Debian Med Biology Development packages

Bio-Tradis indeholder et værktøjssæt til at analysere resultatet fra TraDIS-analyser.

Bio-Tradis-analysedatakanalen er implementeret som et Perlbibliotek, der kan udvides og enten kan bruges direkte eller som grundlag for udviklingen af mere avancerede analyseværktøjer.

Bemærk venligst: Du skal manuelt installere BioConductor Edger, som ikke kan distribueres med Debian i seneste version, da programmet anvender kode-locfit, som ikke frit kan distribueres.

Denne pakke indeholder nogle værktøjer til at behandle BAM-filer, inklusive

 bamsormadup:   parallel sortering og dubletmarkering
 bamcollate2:   læser BAM og skriver BAM i ny rækkefølge så at
                sammenligningen eller sorteringen er efter
                forespørgselsnavn
 bammarkduplicates: læser BAM og skriver BAM med dubletsammenligninger
                    markeret via BAM-flagfelterne
 bammaskflags:  læser BAM og skriver BAM mens der skjules (fjernes)
                bit fra flagkolonnen
 bamrecompress: læser BAM og skriver BAM med en defineret
                komprimeringsindstilling. Dette værktøj kan bruge
                flere tråde.
 bamsort:       læser BAM og skriver BAM i ny rækkefølge efter
                koordinater eller forespørgelsesnavn
 bamtofastq:    læser BAM og skriver FastQ; resultatet kan være
                sorteres eller uden sortering efter forespørgelsesnavn

Projektet Bioperl er et koordineret forsøg på at samle modelmetoder, der rutinemæssigt benyttes i bioinformatik til et sæt veldokumenterede, frit tilgængelige Perlmoduler i CPAN-stil. Det er velanset i fællesskabet og bruges i mange højtprofilerede projekter, f.eks. Ensembl.

De anbefalede pakker er krævet for at køre nogle af de inkluderede binære filer, for en detaljeret forklaring, inklusive de specifikke Perlmoduler, se venligst README.Debian.

Den foreslået pakke forbedrer manualsiderne.

Indeholder skripter fra pakken BioPerl-Run. Denne pakke vil også installere alle programmer pakket i Debian som kan have omslag. Dem som ikke er frie »foreslås« af denne pakke.

SQUID er et bibliotek af C-kodefunktioner for sekvensanalyse. Programmet inkluderer også en antal små redskabsprogrammer til at konvertere, vise statistik, manipulere og udføre andre funktioner på sekvensfiler.

Det oprindelige navn på pakken er »squid«, men da der allerede er en squid i arkivet (en proxy-cache), blev den omdøbt til »biosquid«.

Denne pakke indeholder nogle værktøjer til at demonstrere funktionerne i SQUID-biblioteket.

Dette er referenceimplementeringen for Common Workflow Language- standarerne.

CWL Open Standards bruges til at beskrive analysearbejdsforløb og værktøjer på en måde, som gør dem flytbare og skalerbare på tværs af program- og udstyrsmiljøer, fra arbejdsstationer til klynge-, sky- og høj ydelsesberegning-miljøer (HPC). CWL er designet til at møde behovene for dataintensiv videnskab såsom bioinformatik, medicinske billeder, astronomi, fysik og kemi.

CWL-referenceimplementeringen (cwltool) er lavet med alle funktioner og tilbyder en omfattende validering af CWL-filer samt andre værktøjer relateret til arbejdet med CWL-beskrivelser.

Gffread er et GFF/GTF-fortolkningsredskab, der tilbyder formatkonverteringer, regionsfiltrering, FAST-sekvensudtrækning med mere.

Goby er en næstegenerations datahåndteringsramme designet til at lette implementeringen af effektive dataanalysekanaler.

Goby tilbyder meget effektive filformater til at lagre næstegenerations sekventeringsdata og mellemliggende analyseresultater.

Goby tilbyder også redskaber, der implementerer gængse næstegenerations databeregninger. Disse redskaber er designet til at være relative nemme at anvende, men stadig meget effektive.

Denne pakke indeholder hele Goby-rammen, inklusive programmer (dvs. Goby-tilstande). Er udgivet under GPL3-licensen.

AcePerl er en objektorienteret Perlgrænseflade for AceDB-databasen. Den tilbyder funktionalitet indenfor forbindelse til eksterne AceDB-databaser, udfører forespørgsler, henter ACE-objekter og opdaterer databaser. Programmørens API er kompatibel med JADE Java API'en og kan samarbejde med API'en brugt af BoulderIO.

AceDB er et databasesystem for arvemasse udviklet siden 1989 primært af Jean thierry-Mieg (CNRS, Montpellier) og Richard Durbin (Sanger Institute). Det blev oprindelig udviklet for C.elegans arvemasseprojektet, hvorfra dets navn er udledt (A C. elegans DataBase).

Dette modul tilbyder et Perlomslag for Fast Artificial Neural Network-biblioteket (FANN) http://leenissen.dk/fann/wp/.

