Debian Science Meteorology packages

CDFTOOLS est un paquet de diagnostic écrit en fortran 90 pour l'analyse de sortie de modèle NEMO dans le cadre du projet DRAKKAR. NEMO (« Nucleus for European Modelling of the Ocean ») est un environnement de modélisation de pointe pour la recherche océanographique, la prévision météo saisonnière en océanographie opérationnelle et les études de climat.

Les opérateurs de données de climat sont un ensemble d'opérateurs en ligne de commande pour manipuler et analyser les données de modèle de climat. Les formats pris en charge sont GRIB, netCDF, SERVICE, EXTRA et IEG. Plus de 400 opérateurs sont disponibles.

Ce paquet fournit des tables à utiliser avec CMOR qui décrivent les variables et le format des données requises.

CMOR utilise ces tables pour vérifier la validité de la sortie.

Le cadriciel Common Data Access permet la lecture de données scientifiques pour manipuler et analyser des données de modèle climatique. Les formats pris en charge sont GRIB, netCDF, SERVICE, EXTRA et IEG. Plus de 400 opérateurs sont disponibles.

Cylc (« silk ») est un moteur de suite et un méta-ordonnanceur, qui est spécialisé dans des suites de tâches cycliques pour les prévisions météorologiques, de modélisation du climat et des processus voisins (il peut l’être aussi pour des flux opérationnels ponctuels de tâches non cycliques, ce qui constitue un problème moindre).

DB-All.e est une base de données rapide où les données météorologiques observées ou prévisionnelles peuvent être enregistrées, recherchées, récupérées et mises à jour.

Cette base logicielle permet de gérer de gros volumes de données en utilisant son interface de programmation simple et fournit des outils pour les visualiser, importer et exporter dans les formats standards BUFR, AOF et CREX

Les principales caractéristiques de DB-ALL.e sont :

• des interfaces de programmation en Fortran, C, C++ et Python sont

  fournies ;
  

  • pour rendre les calculs plus simples, les données sont stockées comme des quantités physiques, c'est-à-dire en tant que mesures d'une variable en un point spécifique de l'espace et du temps, plutôt qu'une suite de rapports ;
  • la représentation interne est semblable aux standards BUFR et CREX WMO (dirigée par des codes de tables) et des utilitaires pour l'import et l'export sont inclus (génériques et selon le modèle ECMWF) ;
  • la représentation est en 7 dimensions : coordonnées de latitude et longitude géographiques, coordonnée verticale dirigée par une table, temps de référence, observation et spécification de prévision dirigées par une table, type de données dirigé par une table ;
  • possibilité de stocker des informations supplémentaires liées aux données, comme des intervalles de confiance pour le contrôle de qualité ;
  • possibilité de stocker des informations supplémentaires liées aux stations ;
  • les variables peuvent être représentées par des nombres réels ou entiers, ou des caractères, avec la précision appropriée pour le type de valeur mesurée ;
  • il est basé sur des principes physiques, c'est-à-dire que les données qu'il contient sont définies en termes de données physiques homogènes et cohérentes. Par exemple, il est impossible que deux valeurs incompatibles existent en un même point de l'espace et du temps ;
  • il peut gérer des stations fixes ou en mouvement telles que des avions ou des bateaux ;
  • il peut gérer à la fois des données observées et des données prévisionnelles ;
  • il peut gérer des données dans les 3 dimensions de l'espace, telles que des données de sons ou des avions ;
  • l'information des rapports est préservée, il peut fonctionner sur la base de paramètres physiques ou de types de rapports.

Ferret est un environnement interactif de visualisation et d’analyse par ordinateur conçu pour satisfaire les besoins d’océanographes et de météorologistes qui analysent des jeux de données maillées larges et complexes. Il peut de manière transparente accéder à de vastes bases de données distantes sur Internet en utilisant OPeNDAP (anciennement connu sous le nom de DODS).

