Summary
Next generation sequencing
Debian Med bioinformatics applications usable in Next Generation Sequencing
It aims at gettting packages which specialize in the processing or interpretation of
data generated with next- (and later-) generation high-thoughput sequencing technologies.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
|
Debian Med Next generation sequencing packages
Official Debian packages with high relevance
Bcftools
Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer
|
Versions of package bcftools |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 1.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,kfreebsd-amd64,mips64el,mipsel,ppc64el |
stretch | 1.3.1-1 | amd64,arm64,armel,mips64el,mipsel,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
BCFtools er et sæt af redskaber, som manipulerer variantkald i Variant Call
Format (VCF) og dets binære modpart BCF. Alle kommandoer fungerer
gennemsigtigt med både VCF'er og BCF'er, både uden komprimering og
komprimeret med BGZF.
|
|
Bedtools
Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
|
Versions of package bedtools |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.26.0+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.27.1+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 2.26.0+dfsg-5 | hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,s390x |
stretch | 2.26.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 2.21.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x |
wheezy | 2.16.1-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
Debtags of package bedtools: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
BEDTools-redskaber giver mulighed for at adressere gængse arvemasseopgaver
såsom at finde funktionsoverlap og beregne dækning. Redskaberne er
hovedsagelig baseret på fire meget udbredte filformater: BED, GFF/GTF, VCF
og SAM/BAM. Med brug af BEDTools kan du udvikle sofistikerede datakanaler,
som besvarer komplicerede forskningsspørgsmål ved at udsende flere BEDTools
sammen.
Redskabet groupBy er distribueret i pakken filo.
|
|
Blasr
Kortlægning af enkelte molekylesekventeringslæsninger
|
Versions of package blasr |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.3+0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
sid | 0~20151014+git8e668be-1 | hurd-i386 |
buster | 5.3.2+dfsg-1.1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
sid | 5.3.2+dfsg-1.1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
Grundlæggende lokal opsætning med successiv raffinement (BLASR) er en
metode til kortlægning af enkelte molekylesekventeringslæsninger mod et
referencegenom. En sådan læsning er tusindvis af baser lang, med divergens
mellem dem og genomet bliver domineret af indsættelses- og slettefejl.
|
|
Bowtie
Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
|
Versions of package bowtie |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.1.2-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
wheezy | 0.12.7-3 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,s390,s390x,sparc |
sid | 1.2.2+dfsg-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.2+dfsg-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 1.1.2-6 | kfreebsd-amd64 |
jessie | 1.1.1-2 | amd64 |
Debtags of package bowtie: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Denne pakke adresserer problemet med at fortolke resultaterne fra de
seneste (2010) DNA-sekvensteknologier. Disse vil resultere i ret så korte
stræk og disse kan ikke fortolkes direkte. Det er udfordringen for
værktøjer såsom Bowtie at give en kromosonplacering til korte stræk af DNA
sekventeret per kørsel.
Bowtie sammenligner korte DNA-sekvenser (læsninger) for den menneskelige
arvemasse med en hastighed på mere end 25 millioner 35-bp læsninger per
time. Bowtie indekserer arvemassen med et Burrows-Wheeler-indeks for at
holde hukommelsesaftrykket lavt: Typisk omkring 2,2 GB for den menneskelige
arvemasse (2,9 GB for paired-end).
|
|
Bwa
Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
|
Versions of package bwa |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.7.17-2 | amd64 |
squeeze | 0.5.8c-1 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
wheezy | 0.6.2-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
jessie | 0.7.10-1 | amd64 |
stretch | 0.7.15-2 | amd64 |
sid | 0.7.17-2 | amd64,kfreebsd-amd64 |
Debtags of package bwa: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
use | analysing, comparing |
|
License: DFSG free
|
Burrows-Wheeler Aligner (BWA) er en programpakke, for oversættelse af
lavafvigende sekvenser mod en stor referencearvemasse, såsom den
menneskelige arvemasse. Den består af tre algoritmer: BWA-backtrack, BWA-SW
og BWA-MEM. Den første algoritme er designet for Illunina-sekvenslæsninger
op til 100 bp, mens de sidste to er for længere sekvenser fra 70 bp til 1
Mbp. BWA-MEM og BWA-SW deler funktioner såsom understøttelse af long-read
og opdelingssammenligning, men BWA-MEM, som er den seneste, anbefales
generelt for højkvalitets forespørgsler, da den er hurtigere og mere
præcis. BWA-MEM har også bedre ydelse end BWA-backtrack for 70-100 bp
Illumina-læsninger.
