Summary
Periodic Ab Initio Calculations
DebiChem - periodiske Ab Intio-beregninger
Denne metapakke vil installere pakker, der udfører periodisk ab
initio-beregninger, som kan være nyttige for kemikere.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
|
DebiChem Periodic Ab Initio Calculations packages
Official Debian packages with high relevance
abinit
Pakke for elektroniske strukturberegninger
|
Versions of package abinit |
Release | Version | Architectures |
stretch | 8.0.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 9.2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 9.10.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 9.10.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 9.6.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 8.8.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 7.8.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 10.0.1 |
Debtags of package abinit: |
field | chemistry, physics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
ABINIT er en pakke, hvis vigtigste program gør det muligt at finde den
samlede energi, ladningstæthed og elektronisk struktur for systemer lavet
af elektroner og kerner (molekyler og periodiske faste stoffer) inden for
tæthedsfunktionalteori (DFT), via pseudopotentialer og planewave-basis.
ABINIT indeholder også muligheder for at optimere geometrien ifølge
DFT-kræfter og -spændinger, eller til at udføre molekylære simuleringer ved
hjælp af disse kræfter, eller til at generere dynamiske matricer,
Born-effektive ladninger, og dielektriske tensorer. Opløftede tilstande kan
beregnes inden den tidsafhængige tæthedsfunktionalteori (for molekyler),
eller inden for Many-Body-perturbationsteorien (GW-tilnærmelsen). Ud over
den vigtige ABINIT-kode, tilbydes forskellige redskabsprogrammer.
Denne pakke indeholder alle de programmer, der kræves for at udføre
beregninger (pseudopotentialer er dog ikke indeholdt). For et sæt af
pseudopotentialer installeres pakken abinit-data.
Please cite:
X. Gonze, B. Amadon, P.-M. Anglade, J.-M. Beuken, F. Bottin, P. Boulanger, F. Bruneval, D. Caliste, R. Caracas, M. Côté, T. Deutsch, L. Genovese, Ph. Ghosez, M. Giantomassi, S. Goedecker, D.R. Hamann, P. Hermet, F. Jollet, G. Jomard, S. Leroux, M. Mancini, S. Mazevet, M. J. T. Oliveira, G. Onida, Y. Pouillon, T. Rangel, G.-M. Rignanese, D. Sangalli, R. Shaltaf, M. Torrent, M. J. Verstraete, G. Zerah and J. W. Zwanziger:
ABINIT: First-principles approach to material and nanosystem properties.
(eprint)
Comput. Phys. Commun.
180(12):2582-2615
(2009)
|
|
cp2k
Ab initio-molekylærdynamik
|
Versions of package cp2k |
Release | Version | Architectures |
buster | 6.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 8.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.5.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2023.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 2023.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 2024.1 |
|
License: DFSG free
|
CP2K er et program til at udføre simuleringer af faststof-, fluid-,
molekyl- samt biologiske systemer. Det er specielt rettet mod massivt
parallelle og lineært skalerende elektronstrukturmetoder og simulationer
med moderne ab-initio-molekylærdynamik (AIMD).
CP2K er optimeret til den blandede Gaussfunktions- og planbølgemetode (GPW)
baseret på pseudopotentialer, men er også stand til at køre fuldelektron-
eller rene planbølge-/Gaussfunktionsberegninger. Inkluderede funktioner:
Ab-initio elektronstrukturmetoder med QUICKSTEP-modulet:
- Energier og kræfter fra tæthedsfunktionalteori (DFT)
- Energier og kræfter fra Hartree-Fock (HF)
- Energier og kræfter fra andenordens perturbationsteori med
Møller-Plesset (MP2)
- Energier med random phase approximation (RPA)
- Periodiske eller uperiodiske (gasfase) grænsebetingelser
- Basissæt omfatter flere standardtyper af Gaussorbitaler (GTO'er),
pseudopotentialer med planbølger, »augmented« planbølger (APW) og en
blandet Gaussmetode plus (»augmented«) planbølgemetode (GPW / GAPW)
- Normkonserverende, separable Goedecker-Teter-Hutter-pseudopotentialer
(GTJH) og pseudopotentialer med ikke-lineære kernekorrektioner (NLCC),
eller fuldelektronberegninger
- Lokaltæthedsapproksimationen (LDA) for XC inklusive SVWN3, SVWN5,
PW92 og PADE
- Gradientkorrigerede (GGA) XC-funktionaler inklusive BLYP, BP86,
PW91, PBE og HCTH120 såvel som meta-GGA-funktionalet TPSS
- Hybrid-XC-funktionaler med eksakt Hartree-Fockudveksling (HFX)