Ferret possède une souplesse du genre de Mathematica, un formatage géophysique, une connexion « intelligente » à sa base de données, une gestion de la mémoire pour de très grands calculs et un traitement symétrique en quatre dimensions. Il peut travailler avec des jeux de données maillées et non maillées.

Le modèle FLEXPART est un modèle lagrangien de dispersion de particules, développé à l’Institut norvégien de recherche sur l’air dans le département de recherche sur le climat et l’atmosphère. L’équipe de développement du modèle est composée de Andreas Stohl (auteur original de FLEXPART), Sabine Eckhardt, Harald Sodemann et John Burkhart.

Les modèles de transport sont des outils importants pour étudier les phénomènes de déplacement dans l’atmosphère. Dans les sciences environnementales, ils sont souvent utilisés pour établir des relations entre la source et le récepteur des polluants aériens.

FLEXTRA peut être utilisé pour calculer les différents types de trajectoires avant ou arrière, et possède des fonctions pour estimer l’incertitude des trajectoires. Il est particulièrement conçu pour calculer des séquences de trajectoires de longue durée pour plusieurs emplacements de récepteur.

FLEXTRA peut être utilisé avec les stations météorologiques Metview pour visualiser des trajectoires.

fpzip is a library and command-line utility for lossless and optionally lossy compression of 2D and 3D floating-point arrays. fpzip assumes spatially correlated scalar-valued data, such as regularly sampled continuous functions, and is not suitable for compressing unstructured streams of floating-point numbers. This package provides command-line utilities.

GrADS (Grid Analysis and Display System) est un outil interactif pour le bureau utilisé pour un accès facile à des données des sciences de la Terre, leur manipulation et leur représentation. Le format de données peut être binaire, GRIB, NetCDF ou HDF-SDS (Scientific Data Sets). GrADS est mis en œuvre de par le monde sur divers systèmes d’exploitation communément utilisés et est distribué de manière libre par Internet.

GrADS utilise un environnement quadri-dimensionnel : longitude, latitude, altitude et heure. Les ensembles de données sont placés à l’intérieur d’un espace 4 D en utilisant un fichier de descripteurs de données. GrADS exploite les données de station ainsi que des données de maillage, et celui-ci peut être, régulier, à espacement non linéaire, gaussien ou de résolution variable. Les données de différents ensembles peuvent être superposées, avec des enregistrements spatiaux et temporels corrects. Les opérations sont exécutées interactivement par la saisie d’expressions de type FORTRAN sur la ligne de commande. Un ensemble abondant de fonctions internes est fourni, mais les utilisateurs peuvent aussi ajouter leurs propres fonctions sous forme de routines externes écrites dans n’importe quel langage de programmation.

Les données peuvent être affichées en utilisant diverses techniques : graphique linéaire ou à barres, nuage de points, lissage de contour, ombrage de contour, ligne de courant, vecteur vent, maillage grisé et modèle de pointage de station météo. Les graphiques peuvent être produits en PostScript ou sous forme d’images. GrADS le fait avec des valeurs par défaut probables du point de vue géophysique, mais l’utilisateur a la possibilité de contrôler tous les aspects de la sortie graphique.

GrADS possède une interface programmable (langage de script) permettant des applications d’analyses sophistiquées et d’affichage. Des scripts sont à utiliser pour afficher des boutons ou des menus déroulants ainsi que des graphiques, et permettre des actions basées sur des pointages et cliquages d’utilisateur. GrADS peut être exécuté en mode de traitement par lots (batch), et le langage de script facilite la réalisation de travaux de nuit de traitement par lots.

HARP est une boîte à outils pour avaler, traiter et comparer des données de satellite ou de modèle à des données corrélées. La boîte à outils est composée d'un ensemble d'outils en ligne de commande, une bibliothèque⋅C de fonctions d'analyse et des interfaces d'importation et d'exportation pour Python. L'objectif principal de HARP est d'aider à la comparaisons entre jeux de données. En chaînant de manière appropriée des appels aux outils en ligne de commande de HARP, il est possible de prétraiter des données de satellite, de modèle ou de données corrélées telles que deux jeux de données qui, pour être comparés, doivent finir par avoir la même trame temporelle et spatiale, les mêmes format et structure de données ainsi que les mêmes unités physiques.

