DebiChem Molecular modelling packages

Avogadro is a molecular graphics and modelling system targeted at molecules and biomolecules. It can visualize properties like molecular orbitals or electrostatic potentials and features an intuitive molecular builder.

Features include:

• Molecular modeller with automatic force-field based geometry optimization
• Molecular Mechanics including constraints and conformer searches
• Visualization of molecular orbitals and general isosurfaces
• Visualization of vibrations and plotting of vibrational spectra
• Support for crystallographic unit cells
• Input generation for the Gaussian, GAMESS and MOLPRO quantum chemistry packages
• Flexible plugin architecture and Python scripting

File formats Avogadro can read include PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, as well as Gaussian, GAMESS and MOLPRO output.

BALLView poskytuje rýchlu vizualizáciu molekulárnych štruktúr založenú na OpenGL, metódy molekulárnej mechaniky (minimalizácia, simulácia MD pomocou silových polí AMBER, CHARMM a MMFF94), výpočty a vizualizácia elektrostatických vlastností (FDPB) a možnosti upravovania molekúl.

BALLView je možné považovať za grafické používateľské rozhranie založené na BALL (Biochemical Algorithms Library) so zameraním na najbežnejšie požiadavky, obzvlášť bielkovinových chemikov a biofyzikov. Vyvíjajú ho skupiny, ktoré vedú Hans-Peter Lenhof (Saarland University, Saarbruecken, nemecko) a Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen, Nemecko). BALL je aplikačná platforma v C++, ktorá bola konkrétne navrhnutá na rýchly vývoj softvéru v oblasti molekulárneho modelovania a výpočtovej molekulárnej biológie. Poskytuje rozsiahlu sadu údajových štruktúr a tried pre molekulárnu mechaniku, pokročilé procesy rozpúšťania, porovnania a analýzy bielkovinových štruktúr, import/export súborov a vizualizáciu.

Ghemical je balík softvéru na výpočtovú chémiu napísaný v C++. Má grafické používateľské prostredie a podporuje modely kvantovej mechaniky (semi-empirické) aj modely molekulárnej mechaniky. Momentálne sú dostupné funkcie optimalizácie geometrie, dynamiky molekúl a veľká množina vizualizačných nástrojov používajúcich OpenGL.

Ghemical využíva na kvantovo-mechanické výpočty externý kód. Semi-empirické metódy MNDO, MINDO/3, AM1 a PM3 pochádzajú z balíka MOPAC7 (voľné dielo) a sú súčasťou balíka. Balík MPQC poskytuje metódy ab initio: metódy založené na teórii Hartree-Fock sú momentálne podporované so základnými sadami od STO-3G do 6-31G**.

PyMOL je systém na vykresľovanie molekúl cielený na stredné až veľké biomolekuly ako sú bielkoviny. Dokáže tvoriť obrázky a animácie molekúl vo vysokej, produkčnej kvalite.

Medzi jeho vlastnosti patria:

• vizualizácia molekúl, trajektórií molekúl a povrchov kryštalografických dát alebo orbitálov
• zostavovanie a úprava molekúl
• interný raytracing a generátor videoklipov
• úplná rozšíriteľnosť a skriptovateľnosť pomocou rozhrania pre Python

Medzi formátu súborov, s ktorými PyMOL dokáže pracovať patria: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapy CCP4, mapy XPLOR a mapy Gaussian cube.

The Molecular Modeling Toolkit (MMTK) is a library for molecular simulation applications. It provides the most common methods in molecular simulations (molecular dynamics, energy minimization, normal mode analysis) and several force fields used for biomolecules (Amber 94, Amber 99, several elastic network models). MMTK also serves as a code basis that can be easily extended and modified to deal with non-standard situations in molecular simulations.

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.