DebiChem Project
Summary
Input preparation and output processing
preparazione dell'input ed elaborazione dell'output per DebiChem

Questo metapacchetto installa i frontend grafici e i generatori di input/elaboratori di output per i pacchetti di chimica computazionale che possono essere utili per i chimici.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

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DebiChem Input preparation and output processing packages

Official Debian packages with high relevance

Ase
Atomic Simulation Environment
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
buster3.17.0-2all
bullseye3.20.1-1all
sid3.20.1-1all
Popcon: 18 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ASE è un Atomic Simulation Environment scritto nel linguaggio di programmazione Python con lo scopo di impostare, pilotare e analizzare simulazioni atomiche. ASE fa parte di CAMPOS, il progetto CAMP Open Source.

ASE contiene interfacce Python per svariati codici di strutture elettroniche differenti, inclusi Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW e SIESTA.

Questo pacchetto contiene gli script eseguibili.

Avogadro
sistema di grafica e modellamento molecolare
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 90 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

  • modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
  • meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
  • visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
  • visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
  • gestione di unità a cella cristallografiche;
  • generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
  • architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Ballview
strumento libero per modelli e grafici molecolari
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 10 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BALLView fornisce una veloce visualizzazione delle strutture molecolari basata sulle OpenGL, metodi per meccanismi molecolari (minimizzazione, simulazione MD tramite i campi di forze AMBER, CHARMM, e MMFF94), calcolo e visualizzazione delle proprietà elettrostatiche (FDPB) e funzionalità di modifica molecolare.

BALLView può essere considerato un'interfaccia utente grafica basata su BALL (Biochemical Algorithms Library - libreria di algoritmi biochimici), con una particolare attenzione specialmente verso le richieste più comuni dei chimici delle proteine e dei biofisici. È stato sviluppato dal gruppo di Hans-Peter Lenhof (Università del Saarland, Saarbruecken, Germania) e Oliver Kohlbacher (Università di Tubinga, Germania). BALL è un'infrastruttura per applicazioni C++ che è stata progettata specificatamente per lo sviluppo veloce del software nel modellamento molecolare e nella biologia molecolare computazionale. Fornisce un ampio insieme di strutture di dati come anche classi per la meccanica molecolare, metodi di solvatazione avanzati, confronto e analisi delle strutture proteiche, importazione ed esportazione dei file e visualizzazione.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Cclib
analizzatori e algoritmi per chimica computazionale
Versions of package cclib
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.3.1-1all
buster1.6-1all
bullseye1.6.2-2all
sid1.6.2-2all
wheezy1.0.1-2all
jessie1.1-1all
upstream1.6.4
Popcon: 14 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Libreria Python che fornisce analizzatori per file di log di chimica computazionale. Mette a disposizione anche una piattaforma per l'implementazione di algoritmi in maniera indipendente dal pacchetto.

Questo pacchetto contiene script ausiliari per l'utente finale.

Se si stanno cercando i test di unità e i file dei dati gestiti da cclib, essi sono distribuiti separatamente come pacchetto non-free cclib-data.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. (eprint) J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Gabedit
interfaccia utente grafica per pacchetti Ab Initio
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.2.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.4.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 19 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit è un'interfaccia utente grafica per pacchetti di chimica computazionale come:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Questi pacchetti software Ab Initio possono essere eseguiti localmente o su un server remoto (con gestione di FTP, RSH e SSH). Gabedit può visualizzare una varietà di risultati di calcoli, inclusa la maggior parte dei principali formati di file molecolari. L'avanzato "Molecule Builder" (creatore di molecole) permette di tratteggiare rapidamente molecole e di esaminarle in 3D. I risultati grafici possono essere esportati in vari formati, incluse animazioni.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
Gausssum
analizza e visualizza l'output di Gaussian, GAMESS, ecc.
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.2-1all
sid3.0.2-2all
squeeze2.2.4-1all
wheezy2.2.5-2all
jessie2.2.6.1-1all
stretch3.0.1.1-1all
bullseye3.0.2-2all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 15 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum analizza, per estrarre informazioni utili, i file di output generati dalle elaborazioni di ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar e PC GAMESS.

