R bayesian mixture analysis for metagenomic community profiling
R-cran-phangorn: GNU R package for phylogenetic analysis
R-cran-phytools: GNU R phylogenetic tools for comparative biology
R-cran-pscbs: R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers
R-cran-qtl: pacchetto GNU R per analisi di linkage dei marcatori genetici
R-cran-rotl: interfaccia GNU R all'API di "Open Tree of Life"
R-cran-samr: GNU R significance analysis of microarrays
R-cran-sdmtools: Species Distribution Modelling Tools
R-cran-seqinr: recupero e analisi di sequenze biologiche per GNU R
R-cran-seurat: Tools for Single Cell Genomics
R-cran-shazam: Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
R-cran-spp: GNU R ChIP-seq processing pipeline
R-cran-tcr: Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires
R-cran-tigger: Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data
R-cran-treespace: esplorazione statistica di panorami di alberi filogenetici
R-cran-tsne: t-distributed stochastic neighbor embedding per R (t-SNE)
R-cran-vegan: pacchetto per ecologia delle comunità per R
R-cran-webgestaltr: find over-represented properties in gene lists
R-cran-wgcna: Weighted Correlation Network Analysis
R-other-ascat: Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumours
R-other-mott-happy.hbrem: pacchetto GNU R per mappatura fine di malattie complesse
R-other-rajewsky-dropbead: Basic Exploration and Analysis of Drop-seq Data
Racon: consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads
Radiant: esplora dati gerarchici di metagenomi con grafici a torta con zoom
Ragout: Reference-Assisted Genome Ordering UTility
Rambo-k: Read Assignment Method Based On K-mers
Rampler: modulo per campionare sequenze genomiche
Rapmap: rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping
Rasmol: visualizza macromolecole biologiche
Raster3d: strumenti per generare immagini di proteine o di altre molecole
Rate4site: rilevatore di siti amminoacidici conservati
Raxml: RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici
Ray: de novo genome assemblies of next-gen sequencing data
Rdp-alignment: pacchetto di strumenti di allineamento del Ribosomal Database Project (RDP)
Rdp-classifier: extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s
Rdp-readseq: lettura e scrittura di sequenze RDP (Ribosomal Database Project)
Readseq: conversione tra formati di sequenze
Readucks: Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)
Reapr: strumento universale per valutazione di assemblaggi genomici
Recan: disegno della distanza genetica per analisi di eventi di ricombinazione
Relion: toolkit per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica
Relion-gui: toolkit per ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica (applicazioni GUI)
Repeatmasker-recon: trova famiglie di ripetizioni in sequenze biologiche
Reprof: protein secondary structure and accessibility predictor
Resfinder: identifica geni acquisiti di resistenza agli antimicrobici
Rna-star: allineatore universale e ultraveloce di sequenziamento di RNA
Rnahybrid: predizione veloce ed efficace di doppiette microRNA/obiettivo
Roary: catena di strumenti autonoma ad alta velocità per pan-genomi
Rockhopper: system for analyzing bacterial RNA-seq data
Roguenarok: algoritmo versatile e scalabile per identificazione di taxa sconosciuti
Rsem: RNA-Seq tramite Expectation-Maximization
Rtax: classificazione di letture di sequenze di geni per RNA ribosomiale 16S
Runcircos-gui: strumento GUI per eseguire Circos
Saint: Significance Analysis of INTeractome - analisi di significato di interactomi
Salmid: identificatore rapido di Salmonella basato su k-meri da dati di sequenza
Salmon: wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
Sambamba: strumenti per lavorare con dati SAM/BAM
Samblaster: marks duplicates, extracts discordant/split reads
Samclip: filter SAM file for soft and hard clipped alignments
Samtools: elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
Savvy-util: strumento di conversione per il formato di file SAV
Scoary: studi di associazione per intero pangenoma
Scrappie: basecaller for Nanopore sequencer
Scrm: simulatore di evoluzione di sequenze genetiche
Scythe: strumento bayesiano di taglio di adattatori per letture di sequenze
Seaview: interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
Seer: analisi di arricchimento di elementi di sequenze genomiche (k-meri)
Segemehl: mappatura di letture corte con gap
Sepp: phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models
Seqan-apps: libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche
Seqan-needle: pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences
Seqan-raptor: pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences
Seqkit: toolkit multipiattaforma e ultraveloce per manipolazione di file FASTA/Q
Seqmagick: interfaccia simile a imagemagick per Biopython SeqIO
Seqprep: rimozione di adattatori e/o unione di letture accoppiate di sequenze di DNA con sovrapposizioni
Seqsero: serotipizzazione di Salmonella da dati di sequenziamento del genoma
Seqtk: strumento veloce e leggero per elaborare sequenze in formato FASTA o FASTQ
Sga: assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe
Shasta: nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)
Shovill: assemblaggio di genomi di isolati batterici da letture Illumina a terminali accoppiati
Sibelia: strumento per genomica comparativa
Sibsim4: allinea sequenze RNA espresse su un modello DNA
Sickle: windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
Sigma-align: semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
Sim4: strumento per allineare cDNA e DNA genomico
Sim4db: batch spliced alignment of cDNA sequences to a target genome
Simka: metodo metagenomico comparativo dedicato a insiemi di dati NGS
Simkamin: metodo metagenomico comparativo approssimato dedicato a insiemi di dati NGS
Ska: Split Kmer Analysis
Skesa: strategic Kmer extension for scrupulous assemblies
Skewer: post-processing of high-throughput DNA sequence reads
Smalt: strumento per mappatura e allineamento di sequenze
Smithwaterman: determina regioni simili tra due stringhe o sequenze genomiche
Smrtanalysis: suite software per sequenziamento in tempo reale di molecole singole
Snap: posizione di geni da sequenze di DNA con modelli di Markov nascosti
Snap-aligner: programma scalabile per allineamento di nucleotidi
Sniffles: strumento per identificare varianti strutturali usando sequenziamento di terza generazione
Snippy: identificazione rapida di varianti aploidi e allineamento di genoma core
Snp-sites: codice binario per il pacchetto snp-sites
Snpeff: genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool
Snpomatic: software per mappatura di letture corte veloce e stringente
Snpsift: tool to annotate and manipulate genome variants - tool
Soapaligner: allineatore di letture corte di sequenziatori di prossima generazione
Soapdenovo: metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
Soapdenovo2: metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
Soapsnp: utilità di risequenziamento che può assemblare sequenze di consenso di genomi
Sortmerna: strumento per filtraggio, mappatura e scelta di OTU per letture NGS
Spaced: alignment-free sequence comparison using spaced words
Spades: assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati
Spaln: splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA
Spoa: SIMD partial order alignment tool
Sprai: single-pass sequencing read accuracy improver
Spread-phy: analizza e visualizza ricostruzioni filogeografiche
Squizz: convertitore per sequenze e allineamenti generici
Sra-toolkit: utilità per Sequence Read Archive di NCBI
Srst2: tipizzazione di sequenze di letture corte per batteri patogeni
Ssake: applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA
Sspace: scaffolding pre-assembled contigs after extension
Ssw-align: Smith-Waterman aligner based on libssw
Stacks: pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Staden: strumenti per assemblaggio (Gap4/Gap5), modifica e analisi di sequenze di DNA
Staden-io-lib-utils: programmi per manipolare file di sequenziamento del DNA
Stringtie: assemble short RNAseq reads to transcripts
Subread: toolkit per elaborare dati di sequenziamento di nuova generazione
Suitename: categorize each suite in an RNA backbone
Sumaclust: raggruppamento veloce in cluster di sequenze genomiche
Sumatra: confronto e raggruppamento in cluster di sequenze veloci ed esatti
Sumtrees: Phylogenetic Tree Summarization and Annotation
Surankco: assegnazione supervisionata di ranghi ai contig in assemblaggi de novo
Surpyvor: modifica di file VCF con SURVIVOR
Survivor: insieme di strumenti per simulare/valutare SV
Svim: Structural variant caller for long sequencing reads
Swarm: metodo robusto e veloce per raggruppamento in cluster per studi basati su ampliconi
Sweed: valutazione degli SNP per il loro vantaggio evoluzionistico
T-coffee: allineamento di sequenze multiple
Tabix: indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB
Tantan: mascheratore di complessità bassa e ripetizioni tandem per biosequenze
Terraphast: enumerate terraces in phylogenetic tree space
Theseus: sovrappone macromolecole usando la massima verosimiglianza
Thesias: test di effetti di aplotipi in studi di associazione
Tiddit: structural variant calling
Tigr-glimmer: rilevamento di geni in archibatteri e batteri
Tipp: tool for Taxonomic Identification and Phylogenetic Profiling
Tm-align: allineamento strutturale di proteine
Tnseq-transit: statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions
Toil: motore per flusso di lavoro multipiattaforma
Tombo: identificazione di nucleotidi modificati da dati grezzi di sequenziamento Nanopore
Tophat: veloce mappatore di giunzioni di splice per letture RNA-Seq
Tophat-recondition: post-processore per letture di TopHat non mappate
Topp: insieme di programmi che implementano TOPP (The OpenMS Proteomic Pipeline)
Toppred: predizione della topologia transmembrana
Tortoize: Application to calculate ramachandran z-scores
Trace2dbest: bulk submission of chromatogram data to dbEST
Tracetuner: interpretation of DNA Sanger sequencing data
Transdecoder: find coding regions within RNA transcript sequences
Transrate-tools: ausilio per transrate
Transtermhp: trova terminatori di trascrizione indipendenti da rho in genomi batterici
Tree-ppuzzle: ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Tree-puzzle: ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Treeview: re-implementazione in Java di TreeView di Michael Eisen
Treeviewx: visualizza e stampa alberi filogenetici
Trf: localizza e visualizza ripetizioni tandem in sequenze di DNA
Trim-galore: automate quality and adapter trimming for DNA sequencing
Trimmomatic: strumento flessibile per il taglio di letture per i dati NGS di Illumina
Trinityrnaseq: assemblati de novo di RNA-Seq
Tvc: strumento per identificare varianti per le piattaforme di sequenziamento Ion Torrent
Twopaco: costruzione del grafo de Bruijn compatto da molti genomi completi
Uc-echo: algoritmo a correzione di errore progettato per letture corte per NGS
Ugene: toolkit integrato per bioinformatica
Umap-learn: Uniform Manifold Approximation and Projection
Umis: tools for processing UMI RNA-tag data
Uncalled: Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA
Unicycler: hybrid assembly pipeline for bacterial genomes
Unikmer: Toolkit for nucleic acid k-mer analysis
Varna: applet per visualizzazione di RNA
Vcfanno: annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files
Vcftools: raccolta di strumenti per lavorare con file VCF
Velvet: assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte
Velvet-long: assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte, versione lunga
Velvetoptimiser: ottimizza automaticamente i parametri per assemblaggio de novo di Velvet
Veryfasttree: velocizzazione della stima di alberi filogenetici da sequenze
Vg: tools for working with genome variation graphs
Viewmol: interfaccia grafica per programmi di chimica computazionale
Virulencefinder: identifica geni di virulenza in isolati batterici sequenziati totalmente o parzialmente
Vmatch: software per analisi di sequenze su grande scala
Vsearch: strumento per elaborare sequenze metagenomiche
Vt: toolset for short variant discovery in genetic sequence data
Wham-align: Wisconsin's High-Throughput Alignment Method
Wigeon: reimplementazione dell'utilità Pintail di rilevazione di anomalie nel DNA 16S
Wise: confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche
Xpore: Nanopore analysis of differential RNA modifications
Yaha: find split-read mappings on single-end queries
Yanagiba: filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore
Yanosim: read simulator nanopore DRS datasets

Official Debian packages with lower relevance

Adun.app: simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
Catfishq: concatena file fastq
Conda-package-handling: creazione ed estrazione di pacchetti conda in vari formati
Dascrubber: alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads
Dnapi: previsione di adattatori per sequenziamento di piccoli RNA - utilità
Emboss-explorer: GUI basata su web per EMBOSS
Epigrass: strumento scientifico di simulazione/analisi per scenari epidemiologici in rete
Getdata: gestione di database esterni
Hts-nim-tools: tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check
Idseq-bench: Benchmark generator for the IDseq Portal
Illustrate: cartoonish representations of large biological molecules
Libhdf5-dev: HDF5 - file di sviluppo - versione seriale
Libhnswlib-dev: fast approximate nearest neighbor search
Maude: infrastruttura logica ad alte prestazioni
Metastudent-data: strumento di predizione di termini Gene Ontology da sequenze proteiche - file dei dati
Metastudent-data-2: strumento di predizione di termini Gene Ontology da sequenze proteiche - dati n.2
Mrs: sistema di recupero di informazioni per banche dati biomediche
Python3-alignlib: distanze di edit e di Hamming per sequenze biologiche
Python3-anndata: annotated gene by sample numpy matrix
Python3-cgecore: modulo Python 3 per il Center for Genomic Epidemiology
Python3-cyvcf2: VCF parser based on htslib (Python 3)
Python3-deeptools: platform for exploring biological deep-sequencing data
Python3-deeptoolsintervals: handlig GTF-like sequence-associated interal-annotation
Python3-htseq: utilità per analizzare letture di sequenziamento ad alta efficienza del genoma per Python 3
Python3-intake: lightweight package for finding and investigating data
Python3-loompy: access loom formatted files for bioinformatics
Python3-nanoget: extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments
Python3-nanomath: simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts
Python3-ncls: datastructure for interval overlap queries
Python3-py2bit: access to 2bit files
Python3-pybel: linguaggio per espressioni biologiche
Python3-pychopper: identify, orient and trim full-length Nanopore cDNA reads
Python3-pyfaidx: accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python 3
Python3-pyflow: leggero motore per compiti paralleli per Python
Python3-pyranges: rappresentazione 2D di intervalli genomici e delle loro annotazioni
Python3-pyrle: run length arithmetic in Python
Python3-pysam: interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)
Python3-tinyalign: rappresentazione numerica delle differenze tra stringhe
Q2-alignment: plugin di QIIME 2 per generare e manipolare allineamenti
Q2-cutadapt: plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
Q2-dada2: plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
Q2-demux: plugin QIIME 2 fare il demultiplexing delle letture di sequenze
Q2-emperor: plugin QIIME2 per visualizzazione di "ordination plot"
Q2-feature-classifier: plugin QIIME 2 per gestione di classificazione tassonomica
Q2-feature-table: plugin QIIME 2 per gestione di operazioni su tabelle di caratteristiche
Q2-fragment-insertion: plugin di QIIME 2 per inserzione di frammenti
Q2-metadata: plugin per QIIME 2 per lavorare con Metadati e visualizzarli
Q2-phylogeny: plugin QIIME 2 per filogenia
Q2-quality-control: plugin QIIME 2 per controllo qualità di dati di caratteristiche e sequenze
Q2-quality-filter: plugin QIIME 2 per filtraggio e taglio basato su PHRED
Q2-sample-classifier: plugin QIIME 2 per la predizione con apprendimento macchina di dati campionari
Q2-taxa: plugin QIIME 2 per lavorare con annotazioni tassonomiche di caratteristiche
Q2-types: plugin QIIME 2 che definisce tipi per analisi di microbioma
Q2cli: interfaccia a riga di comando basata su clic per QIIME 2
Q2templates: pacchetto per modello di struttura per plugin QIIME 2
R-bioc-annotationhub: client GNU R per accedere a risorse AnnotationHug
R-bioc-aroma.light: BioConductor methods normalization and visualization of microarray data
R-bioc-beachmat: I/O for several formats storing matrix data
R-bioc-biocneighbors: Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages
R-bioc-biocsingular: decomposizione ai valori singolari per pacchetti Bioconductor
R-bioc-ctc: conversione di cluster e alberi (Cluster and Tree Conversion)
R-bioc-dnacopy: R package: DNA copy number data analysis
R-bioc-ensembldb: utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl
R-bioc-experimenthub: BioConductor client to access ExperimentHub resources
R-bioc-geneplotter: pacchetto R di funzioni per disegnare dati genomici
R-bioc-genomicalignments: rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor
R-bioc-genomicfiles: Distributed computing by file or by range
R-bioc-genomicranges: rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor
R-bioc-go.db: annotation maps describing the entire Gene Ontology
R-bioc-grohmm: GRO-seq Analysis Pipeline
R-bioc-gviz: disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche
R-bioc-isoformswitchanalyzer: Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and
R-bioc-org.hs.eg.db: annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo
R-bioc-qusage: qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression
R-bioc-savr: analisi di file SAV di Illumina per GNU R
R-bioc-singlecellexperiment: S4 Classes for Single Cell Data
R-bioc-structuralvariantannotation: Variant annotations for structural variants
R-bioc-tximport: transcript-level estimates for biological sequencing
R-cran-amap: un altro pacchetto di analisi multidimensionale
R-cran-biwt: biweight mean vector and covariance and correlation
R-cran-boolnet: assemblaggio, analisi e visualizzazione di reti booleane
R-cran-corrplot: visualizzazione di una matrice di correlazione
R-cran-dynamictreecut: Methods for Detection of Clusters in Hierarchical Clustering
R-cran-epir: funzioni GNU R per analisi di dati epidemiologici
R-cran-fitdistrplus: support fit of parametric distribution
R-cran-forecast: GNU R forecasting functions for time series and linear models
R-cran-gprofiler2: Interface to the 'g:Profiler' Toolset
R-cran-minerva: Maximal Information-Based Nonparametric Exploration
R-cran-optimalcutpoints: calcolo dei punti di cut-off ottimali in test diagnostici
R-cran-parmigene: Parallel Mutual Information to establish Gene Networks
R-cran-pheatmap: pacchetto GNU R per creare belle mappe di calore
R-cran-qqman: pacchetto R per visualizzare i risultati di GWAS usando grafi Q-Q e Manhattan
R-cran-rcpphnsw: R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors
R-cran-rentrez: interfaccia GNU R all'API EUtils di NCBI
R-cran-sctransform: Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data
Resfinder-db: il database di ResFinder è un database curato di geni acquisiti di resistenza
Science-workflow: sistemi di gestione dei flussi di lavoro per ricerca scientifica