|
|
Daligner
Lokal tilpasningsregistrering mellem lange nukleotidsekventeringslæsninger
|
Versions of package daligner |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0+git20180524.fd21879-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0+git20180524.fd21879-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0+20161119-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Disse værktøjer gør det muligt at finde alle signifikante lokale
tilpasninger mellem læsninger kodet i en Dazzler-database. Antagelsen er at
læsningerne er fra en »Pacific Biosciences RS II long read sequencer«. Det
vil sige, at læsningerne er lange og usikre, op til 15 % i gennemsnit.
|
|
Fastx-toolkit
forbehandlingsværktøjer til læsning af korte FASTQ/A-nukleotider
|
Versions of package fastx-toolkit |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.0.14-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.0.14-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.0.14-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
wheezy | 0.0.13.2-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
jessie | 0.0.14-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package fastx-toolkit: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
FASTX-Toolkit er en samling af kommandolinjeværktøjer for forbehandling af
korte nukleotidlæsninger i FASTA- og FASTQ-formater, normalt udarbejdet af
Next-Generation sekvensmaskiner. Hovedbehandlingen af sådanne
FASTA/FASTQ-filer er oversættelse (justering) af sekvenserne til
referencegenomer eller andre databaser der bruger specialiserede programmer
såsom BWA, Bowtie og mange andre. Det er dog undertiden mere produktivt at
forbehandle FASTA/FASTQ-filerne, forud for oversættelse af sekvenserne til
genom-manipulering, for at fremstille bedre oversættelsesresultater.
FASTX-Toolkit-værktøjer udfører nogle af disse forbehandlingsopgaver.
|
|
Last-align
sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala
|
Versions of package last-align |
Release | Version | Architectures |
squeeze | 128-1 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
sid | 963-2 | amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 490-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x |
wheezy | 199-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
stretch | 830-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 963-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package last-align: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
|
License: DFSG free
|
LAST er programmel til sammenligning og justering af sekvenser, typisk DNA-
eller protein-sekvenser. LAST ligner BLAST, men det er bedre til at
håndtere meget store mængder af sekvensdata. Her er to ting som LAST er god
til:
- Sammenligning af store (eksempelvis pattedyrs) genomer.
- Kortlægge masser af sekvens-mærker oven på et genom.
Den primære, tekniske innovation er at LAST finder indledende samstemmende
forekomster, baseret på deres mangfoldighed, i stedet for at benytte en
fast størrelse (BLAST bruger eksempelvis 10-mers). Dette gør, at man kan
kortlægge mærker til genomer, uden gentagelsesmaskering (eng. »repeat-
masking«), uden at blive overvældet af gentagne forekomster. For at finde
disse forekomster som har forskellige størrelser, så bruger den en suffiks-
række (inspireret af Vmatch). For at opnå høj følsomhed, så bruger den en
usammenhængende suffiks-række, der er en analog til frø som placeres med
mellemrum.
|
|
Libvcflib-tools
C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)
|
Versions of package libvcflib-tools |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.0~rc2+dfsg-2 | amd64,kfreebsd-amd64 |
stretch | 1.0.0~rc1+dfsg1-3 | amd64 |
buster | 1.0.0~rc2+dfsg-2 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
The Variant Call Format (VCF) is a flat-file, tab-delimited textual format
intended to concisely describe reference-indexed variations between
individuals. VCF provides a common interchange format for the description of
variation in individuals and populations of samples, and has become the defacto
standard reporting format for a wide array of genomic variant detectors.
vcflib provides methods to manipulate and interpret sequence variation as it
can be described by VCF. It is both:
- an API for parsing and operating on records of genomic variation as it can
be described by the VCF format,
- and a collection of command-line utilities for executing complex
manipulations on VCF files.
This package contains several tools using the library.
|
|
Maq
kortlægger korte, fast-længde, polymorfiske DNA-sekvenslæsninger til reference-sekvenser
|
Versions of package maq |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.7.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x |
sid | 0.7.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
wheezy | 0.7.1-5 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
squeeze | 0.7.1-3 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
buster | 0.7.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.7.1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package maq: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Maq (forkortelse af »Mapping and Assembly with Quality«) bygger kortlagte
montager fra korte læsninger genereret af næste generation inden for
maskiner til sekvensering. Det blev særligt designet til »Illumina-Solexa 1G
Genetic Analyzer«, og har indledende funktionalitet til at håndtere ABI
SOLid-data. Maq var tidligere kendt som mapass2.
