DebiChem Cheminformatics packages

CDK è una libreria di classi Java utilizzate in chimica computazionale e informatica, e in bioinformatica. Include strumenti per rendering, IO su file, generazione/analisi di SMILES, algoritmi per sottostruttura massima comune, fingerprinting e molto, molto altro.

ChemicalTagger parser is a medium-depth, phrase-based semantic NLP tool for the language of chemical experiments. Tagging is based on a modular architecture and uses a combination of OSCAR, domain-specific regex and English taggers to identify parts-of-speech. The ANTLR grammar is used to structure this into tree-based phrases.

InChI (International Chemical Identifier) è un algoritmo open source di rappresentazione della struttura chimica.

Gli InChI sono stringhe di testo contenenti vari livelli e sottolivelli di informazioni separati da barre ("/"). Ogni stringa InChI inizia con il numero di versione di InChI, seguito dal livello principale. Tale livello principale contiene sottolivelli per formula chimica, connessioni tra atomi e atomi di idrogeno. A seconda della struttura della molecola, il livello principale può essere seguito da livelli aggiuntivi, ad esempio per carica, informazioni stereochimiche o su isotopi.

Questo pacchetto contiene l'eseguibile inchi_main.

JNI-InChI provides JNI (Java Native Interface) wrappers for the InChI (International Chemical Identifier) C library distributed by IUPAC. All of the features from the InChI libarary are supported:

• Standard and Non-Standard InChI generation from structures with 3D, 2D, or no coordinates
• Structure generation (without coordinates) from InChI
• InChIKey generation
• Check InChI / InChIKey
• InChI-to-InChI conversion
• AuxInfo to InChI input
• Access to the full range of options supported by InChI
• Full support for InChI's handling of stereochemistry

OpenChemLib is Java based framework providing cheminformatics core functionality and user interface components. Its main focus is on organics chemistry and small molecules. It is built around a StereoMolecule class, which represents a molecule using atom and bond tables, provides atom neighbours, ring and aromaticity information, and supports MDL's concept of enhanced stereo representation. Additional classes provide, 2D-depiction, descriptor calculation, molecular similarity and substructure search, reaction search, property prediction, conformer generation, support for molfile and SMILES formats, energy minimization, ligand-protein interactions, and more. OpenChemLib's idcode represents molecules, fragments or reactions as canonical, very compact string that includes stereo and query features.

Different to other cheminformatics frameworks, OpenChemLib also provides user interface components that allow one to easily embed chemical functionality into Java applications, e.g. to display or edit chemical structures or reactions.

OPSIN (Open Parser for Systematic IUPAC Nomenclature) converte nomi di composti IUPAC in informazioni chimiche semantiche e produce in output una struttura come CML (Chemical Markup Language), SMILES o InChI.

Questo pacchetto contiene la libreria Java.

OSCAR (Open Source Chemistry Analysis Routines) is an open source extensible system for the automated annotation of chemistry in scientific articles. It can be used to identify chemical names, reaction names, ontology terms, enzymes and chemical prefixes and adjectives, and chemical data such as state, yield, IR, NMR and mass spectra and elemental analyses. In addition, where possible, any chemical names detected will be annotated with structures derived either by lookup, or name-to-structure parsing using OPSIN or with identifiers from the ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) ontology.

Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

• aggiunta e cancellazione di idrogeni;
• supporto per meccanica molecolare;
• supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
• rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami, ibridizzazioni, aromaticità);
• tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle coordinate atomiche;
• calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto include le seguenti utilità:

• obabel: converte tra diversi formati di file relativi alla chimica;
• obenergy: calcola l'energia di una molecola;
• obminimize: ottimizza la geometria, minimizza l'energia di una molecola;
• obgrep: programma di ricerca di molecole che usa modelli SMARTS;
• obgen: genera le coordinate 3D per una molecola;
• obprop: stampa proprietà standard delle molecole;
• obfit: sovrappone due molecole in base ad un modello;
• obrotamer: genera coordinate conformero/rotamero;
• obconformer: genera conformeri a bassa energia;
• obchiral: stampa informazioni sulla chiralità delle molecole;
• obrotate: ruota gli angoli diedri delle molecole in modalità non interattiva;
• obprobe: crea una griglia di sonde elettrostatiche.