Ce paquet fournit les utilitaires binaires de HARP.

Atlas is an ECMWF library for parallel data-structures supporting unstructured grids and function spaces, with the aim to investigate alternative more scalable dynamical core options for Earth System models, and to support modern interpolation and product generation software.

Atlas is predominantly C++ code, with main features available to Fortran codes through a F2003 interface. ECMWF is the European Centre for Medium-Range Weather Forecasts.

OPeNDAP provides software that allows you to access data over the internet, from programs that weren't originally designed for that purpose, as well as some that were. While OPeNDAP is the original developer of the Data Access protocol which its software uses, many other groups have adopted DAP and provide compatible clients, servers and software development kits.

This package contains the 'getdap' client binary.

OPeNDAP provides software that allows you to access data over the internet, from programs that weren't originally designed for that purpose, as well as some that were. While OPeNDAP is the original developer of the Data Access protocol which its software uses, many other groups have adopted DAP and provide compatible clients, servers and software development kits.

ecCodes is the ECMWF encoding/decoding software for GRIB and BUFR.

This is a useful set of command line tools to give quick access to grib messages.

ECMWF is the European Centre for Medium-Range Weather Forecasts.

ecKit is a cross-platform c++ toolkit that supports development of tools and applications at ECMWF. It is based on code developed over the last 20 years within the MARS software and was re-factored out to be reused by other applications. The main focus is UNIX/POSIX systems, and it has been thoroughly tested on AIX, Linux and Mac OSX. Historically, the code base pre-dates and in some way can be seen as a leaner substitute for some 'Boost' libraries.

ECMWF is the European Centre for Medium-Range Weather Forecasts.

The Interpolation library (EMOSLIB) includes Interpolation software and GRIB, BUFR, CREX encoding/decoding routines. It is used by the ECMWF meteorological archival and retrieval system (MARS) and also by the ECMWF graphics package MetView.

This package provide bufr-* and other tools

This is a toolkit from ECMWF to make ecKit interoperable with Fortran.

ECMWF is the European Centre for Medium-Range Weather Forecasts.

MetKit is a toolkit from ECMWF for manipulating and describing meteorological objects, implementing the MARS language and associated processing and semantics.

This package contains the tool 'parse-mars-request'

Magics++ est la toute dernière génération du logiciel de tracé, MAGICS, du « Centre européen pour les prévisions météorologiques à moyen terme ». Bien que complètement refondu en C++, il est prévu pour être aussi rétrocompatible que possible avec l’interface en Fortran. Outre ses interfaces de programmation (Fortran et C), Magics++ fournit MagML, un langage de description de tracés basé sur XML, destiné à la production web automatique.

Ce paquet fournit l’exécutable MagcML pouvant être utilisé avec magics++.

MBDyn est le premier logiciel libre et générique d’analyse de comportement dynamique de systèmes multicorps.

MBDyn propose la simulation multidisciplinaire intégrée de systèmes multicorps, de systèmes multiphysiques, incluant la mécanique non linéaire de corps rigides ou souples sujets à des contraintes cinématiques, avec des matériaux « intelligents », des réseaux électriques, des contrôles actifs, des réseaux hydrauliques, et l’aérodynamique des aérogires ou des aérodynes.

MBDyn réalise la simulation du comportement de mécanismes hétérogènes, de systèmes de contrôle automatique aéroélastique (aeroservoelastic) basés sur des équations de principes premiers.

MBDyn peut être aisément couplé avec des solveurs externes pour une co-simulation de problèmes multiphysiques, par exemple, la mécanique des fluides numérique, la terradynamique, les solveurs de diagrammes en bloc tels Scicos, Scicoslab et Simulink, en utilisant C, C++ ou une IPA équivalente en Python.