Udvikling af Maq stoppede i 2008. Dets efterfølger er BWA og SAMtools.
|
|
Mhap
locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
|
Versions of package mhap |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.1.1+dfsg-1 | all |
sid | 2.1.3+dfsg-2 | all |
buster | 2.1.3+dfsg-2 | all |
|
License: DFSG free
|
The MinHash Alignment Process (MHAP--pronounced MAP) is a
reference implementation of a probabilistic sequence overlapping
algorithm. Designed to efficiently detect all overlaps between noisy
long-read sequence data. It efficiently estimates Jaccard similarity
by compressing sequences to their representative fingerprints
composed on min-mers (minimum k-mer).
|
|
Picard-tools
Command line tools to manipulate SAM and BAM files
|
Versions of package picard-tools |
Release | Version | Architectures |
wheezy | 1.46-1 | all |
sid | 2.18.25+dfsg-2 | amd64 |
buster | 2.18.25+dfsg-2 | amd64 |
stretch | 2.8.1+dfsg-1 | all |
jessie | 1.113-1 | all |
squeeze | 1.27-1 | all |
upstream | 2.18.27 |
|
License: DFSG free
|
SAM (Sequence Alignment/Map) format is a generic format for storing
large nucleotide sequence alignments. Picard Tools includes these
utilities to manipulate SAM and BAM files:
AddCommentsToBam FifoBuffer
AddOrReplaceReadGroups FilterSamReads
BaitDesigner FilterVcf
BamIndexStats FixMateInformation
BamToBfq GatherBamFiles
BedToIntervalList GatherVcfs
BuildBamIndex GenotypeConcordance
CalculateHsMetrics IlluminaBasecallsToFastq
CalculateReadGroupChecksum IlluminaBasecallsToSam
CheckIlluminaDirectory LiftOverIntervalList
CheckTerminatorBlock LiftoverVcf
CleanSam MakeSitesOnlyVcf
CollectAlignmentSummaryMetrics MarkDuplicates
CollectBaseDistributionByCycle MarkDuplicatesWithMateCigar
CollectGcBiasMetrics MarkIlluminaAdapters
CollectHiSeqXPfFailMetrics MeanQualityByCycle
CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment
CollectIlluminaLaneMetrics MergeSamFiles
CollectInsertSizeMetrics MergeVcfs
CollectJumpingLibraryMetrics NormalizeFasta
CollectMultipleMetrics PositionBasedDownsampleSam
CollectOxoGMetrics QualityScoreDistribution
CollectQualityYieldMetrics RenameSampleInVcf
CollectRawWgsMetrics ReorderSam
CollectRnaSeqMetrics ReplaceSamHeader
CollectRrbsMetrics RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar
CollectSequencingArtifactMetrics RevertSam
CollectTargetedPcrMetrics SamFormatConverter
CollectVariantCallingMetrics SamToFastq
CollectWgsMetrics ScatterIntervalsByNs
CompareMetrics SortSam
CompareSAMs SortVcf
ConvertSequencingArtifactToOxoG SplitSamByLibrary
CreateSequenceDictionary SplitVcfs
DownsampleSam UpdateVcfSequenceDictionary
EstimateLibraryComplexity ValidateSamFile
ExtractIlluminaBarcodes VcfFormatConverter
ExtractSequences VcfToIntervalList
FastqToSam ViewSam
|
|
R-bioc-hilbertvis
GNU R-pakke til at visualisere lange vektordata
|
Versions of package r-bioc-hilbertvis |
Release | Version | Architectures |
wheezy | 1.14.0-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
jessie | 1.24.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x |
sid | 1.40.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.32.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.38.0-2 | kfreebsd-i386 |
squeeze | 1.5.0-2 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
buster | 1.40.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package r-bioc-hilbertvis: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Dette værktøj giver dig mulighed for at vise meget lange datavektorer på en
pladseffektiv måde, ved at organisere dataene via en 2D-Hilbertkurve.
Brugeren kan så visuelt bedømme den store skalastruktur og distribution af
funktioner på samme tid via den rå form og intensiteten for individuelle
funktioner.