Debian packages in contrib or non-free

Arb: phylogenetic sequence analysis suite - main program
Bcbio: toolkit for analysing high-throughput sequencing data
Blimps-utils: blocks database improved searcher
Caftools: maintenance of DNA sequence assemblies
Cluster3: Reimplementation of the Eisen-clustering software
Cufflinks: Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
Embassy-phylip: EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
Raccoon: preparation of in silico drug screening projects
Relion-cuda: parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy
Relion-gui-cuda: toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)
Seq-gen: simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences
Seqcluster: analysis of small RNA in NGS data
Sift: predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect
Solvate: arranges water molecules around protein structures
Trnascan-se: detection of transfer RNA genes in genomic sequence
Varscan: variant detection in next-generation sequencing data
Vdjtools: framework for post-analysis of B/T cell repertoires
Vienna-rna: RNA sequence analysis

Debian packages in New queue (hopefully available soon)

Coot: model building program for macromolecular crystallography

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Acacia: Error-corrector for pyrosequenced amplicon reads.
Agat: another GFF analysis toolkit
Amos-assembler: modular whole genome assembler
Apollo: genome annotation viewer and editor
Arvados: managing and analyzing biomedical big data
Axparafit: optimized statistical analysis of host-parasite coevolution
Axpcoords: highly optimized and parallelized porting of pcoords
Bagpipe: genomewide LD mapping
Bax2bam: Convert legacy PacBio Bax.H5, Bas.H5, and Ccs.H5 files to the new PacBio BAM format
Biceps: error-tolerant peptide identification
Bigsdb: Bacterial Isolate Genome Sequence Database
Bismark: bisulfite read mapper and methylation caller
Blat: BLAST-Like Alignment Tool
Blobology: tool set for the visualisation of genome assemblies
Braker: annotating protein coding genes in genomes.
Card-rgi: analysis of genome sequences using the Resistance Gene Identifier
Cellprofiler: quantitatively measure phenotypes from images automatically
Cinema: multi-sequence alignment editor and viewer
Condetri: straight-forward trimming of FASTQ sequences
Contrafold: CONditional TRAining for RNA Secondary Structure Prediction
Covpipe: pipeline to generate consensus sequences from NGS reads
Crossbow: Genotyping from short reads using cloud computing
Crux-toolkit: toolkit for tandem mass spectrometry analysis
Cytoscape: visualizing molecular interaction networks
Dazzle: Java-based DAS server
Deepbinner: demultiplexing barcoded Oxford Nanopore sequencing reads
Dendroscope: analyzing and visualizing rooted phylogenetic trees and networks
Diann: data-independent acquisition (DIA) proteomics data processing
Ecell: Concept and environment for constructing virtual cells on computers
Ensembl: basic Ensembl genome browser
Ensembl-vep: Variant Effect Predictor predicting the functional effects of genomic variants
Euler-sr: correcting errors in short gene sequence reads and assembling them
Euler2: de novo repeat classification and fragment assembly
Exabayes: bayesian phylogenetic tree inference for large-scale analyses
Ffp: Feature Frequency Profile Phylogeny
Fieldbioinformatics: pipeline with virus identification with Nanopore sequencer
Flappie: flip-flop basecaller for Oxford Nanopore reads
Forester: Graphical vizualiation tool Archaeopteryx
Galaxy: scientific workflow and data integration platform for computational biology
Gatk: The Genome Analysis Toolkit
Gerp++: identifies constrained elements in multiple alignments
Gramalign: multiple alignment of biological sequences
Graphbin: refined binning of metagenomic contigs using assembly graphs
Graphmap2: highly sensitive and accurate mapper for long, error-prone reads
Haploview: Analysis and visualization of LD and haplotype maps
Hawkeye: Interactive Visual Analytics Tool for Genome Assemblies
Htqc: Quality control and filtration for illumina sequencing data
Idefix: index checking for improved demultiplexing of NGS data
Inspect: mass-spectrometry database search tool
Jbrowse: genome browser with an AJAX-based interface
Kempbasu: significance tests for comparing digital gene expression profiles
Mach-haplotyper: Markov Chain based SNP haplotyper
Mage2tab: MAGE-MLv1 converter and visualiser
Manta: structural variant and indel caller for mapped sequencing data
Marginphase: simultaneous haplotyping and genotyping
Martj: distributed data integration system for biological data
Medaka: sequence correction provided by ONT Research
Meme: search for common motifs in DNA or protein sequences
Mesquite: modular system for evolutionary analysis
Metabit: analysing microbial profiles from high-throughput sequencing shotgun data
Modeller: Protein structure modeling by satisfaction of spatial restraints
Molekel: Advanced Interactive 3D-Graphics for Molecular Sciences
Mosaik-aligner: reference-guided aligner for next-generation sequencing
Mpsqed: alignment editor and multiplex pyrosequencing assay designer
Mugsy: multiple whole genome alignment tool
Mview: biological sequence alignment conversion
Nano-snakemake: detection of structural variants in genome sequencing data
Nanocall: Basecaller for Oxford Nanopore Sequencing Data
Nanocomp: compare multiple runs of long biological sequences
Nanoplot: plotting scripts for long read sequencing data
Ncbi-magicblast: RNA-seq mapping tool
Nextsv: automated structural variation detection for long-read sequencing
Ngila: global pairwise alignments with logarithmic and affine gap costs
Ngsqctoolkit: toolkit for the quality control of next generation sequencing data
Nw-align: global protein sequence alignment
Oases: de novo transcriptome assembler for very short reads
Omegamap: describing selection and recombination in sequences
Oncofuse: predicting oncogenic potential of gene fusions
Optitype: precision HLA typing from next-generation sequencing data
Paipline: Pipeline for the Automatic Identification of Pathogens
Pangolin: Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages
Partitionfinder: choses partitioning schemes and models of molecular evolution for sequence data
Patristic: Calculate patristic distances and comparing the components of genetic change
Pcma: fast and accurate multiple sequence alignment based on profile consistency
Phylophlan: microbial Tree of Life using 400 universal proteins
Phyloviz-core: phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods
Pigx-scrnaseq: pipeline for checkpointed and distributed scRNA-seq analyses
Pipasic: Protein Abundance Correction in Metaproteomic Data
Plato: Analysis, translation, and organization of large-scale genetic data
Pomoxis: analysis components from Oxford Nanopore Research
Profit: Protein structure alignment
Psipred: protein secondary structure prediction
Pssh2: set of scripts for mapping protein sequence to structure
Pufferfish: Efficient index for the colored, compacted, de Bruijn graph
Purple: Picking Unique Relevant Peptides for viraL Experiments
Q2-composition: QIIME2 plugin for Compositional statistics
Q2-deblur: QIIME2 plugin to wrap the Deblur software for sequence quality control
Q2-diversity: QIIME2 plugin for core diversity analysis
Q2-gneiss: QIIME2 plugin for Compositional Data Analysis and Visualization
Q2-longitudinal: QIIME2 plugin for longitudinal studies and paired comparisons
Q2-vsearch: QIIME 2 plugin for clustering and dereplicating with vsearch
Qtlreaper: QTL analysis for expression data
Qualimap: evaluating next generation sequencing alignment data
Quast: Quality Assessment Tool for Genome Assemblies
R-bioc-mofa2: Multi-Omics Factor Analysis v2
R-bioc-org.mm.eg.db: genome wide annotation for Mouse
R-cran-drinsight: drug repurposing on transcriptome sequencing data
R-other-apmswapp: GNU R Pre- and Postprocessing For Affinity Purification Mass Spectrometry
R-other-fastbaps: A fast genetic clustering algorithm that approximates a Dirichlet Process Mixture model
Raxml-ng: phylogenetic tree inference tool which uses maximum-likelihood
Repeatmasker: screen DNA sequences for interspersed repeats
Roadtrips: case-control association testing with unknown population and pedigree structure
Rosa: Removal of Spurious Antisense in biological RNA sequences
Rsat: Regulatory Sequence Analysis Tools
Sailfish: RNA-seq expression estimation
Sap: Pairwise protein structure alignment via double dynamic programming
Seq-seq-pan: workflow for the SEQuential alignment of SEQuences
Seqwish: alignment to variation graph inducer
Signalalign: HMM-HDP models for MinION signal alignments
Sina: reference based multiple sequence alignment
Sistr: Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR)
Situs: Modeling of atomic resolution structures into low-resolution density maps
Sourmash: tools for comparing DNA sequences with MinHash sketches
Sparta: automated reference-based bacterial RNA-seq Transcriptome Analysis
Ssaha: Sequence Search and Alignment by Hashing Algorithm
Strap: Comfortable and intuitive protein alignment editor / viewer
Strap-base: essential files for the interactive alignment viewer and editor Strap
Strelka: strelka2 germline and somatic small variant caller
Tab2mage: submitting large microarray experiment datasets to public repository database
Tacg: command line program for finding patterns in nucleic acids
Tandem-genotypes: compare lengths of duplications in DNA sequences
Tide: SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra
Tigr-glimmer-mg: finding genes in environmental shotgun DNA sequences
Tn-seqexplorer: explore and analyze Tn-seq data for prokaryotic genomes
Ufasta: utility to manipulate fasta files
Umap: quantify genome and methylome mappability
Unc-fish: Fast Identification of Segmental Homology
Varmatch: robust matching of small genomic variant datasets
Vmd: presentation of traces of molecular dynamics runs
Zodiac-zeden: ZODIAC - Zeden's Organise DIsplay And Compute

Unofficial packages built by somebody else

Big-blast: Helper tool to run blast on large sequences
Estferret: processes, clusters and annotates EST data
Maxd: data warehouse and visualisation environment for genomic expression data
Migrate: estimation of population sizes and gene flow using the coalescent
Msatfinder: identification and characterization of microsatellites in a comparative genomic context
Oligoarrayaux: Prediction of Melting Profiles for Nucleic Acids
Partigene: generating partial gemomes
Pfaat: Protein Family Alignment Annotation Tool
Prot4est: EST protein translation suite
Python3-orange: Data mining framework
Qtlcart: map quantitative traits using a map of molecular markers
Rbs-finder: find ribosome binding sites(RBS)
Roche454ace2caf: convert GS20 or FLX assemblies into CAF format
Splitstree: Analyzing and Visualizing Evolutionary Data
Taverna: designing and executing myGrid workflows for bioinformatics
Taxinspector: browser for entries in the NCBI taxonomy
Tetra: tetranucleotide frequency calculator

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Btk-core: biomolecule Toolkit C++ library
Mirbase: The microRNA sequence database
Phylowin: Graphical interface for molecular phylogenetic inference

No known packages available

Amoscmp: comparative genome assembly package
Annovar: annotate genetic variants detected from diverse genomes
Arachne: toolkit for Whole Genome Shotgun Assembly
Asap: organize the data associated with a genome
Bambus: hierarchical approach to building contig scaffolds
Cactus
Cdna-db: quality-control checking of finished cDNA clone sequences
Cmap: view comparisons of genetic and physical maps
Contralign: parameter learning framework for protein pairwise sequence alignment
Copycat: fast access to cophylogenetic analyses
E-hive: distributed processing system based on 'autonomous agents'
Exalt: phylogenetic generalized hidden Markov model for predicting alternatively spliced exons
Excavator: gene expression data clustering
Figaro: novel vector trimming software
Forge: genome assembler for mixed read types
Gbrowse-syn: Generic Synteny Browser
Genemark: family of gene prediction programs
Genesplicer: computational method for splice site prediction
Genetrack: genomic data storage and visualization framework
Genezilla: eukaryotic gene finder
Genographer: read data and reconstruct them into a gel image
Glimmerhmm: Eukaryotic Gene-Finding System
Gmv: comparative genome browser for Murasaki
Jigsaw: gene prediction using multiple sources of evidence
Maker2: annotate genomes and create genome databases
Metarep: JCVI Metagenomics Reports
Minimus: AMOS lightweight assembler
Mummergpu: High-throughput sequence alignment using Graphics Processing Units
Obo-edit: editor for biological ontologies
Operondb: detect and analyze conserved gene pairs
Phagefinder: heuristic computer program to identify prophage regions within bacterial genomes
Phpphylotree: draw phylogenetic trees
Phylographer: Graph Visualization Tool
Pyrophosphate-tools: for assembling and searching pyrophosphate sequence data
Rose: Region-Of-Synteny Extractor
Treebuilder3d: viewer of SAGE and other types of gene expression data
Tripal: collection of Drupal modules for genomic research
Twain: syntenic genefinder employing a Generalized Pair Hidden Markov Model
Uniprime: workflow-based platform for universal primer design
X-tandem-pipeline: peptide/protein identification from MS/MS mass spectra

Biology development - pacchetti Debian Med per lo sviluppo di applicazioni bioinformatiche

Questo metapacchetto installa pacchetti Debian che possono essere utili per lo sviluppo di applicazioni per la ricerca biologica.

