Debian Med Project
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Summary
Epidemiology
pacchetti relativi all'epidemiologia per Debian Med

Questo metapacchetto installa gli strumenti utili nella ricerca epidemiologica. Diversi pacchetti utilizzano il linguaggio dati GNU R per l'investigazione statistica. Potrebbe essere una buona idea leggere l'articolo "A short introduction to R for Epidemiology" all'indirizzo http://staff.pubhealth.ku.dk/%7Ebxc/Epi/R-intro.pdf .

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Epidemiology packages

Official Debian packages with high relevance

Epigrass
strumento scientifico di simulazione/analisi per scenari epidemiologici in rete
Versions of package epigrass
ReleaseVersionArchitectures
sid2.4.7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.3-1all
jessie2.4.0-2all
stretch2.4.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.0.4-3all
Debtags of package epigrass:
fieldmedicine
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitqt
useanalysing, viewing
works-withdb
x11application
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Epigrass è uno strumento per visualizzare, analizzare e simulare processi epidemici su reti georeferenziate.

EpiGrass può interagire col GIS di GRASS dal quale può ottenere mappe e altre informazioni geo-referenziate. Comunque, EpiGrass non richiede l'installazione del GIS di GRASS per la maggior parte delle sue funzioni.

The package is enhanced by the following packages: epigrass-doc
Please cite: Flavio Coelho, Oswaldo Cruz and Claudia Codeco: Epigrass: a tool to study disease spread in complex networks. (PubMed) Source Code for Biology and Medicine 3(1):3 (2008)
Registry entries: OMICtools 
R-cran-diagnosismed
toolkit per analisi di accuratezza per test diagnostici medicali
Versions of package r-cran-diagnosismed
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.2.3-1all
wheezy0.2.3-2all
jessie0.2.3-3all
stretch0.2.3-4all
buster0.2.3-6all
sid0.2.3-6all
Debtags of package r-cran-diagnosismed:
devellang:r
fieldmedicine
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing
Popcon: 13 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DiagnosisMed è un pacchetto GNU R per analizzare l'accuratezza dei dati da test diagnostici per valutare le condizioni di salute. È stato creato per essere usato da professionisti in campo medico. Questo pacchetto aiuta a stimare la sensibilità e la specificità da risultati di test categorici e continui incluse alcune valutazioni di risultati indeterminati, oppure confrontare diversi test categorici e stimare valori limite ragionevoli per i test e visualizzarli in un modo usato comunemente da professionisti in campo medico. Non è ancora disponibile un'interfaccia grafica.

R-cran-epi
analisi epidemiologica GNU R
Versions of package r-cran-epi
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.1.15-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.1.33-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.1.67-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
buster2.32-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.32-2amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.34
Debtags of package r-cran-epi:
fieldmedicine
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 12 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Funzioni per analisi demografiche ed epidemiologiche nel diagramma di Lexis, cioè registrazioni e dati di aggiornamento di un gruppo, inclusi dati censiti ad intervalli e la rappresentazione di dati multi-stato. Inoltre vi sono alcune funzioni utili per la tabulazione e il tracciamento di grafici. Contiene alcuni insiemi di dati epidemiologici.

Il pacchetto Epi è orientato principalmente all'epidemiologia "classica" per le malattie croniche. Il pacchetto si è sviluppato dal corso di Statistica applicata all'epidemiologia usando R (vedere http://www.pubhealth.ku.dk/~bxc/SPE).

Una breve introduzione a R per l'epidemiologia è disponibile su http://staff.pubhealth.ku.dk/%7Ebxc/Epi/R-intro.pdf Notare che le pagine 38-120 di questo documento sono semplicemente le pagine di manuale del pacchetto Epi.

Epi non è l'unico pacchetto R per l'analisi epidemiologica, il pacchetto epitools, anch'esso disponibile in Debian, è un pacchetto più indirizzato all'epidemiologia delle malattie infettive.

Epi è usato dal Dipartimento di Biostatistica dell'Università di Copenaghen.

Please cite: Martyn Plummer and Bendix Carstensen: Lexis: An R Class for Epidemiological Studies with Long-Term Follow-Up. Journal of Statistical Software 38(5):1-12 (2011)
R-cran-epibasix
funzioni epidemiologiche elementari per GNU R
Versions of package r-cran-epibasix
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5-1all
stretch1.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5-1all
squeeze1.1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package r-cran-epibasix:
fieldmedicine
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 11 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Funzioni epidemiologiche elementari per un corso universitario di epidemiologia/biostatistica.

