DebiChem Cheminformatics packages

CDK'en er et bibliotek med Javaklasser brugt i beregnings- og informationskemi og i bioinformatik. Det indeholder optegnere, fil-IO, SMILES-oprettelse/fortolkning, maksimale fælles understrukturalgoritmer, fingeraftryk og meget, meget mere.

ChemicalTagger parser is a medium-depth, phrase-based semantic NLP tool for the language of chemical experiments. Tagging is based on a modular architecture and uses a combination of OSCAR, domain-specific regex and English taggers to identify parts-of-speech. The ANTLR grammar is used to structure this into tree-based phrases.

The International Chemical Identifier (InChI) is an Open Source chemical structure representation algorithm.

InChIs are text strings comprising different layers and sublayers of information separated by slashes (/). Each InChI strings starts with the InChI version number followed by the main layer. This main layer contains sublayers for chemical formula, atom connections and hydrogen atoms. Depending on the structure of the molecule the main layer may be followed by additional layers e. g. for charge, stereochemical and/or isotop information.

This package contains the executable, inchi_main.

JNI-InChI provides JNI (Java Native Interface) wrappers for the InChI (International Chemical Identifier) C library distributed by IUPAC. All of the features from the InChI libarary are supported:

• Standard and Non-Standard InChI generation from structures with 3D, 2D, or no coordinates
• Structure generation (without coordinates) from InChI
• InChIKey generation
• Check InChI / InChIKey
• InChI-to-InChI conversion
• AuxInfo to InChI input
• Access to the full range of options supported by InChI
• Full support for InChI's handling of stereochemistry

OpenChemLib er en Javabaseret ramme, der tilbyder den grundlæggende funktionalitet og komponenter for brugerfladen for cheminformatics. Hovedformålet er på organisk kemi og små molekyler. Er bygget omkring en StereoMolecule-klasse, der repræsenterer et molekyle via atom- og bond-tabeller, tilbyder atomnaboer, ring og aromatisk information samt understøtter MDL's koncept for forbedret stereorepræsentation. Yderligere klasser tilbyder, 2D-afbildelse, deskriptorberegning, molekylær lighed og understruktursøgning, reaktionssøgning, egenskabsforudsigelse, conformer-oprettelse, understøttelse for molfile- og SMILES-formater, energioptimering, ligand-protein-interaktioner med mere. OpenChemLibs idcode repræsenterer molekyler, fragmenter eller reaktioner som kanonisk, meget kompakt streng, der inkluderer stereo og funktioner for forespørgsler.

Forskellig i forhold til andre cheminformatics-rammer. OpenChemLib tilbyder også brugerfladekomponenter, der gør det nemt at indlejre kemisk funktionalitet i Javaprogrammer, f.eks. for at vise eller redigere kemiske strukturer eller reaktioner.

OPSIN (Open Parser for Systematic IUPAC Nomenclature) konverterer IUPAC-forbindelsesnavne til semantik kemisk information og viser en struktur enten som CML (Chemical Markup Language), SMILES eller InChi.

Denne pakke indeholder Javabiblioteket.

OSCAR (Open Source Chemistry Analysis Routines) is an open source extensible system for the automated annotation of chemistry in scientific articles. It can be used to identify chemical names, reaction names, ontology terms, enzymes and chemical prefixes and adjectives, and chemical data such as state, yield, IR, NMR and mass spectra and elemental analyses. In addition, where possible, any chemical names detected will be annotated with structures derived either by lookup, or name-to-structure parsing using OPSIN or with identifiers from the ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) ontology.

Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:

• Indsættelse og fjernelse af hydrogen
• Understøttelse af molekylær-mekanik
• Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
• Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering, aromaticitet)
• Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare koordinater med flere bånd
• Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning

Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.