Official Debian packages with high relevance

Bio-tradis: analizza l'output da analisi TraDIS di sequenze genomiche
Biobambam2: strumenti per elaborare file di allineamento a livello iniziale
Bioperl: strumenti Perl per biologia molecolare computazionale
Bioperl-run: wrapper BioPerl: script
Biosquid: utilità per l'analisi di sequenze biologiche
Cwltool: implementazione di riferimento di Common Workflow Language
Gffread: conversioni di formati GFF/GTF, filtraggio di regioni, estrazione di sequenze FASTA
Goby-java: next-generation sequencing data and results analysis tool
Libace-perl: accesso orientato agli oggetti per i database ACEDB
Libai-fann-perl: wrapper Perl per la libreria FANN
Libbambamc-dev: Development files for reading and writing BAM (genome alignment) files
Libbamtools-dev: API C++ per manipolare file BAM (allineamenti di genoma)
Libbigwig-dev: libreria C per gestire file bigWig - file header
Libbio-alignio-stockholm-perl: stockholm sequence input/output stream
Libbio-asn1-entrezgene-perl: parser for NCBI Entrez Gene and NCBI Sequence records
Libbio-chado-schema-perl: DBIx::Class layer for the Chado database schema
Libbio-cluster-perl: moduli per cluster di BioPerl
Libbio-coordinate-perl: moduli BioPerl per lavorare con coordinate biologiche
Libbio-das-lite-perl: implementation of the BioDas protocol
Libbio-db-biofetch-perl: Database object interface to BioFetch retrieval
Libbio-db-embl-perl: Database object interface for EMBL entry retrieval
Libbio-db-hts-perl: interfaccia Perl alla libreria HTS
Libbio-db-ncbihelper-perl: collection of routines useful for queries to NCBI databases
Libbio-db-seqfeature-perl: Normalized feature for use with Bio::DB::SeqFeature::Store
Libbio-eutilities-perl: BioPerl interface to the Entrez Programming Utilities (E-utilities)
Libbio-featureio-perl: Modules for reading, writing, and manipulating sequence features
Libbio-graphics-perl: Generate GD images of Bio::Seq objects
Libbio-mage-perl: Container module for classes in the MAGE package: MAGE
Libbio-mage-utils-perl: Extra modules for classes in the MAGE package: MAGE
Libbio-primerdesigner-perl: modulo Perl per progettare primer per PCR usando primer3 ed epcr
Libbio-samtools-perl: interfaccia Perl alla libreria SamTools per sequenziamento di DNA
Libbio-scf-perl: Perl extension for reading and writing SCF sequence files
Libbio-tools-phylo-paml-perl: Bioperl interface to the PAML suite
Libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl: interfaccia Bioperl a Clustal W
Libbio-tools-run-alignment-tcoffee-perl: interfaccia Bioperl a T-Coffee
Libbio-tools-run-remoteblast-perl: oggetto per l'esecuzione remota di NCBI Blast tramite HTTP
Libbio-variation-perl: BioPerl variation-related functionality
Libbiojava-java: API Java per applicazioni e dati biologici (versione predefinita)
Libbiojava6-java: API Java per dati ed applicazioni biologiche (versione 6)
Libbioparser-dev: library for parsing several formats in bioinformatics
Libblasr-dev: strumenti per allineamento di letture PacBio su sequenze obiettivo (file di sviluppo)
Libbpp-core-dev: file di sviluppo per la libreria principale di Bio++
Libbpp-phyl-dev: file di sviluppo della libreria per filogenetica di Bio++
Libbpp-phyl-omics-dev: libreria per filogenetica di Bio++: componenti genomici (file di sviluppo)
Libbpp-popgen-dev: file di sviluppo della libreria per genetica di popolazione di Bio++
Libbpp-qt-dev: file di sviluppo della libreria di classi grafiche Qt di Bio++
Libbpp-raa-dev: file di sviluppo della libreria per accesso acnuc remoto di Bio++
Libbpp-seq-dev: file di sviluppo della libreria per sequenze di Bio++
Libbpp-seq-omics-dev: libreria per sequenze di Bio++: componenti genomiche (file di sviluppo)
Libcdk-java: librerie Java Chemistry Development Kit (CDK)
Libchado-perl: schema e strumenti per database per dati genomici
Libcifpp-dev: file di sviluppo per libcifpp
Libconsensuscore-dev: algoritmi per consenso di sequenze multiple per PacBio -- file di sviluppo
Libdivsufsort-dev: libdivsufsort header files
Libedlib-dev: libreria per allineamento di sequenze usando la distanza di modifica (sviluppo)
Libfast5-dev: libreria per leggere file FAST5 di Oxford Nanopore -- header
Libfastahack-dev: libreria per indicizzare ed estrarre sequenze da file FASTA (sviluppo)
Libffindex0-dev: libreria per semplice indice/database per grandi quantità di piccoli file (sviluppo)
Libfml-dev: development headers for libfml
Libgatbcore-dev: libreria di sviluppo del toolbox di analisi genomica
Libgclib-dev: header files for Genome Code Lib (GCLib)
Libgenome-dev: toolkit per sviluppare software bioinformatico (sviluppo)
Libgenome-model-tools-music-perl: module for finding mutations of significance in cancer
Libgenome-perl: pipelines, tools, and data management for genomics
Libgenometools0-dev: file di sviluppo per GenomeTools
Libgff-dev: GFF/GTF parsing from cufflinks as a library
Libgkarrays-dev: libreria per interrogare grandi collezioni di sequenze NGS (sviluppo)
Libgo-perl: moduli Perl per GO e altre ontologie OBO
Libhdf5-dev: HDF5 - file di sviluppo - versione seriale
Libhmsbeagle-dev: libreria ad alte prestazioni per filogenetica bayesiana e a massima verosimiglianza (sviluppo)
Libhts-dev: file di sviluppo per HTSlib
Libhtscodecs-dev: Development headers for custom compression for CRAM and others
Libhtsjdk-java: Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats
Libjebl2-java: Java Evolutionary Biology Library
Libjloda-java: libreria Java di strutture dati e algoritmi per la bioinformatica
Libkmer-dev: insieme di strumenti per l'analisi di sequenze di DNA (libreria di sviluppo)
Libmems-dev: development library to support DNA string matching and comparative genomics
Libminimap2-dev: header di sviluppo per libminimap
Libmmblib-dev: file di sviluppo di MacroMoleculeBuilder
Libmuscle-dev: libreria di sviluppo per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Libncbi-vdb-dev: librerie per usare dati in archivi di letture di sequenze INSDC (sviluppo)
Libncbi6-dev: librerie NCBI per applicazioni biologiche (file di sviluppo)
Libncl-dev: NEXUS Class Library (libreria statica e file header)
Libngs-java: collegamenti a linguaggio per sequenziamento di prossima generazione (collegamenti Java)
Libngs-sdk-dev: collegamenti a linguaggio per sequenziamento di prossima generazione (sviluppo)
Libnhgri-blastall-perl: Perl extension for running and parsing NCBI's BLAST 2.x
Libopenmm-dev: file header C++ per la libreria OpenMM
Libopenms-dev: libreria per gestione ed analisi di dati LC/MS - file di sviluppo
Libpal-java: Phylogenetic Analysis Library
Libparasail-dev: Development heaaders and static libraries for parasail
Libpbbam-dev: libreria per Binary Alignment/Map (BAM) di Pacific Biosciences (header)
Libpbdata-dev: strumenti per gestire sequenze PacBio (file di sviluppo)
Libpbihdf-dev: strumenti per gestire file hdf5 di PacBio (file di sviluppo)
Libpbseq-dev: libreria per analizzare dati di sequenziamento PacBio (file di sviluppo)
Libpdb-redo-dev: file di sviluppo per libpdb-redo
Libpll-dev: libreria per verosimiglianza filogenetica (sviluppo)
Libpwiz-dev: libreria per effettuare analisi di dati di proteomica (file di sviluppo)
Libqes-dev: libreria per analisi di sequenze di DNA -- sviluppo
Librcsb-core-wrapper0-dev: development files for librcsb-core-wrapper0t64
Librdp-taxonomy-tree-java: libreria per alberi tassonomici dal Ribosomal Database Project (RDP)
Librelion-dev: API C++ per RELION (ricostruzioni 3D in microscopia crio-elettronica)
Librg-blast-parser-perl: very fast NCBI BLAST parser - binding for Perl
Librg-reprof-bundle-perl: protein secondary structure and accessibility predictor (perl module)
Librostlab-blast0-dev: very fast C++ library for parsing the output of NCBI BLAST programs (devel)
Librostlab3-dev: C++ library for computational biology (development)
Libsbml5-dev: libreria System Biology Markup Language - file di sviluppo
Libseqan2-dev: libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche (sviluppo)
Libseqan3-dev: libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche v3 (sviluppo)
Libseqlib-dev: C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data (dev)
Libslow5-dev: header and static library for reading & writing SLOW5 files
Libsmithwaterman-dev: determina regioni simili tra due stringhe o sequenze genomiche (sviluppo)
Libsnp-sites1-dev: Static libraries and header files for the package snp-sites
Libsort-key-top-perl: Perl module to select and sort top n elements of a list
Libspoa-dev: SIMD partial order alignment library (development files)
Libsrf-dev: implementazione C++ del formato SRF per dati di sequenze di DNA
Libssm-dev: macromolecular superposition library - development files
Libssu-dev: high-performance phylogenetic diversity calculations (dev)
Libssw-dev: Development headers and static libraries for libssw
Libssw-java: Java bindings for libssw
Libstaden-read-dev: file di sviluppo per libstaden-read
Libstatgen-dev: development files for the libStatGen
Libswiss-perl: API Perl per il database UniProt
Libtabixpp-dev: C++ wrapper to tabix indexer (development files)
Libthread-pool-dev: C++ header-only thread pool library (devel)
Libvcflib-dev: libreria C++ per analizzare e manipolare file VCF (sviluppo)
Libvibrant6-dev: librerie NCBI per applicazioni grafiche di biologia (file di sviluppo)
Libwfa2-dev: exact gap-affine algorithm (development)
Libzerg-perl: fast perl module for parsing the output of NCBI BLAST programs
Libzerg0-dev: development libraries and header files for libzerg
Mcl: algoritmo Cluster di Markov
Nim-hts-dev: wrapper per la libreria C hts
Nim-kexpr-dev: espressioni matematiche kexpr per nim
Nim-lapper-dev: simple, fast interval searches for nim
Ont-fast5-api: simple interface to HDF5 files of the Oxford Nanopore .fast5 file format
Pyfai: script per integrazione azimutale veloce
Python3-airr: Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences
Python3-anndata: annotated gene by sample numpy matrix
Python3-bcbio-gff: libreria Python 3 per leggere e scrivere Generic Feature Format
Python3-bioframe: library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
Python3-biom-format: formato BIOM (Biological Observation Matrix) (Python 3)
Python3-biomaj3: libreria per gestione del flusso di lavoro BioMAJ
Python3-biopython: libreria Python 3 per bioinformatica
Python3-biotools: utilità bioinformatiche per Python 3 per sequenziamento genomico ad alte prestazioni
Python3-bx: library to manage genomic data and its alignment
Python3-cgecore: modulo Python 3 per il Center for Genomic Epidemiology
Python3-cigar: manipulate SAM cigar strings
Python3-cobra: modellazione di reti biologiche basata su vincoli con Python 3
Python3-cogent3: infrastruttura per biologia genomica
Python3-cooler: library for a sparse, compressed, binary persistent storage
Python3-corepywrap: libreria che esporta metodi di accesso C++ mmCIF in Python 3
Python3-csb: infrastruttura Python per bioinformatica strutturale (versione Python3)
Python3-cutadapt: pulisce sequenze biologiche provenienti da letture di sequenziamento ad alte prestazioni (Python 3)
Python3-cyvcf2: VCF parser based on htslib (Python 3)
Python3-deeptools: platform for exploring biological deep-sequencing data
Python3-deeptoolsintervals: handlig GTF-like sequence-associated interal-annotation
Python3-dendropy: libreria di calcolo filogenetico DendroPy (Python 3)
Python3-dnaio: libreria Python 3 per analisi veloce di file FASTQ e FASTA
Python3-ete3: ambiente Python per esplorazione di alberi (filogenetici) - Python 3.X
Python3-fast5: libreria per leggere file FAST5 di Oxford Nanopore -- Python 3
Python3-freecontact: fast protein contact predictor - binding for Python3
Python3-gfapy: flexible and extensible software library for handling sequence graphs
Python3-gffutils: lavorare con file GFF e GTF in un'infrastruttura a database flessibile
Python3-gtfparse: parser for gene transfer format (aka GFF2)
Python3-htseq: utilità per analizzare letture di sequenziamento ad alta efficienza del genoma per Python 3
Python3-intervaltree-bio: comode classi per alberi di intervalli per dati genomici -- libreria Python 3
Python3-kineticstools: rilevazione di modifiche al DNA (libreria Python 3)
Python3-loompy: access loom formatted files for bioinformatics
Python3-mirtop: annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming (Python 3)
Python3-nanoget: extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments
Python3-ngs: collegamenti a linguaggio per sequenziamento di prossima generazione (collegamenti Python 3)
Python3-pairix: 1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates
Python3-pangolearn: store of the trained model for pangolin to access
Python3-parasail: Python3 bindings for the parasail C library
Python3-pbcommand: interfaccia comune a riga di comando per moduli di analisi di Pacific Biosciences
Python3-pbconsensuscore: algoritmi per consenso di sequenze multiple per PacBio -- Python 3
Python3-pbcore: libreria Python 3 per elaborare file di dati PacBio
Python3-peptidebuilder: generate atomic oligopeptide 3D structure from sequence
Python3-presto: toolkit per elaborare sequenze di cellule B e T (modulo Python 3)
Python3-propka: calcoli euristici di pKa con ligandi (Python 3)
Python3-py2bit: access to 2bit files
Python3-pyabpoa: adaptive banded Partial Order Alignment - python3 module
Python3-pyani: Python3 module for average nucleotide identity analyses
Python3-pybedtools: wrapper in Python 3 intorno a BEDTools per lavori di bioinformatica
Python3-pybel: linguaggio per espressioni biologiche
Python3-pybigwig: modulo Python 3 per veloce accesso a file bigBed e bigWig
Python3-pyfaidx: accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python 3
Python3-pyfastx: fast random access to sequences from FASTA/Q file - python3 module
Python3-pymummer: interfaccia Python 3 per MUMmer
Python3-pyranges: rappresentazione 2D di intervalli genomici e delle loro annotazioni
Python3-pysam: interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)
Python3-pyspoa: Python bindings to spoa
Python3-pyvcf: analizzatore di Variant Call Format (VCF) per Python 3
Python3-rdkit: raccolta di software per chemioinformatica e apprendimento automatico
Python3-ruffus: libreria per pipeline elaborativa di Python 3 ampiamente usata in bioinformatica
Python3-screed: utilità per sequenze di letture di nucleotidi corte in Python 3
Python3-shasta: nanopore whole genome assembly (dynamic library)
Python3-skbio: strutture dati, algoritmi, risorse educative in Python 3 per bioinformatica
Python3-slow5: Python3 modul for reading & writing SLOW5 files
Python3-sqt: SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
Python3-streamz: build pipelines to manage continuous streams of data
Python3-tinyalign: rappresentazione numerica delle differenze tra stringhe
Python3-torch: Tensors and Dynamic neural networks in Python (Python Interface)
Python3-treetime: inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
Python3-unifrac: high-performance phylogenetic diversity calculations
Python3-wdlparse: analizzatore di WDL (Workflow Description Language) per Python
R-bioc-biobase: funzioni base per Bioconductor
R-cran-boolnet: assemblaggio, analisi e visualizzazione di reti booleane
R-cran-corrplot: visualizzazione di una matrice di correlazione
R-cran-distory: distanza tra storie filogenetiche per GNU R
R-cran-fitdistrplus: support fit of parametric distribution
R-cran-forecast: GNU R forecasting functions for time series and linear models
R-cran-genetics: pacchetto GNU R per genetica di popolazione
R-cran-gprofiler2: Interface to the 'g:Profiler' Toolset
R-cran-haplo.stats: pacchetto GNU R per l'analisi degli aplotipi
R-cran-metamix: GNU R bayesian mixture analysis for metagenomic community profiling
R-cran-phangorn: GNU R package for phylogenetic analysis
R-cran-pheatmap: pacchetto GNU R per creare belle mappe di calore
R-cran-phylobase: GNU R base package for phylogenetic structures and comparative data
R-cran-pscbs: R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers
R-cran-qqman: pacchetto R per visualizzare i risultati di GWAS usando grafi Q-Q e Manhattan
R-cran-rentrez: interfaccia GNU R all'API EUtils di NCBI
R-cran-rncl: interfaccia GNU R alla Nexus Class Library
R-cran-rnexml: pacchetto GNU R per I/O semanticamente ricco per il formato "NeXML"
R-cran-rotl: interfaccia GNU R all'API di "Open Tree of Life"
R-cran-samr: GNU R significance analysis of microarrays
R-cran-sctransform: Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data
R-cran-seqinr: recupero e analisi di sequenze biologiche per GNU R
R-cran-seurat: Tools for Single Cell Genomics
R-cran-tsne: t-distributed stochastic neighbor embedding per R (t-SNE)
R-cran-vegan: pacchetto per ecologia delle comunità per R
R-cran-webgestaltr: find over-represented properties in gene lists
Ruby-bio: strumenti Ruby per la biologia molecolare computazionale
Ruby-crb-blast: Run conditional reciprocal best blast
Sbmltoolbox: toolbox libsbml per Octave e MATLAB
Snakemake: sistema di gestione dei flussi di lavoro in Python
Toil: motore per flusso di lavoro multipiattaforma