Den AI::FANN-objektorienterede grænseflade tilbyder en næsten direkte oversættelse til C-biblioteks-API'en.

BAM-formatet er et binært format til lagring af sekvensdata. Dette er en simpel C-implentering af læse navn-samlingskoden fra det større bambam C++-projekt til at håndtere BAM-filinddata og BAM-filuddata.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og hovedfiler.

BamTools faciliterer forskningsanalyse og datahåndtering med brug af BAM-filer. Værktøjet håndterer de enorme datamængder lavet af nuværende sekvensteknologier, som typisk lagres i komprimerede, binære formater, som ikke nemt håndteres af tekstbaserede fortolkere ofte brugt i forskning indenfor bioinformatik.

BamTools tilbyder både en C++-API for BAM-filunderstøttelse samt et værktøjssæt for kommandolinjen.

Dette er udviklernes API-pakke.

Denne pakke tilbyder filerne krævet for at udvikle med libBigWig C-biblioteket for at læse/fortolke lokale og eksterne bigWig- og bigBed-filer.

Indekserer sammenligninger i Stockholm-formatet såsom dem fra Pfam og Rfam. Returnerer rå strømdata vis id'et eller et Bio::SimpleAlign-objekt (via Bio::AlignIO).

Bio::AlignIO::stockholm gør det også muligt at foretage ID-fortolkning via et tilbagekald.

Bio::ASN1::EntrezGene og Bio::ASN1::Sequence er regulære udtryksbaserede fortolkere for NCBI Entrez Gene-gendatabaser (http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene).

De fortolker ASN.1-formaterede Entrez Gene-poster og NCBI-sekvenser, returnerende datastrukturer, der indeholder alle dataelementer fra gen-posterne eller sekvens-posterne.

Fortolkeren vil rapportere fejl og linjenumre hvis inddata ikke overholder NCBI Entrez Gene-genomet eller NCBI Sequence annotation-filformatet.

Bio::ASN1::Sequence er grundlæggende en ændret version af den højtydende Bio::ASN1::EntrezGene-fortolker. Dette uafhængige modul findes dog, da det er mere effektivt at holde Sequence-specifik kode ud af EntrezGene.pm.

Modulet Bio::Chado::Schema er en standard for et objektrelationel oversættelseslag for brug med GMOD Chado-databaseskemaet. Chado er et modulært databaseskema, udviklet i åben kildekode, for biologiske data.

Modulet ClusterIO fungerer med formatmodulet ClusterIO for at læse diverse klyngeformater såsom NCBI UniGene.

Bioperl-projektet er et koordineret forsøg på at samle modelmetoder, der rutinemæssigt benyttes i bioinformatik til et sæt veldokumenterede, frit tilgængelige Perl-moduler i CPAN-stil.

Efter BioPerl version 1.7 er flere moduler blevet opdelt i separate projekter. Denne pakke tilbyder modulet Bio::Coordinate til arbejdet med biologiske koordinater.

Bio::Das::Lite er en implementering af BioDas-protokollen for indhentelse af biologiske data fra XML-kilder over HTTP.

Bio::Das::Lite er designet som et simpelt og mere tilgivende alternativ til klienten/indhentelsen/fortolkningen af komponenter for Bio::Das. Bio::Das::Lite er i sig selv ikke en direkte erstatning for Bio::Das, men kan underopdeles som sådan.

Bio::DB::BioFetch er en garanteret bedste indhentelsesmetode for sekvensindtastning. Modulet går til den internetbaserede dbfetch-server placeret på EBI'en (http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch) for at hente sekvenser i EMBL- eller GenBank-sekvensarkiverne.

Bio::DB::BioFetch implementere alle Bio::DB::RandomAccessI-grænsefladerne, samt get_Stream_by_id()- og get_Stream_by_acc()-metoderne, der findes i Bio::DB::SwissProt-grænsefladen.

Tillader den dynamiske indhentelse af sekvensobjekter Bio:.Seq fra EMBL-databasen via dbfetch-skriptet fra EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch.

For at gøre ændringer transparente blev værtstype (i øjeblikket kun ebi) og placering (standarden er ebi) separeret ud. Dette tillader senere tilføjelser af flere servere på forskellige geografiske placeringer.

Funktionaliteten for dette modul er arvet fra Bio::DBFetch, der implementerer Bio::DB::WebDBSeqI.

HTSlib er en implementering af et ensartet C-bibliotek for adgang til fælles filformater, såsom SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM og VCF (Variant Call Format), brugt for sekvensdata med høj gennemløb, og er basisbiblioteket brugt af samtools og bcftools. HTSlib afhænger kun af zlib. Det vides at være kompatibelt med gcc, g++ og clang.

HTSlib implementerer et generelt BAM-indeks (binær SAM), med filendelsen »csi« (coordinate-sorted index). HTSlib-fillæseren kigger først efter det nye indeks og så efter det gamle, hvis det nye indeks mangler.