OSRA è un'utilità progettata per convertire rappresentazioni grafiche di strutture chimiche, come appaiono su articoli di riviste, documenti di brevetti, libri di testo, riviste specializzate, ecc., in SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification), un formato per strutture molecolari leggibile da computer. OSRA può leggere un documento in uno qualsiasi dei più di 90 formati grafici analizzabili da ImageMagick, inclusi GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS, ecc., e genera la rappresentazione SMILES delle immagini di strutture molecolari incontrate nel documento.

Indigo è un ambiente software basato sul C++ per chimica organica e chemioinformatica. Le funzionalità includono:

• rendering di molecole e reazioni incluso il supporto per SVG;
• disposizione automatica di molecole e reazioni rappresentate in SMILES;
• calcolo canonico (isomerico) di SMILES;
• corrispondenza esatta, corrispondenza di sottostrutture, corrispondenza SMARTS;
• corrispondenza di tautomeri e strutture di risonanza;
• calcolo di similarità delle molecole, impronte digitali delle molecole;
• veloce enumerazione di anelli SSSR, sottoalberi e sottografi di margini;
• calcolo di formula molecolare, peso molecolare;
• rilevamento di scaffold e deconvoluzione R-Group;
• calcolo della sottostruttura comune massima esatta per un numero arbitrario di strutture di input;
• chimica combinatoria;
• supporto per plugin nell'API.

I formati di file supportati da Indigo includono MDL Mol, SDF, RDF, CML, SMILES e SMARTS.

Questo pacchetto contiene i moduli Python.

Open Babel è una cassetta degli attrezzi per la chimica progettata per capire i molti linguaggi dei dati chimici. Permette di cercare, convertire, analizzare o archiviare dati relativi ai campi dei modelli molecolari, chimica, materiali in stato solido, biochimica o aree correlate. Tra le sue funzionalità sono incluse:

• aggiunta e cancellazione di idrogeni;
• supporto per meccanica molecolare;
• supporto per sintassi SMARTS per corrispondenze molecolari;
• rilevamento automatico di caratteristiche (anelli, legami, ibridizzazioni, aromaticità);
• tipizzatore flessibile per atomi e rilevazione di legami multipli dalle coordinate atomiche;
• calcolo della carica parziale con metodo Gasteiger-Marsili.

I formati di file supportati da Open Babel includono PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC e MPQC.

Questo pacchetto contiene i collegamenti per Python.

RDKit è un ambiente software per chemioinformatica e apprendimento automatico basato su Python/C++. Le funzionalità includono:

• gestione e trasformazione di reazioni chimiche,
• ricerca di sottostrutture con SMARTS,
• SMILES canonico,
• allineamento molecola-molecola,
• un vasto numero di descrittori molecolari, inclusi topologici, di composizione, EState, SlogP/SMR, VSA e vettori Feature-map,
• frammentazione usando le regole RECAP,
• generazione e descrizione di coordinate 2D, inclusa descrizione con vincoli,
• generazione di coordinate 3D usando l'incorporazione di geometria,
• campi di forza UFF e MMFF94,
• gestione della chiralità, incluso calcolo di codici (R/S) stereochimici,
• ricerca di farmacofori 2D,
• impronte digitali, inclusi stile Daylight, di coppie di atomi, torsioni topologiche, algoritmo di Morgan e chiavi MACCS,
• calcolo di similarità di forma,
• massima sottostruttura comune multimolecola,
• apprendimento automatico con algoritmi di teoria dell'informazione e clustering,
• calcolo della carica parziale di Gasteiger-Marsili.

I formati di file gestiti da RDKit includono MDL Mol, PDB, SDF, TDT, SMILES e il formato binario di RDKit.

Pacchetto che fornisce strumenti a riga di comando per lavorare con descrittori SMILES (Simplified Molecular-Input Line-Entry System). Il pacchetto contiene script di interfaccia a riga di comando per CDK (Chemistry Development Kit) come anche un controllore della sintassi per SMILES.