MBDyn est activement développé et utilisé dans l’industrie aérospatiale (aéronef, hélicoptères, tiltrotors, véhicules spatiaux), les éoliennes, l’automobile (voitures, camions) et la mécatronique (robots industriels, robots parallèles, micro-drones) pour l’analyse et la simulation de la dynamique de systèmes complexes.

Metview a été conçu pour être un système flexible, modulaire et extensible, capable de faire face à l’évolution des besoins des utilisateurs. Le système est basé sur les normes CEPMMTT (ECMWF) pour les graphismes (Magics) et l’accès au données (MARS) mais peut aussi accéder à des données locales. L’interface utilisateur est basée sur Motif et Qt. Metview est un système entièrement distribué où les modules peuvent s’exécuter sur des stations de travail et serveurs différents.

Metview est un projet coopératif entre CEPMMTT et INPE/CPTEC, Brésil. ECMWF a été aussi aidé par un employé de Météo-France.

The NCAR Command Language (NCL) is a free interpreted language designed specifically for scientific data processing and visualization. NCL has robust file input and output. It can read and write netCDF-3, netCDF-4 classic HDF4, HDF5, binary, and ASCII data, and read HDF-EOS2, GRIB1 and GRIB2. The graphics are world class and highly customizable.

The software comes with a couple of useful command line tools: * ncl_filedump - prints the contents of supported files (netCDF, HDF,

  GRIB1, GRIB2, HDF-EOS2, and CCM History Tape)
* ncl_convert2nc - converts one or more GRIB1, GRIB2, HDF and/or HDF-EOS
  iles to netCDF formatted files.

NCO est un ensemble de programmes connus sous le nom d’opérateurs. Ceux-ci sont des programmes autonomes en ligne de commande, exécutables dans un interpréteur de commandes POSIX. Ils prennent un ou plusieurs fichiers netCDF en entrée, réalisent des opérations (par exemple, moyenne, hyperslabbing), et produisent un fichier de sortie netCDF. NCO a été conçu au départ pour analyser et manipuler des données climatiques, quoiqu’il puisse fonctionner avec n’importe quel ensemble de données au format netCDF.

Ncview peut être utilisé pour obtenir une vision rapide, facile et bouton- poussoir de fichiers NetCDF. L’utilisateur peut voir des films simples des données, voir selon diverses dimensions, avoir un aperçu des valeurs réelles des données, changer la carte des couleurs, inverser les données ainsi que d’autres opérations graphiques simples.

ODC is software developed at ECMWF for encoding and processing o observational data. It includes a SQL filtering and statistics engine, command line tools and APIs for C/C++ and Fortran.

This package provides tools for ODB handling.

Climate Data Operators are a collection of command line Operators to manipulate and analyse Climate model Data. Supported data formats are GRIB, netCDF, SERVICE, EXTRA and IEG. There are more than 400 operators available. This package provides a Python3 wrapper for CDO.

This module provides a Python3 interface to map GRIB files to the NetCDF Common Data Model following the CF Conventions. The high level API is designed to support a GRIB backend for xarray and it is inspired by NetCDF-python and h5netcdf. Low level access and decoding is performed via the ECMWF ecCodes library.

This is a Python3 interface to CMOR, the Climate Model Output Rewriter.

CMIP5 is the Climate Model Intercomparison Project5. This library supports the generation of paths and filenames corresponding to version 0.28 of thei CMIP Data Reference Syntax. It includes tools for converting from previous CMIP3 forms.

ecCodes est le logiciel de codage et décodage d’ECMWF pour GRIB et BUFR. Ce paquet est une enveloppe de Python pour la bibliothèque eCCodes.

ECMWF est le Centre européen pour les prévisions météorologiques à moyen terme.

Ferret is an interactive computer visualization and analysis environment designed to meet the needs of oceanographers and meteorologists analyzing large and complex gridded data sets. It can transparently access extensive remote Internet data bases using OPeNDAP (formerly known as DODS)

This is the Python3 wrapper for Ferret

Python 3 module for reading and writing GRIB (editions 1 and 2) files. GRIB is the World Meterological Organization standard for distributing gridded data. The module is a Python 3 interface to the GRIB API C library from the European Centre for Medium-Range Weather Forecasts (ECMWF).