Denne pakke tilbyder en Perlgrænseflade til HTS-biblioteket.

Denne pakke tilbyder et enkelt sted at opsætte nogle fælles metoder til at forespørge NCBI-internetdatabaser. Bio::DB::NCBIHelper centraliserer metoderne for konstruktion af en adresse til at forespørge NCBI GenBank og NCBI GenPept og den fælles HTML-tilpasning udført i postprocess_data().

Den grundlæggende NCBI-forespørgelsesadresse brugt: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

The Bio::DB::SeqFeature object is the default SeqFeature class stored in Bio::DB::SeqFeature databases. It implements both the Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI and Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI interfaces, which means that its subfeatures, if any, are stored in the database in a normalized fashion, and that the parent/child hierarchy of features and subfeatures are also stored in the database as set of tuples. This provides efficiencies in both storage and retrieval speed.

Typically you will not create Bio::DB::SeqFeature directly, but will ask the database to do so on your behalf, as described in Bio::DB::SeqFeature::Store.

BioPerl-projekter er en koordineret indsats for at indsamle beregningsmetoder brugt rutinemæssigt i bioinformatik til et sæt af veldokumenterede og frit tilgængelige Perlmoduler i CPAN-stil. Denne pakke tilbyder en programmeringsgrænseflade til NCBI's Entrez Programming Utilities ofte refereret som E-utilities. Det tilbyder Perlmodulerne Bio::DB::EUtilities og Bio::Tools::EUtilities

Entrez er en fødereret søgemotor på National Center for Biotechnology Information (NCBI) for et stort antal af databaser, der dækker en række af biomedicinske data, inklusive molekylære strukturer, og den biomedicinske litteratur. E-utilities er er sæt af otte programmer på serversiden, der tilbyder en stabil grænseflade til Entrez' forespørgelses- og databasesystem på National Center for Biotechnology Information (NCBI).

Et I/O-iterator undersystem for funktioner til genomsekvenser.

Bio::FeatureIO er et håndteringsmodul for formaterne i FeatureID-sættet (f.eks. Bio::FeatureIO::GFF). Det er en officielt sanktioneret måde at hente formatobjekterne, som de fleste folk bør bruge.

Bio::FeatureIO-systemet kan ses som en biologisk filhåndtering. De er vedhæftet filhåndteringer med smarte formateringsregler (f.eks. GFF-format, eller BED-format) og kan enten læse eller skrive funktionsobjekter (Bio::SeqFeature-objekter, eller mere præcist, Bio::FatureHolderI implementerer objekter, hvor Bio::SeqFeature er et sådant objekt). Hvis du ønsker at vide, hvad der skal ske med et Bio::SeqFeature1-objekt, så læs Bio::SeqFeatureI.

Ideen er at du anmoder om et strømobjekt for et bestemt format. Alle strømobjekterne har et begreb for en intern fil, der læses fra eller skrives til. En bestemt FeatureIO-objektinstans konfigureres for enten inddata eller uddata. Et specifikt eksempel for et strømobjekt er Bio::FeatureIO::gff-objektet.

Klassen Bio::Graphics::Panel tilbyder tjenester til at tegne og formatere ethvert objekt, der implementerer grænsefladen Bio::SeqFeatureI, inklusive objekterne Ace::Sequence::Feature, Das::Segment::Feature og Bio::DB::Graphics. Det kan bruges til at tegne sekvensannotationer, fysiske (contig) kort, proteindomæner eller enhver anden type kort hvori et sæt af diskrete intervaller skal lægges ud på nummerlinjen.

MAGE-TAB-formatet (MicroArray Gene Expression Tabular) er en standard fra Microarray Gene Expression Data Society (MGED). Denne pakke indeholder Perlmoduler i Bio::MAGE-hierarkiet til at manipulere MIAME-overholdende (Minimum Information About a Microarray Experiment) poster for eksperimenter med mikrotabeller (DNA-chip).

Bio::IMAGE-modulet indeholder de følgende Bio::MAGE-klasser:

• NameValueType
• Extendable
• Identifiable
• Describable

MAGE-TAB-formatet (MicroArray Gene Expression Tabular) er en standard fra Microarray Gene Expression Data Society (MGED). Denne pakke indeholder Perlmoduler i Bio::MAGE-hierarkiet til at manipulere MIAME-overholdende (Minimum Information About a Microarray Experiment) poster for eksperimenter med mikrotabeller (DNA-chip).

Bio-MAGE-Utils indeholder ekstra moduler til at håndtere MAGE XML og MGED-ontologi samt SQL-redskaber.

Bio::PrimerDesigner tilbyder en grænseflade, på lavt niveau, til de binære kørbare filer for primer2 og epcr og leverer metoder til at returnere resultaterne. Udover adgang til lokale installationer af primer2 eller e-PCR, så tilbyder den også mulighed for at tilgå den binære fil for primer3 via en ekstern server.

