DebiChem Crystallography packages

À partir d'une description basique de la structure cristallographique, incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de Fourier et la limite de la maille élémentaire.

Quatre types de dessins sont produits :

• une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;

• un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de haute qualité destinés à des publications ;

• le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur Internet ;

• un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.

DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS et WIEN2k.

GAMGI (« General Atomistic Modelling Graphic Interface ») propose une interface graphique pour construire, visualiser et analyser les structures des atomes. Le programme est destiné à la communauté scientifique et propose une interface graphique pour étudier les structures des atomes et préparer les images pour les présentations, et pour enseigner la structure de l'atome.

GNOME Crystal est un visualiseur léger de modèles de structures cristallines. Il est basé sur les utilitaires de chimie GNOME « GNOME Chemistry Utils » et devrait afficher les modèles de toutes sortes de structures cristallines en utilisant OpenGL.

Il s’agit d’une bibliothèque pour la cristallographie des macromolécules et la bio-informatique structurale pour travailler avec les fichiers de coordonnées (mmCIF, PDB, mmJSON), les contraintes d’affinement (bibliothèque monomer), les cartes de densité électronique (CCP4) et les données de réflexions cristallographiques (MTZ, SF-mmCIF). Elle comprend les symétries de cristaux, elle sait comment basculer entre les espaces réel et réciproque et elle peut faire quelques autres choses.

Ce paquet fournit l'exécutable principal de gemmi.

The Macromolecular Transmission Format (MMTF) is a compact binary format to transmit and store biomolecular structures for fast 3D visualization and analysis.

Manipulating PDB (Protein Data Bank) files is often painful. Extracting a particular chain or set of residues, renumbering residues, splitting or merging models and chains, or just ensuring the file is conforming to the PDB specifications are examples of tasks that can be done using any decent parsing library or graphical interface. These, however, almost always require 1) scripting knowledge, 2) time, and 3) installing one or more programs.

pdb-tools were designed to be a swiss-knife for the PDB format. They have no external dependencies, besides the Python programming language. They are the descendant of a set of old FORTRAN77 programs that had the particular advantage of working with streams, i.e. the output of one script could be piped into another.

The philosophy of the scripts is simple: one script, one task. If you want to do two things, pipe the scripts together.

This package contains the command line tools.

FabIO est une bibliothèque d’E/S pour les images produites par des détecteurs de rayons X en 2D et écrite en Python. FabIO prend en charge les détecteurs d'image issus d'une douzaine d'entreprises (notamment Mar, Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford…), soit un total de 20 formats de fichier différents (comme CBF, EDF, TIFF…), et il offre une interface uniforme pour leurs entêtes (comme un dictionnaire Python) et leurs jeux de données (comme une structure ndarray d'entiers ou de flottants de NumPy).

Il s'agit de la version Python⋅3 du paquet.

Phonopy is an open source package for phonon calculations at harmonic and quasi-harmonic levels.

This package contains Python 3 module.

ShelXle combine un éditeur avec le surlignage syntaxique pour des fichiers de type SHELXL .ins (entrée) et .res (sortie) avec un affichage graphique interactif pour visualiser une structure en trois dimensions comprenant des cartes de densité d'électrons (Fo) et de densité différentielle (Fo-Fc).

http://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

XCrySDen est un programme de visualisation de structure cristalline et moléculaire, visant à afficher des isosurfaces et contours, qui peuvent être superposés sur des structures cristallines et de manière interactive, tournés et manipulés. Ce programme peut fonctionner sur la plupart des plateformes Unix, sans besoins matériels spécifiques.

XCrySDen permet l’enregistrement en temps réel de l’affichage. Plusieurs encodeurs vidéo sont pris en charge, en particulier pour les GIF animés, convert (imagemagick), gifsicle ou whirlgif est nécessaire. Pour AVI ou MPEG, mencoder ou ppmtompeg (netpbm) est nécessaire. Pour l’enregistrement de fenêtre, imagemagick ou xwd (x11-apps) doit être installé.