DebiChem Crystallography packages

DRAWxtl legge una descrizione base della struttura del cristallo, che include parametri della cella unitaria, gruppi spaziali, coordinate atomiche, parametri termici o mappa di Fourier e produce in output un oggetto geometrico che contiene poliedri, piani, coni di coppie di elettroni, sfere o ellissoidi, legami, contorni di Fourier di iso-superfici e legami delle celle unitarie.

Vengono prodotti quattro tipi di grafica:

• una finestra OpenGL per la visualizzazione immediata;
• un linguaggio di scena POV-RAY (Persistence of Vision Ray Tracer) per disegni di qualità tipografica;
• il VRML (Virtual Reality Modeling Language) per la diffusione in Internet;
• un rendering PostScript della finestra OpenGL per coloro che desiderano un output di alta qualità ma non hanno POV-RAY installato.

I formati di file che DRAWxtl può leggere includono CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS e WIEN2k.

GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) fornisce un'interfaccia grafica per costruire, visualizzare e analizzare strutture atomiche. Il programma è pensato per la comunità scientifica e fornisce un'interfaccia grafica per studiare le strutture atomiche, per preparare immagini per presentazioni e per insegnare le strutture atomiche della materia.

GNOME Crystal è un leggero visualizzatore della struttura di cristalli. Si appoggia alle GNOME Chemistry Utils e visualizza i modelli di tutti i tipi di strutture di cristalli microscopici usando OpenGL.

Library for macromolecular crystallography and structural bioinformatics. For working with coordinate files (mmCIF, PDB, mmJSON), refinement restraints (monomer library), electron density maps (CCP4), and crystallographic reflection data (MTZ, SF-mmCIF). It understands crystallographic symmetries, it knows how to switch between the real and reciprocal space and it can do a few other things.

This package contains main gemmi executable.

MMTF (Macromolecular Transmission Format) è un formato binario compatto per trasmettere e archiviare strutture biomolecolari per analisi e visualizzazione 3D veloci.

Manipolare file PDB (Protein Data Bank) è spesso difficoltoso. Estrarre una catena o un insieme di residui specifici, rinumerare residui, suddividere o unire modelli e catene, o semplicemente assicurarsi che il file sia conforme alle specifiche PDB, sono esempi di compiti che possono essere eseguiti usando qualsiasi decente libreria di parsificazione o interfaccia grafica. Ciò, tuttavia, quasi sempre richiede 1) conoscenza degli script 2) tempo e 3) l'installazione di uno o più programmi.

I pdb-tools sono stati progettati per essere un coltellino svizzero per il formato PDB. Non hanno dipendenze esterne oltre al linguaggio di programmazione Python. Sono i discendenti di un insieme di vecchi programmi in FORTRAN77 che avevano il particolare vantaggio di lavorare con flussi, cioè l'output di uno script poteva essere inviato via pipe ad un altro.

La filosofia degli script è semplice: uno script, un compito. Se si desiderano fare due cose, unire gli script con una pipe.

Questo pacchetto contiene gli strumenti a riga di comando.

FabIO è una libreria di I/O per immagini prodotte con rilevatori 2D a raggi X e scritta in Python. FabIO gestisce rilevatori di immagini di dozzine di produttori (inclusi Mar, Dectris, ADSC, Hamamatsu, Oxford, ...), per un totale di 20 diversi formati di file (come CBF, EDF, TIFF, ...) e offre un'interfaccia unificata alle loro intestazioni (come un dizionario Python) e insiemi di dati (come un ndarray numpy di numeri interi o a virgola mobile).

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

Phonopy è un pacchetto open source per calcoli di fononi a livelli armonici e quasi armonici.

Questo pacchetto contiene il modulo per Python 3.

ShelXle combina un editor con evidenziazione della sintassi per i file .ins (input) e .res (output) associati a SHELXL con un display grafico interattivo per la visualizzazione di una struttura tridimensionale incluse mappe di densità elettronica (Fo) e di differenza di densità (Fo-Fc).

https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

XCrySDen è un programma per la visualizzazione di strutture cristalline e molecolari che mira alla visualizzazione di isosuperfici e contorni che possono essere sovrapposti a strutture cristalline e ruotati e manipolati in modo interattivo. Può essere eseguito nella maggior parte delle piattaforme UNIX, senza alcun particolare requisito hardware.

XCrySDen permette la cattura in tempo reale del display. Sono gestiti diversi codificatori di filmati, in particolare per le GIF animate è necessario convert (imagemagick), gifsicle o whirlgif. Per gli AVI/MPEG è richiesto mencoder o ppmtompeg (netpbm). Per i dump di finestre deve essere presente imagemagick oppure xwd (x11-apps).