DebiChem Polymer editors and mass spectrometry packages

The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular and extensible set of open-source, cross-platform tools and libraries. The tools perform proteomics data analyses; the libraries enable rapid tool creation by providing a robust, pluggable development framework that simplifies and unifies data file access, and performs standard chemistry and LCMS dataset computations.

The primary goal of ProteoWizard is to eliminate the existing barriers to proteomic software development so that researchers can focus on the development of new analytic approaches, rather than having to dedicate significant resources to mundane (if important) tasks, like reading data files.

This package ships command line tools that include idconvert (conversion of MS identifications) and msconvert (conversion of MS raw data files from/to any supported format).

Lutefisk effettua una interpretazione de novo dello spettro CID (Collision-Induced Decay, decadimento indotto da collisione), fornendo all'utente un file contenente tutte le possibili sequenze candidate che corrispondono ai dati CID.

massXpert è un programma di simulazione e analisi di dati di spettrometrie di massa ottenuti su (bio)polimeri lineari. È il successore di GNU polyxmass.

Quattro moduli permettono di:

• costruire definizioni chimiche di polimeri assolutamente nuovi;
• usare le definizioni per effettuare semplici calcoli in stile calcolatrice da tavolo;
• effettuare sofisticate modifiche e simulazioni di sequenze di polimeri;
• effettuare confronti della lista m/z;

Le simulazioni chimiche comprendono scissione (tanto chimica quanto enzimatica), frammentazione allo stato di gas, modificazione chimica di qualunque monomero nella sequenza polimerica, legami incrociati tra i monomeri nella sequenza, ricerche arbitrarie di massa, calcolo del modello isotopico...

mMass è un visualizzatore/analizzatore libero per spettrografia di massa con cui possono essere eseguiti i seguenti compiti relativi alla proteomica:

• aprire spettri di massa in puro testo, mzXML e mzData;
• definire elenchi di picchi;
• potente visualizzatore di spettri di massa (zoom, cursore, ...);
• ricalibrare dati;
• simulazioni solo-proteine;
• ricerche Mascot online.

Il software può essere facilmente esteso con moduli aggiuntivi Python. Questo pacchetto contiene le parti del software indipendenti dalla piattaforma.

OpenMS è un pacchetto per gestione ed analisi di dati LC/MS. OpenMS offre un'infrastruttura per lo sviluppo di software relativo alla spettrometria di massa e potenti soluzioni per la visualizzazione 2D e 3D.

TOPP (OpenMS proteomic pipeline) è una catena di strumenti per l'analisi di dati HPLC/MS. Consiste di un insieme di numerose piccole applicazioni che possono essere concatenate insieme per creare catene di analisi su misura per un problema specifico.

Questo è un metapacchetto che dipende sia dal pacchetto delle librerie libopenms (libOpenMS e libOpenMS_GUI), sia dal pacchetto dell'OpenMS Proteomic Pipeline (topp).

python-mzml è un'estensione per Python che offre:

• facile accesso a dati di spettrometria di massa (MS) che permette lo sviluppo rapido di strumenti;
• un analizzatore veramente veloce di dati mzML, lo standard per ciò che riguarda i formati di dati di spettrometria di massa;
• un insieme di funzioni per confrontare o gestire spettri.

MALDIquant fornisce una pipe completa di analisi per MALDI-TOF e altri dati di spettrometria di massa. Le caratteristiche distintive includono la sottrazione della linea di base usando l'algoritmo SNIP, l'allineamento dei picchi usando funzioni di warping, la gestione di misure replicate, permettendo inoltre l'uso di spettri con risoluzioni diverse.

il pacchetto MALDIquantForeign legge (tab, csv, Bruker fid, Ciphergen XML, mzXML, mzML, imzML, Analyze 7.5) e scrive (tab, csv, msd, mzML) diversi formati di file per dati di spettrometria di massa in e da oggetti MALDIquant.

Il pacchetto mixtools di GNU R è una raccolta di funzioni R per analizzare modelli finiti misti. Questo pacchetto è basato sul lavoro supportato dalla National Science Foundation con la borsa di ricerca n. SES-0518772.

Il pacchetto readBrukerFlexData legge i file dei dati acquisiti con spettrometria di massa MALDI-TOF da apparecchiature Bruker Daltonics della serie *flex.

Il pacchetto readMzXmlData contiene funzioni per leggere dati di spettrometria di massa in formato mzXML.

Questo pacchetto GNU R fornisce un calcolo efficiente per massa e abbondanza accurate per picchi isotopici. È una precondizione per R NITPICK che esegue l'identificazione dei picchi per dati di spettrometria di massa.

Questo è un pacchetto per GNU R per la pubblicazione intitolata "Estimating the Confidence of Peptide Identifications without Decoy Databases" su "Analytical Chemistry". La funzione curveFDR(scores) fa il fit di un modello di mistura di distribuzioni gaussiane a una distribuzione di punteggi di identificazione di peptidi e perciò permette la stima di livelli di confidenza basati sulla proporzione di false scoperte.

Questo pacchetto GNU R fornisce procedure efficienti per fare il fit di un'intera sequenza lasso al costo di un solo fit ai minimi quadrati. La regressione LAR (Least Angle Regression) e la regressione infinitesimale forward stagewise sono correlate al lasso descritto in http://www-stat.stanford.edu/~hastie/Papers/#LARS.

Questa è una versione modificata del pacchetto lars originale di Hastie ed Efron, che fornisce una modifica a LARS per lasso non negativo.

Questo pacchetto R permette un'estrazione affidabile di caratteristiche da spettri di massa e aiuta nell'analisi automatica di esperimenti di spettrometria di massa (MS) per la proteomica.

Questa è l'implementazione NITPICK per il rilevamento dei picchi in spettri MS.

X! Tandem può trovare la corrispondenza tra spettri di massa tandem e sequenze peptidiche, in un processo che viene comunemente usato per effettuare l'identificazione delle proteine.

Questo software ha una API (interfaccia per programmazione di applicazioni) molto semplice e non sofisticata: accetta semplicemente nella riga di comando un file XML con le istruzioni e produce in output i risultati in un file XML che è stato specificato nel file XML di input. Il formato del file di output è descritto all'indirizzo \fI`http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf'\fR.

A differenze di alcuni motori di ricerca delle generazioni precedenti, tutta la serie X! dei motori di ricerca calcola l'intervallo statistico di confidenza (valori attesi) per tutte le singole assegnazioni spettro-sequenza. Riassemblano anche tutti le assegnazioni dei peptidi in un insieme di dati nelle sequenze proteiche conosciute e assegnano la confidenza statistica che questo assemblaggio e allineamento non siano casuali. È possibile trovare la formula all'interno; perciò non è necessario utilizzare un software separato per l'assemblaggio e l'analisi statistica, come ad esempio PeptideProphet e ProteinProphet.

The libpwiz library from the ProteoWizard project provides a modular and extensible set of open-source, cross-platform tools and libraries. The tools perform proteomics data analyses; the libraries enable rapid tool creation by providing a robust, pluggable development framework that simplifies and unifies data file access, and performs standard chemistry and LCMS dataset computations.

The primary goal of ProteoWizard is to eliminate the existing barriers to proteomic software development so that researchers can focus on the development of new analytic approaches, rather than having to dedicate significant resources to mundane (if important) tasks, like reading data files.

This package ships the library development files.

BICEPS is tool for the error-tolerant identification of peptides based on a statistical regularization scheme. It balances possible improvements in peptide-spectrum-matches by allowing substitutions against the increased risk of false positives. BICEPS can identify peptides containing two or more substitutions as occuring e.g. in cross-species searches.