Bio::SamTools tilbyder en Perlgrænseflade til biblioteket libbam for indekseret og ikke indekseret SAM/BAM-sekvenssammenligningsdatabaser. Det tilbyder understøttelse for indhentelse af information på individuelle sammenligninger, læser par, og information om sammenligningsdækning på tværs af store regioner. Det tilbyder også tilbagekaldsfunktionalitet for kald af SNP'er og udførelse af andre base til base-funktioner. De fleste operationer er kompatible med BioPerl Bio::SeqFeatureI-grænsefladen, der tillader, at BAM-filer kan bruges som en motor til GBrowse-genombrowserprogrammet.

Bio::SCF-modulet (Standard Chromatogram Format) gør at du kan læse og opdatere (på en begrænset måde) SCF-kromatografiske sekvensfiler. Det er en grænseflade til Roger Stadens io-lib. Det har både »tied hash« og en objektorienteret grænseflade. Det tilbyder mulighed for at læse felter fra SCF-filer og begrænset mulighed for at ændre dem og skrive dem tilbage.

Denne distribution tilbyder en Perlgrænseflade til PAML, en programpakke med programmer (baseml, codeml, evolver og yn00) for fylogenetiske analyser af DNA- eller proteinsekvenser via maksimal sandsynlighed.

Modulerne Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::* tilbyder en grænseflade til at afvikle PAML-programmerne mens Bio::Tools::Phylo::PAML tilbyder en grænseflade til at fortolke deres resultatfiler.

Denne distribution er en del af Bioperl-projektet.

Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw tilbyder en Perlgrænselfade til Clustal W, et program til sammenligning af flere nukleotid og peptid sekvenser.

Denne moduldistribution er en del af projektet Bioperl.

Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee tilbyder en Perlgrænseflade til T-Coffee, et program til flere sammenligninger af DNA-, RNA- og proteinsekvenser og strukturer.

Denne moduldistribution er en del af projektet Bioperl.

Klasse til ekstern afvikling af NCBI Blast via HTTP.

For en beskrivelse af de mange CGI-parametre se: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.html

Diverse yderligere indstillinger og formater er tilgængelige.

Koden i denne distribution fokuserer på simpel lav afhængigheds variant-relateret funktionalitet for BioPerl.

Bio::Variation-navnerummet indeholder moduler til at lagre sekvensvariationsinformation som forskelle mellem referencesekvensen og ændringssekvenser. Også inkluderet er klasser til at skrive ud og genskabe objekter fra EMBL-lignende flade filer og XML. Endelig er der simpel klasser til at beregne værdier for sekvensændringsobjekter.

BioJava er et projekt udviklet i åben kildekode og dedikeret til at tilbyde en Javaramme til at behandle biologiske data. Det inkluderer objekter til at manipulere sekvenser, filfortolkere, serverunderstøttelse, adgang til BioSQL- og Ensembl-databaser og funktionsrige analyse- og statistiske rutiner inklusive et dynamisk programmeringsværktøjssæt.

BioJava tilbydes af et levende fællesskab, der mødes årligt på Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), der traditionelt følger Intelligent Systems in Molecular Biology-mødet (ISMB). Meget lig BioPerl er udrulningen af dette bibliotek værdifuldt for alle aktive indenfor feltet, på grund af de mange fif man lærer bare ved at kommunikere på postlisten.

Dette er en afhængighedspakke, der aktiverer en problemfri opgradering til nye versioner.

Denne pakke præsenterer Open Source Java-API'en til biologiske databaser og en serie af de hovedsagelig sekvensbaserede algoritmer.

BioJava er et projekt dedikeret til at tilbyder en Javaramme til at behandle biologiske data. Det inkluderer objekter til at manipulere sekvenser, filfortolkere, serverunderstøttelse, adgang til BioSQL- og Ensembl-databaser og funktionsrige analyse- og statistiske rutiner inklusive et dynamisk programmeringsværktøjssæt.

Bioparser er en C++-implementering af fortolkere for flere bioinformatik-formater. Implementeringen består af kun en teksthovedfil indeholdende skabelonfortolkere for formaterne FASTA, FASTQ, MHAP, PAF og SAM. Understøtter også komprimerede filer med gzip.

Blasr_libcpp er et bibliotek brugt af blasr og andre kørbare filer såsom samtoh5, loadPulses til at analysere PacBio-sekvensser. Dette bibliotek indeholder tre underbiblioteker, inklusive pbdata, hdf og alignment.

Denne pakke indeholder teksthovedfilerne og det statiske bibliotek for sammenligningsunderbiblioteket.

Bio++ er et sæt af C++-biblioteker for Bioinformatik, inklusive sekvensanalyse, fylogenetik, molekylær evolution og befolkningsgenetik. Bio++ er objektorienteret og er designet til at være både nemt at bruge og computereffektiv. Bio++ forsøger at hjælpe programmører til at skrive computerdyre programmer ved at tilbyde dem et sæt af genbrugsværktøjer.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og teksthovedfilerne for Bio++-basisklasserne.

