DebiChem Polymer editors and mass spectrometry packages

The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular and extensible set of open-source, cross-platform tools and libraries. The tools perform proteomics data analyses; the libraries enable rapid tool creation by providing a robust, pluggable development framework that simplifies and unifies data file access, and performs standard chemistry and LCMS dataset computations.

The primary goal of ProteoWizard is to eliminate the existing barriers to proteomic software development so that researchers can focus on the development of new analytic approaches, rather than having to dedicate significant resources to mundane (if important) tasks, like reading data files.

This package ships command line tools that include idconvert (conversion of MS identifications) and msconvert (conversion of MS raw data files from/to any supported format).

Lutefisk udfører en de novo-fortolkning af kollisionspåførte nedbrydningsspectra (CID), ved at give brugeren en fil indeholdende alle de mulige sekvenskandidater, der svarer til CID-dataene.

massXpert er et program til at simulere og analysere massespektrometriske data indhentet på lineære (bio-)polymerer. Det er efterfølgeren til GNU polyxmass.

Fire moduler tillader:

• At udføre helt nye polymer-kemidefinitioner
• Bruge definitionerne til at udføre enkle beregninger i en skrivebords- regnemaskine lignende måde
• Udføre sofistikerede polymer-sekvensredigering og -simuleringer
• Udføre m/z-listesammenligninger

Kemiske simuleringer omfatter spaltning (enten kemisk eller enzymatiske), gas-fase fragmentationer, kemisk modifikation af enhver monomer i polymersekvensen, tværbinding af monomerer i sekvensen, vilkårlige massesøgninger, beregning af det isotopiske mønster ...

mMass er en fri massespektrum fremviser/analyseprogram hvor de følgende proteomikrelaterede opgaver kan udføres:

• Åbn rå tekst, mzXML- og mzData-massespektra
• Definer højdelister
• Funktionsrig massespektrumsfremviser (zoom, markør ...)
• Omkalibrering af data
• Simulationer kun med proteiner
• Mascot-søgninger på nettet

Programmet kan nemt udvides med yderligere Pythonmoduler. Denne pakke indeholder de platformsuafhængige dele af programmet.

OpenMS er en pakke for LC/MS-datahåndtering og -analyse. OpenMS tilbyder en infrastruktur for udvikling af programmer relateret til massespektrometri og funktionsrige 2D- og 3D-virtualiseringsløsninger.

TOPP (OpenMS proteomisk datakanal) er en datakanal for analyse af HPLC/MS-data. Det består af et sæt af utallige små programmer, som kan kædes sammen for at oprette analysedatakanaler skræddersyet for et specifikt problem.

Denne pakke er en metapakke, som afhænger af både bibliotekspakken libopenms (libOpenMS og libOpenMS_GUI) og pakken OpenMS Proteomic Pipeline (topp).

python-mzml er en udvidelse til Python som tilbyder:

• nem adgang til massespektrometridata (MS) som giver mulighed for hurtig udvikling af værktøjer
• en meget hurtig fortolker af mzML-data, standarden for dataformatet indenfor massespektrometri
• et sæt af funktioner til at sammenligne eller håndtere spectra.

MALDIquant tilbyder en komplet analyse pipeline for MALDI-TOF og andre massespektrometriske data. Særlige funktioner omfatter baseline subtraktion ved hjælp af SNIP-algoritme, toppunktstilpasning ved hjælp af warp-funktioner, håndtering af replikerede målinger samt ved at tillade spektre med forskellige opløsninger.

MALDIquantForeign-pakken læser (tab, csv, Bruker fid, Ciphergen XML, mzXML, mzML, imzML, Analyze 7.5) og skriver (tab, csv, msd, mzML) forskellige filformater for massespektrometridata til/fra MALDIquant- objekter.

The GNU R mixtools package is a collection of R functions for analyzing finite mixture models. This package is based upon work supported by the National Science Foundation under Grant No. SES-0518772.

Pakken readBrukerFlexDAta læser datafilerne indhentet af MALDI-TOF MS på Bruker Daltonics-maskiner i *flex-serien.

Pakken readMzXmlData indeholder funktioner for læsning af massespektrometridata i mzXML-formatet.

This GNU R package provides fficient calculation of accurate masses and abundances of isotopic peaks. It is a precondition for R NITPICK which does peak identification for mass spectrometry data.

This is a GNU R package for the Analytical Chemistry publication entitled 'Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases'. The function curveFDR(scores) fits a gaussian mixture model to a score distribution of peptide identifications and thereby allows the estimation of confidence levels based on the false discvory proportion.

This GNU R package provides efficient procedures for fitting an entire lasso sequence with the cost of a single least squares fit. Least angle regression and infinitessimal forward stagewise regression are related to the lasso described in http://www-stat.stanford.edu/~hastie/Papers/#LARS.

This is a modified version of the original lars package by Hastie and Efron, providing a LARS modification for non-negative lasso.

This R package allows reliable extraction of features from mass spectra and helps in the automated analysis of proteomic mass spectrometry (MS) experiments.

This is the NITPICK implementation for peak picking in MS spectra.

X! Tandem kan matche tandem-massespektre med peptidsekvenser, i en proces, der er almindeligt anvendt til at udføre proteinidentifikation.

Dette program har en meget enkel og ukompliceret programmeringsgrænseflade: Det tager simpelthen en XML-fil med instruktioner på sin kommandolinje, og viser resultaterne i en XML-fil, der er specificeret i den anvendte XML-fil. Resultatfilens format er beskrevet på http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf

I modsætning til nogle tidligere søgemaskiner beregner alle X!-seriens søgemaskiner statistisk tillid (forventningsværdier) for alle de individuelle spektrum-til-sekvens opgaver. De samler også alle peptidopgaverne i et datasæt på de kendte proteinsekvenser og tildeler den statistiske tillid at denne samling og justering ikke er tilfældig. Formlen for dette kan findes her. Derfor er der ikke brug for separate samlings- og statistiske analyseprogrammer, f.eks. PeptideProphet og ProteinProphet.

The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular and extensible set of open-source, cross-platform tools and libraries. The tools perform proteomics data analyses; the libraries enable rapid tool creation by providing a robust, pluggable development framework that simplifies and unifies data file access, and performs standard chemistry and LCMS dataset computations.

The primary goal of ProteoWizard is to eliminate the existing barriers to proteomic software development so that researchers can focus on the development of new analytic approaches, rather than having to dedicate significant resources to mundane (if important) tasks, like reading data files.

This package ships the library development files.

BICEPS is tool for the error-tolerant identification of peptides based on a statistical regularization scheme. It balances possible improvements in peptide-spectrum-matches by allowing substitutions against the increased risk of false positives. BICEPS can identify peptides containing two or more substitutions as occuring e.g. in cross-species searches.