Official Debian packages with lower relevance

Capsule-nextflow: strumento per pacchettizzare e mettere in produzione applicazioni Java
Conda-package-handling: creazione ed estrazione di pacchetti conda in vari formati
Ctdconverter: converte file CTD in file per lo strumento Galaxy e per CWL CommandLineTool
Cthreadpool-dev: minimal ANSI C thread pool - development files
Cwlformat: strumento per formattare codice per Common Workflow Language
Cwltest: ambiente di test per Common Workflow Language
Libargs-dev: simple header-only C++ argument parser library
Libbam-dev: manipulates nucleotide sequence alignments in BAM or SAM format
Libbbhash-dev: bloom-filter based minimal perfect hash function library
Libbifrost-dev: static library and header files for libbifrost
Libbiojava4-java: API Java per applicazioni e dati biologici (versione predefinita)
Libbiosoup-dev: C++ header-only support library for bioinformatics tools
Libbtllib-dev: libreria di codice comune di Bioinformatics Technology Lab
Libcapsule-maven-nextflow-java: packaging tool for Java applications with Maven coordinates
Libconcurrentqueue-dev: industrial-strength lock-free queue for C++
Libdisorder-dev: libreria per la misura dell'entropia di flussi di byte (sviluppo)
Libfreecontact-dev: fast protein contact predictor library - development files
Libfreecontact-doc: documentation for libfreecontact
Libfreecontact-perl: fast protein contact predictor - binding for Perl
Libgatk-bwamem-java: interfaccia per chiamare lo strumento di allineamento bwa mem di Heng Li da codice Java
Libgatk-bwamem-jni: interfaccia per chiamare lo strumento di allineamento bwa mem di Heng Li da codice Java (jni)
Libgatk-fermilite-java: interfaccia per chiamare l'assemblatore fermi-lite di Heng Li da codice Java
Libgatk-fermilite-jni: interfaccia per chiamare l'assemblatore fermi-lite di Heng Li da codice Java (jni)
Libgatk-native-bindings-java: libreria di collegamenti nativi per gatk e picard-tools
Libgenomicsdb-dev: sparse array storage library for genomics (development files)
Libgenomicsdb-java: sparse array storage library for genomics (Java library)
Libicb-utils-java: Java library of utilities to manage files and compute statistics
Libmaus2-dev: collection of data structures and algorithms for biobambam (devel)
Libmilib-java: libreria per elaborazione di dati di Next Generation Sequencing (NGS)
Libminimap-dev: header di sviluppo per libminimap
Libmodhmm-dev: library for constructing, training and scoring hidden Markov models (dev)
Libpbcopper-dev: data structures, algorithms, and utilities for C++ applications -- header files
Librostlab-blast-doc: very fast C++ library for parsing the output of NCBI BLAST programs (doc)
Librostlab-doc: C++ library for computational biology (documentation)
Libsavvy-dev: interfaccia C++ per il formato di file SAV
Libsuma-dev: headers and static library for sumatra and sumaclust
Libsvmloc-dev: PSORTb adapted library for svm machine-learning library (dev)
Libterraces-dev: enumerate terraces in phylogenetic tree space (development lib)
Libtfbs-perl: scanning DNA sequence with a position weight matrix
Libvbz-hdf-plugin-dev: VBZ compression plugin for nanopore signal data (devel)
Libxxsds-dynamic-dev: succinct and compressed fully-dynamic data structures library
Python-biopython-doc: documentazione per la libreria Biopython
Python3-alignlib: distanze di edit e di Hamming per sequenze biologiche
Python3-bel-resources: utilità Python 3 per file di risorse BEL
Python3-bioblend: libreria delle API di CloudMan e Galaxy (Python 3)
Python3-biopython-sql: gestione dello schema di database BioSQL per Biopython (Python 3)
Python3-cgelib: codice Python 3 per essere utilizzato negli strumenti CGE
Python3-conda-package-streaming: recupera metadati conda
Python3-ctdopts: conferisce agli strumenti Python un'interfaccia compatibile con CTD
Python3-intake: lightweight package for finding and investigating data
Python3-joypy: ridgeline-/joyplots plotting routine
Python3-ncls: datastructure for interval overlap queries
Python3-networkx: strumento per creare, manipolare e studiare reti complesse (Python 3)
Python3-pycosat: collegamenti Python a picosat
Python3-pyflow: leggero motore per compiti paralleli per Python
Q2-alignment: plugin di QIIME 2 per generare e manipolare allineamenti
Q2-cutadapt: plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
Q2-dada2: plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
Q2-demux: plugin QIIME 2 fare il demultiplexing delle letture di sequenze
Q2-emperor: plugin QIIME2 per visualizzazione di "ordination plot"
Q2-feature-classifier: plugin QIIME 2 per gestione di classificazione tassonomica
Q2-feature-table: plugin QIIME 2 per gestione di operazioni su tabelle di caratteristiche
Q2-fragment-insertion: plugin di QIIME 2 per inserzione di frammenti
Q2-metadata: plugin per QIIME 2 per lavorare con Metadati e visualizzarli
Q2-phylogeny: plugin QIIME 2 per filogenia
Q2-quality-control: plugin QIIME 2 per controllo qualità di dati di caratteristiche e sequenze
Q2-quality-filter: plugin QIIME 2 per filtraggio e taglio basato su PHRED
Q2-sample-classifier: plugin QIIME 2 per la predizione con apprendimento macchina di dati campionari
Q2-taxa: plugin QIIME 2 per lavorare con annotazioni tassonomiche di caratteristiche
Q2-types: plugin QIIME 2 che definisce tipi per analisi di microbioma
Q2cli: interfaccia a riga di comando basata su clic per QIIME 2
Q2templates: pacchetto per modello di struttura per plugin QIIME 2
Qiime: Quantitative Insights Into Microbial Ecology
R-bioc-affxparser: Affymetrix File Parsing SDK
R-bioc-affy: metodi BioConductor per array di oligonucleotidi dell'Affymetrix
R-bioc-affyio: strumenti BioConductor per analizzare file di dati Affymetrix
R-bioc-altcdfenvs: ambienti CDF alternativi per BioConductor
R-bioc-annotate: annotazioni BioConductor per microarray
R-bioc-annotationdbi: GNU R Annotation Database Interface per BioConductor
R-bioc-annotationhub: client GNU R per accedere a risorse AnnotationHug
R-bioc-aroma.light: BioConductor methods normalization and visualization of microarray data
R-bioc-arrayexpress: accesso al database di microarray ArrayExpress presso EBI
R-bioc-biocgenerics: funzioni generiche per Bioconductor
R-bioc-biocneighbors: Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages
R-bioc-biomart: GNU R Interface to BioMart databases (Ensembl, COSMIC, Wormbase and Gramene)
R-bioc-biomformat: pacchetto di interfaccia per GNU R per il formato di file BIOM
R-bioc-biostrings: oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche
R-bioc-biovizbase: utilità grafiche di base per GNU R per la visualizzazione di dati genomici
R-bioc-bitseq: transcript expression inference and analysis for RNA-seq data
R-bioc-bsgenome: infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings
R-bioc-cner: rilevazione e visualizzazione di CNE
R-bioc-complexheatmap: creazione di mappe di calore complesse usando GNU R
R-bioc-ctc: conversione di cluster e alberi (Cluster and Tree Conversion)
R-bioc-cummerbund: strumento per l'analisi dell'output RNA-Seq di Cufflinks
R-bioc-dada2: sample inference from amplicon sequencing data
R-bioc-deseq2: pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
R-bioc-dnacopy: R package: DNA copy number data analysis
R-bioc-ebseq: pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
R-bioc-ensembldb: utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl
R-bioc-genefilter: metodi per filtrare geni da esperimenti con microarray
R-bioc-geneplotter: pacchetto R di funzioni per disegnare dati genomici
R-bioc-genomeinfodb: utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi
R-bioc-genomicalignments: rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor
R-bioc-genomicfeatures: strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle
R-bioc-genomicranges: rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor
R-bioc-geoquery: ottiene dati da Gene Expression Omnibus (GEO) dell'NCBI
R-bioc-go.db: annotation maps describing the entire Gene Ontology
R-bioc-graph: gestisce strutture di dati di grafi per BioConductor
R-bioc-gseabase: strutture dati e metodi per arricchimento di insiemi di geni
R-bioc-gsva: Gene Set Variation Analysis for microarray and RNA-seq data
R-bioc-gviz: disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche
R-bioc-hypergraph: strutture di dati di ipergrafi per Bioconductor
R-bioc-impute: imputazione per dati di microarray
R-bioc-iranges: contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R
R-bioc-limma: modelli lineari per dati di microarray
R-bioc-makecdfenv: BioConductor CDF Environment Maker
R-bioc-mergeomics: Integrative network analysis of omics data
R-bioc-metagenomeseq: analisi statistiche per GNU R per sequenziamento sparso ad alte prestazioni
R-bioc-mofa: Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)
R-bioc-multiassayexperiment: Software for integrating multi-omics experiments in BioConductor
R-bioc-nanostringqcpro: ??? missing short description for package r-bioc-nanostringqcpro :-(
R-bioc-oligo: Preprocessing tools for oligonucleotide arrays
R-bioc-oligoclasses: Classes for high-throughput arrays supported by oligo and crlmm
R-bioc-org.hs.eg.db: annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo
R-bioc-pcamethods: BioConductor collection of PCA methods
R-bioc-phyloseq: gestione ed analisi per GNU R di dati di censimenti di microbiomi ad alte prestazioni
R-bioc-preprocesscore: raccolta di funzioni di pre-elaborazione per BioConductor
R-bioc-purecn: copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing
R-bioc-qusage: qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression
R-bioc-rbgl: interfaccia R agli algoritmi per grafi contenuti nella libreria BOOST
R-bioc-rsamtools: allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R
R-bioc-rtracklayer: interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione
R-bioc-s4vectors: BioConductor S4 implementation of vectors and lists
R-bioc-savr: analisi di file SAV di Illumina per GNU R
R-bioc-shortread: classi e metodi GNU R per grosse moli di dati di sequenziamento short-read
R-bioc-snpstats: classi e metodi SnpMatrix e XSnpMatrix per BioConductor
R-bioc-structuralvariantannotation: Variant annotations for structural variants
R-bioc-tfbstools: GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis
R-bioc-titancna: Subclonal copy number and LOH prediction from whole genome sequencing
R-bioc-tximport: transcript-level estimates for biological sequencing
R-bioc-variantannotation: annotazione di varianti genetiche per BioConductor
R-bioc-xvector: rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor
R-cran-adegenet: analisi esplorative di GNU R per dati genetici e genomici
R-cran-adephylo: analisi esplorative per GNU R per il metodo di confronto filogenetico
R-cran-amap: un altro pacchetto di analisi multidimensionale
R-cran-biwt: biweight mean vector and covariance and correlation
R-cran-dt: wrapper GNU R della libreria JavaScript "DataTables"
R-cran-dynamictreecut: Methods for Detection of Clusters in Hierarchical Clustering
R-cran-fastcluster: funzioni veloci di raggruppamento in cluster gerarchico per GNU R
R-cran-future.apply: apply function to elements in parallel using futures
R-cran-future.batchtools: Future API for Parallel and Distributed Processing
R-cran-ica: Independent Component Analysis
R-cran-itertools: strumenti per iteratori
R-cran-kaos: Encoding of Sequences Based on Frequency Matrix Chaos
R-cran-metap: Meta-Analysis of Significance Values
R-cran-minerva: Maximal Information-Based Nonparametric Exploration
R-cran-natserv: interfaccia GNU R a "NatureServe"
R-cran-nmf: GNU R framework to perform non-negative matrix factorization
R-cran-optimalcutpoints: calcolo dei punti di cut-off ottimali in test diagnostici
R-cran-parmigene: Parallel Mutual Information to establish Gene Networks
R-cran-pcapp: Robust PCA by Projection Pursuit
R-cran-proc: Display and Analyze ROC Curves
R-cran-rann: Fast Nearest Neighbour Search Using L2 Metric
R-cran-rcpphnsw: R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors
R-cran-robustrankaggreg: metodi per robusta aggregazione di ranghi
R-cran-rocr: pacchetto GNU R per preparare e visualizzare curve ROC
R-cran-rook: web server interface for R
R-cran-rsvd: Randomized Singular Value Decomposition
R-cran-shazam: Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
R-cran-sitmo: GNU R parallel pseudo random number generator 'sitmo' header files
R-cran-venndiagram: genera diagrammi di Venn e Eulero ad alta risoluzione
Ruby-rgfa: parse, edit and write GFA format graphs in Ruby

Debian packages in contrib or non-free

Python3-bcbio: libreria per analizzare dati di sequenziamento ad alte prestazioni
Python3-seqcluster: analysis of small RNA in NGS data
Vdjtools: framework for post-analysis of B/T cell repertoires

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Libatomicqueue-dev: devel files for C++ atomic_queue library
Libfast-perl: FAST Analysis of Sequences Toolbox
Libforester-java: Libraries for evolutionary biology and comparative genomics research
Libnexml-java: Java API for NeXML
Python3-compclust: explore and quantify relationships between clustering results
Python3-consensuscore2: generate consensus sequences for PacBio data -- Python 3
Python3-galaxy-lib: Subset of Galaxy core code base designed to be used
Python3-misopy: Mixture of Isoforms model for RNA-Seq isoform quantitation (Python 3)
Python3-scanpy: Single-Cell Analysis in Python
Q2-composition: QIIME2 plugin for Compositional statistics
Q2-deblur: QIIME2 plugin to wrap the Deblur software for sequence quality control
Q2-diversity: QIIME2 plugin for core diversity analysis
Q2-gneiss: QIIME2 plugin for Compositional Data Analysis and Visualization
Q2-longitudinal: QIIME2 plugin for longitudinal studies and paired comparisons
Q2-vsearch: QIIME 2 plugin for clustering and dereplicating with vsearch
R-bioc-bridgedbr: identifier mapping between biological databases
R-cran-drinsight: drug repurposing on transcriptome sequencing data
R-other-apmswapp: GNU R Pre- and Postprocessing For Affinity Purification Mass Spectrometry

No known packages available

Bioclipse: platform for chemo- and bioinformatics based on Eclipse
Octace-bioinfo: Bioinformatics manipulation for Octave

Next generation sequencing - Debian Med bioinformatics applications usable in Next Generation Sequencing

It aims at gettting packages which specialize in the processing or interpretation of data generated with next- (and later-) generation high-thoughput sequencing technologies.