This package also contains the cnvgrib1to2, grib_list, grib_repack, and cnvgrib2to1 scripts.

This package implements the TEOS-10 Equation of State for seawater. TEOS-10 is based on a Gibbs function formulation from which all thermodynamic properties of seawater (density, enthalpy, entropy sound speed, etc.) can be derived in a thermodynamically consistent manner. TEOS-10 was adopted by the Intergovernmental Oceanographic Commission at its 25th Assembly in June 2009 to replace EOS-80 as the official description of seawater and ice properties in marine science.

For further information, see http://www.teos-10.org/

This is a Python3 class to model a state for liquid water or steam with the Industrial Formulation IAPWS-IF97.

Further information on the standard is available at http://www.iapws.org

Magics++ est la toute dernière génération du logiciel de tracé, MAGICS, du « Centre européen pour les prévisions météorologiques à moyen terme ». Bien que complètement refondu en C++, il est prévu pour être aussi rétrocompatible que possible avec l’interface en Fortran.

Ce paquet fournit la prise en charge de Python 3 pour la bibliothèque magics++.

Metaconfig est une bibliothèque pour centraliser des fichiers ConfigParser de Python. Elle s’inspire du module de journalisation où il est étonnamment facile de commencer à écrire du code dépendant de la journalisation, tout en retardant la façon dont les messages de journalisation seront gérés plus tard.

La version 4 de NetCDF possède de nombreuses fonctions non trouvées dans les précédentes versions de la bibliothèque et est implémentée au-dessus de HDF5. Ce module peut lire et écrire à la fois dans le nouveau format netCDF 4 et dans l’ancien netCDF 3, et il peut créer des fichiers lisibles par les clients HDF5. L’interface de programmation applicative est conçue selon le modèle de Scientific.IO.NetCDF, et devrait être familière aux utilisateurs de ce module.

La plupart des nouvelles fonctions de netCDF 4 sont mises en œuvre, telles que plusieurs dimensions illimitées, les groupes et la compression zlib des données. Tous les nouveaux types numériques de données (tels que les types d’entier 64 bits et non signé) sont implémentés. Les types de données composite et à longueur variable (vlen) sont gérés, mais les types de données énumération et opaque ne sont pas gérés. Les mélanges de types composite et vlen (types composite contenant des types vlen et inversement) ne sont pas gérés.

Ce paquet fournit le module netCDF 4 pour Python 3.

This is a python3 interface to spherepack, a library for geophysical processes.

Cette application, écrite en Qt, permet de :

• visualiser des données météo depuis des fichiers au format GRIB 1 ;
• télécharger automatiquement des données GRIB ;
• télécharger automatiquement depuis les données IAC (fleetcode).

Gerris est un système pour résoudre des équations différentielles partielles décrivant un écoulement de fluide.

Voici un bref résumé de ses propriétés principales (actuelles) :

 – résolution des équations d'Euler, Stokes ou Navier-Stokes pour
   des écoulements incompressibles en fonction de la densité et du temps ;
 – ajustement adaptatif de maillage : la résolution est adaptée
   dynamiquement aux caractéristiques du flux ;
 – génération entièrement automatique de maillage en géométrie complexe ;
 – second ordre dans le temps et l'espace ;
 – nombre illimité de traceurs passifs diffusés ou advectés ;
 – spécification flexible de termes source additionnels ;
 – gestion parallèle portable par la bibliothèque MPI ;
 – schéma d'advection de volume de fluide pour les flux interfaciaux.

Ce paquet fournit une prise en charge interne de MPI.