inklusive B3LYP, PBE0 og MCY3
- Dobbelthybridfunktionaler inklusive B2PLYP og B2GPPLYP
- Yderligere XC-funktionaler med LibXC
- Dispersionskorrektioner via parpotentialmodellerne DFT-D2 og DFT-D3
- Ikke-lokale van der Waals-korrektioner for XC-funktionaler inklusive
B88-vdW, PBE-vdW og B97X-D
- DFT+U-korrektion (Hubbard)
- Tæthedsfit for DFT via Blöchl eller tæthedsafledte atomare
punktladninger (DDAPC) og HFX via »auxiliary density matrix methods«
(ADMM) og for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
- Tynde (»sparse«) matrixrepræsentationer og prescreeningteknikker
for lineært skalerende udregning af Kohn-Sham-matrixelementer (KS)
- Orbitaltransformation (OT) eller direkte inversion af det iterative
underrum (DIIS) til selvkonsistent minimering (SCF)
- Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave-metode (LRIGPW)
- Energier med absolut lokaliseret molekylorbital-SCF (ALMO-SCF) til
lineært skalerende molekylsystemer
- Exciterede tilstande via tidsafhængig
tæthedsfunktionalperturbationsteori (TDDFPT)
Ab-initio-molekylærdynamik:
- Born-Oppenheimer-molekylærdynamik (BOMD)
- Ehrenfest-molekylærdynamik (EMD)
- PS-ekstrapolation af begyndelsesbølgefunktion
- Tidsreversibel altid stabil predictor-corrector-integrator (ASPC)
- Approksimativ Car-Parrinello-agtig Born-Oppenheimer-molekylærdynamik
med Langevin (Andengenerations Car-Parrinello-molekylærdynamik (SGCP))
Blandede kvante-/klassiske simulationer (QM/MM):
- Multigrid-metoder til evaluering af Coulombvekselvirkninger mellem
kvante- og klassiske dele
- Håndtering af periodiske grænsebetingelser ved hjælp af lineært
skalerende elektrostatisk kobling
- Adaptiv QM/MM
Yderligere funktioner omfatter:
- Enkeltpunktsenergier, geometrioptimeringer og frekvensberegninger
- Adskillige algoritmer til nudged elastic band (NEB) til beregning af
minimumenergivej (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
- Global optimering af geometrier.
- Solvation via Self-Consistent Continuum Solvation-modellen (SCCS)
- Semiempiriske beregninger med parametriseringerne AM1, RM1, PM3, MNDO,
MNDO-d, PNNL og PM6, tight-binding med tæthedsfunktionalteori (DFTB)
og tight-binding med selfkonsistent polarisering (SCP-TB) med valgfri
periodicitet
- Klassiske molekylærdynamiksimulationer (MD) i det mikrokanoniske
ensemble (NVE) eller kanoniske ensemble (NVT) med Nose-Hoover og
kanonisk sampling gennem termostater der omskalerer hastigheder (CSVR)
- Metadynamik inklusive veltempereret metadynamik til fri
energi-beregninger
- Klassiske kraftfeltsimuleringer (MM)
- Monte Carlo-simuleringer med Kohn-Sham-DFT
- Statiske (f.eks. spektra) og dynamiske (f.eks. diffusion) egenskaber
- ATOM-koden til at generere pseudopotentialer
- Integreret optimering af molekylære basissæt
CP2K implementerer ikke konventionel Car-Parinello-molekylærdynamik (CPMD).
|
|
gpaw
DFT og derudover i den projektor-forstærket bølgemetode
|
Versions of package gpaw |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 22.8.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 24.1.0-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 23.9.1-1 | armel,armhf |
buster | 1.5.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 23.9.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 21.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
En tæthedsfunktionel teori (DFT) for Pythonkode baseret på projektor-
forstærket bølgemetode (PAW) og atomare simuleringsmiljø (ASE). Den bruger
real-space ensartede net- og flernetsmetoder, atom-centreret basis-
funktioner eller plane-bølger.
|
|
nwchem
Højtydende programmer til beregninger i kemi - standard-MPI
|
Versions of package nwchem |
Release | Version | Architectures |
jessie | 6.5+r26243-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 6.8.1-5 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 7.0.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.0.2-4 | all |
trixie | 7.2.2-1 | all |
sid | 7.2.2-1 | all |
Debtags of package nwchem: |
field | chemistry |
role | program |
|
License: DFSG free
|
NWCHem er en programpakke til foretage beregninger i kemi. Den tilbyder
metoder, der kan skalere i både evnen til effektiv håndtering af store
problemer i videnskabelige beregninger inden for kemien, samt evnen til at
gøre brug af parallelle beregningsressourcer fra højtydende parallel-
supercomputere til konventionelle klynger af arbejdsstationer.
