Debian Science Data acquisition packages

ClickHouse est un système de gestion de base de données orienté colonnes permettant de créer des rapports de données analytiques en temps réel.

Ce paquet fournit divers outils pour ClickHouse :

 – clickhouse-performance-test ;
 – clickhouse-benchmark ;
 – clickhouse-compressor ;
 – clickhouse-copier ;
et d’autres.

csvkit is a suite of command-line tools for converting to and working with CSV, the king of tabular file formats.

It is inspired by pdftk, gdal and the original csvcut tool by Joe Germuska and Aaron Bycoffe.

If you need to do more complex data analysis than csvkit can handle, use agate.

This package provides the command-line tools.

L’outil Engauge Digitizer est une aide pour l’extraction interactive de valeurs d’images de graphique. Conceptuellement, il est donc l’opposé d’outils graphiques convertissant des points de données en graphiques. Il fournit une assistance pour améliorer la qualité de l’image et la correspondance avec les points de données. Engauge Digitizer est utilisé par des personnes comme des étudiants diplômés et des chercheurs ou des ingénieurs et des employés dans de grandes organisations gouvernementales ou commerciales pour le traitement de fichiers seuls, mais aussi dans la gestion de bases de données de milliers de fichiers d’image.

Caractéristiques d’Engauge Digitizer :

 – suppression automatique de lignes de tableaux ;
 – détection automatique de points et de repères ;
 – tracé automatique de courbes ;
 – traitement d’image pour la séparation des détails importants
   des informations d’arrière-plan ;
 – assistant fournissant un tutoriel interactif pour expliquer les étapes
   basiques ;
 – numérisation en mode avancé de plusieurs systèmes de coordonnées ;
 – interpolation par spline cubique entre points donnant des courbes plus
   précises avec moins de points ;
 – gestion des graphes cartésiens, polaires, linéaires et logarithmiques ;
 – prise en charge  du glisser-déposer et copier-coller ;
 – aide contextuelle, manuel d'utilisation et tutoriels expliquant chaque
   option ;
 – fenêtre de prévisualisation pour un retour immédiat lors de
   modifications de réglage ;
 – extraction automatisée de lignes et points pour une numérisation rapide
   des données.

Les outils suivants sont disponibles dans le paquet filo :

groupBy : imite la commande « GROUP BY » dans les systèmes de bases de données.

shuffle : tire au hasard l'ordre des lignes dans un fichier.

stats : calcule la statistique descriptive sur une colonne donnée d'un fichier délimité par des tabulations ou d'un flux.

Leurs noms étant trop génériques, les dossiers « shuffle » et « stats » sont déplacés dans /usr/lib/filo .

g3data est utilisé pour extraire des données de graphiques. Par exemple, des graphiques sont généralement publiés dans des journaux scientifiques sans les tables de données. g3data effectue la tâche d'extraire ces données facilement.

La bibliothèque hkl est un cadriciel pour le calcul de diffraction et le contrôle de diffractomètre, très utilisé dans le synchrotron SOLEIL. Il gère divers types de géométrie de diffractomètre : 4-cercles eulérien, 6-cercles eulérien, 4-cercles kappa, 6-cercles kappa et cartésien. Pour chacun de ceux-ci, il fournit plusieurs modes de calcul tels que bissection et « constant psi ».

Ce paquet fournit une interface graphique au-dessus de la bibliothèque hkl.

Jaaa (« Jack and ALSA Audio Analyser ») est un générateur de signal audio et un analyseur de spectre conçu pour produire des mesures précises.

Jaaa permet de sélectionner pour les quatre entrées, «⋅Min⋅» et «⋅Max⋅» les fréquences minimales et maximales affichées. Il peut y avoir jusqu'à deux marqueurs qui aident à lire précisément les valeurs affichées.

libfreenect is a cross-platform library that provides the necessary interfaces to activate, initialize, and communicate data with the Kinect hardware. Currently, the library supports access to RGB and depth video streams, motors, accelerometer and LED and provide binding in different languages (C++, Python...)

This library is the low level component of the OpenKinect project which is an open community of people interested in making use of the Xbox Kinect hardware with PCs and other devices.

This is the development package containing the libraries and header for software development with libfreenect.

The GetData Project is the reference implementation of the Dirfile Standards, a filesystem-based, column-oriented database format for time-ordered binary data. The Dirfile database format is designed to provide a fast, simple format for storing and reading data.

This package contains the "checkdirfile" and "dirfile2ascii" tools.

lxi-tools est une collection d’outils logiciels au code source ouvert qui permettent le contrôle d’instruments compatibles avec la norme LXI tels que les oscilloscopes modernes, les alimentations électriques, les analyseurs de spectre, etc.

