DebiChem Project
Summary
Input preparation and output processing
DebiChem input preparation and output processing

This metapackage will install graphical frontends and input generators/output processors for computational chemistry packages which might be useful for chemists.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

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DebiChem Input preparation and output processing packages

Official Debian packages with high relevance

Ase
Atomic Simulation Environment
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
buster3.17.0-2all
bullseye3.20.1-1all
sid3.20.1-1all
Popcon: 18 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ASE is an Atomic Simulation Environment written in the Python programming language with the aim of setting up, stearing, and analyzing atomic simulations. ASE is part of CAMPOS, the CAMP Open Source project.

ASE contains Python interfaces to several different electronic structure codes including Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW and SIESTA.

This package provides the executable scripts.

Avogadro
System für Molekülgrafiken und -modellierung
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 90 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro ist ein System für Molekülgrafiken und -modellierung, das für Moleküle und Biomoleküle gedacht ist. Es kann Eigenschaften wie Molekülorbitale oder elektrostatische Potentiale visualisieren und enthält einen intuitiven Moleküleditor.

Es verfügt über die folgenden Fähigkeiten:

  • Molekülmodellierer mit automatischer kraftfeldbasierter Geometrie-Optimierung
  • Molekülmechanik einschließlich der Suche mit Bedingungen und Conformern
  • Visualisierung von Molekülorbitalen und allgemeinen Isoflächen
  • Visualisierung von Schwingungen und Darstellung von Schwingungsspektren
  • Unterstützung von kristallografischen Einheitszellen
  • Eingabeerzeugung für die quantenchemischen Pakete Gaussian, GAMESS und MOLPRO
  • Flexible Erweiterungsarchitektur und Python-Skripting

Avogadro kann die Dateiformate PDB, XYZ, CML, CIF und Molden sowie die Ausgabe von Gaussian, GAMESS und MOLPRO lesen.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Ballview
Freies Werkzeug für Molekulardesign und -grafiken
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 10 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BALLView bietet eine schnelle OpenGL-basierte Visualisierung von Molekülstrukturen, molekularmechanische Methoden (Minimierung, MD-Simulation mittels AMBER-, CHARMM- und MMFF93-Kraftfeldern), Berechnung und Darstellung von elektrostatischen Eigenschaften (FDPB) und Funktionen zum Bearbeiten von Molekülen.

BALLView kann als grafische Benutzerschnittstelle angesehen werden, deren Grundlage BALL (Biochemical Algorithms Library) ist. BALL konzentriert sich auf die gebräuchlichsten Forderungen von Proteinchemikern und Biophysikern. BALLView wird derzeit von den Gruppen um Hans-Peter Lenhof (Universität des Saarlandes, Saarbrücken, Deutschland) und Oliver Kohlbacher (Eberhard Karls Universität Tübingen, Deutschland) entwickelt. BALL ist ein Anwendungsrahmenwerk in C++, das speziell für schnelle Softwareentwicklung in Moleküldesign und computerunterstützter Molekularbiologie entwickelt wurde. Es liefert einen umfangreichen Satz an Datenstrukturen, Klassen für Molekülmechaniken, fortgeschrittene Lösungsmethoden, Vergleich und Analyse von Proteinstrukturen, Dateiimport/-export und Visualisierung.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Cclib
Parsers and algorithms for computational chemistry
Versions of package cclib
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.3.1-1all
buster1.6-1all
bullseye1.6.2-2all
sid1.6.2-2all
wheezy1.0.1-2all
jessie1.1-1all
upstream1.6.4
Popcon: 14 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

A Python library that provides parsers for computational chemistry log files. It also provides a platform to implement algorithms in a package-independent manner.

This package contains helper scripts for end users.