Official Debian packages with high relevance

Anfo: strumento per allineare/mappare letture corte da MPG
Arden: controllo di specificità per allineamento di letture che usa un riferimento artificiale
Art-nextgen-simulation-tools: strumenti di simulazione per generare letture sintetiche di sequenziamento di prossima generazione
Artfastqgenerator: produce in output file FASTQ artificiali derivati da un genoma di riferimento
Bamtools: toolkit per manipolare file BAM (allineamento di genoma)
Bcftools: identificazione di varianti genomiche e manipolazione di file VCF/BCF
Bedtools: suite di utilità per confrontare tratti genomici
Berkeley-express: quantificazione in streaming per sequenziamento ad alte prestazioni
Bio-rainbow: raggruppamento in cluster e assemblaggio di letture corte per bioinformatica
Blasr: mappatura di letture di sequenziamento di singole molecole
Bowtie: allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria
Bowtie2: allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente
Bwa: Burrows-Wheeler Aligner
Canu: assemblatore di sequenze di molecole singole per genomi
Changeo: toolkit per assegnazione di repertori clonali (Python 3)
Crac: analisi integrata di letture RNA-Seq
Cutadapt: pulisce sequenze biologiche provenienti da letture di sequenziamento ad alte prestazioni
Daligner: rilevazione di allineamenti locali tra letture lunghe di sequenze nucleotidiche
Deepnano: strumento di identificazione basi alternativo per letture MinION di sequenze genomiche
Discosnp: scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze
Dnaclust: strumento per raggruppare in cluster milioni di corte sequenze di DNA
Dwgsim: simulatore di letture corte di sequenziamento
Ea-utils: strumenti a riga di comando per elaborare dati di sequenziamento biologici
Fastaq: strumenti per manipolare file FASTA e FASTQ
Fastp: preprocessore di FASTQ ultraveloce tutto in uno
Fastqc: controllo di qualità per elevati flussi di dati di sequenze
Flexbar: rimozione flessibile di codice a barre e adattatore per piattaforme di sequenziamento
Fml-asm: strumento per assemblare letture corte Illumina in piccole regioni
Fsm-lite: ricerca di stringhe basata sulla frequenza (lite)
Giira: ricerca di geni che incorpora letture ambigue guidata da RNA-Seq
Grinder: versatile simulatore di letture di sequenziamento "omiche" shotgun e di ampliconi
Hilive: allineamento in tempo reale di letture Illumina
Hinge: assemblatore di letture lunghe del genoma basato su hinging
Hisat2: allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi
Idba: assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di letture corte
Igdiscover: analizza repertori di anticorpi per trovare nuovi geni V
Igor: inferisce processi di ricombinazione V(D)J da dati di sequenziamento
Igv: Integrative Genomics Viewer
Iva: assemblatore iterativo di sequenze di virus
Khmer: attraversamento grafi, filtri e conteggi in memoria di k-meri in sequenze di DNA
Kissplice: rilevamento di vari tipi di polimorfismi in dati RNA-Seq
Kraken: assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA
Kraken2: taxonomic classification system using exact k-mer matches
Last-align: confronto di sequenze biologiche su scala genomica
Libvcflib-tools: libreria C++ per analizzare e manipolare file VCF (strumenti)
Macs: analisi basata su modelli di ChIP-Seq su sequenziatori di letture corte
Mapdamage: tracciamento e quantificazione di modelli di danno in sequenze di DNA antico
Mapsembler2: software per assemblaggio pensato per la bioinformatica
Maq: mappatura di corte sequenze di lunghezza fissa di DNA polimorfo su sequenze di riferimento
Maqview: visualizzatore grafico di allineamento di letture per brevi sequenze geniche
Mhap: hash con sensibilità locale per rilevare sovrapposizioni di letture lunghe
Microbiomeutil: utilità per analisi di microbioma
Mira-assembler: assemblatore di sequenze di genomi interi con metodo shotgun e di EST
Mothur: suite di analisi di sequenze per ricerche su microrganismi
Nanopolish: identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori
Paleomix: pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data
Pbhoney: genomic structural variation discovery
Pbjelly: strumento per aggiornare assemblati di genoma
Pbsuite: software per dati di sequenziamento di Pacific Biosciences
Picard-tools: strumenti a riga di comando per manipolare file SAM e BAM
Pirs: Profile based Illumina pair-end Reads Simulator
Pizzly: Identifies gene fusions in RNA sequencing data
Placnet: progetto Plasmid Constellation Network
Poretools: toolkit per dati Nanopore di sequenziamento di nucleotidi
Python3-airr: Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences
Python3-gffutils: lavorare con file GFF e GTF in un'infrastruttura a database flessibile
Python3-presto: toolkit per elaborare sequenze di cellule B e T (modulo Python 3)
Python3-pybedtools: wrapper in Python 3 intorno a BEDTools per lavori di bioinformatica
Python3-sqt: SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data
Q2cli: interfaccia a riga di comando basata su clic per QIIME 2
Qcumber: controllo di qualità di sequenze genomiche
Qiime: Quantitative Insights Into Microbial Ecology
Quorum: QUality Optimized Reads di sequenze genomiche
R-bioc-deseq2: pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale
R-bioc-edger: analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R
R-bioc-hilbertvis: pacchetto GNU R per visualizzare dati vettoriali lunghi
R-bioc-metagenomeseq: analisi statistiche per GNU R per sequenziamento sparso ad alte prestazioni
R-bioc-rsubread: Subread Sequence Alignment and Counting for R
R-cran-alakazam: analisi di linee clonali e diversità per immunoglobuline
R-cran-shazam: Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
R-cran-tcr: Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires
R-cran-tigger: Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data
Rna-star: allineatore universale e ultraveloce di sequenziamento di RNA
Rtax: classificazione di letture di sequenze di geni per RNA ribosomiale 16S
Salmon: wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
Sambamba: strumenti per lavorare con dati SAM/BAM
Samblaster: marks duplicates, extracts discordant/split reads
Samtools: elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
Scoary: studi di associazione per intero pangenoma
Scythe: strumento bayesiano di taglio di adattatori per letture di sequenze
Seqprep: rimozione di adattatori e/o unione di letture accoppiate di sequenze di DNA con sovrapposizioni
Seqtk: strumento veloce e leggero per elaborare sequenze in formato FASTA o FASTQ
Sga: assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe
Sickle: windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
Smalt: strumento per mappatura e allineamento di sequenze
Smrtanalysis: suite software per sequenziamento in tempo reale di molecole singole
Snap-aligner: programma scalabile per allineamento di nucleotidi
Sniffles: strumento per identificare varianti strutturali usando sequenziamento di terza generazione
Snp-sites: codice binario per il pacchetto snp-sites
Snpomatic: software per mappatura di letture corte veloce e stringente
Soapdenovo: metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
Soapdenovo2: metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
Sortmerna: strumento per filtraggio, mappatura e scelta di OTU per letture NGS
Spades: assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati
Sprai: single-pass sequencing read accuracy improver
Sra-toolkit: utilità per Sequence Read Archive di NCBI
Srst2: tipizzazione di sequenze di letture corte per batteri patogeni
Ssake: applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA
Stacks: pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stringtie: assemble short RNAseq reads to transcripts
Subread: toolkit per elaborare dati di sequenziamento di nuova generazione
Sumaclust: raggruppamento veloce in cluster di sequenze genomiche
Sumatra: confronto e raggruppamento in cluster di sequenze veloci ed esatti
Tabix: indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB
Transrate-tools: ausilio per transrate
Trimmomatic: strumento flessibile per il taglio di letture per i dati NGS di Illumina
Trinityrnaseq: assemblati de novo di RNA-Seq
Uc-echo: algoritmo a correzione di errore progettato per letture corte per NGS
Vcftools: raccolta di strumenti per lavorare con file VCF
Velvet: assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte
Velvet-long: assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte, versione lunga
Velvetoptimiser: ottimizza automaticamente i parametri per assemblaggio de novo di Velvet
Vsearch: strumento per elaborare sequenze metagenomiche
Wham-align: Wisconsin's High-Throughput Alignment Method
Wigeon: reimplementazione dell'utilità Pintail di rilevazione di anomalie nel DNA 16S

Official Debian packages with lower relevance

Nanolyse: rimuove le letture del fago lambda da un file fastq
Python3-anndata: annotated gene by sample numpy matrix
R-bioc-isoformswitchanalyzer: Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and

Debian packages in contrib or non-free

Bcbio: toolkit for analysing high-throughput sequencing data
Cufflinks: Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
Vdjtools: framework for post-analysis of B/T cell repertoires

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Graphmap2: highly sensitive and accurate mapper for long, error-prone reads
Mosaik-aligner: reference-guided aligner for next-generation sequencing
Nanoplot: plotting scripts for long read sequencing data
R-bioc-mofa2: Multi-Omics Factor Analysis v2
Umap: quantify genome and methylome mappability

No known packages available

Annovar: annotate genetic variants detected from diverse genomes
Forge: genome assembler for mixed read types

Phylogeny - Debian Med phylogeny packages

This lists Debian packages related to phylogeny for use in life sciences. The purpose of this compilation of packages is to have a handy subset of from the med-bio metapackage which contains a lot more than only phylogeny related software.

Official Debian packages with high relevance

Altree: programma per effettuare analisi di associazioni e localizzazioni basate su filogenesi
Beast-mcmc: inferenza filogenetica bayesiana MCMC
Clustalw: allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
Clustalx: allineamento multiplo di sequenze di acidi nucleici e di proteine (interfaccia grafica)
Dialign: allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Dialign-tx: allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Exonerate: strumento generico per il confronto di sequenze di coppie
Fastdnaml: strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA
Fasttree: phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
Figtree: visualizzatore grafico di alberi filogenetici
Gmap: allineamento tollerante agli SNP e con splicing per mRNA e letture corte
Hmmer: profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
Iqtree: efficiente software filogenetico per massima verosimiglianza
Jmodeltest: selezione HPC di modelli di sostituzione di nucleotide
Kalign: allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
Mrbayes: inferenza bayesiana per filogenetica
Muscle: programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Muscle3: programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Mustang: allineamento strutturale multiplo di proteine
Njplot: programma per disegnare alberi filogenetici
Phylip: pacchetto di programmi per inferire alberi filogenetici
Phyml: stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza
Poa: Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
Populations: software di genetica delle popolazioni
Pplacer: phylogenetic placement and downstream analysis
Proalign: programma per allineamenti multipli probabilistici
Probalign: allineamento di sequenze multiple usando le probabilità a posteriori della funzione di ripartizione
Probcons: allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
Proda: allineamento multiplo di sequenze proteiche
Prottest: selezione di modelli di best-fit per evoluzione di proteine
Quicktree: algoritmo di unione dei vicini per filogenie
Seaview: interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
Sigma-align: semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
Spread-phy: analizza e visualizza ricostruzioni filogeografiche
T-coffee: allineamento di sequenze multiple
Tm-align: allineamento strutturale di proteine
Tree-ppuzzle: ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Tree-puzzle: ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Treeview: re-implementazione in Java di TreeView di Michael Eisen
Treeviewx: visualizza e stampa alberi filogenetici
Veryfasttree: velocizzazione della stima di alberi filogenetici da sequenze

Official Debian packages with lower relevance

Python3-treetime: inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Forester: Graphical vizualiation tool Archaeopteryx
Patristic: Calculate patristic distances and comparing the components of genetic change

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Phylowin: Graphical interface for molecular phylogenetic inference

No known packages available

Gbioseq: DNA sequence editor for Linux
Jstreeview: Editor for Phylogenetic Trees
Phpphylotree: draw phylogenetic trees
Treetime: Bayesian sampling of phylogenetic trees from molecular data

Cloud - applicazioni di bioinformatica per Debian Med utilizzabili nel cloud computing

Questo pacchetto installa i pacchetti Debian relativi alla biologia molecolare, alla biologia strutturale e alla bioinformatica per un uso nelle scienze della vita, che non dipendono da toolkit grafici e che quindi possono stare su immagini di sistema per un uso su computer del cloud computing dove lo spazio può essere limitato.

Official Debian packages with high relevance

Abyss: assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte
Acedb-other: scarica sequenze di proteine o DNA
Aevol: modello digitale di genetica per condurre esperimenti di evoluzione in silico
Alien-hunter: Interpolated Variable Order Motif per identificare DNA acquisito orizzontalmente
Altree: programma per effettuare analisi di associazioni e localizzazioni basate su filogenesi
Amap-align: allineamenti multipli di proteine con appaiamento di sequenze
Ampliconnoise: rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454
Anfo: strumento per allineare/mappare letture corte da MPG
Aragorn: rilevamento di tRNA e tmRNA in sequenze nucleotidiche
Arden: controllo di specificità per allineamento di letture che usa un riferimento artificiale
Autodock: analisi dei legami dei ligandi alla struttura di una proteina
Autodock-vina: docking di molecole piccole su proteine
Autogrid: pre-calcola il legame di legandi ai loro recettori
Bamtools: toolkit per manipolare file BAM (allineamento di genoma)
Bedtools: suite di utilità per confrontare tratti genomici
Bioperl: strumenti Perl per biologia molecolare computazionale
Bioperl-run: wrapper BioPerl: script
Biosquid: utilità per l'analisi di sequenze biologiche
Blast2: pacchetto fittizio di transizione per ncbi-blast+-legacy
Bowtie: allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria
Bowtie2: allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente
Boxshade: belle stampe di allineamenti multisequenza
Bwa: Burrows-Wheeler Aligner
Cassiopee: strumento per indici e ricerche in sequenze genomiche
Cd-hit: suite di programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze
Cdbfasta: strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA
Circos: disegnatore per visualizzare i dati
Clearcut: ricostruzione estremamente efficiente di alberi filogenetici
Clonalframe: inferenza della microevoluzione batterica usando dati di sequenze multi-loci
Clustalo: programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine
Clustalw: allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
Concavity: predizione dei siti di legame di proteine con ligandi da struttura e conservazione
Conservation-code: strumento per punteggio di conservazione per le sequenze di proteine
Datamash: strumento per statistiche con interfaccia a riga di comando
Dialign: allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Dialign-tx: allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Discosnp: scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze
Disulfinder: predittore della connettività e stato di legame del ponte disulfuro di cisteine
Dnaclust: strumento per raggruppare in cluster milioni di corte sequenze di DNA
Dssp: assegnazione della struttura secondaria di una proteina in base alla struttura 3D
Embassy-domainatrix: comandi EMBOSS extra per gestire file di classificazione di domini
Embassy-domalign: comandi EMBOSS extra per allineamento di domini di proteine
Embassy-domsearch: comandi EMBOSS extra per cercare domini proteici
Emboss: suite software open source europea per la biologia molecolare
Exonerate: strumento generico per il confronto di sequenze di coppie
Fastdnaml: strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA
Fastlink: versione più veloce dei programmi di Linkage per pedigree
Fastqc: controllo di qualità per elevati flussi di dati di sequenze
Fasttree: phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
Fitgcp: fit di distribuzioni di copertura del genoma con modelli di mistura
Flexbar: rimozione flessibile di codice a barre e adattatore per piattaforme di sequenziamento
Freecontact: fast protein contact predictor
Gasic: correzione della similarità dell'abbondanza del genoma
Genometools: toolkit versatile per analisi genomiche
Gff2aplot: grafici di allineamento di coppie per sequenze genomiche in PostScript
Gff2ps: produce PostScript grafico da file GFF
Giira: ricerca di geni che incorpora letture ambigue guidata da RNA-Seq
Glam2: motivi proteici con interruzioni da sequenze non allineate
Gmap: allineamento tollerante agli SNP e con splicing per mRNA e letture corte
Grinder: versatile simulatore di letture di sequenziamento "omiche" shotgun e di ampliconi
Gromacs: simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
Hhsuite: sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
Hisat2: allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi
Hmmer: profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
Idba: assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di letture corte
Infernal: inferenza degli allineamenti strutturali secondari dell'RNA
Jellyfish: conta i k-meri in sequenze di DNA
Kalign: allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
Kissplice: rilevamento di vari tipi di polimorfismi in dati RNA-Seq
Last-align: confronto di sequenze biologiche su scala genomica
Loki: analisi MCMC di linkage in generici alberi genealogici
Macs: analisi basata su modelli di ChIP-Seq su sequenziatori di letture corte
Mafft: programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
Mapsembler2: software per assemblaggio pensato per la bioinformatica
Maq: mappatura di corte sequenze di lunghezza fissa di DNA polimorfo su sequenze di riferimento
Melting: calcola la temperatura di fusione di doppie eliche di acidi nucleici
Minia: assemblatore di sequenze biologiche a letture corte
Mipe: strumenti per archiviare dati derivanti da PCR
Mira-assembler: assemblatore di sequenze di genomi interi con metodo shotgun e di EST
Mlv-smile: trova schemi statisticamente significativi in sequenze
Mothur: suite di analisi di sequenze per ricerche su microrganismi
Mrbayes: inferenza bayesiana per filogenetica
Mummer: Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
Muscle: programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Muscle3: programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Mustang: allineamento strutturale multiplo di proteine
Ncbi-epcr: strumento per testare la presenza di STS in sequenze di DNA
Ncbi-tools-bin: librerie NCBI per applicazioni biologiche (utilità testuali)
Ncoils: predizione della struttura secondaria di una spirale superavvolta
Neobio: calcola allineamenti di sequenze di nucleotidi e aminoacidi
Paraclu: raggruppamento in cluster parametrico di caratteristiche genomiche e transcrittomiche
Parsinsert: INSERimenTo PARSimonioso di sequenze non classificate in alberi filogenetici
Pdb2pqr: preparazione di strutture di proteine per calcoli elettrostatici
Perm: mappatura efficiente di letture brevi con semi spaziati periodicamente
Phyml: stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza
Phyutility: semplici analisi o modifica di alberi filogenetici e matrici di dati
Picard-tools: strumenti a riga di comando per manipolare file SAM e BAM
Plink: insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Plink1.9: insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Plink2: insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Poa: Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
Prank: kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
Prime-phylo: stima bayesiana di alberi genetici che tiene in considerazione l'albero delle specie
Primer3: strumento per progettare oligonucleotidi fiancheggianti per amplificazione di DNA
Probabel: insieme di strumenti per analisi di associazione a livello di genoma
Probcons: allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
Proda: allineamento multiplo di sequenze proteiche
Prodigal: programma per trovare geni microbici (di batteri e archeobatteri)
Python3-biomaj3-cli: client BioMAJ
Python3-biopython: libreria Python 3 per bioinformatica
Python3-cogent3: infrastruttura per biologia genomica
Qiime: Quantitative Insights Into Microbial Ecology
R-bioc-edger: analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R
R-bioc-hilbertvis: pacchetto GNU R per visualizzare dati vettoriali lunghi
R-cran-pvclust: cluster gerarchici con p-value attraverso metodo bootstrap multiscala
R-cran-qtl: pacchetto GNU R per analisi di linkage dei marcatori genetici
R-cran-vegan: pacchetto per ecologia delle comunità per R
R-other-mott-happy.hbrem: pacchetto GNU R per mappatura fine di malattie complesse
Raster3d: strumenti per generare immagini di proteine o di altre molecole
Readseq: conversione tra formati di sequenze
Rnahybrid: predizione veloce ed efficace di doppiette microRNA/obiettivo
Rtax: classificazione di letture di sequenze di geni per RNA ribosomiale 16S
Samtools: elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
Seqan-apps: libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche
Sibsim4: allinea sequenze RNA espresse su un modello DNA
Sigma-align: semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
Sim4: strumento per allineare cDNA e DNA genomico
Smalt: strumento per mappatura e allineamento di sequenze
Snap: posizione di geni da sequenze di DNA con modelli di Markov nascosti
Soapdenovo: metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
Soapdenovo2: metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
Squizz: convertitore per sequenze e allineamenti generici
Sra-toolkit: utilità per Sequence Read Archive di NCBI
Ssake: applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA
Staden-io-lib-utils: programmi per manipolare file di sequenziamento del DNA
T-coffee: allineamento di sequenze multiple
Tabix: indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB
Theseus: sovrappone macromolecole usando la massima verosimiglianza
Tigr-glimmer: rilevamento di geni in archibatteri e batteri
Tree-ppuzzle: ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Tree-puzzle: ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Vcftools: raccolta di strumenti per lavorare con file VCF
Velvet: assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte
Veryfasttree: velocizzazione della stima di alberi filogenetici da sequenze
Wise: confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche

Debian packages in contrib or non-free

Cufflinks: Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
Embassy-phylip: EMBOSS conversions of the programs in the phylip package

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Bagpipe: genomewide LD mapping

Content management - Debian Med content management systems

Here you can find software that is useful to build a content management system for medical care.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Xnat: platform for data management and productivity tasks in neuroimaging
Zope-zms: Content management for science, technology and medicine

No known packages available

Hid: database management system for clinical imaging

Covid-19 - This task exists only for tagging COVID-19 relevant cases

The Debian Med team intends to take part at the

 COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
This task was created only for the purpose to list relevant packages.