Questo pacchetto contiene strumenti elementari per l'analisi di problemi epidemiologici comuni, che vanno dalla stima della grandezza di un campione all'analisi di tabelle di contingenza 2x2 e misure di base di concordanza (kappa, sensibilità/specificità). Vengono inoltre prodotti, quando possibile, rapporti riassuntivi e stampe appropriati per facilitare l'interpretazione. Questo pacchetto è in fase di sviluppo, perciò qualsiasi commento o suggerimento è benvenuto. Il codice sorgente è largamente commentato per facilitare modifiche. L'utenza a cui è indirizzato include studenti universitari di vari corsi di statistica epidemiologica/biologica.

Epibasix è stato sviluppato in Canada.

R-cran-epicalc
calcolatore epidemiologico per GNU R
Versions of package r-cran-epicalc
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.15.1.0-2all
sid2.15.1.0-4all
wheezy2.14.1.6-1all
squeeze2.11.1.0-1all
jessie2.15.1.0-1all
buster2.15.1.0-4all
Debtags of package r-cran-epicalc:
devellang:r
fieldmedicine, statistics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 14 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Funzioni per rendere facile il calcolo epidemiologico in R.

Permette di elaborare insiemi di dati da Dbase (.dbf), Stata (.dta), SPSS (.sav), EpiInfo (.rec) e valori separati da virgole (.csv) o anche gruppi di dati in R per eseguire diversi calcoli epidemiologici.

R-cran-epir
funzioni GNU R per analisi di dati epidemiologici
Versions of package r-cran-epir
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.9-26-1all
wheezy0.9-38-1all
jessie0.9-59-1all
stretch0.9-79-1all
buster0.9-99-1all
sid0.9-99-1all
Debtags of package r-cran-epir:
devellang:r
fieldmedicine
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing
Popcon: 11 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Un pacchetto per analizzare dati epidemiologici. Contiene funzioni per regolare direttamente e indirettamente misure della frequenza di malattie, quantificare misure di associazioni sulla base di strati singoli o multipli di dati numerici presentati in una tabella di contingenza e calcolare intervalli di confidenza sul rischio di incidenza e le stime delle percentuali di incidenza. Sono fornite funzioni varie per l'uso in meta-analisi, interpretazione di test diagnostici e calcoli della dimensione del campione.

R-cran-epitools
strumenti GNU R per epidemiologia per dati e grafici
Versions of package r-cran-epitools
ReleaseVersionArchitectures
sid0.5-10-2all
wheezy0.5-6-1all
buster0.5-10-2all
squeeze0.5-5-1all
jessie0.5-7-1all
stretch0.5-7-1all
Debtags of package r-cran-epitools:
fieldmedicine
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 19 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Strumenti GNU R per epidemiologi e analisti di dati. Epitools fornisce strumenti numerici e soluzioni software che sono state usate e testate in applicazioni epidemiologiche nel mondo reale.

Molti problemi pratici nell'analisi dei dati sulla salute pubblica richiedono programmazione o software speciale e gli studiosi, in diversi luoghi, possono fare sforzi di programmazione duplicati. Spesso analisi semplici, come la costruzione di intervalli di confidenza, non sono calcolate e perciò complicano un'inferenza statistica corretta per aree geografiche limitate. Ci sono molti esempi di strumenti numerici semplici e utili che migliorerebbero il lavoro degli epidemiologi nei dipartimenti di salute pubblica e che, però, non sono disponibili immediatamente per i problemi reali che si trovano di fronte. La disponibilità di questi strumenti incoraggerà un più vasto uso dei metodi appropriati e promuoverà politiche di salute pubblica basate su prove.

R-cran-lexrankr
extractive summarization of text with the LexRank algorithm
Versions of package r-cran-lexrankr
ReleaseVersionArchitectures
buster0.5.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.5.0-2amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 6 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

An R implementation of the LexRank algorithm implementing stochastic graph-based method for computing relative importance of textual units for Natural Language Processing. The technique on the problem of Text Summarization (TS) is tested. Extractive TS relies on the concept of sentence salience to identify the most important sentences in a document or set of documents. Salience is typically defined in terms of the presence of particular important words or in terms of similarity to a centroid pseudo-sentence.