Bio++ er et sæt af C++-biblioteker for Bioinformatik, inklusive sekvensanalyse, fylogenetik, molekulær evolution og befolkningsgenetik. Bio++ er objektorienteret og er designet til at være både nemt at bruge og computereffektiv. Bio++ forsøger at hjælpe programmører til at skrive computerdyre programmer ved at tilbyde dem et sæt af genbrugsværktøjer.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og teksthovedfilerne for Bio++-klasserne for fylogenetik.

Bio++ er et sæt af C++-biblioteker for Bioinformatik, inklusive sekvensanalyse, fylogenetik, molekulær evolution og befolkningsgenetik. Bio++ er objektorienteret og er designet til at være både nemt at bruge og computereffektiv. Bio++ forsøger at hjælpe programmører til at skrive computerdyre programmer ved at tilbyde dem et sæt af genbrugsværktøjer.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og teksthovedfiler for Bio++- klasser dedikeret til genomisk fylogni.

Bio++ er et sæt af C++-biblioteker for Bioinformatik, inklusive sekvensanalyse, fylogenetik, molekulær evolution og befolkningsgenetik. Bio++ er objektorienteret og er designet til at være både nemt at bruge og computereffektiv. Bio++ forsøger at hjælpe programmører til at skrive computerdyre programmer ved at tilbyde dem et sæt af genbrugsværktøjer.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og teksthovedfilerne for de Bio++populationsgenetiske klasser.

Bio++ er et sæt af C++-biblioteker for Bioinformatik, inklusive sekvensanalyse, fylogenetik, molekulær evolution og befolkningsgenetik. Bio++ er objektorienteret og er designet til at være både nemt at bruge og computereffektiv. Bio++ forsøger at hjælpe programmører til at skrive computerdyre programmer ved at tilbyde dem et sæt af genbrugsværktøjer.

Denne pakke indeholder filer for Bio++grafiske klasser udviklet med Qt.

Dette bibliotek indeholder redskaber og klasser til at forespørge offentlige databaser (GenBank, EMBL, SwissProt etc.) med brug af acnuc. Det er en del af Bio++-projektet.

Denne pakke indeholder teksthovedfiler og det statiske bibliotek.

Bio++ er et sæt af C++-biblioteker for Bioinformatik, inklusive sekvensanalyse, fylogenetik, molekulær evolution og befolkningsgenetik. Bio++ er objektorienteret og er designet til at være både nemt at bruge og computereffektiv. Bio++ forsøger at hjælpe programmører til at skrive computerdyre programmer ved at tilbyde dem et sæt af genbrugsværktøjer.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og teksthovedfilerne for Bio++-klasser for sekvensanalyseklasser.

Bio++ er et sæt af C++-biblioteker for Bioinformatik, inklusive sekvensanalyse, fylogenetik, molekulær evolution og befolkningsgenetik. Bio++ er objektorienteret og er designet til at være både nemt at bruge og computereffektiv. Bio++ forsøger at hjælpe programmører til at skrive computerdyre programmer ved at tilbyde dem et sæt af genbrugsværktøjer.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og teksthovedfilerne for Bio++-klasser dedikeret til genomisk sekventering.

CDK'en er et bibliotek med Javaklasser brugt i beregnings- og informationskemi og i bioinformatik. Det indeholder optegnere, fil-IO, SMILES-oprettelse/fortolkning, maksimale fælles understrukturalgoritmer, fingeraftryk og meget, meget mere.

Chado er et relationelt databaseskema, der ligger under mange GMOD-installationer. Det kan repræsentere mange af de generelle dataklasser ofte mødt i moderne biologi såsom sekvens, sekvenssammenligninger, fænotyper, genotyper, ontologier, udgivelser og fylogeni. Det er blevet designet til at håndtere komplekse repræsentationer af biologisk viden og bør anses for at være en af de mest sofistikerede relationelle skemaer tilgængelig i molekylær biologi. Prisen for denne kapacitet er at nye brugere skal bruge noget tid for at blive kendt med dens fundamentale ting.

Libcifpp er et C++-bibliotek brugt til at oprette og manipulere mmCIF- og PDB-filer indeholdende makromolekylers strukturinformation.

Denne specifikke pakke indeholder alle filer krævet for at udvikle nye programmer via brug af libcifpp.

ConsensusCore er et bibliotek af C++-algoritmer for »PacBio multiple sequence consensus« som driver Quiver (Python) og ConsensusTools (.NET). Dette bibliotek findes primært som motor for GenomicConsensus, der implementerer Quiver.

Denne pakke er en del af SMRT-analysepakken. Den tilbyder teksthovedfiler og det statiske bibliotek.

Projektet libdivsufsort tilbyder et hurtigt, simpelt og robust C API-bibliotek til at konstruere suffiks-tabellen og den Burrows-Wheeler-transformerede streng for enhver inddatastreng for en konstant-størrelse alphabet.

