DebiChem Project
Summary
Semi empirical calculations
DebiChem - Semi Empirical

Denne metapakke vil installere Semi Empirical, som kan være nyttig for kemikere.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Semi empirical calculations packages

Official Debian packages with high relevance

Cp2k
Ab initio-molekylærdynamik
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
bullseye8.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.2.426-8amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid8.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream8.2
Popcon: 12 users (8 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CP2K er et program til at udføre simuleringer af faststof-, fluid-, molekyl- samt biologiske systemer. Det er specielt rettet mod massivt parallelle og lineært skalerende elektronstrukturmetoder og simulationer med moderne ab-initio-molekylærdynamik (AIMD).

CP2K er optimeret til den blandede Gaussfunktions- og planbølgemetode (GPW) baseret på pseudopotentialer, men er også stand til at køre fuldelektron- eller rene planbølge-/Gaussfunktionsberegninger. Inkluderede funktioner:

Ab-initio elektronstrukturmetoder med QUICKSTEP-modulet:

  • Energier og kræfter fra tæthedsfunktionalteori (DFT)
  • Energier og kræfter fra Hartree-Fock (HF)
  • Energier og kræfter fra andenordens perturbationsteori med Møller-Plesset (MP2)
  • Energier med random phase approximation (RPA)
  • Periodiske eller uperiodiske (gasfase) grænsebetingelser
  • Basissæt omfatter flere standardtyper af Gaussorbitaler (GTO'er), pseudopotentialer med planbølger, »augmented« planbølger (APW) og en blandet Gaussmetode plus (»augmented«) planbølgemetode (GPW / GAPW)
  • Normkonserverende, separable Goedecker-Teter-Hutter-pseudopotentialer (GTJH) og pseudopotentialer med ikke-lineære kernekorrektioner (NLCC), eller fuldelektronberegninger
  • Lokaltæthedsapproksimationen (LDA) for XC inklusive SVWN3, SVWN5, PW92 og PADE
  • Gradientkorrigerede (GGA) XC-funktionaler inklusive BLYP, BP86, PW91, PBE og HCTH120 såvel som meta-GGA-funktionalet TPSS
  • Hybrid-XC-funktionaler med eksakt Hartree-Fockudveksling (HFX) inklusive B3LYP, PBE0 og MCY3
  • Dobbelthybridfunktionaler inklusive B2PLYP og B2GPPLYP
  • Yderligere XC-funktionaler med LibXC
  • Dispersionskorrektioner via parpotentialmodellerne DFT-D2 og DFT-D3
  • Ikke-lokale van der Waals-korrektioner for XC-funktionaler inklusive B88-vdW, PBE-vdW og B97X-D
  • DFT+U-korrektion (Hubbard)
  • Tæthedsfit for DFT via Blöchl eller tæthedsafledte atomare punktladninger (DDAPC) og HFX via »auxiliary density matrix methods« (ADMM) og for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
  • Tynde (»sparse«) matrixrepræsentationer og prescreeningteknikker for lineært skalerende udregning af Kohn-Sham-matrixelementer (KS)
  • Orbitaltransformation (OT) eller direkte inversion af det iterative underrum (DIIS) til selvkonsistent minimering (SCF)
  • Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave-metode (LRIGPW)
  • Energier med absolut lokaliseret molekylorbital-SCF (ALMO-SCF) til lineært skalerende molekylsystemer
  • Exciterede tilstande via tidsafhængig tæthedsfunktionalperturbationsteori (TDDFPT)

Ab-initio-molekylærdynamik:

  • Born-Oppenheimer-molekylærdynamik (BOMD)
  • Ehrenfest-molekylærdynamik (EMD)
  • PS-ekstrapolation af begyndelsesbølgefunktion
  • Tidsreversibel altid stabil predictor-corrector-integrator (ASPC)
  • Approksimativ Car-Parrinello-agtig Born-Oppenheimer-molekylærdynamik med Langevin (Andengenerations Car-Parrinello-molekylærdynamik (SGCP))

Blandede kvante-/klassiske simulationer (QM/MM):

  • Multigrid-metoder til evaluering af Coulombvekselvirkninger mellem kvante- og klassiske dele
  • Håndtering af periodiske grænsebetingelser ved hjælp af lineært skalerende elektrostatisk kobling
  • Adaptiv QM/MM

Yderligere funktioner omfatter:

  • Enkeltpunktsenergier, geometrioptimeringer og frekvensberegninger
  • Adskillige algoritmer til nudged elastic band (NEB) til beregning af minimumenergivej (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
  • Global optimering af geometrier.
  • Solvation via Self-Consistent Continuum Solvation-modellen (SCCS)
  • Semiempiriske beregninger med parametriseringerne AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL og PM6, tight-binding med tæthedsfunktionalteori (DFTB) og tight-binding med selfkonsistent polarisering (SCP-TB) med valgfri periodicitet
  • Klassiske molekylærdynamiksimulationer (MD) i det mikrokanoniske ensemble (NVE) eller kanoniske ensemble (NVT) med Nose-Hoover og kanonisk sampling gennem termostater der omskalerer hastigheder (CSVR)
  • Metadynamik inklusive veltempereret metadynamik til fri energi-beregninger
  • Klassiske kraftfeltsimuleringer (MM)
  • Monte Carlo-simuleringer med Kohn-Sham-DFT
  • Statiske (f.eks. spektra) og dynamiske (f.eks. diffusion) egenskaber
  • ATOM-koden til at generere pseudopotentialer
  • Integreret optimering af molekylære basissæt

CP2K implementerer ikke konventionel Car-Parinello-molekylærdynamik (CPMD).

Molds
Semiempirisk elektronisk struktur og molekylær dynamik
Versions of package molds
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.3.1-1amd64,armhf,i386
stretch0.3.1-1amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el
buster0.3.1-1amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bullseye0.3.1-1amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid0.3.1-1amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

MolDS er en semiempirisk elektronisk struktur og molekylær dynamikpakke.

Indeholdte funktioner:

  • Semiempiriske metoder CNDO2, INDO, ZINDO/S, MNDO, AM1 og PM3
  • Excited States via Single Configuration Interaction (CIS)
  • Dispersion corrections til AM1 (AM1-D) og PM3 (PM3-D)
  • Pairwise Distance Directed Gaussian (PDDG)-korrektion til PM3 (PM3/PDDG)
  • Single-Point-, geometrioptimerings-, Molecular Dynamics (MD)-, Monte-Carlo (MC)- og Polymer Molecular Dynamics (RPMD)-beregningstyper

MolDS indeholder i øjeblikket parametre for elementerne H, C, N, O og S.

Mopac7-bin
Semiempirisk kvantekemibibliotek (binære filer)
Versions of package mopac7-bin
ReleaseVersionArchitectures
sid1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.15-6amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.15-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.15-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package mopac7-bin:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 8 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

MOPAC tilbyder rutiner til at løse de elektroniske strukturer for molekyler på et semiempirisk niveau. Tilgængelige metoder inkluderer MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3.

Denne pakke indeholder de MOPAC7-binære filer.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 197270