DebiChem Project
Summary
Input preparation and output processing
DebiChem - inddataforberedelse og uddatabehandling

Denne metapakke vil installere grafiske brugerflader og inddataoprettere/uddatabehandlere for kemipakker, som kan være nyttige for kemikere.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Input preparation and output processing packages

Official Debian packages with high relevance

Ase
Atomic Simulation Environment
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
buster3.17.0-2all
bullseye3.20.1-1all
sid3.20.1-1all
Popcon: 18 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ASE er Atomic Simulation Environment skrevet i programmeringssproget Python, med sigte på at opsætte, styre og analysere atomistiske simuleringer. ASE er en del af CAMPOS, projektet CAMP Open Source.

ASE indeholder Python-grænseflader til flere forskellige elektroniske strukturkoder, inklusive Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW og SIESTA.

Denne pakke tilbyder de kørbare skripter.

Avogadro
Molekulært grafik- og modelsystem
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 90 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

  • Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
  • Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
  • Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
  • Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
  • Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
  • Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
  • Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Ballview
frit værktøj til molekylærmodellering og molekylærgrafik
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 10 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BALLView tilbyder hurtig OpenGL-baseret visualisering af molekylære strukturer, molekylærmekaniske metoder (minimering, MD-simulering med brug af AMBER-, CHARMM- og MMFF94-kraffelter), beregning og visualisering af elektrostatiske egenskaber (FDPB) og funktioner til redigering af molekyler.

BALLView kan betragtes som en grafisk brugergrænseflade baseret på BALL (Biochemical Algoritms Library), med fokus på de mest almindelige krav fra proteinkemikere, og i særdeleshed fra biofysikere. Det bliver udviklet i grupper under Hans-Peter Lenhof (Saarland Universitetet, Saarbruecken, Tyskland) og Oliver Kohlbacher (Tübingen Universitet, Tyskland). BALL er et applikationsrammeværktøj i C++, som er specifikt designet til hurtig programudvikling i molekylærmodellering og biologisk molekylærberegning. Det tilbyder et udvidet sæt af datastrukturer såvel som klasser til molekylærmekanik, avanceret opløsningsmetoder, sammenligning og analyse af proteinstrukturer, import/eksport af filer, og visualisering.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Cclib
Fortolkere og algoritmer for beregningskemi
Versions of package cclib
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.3.1-1all
buster1.6-1all
bullseye1.6.2-2all
sid1.6.2-2all
wheezy1.0.1-2all
jessie1.1-1all
upstream1.6.4
Popcon: 14 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Et Pythonbibliotek som tilbyder fortolkere til logfiler for beregningskemi. Det tilbyder også en platform til at implementere algoritmer på en pakkeafhængig måde.

Denne pakke indeholder hjælpeskripter for slutbrugere.

Hvis du er på udkig efter enhedstestene og datafilerne håndteret af cclib, så distribueres de separat i den ikkefrie pakke cclib-data.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. (eprint) J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Gabedit
grafisk brugerflade for Ab Initio-pakker
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.2.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.4.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 19 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit er en grafisk brugerflade til kemiske beregningspakker såsom:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Disse Ab Initio-programpakker kan køre lokalt eller på en ekstern server (der understøtter FTP, RSH og SSH). Gabedit kan vise en række beregningsresultater inklusiv understøttelse for de væsentligste molekulære filformater. Den avancerede »molekylebygger« tillader hurtigt optegning i molekyler og undersøgelse af dem i 3D. Grafik kan eksporteres til forskellige formater, inklusiv animationer.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
Gausssum
fortolk og vis Guassian, GAMESS og anden uddata
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.2-1all
sid3.0.2-2all
squeeze2.2.4-1all
wheezy2.2.5-2all
jessie2.2.6.1-1all
stretch3.0.1.1-1all
bullseye3.0.2-2all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 15 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum fortolker uddatafilerne fra beregninger foretaget af ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussion, Jaguar og PC GAMESS, for at udtrække nyttig information.