GaussSum usa GNUPlot per visualizzare lo sviluppo di ottimizzazione geometriche, la densità di spettri di stato, spettri UV-VIS, spettri IR, spettri Raman e mappe di differenza di densità di elettroni. Può anche visualizzare tutte le righe contenenti una frase o parola arbitraria e molto altro.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Jmol
visualizzatore molecolare
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
wheezy12.2.32+dfsg2-1all
jessie12.2.32+dfsg2-1all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
sid14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 74 users (45 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Jmol è un visualizzatore molecolare in Java per strutture chimiche tridimensionali. Le caratteristiche includono la lettura di una varietà di tipi di file e dell'output di programmi di chimica quantistica, e animazioni di file a più fotogrammi e modalità normali calcolate per programmi quantistici. Comprende funzionalità per prodotti chimici, cristalli, materiali e biomolecole. Jmol potrebbe essere utile a studenti, educatori e ricercatori in chimica e biochimica.

I formati di file letti da Jmol includono PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton e VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package jmol
Travis
trajectory analyzer and visualizer
Versions of package travis
ReleaseVersionArchitectures
jessie140902-1amd64,armel,armhf,i386
sid200504+hf2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye200504+hf2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster190101-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch161013-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) is a free tool for analyzing and visualizing trajectories from all kinds of Molecular Dynamics or Monte Carlo simulations. The aim of TRAVIS is to collect as many analyses as possible in one program, creating a powerful tool and making it unnecessary to use many different programs for evaluating simulations. This should greatly rationalize and simplify the workflow of analyzing trajectories. The following analysis functions are available:

Static (time independent) Functions:

  • Radial, Angular, Dihedreal or Combined Distribution Function
  • Point-Plane or Point-Line Distance Distribution
  • Plane Projection Distribution
  • Fixed Plane Density Profile
  • Density, Spatial or Dipole Distribution Function

Dynamic (time dependent) Functions:

  • Velocity Distribution Function
  • Mean Square Displacement / Diffusion Coefficients
  • Velocity Autocorrelation Functions
  • Vector Reorientation Dynamics
  • Van Hove Correlation Function
  • Aggregation Functions (DACF, DLDF, DDisp)

Spectroscopic Functions:

  • Calculate Power Spectrum
  • Calculate IR Spectrum
  • Calculate Raman Spectrum

TRAVIS can read trajectory files in XYZ, PDB, LAMMPS or DLPOLY format.

Please cite: Martin Brehm and Barbara Kirchner: TRAVIS - A Free Analyzer and Visualizer for Monte Carlo and Molecular Dynamics Trajectories. (eprint) J. Chem. Inf. Model. 51(8):2007-2023 (2011)
Viewmol
interfaccia grafica per programmi di chimica computazionale
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.4.1-26amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 32 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Viewmol è in grado di aiutare graficamente nella generazione di strutture molecolari per la computazione e la visualizzazione dei loro risultati.

Attualmente Viewvol include filtri in input per Discover, DMo13, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, output di Vamp e file PDB. Le strutture possono essere salvate come file car di Accelrys, file MDL e file di coordinate Turbomole. Viewmol può generare file di input per Gaussian 9x/03. Il formato dei file di Viewmol è stato aggiunto a OpenBabel in modo che OpenBabel possa servire da filtro di input o di output per le coordinate.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol
Xcrysden
visualizzatore di strutture cristalline e molecolari
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.5.60-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.5.53-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.6.3~rc1
Popcon: 14 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

XCrySDen è un programma per la visualizzazione di strutture cristalline e molecolari che mira alla visualizzazione di isosuperfici e contorni che possono essere sovrapposti a strutture cristalline e ruotati e manipolati in modo interattivo. Può essere eseguito nella maggior parte delle piattaforme UNIX, senza alcun particolare requisito hardware.

XCrySDen permette la cattura in tempo reale del display. Sono gestiti diversi codificatori di filmati, in particolare per le GIF animate è necessario convert (imagemagick), gifsicle o whirlgif. Per gli AVI/MPEG è richiesto mencoder o ppmtompeg (netpbm). Per i dump di finestre deve essere presente imagemagick oppure xwd (x11-apps).

Screenshots of package xcrysden
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200793