DebiChem Project
Summary
Analytical biochemistry
biochimica analitica per DebiChem

Questo metapacchetto installa pacchetti che permettono di:

  • caricare e convertire file di dati di spettrometria di massa;
  • modificare sequenze di biopolimeri;
  • elaborare flussi di lavoro complessi di spettrometria di massa;
  • effettuare ricerche in database di proteine usando dati da tandem-ms;
  • visualizzare ed esplorare dati di spettrometria di massa;
  • simulare cluster isotopici;
  • implementare flussi di lavoro di proteomica.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Analytical biochemistry packages

Official Debian packages with high relevance

Libmstoolkit-tools
librerie per manipolare dati di spettrometria di massa - strumenti
Versions of package libmstoolkit-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster82-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid82-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye82-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MSToolkit è una libreria C++ leggera per leggere, scrivere e manipolare dati di spettrometria di massa. È facile fare il link di MSToolkit con virtualmente ogni algoritmo C++ per una lettura e un'analisi di file veloci e facili.

Formati di file gestiti:

 -----------------------
  - mzML in sola lettura inclusa la compressione interna (zlib e numpress)
    ed esterna (.mzML.gz);
  - mxXML in sola lettura inclusa compressione interna (zlib) ed esterna
    (.mzXML.gz);
  - lettura/scrittura di mgf, ms1, ms2, bms1, bms2, cms1, cms2.

Interfaccia semplice:

 --------------------
  - apertura di qualsiasi formato di file da un'unica chiamata a funzione;
  - archivia ogni spettro in una struttura di dati semplice ed esaustiva;
  - lettura dei file con accesso sequenziale o casuale.

Questo pacchetto fornisce uno strumento per caricare spettri MS/MS.

Libpwiz-tools
ProteoWizard command line tools
Versions of package libpwiz-tools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.0.6585-2amd64,armel,armhf,i386
stretch3.0.9393-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.18342-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular and extensible set of open-source, cross-platform tools and libraries. The tools perform proteomics data analyses; the libraries enable rapid tool creation by providing a robust, pluggable development framework that simplifies and unifies data file access, and performs standard chemistry and LCMS dataset computations.

The primary goal of ProteoWizard is to eliminate the existing barriers to proteomic software development so that researchers can focus on the development of new analytic approaches, rather than having to dedicate significant resources to mundane (if important) tasks, like reading data files.

This package ships command line tools that include idconvert (conversion of MS identifications) and msconvert (conversion of MS raw data files from/to any supported format).

Please cite: M.C. Chambers, B. MacLean, R. Burke, D. Amode, D.L. Ruderman, S. Neumann, L. Gatto, B. Fischer, B. Pratt, J. Egertson, K. Hoff, D. Kessner, N. Tasman, N. Shulman, B. Frewen, T.A. Baker, M.-Y. Brusniak, C. Paulse, D. Creasy, L. Flashner, K. Kani, C. Moulding, S.L. Seymour, L.M. Nuwaysir, B. Lefebvre, F. Kuhlmann, J. Roark, P. Rainer, S. Detlev, T. Hemenway, A. Huhmer, J. Langridge, B. Connolly, T. Chadick, K. Holly, J. Eckels, E.W. Deutsch, R.L. Moritz, J.E. Katz, D.B. Agus, M. MacCoss, D.L. Tabb and P. Mallick: A cross-platform toolkit for mass spectrometry and proteomics.. (PubMed) Nature Biotechnology 30:918-920 (2012)
Lutefisk
interpretazione de novo dello spettro CID del peptide
Versions of package lutefisk
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.0.7+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.7+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.7+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.7+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.5a.cleaned-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.5a.cleaned-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package lutefisk:
fieldbiology, chemistry
roleprogram
sciencecalculation
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Lutefisk effettua una interpretazione de novo dello spettro CID (Collision-Induced Decay, decadimento indotto da collisione), fornendo all'utente un file contenente tutte le possibili sequenze candidate che corrispondono ai dati CID.