Official Debian packages with high relevance

Abacas: chiude vuoti in allineamenti genomici da letture corte
Abyss: assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte
Allelecount: algoritmi per numeri di copie NGS
Assembly-stats: ottiene statistiche sugli assemblaggi da file FASTA e FASTQ
Augur: componenti della catena di elaborazione di dati per analisi in tempo reale di virus
Bamclipper: rimuove sequenze primer specifiche di geni da allineamenti SAM/BAM
Bamkit: strumenti per comuni manipolazioni di file BAM
Bbmap: BBTools genomic aligner and other tools for short sequences
Bcalm: compattamento de Bruijn in poca memoria
Bcftools: identificazione di varianti genomiche e manipolazione di file VCF/BCF
Bedtools: suite di utilità per confrontare tratti genomici
Biobambam2: strumenti per elaborare file di allineamento a livello iniziale
Bowtie2: allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente
Busco: insiemi per benchmark di ortologhi universali a singola copia
Bustools: programma per manipolare file BUS per insiemi di dati RNA-Seq di cellule singole
Bwa: Burrows-Wheeler Aligner
Cat-bat: taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)
Centrifuge: sistema rapido ed efficiente nell'uso della memoria per classificare sequenze di DNA
Changeo: toolkit per assegnazione di repertori clonali (Python 3)
Chip-seq: tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks
Clonalframeml: efficiente inferenza di ricombinazione in genomi interi di batteri
Conquest-common: server ConQuest DICOM - file comuni
Cutadapt: pulisce sequenze biologiche provenienti da letture di sequenziamento ad alte prestazioni
Cwltool: implementazione di riferimento di Common Workflow Language
Dcmtk: programmi a riga di comando del toolkit OFFIS DICOM
Delly: Structural variant discovery by read analysis
Dextractor: (d)extractor and compression command library
Diamond-aligner: allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST
Discosnp: scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze
Drop-seq-tools: analisi di dati Drop-seq
Epigrass: strumento scientifico di simulazione/analisi per scenari epidemiologici in rete
Fasta3: tools for searching collections of biological sequences
Fastani: calcolo veloce senza allineamento dell'identità nucleotidica media di interi genomi
Fastp: preprocessore di FASTQ ultraveloce tutto in uno
Fastqc: controllo di qualità per elevati flussi di dati di sequenze
Filtlong: strumento per filtrare la qualità di letture lunghe di sequenze di genoma
Flash: Fast Length Adjustment of SHort reads
Flye: de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
Freebayes: scoperta e genotipizzazione bayesiana di polimorfismo basati su aplotipi
Genometools: toolkit versatile per analisi genomiche
Gffread: conversioni di formati GFF/GTF, filtraggio di regioni, estrazione di sequenze FASTA
Ginkgocadx: software per immagini medicali e visualizzatore di DICOM completo
Gnumed-client: gestione della pratica medica - client
Gnumed-server: gestione della pratica medica - server
Gromacs: simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
Gubbins: analisi filogenetica di sequenze di genoma
Imagej: programma di elaborazione delle immagini pensato per immagini di microscopia
Ivar: funzioni largamente utili per sequenziamento di virus basato su ampliconi
Kalign: allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
Kallisto: near-optimal RNA-Seq quantification
Kraken2: taxonomic classification system using exact k-mer matches
Lastz: allineamento di coppie di sequenze di DNA
Libbbhash-dev: bloom-filter based minimal perfect hash function library
Libchipcard-dev: API per lettori di smart card
Libgclib-dev: header files for Genome Code Lib (GCLib)
Libgdcm-tools: strumenti e utilità per Grassroots DiCoM
Libhtscodecs-dev: Development headers for custom compression for CRAM and others
Libics-dev: Image Cytometry Standard file reading and writing (devel)
Libmaus2-dev: collection of data structures and algorithms for biobambam (devel)
Libmilib-java: libreria per elaborazione di dati di Next Generation Sequencing (NGS)
Libseqan3-dev: libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche v3 (sviluppo)
Lighter: fast and memory-efficient sequencing error corrector
Lumpy-sv: infrastruttura probabilistica generica per scoperta di varianti strutturali
Mecat2: ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads
Megahit: ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler
Metabat: robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data
Minia: assemblatore di sequenze biologiche a letture corte
Minimap2: allineatore a coppie versatile per sequenze genomiche e nucleotidiche con splice
Mmb: modella la struttura e la dinamica di macromolecole
Mmseqs2: raggruppamento in cluster e ricerca di proteine ultra-veloce e sensibile
Multiqc: output integration for RNA sequencing across tools and samples
Muscle: programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Muscle3: programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Nanofilt: filtraggio e ritaglio di dati di sequenziamento con letture lunghe
Nanolyse: rimuove le letture del fago lambda da un file fastq
Nanook: analisi pre- e post-allineamento di dati di sequenziamento Nanopore
Nanopolish: identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori
Nanosv: structural variant caller for nanopore data
Ncbi-blast+: suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST
Ngmlr: CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads
Nthash: metodi per valutare tempo di esecuzione e test di uniformità per metodi per hash
Odil: libreria C++11 per lo standard DICOM (applicazione)
Orthanc: server DICOM leggero e RESTful per immagini medicali
Orthanc-dicomweb: plugin per estendere Orthanc con la gestione di WADO e DICOMweb
Orthanc-python: sviluppo di plugin per Orthanc usando il linguaggio di programmazione Python
Orthanc-wsi: Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)
Paleomix: pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data
Parallel-fastq-dump: wrapper parallelo di fastq-dump
Parasail: allineatore basato su libparasail
Picard-tools: strumenti a riga di comando per manipolare file SAM e BAM
Picopore: lossless compression of Nanopore files
Pigx-rnaseq: pipeline for checkpointed and distributed RNA-seq analyses
Pinfish: Collection of tools to annotate genomes using long read transcriptomics data
Plasmidid: mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool
Plink1.9: insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Plink2: insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Plip: strumento di profilazione dell'interazione proteina-ligando completamente automatizzato
Porechop: adapter trimmer for Oxford Nanopore reads
Poretools: toolkit per dati Nanopore di sequenziamento di nucleotidi
Pplacer: phylogenetic placement and downstream analysis
Presto: toolkit per elaborare sequenze di cellule B e T
Prinseq-lite: dati per PReprocessing and INformation of SEQuence (versione leggera)
Prokka: annotazione rapida di genomi di procarioti
Proteinortho: rilevazione di (co-)ortologhi in analisi su vasta scala di proteine
Pybedtools-bin: script prodotti per pybedtools
Pycoqc: computes metrics and generates Interactive QC plots
Pyomo: PYthon Optimization Modeling Objects
Python3-biom-format: formato BIOM (Biological Observation Matrix) (Python 3)
Python3-biopython: libreria Python 3 per bioinformatica
Python3-bx: library to manage genomic data and its alignment
Python3-cgecore: modulo Python 3 per il Center for Genomic Epidemiology
Python3-cogent3: infrastruttura per biologia genomica
Python3-cooler: library for a sparse, compressed, binary persistent storage
Python3-cyvcf2: VCF parser based on htslib (Python 3)
Python3-depinfo: ottiene e stampa dipendenze di pacchetti Python 3
Python3-drmaa: interfaccia per sistemi di gestione di risorse distribuite conformi a DRMAA
Python3-etelemetry: leggero client Python 3 per comunicare con il server etelemetry
Python3-gffutils: lavorare con file GFF e GTF in un'infrastruttura a database flessibile
Python3-htseq: utilità per analizzare letture di sequenziamento ad alta efficienza del genoma per Python 3
Python3-nanoget: extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments
Python3-nanomath: simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts
Python3-pairix: 1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates
Python3-pairtools: infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C
Python3-pauvre: QC and genome browser plotting Oxford Nanopore and PacBio long reads
Python3-pbcommand: interfaccia comune a riga di comando per moduli di analisi di Pacific Biosciences
Python3-pbcore: libreria Python 3 per elaborare file di dati PacBio
Python3-pyani: Python3 module for average nucleotide identity analyses
Python3-pychopper: identify, orient and trim full-length Nanopore cDNA reads
Python3-pydicom: lettura e scrittura di file medicali DICOM (Python 3)
Python3-pyfaidx: accesso casuale efficiente per sottosequenze FASTA in Python 3
Python3-pynn: simulator-independent specification of neuronal network models
Python3-pysam: interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)
Python3-questplus: QUEST+ implementation in Python3
Python3-scitrack: libreria Python 3 per tenere traccia di dati scientifici
Python3-screed: utilità per sequenze di letture di nucleotidi corte in Python 3
Python3-seirsplus: Models of SEIRS epidemic dynamics with extensions
Python3-streamz: build pipelines to manage continuous streams of data
Python3-tinyalign: rappresentazione numerica delle differenze tra stringhe
Python3-toolz: strumenti per elaborare liste e utilità funzionali
Python3-torch: Tensors and Dynamic neural networks in Python (Python Interface)
Python3-tornado: server web scalabile e non bloccante, e strumenti - pacchetto Python 3
Python3-treetime: inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
Python3-typed-ast: AST con gestione dei commenti type secondo PEP 484
Python3-vcf: analizzatore di Variant Call Format (VCF) per Python 3
Q2-cutadapt: plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze
Q2-feature-table: plugin QIIME 2 per gestione di operazioni su tabelle di caratteristiche
Q2-quality-filter: plugin QIIME 2 per filtraggio e taglio basato su PHRED
Qcat: demultiplexing di letture Oxford Nanopore da file FASTQ
Quicktree: algoritmo di unione dei vicini per filogenie
R-bioc-htsfilter: GNU R filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data
R-bioc-limma: modelli lineari per dati di microarray
R-bioc-mutationalpatterns: GNU R comprehensive genome-wide analysis of mutational processes
R-bioc-pwmenrich: PWM enrichment analysis
R-bioc-rcpi: molecular informatics toolkit for compound-protein interaction
R-bioc-rgsepd: GNU R gene set enrichment / projection displays
R-bioc-rsamtools: allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R
R-bioc-tcgabiolinks: GNU R/Bioconductor package for integrative analysis with GDC data
R-cran-alakazam: analisi di linee clonali e diversità per immunoglobuline
R-cran-covid19us: casi di COVID-19 negli Stati Uniti preparati per GNU R
R-cran-diagnosismed: toolkit per analisi di accuratezza per test diagnostici medicali
R-cran-epi: analisi epidemiologica GNU R
R-cran-epibasix: funzioni epidemiologiche elementari per GNU R
R-cran-epicalc: calcolatore epidemiologico per GNU R
R-cran-epiestim: GNU R estimate time varying reproduction numbers from rpidemic curves
R-cran-epir: funzioni GNU R per analisi di dati epidemiologici
R-cran-epitools: strumenti GNU R per epidemiologia per dati e grafici
R-cran-hms: ora del giorno bella per GNU R
R-cran-incidence: calcolo, gestione, disegno e modellazione in GNU R dell'incidenza di eventi con data
R-cran-kernelheaping: GNU R kernel density estimation for heaped and rounded data
R-cran-lexrankr: extractive summarization of text with the LexRank algorithm
R-cran-mediana: simulazione di studi clinici
R-cran-msm: modelli multistato di Markov e di Markov nascosti in tempo continuo per GNU R
R-cran-qtl: pacchetto GNU R per analisi di linkage dei marcatori genetici
R-cran-seroincidence: strumento GNU R per calcolare la sieroincidenza
R-cran-sf: Simple Features for R
R-cran-shazam: Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
R-cran-sjplot: GNU R data visualization for statistics in social science
R-cran-spp: GNU R ChIP-seq processing pipeline
R-cran-stringi: funzionalità per elaborazione di stringhe di caratteri per GNU R
R-cran-surveillance: pacchetto GNU R per la modellazione e il monitoraggio di fenomeni epidemici
R-cran-tigger: Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data
R-other-ascat: Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumours
Ragout: Reference-Assisted Genome Ordering UTility
Readucks: Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)
Recan: disegno della distanza genetica per analisi di eventi di ricombinazione
Rna-star: allineatore universale e ultraveloce di sequenziamento di RNA
Rsem: RNA-Seq tramite Expectation-Maximization
Ruby-bio: strumenti Ruby per la biologia molecolare computazionale
Salmon: wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
Samblaster: marks duplicates, extracts discordant/split reads
Samclip: filter SAM file for soft and hard clipped alignments
Samtools: elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
Scrappie: basecaller for Nanopore sequencer
Sepp: phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models
Seqkit: toolkit multipiattaforma e ultraveloce per manipolazione di file FASTA/Q
Seqmagick: interfaccia simile a imagemagick per Biopython SeqIO
Shapeit4: metodo veloce e accurato per stima di aplotipi (fasatura)
Shiny-server: put Shiny web apps online
Shovill: assemblaggio di genomi di isolati batterici da letture Illumina a terminali accoppiati
Smrtanalysis: suite software per sequenziamento in tempo reale di molecole singole
Snakemake: sistema di gestione dei flussi di lavoro in Python
Snpeff: genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool
Snpsift: tool to annotate and manipulate genome variants - tool
Spades: assemblatore di genomi per singola-cellula e insiemi di dati di isolati
Spaln: splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA
Staden-io-lib-utils: programmi per manipolare file di sequenziamento del DNA
Stringtie: assemble short RNAseq reads to transcripts
Sumaclust: raggruppamento veloce in cluster di sequenze genomiche
Texlive-science: TeX Live: pacchetti per matematica, scienze naturali e informatiche
Thesias: test di effetti di aplotipi in studi di associazione
Tiddit: structural variant calling
Tipp: tool for Taxonomic Identification and Phylogenetic Profiling
Tnseq-transit: statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions
Toil: motore per flusso di lavoro multipiattaforma
Tombo: identificazione di nucleotidi modificati da dati grezzi di sequenziamento Nanopore
Tophat-recondition: post-processore per letture di TopHat non mappate
Trinculo: toolkit per eseguire associazioni genetiche per fenotipi multi-categoria
Umap-learn: Uniform Manifold Approximation and Projection
Umis: tools for processing UMI RNA-tag data
Uncalled: Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA
Unicycler: hybrid assembly pipeline for bacterial genomes
Vg: tools for working with genome variation graphs
Vsearch: strumento per elaborare sequenze metagenomiche
Vt: toolset for short variant discovery in genetic sequence data
Workrave: strumento per prevenzione delle lesioni da sforzo ripetuto
Wtdbg2: assemblatore de novo di sequenze per letture lunghe con rumore
Yanagiba: filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore
Yanosim: read simulator nanopore DRS datasets

Official Debian packages with lower relevance

Libsimde-dev: Implementations of SIMD instructions for all systems
Python3-anndata: annotated gene by sample numpy matrix
Python3-mmtf: codifica binaria di strutture biologiche (Python 3)
R-bioc-rsubread: Subread Sequence Alignment and Counting for R

Debian packages in contrib or non-free

Bcbio: toolkit for analysing high-throughput sequencing data
Python3-seqcluster: analysis of small RNA in NGS data
Varscan: variant detection in next-generation sequencing data
Vienna-rna: RNA sequence analysis

Debian packages in experimental

Libtensorflow-framework2: Computation using data flow graphs for scalable machine learning

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Arvados: managing and analyzing biomedical big data
Auspice: web app for visualizing pathogen evolution
Blat: BLAST-Like Alignment Tool
Chime: COVID-19 Hospital Impact Model for Epidemics
Covpipe: pipeline to generate consensus sequences from NGS reads
Ensembl-vep: Variant Effect Predictor predicting the functional effects of genomic variants
Fieldbioinformatics: pipeline with virus identification with Nanopore sequencer
Flappie: flip-flop basecaller for Oxford Nanopore reads
Graphmap2: highly sensitive and accurate mapper for long, error-prone reads
Manta: structural variant and indel caller for mapped sequencing data
Medaka: sequence correction provided by ONT Research
Nanoplot: plotting scripts for long read sequencing data
Ncbi-magicblast: RNA-seq mapping tool
Nextflow: DSL for data-driven computational pipelines
Nextstrain-ncov: Nextstrain build for novel coronavirus (nCoV)
Nf-core-artic: nf-core ARTIC field bioinformatics viral genome pipeline
Oncofuse: predicting oncogenic potential of gene fusions
Optitype: precision HLA typing from next-generation sequencing data
Pangolin: Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages
Pomoxis: analysis components from Oxford Nanopore Research
Python3-idseq-dag: Pipeline engine for IDseq (Python 3)
Python3-scanpy: Single-Cell Analysis in Python
Qualimap: evaluating next generation sequencing alignment data
Quast: Quality Assessment Tool for Genome Assemblies
R-cran-covid19: GNU R Coronavirus COVID-19 data acquisition and visualization
R-other-fastbaps: A fast genetic clustering algorithm that approximates a Dirichlet Process Mixture model
Rosa: Removal of Spurious Antisense in biological RNA sequences
Sailfish: RNA-seq expression estimation
Seqwish: alignment to variation graph inducer
Signalalign: HMM-HDP models for MinION signal alignments
Streamlit: fast way to build custom ML tools
Strelka: strelka2 germline and somatic small variant caller
Ufasta: utility to manipulate fasta files
Vadr: classification and annotation of viral sequences

Medical data - database di farmaci di Debian Med

Questo metapacchetto installa i database liberi dei farmaci e le applicazioni relative. Si può accedere al database con qualsiasi EMR usando l'applicazione.