I bioinformatics er et typisk brugstilfælde ChIP-Chip og ChIP-Seq, eller
grundlæggende alle slags genomdata, som passende vises som kvantitative
spor (»wiggle data«) i genombrowsere såsom dem tilbudt af Ensembl eller UCSC.
|
|
Rna-star
Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram
|
Versions of package rna-star |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.5.2b+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 2.7.0a+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
sid | 2.7.0a+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
upstream | 2.7.0c |
|
License: DFSG free
|
Programmet Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) baseret på
en tidligere ubeskrevet RNA-seq-sammenligningsalgoritme, som bruger
sekventiel maksimal kortlægningsparat seed-søgning i suffikstabeller uden
komprimering efterfulgt af seed-klyngeopbygning og syning. STAR er bedre
end andre sammenligningsprogrammer med en faktor >50 i
kortlægningshastighed, sammenligning med menneskets genom 550 million 2 ×
76 bp parret-slut læsninger per time på en moderat server med 12-kerner,
mens der på samme tid er en forbedring af sammenligningssensitivitet og
præcision. Udover fordomsfri de novo-registrering af kanoniske bindinger
kan STAR registrere ikkekanoniske dele og chimeric (fusion)
transkriptioner, og kan også oversætte RNA-sekvenser i fuld længde. Via
Rocke 454-sekvensering af »reverse transcription polymerase chain reaction
amplicons« validerede forfatterne eksperimentelt 1960 novel mellemgenom
delbindinger med 80-90 % succes, underbyggende den høje præcision i
START-kortlægningsstrategien.
|
|
Samtools
Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
|
Versions of package samtools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.19-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x |
sid | 1.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
wheezy | 0.1.18-1 | amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390 |
squeeze | 0.1.8-1 | amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390 |
stretch | 1.3.1-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
Debtags of package samtools: |
field | biology |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | ncurses |
use | analysing, calculating, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Samtools er et sæt af værktøjer, der manipulerer sammenligninger af
nukleotidsekvenser i det binære BAM-format. Værktøjet importerer fra og
eksporterer til ascii SAM-formatet (Sequence Alignment/Map) og
CRAM-formater, udfører sortering, sammenlægning og indeksering, og gør det
muligt at hente læsninger i alle områder hurtigt. Det er designet til at
arbejde på en strøm, og er i stand til at åbne en BAM- eller CRAM-fil (ikke
SAM) på en ekstern FTP- eller HTTP-server.
|
|
Sra-toolkit
Redskaber for NCBI Sequence Read Archive
|
Versions of package sra-toolkit |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.8.1-2+dfsg-2 | amd64,i386 |
buster | 2.9.3+dfsg-1 | amd64 |
sid | 2.9.3+dfsg-1 | amd64 |
wheezy | 2.1.7a-1 | amd64,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386 |
jessie | 2.3.5-2+dfsg-1 | amd64,i386 |
upstream | 2.9.4 |
|
License: DFSG free
|
Værktøjer til at læse SRA-arkivet, generelt ved at konvertere
individuelle kørsler til et ofte anvendt format såsom fastq.
De tekstmæssige dumpere »sra-dump« og »vdb-dump« tilbydes i denne
udgivelse som en hjælp til visuel inspektion. Det er sandsynligt, at
den faktiske uddataformatering vil blive ændret i den nære fremtid for
en mere stringent, mere formaliseret repræsentation. AFHÆNG IKKE AF
UDDATAFORMATET I DENNE UDGIVELSE.
Informationen »Help« vil blive forbedret i fremtidige udgivelser og
værktøjsindstillingerne vil blive standardiseret på tværs af sættet.
Yderligere dokumentation vil også blive lagt på NCBI-hjemmesiden.
Værktøjsindstillinger kan ændre sig i den næste udgivelse. Version 1-
værktøjsindstillinger vil forblive understøttet hvor muligt for at
bevare funktionaliteten på eksisterende skripter.
Please cite:
Rasko Leinonen, Ruth Akhtar, Ewan Birney, James Bonfield, Lawrence Bower, Matt Corbett, Ying Cheng, Fehmi Demiralp, Nadeem Faruque, Neil Goodgame, Richard Gibson, Gemma Hoad, Christopher Hunter, Mikyung Jang, Steven Leonard, Quan Lin, Rodrigo Lopez, Michael Maguire, Hamish McWilliam, Sheila Plaister, Rajesh Radhakrishnan, Siamak Sobhany, Guy Slater, Petra Ten Hoopen, Franck Valentin, Robert Vaughan, Vadim Zalunin, Daniel Zerbino and Guy Cochrane:
Improvements to services at the European Nucleotide Archive.