Massxpert
simulazione di dati di spettrometria di massa e modellazione per chimica dei polimeri (runtime)
Versions of package massxpert
ReleaseVersionArchitectures
sid6.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.4.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.3.6-1squeeze1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye6.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.2.3-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package massxpert:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useanalysing, simulating
works-withbiological-sequence
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

massXpert permette all'utente di effettuare i seguenti compiti;

  • costruire definizioni chimiche di polimeri assolutamente nuovi;
  • usare le definizioni per effettuare semplicemente calcoli in stile calcolatrice da tavolo;
  • effettuare sofisticate modifiche e simulazioni di sequenze di polimeri;
  • effettuare confronti della lista m/z.

Le simulazioni chimiche comprendono scissione (tanto chimica quanto enzimatica), frammentazione allo stato di gas, modificazione chimica di qualunque monomero nella sequenza polimerica, legami incrociati tra i monomeri nella sequenza, ricerche arbitrarie di massa...

Questo pacchetto fornisce il programma massXpert.

Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Minexpert2
estrazione e visualizzazione di dati spettrometrici di massa MS^n (runtime)
Versions of package minexpert2
ReleaseVersionArchitectures
bullseye7.4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid8.1.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

mineXpert2 permette all'utente di eseguire le seguenti attività:

  • aprire file di dati di spettrometria di massa (mzML, mzXML, asc, xy, ...);
  • visualizzare in una tabella l'intero insieme di dati, per un facile filtraggio;
  • calcolare e visualizzare il cromatogramma TIC;
  • calcolare e visualizzare una mappa di colori mz=f(rt);
  • per dati di mobilità, calcolare e visualizzare una mappa di colori mz=f(dt);
  • integrare i dati di spettrometria di massa da qualsiasi tipo di rappresentazione di dati (spettro di massa | drift, cromatogramma TIC | XIC, mappe di colori 2D) a qualsiasi altro tipo di rappresentazione di dati;
  • per qualsiasi caratteristica dei dati di massa (picco di massa, picco TIC | XIC, mappa di colore) integrare in un singolo valore di intensità XIC;
  • calcolare il cluster isotopico in maniera potente partendo da una formula chimica, opzionalmente con tassi di abbondanza isotopica definiti dall'utente;
  • fare il fit gaussiano su qualsiasi cluster isotopico per stimare la massa media di un dato ione;
  • fare la deconvoluzione di dati m/z guidata dal mouse (basata sull'inviluppo di carica o sul cluster isotopico);
  • esportare i dati in file di testo;
  • esportare la rappresentazione grafica dei dati spettrometrici di massa in file grafici in numerosi formati (jpg, png, pdf).

Questo pacchetto installa il programma mineXpert2.

Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Mmass
strumento per spettrometria di massa per proteomica
Versions of package mmass
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.5.0-5all
squeeze2.4.0-4all
buster5.5.0-5all
jessie5.5.0-4all
wheezy5.1.0-2all
Debtags of package mmass:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scienceplotting, visualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing
works-withbiological-sequence, db
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 9 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

mMass è un visualizzatore/analizzatore libero per spettrografia di massa con cui possono essere eseguiti i seguenti compiti relativi alla proteomica:

  • aprire spettri di massa in puro testo, mzXML e mzData;
  • definire elenchi di picchi;
  • potente visualizzatore di spettri di massa (zoom, cursore, ...);
  • ricalibrare dati;
  • simulazioni solo-proteine;
  • ricerche Mascot online.

Il software può essere facilmente esteso con moduli aggiuntivi Python. Questo pacchetto contiene le parti del software indipendenti dalla piattaforma.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Screenshots of package mmass
Openms
pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS
Versions of package openms
ReleaseVersionArchitectures
sid2.5.0+cleaned1-5all
jessie1.11.1-5all
bullseye2.6.0+cleaned1-3all
sid2.6.0+cleaned1-3all
buster2.4.0-real-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OpenMS è un pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS. OpenMS offre un'infrastruttura per lo sviluppo di software relativo alla spettrometria di massa e potenti soluzioni per la visualizzazione 2D e 3D.