Official Debian packages with high relevance

Freediams: strumento per prescrivere farmaci e controllarne le interazioni
Freemedforms-freedata: dati liberi aggiuntivi per il progetto FreeMedForms
Python3-hl7: libreria Python3 per analizzare messaggi HL7

Official Debian packages with lower relevance

Oscar: Open Source CPAP Analysis Reporter (OSCAR)

No known packages available

Drugref.org: pharmaceutical reference database

Dental - pacchetti Debian Med relativi alla pratica dentistica

Questo metapacchetto contiene le dipendenze per una raccolta di software che potrebbe essere utile ai dentisti per gestire la loro attività.

Official Debian packages with high relevance

Entangle: controllo e cattura della fotocamera in tethering
Imagetooth: libreria per generare immagini dei denti per odontogrammi
Openmolar: software di gestione della pratica dentistica

Epidemiology - pacchetti relativi all'epidemiologia per Debian Med

Questo metapacchetto installa gli strumenti utili nella ricerca epidemiologica. Diversi pacchetti utilizzano il linguaggio dati GNU R per l'investigazione statistica. Potrebbe essere una buona idea leggere l'articolo "A short introduction to R for Epidemiology" all'indirizzo http://staff.pubhealth.ku.dk/%7Ebxc/Epi/R-intro.pdf .

Official Debian packages with high relevance

Epigrass: strumento scientifico di simulazione/analisi per scenari epidemiologici in rete
Python3-seirsplus: Models of SEIRS epidemic dynamics with extensions
Python3-torch: Tensors and Dynamic neural networks in Python (Python Interface)
Python3-treetime: inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
R-cran-covid19us: casi di COVID-19 negli Stati Uniti preparati per GNU R
R-cran-diagnosismed: toolkit per analisi di accuratezza per test diagnostici medicali
R-cran-epi: analisi epidemiologica GNU R
R-cran-epibasix: funzioni epidemiologiche elementari per GNU R
R-cran-epicalc: calcolatore epidemiologico per GNU R
R-cran-epiestim: GNU R estimate time varying reproduction numbers from rpidemic curves
R-cran-epir: funzioni GNU R per analisi di dati epidemiologici
R-cran-epitools: strumenti GNU R per epidemiologia per dati e grafici
R-cran-incidence: calcolo, gestione, disegno e modellazione in GNU R dell'incidenza di eventi con data
R-cran-kernelheaping: GNU R kernel density estimation for heaped and rounded data
R-cran-lexrankr: extractive summarization of text with the LexRank algorithm
R-cran-prevalence: strumenti GNU R per studi di calcolo della prevalenza
R-cran-seroincidence: strumento GNU R per calcolare la sieroincidenza
R-cran-sf: Simple Features for R
R-cran-sjplot: GNU R data visualization for statistics in social science
R-cran-surveillance: pacchetto GNU R per la modellazione e il monitoraggio di fenomeni epidemici

Official Debian packages with lower relevance

Python3-epimodels: semplice interfaccia per simulare modelli epidemici matematici in Python 3
R-cran-cmprsk: GNU R subdistribution analysis of competing risks
R-cran-msm: modelli multistato di Markov e di Markov nascosti in tempo continuo per GNU R
Shiny-server: put Shiny web apps online

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Chime: COVID-19 Hospital Impact Model for Epidemics
Epifire: model the spread of an infectious disease in a population
Netepi-analysis: network-enabled tools for epidemiology and public health practice
Netepi-collection: network-enabled tools for epidemiology and public health practice
R-cran-covid19: GNU R Coronavirus COVID-19 data acquisition and visualization
Ushahidi: web platform for information collection

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Repast: framework for creating agent based simulations

Hospital information systems - suggerimenti Debian Med per sistemi di informazione ospedaliera

Questo metapacchetto contiene dipendenze per software e che potrebbero essere utili per eseguire un sistema di informazione ospedaliera (HIS - Hospital Information System). Benché sia in corso un lavoro continuo per pacchettizzare un sistema pronto da installare, attualmente sono state terminate solo le precondizioni ma si spera siano utili comunque negli ospedali.

Official Debian packages with high relevance

Fis-gtm: metapacchetto per la versione più recente del database FIS-GT.M
Orthanc-wsi: Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Care2x: integrated hospital information system
Openmrs: enterprise electronic medical record system framework
Tryton-modules-health: Tryton Application Platform (Health Module)
Vista-foia: metapackage for the latest version of vista-foia.

Unofficial packages built by somebody else

Oscar-mcmaster: Oscar (Web) A medical web application for electronic medical records

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

World-vista: repackage and extended version of VistA produced by WorldVistA

No known packages available

Hkma-cms: clinic management system
Ipath: telemedicine platform
Openeyes: ophthalmology electronic patient record system
Openmaxims: patient administration system and electronic patient record
Patientos: Healthcare Information System (HIS) for small hospitals and clinics

Imaging - pacchetti Debian Med per elaborazione e visualizzazione di immagini

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian che possono essere utili nell'elaborazione e nella visualizzazione di immagini medicali.

Da un lato installa svariati pacchetti che gestiscono vari formati di file immagine e gestioni di immagini come DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine), che è lo standard di fatto per la gestione di immagini medicali, e NIFTI. Dall'altro fornisce una varietà di pacchetti software che possono essere utilizzati per la visualizzazione e per l'elaborazione di immagini, da un'interfaccia utente grafica, la riga di comando o implementati in flussi di lavoro.

Official Debian packages with high relevance

Amide: software per immagini medicali
Ants: strumento avanzato di normalizzazione per analisi mentali e di immagini
Bart: strumenti per immagini di risonanza magnetica computazionale
Bart-view: visualizzatore per dati multidimensionali a valori complessi
Biosig-tools: strumenti di conversione di formato per formati di dati biomedici
Camitk-imp: applicazione workbench per la libreria CamiTK
Caret: Computerized Anatomical Reconstruction and Editing Toolkit
Conquest-common: server ConQuest DICOM - file comuni
Ctn: Central Test Node, un'implementazione per immagini mediche DICOM
Ctsim: simulatore di tomografia computerizzata
Dcm2niix: convertitore di prossima generazione da DICOM a NIfTI
Dcmtk: programmi a riga di comando del toolkit OFFIS DICOM
Dicom3tools: strumenti di manipolazione e conversione di file di immagini medicali DICOM
Dicomnifti: converte file DICOM nel formato NIfTI
Dicomscope: visualizzatore OFFIS DICOM
Fslview: visualizzatore per dati (f)MRI e DTI
Gdf-tools: libreria di IO per GDF - strumenti ausiliari
Ginkgocadx: software per immagini medicali e visualizzatore di DICOM completo
Gwyddion: strumento per visualizzazione ed analisi con microscopia a scansione di sonda
Heudiconv: DICOM converter with support for structure heuristics
Imagej: programma di elaborazione delle immagini pensato per immagini di microscopia
Imagevis3d: applicazione desktop per il rendering volumetrico di grandi quantità di dati
Invesalius: software di ricostruzione 3D per immagini medicali
Ismrmrd-tools: strumenti a riga di comando per ISMRMRD
Itksnap: segmentazione semiautomatica di strutture in immagini 3D
King: sistema interattivo per grafica vettoriale tridimensionale
Libgdcm-tools: strumenti e utilità per Grassroots DiCoM
Medcon: strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...)
Mia-tools: strumenti a riga di comando per elaborazioni di immagini in scala di grigi
Mia-viewit: programma visualizzatore per insiemi di dati 3D creati usando MIA
Mialmpick: strumenti per scelta di punti di riferimento in insiemi di dati di volumi 3D
Minc-tools: strumenti per immagini medicali in formato MNI
Mricron: conversione, visualizzazione e analisi di immagini di risonanza magnetica
Mrtrix3: trattografia MRI pesata in diffusione della materia bianca
Nifti-bin: strumenti forniti con la libreria NIfTI
Odil: libreria C++11 per lo standard DICOM (applicazione)
Odin: sviluppa, simula ed esegue sequenze di risonanza magnetica
Openslide-tools: strumenti di manipolazione e conversione per OpenSlide
Orthanc: server DICOM leggero e RESTful per immagini medicali
Orthanc-wsi: Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)
Pixelmed-apps: implementazione DICOM contenente un visualizzatore di immagini e di ECG - cli
Plastimatch: ricostruzione e registratura di immagini medicali
Python3-dipy: Python library for the analysis of diffusion MRI datasets
Python3-nibabel: collegamenti Python 3 a vari formati di dati per neuroimmagini
Python3-nipy: Analysis of structural and functional neuroimaging data
Python3-nipype: catena di elaborazione dati per l'analisi di neuroimmagini in Python 3
Python3-nitime: timeseries analysis for neuroscience data (nitime)
Python3-pydicom: lettura e scrittura di file medicali DICOM (Python 3)
Python3-pyxid: interfaccia per i dispositivi XID e StimTracker di Cedrus
Python3-surfer: visualize Freesurfer's data in Python3
Sigviewer: visualizzatore con GUI per segnali biologici come EEG, EMG e ECG
Sofa-apps: GUI per SOFA (Simulation Open Framework Architecture)
Teem-apps: strumenti per elaborare e visualizzare dati e immagini scientifici - strumenti a riga di comando
Tifffile: legge e scrive dati immagine da e su file TIFF
Voxbo: elaborazione, analisi statistica e visualizzazione di dati di immagini del cervello
Vrrender: DICOM viewer
Vtk-dicom-tools: DICOM per VTK - strumenti
Xmedcon: strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...) (GUI)

Official Debian packages with lower relevance

Cmtk: toolkit per morfometria computazionale
Connectomeviewer: Interactive Analysis and Visualization for MR Connectomics
Conquest-dbase: server ConQuest DICOM - backend DBaseIII
Conquest-mysql: server ConQuest DICOM - backend MySQL
Conquest-postgres: server ConQuest DICOM - backend PostgreSQL
Conquest-sqlite: server ConQuest DICOM - backend SQLite
Elastix: cassetta degli attrezzi per la registrazione rigida e non rigida di immagini
Illustrate: cartoonish representations of large biological molecules
Imagemagick: programmi per la manipolazione di immagini -- binari
Imview: applicazione per visualizzare e analizzare immagini
Orthanc-dicomweb: plugin per estendere Orthanc con la gestione di WADO e DICOMweb
Orthanc-gdcm: transcodificatore/decodificatore DICOM per Orthanc che usa GDCM (particolarmente per JPEG2k)
Orthanc-imagej: plugin per ImageJ per importare immagini da Orthanc
Orthanc-mysql: plugin per usare MySQL o MariaDB come backend di database per Orthanc
Orthanc-neuro: plugin per neuroimmagini per Orthanc
Orthanc-postgresql: plugin per usare PostgreSQL come backend di database per Orthanc
Orthanc-webviewer: visualizzatore web di immagini medicali per Orthanc
Paraview: applicazione per visualizzazione parallela
Pngquant: utilità di ottimizzazione per immagini PNG (Portable Network Graphics)
Science-workflow: sistemi di gestione dei flussi di lavoro per ricerca scientifica
Trimage: interfaccia GUI e a riga di comando per l'ottimizzazione di immagini

Debian packages in contrib or non-free

Bart-cuda: tools for computational magnetic resonance imaging
Fsl: transitional dummy package
Vmtk: the Vascular Modeling Toolkit

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Bioimagesuite: integrated image analysis software suite
Bioimagexd: Analyzing, processing and visualizing of multi dimensional microscopy images
Cellprofiler: quantitatively measure phenotypes from images automatically
Crea: base library of the creaTools medical image processing suite
Dicoogle: Java Advanced Imaging API reference implementation
Fiji: "batteries-included" distribution of ImageJ
Freesurfer: analysis and visualization of functional brain imaging data
Incf-nidash-oneclick-clients: utility for pushing DICOM data to the INCF datasharing server
Insightapplications: InsightToolKit (ITK) based medical imaging applications
Jist: Java Image Science Toolkit
Kradview: medical image viewer for DICOM images
Libdcm4che-java: Clinical Image and Object Management
Mayam: Cross-platform DICOM Viewer
Micromanager: Microscopy Software
Mipav: quantitative analysis and visualization of medical images
Mni-colin27-nifti: Talairach stereotaxic space template
Openelectrophy: data analysis GUI for intra- and extra-cellular recordings
Openmeeg-tools: openmeeg library -- command line tools
Slicer: software package for visualization and image analysis - main application
Stabilitycalc: evaluate fMRI scanner stability
Via-bin: tools for volumetric image analysis
Visit: interactive parallel visualization and graphical analysis tool
Xnat: platform for data management and productivity tasks in neuroimaging

Unofficial packages built by somebody else

Cdmedicpacs: web interface to PACS to access DICOM study images
Mni-autoreg: MNI average brain (305 MRI) stereotaxic registration model
Mni-n3: MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization
Opendicom.net: API to DICOM in C# for Mono

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Devide: Delft Visualization and Image processing Development Environment
Dtitk: DTI spatial normalization and atlas construction toolkit
Eeglab: toolbox for processing and visualization of electrophysiological data
Isis: I/O framework for neuroimaging data
Jemris: high performance computing MRI simulator
Opensourcepacs: medical image referral, archiving, routing and viewing system

No known packages available

Blox: medical imaging and visualization program
Brainvisa: image processing factory for MR images
Dcm4chee: Clinical Image and Object Management (enterprise)
Dicom4j: Java framework for Dicom
Drjekyll: interactive voxel editor for viewing and editing three-dimensional images
Dti-query: dynamic queries of the white matter brain pathways
Ecg2png: convert scanned electrocardiograms into PNG format
Gimias: Graphical Interface for Medical Image Analysis and Simulation
Hid: database management system for clinical imaging
Maris: package suite for Radiological Workflow
Medisnap: photograph, manage, view, compare, document and archive medical photos
Mesa-test-tools: IHE Test Software for Radiology
Miview: Medical Images viewer and converter
Mni-icbm152-nlin-2009: MNI stereotaxic space human brain template
Mrisim: simulator for magnetic resonance imaging data
Omero: coming standard LIMS for microscopy images
Piano: medical image processing library for surgical planning
Pymeg: suite for analysis of magnetoencephalography (MEG) data
Stir: Software for Tomographic Image Reconstruction
Tempo: 3D visualization of brain electrical activity

Imaging development - sviluppo di pacchetti Debian Med per elaborazione e visualizzazione di immagini

Questo metapacchetto installa pacchetti Debian che possono essere utili per sviluppare applicazioni per l'elaborazione e la visualizzazione di immagini medicali.

