DebiChem Project
Summary
Cheminformatics
DebiChem Cheminformatics

Questo metapacchetto installa i pacchetti di informatica chimica utili per i chimici.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Cheminformatics packages

Official Debian packages with high relevance

Libcdk-java
Chemistry Development Kit (CDK) Java libraries
Versions of package libcdk-java
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.0.2-5all
sid2.3.134.g1bb9a64587-2all
wheezy1.2.10-3all
jessie1.2.10-6all
stretch1.2.10-6all
buster1.2.10-7all
bullseye2.3.134.g1bb9a64587-2all
upstream2.5.12.g7c7a2c71c8
Debtags of package libcdk-java:
devellang:java, library
fieldchemistry
roledevel-lib
Popcon: 2 users (8 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

The CDK is a library of Java classes used in computational and information chemistry and in bioinformatics. It includes renderers, file IO, SMILES generation/parsing, maximal common substructure algorithms, fingerprinting and much, much more.

Please cite: C. Steinbeck, Y. Han, S. Kuhn, O. Horlacher, E. Luttmann and E. L. Willighagen: The Chemistry Development Kit (CDK): An Open-Source Java Library for Chemo- and Bioinformatics. (2003)
Libopenchemlib-java
framework providing cheminformatics core functionality
Versions of package libopenchemlib-java
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2021.2.0+dfsg-1all
sid2021.2.0+dfsg-1all
upstream2021.5.4
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenChemLib is Java based framework providing cheminformatics core functionality and user interface components. Its main focus is on organics chemistry and small molecules. It is built around a StereoMolecule class, which represents a molecule using atom and bond tables, provides atom neighbours, ring and aromaticity information, and supports MDL's concept of enhanced stereo representation. Additional classes provide, 2D-depiction, descriptor calculation, molecular similarity and substructure search, reaction search, property prediction, conformer generation, support for molfile and SMILES formats, energy minimization, ligand-protein interactions, and more. OpenChemLib's idcode represents molecules, fragments or reactions as canonical, very compact string that includes stereo and query features.

Different to other cheminformatics frameworks, OpenChemLib also provides user interface components that allow one to easily embed chemical functionality into Java applications, e.g. to display or edit chemical structures or reactions.

Libopsin-java
Chemical name to structure converter
Versions of package libopsin-java
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.0-1all
wheezy1.2.0-1all
bullseye2.5.0-1all
sid2.5.0-1all
buster2.3.1-1all
jessie1.5.0-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OPSIN (Open Parser for Systematic IUPAC Nomenclature) converts IUPAC compound names to semantic chemical information and outputs a structure either as CML (Chemical Markup Language), SMILES, or InChI.

This package contains the Java library.

Openbabel
cassetta degli attrezzi con utilità per la chimica (cli)
Versions of package openbabel
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3.2+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.3.1+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.3.2+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
buster2.4.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package openbabel:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 84 users (32 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

  • aggiunta e cancellazione di idrogeni;
  • supporto per meccanica molecolare;
  • supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
  • rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami, ibridizzazioni, aromaticità);
  • tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle coordinate atomiche;
  • calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto include le seguenti utilità:

  • obabel: converte tra diversi formati di file relativi alla chimica;
  • obenergy: calcola l'energia di una molecola;
  • obminimize: ottimizza la geometria, minimizza l'energia di una molecola;
  • obgrep: programma di ricerca di molecole che usa modelli SMARTS;
  • obgen: genera le coordinate 3D per una molecola;
  • obprop: stampa proprietà standard delle molecole;
  • obfit: sovrappone due molecole in base ad un modello;
  • obrotamer: genera coordinate conformero/rotamero;
  • obconformer: genera conformeri a bassa energia;
  • obchiral: stampa informazioni sulla chiralità delle molecole;
  • obrotate: ruota gli angoli diedri delle molecole in modalità non interattiva;
  • obprobe: crea una griglia di sonde elettrostatiche.
Screenshots of package openbabel
Python3-indigo
toolkit per chimica organica (modulo Python)
Versions of package python3-indigo
ReleaseVersionArchitectures
sid1.2.3-3.1all
bullseye1.2.3-3.1all
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Indigo è un ambiente software basato sul C++ per chimica organica e chemioinformatica. Le funzionalità includono:

  • rendering di molecole e reazioni incluso il supporto per SVG;
  • disposizione automatica di molecole e reazioni rappresentate in SMILES;
  • calcolo canonico (isomerico) di SMILES;
  • corrispondenza esatta, corrispondenza di sottostrutture, corrispondenza SMARTS;
  • corrispondenza di tautomeri e strutture di risonanza;
  • calcolo di similarità delle molecole, impronte digitali delle molecole;
  • veloce enumerazione di anelli SSSR, sottoalberi e sottografi di margini;
  • calcolo di formula molecolare, peso molecolare;
  • rilevamento di scaffold e deconvoluzione R-Group;
  • calcolo della sottostruttura comune massima esatta per un numero arbitrario di strutture di input;
  • chimica combinatoria;
  • supporto per plugin nell'API.

I formati di file supportati da Indigo includono MDL Mol, SDF, RDF, CML, SMILES e SMARTS.

Questo pacchetto contiene i moduli Python.

Python3-openbabel
libreria della cassetta degli attrezzi per la chimica (collegamenti Python)
Versions of package python3-openbabel
ReleaseVersionArchitectures
sid3.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

  • aggiunta e cancellazione di idrogeni;
  • supporto per meccanica molecolare;
  • supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
  • rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami, ibridizzazioni, aromaticità);
  • tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle coordinate atomiche;
  • calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto contiene i collegamenti per Python.

Python3-rdkit
raccolta di software per chemioinformatica e apprendimento automatico
Versions of package python3-rdkit
ReleaseVersionArchitectures
sid202009.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye202009.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream202103.2
Popcon: 8 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

RDKit è un ambiente software per chemioinformatica e apprendimento automatico basato su Python/C++. Le funzionalità includono:

  • gestione e trasformazione di reazioni chimiche,
  • ricerca di sottostrutture con SMARTS,
  • SMILES canonico,
  • allineamento molecola-molecola,
  • un vasto numero di descrittori molecolari, inclusi topologici, di composizione, EState, SlogP/SMR, VSA e vettori Feature-map,
  • frammentazione usando le regole RECAP,
  • generazione e descrizione di coordinate 2D, inclusa descrizione con vincoli,
  • generazione di coordinate 3D usando l'incorporazione di geometria,
  • campi di forza UFF e MMFF94,
  • gestione della chiralità, incluso calcolo di codici (R/S) stereochimici,
  • ricerca di farmacofori 2D,
  • impronte digitali, inclusi stile Daylight, di coppie di atomi, torsioni topologiche, algoritmo di Morgan e chiavi MACCS,
  • calcolo di similarità di forma,
  • massima sottostruttura comune multimolecola,
  • apprendimento automatico con algoritmi di teoria dell'informazione e clustering,
  • calcolo della carica parziale di Gasteiger-Marsili.

I formati di file gestiti da RDKit includono MDL Mol, PDB, SDF, TDT, SMILES e il formato binario di RDKit.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203033