TOPP (OpenMS proteomic pipeline) è una catena di strumenti per l'analisi di dati HPLC/MS. Consiste di un insieme di numerose piccole applicazioni che possono essere concatenate insieme per creare catene di analisi su misura per un problema specifico.

Questo è un metapacchetto che dipende sia dal pacchetto delle librerie libopenms (libOpenMS e libOpenMS_GUI), sia dal pacchetto dell'OpenMS Proteomic Pipeline (topp).

Please cite: Marc Sturm, Andreas Bertsch, Clemens Gröpl, Andreas Hildebrandt, Rene Hussong, Eva Lange, Nico Pfeifer, Ole Schulz-Trieglaff, Alexandra Zerck, Knut Reinert and Oliver Kohlbacher: OpenMS – an Open-Source Software Framework for Mass Spectrometry. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 9(163) (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package openms
Python3-pymzml
analisi di dati di spettrometria di massa mzML (Python 3.x)
Versions of package python3-pymzml
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.4.7-3all
stretch0.7.6-dfsg-4all
sid2.4.7-3all
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

python-pymzml è un'estensione per Python che offre:

  • facile accesso a dati di spettrometria di massa (MS) che permette lo sviluppo rapido di strumenti;
  • un analizzatore veramente veloce di dati mzML, lo standard per ciò che riguarda i formati di dati di spettrometria di massa;
  • un insieme di funzioni per confrontare o gestire spettri.

Questo pacchetto contiene python-pymzml per Python 3.

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
R-cran-maldiquant
pacchetto GNU R per analisi quantitativa di dati di spettrometria di massa
Versions of package r-cran-maldiquant
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.11-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.16.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.18-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.19.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.19.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package r-cran-maldiquant:
biologypeptidic
devellang:r, library
fieldbiology, chemistry, statistics
roledevel-lib
scienceplotting
useanalysing
Popcon: 11 users (3 upd.)*
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License: DFSG free
Git

MALDIquant fornisce una pipe completa di analisi per MALDI-TOF e altri dati di spettrometria di massa. Le caratteristiche distintive includono la sottrazione della linea di base usando l'algoritmo SNIP, l'allineamento dei picchi usando funzioni di warping, la gestione di misure replicate, permettendo inoltre l'uso di spettri con risoluzioni diverse.

Please cite: Sebastian Gibb and Korbinian Strimmer: MALDIquant: a versatile R package for the analysis of mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 28(17):2270-2271 (2012)
R-cran-maldiquantforeign
pacchetto GNU R che fornisce funzioni di importazione ed esportazione per MALDIquant
Versions of package r-cran-maldiquantforeign
ReleaseVersionArchitectures
sid0.12-2all
jessie0.9-2amd64,armel,armhf,i386
stretch0.10.1-1all
buster0.12-1all
bullseye0.12-2all
Debtags of package r-cran-maldiquantforeign:
devellang:r
fieldbiology, chemistry
useanalysing
Popcon: 9 users (3 upd.)*
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License: DFSG free
Git

il pacchetto MALDIquantForeign legge (tab, csv, Bruker fid, Ciphergen XML, mzXML, mzML, imzML, Analyze 7.5) e scrive (tab, csv, msd, mzML) diversi formati di file per dati di spettrometria di massa in e da oggetti MALDIquant.

R-cran-mixtools
strumenti GNU R per analizzare modelli finiti misti
Versions of package r-cran-mixtools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.1.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 12 users (3 upd.)*
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Git

Il pacchetto mixtools di GNU R è una raccolta di funzioni R per analizzare modelli finiti misti. Questo pacchetto è basato sul lavoro supportato dalla National Science Foundation con la borsa di ricerca n. SES-0518772.