GNU Data Language (GDL) est un compilateur incrémental libre compatible avec IDL (Interactive Data Language). Sa syntaxe est entièrement compatible avec IDL 7.1. IDL est une marque déposée d’ITT Visual Information Solutions. À partir de IDL 8.0, les éléments de langage suivants sont pris en charge :

 — boucle FOREACH ;
 — indices de tableau négatifs ;
 — ramasse-miettes pour les pointeurs et objets ;
 — méthodes d’appel sur des objets en utilisant « . » (par exemple,
   `object.aMemberProcedure,arg1`).

Le système d’entrée et sortie de fichiers est complètement implémenté. La prise en charge de l’interface graphique (composants graphiques) est officiellement fournie, mais pas encore finie.

Ce paquet fournit le frontal de l’interpréteur en ligne de commande.

This package provides functions to work with NetCDF data files in Octave, a numerical computation software. This package provides a function (netcdf) that creates and reads NetCDF files and writes to a NetCDF file (ncdump) among others.

This Octave add-on package is part of the Octave-Forge project.

ParaView est une application multi-plateforme au code source ouvert conçue pour visualiser des ensembles de données allant du plus petit au plus grand. Les buts du projet ParaView incluent les éléments suivants :

 – développer une application de visualisation, multi-plateforme et au code
   source ouvert ;
 – prendre en charge les modèles de calcul distribué pour traiter de grands
   ensembles de données ;
 – créer une interface pour l’utilisateur libre, adaptable et intuitive ;
 – développer une architecture extensible basée sur les normes ouvertes.

ParaView s’exécute aussi bien sur des systèmes distribués avec partage de mémoire que sur des systèmes avec processeur unique, et a été testé avec succès sur Windows, Mac OS X, Linux et sur diverses stations de travail Unix, des grappes et des supercalculateurs. Sous le capot, ParaView utilise la boîte à outils de visualisation « Visualization Toolkit » pour le traitement des données et le moteur de rendu et possède une interface écrite en Qt.

OpenTURNS is a powerful and generic tool to treat and quantify uncertainties in numerical simulations in design, optimization and control. It allows both sensitivity and reliability analysis studies:

• defining the outputs of interest and decision criterion;
• quantify and model the source of uncertainties;
• propagate uncertainties and/or analyse sensitivity and
• rank the sources of uncertainty

Targeted users are all engineers who want to introduce the probabilistic dimension in their so far deterministic studies.

This package provides the Python3 bindings to the library.

R est un système de calcul statistique et de graphiques. Il est composé d'un langage ainsi que d'un environnement d'exécution avec des graphiques, un débogueur, un accès à certaines fonctions système et la possibilité d'exécuter des programmes stockés dans des fichiers de script.

La conception de R a été fortement influencée par deux langages existants : le S de Becker, Chambers et Wilks et le Scheme de Sussman. Le langage obtenu est très proche en apparence du S, alors que l'implémentation sous-jacente et la sémantique dérivent du Scheme.

Le cœur de R est un langage de calcul interprété qui permet les branchements et les boucles ainsi que la programmation modulaire en utilisant des fonctions. La plupart des fonctions visibles par les utilisateurs sont écrites en R. Il est possible d'utiliser des procédures écrites en C, C++ ou FORTRAN pour plus d'efficacité, et la plupart des fonctions internes de R le font. La distribution R contient des fonctionnalités pour un large panel de procédures statistiques et de calculs mathématiques appliqués sous-jacents. Elle contient également un grand nombre de fonctions qui fournissent un environnement graphique flexible pour créer différents types de présentations des données.

De plus, plusieurs milliers de « paquets » d’extension sont disponibles à partir de CRAN (Comprehensive R Archive Network), aussi que sous forme de paquets Debian appelés « r-cran- ».

Ce paquet est un meta-paquet pour faciliter la transition de la configuration du paquet pre-1.5.0 avec le paquet principal r-base. Une fois installé, ce paquet peut être supprimé en toute sécurité, apt-get continuera à mettre à jour automatiquement ses composants dans les futures mises à jour. Fournir ce paquet est un moyen donné aux utilisateurs de n'installer que r-base-core s'ils le souhaitent.

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