Please cite: Güneş Erkan and Dragomir R. Radev: LexRank: Graph-based Lexical Centrality as Salience in Text Summarization. (eprint) Journal of Artific Intelligence Research 22:457-479 (2004)
R-cran-seroincidence
strumento GNU R per calcolare la sieroincidenza
Versions of package r-cran-seroincidence
ReleaseVersionArchitectures
sid2.0.0-1all
buster2.0.0-1all
stretch1.0.5-1all
Popcon: 8 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

I livelli di anticorpi misurati in campioni di popolazione trasversali possono essere tradotti in stime della frequenza con cui avvengono sieroconversioni (nuove infezioni). Per poter interpretare i livelli anticorpali trasversali misurati, devono essere conosciuti i parametri di predizione del decadimento degli anticorpi. In rapporti precedentemente pubblicati (Simonsen et al. 2009 e Versteegh et al. 2005), queste informazioni sono state ottenute da studi longitudinali su soggetti che avevano infezioni da Salmonella o Campylobacter confermate colturalmente. È stato utilizzato un modello bayesiano di calcolo all'indietro per convertire le misure anticorpali in una stima del tempo trascorso dall'infezione. Ciò può essere utilizzato per stimare la sieroincidenza nel campione trasversale della popolazione. Per entrambe le misure longitudinale e trasversale delle concentrazioni anticorpali, è stato usato un metodo ELISA indiretto. I modelli sono validi solo per soggetti con più di 18 anni. Le stime della sieroincidenza sono adatte per monitorare l'effetto di programmi di controllo quando sono disponibili per l'analisi campioni di siero trasversali rappresentativi. Questi forniscono informazioni più accurate sulla pressione dell'infezione nella popolazione umana in più nazioni.

Please cite: PFM Teunis, JCH van Eijkeren, CW Ang, YTHP van Duynhoven, JB Simonsen, MA Strid and W van Pelt: Biomarker dynamics: estimating infection rates from serological data. (PubMed) Statistics in Medicine 31(20):2240–2248 (2012)
R-cran-sf
Simple Features for R
Versions of package r-cran-sf
ReleaseVersionArchitectures
buster0.7-2+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.7-2+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 7 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Support for simple features, a standardized way to encode spatial vector data. Binds to 'GDAL' for reading and writing data, to 'GEOS' for geometrical operations, and to 'PROJ' for projection conversions and datum transformations.

R-cran-sjplot
GNU R data visualization for statistics in social science
Versions of package r-cran-sjplot
ReleaseVersionArchitectures
sid2.6.2-1all
buster2.6.2-1all
Popcon: 7 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Collection of plotting and table output functions for data visualization. Results of various statistical analyses (that are commonly used in social sciences) can be visualized using this package, including simple and cross tabulated frequencies, histograms, box plots, (generalized) linear models, mixed effects models, principal component analysis and correlation matrices, cluster analyses, scatter plots, stacked scales, effects plots of regression models (including interaction terms) and much more. This package supports labelled data.

R-cran-surveillance
pacchetto GNU R per la modellazione e il monitoraggio di fenomeni epidemici
Versions of package r-cran-surveillance
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.2-1-3 (contrib)amd64,i386
squeeze1.2-1-1 (contrib)amd64,i386
jessie1.8-0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.16.2-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.16.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.13.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package r-cran-surveillance:
fieldmedicine
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 14 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Implementazione di metodi statistici per la modellazione e la rilevazione del punto di cambiamento in serie temporali di conteggi, proporzioni e dati categorici, così come per la modellazione di fenomeni epidemici nel tempo continuo, ad esempio configurazioni a spazio discreto come i modelli SEIR (Susceptible-Exposed-Infectious-Recovered) spazialmente arricchiti o dati di processi puntuali nello spazio continuo come l'occorrenza di malattie infettive. Lo scopo principale è la rilevazione dell'insorgenza di epidemie in serie temporali di conteggi provenienti dai sistemi di sorveglianza della salute pubblica per le malattie trasmissibili, ma potrebbero esserci applicazioni anche nei campi dell'environmetrica, dell'ingegneria dell'affidabilità, dell'econometria o delle scienze sociali.

Attualmente il pacchetto contiene le implementazioni di molte comuni procedure di rilevamento dell'insorgenza di epidemie, come Farrington et al. (1996), Noufaily et al. (2012) o il metodo LR-CUSUM negativo binomiale descritto in Höhle e Paul (2008). È anche incluso un approccio CUSUM innovativo che combina modellazione logistica e logistica multinomiale. Inoltre sono forniti metodi di inferenza per i modelli retrospettivi di malattie infettive contenuti in Held et al. (2005), Held et al. (2006), Paul et al. (2008), Paul e Held (2011), Held e Paul (2012), e Meyer e Held (2014).