(PubMed,eprint)
Nucleic Acids Research
38(Database issue):D39-45
(2010)
|
|
Ssake
Genomprogram for samling af millioner af meget korte DNA-sekvenser
|
Versions of package ssake |
Release | Version | Architectures |
squeeze | 3.5-1 | all |
wheezy | 3.8-2 | all |
jessie | 3.8.2-1 | all |
stretch | 3.8.4-1 | all |
sid | 4.0-2 | all |
buster | 4.0-2 | all |
Debtags of package ssake: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology |
interface | shell |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Short Sequence Assembly af K-mer search and 3′ read Extension
(SSAKE) er et genomprogram for aggressiv samling af millioner af korte
nukleotidsekvenser ved gradvis at søge efter perfekte 3'-meste k-merer ved
hjælp af et DNA-præfikstræ. SSAKE er designet til at hjælpe med at udnytte
oplysningerne fra korte sekvenser læst ved stringent klyngeopbygning i
contig'er, der kan bruges til at karakterisere nye sekventeringsmål.
|
|
Tabix
Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler
|
Versions of package tabix |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.2.6-2 | armhf,mips,powerpc,s390x |
sid | 1.9-10 | amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1-1 | amd64,arm64,armel,i386,mipsel,ppc64el |
wheezy | 0.2.6-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
stretch | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
Debtags of package tabix: |
role | program |
works-with-format | html |
|
License: DFSG free
|
Tabix indekserer filer hvor nogle kolonner indikerer sekvenskoordinater:
navn (normalt et kromosom), start og stop. Inddatafilen skal være
positionssorteret og komprimeret af bgzip (tilbudt i denne pakke), som har
en grænseflade der ligner gzip. Efter indeksering er tabix i stand til
hurtigt at hente datalinjer efter kromosomkoordinater. Hurtig
dataindhentelse fungerer også over netværk hvis en URI angives som et filnavn.
Denne version af tabix er bygget fra HTSlib-kilden.
|
|
Tophat
Hurtig splejsningsforbindelsesoversætter for RNA-sekvenslæsninger
|
Versions of package tophat |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.0.13+dfsg-1 | amd64 |
stretch | 2.1.1+dfsg-2 | amd64 |
buster | 2.1.1+dfsg1-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 2.1.1+dfsg1-2 | amd64,arm64,kfreebsd-amd64,mips64el,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
TopHat sammenligner RNA-sekvenslæsninger med genomer i mammalian-størrelse
via ultra høj-gennemløb kortlæsningsssammenligneren Bowtie, og analyserer
så resultaterne for at identificere splejsningsforbindelser mellem exoner.
TopHat er et samarbejde mellem University of Maryland Center for
Bioinformatics og Computational Biology og University of California,
Berkeley Departments for matematisk og molekylær- og cellebiologi.
The package is enhanced by the following packages:
cufflinks
|
|
Vcftools
Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer
|
Versions of package vcftools |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.12+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x |
stretch | 0.1.14+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.1.16-1 | amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
wheezy | 0.1.9-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
buster | 0.1.16-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package vcftools: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
VCFtools er en programpakke designet for arbejde med VCF-filer, såsom dem
oprettet af 1000 Genomes Project. Formålet med VCFtools er at tilbyde
metoder for arbejde med VCF-filer: validering, sammenføjning, sammenligning
og beregning af noget grundlæggende statistik om befolkningsgenetik.
Please cite:
Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers, Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert E. Handsaker, Gerton Lunter, Gabor T. Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean and Richard Durbin:
The variant call format and VCFtools.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
27(15):2156-8
(2011)
|
|
Velvet
Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger
|
Versions of package velvet |
Release | Version | Architectures |
squeeze | 1.0.02~nozlibcopy-1 | amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc |
wheezy | 1.2.03~nozlibcopy-1 | amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc |
buster | 1.2.10+dfsg1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.2.10+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.10+dfsg1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.10+dfsg1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package velvet: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Velvet er en »de novo«-genomisk assembler som er specielt designet for
teknologier til kort læsning, såsom Solexa eller 454, udviklet af Daniel
Zerbino og Ewan Birney ved European Bioinformatics Institue (EMBL-EBI), nær
Cambridge, i Storbritannien.
Velvet kan i øjeblikket tage korte læsesekvenser, fjerner fejl og
fremstiller dernæst unikke »contig'er« i høj kvalitet. Det anvender derefter
parvis læseinformation, hvis tilgængelig, til at indhente de gentagne
områder mellem contig'erne.
|
|
|