NWChem kan håndtere:
- Molekylære, elektroniske strukturmetoder med brug af gaussisk
basisfunktioner til molekylærberegninger med høj præcision
- Elektronisk strukturmetoder til pseudopotentialer for planbølger til
beregning af molekyler, væsker, krystaller, overflader, halvledere eller
metaller
- Ab-initio og klassisk simulering af molekylære dynamikker
- Blandede, klassiske kvantum-simuleringer
- Parallel skalering til tusinder af processorer
(Den efterfølgende beskrivelse af egenskaber bevares på engelsk).
- Molecular electronic structure methods, analytic second derivatives:
- Restricted/unrestricted Hartree-Fock (RHF, UHF)
- Restricted Density Functional Theory (DFT) using many local,
non-local (gradient-corrected) or hybrid (local, non-local, and HF)
exchange-correlation potentials
- Molecular electronic structure methods, analytic gradients:
- Restricted open-shell Hartree-Fock (ROHF)
- Unrestricted Density Functional Theory (DFT)
- Second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2), using RHF
and UHF reference
- MP2 with resolution of the identity approximation (RI-MP2)
- Complete active space SCF (CASSCF)
- Time-Dependent Density Functional Theory (TDDFT)
- Molecular electronic structure methods, single-point energies:
- MP2 spin-component scaled approach (SCS-MP2)
- Coupled cluster singles and doubles, triples or pertubative triples
(CCSD, CCSDT, CCSD(T)), with RHF and UHF reference
- Configuration interaction (CISD, CISDT, and CISDTQ)
- Second-order approximate coupled-cluster singles doubles (CC2)
- State-specific multireference coupled cluster methods (MRCC)
(Brillouin-Wigner (BW-MRCC) and Mukherjee (Mk-MRCC) approaches)
- Further molecular electronic structure features:
- Geometry optimization including transition state searches, constraints
and minimum energy paths (via the Nudged Elastic Band (NEB) and Zero
Temperature String methods)
- Vibrational frequencies
- Equation-of-motion (EOM)-CCSD, EOM-CCSDT, EOM-CCSD(T), CC2,
Configuration-Interaction singles (CIS), time-dependent HF (TDHF) and
TDDFT, for excited states with RHF, UHF, RDFT, or UDFT reference
- Solvatisation using the Conductor-like screening model (COSMO) for RHF,
ROHF and DFT, including analytical gradients
- Hybrid calculations using the two- and three-layer ONIOM method
- Relativistic effects via spin-free and spin-orbit one-electron
Douglas-Kroll and zeroth-order regular approximations (ZORA) and
one-electron spin-orbit effects for DFT via spin-orbit potentials
- Pseudopotential plane-wave electronic structure:
- Pseudopotential Plane-Wave (PSPW), Projector Augmented Wave (PAW)
or band structure methods for calculating molecules, liquids,
crystals, surfaces, semi-conductors or metals
- Geometry/unit cell optimization including transition state searches
- Vibrational frequencies
- LDA, PBE96, and PBE0 exchange-correlation potentials (restricted and
unrestricted)
- SIC, pert-OEP, Hartree-Fock, and hybrid functionals (restricted and
unrestricted)
- Hamann, Troullier-Martins and Hartwigsen-Goedecker-Hutter norm-
conserving pseudopotentials with semicore corrections
- Wavefunction, density, electrostatic and Wannier plotting
- Band structure and density of states generation
- Car-Parrinello ab-initio molecular dynamics (CPMD):
- Constant energy and constant temperature dynamics
- Verlet algorithm for integration
- Geometry constraints in cartesian coordinates
- Classical molecular dynamics (MD):
- Single configuration energy evaluation
- Energy minimization
- Molecular dynamics simulation
- Free energy simulation (multistep thermodynamic perturbation (MSTP) or
multiconfiguration thermodynamic integration (MCTI) methods with
options of single and/or dual topologies, double wide sampling, and
separation-shifted scaling)
- Force fields providing effective pair potentials, first order
polarization, self consistent polarization, smooth particle mesh Ewald
(SPME), periodic boundary conditions and SHAKE constraints
- Mixed quantum-classical:
- Mixed quantum-mechanics and molecular-mechanics (QM/MM) minimizations
and molecular dynamics simulations
- Quantum molecular dynamics simulation by using any of the quantum
mechanical methods capable of returning gradients.