Contient les programmes ncdump et ncgen qui convertissent des fichiers NetCDF en fichiers ASCII et inversement. NetCDF (tetwork Common Data Form, format de données commun réseau) est une interface pour accèder à des données scientifiques et une bibliothèque logicielle librement distribuable qui fournissent une mise en oeuvre de l'interface. La bibliothèque NetCDF définit également un format indépendant de la machine pour représenter des données scientifiques. Ensemble, l'interface, la bibliothèque et le format supportent la création, l'accès et le partage de données scientifiques.

This package is a transitional dummy package and can be safely removed.

Open3D is an open-source library that supports rapid development of software that deals with 3D data. The Open3D frontend exposes a set of carefully selected data structures and algorithms in both C++ and Python. The backend is highly optimized and is set up for parallelization.

This package provides additional tools for data processing.

The VISA standard provides a common interface for communication with test and measurement equipment.

This package provides Python 3 bindings for VISA.

Sardana is a Supervision, Control And Data Acquisition (SCADA) system for scientific installations. It is written in Python and based on the TANGO library. The hardware control and data acquisition routines can be accessed via an IPython console and a generic graphical user interface (both of which are easily extensible by the user).

segyio is a fast and practical library for reading and writing seismic data in SEG-Y format. segyio is random access oriented for modern computers with simple read/write primitives on lines.

This package contains useful shell programs.

Vnlog is a trivially-simple log format consisting of an ASCII table with comments and labelled fields. This package provides tools to process and manipulate such logs. The tools are:

vnl-filter selects a subset of the rows/columns in a vnlog and/or to manipulates the contents. This is effectively an awk wrapper.

vnl-sort, vnl-uniq, vnl-join, vnl-tail and vnl-ts are wrappers around the corresponding commandline tools

vnl-align aligns vnlog columns for easy interpretation by humans

vnl-make-matrix converts a one-point-per-line vnlog to a matrix of data

xlsx files are zip archives where spreadsheet data is stored. In order to process a file, various bits inside the archive need to be located. This utility uses the Expat SAX parser to collect the strings into a simple dictionary, keyed by their relative position in the XML file. This makes it possible to process files of any size.

Xyscan est un outil pour les scientifiques ayant besoin d’extraire des points de mesure par exemple, des valeurs numériques, à partir d’un graphique. Il permet de numériser les graphiques et d’extraire les points de mesure et notamment la dimension des barres d’erreur (à la fois en X et Y). Il gère les graphiques avec des échelles linéaires ou logarithmiques. En fait, xyscan peut être utilisé pour extraire des valeurs numériques de n’importe quel dessin technique en 2D.

BINoculars est un outil pour la réduction de données et l’analyse de grands jeux de données de diffraction de surface acquises avec un détecteur de rayons X bidimensionnel. L’intensité de chaque pixel d’un détecteur bidimensionnel est projetée dans une grille tridimensionnelle en coordonnées de réseau réciproque grâce à un algorithme de groupement de données (binning). Cela permet une acquisition et un traitement rapides de jeux de données de haute résolution et a pour résultat une réduction significative de la taille du jeu de données. L’analyse suivante se fait alors en espace réciproque. Cet outil a évolué à partir des besoins spécifiques du beamline ID03 de l’ESRF, mais bénéficie d’une conception modulaire et peut être facilement ajusté et étendu pour fonctionner avec des données venant d’autres beamlines ou d’autres techniques de mesure.

GNU Data Language (GDL) est un compilateur incrémental libre compatible avec IDL (Interactive Data Language). Sa syntaxe est entièrement compatible avec IDL 7.1. IDL est une marque déposée d’ITT Visual Information Solutions. À partir de IDL 8.0, les éléments de langage suivants sont pris en charge :

 — boucle FOREACH ;
 — indices de tableau négatifs ;
 — ramasse-miettes pour les pointeurs et objets ;
 — méthodes d’appel sur des objets en utilisant « . » (par exemple,
   `object.aMemberProcedure,arg1`).

Le système d’entrée et sortie de fichiers est complètement implémenté. La prise en charge de l’interface graphique (composants graphiques) est officiellement fournie, mais pas encore finie.

Ce paquet fournit le frontal de l’interpréteur en ligne de commande.

Le démon de service gpsd peut surveiller un ou plusieurs périphériques GPS connectés à un ordinateur hôte, rendant toutes les données d’emplacements et mouvements disponibles aux requêtes par TCP sur le port 2947.

Avec gpsd, plusieurs applications GPS clientes peuvent partager l’accès aux périphériques sans conflit ni perte de données. Aussi, gpsd répond aux requêtes dans un format qui est, de manière substantielle, plus facile à analyser que les différentes normes utilisées par les périphériques GPS.

Ce paquet incorpore aussi les outils courants ubxtool et gpsctl pour la configuration de périphérique locaux ainsi que ntpshmmon pour vérifier les données refclock générées.