I processi puntuali spazio-temporali autoeccitanti continui sono modellati attraverso intensità condizionali additive-moltiplicative, come descritto in Höhle (2009) ("twinSIR", spazio discreto) e Meyer et al. (2012) ("twinstim", spazio continuo).

Il pacchetto contiene svariati insiemi di dati reali, la capacità di simulare dati di epidemie, visualizzare i risultati del monitoraggio in maniera temporale, spaziale o spazio-temporale.

Nota: l'uso dell'algoritmo "boda" richiede il pacchetto "INLA" che è disponibile da http://www.r-inla.org/download.

Please cite: Michael Höhle: Surveillance: An R package for the surveillance of infectious diseases. (eprint) Computational Statistics 22(4):571-582 (2007)

Official Debian packages with lower relevance

R-cran-cmprsk
GNU R subdistribution analysis of competing risks
Versions of package r-cran-cmprsk
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.2-7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.2-7-4amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2-7-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 11 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This GNU R package supports estimation, testing and regression modeling of subdistribution functions in competing risks, as described in Gray (1988), A class of K-sample tests for comparing the cumulative incidence of a competing risk.

Please cite: Jason P. Fine and Robert J. Gray: A proportional hazards model for the subdistribution of a competing risk. J Am Stat Assoc 94(446):496-509 (1999)
R-cran-msm
modelli multistato di Markov e di Markov nascosti in tempo continuo per GNU R
Versions of package r-cran-msm
ReleaseVersionArchitectures
buster1.6.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6.6-2amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.6.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
wheezy1.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.9.7-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package r-cran-msm:
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 44 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Funzioni per il fitting di modelli generici multi-stato di Markov e di Markov nascosti in tempo continuo a dati longitudinali. Sia le probabilità di transizione tra gli stati markoviani sia il processo di output del modello di Markov nascosto possono essere modellati in termini di covariate. Sono gestiti svariati schemi di osservazione, inclusi processi osservati ad intervalli arbitrari, processi osservati completamente e stati censurati.

Please cite: Christopher H. Jackson: Multi-State Models for Panel Data: The msm Package for R. Journal of Statistical Software 38(8):1-29 (2011)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Epifire
model the spread of an infectious disease in a population
Versions of package epifire
ReleaseVersionArchitectures
VCS3.34.0+dfsg-1all
Versions and Archs
License: BSD-3-clause
Debian package not available
Git
Version: 3.34.0+dfsg-1

EpiFire is a C++ applications programming interface (API) that does two things:

  • Model the spread of an infectious disease in a population
  • Generate and manipulate networks of nodes and edges

While the network code can be used independently from the epidemiological code and vice versa—they are conceptually and functionally distinct—from the beginning, the libraries were developed to be compatible with each other. What EpiFire excels at is simulating the stochastic spread of disease on contact networks.

Please cite: Thomas Hladish, Eugene Melamud, Luis Alberto Barrera, Alison Galvani and Lauren Ancel Meyers: EpiFire: An open source C++ library and application for contact network epidemiology. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 13:76 (2012)
Netepi-analysis
network-enabled tools for epidemiology and public health practice
Versions of package netepi-analysis
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.9.0-2all
Versions and Archs
License: HACOS
Debian package not available
Git
Version: 0.9.0-2

NetEpi, which is short for "Network-enabled Epidemiology", is a collaborative project to create a suite of free, open source software tools for epidemiology and public health practice. Anyone with an interest in population health epidemiology or public health informatics is encouraged to examine the prototype tools and to consider contributing to their further development. Contributions which involve formal and/or informal testing of the tools in a wide range of circumstances and environments are particularly welcome, as is assistance with design, programming and documentation tasks.

This is a tool for conducting epidemiological analysis of data sets, both large and small, either through a Web browser interface, or via a programmatic interface. In many respects it is similar to the analysis facilities included in the Epi Info suite, except that NetEpi Analysis is designed to be installed on servers and accessed remotely via Web browsers, although it can also be installed on individual desktop or laptop computers.

The software was developed by New South Wales Department of Health.