Please cite: Tatiana Benaglia, Didier Chauveau, David R. Hunter and Derek Young: mixtools: An R Package for Analyzing Finite Mixture Models. (eprint) Journal of Statistical Software 32(6):1-29 (2009)
R-cran-readbrukerflexdata
pacchetto GNU R per leggere file in formato *flex di Bruker Daltonics
Versions of package r-cran-readbrukerflexdata
ReleaseVersionArchitectures
buster1.8.5-2all
sid1.8.5-3all
bullseye1.8.5-3all
stretch1.8.3-1all
jessie1.8-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package r-cran-readbrukerflexdata:
devellang:r, library
fieldbiology, chemistry, statistics
roledevel-lib
useanalysing
Popcon: 11 users (3 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Il pacchetto readBrukerFlexData legge i file dei dati acquisiti con spettrometria di massa MALDI-TOF da apparecchiature Bruker Daltonics della serie *flex.

R-cran-readmzxmldata
pacchetto GNU R per leggere dati di spettrometria di massa in formato mzXML
Versions of package r-cran-readmzxmldata
ReleaseVersionArchitectures
buster2.8.1-3all
bullseye2.8.1-4all
sid2.8.1-4all
jessie2.8-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package r-cran-readmzxmldata:
devellang:r
fieldbiology, chemistry
useanalysing
works-with-formatxml
Popcon: 11 users (3 upd.)*
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Git

Il pacchetto readMzXmlData contiene funzioni per leggere dati di spettrometria di massa in formato mzXML.

R-other-amsmercury
calcolo efficiente di massa e abbondanza accurate per picchi isotopici
Versions of package r-other-amsmercury
ReleaseVersionArchitectures
buster1.3.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.0-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.3.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto GNU R fornisce un calcolo efficiente per massa e abbondanza accurate per picchi isotopici. È una precondizione per R NITPICK che esegue l'identificazione dei picchi per dati di spettrometria di massa.

R-other-curvefdp
stima dei livelli di confidenza per l'identificazione di peptidi
Versions of package r-other-curvefdp
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0-1all
stretch2.0-2all
bullseye2.0-6all
sid2.0-6all
buster2.0-5all
Popcon: 3 users (2 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Questo è un pacchetto per GNU R per la pubblicazione intitolata "Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases" su "Analytical Chemistry". La funzione curveFDR(scores) fa il fit di un modello di mistura di distribuzioni gaussiane a una distribuzione di punteggi di identificazione di peptidi e perciò permette la stima di livelli di confidenza basati sulla proporzione di false scoperte.

Please cite: Bernhard Y. Renard abd Wiebke Timm, Marc Kirchner, Judith A. J. Steen, Fred A. Hamprecht and Hanno Steen: Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases. (eprint) Analytical Chemistry 82(11):4314-4318 (2010)
R-other-iwrlars
regressione least angle, lasso, lasso positivo e forward stagewise
Versions of package r-other-iwrlars
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.9-5-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.9-5-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9-5-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.9-5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto GNU R fornisce procedure efficienti per fare il fit di un'intera sequenza lasso al costo di un solo fit ai minimi quadrati. La regressione LAR (Least Angle Regression) e la regressione infinitesimale forward stagewise sono correlate al lasso descritto in http://www-stat.stanford.edu/~hastie/Papers/#LARS.

Questa è una versione modificata del pacchetto lars originale di Hastie ed Efron, che fornisce una modifica a LARS per lasso non negativo.

R-other-nitpick
identificazione dei picchi per dati di spettrometria di massa
Versions of package r-other-nitpick
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.0-7all
sid2.0-7all
stretch2.0-2all
buster2.0-5all
jessie2.0-1all
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto R permette un'estrazione affidabile di caratteristiche da spettri di massa e aiuta nell'analisi automatica di esperimenti di spettrometria di massa (MS) per la proteomica.

Questa è l'implementazione NITPICK per il rilevamento dei picchi in spettri MS.

Please cite: Bernhard Y Renard, Marc Kirchner, Hanno Steen, Judith AJ Steen and Fred A Hamprecht: NITPICK: peak identification for mass spectrometry data. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 9:355 (2008)
Tandem-mass
software per spettrometria di massa per identificare proteine
Versions of package tandem-mass
ReleaseVersionArchitectures
bullseye201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2013.09.01-2amd64,armel,armhf,i386
stretch20151215-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 19 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

X! Tandem può trovare la corrispondenza tra spettri di massa tandem e sequenze peptidiche, in un processo che viene comunemente usato per effettuare l'identificazione delle proteine.