If you are looking for the unit tests and data files managed by cclib, they are distributed separately as in non-free package cclib-data.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. (eprint) J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Gabedit
Grafische Benutzerschnittstelle zu »Ab Initio«-Paketen
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.2.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.4.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 19 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit ist eine grafische Benutzerschnittstelle für Chemoinformatik-Pakete wie:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Diese Ab-Initio-Softwarepakete können lokal oder auf einem entfernten Server laufen (wenn diese FTP, RSH und SSH unterstützen). Das Programm kann eine Vielfalt von Berechnungsergebnissen anzeigen und unterstützt die Mehrzahl der wichtigen Dateiformate für Moleküldarstellungen. Der fortgeschrittene »Molecule Builder« ermöglicht den schnellen Entwurf von Molekülen und deren dreidimensionale Untersuchung. Die Grafiken können in verschiedene Formate exportiert werden, auch in Animationen.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
Gausssum
Wertet Daten von Gaussian, GAMESS u. a. aus und stellt sie dar
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.2-1all
sid3.0.2-2all
squeeze2.2.4-1all
wheezy2.2.5-2all
jessie2.2.6.1-1all
stretch3.0.1.1-1all
bullseye3.0.2-2all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 15 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gaussum wertet die Ausgabedateien von ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar und PC GAMESS aus, um nützliche Informationen zu extrahieren.

Gaussum stellt mit GNUPlot den Verlauf von geometrischen Optimierungen, Zustandsdichteverteilungen, UV-VIS-Spektren, IR-Spektren, Raman-Spektren und Elektronendichteunterschiedskarten dar. Es kann auch alle Zeilen, die einen beliebigen Ausdruck enthalten, darstellen, und vieles mehr.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Jmol
Programm zur Darstellung von Molekülen
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
wheezy12.2.32+dfsg2-1all
jessie12.2.32+dfsg2-1all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
sid14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 74 users (45 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Jmol ist ein Java-Programm zur Darstellung von dreidimensionalen chemischen Strukturen auf Molekülebene. Es kann eine Vielzahl von Dateitypen und Ausgaben von Programmen der Quantenchemie lesen sowie Multiframe-Dateien und berechnete Normalmodi von Quantenprogrammen animieren. Es kann Chemikalien, Kristalle, Materialien und Biomoleküle anzeigen. Jmol kann für Studenten, Lehrende und Forscher in der Chemie und Biochemie nützlich sein.

Jmol kann unter anderem folgende Dateiformate lesen: PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton und VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package jmol
Travis
trajectory analyzer and visualizer
Versions of package travis
ReleaseVersionArchitectures
jessie140902-1amd64,armel,armhf,i386
sid200504+hf2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye200504+hf2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster190101-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch161013-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) is a free tool for analyzing and visualizing trajectories from all kinds of Molecular Dynamics or Monte Carlo simulations. The aim of TRAVIS is to collect as many analyses as possible in one program, creating a powerful tool and making it unnecessary to use many different programs for evaluating simulations. This should greatly rationalize and simplify the workflow of analyzing trajectories. The following analysis functions are available:

Static (time independent) Functions:

  • Radial, Angular, Dihedreal or Combined Distribution Function
  • Point-Plane or Point-Line Distance Distribution
  • Plane Projection Distribution
  • Fixed Plane Density Profile
  • Density, Spatial or Dipole Distribution Function

Dynamic (time dependent) Functions:

  • Velocity Distribution Function
  • Mean Square Displacement / Diffusion Coefficients
  • Velocity Autocorrelation Functions
  • Vector Reorientation Dynamics
  • Van Hove Correlation Function
  • Aggregation Functions (DACF, DLDF, DDisp)

Spectroscopic Functions:

  • Calculate Power Spectrum
  • Calculate IR Spectrum
  • Calculate Raman Spectrum

TRAVIS can read trajectory files in XYZ, PDB, LAMMPS or DLPOLY format.

Please cite: Martin Brehm and Barbara Kirchner: TRAVIS - A Free Analyzer and Visualizer for Monte Carlo and Molecular Dynamics Trajectories. (eprint) J. Chem. Inf. Model. 51(8):2007-2023 (2011)
Viewmol
graphical front end for computational chemistry programs
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.4.1-26amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 32 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Viewmol is able to graphically aid in the generation of molecular structures for computations and to visualize their results.

At present Viewmol includes input filters for Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, and Vamp outputs as well as for PDB files. Structures can be saved as Accelrys' car-files, MDL files, and Turbomole coordinate files. Viewmol can generate input files for Gaussian 9x/03. Viewmol's file format has been added to OpenBabel so that OpenBabel can serve as an input as well as an output filter for coordinates.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol
Xcrysden
Crystalline and Molecular Structure Visualizer
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.5.60-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.5.53-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.6.3~rc1
Popcon: 14 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can be superimposed on crystalline structures and interactively rotated and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any special hardware requirements.

XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or xwd (x11-apps) needs to be present.

Screenshots of package xcrysden
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200793