Remark of Debian Med team: See also: http://www.stockholmchallenge.se/data/2123 and

http://www.publish.csiro.au/?act=view_file&file_id=NB07103.pdf

Netepi-collection
network-enabled tools for epidemiology and public health practice
Versions of package netepi-collection
ReleaseVersionArchitectures
VCS1.8.4-2all
Versions and Archs
License: HACOS
Debian package not available
Git
Version: 1.8.4-2

NetEpi, which is short for "Network-enabled Epidemiology", is a collaborative project to create a suite of free, open source software tools for epidemiology and public health practice. Anyone with an interest in population health epidemiology or public health informatics is encouraged to examine the prototype tools and to consider contributing to their further development. Contributions which involve formal and/or informal testing of the tools in a wide range of circumstances and environments are particularly welcome, as is assistance with design, programming and documentation tasks.

NetEpi Case Manager is a tool for securely collecting structured information about cases and contacts of communicable (and other) diseases through Web browsers and the Internet. New data collection forms can be designed and deployed quickly by epidemiologists, using a "point-and-click" interface, without the need for knowledge of or training in any programming language. Data can then be collected from users of the system, who can be located anywhere in the world, into a centralised database. All that is needed by users of the system is a relatively recent Web browser and an Internet connection ("NetEpi" is short for "Network-enabled Epidemiology"). In many respects, NetEpi Case Manager is like a Web-enabled version of the data entry facilities in the very popular Epi Info suite of programmes published by the US Centers for Disease Control and Prevention, and in the Danish EpiData project, which is available for several languages. The software was developed by the Centre for Epidemiology and Research of the New South Wales Department of Health, with contributions from Population Health Division of the Australian Government Department of Health and Ageing.

The software was developed by New South Wales Department of Health.

Remark of Debian Med team: See also: http://www.stockholmchallenge.se/data/2123 and

http://www.publish.csiro.au/?act=view_file&file_id=NB07103.pdf

Shiny-server
put Shiny web apps online
Versions of package shiny-server
ReleaseVersionArchitectures
VCS1.5.6.875+dfsg-1all
Versions and Archs
License: AFFERO-3
Debian package not available
Git
Version: 1.5.6.875+dfsg-1

Shiny Server lets you put shiny web applications and interactive documents online. Take your Shiny apps and share them with your organization or the world.

Shiny Server lets you go beyond static charts, and lets you manipulate the data. Users can sort, filter, or change assumptions in real-time. Shiny server empower your users to customize your analysis for their specific needs and extract more insight from the data.

Ushahidi
web platform for information collection
Versions of package ushahidi
ReleaseVersionArchitectures
VCS2.7.4-1all
Versions and Archs
License: LGPL-3+
Debian package not available
Git
Version: 2.7.4-1

Ushahidi is a platform that allows information collection, visualization and interactive mapping, allowing anyone to submit information through text messaging using a mobile phone, email or web form.

It can be used to monitor epidemic diseases, measuring the impact of natural disasters, uncovering corruption, and empowering peace makers.

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Repast - wnpp
framework for creating agent based simulations
License: BSD
Debian package not available

Repast Simphony is a free and open source agent-based modeling toolkit that simplifies model creation and use. Repast Simphony offers users a rich variety of features including the following:

  • Fluid model component development using any mixture of Java, Groovy, and flowcharts in each project;
  • A pure Java point-and-click model execution environment that includes built-in results logging and graphing tools as well as automated connections to a variety of optional external tools including the R statistics environment, *ORA and Pajek network analysis plugins, A live agent SQL query tool plugin, the VisAD scientific visualization package, the Weka data mining platform, many popular spreadsheets, the MATLAB computational mathematics environment, and the iReport visual report designer;
  • An extremely flexible hierarchically nested definition of space including the ability to do point-and-click and modeling and visualization of 2D environments; 3D environments; networks including full integration with the JUNG network modeling library as well as Microsoft Excel spreadsheets and UCINET DL file importing; and geographical spaces including 2D and 3D Geographical Information Systems (GIS) support;
  • A range of data storage "freeze dryers" for model check pointing and restoration including XML file storage, text file storage, and database storage;
  • A fully concurrent multithreaded discrete event scheduler;
  • Libraries for genetic algorithms, neural networks, regression, random number generation, and specialized mathematics;
  • An automated Monte Carlo simulation framework which supports multiple modes of model results optimization;
  • Built-in tools for integrating external models;
  • Distributed computing with Terracotta;
  • Full object-orientation;
  • Optional end-to-end XML simulation
  • A point-and-click model deployment system
Remark of Debian Med team: Please read also
 http://www.tbiomed.com/content/5/1/11
 http://lists.debian.org/debian-med/2009/08/msg00013.html (and following mails)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200205