Denne pakke inkluderer følgende redskaber:

• obabel: Konverter mellem forskellige kemiske filformater
• obenergy: Beregn energien for et molekyle
• obminimize: Optimer geometrien, minimer energien for et molekyle
• obgrep: Molekylært søgeprogram som anvender mønstre fra SMARTS
• obgen: Opret 3D-koordinater for et molekyle
• obprop: Udskriv standardegenskaber for molekyler
• obfit: Læg to molekyler oveni hinanden baseret på et mønster
• obrotamer: Opret konformer/rotamer-koordinater
• obconformer: Opret konformere med lavt energiniveau
• obchiral: Udskriv informationer om molekylær kiralitet
• obrotate: Roter torsionsvinkel for molekyler i stakkevis tilstand
• obprobe: Opret elektrostatisk sondegitter

OSRA er et redskab designet til at konvertere grafiske repræsentationer af kemiske strukturer, som de fremgår af journalartikler, patentdokumenter, tekstbøger, handelsmagasiner etc., til SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification) - et format for molekylær struktur der genkendes af computeren. OSRA kan læse et dokument i ethvert af de over 90 grafiske formater, der kan fortolkes af ImageMagick - inklusive gif, jpeg, png, tiff, pdf, ps etc. og oprette SMILES-repræsentationen for molekylære strukturbilleder mødt i dokumentet.

Indigo er et C++-baseret programmiljø for organisk kemi og kemiinformatik. Inkluderede funktioner:

• Molekyle- og reaktionsoptegning inklusive SVG-understøttelse
• Automatisk layout for SMILES-repræsenterede molekyler og reaktioner
• Kanonisk (isomerisk) SMILES-beregning
• Præcis matchning, matchning af understruktur, SMARTS-matchning
• Matchning af tautomerer og resonansstrukturer
• Molekylefingeraftryk, beregning af molekylelighed
• Hurtig enumeration af SSSR-ringe, undertræer og kant-sugraphs
• Molekylær vægt, molekylær formelberegning
• R-Group dekonvolution og scaffold-detektion
• Beregning af den præcise maksimale fælles understruktur for en arbitrær mængde af inddatastrukturer
• Kombinatorisk kemi
• Understøttelse af udvidelsesmoduler i API'en

Filformater som Indigo understøtter inkluderer MDL Mol, SDF, RDF, CML, SMILES og SMARTS.

Denne pakke indeholder Pythonmodulerne.

Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:

• Indsættelse og fjernelse af hydrogen
• Understøttelse af molekylær-mekanik
• Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
• Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering, aromaticitet)
• Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare koordinater med flere bånd
• Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning

Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.

Denne pakke indeholder Pythonbindingerne.

RDKit er et programmiljø baseret på Python/C++ cheminformatics og maskinlæring. Funktioner omfatter:

• Kemisk reaktionshåndtering og -transformationer
• Underkonstruktionssøgning med SMARTS
• Kanoniske SMILES
• Molekyle-molekyle tilpasning
• Stort antal molekylære deskriptorer, herunder topologiske, kompositoriske, Estate-, SlogP/SMR-, VSA- og Feature-map-vektorer
• Fragmentering via RECAP-regler
• 2D-koordinatoprettelse og skildring, herunder begrænset skildring
• 3D-koordinatoprettelse via geometriindlejring
• UFF- og MMFF94-kraftfelter
• Chiralitet-understøttelse, herunder beregning af (R/S)-stereokemikoder
• 2D-farmakoforsøgning
• Fingeraftryk, herunder Daylight-lignende, atompar, topologiske vridninger, Morganalogritme og MACCS-nøgler
• Beregning af formlighed
• Fler-molekyle maksimum for fælles understruktur
• Maskinlæring via klyngedannelse og informationsteorialgoritmer
• Delvis Gasteiger-Marsili-opladningsberegning

Filformater som RDKit understøtter inkluderer de binære formater MDL Mol, FBF, SDF, TDT, SMILES og RDKit.

Denne pakke tilbyder kommandolinjeværktøjer til arbejdet med Simplified Molecular-Input Line-Entry System-deskriptorer (SMILES). Pakken indeholder skripter for kommandolinjens grænseflade for Chemistry Development Kit (CDK) samt en syntakskontrol for SMILES.