This is a transitional package to ease upgrades to the python3-tango package. It can be safely removed.

It is simple to use in simple cases, but also supports complex pipelines that involve branching, joining, flow control, feedback, back pressure, and so on. Optionally, Streamz can also work with both Pandas and cuDF dataframes, to provide sensible streaming operations on continuous tabular data.

Taurus est un cadriciel de Python pour acquérir et contrôler des données en ligne de commande ou avec une interface graphique dans des environnements scientifiques ou industriels. Il gère plusieurs systèmes de contrôle ou sources de données : Tango, EPICS… De nouvelles bibliothèques de système de contrôle peuvent être intégrées à l’aide de greffons.

Il s'agit de la version Python 3 du paquet.

Rt-tests fournit un ensemble de programmes qui testent et mesurent divers composants de comportement en temps réel du noyau, tels que la latence d’horloge, la latence de signal et le fonctionnement des mutex suivant l’héritage de priorité. De plus, il fournit hackbench, un programme pour générer du travail pour l’ordonnanceur.

TANGO est un système de contrôle distribué orienté objet. Il permet la communication entre des processus de périphérique TANGO exécutés sur la même machine ou distribués sur le réseau. Ces processus peuvent fournir des services pour le système de contrôle sur l'ensemble du réseau, tels que le contrôle de matériel ou le traitement de données.

Ce paquet fournit un serveur de contrôle d'accès de TANGO. Il peut être utilisé pour gérer les utilisateurs et les adresses⋅IP qui ont la permission d’accéder aux périphériques TANGO.

TANGO est un système de contrôle distribué orienté objet. Il permet la communication entre des processus de périphérique TANGO exécutés sur la même machine ou distribués sur le réseau. Ces processus peuvent fournir des services pour le système de contrôle sur l'ensemble du réseau, tels que le contrôle de matériel ou le traitement de données.

Ce paquet fournit un serveur de base de données TANGO utilisant MySQL/MariaDB.

TANGO est un système de contrôle distribué orienté objet. Il permet la communication entre des processus de périphérique TANGO exécutés sur la même machine ou distribués sur le réseau. Ces processus peuvent fournir des services pour le système de contrôle sur l'ensemble du réseau, tels que le contrôle de matériel ou le traitement de données.

Ce paquet fournit un serveur de contrôle de périphérique TANGO. Il peut démarrer, arrêter ou rapporter l'état d'autres composants de TANGO.

Xenomai is a real-time development framework cooperating with the Linux kernel in order to provide a pervasive, interface-agnostic, hard real-time support to user-space applications, seamlessly integrated into the GNU/Linux environment. Xenomai provides its own API and emulation layers ("skins") to make migration from other RTOS easier. Examples are: pSOS+, VxWorks, VRTX, uiTRON, RTAI, POSIX.

This package contains the runtime programs and the testsuite for the Xenomai realtime system.

A digital multimeter (DMM) attached to the serial port is presented under a Qt surface. The tool plots values over time, has a simple scheduler for delayed starts and logging after a threshold was reached. It supports spawning external applications, too.

EPICS is a set of Open Source software tools, libraries and applications developed collaboratively and used worldwide to create distributed soft real-time control systems for scientific instruments such as a particle accelerators, telescopes and other large scientific experiments.

The RT-Preempt (http://rt.wiki.kernel.org) project provides patches to make Linux kernel capable of fulfilling hard realtime requirements. The aim is to eliminate all preemptivity and reactivity problems in the kernel over the time by adding deterministic preemption points. The -rt patches are constantly being worked on for mainline by the community.

Pengutronix's Realtime Linux for Debian project provides builds of the stock Linux kernel with the RT-Preempt patch (but without Debian patches).

MX is a data acquisition and control system that is designed to serve several functions:

• As a portable toolkit for writing data acquisition and control programs.
• As a standalone system capable of controlling entire experiments.
• As a platform for building device control servers to be used by other applications.
• As a way of extending other control systems and of glueing disparate control systems together.

OPeNDAP is a framework that simplifies all aspects of scientific data networking.

OPeNDAP provides software which makes local data accessible to remote locations regardless of local storage format.

OPeNDAP also provides tools for transforming existing applications into OPeNDAP clients (i.e., enabling them to remotely access OPeNDAP served data).

 The HART (Hardware Access in Real-Time) Toolbox can be used to
 generate Scicos-blocks for hardware that have a C/C++ interface. The
 blocks can be used under Linux for soft and hard real time tasks
 (RTAI). Blocks are provided for DAQ (COMEDI)

An easy to use Java program that allows you to digitize data points off of scanned plots, scaled drawings, or orthographic photographs. Includes an automatic digitization feature that can automatically digitize many types of functional data.