PAN Blend powder packages

Fityk er et fleksibelt og portabelt program til ikkelineær tilpasning af analytiske funktioner (særligt spidsformede) af data (som regel eksperimentelle data). Med andre ord til ikkelineær spidsadskillelse og analyse.

Det blev udviklet til at analysere diffraktionsmønstre, men kan også anvendes på andre felter, da begreber og operationer som er specifikke for krystallografi er adskilt fra resten af programmet.

Fityk tilbyder forskellige ikkelineære tilpasningsmetoder, baggrundssubtraktion, datakalibrering, nem placering af spidser og ændring af spidsparametre, automatisering af rutineopgaver med skripter, og meget mere. Den største fordel i programmet er fleksibilitet - parametre fra spidser kan vilkårligt bindes til hinanden, dvs. bredden på en spids kan være en uafhængig variabel, kan være den samme som bredden på en anden spids eller kan være givet af en kompliceret - fælles for alle spidser - formel.

Libjs-sphinxdoc er nødvendig for Javascript-tingene i dokumentationen.

Xylib er et C++-bibliotek for læsning af filer, som indeholde x-y data fra pulverdiffraktion, spektroskopi og andre eksperimentelle metoder.

Denne pakke indeholder et lille program xyconv, der konverterer filer understøttet af xylib-biblioteket til TSV (værdier adskilt af indryk).

FOX er et program for ab initio-strukturbestemmelse fra pulverdiffraktion (neutroner, X-røntgen). Krystalstrukturen kan beskrives som enhver kombination af atomer, molekyler eller polyedre, uden a priori-information om forbindelsen for disse »byggeklodser«. Fox kan udføre flermønstrede globale optimeringer og automatisk rette specifikke postioner.

FOX kan også bruges i undervisningsformål til at vise krystalstrukturer i 3D med det forbundne pulverdiffraktionsmønster.

PyFAI er et Pythonbibliotek for azimuthal integration; biblioteket giver mulighed for konvertering af diffraktionsbilleder taget med 2D-detektorer såsom CCD-kameraer til X-røntgen pulverbilleder, som kan bruges af andre programmer såsom Rietvelds forfiningsværktøjer (dvs. FullPorf), faseanalyse eller teksturanalyse.

Da PyFAI er et bibliotek, dets hovedformål er at være integreret i andre værktøjer såsom PyMca, LiMa eller EDNA. For at udføre dataanalyse på nettet skal den præcise beskrivelse af den eksperimentelle opsætning være kendt. Dette er årsagen til, at PyFAI inkluderer optimeringskode for geometri der arbejder på »powder rings« fra referenceprøver. Alternativt kan PyFAI også importere geometrier tilpasset med andre værktøjer såsom Fit2D.

PyFAI er blevet designet til at fungere med enhver slags detektor med enhver geometri (transmission, reflektion, off-axis ...). Den bruger Pythonbiblioteket FabIO til at læse de fleste billeder taget af diffractometer.

SPD står for SPatial Distortion. Skrevet i C-sproget, dette kommandolinjedrevne program beskæftiger sig med billeder, der kommer fra røntgen diffusion/diffraktion-eksperimenter. Det gør efterfølgende:

• Intensitetskorrektioner (mørk strøm, fladfeltkorrektion, ...)
• geometriske korrektioner ved hjælp af spline-filer eller et par forvrængningstabeller
• azimutal integration i 2D eller 1D efter maskindefekte billedpunkter. SPD blev oprindeligt skrevet af Jorg Klora for ESRF og blev skrevet om af Peter Boesecke. Vedligeholdelse og pakning af programmet leveres af Rainer Wilcke og Jerome Kieffer fra programgruppen hos ESRF.

GSAS-II is an open source Python project that addresses all types of crystallographic studies, from simple materials through macromolecules, using both powder and single-crystal diffraction and with both x-ray and neutron probes. Measurements can be constant wavelength (or in the future, neutron TOF.) At present, code is being developed for all the various steps in diffraction analysis, such as data reduction, peak analysis, indexing, structure solution and structure refinement.

At present GSAS-II can be used for processing of area detector data, peak fitting, auto-indexing, structure solution, Pawley and Rietveld fitting. Many of the nice features of GSAS are present and some things work much better than in GSAS, but other features are yet to come. At this point only x-rays and constant wavelength neutrons are implemented (no TOF). The GUI is self-documenting with help pages for every GUI page. The code is changing on a regular basis, so expect things to break from time to time and you should 'Update' frequently to stay abrest of new features as they are added.

PyXRD is a python implementation of the matrix algorithm for computer modeling of X-ray diffraction (XRD) patterns of disordered lamellar structures. It's goals are to:

• provide an easy user-interface for end-users
• provide basic tools for displaying and manipulating XRD patterns
• produce high-quality (publication-grade) figures
• make modelling of XRD patterns for mixed-layer clay minerals 'easy'
• be free and open-source (open box instead of closed box model)

PyXRD was written with the multi-specimen full-profile fitting method in mind. A direct result is the ability to 'share' parameters among similar phases. This allows for instance to have an air-dry and a glycolated illite-smectite share their coherent scattering domain size, but still have different basal spacings and interlayer compositions for the smectite component.

Other features are (incomplete list):

• Import/export several common XRD formats (.RD, .RAW, .CPI, ASCII)
• simple background subtraction/addition (linear or custom patterns)
• smoothing patterns and adding noise to patterns
• peak finding and annotating (markers)
• custom line colors, line widths, pattern positions, ...
• goniometer settings (wavelengths, geometry settings, ...)
• specimen settings (sample length, absorption, ...)
• automatic parameter refinement using several algorithms, e.g.:
  • L BFGS B
  • Brute Force
  • Covariation Matrix Adapation Evolutionary Strategy (CMA-ES; using DEAP)
  • Multiple Particle Swarm Optimization (MPSO; using DEAP)
• scripting support