Questo software ha una API (interfaccia per programmazione di applicazioni) molto semplice e non sofisticata: accetta semplicemente nella riga di comando un file XML con le istruzioni e produce in output i risultati in un file XML che è stato specificato nel file XML di input. Il formato del file di output è descritto all'indirizzo http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

A differenza di alcuni motori di ricerca delle generazioni precedenti, tutta la serie X! dei motori di ricerca calcola l'intervallo statistico di confidenza (valori attesi) per tutte le singole assegnazioni spettro-sequenza. Riassemblano anche tutti le assegnazioni dei peptidi in un insieme di dati nelle sequenze proteiche conosciute e assegnano la confidenza statistica che questo assemblaggio e allineamento non siano casuali. È possibile trovare la formula all'interno; perciò non è necessario utilizzare un software separato per l'assemblaggio e l'analisi statistica, come ad esempio PeptideProphet e ProteinProphet.

Toppic
Top-down proteoform identification and characterization (programs)
Versions of package toppic
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.3.0+dfsg1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0+dfsg1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.4.12
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

The TopPIC Suite consists of four software tools for the interpretation of top-down mass spectrometry data: TopFD, TopPIC, TopMG, and TopDiff.

 -TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) is a software tool
   for top-down spectral deconvolution and a successor to MS-Deconv.  It
   groups top-down spectral peaks into isotopomer envelopes and converts
   isotopomer envelopes to monoisotopic neutral masses. In addition, it
   extracts proteoform features from LC-MS or CE-MS data.
 -TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification
   and Characterization) identifies and characterizes proteoforms at the
   proteome level by searching top-down tandem mass spectra against a
   protein sequence database. TopPIC is a successor to MS-Align+. It
   efficiently identifies proteoforms with unexpected alterations, such
   as mutations and post-translational modifications (PTMs), accurately
   estimates the statistical significance of identifications, and
   characterizes reported proteoforms with unknown mass shifts. It uses
   several techniques, such as indexes, spectral alignment, generation
   function methods, and the modification identification score (MIScore),
   to increase the speed, sensitivity, and accuracy.
 -TopMG (Top-down mass spectrometry based proteoform identification
   using Mass Graphs) is a software tool for identifying ultra-modified
   proteoforms by searching top-down tandem mass spectra against a
   protein sequence database.  It is capable of identifying proteoforms
   with multiple variable PTMs and unexpected alterations, such as
   histone proteoforms and phosphorylated ones.  It uses mass graphs,
   which efficiently represent candidate proteoforms with multiple
   variable PTMs, to increase the speed and sensitivity in proteoform
   identification. In addition, approximate spectrum-based filtering
   methods are employed for protein sequence filtering, and a Markov
   chain Monte Carlo method (TopMCMC) is used for estimating the
   statistical significance of identifications.
 -TopDiff (Top-down mass spectrometry-based identification of
   Differentially expressed proteoforms) compares the abundances of
   proteoforms and finds differentially expressed proteoforms by using
   identifications of top-down mass spectrometry data of several protein
   samples.
Xtpcpp
versione C++ di X!TandemPipeline
Versions of package xtpcpp
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.4.18-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.18-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 4 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Il programma permette di eseguire le seguenti attività:

  • leggere file xml di risultati di X!Tandem;
  • leggere file dat di risultati di MASCOT;
  • leggere file pepXML di risultati di TPP;
  • leggere file mzIdentML di risultati di PSI;
  • eseguire analisi X!Tandem attraverso un'interfaccia utente grafica;
  • implementare vari filtri basati su valori statistici;
  • potenti algoritmi originali di raggruppamento per filtrare la ridondanza;
  • modalità fosfopeptidi per gestire insiemi di dati di fosfoproteomica;
  • modificare, cercare e ordinare i dati graficamente;
  • navigatore di cromatogrammi XIC (eXtracted Ion Current);
  • confronto di modelli teorici di isotopi con aree MS1 XIC misurate;
  • esportazione di dati direttamente in Microsoft Office 2010 e LibreOffice (esportazione ods);
  • gestione molto veloce di enormi insiemi di dati;
  • esecuzione della quantificazione di peptidi tramite esportazione MassChroQml.
Please cite: Olivier Langella, Benoît Valot, Thierry Balliau, Mélisande Blein-Nicolas, Ludovic Bonhomme and Michel Zivy: X!TandemPipeline: A Tool to Manage Sequence Redundancy for Protein Inference and Phosphosite Identification. (PubMed,eprint) Journal of Proteome Research 16(2):494-503 (2017)