|
|
openmx
Pakke for materialesimuleringer i nanoskala
|
Versions of package openmx |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.8.5+dfsg1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
jessie | 3.7.6-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.7.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.8.5+dfsg1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 3.9.9 |
Debtags of package openmx: |
field | chemistry, physics |
|
License: DFSG free
|
OpenMX (pakke udviklet i åben kildekode for Material eXplorer) er en
programpakke for materialesimuleringer i nanoskala baseret på
tæthedsfunktionelle teorier (DFT), norm-bevarende pseudopotentialer og
pseudo-atomare oversatte basisfunktioner. Da koden er designet for
realiseringen af ab initio-beregninger i stor skala på parallelle
computere, så forventes det at OpenMX kan være et nyttigt og funktionsrigt
værktøj for materialevidenskab i nanoskala indenfor en bred vifte af
systemer såsom biomaterialer, kulstofnanorør, magnetiske materialer og
konduktører i nanoskala.
|
|
quantum-espresso
Programpakke for elektronikstruktur og Ab-Initio molekylære dynamikker
|
Versions of package quantum-espresso |
Release | Version | Architectures |
sid | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 6.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package quantum-espresso: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Quantum ESPRESSO (tidligere kendt som PWscf) er en integreret programpakke
med computerkoder til elektronstrukturberegninger og materialemodellering
på nanoskala. Den er baseret på tæthedsfunktionalteori med planbølger og
pseudopotentialer (både normkonserverende, ultrasoft og PAW).
Funktionalitet:
- Grundtilstands- og båndstrukturberegning ved hjælp af planbølger
med selvkonsistent totalenergi, kræfter og mekanisk spænding
- Separable normkonserverende samt Vanderbilt-pseudopotentialer
(ultrasoft) og PAW-metoden (projector augmented wave method)
- Diverse funktionaler for elektronkorrelation og -udveksling fra
LDA til den generaliserede gradientapproksimation
(PW91, PBE, B88-P86, BLYP), meta-GGA, eksakt udveksling (HF) og
hybridfunktionaler (PBE0, B3LYP, HSE)
- Car-Parrinello- og Born-Oppenheimer-molekylærdynamik
- Strukturoptimering inklusive overgangstilstande og minimumsenergikurver
- Spin-bane-kobling og ikke-kolineær magnetisme
- Responsegenskaber inklusive fononfrekvenser og -egenvektorer, effektive
ladninger og dielektriske tensorer, infrarøde og Raman-
spredningstværsnit samt kemiske skift med EPR og NMR.
- Spektroskopiske egenskaber såsom K- og L1-edge røntgenabsorptionsspektra
(XAS) og elektronexcitationer
Please cite:
P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch:
QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials.
J. Phys. Condens. Matter
21:395502
(2009)
|
|
wannier90
Maksimalt lokaliserede Wannierfunktioner - kørbare filer
|
Versions of package wannier90 |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.1.0+ds-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.1.0+ds-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.1.0+ds-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.1.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Wannier90 er et elektronisk-strukturprogram, der beregner maksimalt-lokaliserede Wannierfunktioner (MLWF). Fungerer oven på andre elektronisk-strukturprogrammer, såsom Abinit, FLEUR og PwSCF.
Denne pakke tilbyder Wannier90-kørbare filer.
Please cite:
Giovanni Pizzi, Valerio Vitale, Ryotaro Arita, Stefan Blügel, Frank Freimuth, Guillaume G{\'{e}}ranton, Marco Gibertini, Dominik Gresch, Charles Johnson, Takashi Koretsune, Julen Iba{\~{n}}ez-Azpiroz, Hyungjun Lee, Jae-Mo Lihm, Daniel Marchand, Antimo Marrazzo, Yuriy Mokrousov, Jamal I Mustafa, Yoshiro Nohara, Yusuke Nomura, Lorenzo Paulatto, Samuel Ponc{\'{e}}, Thomas Ponweiser, Junfeng Qiao, Florian Thöle, Stepan S Tsirkin, Ma{\l}gorzata Wierzbowska, Nicola Marzari, David Vanderbilt, Ivo Souza, Arash A Mostofi and Jonathan R Yates:
Wannier90 as a community code: new features and applications.
Journal of Physics: Condensed Matter
32(16):165902
(2020)
|
|
|