Denne pakke installerer filerne krævet for udvikling.

Et simpelt og super hurtigt C/C++-bibliotek til sekvenssammenligning via edit distance.

Beregning af edit distance for to strenge er så simpel som at:

 edlibAlign("hello", 5, "world!", 6,
            edlibDefaultAlignConfig()).editDistance;
Funktioner

• Beregner edit distance (Levehnstein distance)
• Kan finde optimale sammenligningssti (instruktioner om transformering af den første sekvens til den anden sekvens)
• Understøtter flere sammenligningsmetoder: global(NW), prefix(SHW) og infix(HW), hver af dem nyttige i forskellige scenarier
• Du kan udvide tegnlighedsdefinitionen, så du f.eks. kan have jokertegn, for sammenligning uden hensyn til store/små bogstaver eller til at arbejde med degenererede nukleotider
• Kan nemt håndtere små eller meget store sekvenser, selv når sammenligningsstier skal findes, men med meget lille hukommelsesforbrug
• Super hurtig takket være Myers' bit-vektor algoritme

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og hovedfilerne.

Et simpelt C++11-bibliotek til at læse rå signaldata fra Oxford Nanospores FAST5-filer.

Denne pakke tilbyder teksthovedfilerne for udvikling med fast5.

Fastahack er et lille program til indeksering og udtrækning af sekvenser og undersekvenser fra FASTA-filer. Det inkluderede Fasta.cpp-bibliotek tilbyder en FASTA-læser og et indeksprogram, som kan indlejres i programmer, som vil have nytte af direkte læsning af undersekvenser fra FASTA-filer. Biblioteket håndterer automatisk oprettelse af indeksfil og brug.

Funktioner:

• FASTA-indeksoprettelse (.fai) for FASTA-filer
• Sekvensudtrækning
• Undersekvensudtrækning
• Sekvensstatistik (i øjeblikket er kun entropi indeholdt)

Sekvens- og undersekvensudtrækning bruger fseek64 til at tilbyde hurtigst mulig udtrækning uden RAM-intensive operationer for filindlæsning. Dette gør fastahack til et nyttigt værktøj for bioinformatikere, som hurtigt skal udtrække mange undersekvenser fra en FASTA-referencesekvens.

Dette er udviklingspakken indeholdende det statisk lænkede bibliotek og teksthovedfilerne.

FFindex er et meget simpelt indeks/database for store mængder af små filer. Filerne lagres sammenkædet i en stor datafil, adskilt af »\0«. En anden fil indeholder et rent tekstindeks, med navn, forskydning og længde på de små filer. Opslaget udføres i øjeblikket med en binær søgning på en array lavet fra indeksfilen.

Denne pakke indeholder teksthovedfilerne og dokumentation krævet for at udvikle programmer med libffindex.

Fermi-lite er et uafhængigt C-biblioteksværktøj til at samle Illunina-korte læsninger i regioner fra 100bp til 20 millioner bp i størrelse.

Denne pakke indeholder C-bibliotekets teksthoveder for brug af libfml i tilpassede værktøjer sammen med et statisk bibliotek.

Projektet GATB-CORE tilbyder et sæt af meget effektive algoritmer til at analysere NGS-datasæt. Disse metoder muliggør analyse af datasæt af enhver størrelse på skrivebordscomputere med flere kerner, inklusive meget store mængder af læste data fra enhver slags organisme såsom bakterier, planter, dyr og selv komplekse prøver (f.eks. metagenomer). Læs mere om GATB-CORE på https://gatb.inria.fr/. I sig selv er GATB-CORE ikke et NGS-dataanalyseværktøj. Det kan dog bruges til at oprette sådanne værktøjer. Der findes allerede et sæt af parate værktøjer, der afhænger af GATB-CORE-biblioteket: se https://gatb.inria.fr/software/.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og teksthovedfilerne for biblioteket gatb-core.

Dette er en eklektisk samling af (for det meste) C++-kode, som opstrøm brugte til nogle bioinformatikprojekter. Hovedideen er at give god kode og effektive datastrukturer, forsøge at undgå for mange kodeafhængigheder af tunge biblioteker, mens produktionscyklusser minimeres (og dette indebærer også en anstændig kompilerings-/byggetid - for dig mindre oppustede konfigurationsskripter og lange kompileringstider af Boost-kode eller anden tung C++-skabelonkode).

Denne kode blev indsamlet selv før C++-STL var fuldt adopteret som en standard på tværs af platforme. Siden STL i sig selv er tungere for de fleste C++-behov, så foretrækkes simplere C++-klasser eller skabeloner for grundlæggende strenge, containere, grundlæggende algoritmer etc.

Teksthovedfiler for Genome Code Lib. Er hovedsagelig kendt for at at være brugt af StringTie, men med sin egen udgivelsescyklus.