Official Debian packages with lower relevance

Libisospec++-dev
Isotopic fine structure calculator (C++ development files)
Versions of package libisospec++-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid2.1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.9.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

IsoSpec implements an algorithm for fast computation of isotopologues of chemical substances that can alternate between joint probability and peak height threshold.

This package ships the development files.

Please cite: Mateusz K. Łącki, Michał Startek, Dirk Valkenborg and Anna Gambin: IsoSpec: Hyperfast Fine Structure Calculator. (PubMed,eprint) Analytical Chemistry 89(5):3272-3277 (2017)
Libpwiz-dev
library to perform proteomics data analyses (devel files)
Versions of package libpwiz-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.0.6585-2amd64,armel,armhf,i386
bullseye3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.9393-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.18342-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.18342-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libpwiz-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular and extensible set of open-source, cross-platform tools and libraries. The tools perform proteomics data analyses; the libraries enable rapid tool creation by providing a robust, pluggable development framework that simplifies and unifies data file access, and performs standard chemistry and LCMS dataset computations.

The primary goal of ProteoWizard is to eliminate the existing barriers to proteomic software development so that researchers can focus on the development of new analytic approaches, rather than having to dedicate significant resources to mundane (if important) tasks, like reading data files.

This package ships the library development files.

Please cite: M.C. Chambers, B. MacLean, R. Burke, D. Amode, D.L. Ruderman, S. Neumann, L. Gatto, B. Fischer, B. Pratt, J. Egertson, K. Hoff, D. Kessner, N. Tasman, N. Shulman, B. Frewen, T.A. Baker, M.-Y. Brusniak, C. Paulse, D. Creasy, L. Flashner, K. Kani, C. Moulding, S.L. Seymour, L.M. Nuwaysir, B. Lefebvre, F. Kuhlmann, J. Roark, P. Rainer, S. Detlev, T. Hemenway, A. Huhmer, J. Langridge, B. Connolly, T. Chadick, K. Holly, J. Eckels, E.W. Deutsch, R.L. Moritz, J.E. Katz, D.B. Agus, M. MacCoss, D.L. Tabb and P. Mallick: A cross-platform toolkit for mass spectrometry and proteomics.. (PubMed) Nature Biotechnology 30:918-920 (2012)
Libpwizlite-dev
Library to load mzML/mzXML files (dev files)
Versions of package libpwizlite-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This library is a dumbed-down version of the Proteowizard library. This library only contains the required features to load standard mzML/mzXML mass spectrometry data files.

See http://proteowizard.sourceforge.net/ for the original project.

This package ships the development files.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Biceps
error-tolerant peptide identification
Versions of package biceps
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.201401-1all
Versions and Archs
License: BSDlike
Debian package not available
Git
Version: 0.0.201401-1

BICEPS is tool for the error-tolerant identification of peptides based on a statistical regularization scheme. It balances possible improvements in peptide-spectrum-matches by allowing substitutions against the increased risk of false positives. BICEPS can identify peptides containing two or more substitutions as occuring e.g. in cross-species searches.

Please cite: Bernhard Y. Renard‡and Buote Xu, Marc Kirchner, Franziska Zickmann‡and Dominic Winter, Simone Korten‡and Norbert W. Brattig‡and Amit Tzur, Fred A. Hamprecht and Hanno Steen: Overcoming Species Boundaries in Peptide Identification with Bayesian Information Criterion-driven Error-tolerant Peptide Search (BICEPS). (PubMed,eprint) Mol Cell Proteomics ;11(7):M111.014167 (2012)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203033