GaussSum anvender GNUPlot til at vise forløbet for geometiske optimeringer, tætheden på tilstande for spektre, UV-VIS-spektre, IR-spektre, Raman- spektre og kort over forskelligheder i tæthed af elektroner. Det kan også vise alle linjer, som indeholder en vilkårlig frase og mere.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Jmol
Molekulær fremviser
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
wheezy12.2.32+dfsg2-1all
jessie12.2.32+dfsg2-1all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
sid14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 74 users (45 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Jmol er en Javamolekulær fremviser for tredimensionelle kemiske strukturer. Funktioner inkluderer læsning af en række filtyper og resultater fra quantum-kemiprogrammer og animation af filer med flere rammer samt beregnede normale tilstande fra quantum-programmer. Fremviseren inkluderer funktioner for kemikalier, krystaller, materialer og biomolekyler. Jmol kan være nyttigt for studenter, undervisere og forskere indenfor kemi og biokemi.

Filformater som kan læses af Jmol inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton og VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package jmol
Travis
Analyse- og visualiseringsprogram for baner
Versions of package travis
ReleaseVersionArchitectures
jessie140902-1amd64,armel,armhf,i386
sid200504+hf2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye200504+hf2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster190101-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch161013-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) er et frit værktøj til at analysere og visualisere baner fra alle slags molekylære dynamikker eller Monte Carlo-simuleringer. Formålet med TRAVIS er at indsamle så mange analyser som muligt i et program og dermed oprette et funktionsrigt værktøj og gøre det unødvendigt at bruge mange forskellige programmer til evaluering af simuleringer. Dette bør rationalisere og forenkle arbejdsforløbet med at analysere baner. De følgende analysefunktioner er tilgængelige:

Statiske (tidsafhængige) funktioner:

  • Radial, Angular, Dihedreal or Combined Distribution Function
  • Point-Plane or Point-Line Distance Distribution
  • Plane Projection Distribution
  • Fixed Plane Density Profile
  • Density, Spatial or Dipole Distribution Function

Dynamiske (tidsafhængige) funktioner:

  • Velocity Distribution Function
  • Mean Square Displacement / Diffusion Coefficients
  • Velocity Autocorrelation Functions
  • Vector Reorientation Dynamics
  • Van Hove Correlation Function
  • Aggregation Functions (DACF, DLDF, DDisp)

Spektroskopiske funktioner:

  • Calculate Power Spectrum
  • Calculate IR Spectrum
  • Calculate Raman Spectrum

TRAVIS kan læse banefiler i formaterne XYZ, PDB, LAMMPS eller DLPOLY.

Please cite: Martin Brehm and Barbara Kirchner: TRAVIS - A Free Analyzer and Visualizer for Monte Carlo and Molecular Dynamics Trajectories. (eprint) J. Chem. Inf. Model. 51(8):2007-2023 (2011)
Viewmol
Grafisk brugerflade for bregningskemiprogrammer
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.4.1-26amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 32 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Viewmol kan hjælpe grafisk med oprettelsen af molekylære strukturer for beregninger og med at visualisere resultaterne.

I øjeblikket inkluderer Viewmol inddatafiltre for resultaterne Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole og Vamp samt PDB-filer. Strukturer kan gemmes som Accelrys' car-filer, MDL-filer og Turbomolekoordinatfiler. Viewmol kan oprette inddatafiler for Gaussian 9x/03. Viewmols filformat er blevet tilføjet til OpenBabel, så at OpenBabel kan fungere som inddata samt resultatfilter for koordinater.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol
Xcrysden
Visualiseringsprogram for krystallinske strukturer og molekylstruktur
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.5.60-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.5.53-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.6.3~rc1
Popcon: 14 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

XCrySDen er et krystallinsk og molekylært strukturvisualiseringsprogram, som forsøger at vise isooverflader og konturer, som kan overlejres på krystallinske strukturer og interaktivt roteres og manipuleres. Det kan køre på de fleste UNIX-platforme, uden nogen specielle udstyrskrav.

XCrySDen giver mulighed for realtids optagelse af visningen. Flere filmkodere er understøttet, specielt Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle eller whirlgif er nødvendige. For AVI/MPEG er mencoder eller ppmtompeg (netpbm) krævet. For vinduesdump skal enten imagemagick eller swd (x11-apps) være til stede.

Screenshots of package xcrysden
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200793