Debian Astro Pulsar analysis packages

pRESTO è un toolkit per elaborare letture grezze da sequenziamento ad alte prestazioni di repertori di cellule B e cellule T.

Gli enormi miglioramenti nelle tecnologie di sequenziamento ad alte prestazioni permettono ora la caratterizzazione su larga scala di repertori di linfociti, definiti come raccolte di proteine antigene-recettore trans-membrana posizionate sulla superficie di cellule B e cellule T. pRESTO (REpertoire Sequencing TOolkit) è composto da una suite di utilità per gestire tutti gli stadi dell'elaborazione di sequenze prima dell'assegnazione di segmenti a linee germinali. pRESTO è progettato per gestire letture singole o a terminali accoppiati. Include funzionalità per controllo di qualità, mascheramento dei primer, annotazione delle letture con codici a barre incorporati nelle sequenze, generazione di sequenze di consenso UMI (Unique Molecular Identifier), assemblaggio di letture a terminali accoppiati e identificazione di sequenze duplicate. Sono incluse anche numerose opzioni per operazioni di ordinamento, campionamento e conversione delle sequenze.

• Jason A. Vander Heiden, Gur Yaari, Mohamed Uduman, Joel N.H. Stern, Kevin C. O’Connor, David A. Hafler, Francois Vigneault and Steven H. Kleinstein: pRESTO: a toolkit for processing high-throughput sequencing raw reads of lymphocyte receptor repertoires. Bioinformatics 30(13):1930-1932 (2014) (PubMed,eprint)

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