Official Debian packages with high relevance

Cimg-dev: potente libreria per elaborazione di immagini
Ctn-dev: file di sviluppo per Central Test Node, un'implementazione DICOM
Gmic: GREYC's Magic for Image Computing
Libbart-dev: file di sviluppo per BART
Libbiosig-dev: libreria di I/O per dati biomedici - file di sviluppo
Libcamitk-dev: Computer Assisted Medical Intervention Tool Kit - sviluppo
Libcifti-dev: file di sviluppo per CiftiLib
Libedf-dev: libreria European Data Format - sviluppo
Libgdcm2-dev: librerie e header di sviluppo per Grassroots DiCoM
Libgdf-dev: libreria di IO per GDF - libreria di sviluppo
Libgiftiio-dev: libreria di IO per il formato dati della superficie corticale GIFTI - header
Libinsighttoolkit5-dev: toolkit di elaborazione di immagini per la registrazione e la segmentazione - sviluppo
Libismrmrd-dev: file di sviluppo per ISMRMRD
Libmaxflow-dev: Development files for the maxflow-mincut algorithm
Libmdc2-dev: strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...) (sviluppo)
Libmia-2.4-dev: libreria per elaborazione di immagini 2D e 3D in scala di grigi, file di sviluppo
Libmialm-dev: Development files for the MIA landmark library
Libminc-dev: MNI medical image format development environment
Libnifti2-dev: librerie di I/O per il formato dati NIfTI-1 (sviluppo)
Libodil-dev: libreria C++11 per lo standard DICOM (file di sviluppo)
Libopencv-dev: file di sviluppo per OpenCV
Libopenigtlink-dev: Open IGT Link, semplice protocollo di rete - sviluppo
Libopenslide-dev: file di sviluppo per la libreria OpenSlide
Libpapyrus3-dev: DICOM compatible file format library
Libsight-dev: file header di Sight
Libteem-dev: strumenti per elaborare e visualizzare dati e immagini scientifici - sviluppo
Libvigraimpex-dev: file di sviluppo per la libreria C++ di visione artificiale
Libvistaio-dev: Development files for the libvistaio library
Libvolpack1-dev: fast volume rendering library (development package)
Libvtk-dicom-dev: DICOM per VTK - sviluppo
Libvtk9-dev: file header VTK
Libxdf-dev: C++ library for loading XDF files (headers and static lib)
Octave-bart: collegamenti Octave per BART
Octave-dicom: manipola file DICOM in Octave
Octave-gdf: libreria di IO per GDF - interfaccia ad Octave
Odin: sviluppa, simula ed esegue sequenze di risonanza magnetica
Python3-biosig: collegamenti Python 3 per la libreria BioSig
Python3-bioxtasraw: process biological small angle scattering data
Python3-brian: simulatore per reti neurali spiking
Python3-dcmstack: conversione da DICOM a NIfTI - pacchetto Python 3
Python3-dipy: Python library for the analysis of diffusion MRI datasets
Python3-gdcm: collegamenti Python per Grassroots DICOM
Python3-imageio: libreria per leggere e scrivere dati di immagini (Python 3)
Python3-mia: collegamenti Python 3 per la libreria di elaborazione immagini MIA
Python3-mne: moduli Python per analisi di dati MEG e EEG
Python3-nibabel: collegamenti Python 3 a vari formati di dati per neuroimmagini
Python3-nipy: Analysis of structural and functional neuroimaging data
Python3-nipype: catena di elaborazione dati per l'analisi di neuroimmagini in Python 3
Python3-nitime: timeseries analysis for neuroscience data (nitime)
Python3-openslide: wrapper Python 3 per leggere file di immagini whole-slide
Python3-pydicom: lettura e scrittura di file medicali DICOM (Python 3)
Python3-pyxnat: interfaccia per accedere a dati di neuroimmagini su server XNAT
Python3-torchvision: insiemi di dati, trasformazioni e modelli specifici per visione artificiale
Python3-vigra: collegamento Python 3 per la libreria C++ di visione artificiale
R-cran-rniftilib: interfaccia GNU/R a NIFTICLIB

Official Debian packages with lower relevance

Libcamp-dev: libreria di riflessione multiuso per C++ (file di sviluppo)
Libeegdev-dev: Biosignal acquisition device library (Development files)
Libfreeimage-dev: libreria di supporto per i formati di immagini grafiche (file di sviluppo)
Libics-dev: Image Cytometry Standard file reading and writing (devel)
Liblimereg-dev: libreria per registrazione di immagini leggera [file di sviluppo]
Libnifti-doc: documentazione dell'API della libreria NIfTI
Libxdffileio-dev: Library to read/write EEG data file formats (development files)
Tifffile: legge e scrive dati immagine da e su file TIFF

Debian packages in contrib or non-free

Libvmtk-dev: shared links and header files for vmtk
Python-vmtk: Python interface for vmtk

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Emokit: Emotiv EPOC headset Python interface
Libbio-formats-java: reading and writing proprietary microscopy image data and metadata
Libctk-dev: toolkit for medical imaging application development - devel
Libopenmeeg-dev: openmeeg library -- development files
Libopenslide-java: java wrapper for reading whole slide image files
Libvia-dev: library for volumetric image analysis

Unofficial packages built by somebody else

Libmni-perllib-perl: The MNI Perl Library

Laboratory - suggerimenti di Debian Med per laboratori medici

Questo metapacchetto contiene dipendenze per il software e che potrebbero essere utili per gestire un laboratorio medico.

Official Debian packages with high relevance

Opencfu: conta colonie di cellule (UFC) su piastre d'agar elaborando immagini digitali
Orthanc-wsi: Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Openfreezer: Laboratory analysis, research and investigation software application

No known packages available

Catissuesuite: tool for biospecimen inventory management
Openelis: Enterprise Laboratory Information System

Oncology - pacchetti Debian Med per l'oncologia

Questo metapacchetto installa strumenti che sono utili per la radiologia oncologica.

Official Debian packages with high relevance

Orthanc-wsi: Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)
Simrisc: modello di simulazione per il rischio di tumore al seno/polmone

Official Debian packages with lower relevance

Python3-dicompylercore: core radiation therapy modules for DICOM / DICOM RT used by dicompyler

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Uw-prism: software tools for radiation therapy planning

No known packages available

Planunc: tools for radiotherapy treatment planning

Pharmacology - pacchetti Debian Med per la ricerca farmaceutica

Questo metapacchetto contiene le dipendenze per una raccolta di software e documentazione che è utile per la ricerca farmacologica.

Official Debian packages with high relevance

Chemtool: programma per il disegno di strutture chimiche
R-cran-dosefinding: pianificazione e analisi di esperimenti di determinazione della dose
R-cran-rpact: Confirmatory Adaptive Clinical Trial Design and Analysis

Debian packages in contrib or non-free

Raccoon: preparation of in silico drug screening projects

Physics - pacchetti Debian Med per fisici medici

Questo metapacchetto contiene dipendenze per una raccolta di software e documentazione che sono utili per i fisici medici che lavorano nella radiologia oncologica, la diagnostica per immagini e i campi collegati.

Official Debian packages with high relevance

Biosig-tools: strumenti di conversione di formato per formati di dati biomedici
Gdf-tools: libreria di IO per GDF - strumenti ausiliari
Octave: linguaggio GNU Octave per il calcolo numerico
Paw: Physics Analysis Workstation - un programma di analisi grafica
Paw++: Physics Analysis Workstation (versione migliorata con Lesstif)
R-base: sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

Official Debian packages with lower relevance

Libbiosig-dev: libreria di I/O per dati biomedici - file di sviluppo
Octave-biosig: collegamenti Octave per la libreria BioSig
Paw-demos: Physics Analysis Workstation - esempi e test
Python3-biosig: collegamenti Python 3 per la libreria BioSig
Python3-multipletau: algoritmo multiple-tau per Python3/NumPy

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Gate: Geant4 Application for Emission Tomography
Openvibe: platform for the design, test and use of BCI

Practice - pacchetti Debian Med per la gestione della professione medica

Questo metapacchetto contiene dipendenze per un insieme di software che potrebbero essere utili ai medici per gestire la propria attività.

Official Debian packages with high relevance

Entangle: controllo e cattura della fotocamera in tethering
Freediams: strumento per prescrivere farmaci e controllarne le interazioni
Freemedforms-emr: gestore di record medici elettronici
Ginkgocadx: software per immagini medicali e visualizzatore di DICOM completo
Gnumed-client: gestione della pratica medica - client
Gnumed-server: gestione della pratica medica - server
Libchipcard-tools: strumenti per accedere a carte con chip
Orthanc: server DICOM leggero e RESTful per immagini medicali
Orthanc-wsi: Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)
Oscar: Open Source CPAP Analysis Reporter (OSCAR)
Qrisk2: strumento per calcolare il rischio di malattie cardiovascolari
R-cran-medadherence: GNU R Medication Adherence: definizioni comunemente usate

Official Debian packages with lower relevance

Libctapimkt1: Read German Krankenversichertenkarte and eGK

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Freeshim: opensource electronic medical device interface
Openemr: Comprehensive medical practice management
Thera-pi: organization and management of outpatient clinics and rehabilitation-medicine companies

Unofficial packages built by somebody else

Elementalclinic: Electronical Medical Health record system for mental health
Freemed: Electronic Medical Record and Practice Management system
Tinyheb: billing system for midwives

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Elexis: medical practice managemant system for use in Switzerland
Openrep: software for homeopathic repertorization and viewing materia medicae

No known packages available

Clearhealth: Medical practice management system
Freeb: Medical Bill formating module
Medintux: Medical practice management system
Mirrormed: EHR and practice management system
Mirth: HL7 integration engine
Openpms: medical billing, scheduling, and account management system
Proteus: clinical decision support guidelines model
Remitt: preparing and submitting medical billing data
Resmedicinae: comprising software solution for use in medicine
Sqlclinic: intranet solution for Saint Vincents Catholic Medical Centers of New York

Psychology - pacchetti Debian Med per la psicologia

Questo metapacchetto contiene le dipendenze per una raccolta di software che potrebbe essere utile per ricerche in campo psicologico.

Official Debian packages with high relevance

Orthanc-neuro: plugin per neuroimmagini per Orthanc
Praat: programma per l'analisi e la sintesi del linguaggio
Psignifit: interpolazione e test delle ipotesi di funzioni psicometriche
Psychopy: ambiente per la creazione in Python di stimoli psicologici
Python3-bioxtasraw: process biological small angle scattering data
R-cran-foreign: pacchetto GNU R per leggere/scrivere dati da altri sistemi statistici
R-cran-psy: funzioni GNU R per psicometria
R-cran-psych: GNU R procedures for psychological, psychometric, and personality research
R-cran-psychometric: GNU R applied psychometric theory
R-cran-psychotree: GNU R recursive partitioning based on psychometric models
R-cran-psyphy: functions for analyzing psychophysical data in GNU R

Official Debian packages with lower relevance

Python-pyepl: modulo per codificare esperimenti psicologici in Python
Python3-bids-validator: validatore per insiemi di dati BIDS (Brain Imaging Data Structure)
Python3-bmtk: pacchetto di sviluppo per costruire, simulare e analizzare reti su vasta scala
Python3-pynwb: Python library for working with Neurodata in the NWB format
Science-psychophysics: pacchetti Debian Science per la psicofisica

Rehabilitation - pacchetti Debian Med per tecnologie riabilitative

Questo metapacchetto installa strumenti che sono utili per la riabilitazione e la terapia.

Official Debian packages with high relevance

Sitplus: infrastruttura di software libero per attività ludico-terapeutiche

Official Debian packages with lower relevance

Aghermann: gestore di esperimenti relativi alla ricerca sul sonno

Research - pacchetti di Debian Med per ricerca medica

Questo metapacchetto installa gli strumenti utili per la ricerca medica.

Official Debian packages with high relevance

R-cran-rpact: Confirmatory Adaptive Clinical Trial Design and Analysis

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Openclinica: electronic data capture and clinical data management

Statistics - statistiche Debian Med

Questo metapacchetto installerà i pacchetti che sono utili per fare statistiche, in particolar modo per cose relative alla pratica medica.

Official Debian packages with high relevance

R-bioc-edger: analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R
R-bioc-limma: modelli lineari per dati di microarray
R-bioc-multtest: Bioconductor resampling-based multiple hypothesis testing
R-bioc-qvalue: pacchetto GNU R per stima del valore Q per controllo FDR
R-cran-ade4: analisi GNU R di dati ecologici
R-cran-beeswarm: grafico a sciame di api, un'alternativa a stripchart
R-cran-pvclust: cluster gerarchici con p-value attraverso metodo bootstrap multiscala
R-cran-randomforest: pacchetto GNU R che implementa il classificatore a foresta stocastica
R-cran-rwave: GNU R time-frequency analysis of 1-D signals
R-cran-snowfall: calcolo in cluster più facile per GNU R (basato su snow)
R-cran-waveslim: GNU R wavelet routines for 1-, 2- and 3-D signal processing
R-cran-wavethresh: GNU R wavelets statistics and transforms

Official Debian packages with lower relevance

Science-statistics: pacchetti Debian Science per la statistica

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Rstudio: GNU R IDE

Tools - svariati strumenti Debian Med

Questo metapacchetto installa strumenti per vari scopi nella pratica sanitaria. Attualmente contiene alcuni semplici programmi per la salute personale.

Official Debian packages with high relevance

Cronometer: CRON-o-Meter - strumento per tracciare l'esercizio e il consumo di nutrienti
Cycle: programma calendario per le donne
Edfbrowser: visualizzatore per file di archiviazione di segnali biologici come bdf ed edf
Galileo: utilità per sincronizzare in maniera sicura un dispositivo Fitbit con il servizio web di Fitbit
Hunspell-de-med: dizionario medico tedesco per hunspell
Hunspell-en-med: dizionario medico inglese per hunspell
Nut-nutrition: software per l'analisi della nutrizione dietetica
Nutsqlite: software per analisi della dieta alimentare
Pcalendar: tiene traccia dei cicli mestruali e predice i periodi fertili
Pondus: gestore del peso personale per GTK+2
Python3-fitbit: implementazione di un client per l'API REST di FitBit - Python 3
Quitcount: piccolo strumento che può aiutare a smettere di fumare
R-cran-fitbitscraper: importa in R i dati Fitbit dell'utente dal sito web di Fitbit
R-cran-fitcoach: pacchetto R per analisi e recupero di dati di Fitbit
Wgerman-medical: parole dal dizionario medico tedesco per /usr/share/dict
Workrave: strumento per prevenzione delle lesioni da sforzo ripetuto

Official Debian packages with lower relevance

Entangle: controllo e cattura della fotocamera in tethering
Goldencheetah: insieme di strumenti di analisi per prestazioni ciclistiche
Mencal: calendario per mestruazioni
Oscar: Open Source CPAP Analysis Reporter (OSCAR)

Debian packages in contrib or non-free

Mssstest: Normalisation of disease scores for patients with Multiple Sclerosis

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Pesco: Cognitive stimulation tool for elderly or cognitively impaired

Typesetting - supporto Debian Med per impaginazione e pubblicazione

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian che possono essere utili per impaginare e pubblicare documenti relativi alle cure mediche e alla biologia strutturale.

Official Debian packages with high relevance

King: sistema interattivo per grafica vettoriale tridimensionale
Texlive-latex-extra: TeX Live: pacchetti LaTeX aggiuntivi
Texlive-science: TeX Live: pacchetti per matematica, scienze naturali e informatiche

Official Debian packages with lower relevance

Biber: rimpiazzo BibTeX molto esteso per utenti BibLaTeX
Bibus: database bibliografico
Jabref-plugin-oo: plugin di LibreOffice per JabRef (pacchetto fittizio di transizione)
Kbibtex: editor BibTeX per KDE
R-cran-qqman: pacchetto R per visualizzare i risultati di GWAS usando grafi Q-Q e Manhattan

Tasks page

Table of contents

Official Debian packages with high relevance

Official Debian packages with lower relevance

Debian packages in contrib or non-free

Debian packages in New queue (hopefully available soon)

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No known packages available

Official Debian packages with high relevance

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Debian packages in contrib or non-free

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No known packages available

Official Debian packages with high relevance

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Debian packages in contrib or non-free

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Official Debian packages with lower relevance

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

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Official Debian packages with high relevance

Debian packages in contrib or non-free

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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

No known packages available

Official Debian packages with high relevance

Official Debian packages with lower relevance

Debian packages in contrib or non-free

Debian packages in experimental

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Official Debian packages with high relevance

Official Debian packages with lower relevance

No known packages available

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No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Official Debian packages with high relevance

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Unofficial packages built by somebody else

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No known packages available

Official Debian packages with high relevance

Official Debian packages with lower relevance

Debian packages in contrib or non-free

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Official Debian packages with high relevance

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Official Debian packages with high relevance

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

No known packages available

Official Debian packages with high relevance

Official Debian packages with lower relevance

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

No known packages available

Official Debian packages with high relevance

Debian packages in contrib or non-free

Official Debian packages with high relevance

Official Debian packages with lower relevance

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Official Debian packages with high relevance

Official Debian packages with lower relevance

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Unofficial packages built by somebody else

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

No known packages available

Official Debian packages with high relevance

Official Debian packages with lower relevance