DebiChem Molecular modelling packages

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

 — modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
   de force automatique ;
 — mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
    conformation ;
 — visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
 — visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
 — gestion des cellules cristallographiques ;
 — création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
    MOLPRO ;
 — architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

BALLView propose une visualisation rapide des structures moléculaires, des méthodes de mécanique moléculaire (minimisation, simulation dynamique moléculaire utilisant les champs de force « Assisted Model Building with Energy Refinement » et « Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics ») à l'aide de la technologie OpenGL, un calcul et une visualisation des propriétés électrostatiques (méthode « Finite Difference Poisson-Boltzmann ») et des fonctionnalités d'édition moléculaire.

BALLView peut être considéré comme une interface graphique utilisateur basée sur BALL (« Biochemical Algorithms Library »), en se concentrant sur les demandes les plus courantes de la chimie des protéines et des biophysiciens en particulier. Il est développé par les groupes de Hans-Peter Lenhof (Université de Saarland, Sarrebruck, Allemagne) et d'Oliver Kohlbacher (Université de Tübingen, Allemagne). BALL est un framework applicatif écrit en C++ qui a été spécifiquement conçu pour le développement rapide de logiciels pour la modélisation moléculaire et le calcul de la biologie moléculaire. Il propose de nombreuses structures de données ainsi que des cours de mécanique moléculaire, des méthodes avancées de résolution, la comparaison et l'analyse de structures de protéines, l'import/export de fichiers et la visualisation.

Ghemical est un logiciel de modélisation de chimie écrit en C++. Il dispose d'une interface graphique utilisateur et prend en charge des modèles de mécanique quantique (semi-empirique) et des modèles de mécanique moléculaire. L'optimisation de la géométrie, la dynamique moléculaire et un grand ensemble d'outils de visualisation, réalisés à l'aide de la technologie OpenGL, sont actuellement disponibles.

Le logiciel Ghemical repose sur un code externe pour fournir les calculs de la mécanique quantique. Les méthodes semi-empiriques MNDO (« Modified Neglect of Diatomic Overlap »), MINDO/3 (« Modified Intermediate Neglect of Differential Overlap version 3 »), AM1 (« Austin Model 1 ») et PM3 (« Parameterized Model number 3 ») viennent du paquet MOPAC7 (« Molecular Orbital PACkage 7 ») dans le domaine public et sont inclus dans le paquet. Le paquet MPQC (« Massively Parallel Quantum Chemistry ») est utilisé pour proposer des méthodes ab initio (méthodes de chimie numérique basées sur la chimie quantique) : les méthodes basées sur la théorie Hartree-Fock sont actuellement prises en charge avec des ensembles de base allant de STO-3G à 6-31G**.

PyMOL is a molecular graphics system targeted at medium to large biomolecules like proteins. It can generate high-quality publication-ready molecular graphics images and animations.

Features include:

• Visualization of molecules, molecular trajectories and surfaces of crystallography data or orbitals
• Molecular builder and sculptor
• Internal raytracer and movie generator
• Fully extensible and scriptable via a Python interface

File formats PyMOL can read include PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 maps, XPLOR maps and Gaussian cube maps.

The Molecular Modeling Toolkit (MMTK) is a library for molecular simulation applications. It provides the most common methods in molecular simulations (molecular dynamics, energy minimization, normal mode analysis) and several force fields used for biomolecules (Amber 94, Amber 99, several elastic network models). MMTK also serves as a code basis that can be easily extended and modified to deal with non-standard situations in molecular simulations.

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.