LibGenome er et frit tilgængeligt værktøjssæt for udvikling af bioinformatik-relaterede programmer i C++. Det er lavet for at fjerne besværet ved gængse opgaver på genetiksekvensdata og bemærkningsdata.

Blandt andet kan libGenome hjælpe dig med:

• Læs og skriv filer i Multi-FastA-formatet
• Læs og skriv GenBanks flad fil-databaseposter
• Tilføj, klip op, forkort, vend rundt, komplementer, oversæt og på andre måder behandle sekvensdata
• Tilgå annotation i GenBanks flade filer

Dette er udviklingspakken indeholdende det statisk lænkede bibliotek og teksthovedfilerne.

MuSiC-programpakken er et sæt af værktøjer rettet mod at finde signifikante somatiske mutationer i en given kohorte af kræftprøver og med respekt for en variation af eksterne datakilder.

Dette er det grundlæggende navnerumsmodul for programtræet Genome.

Det træ har flere primære komponenter:

Genome::Model: et håndteringssystem for en datamodelleringskanal for genomik

Genome::Model::Tools et træ med >1000 værktøjer og værktøjsomslag for genomik

Genome::* en række eksempler på registreringsklasse med en RDBMS-motor

Kun værktøjssystemet er udgivet i øjeblikket

Se genome for en fuldstændig oversigt over alle værktøjspakker og for kommandolinjeadgang til disse værktøjer.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek for GenomeTools og nødvendige teksthovedfiler.

Udover grundlæggende bioinformatik-datastrukturer så indeholder biblioteket komponenter for sekvens- og anmærkningshåndtering, sekvenskomprimering, oprettelse og adgang for indeksstruktur, effektiv matchning, anmærkningsvisualisering og meget mere.

Dette er en simpel »libraryfication« af GFF/GTF-fortolkningskoden, der bruges i Cufflinks-kodebasen. Der er ikke mange (nogen overhovedet?) relativ simple GTF/GFF-fortolkere, der viser en C++-grænseflade og formålet med dette bibliotek er at tilbyde denne funktionalitet uden nødvendigvis at tegne i en tung afhængighed som SeqAn.

Gk-arrays tilbydes som et simpelt C++-bibliotek dedikeret til forespørgsler på en stor samling af sekvenser som fremstillet af høj-gennemløb sekventeringsprogrammer (f.eks. HiSeq 2000 fra Illumina, 454 fra Roche).

Gk-arrays indekserer k-mers med læsninger og gør, at man kan besvare forskellige forespørgsler på den læste samling (f.eks. hvor mange læsninger deler denne k-mer? hvor fremgår denne k-mer i den læste samling?).

Gk-arrays består af et pladseffektivt alternativ til hash-tabeller mens det er lignende i form af forespørgselstider.

Dette er udviklingsbiblioteket for libgkarrays.

Dette er en samling af Perlkode til at håndtere ontologier i stilene Gene Ontologies (GO) og Open Biomedical Ontologies (OBO). Det er en del af »go-dev«-distributionen, men denne Debianpakke er lavet fra CPAN-arkivet. Denne pakke indeholder både skripter (der kan bruges uden nogen viden om Perl) og biblioteker, der vil være af nytte til Perlprogrammører, der bruger GO eller OBO.

Hierarchical Data Format 5 (HDF5) er et filformat og bibliotek til at gemme videnskabelige data. HDF5 blev designet og implementeret til at tage højde for svaghederne ved HDF4.x. Filformatet har en meget funktionsrig og fleksibel datamodel, understøtter filer større end 2 GB og understøtter parallel I/O.

Denne pakke indeholder udviklingsfiler for serielle platforme.

BEAGLE er et højtydende bibliotek, som kan udføre de grundlæggende beregninger i hjertet af de fleste bayesianske og Maximum Likelihood-fylogenipakker. Det kan gøre brug af høj-parallelle processorer, som findes i grafikkort (GPU'er) i mange pc'er.

Projektet involverer en åben API og hurtige implementeringer af et bibliotek til evaluering af fylogenetiske sandsynligheder (kontinuert tid Markovprocesser) af biomolekylær sekvensevolution.

Målet er at levere høj ydeevneevaluering »tjenester« til en bred vifte af fylogenetiske programmer, både bayesianske samplere og Maximum Likelihood-optimeringsprogrammer. Dette giver disse pakker mulighed for at gøre brug af implementeringer som gør brug af optimeret udstyr såsom grafiske processorer.

Denne pakke indeholder udviklingsfiler, der er nødvendige for at bygge mod Beaglebiblioteket.

HTSlib er en implementering af et ensartet C-bibliotek for adgang til fælles filformater, såsom SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM og VCF (Variant Call Format), brugt for sekvensdata med høj gennemløb, og er basisbiblioteket brugt af samtools og bcftools. HTSlib afhænger kun af zlib. Det vides at være kompatibelt med gcc, g++ og clang.

HTSlib implementerer et generaliseret BAM-indeks (binær SAM), med filudvidelsen »csi« (coordinate-sorted index). HTSlib-fillæseren kigger først efter nye indeks og så efter gamle hvis et nyt indeks mangler.

Denne pakke indeholder udviklingsfiler for HTSlib: teksthoveder, statisk bibliotek, manualsider etc.

For kompatibilitet med sambamba blev den interne rutine, cram_to_bam, eksporteret. Hermed adopteres en rettelse fundet i guix.

Dette bibliotek implementerer de tilpassede CRAM-kodninger brugt for »EKSTERNE« bloktyper. Disse består af to varianter af rANS-kodningen (8-bit og 16-bit renormalisering, med afviklingslængde kodning og bit-pakning også understøttet i den sidst nævnte), en dynamisk aritmetisk koder, og tilpassede kodninger for navn/ID-kompression og kompression af kvalitetsbedømmelse afledt fra fqzcomp.

Det har små testværktøjer for kommandolinjen der fungerer både som kompressionsudforskningsprogrammer og som en del af testrustningen.

Denne pakke indeholder teksthovederne for udvikling.

HTSJDK er en implementering af et forenet Javabibliotek til at tilgå fælles filformater såsom SAM (Sequence Alignment/Map) og VCF, brugt for høj-gennemløbs sekventeringsdata. Der er også et antal nyttige redskaber til at manipulere HTS-data.

Et Javabibliotek for evolutionær biologi og bioinformatik, inklusive objekter der repræsenterer biomolekylære sekvenser, flere sekvenssammenligninger og fylogenetiske træer.

Dette er en gren af den originale JEBL på http://sourceforge.net/projects/jebl/ til at udvikle en ny API og klassebibliotek.

Javabiblioteket jloda tilbyder nogle grundlæggende datastrukturer og algoritmer brugt af bioinformatik-programmer såsom SplitsTree, Dendroscope og MEGAN.

Pakken kmer er en programpakke af værktøjer for DNA-sekvensanalyse. Det tilbyder værktøjer for søgning (EST'er, mRNA'er, sekvenslæsninger); sammenligning (EST'er, mRNA'er, hele genomer); og en række analyser baseret på kmers.

Denne pakke indeholder teksthoveder og statiske biblioteker for kmer.

LibMems er er et frit tilgængeligt programudviklingsbibliotek, der understøtter DNA-strengmatchning og komparativ genometik. Blandt andet implementerer libMems en algoritme til at udføre omtrentlig fler-MUM- og fler-MEM-identifikation. Algoritmen bruger »spaced seed«-mønstre sammen med en hashingmetode i seed og udvid-stil for at identificere matchninger. Metoden er effektiv, kræver et maksimum på kun 16 byte per base af den største inddatasekvens og disse data kan lagres eksternet (f.eks. på en disk) for yderligere at reducere hukommelseskravet.

Dette er udviklingspakken indeholdende det statisk lænkede bibliotek og teksthovedfilerne.

Minimap2 er et alsidigt program til sekvenssammenligning for DNA- eller mRNA-sekvenser mod en stor referencedatabase. Typisk brug inkluderer: (1) oversættelse af PacBio- eller Oxford Nanopore-genomlæsninger til det menneskelige genom; (2) finde overlap mellem lange læsninger med fejlrater op til ~15%; (3) opdelt sammenligning af PacBio Iso-Seq eller Nanopore cDNA- eller Direct RNA-læsninger mod et referencegenom; (4) sammenligning af Illumina enkelte eller parrede læsninger; (5) samling til samling-sammenligning; (6) sammenligning af fuldt genom mellem to tæt relaterede arter med divergens under ~15%.

Denne pakke indeholder C-biblioteksteksthoveder til at bruge minimap i tilpassede værktøjer, sammen med et statisk bibliotek.

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

This package contains the development files.

MUSCLE er et flerjusteringsprogram for proteinsekvenseer. MUSCLE står for flersekvenssammenligning efter log-forventning. I forfatternes test opnåede MUSCLE den højeste pointgivning af alle testede programmer i flere målinger for forskellige justeringspræcisioner, og programmet er også et af de hurtigste programmer på markedet.

Dette bibliotek blev udledt fra den originale MUSCLE og omdannet til et bibliotek.

Denne pakke indeholder det statiske bibliotek og hovedfiler.

National Center for Biotechnology Information (NCBI)'s Virtual/Vertical Database (VDB) er en komprimeret kolonneorienteret datavarehusteknologi udviklet oprindelig til behovene for Sequence Read Archive (SRA). Den er unik på den måde, at den bygger databaser fra mindre dele, der kan fungerer uafhængigt som dokumenter, understøtter effektiv kompression, understøtter kryptering og forbliver krypteret på disken, gennemsigtig distribution og ekstern adgang.

Dette er udviklingspakken til at læse VDB-data.

Denne pakke indeholder udviklingsversioner for NCBI's ikkegrafiske C-biblioteker, sammen med de tilsvarende teksthovedfiler.