Debian Med Project
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Summary
Imaging development
sviluppo di pacchetti Debian Med per elaborazione e visualizzazione di immagini

Questo metapacchetto installa pacchetti Debian che possono essere utili per sviluppare applicazioni per l'elaborazione e la visualizzazione di immagini medicali.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Imaging development packages

Official Debian packages with high relevance

Cimg-dev
potente libreria per elaborazione di immagini
Versions of package cimg-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster2.4.5+dfsg-1all
sid2.9.4+dfsg-2all
wheezy1.4.9-2all
bullseye2.9.4+dfsg-2all
squeeze1.3.9-1all
jessie-security1.5.9+dfsg-1+deb8u1all
stretch-security1.7.9+dfsg-1+deb9u2all
stretch1.7.9+dfsg-1all
jessie1.5.9+dfsg-1all
Debtags of package cimg-dev:
devellibrary
roledevel-lib
works-withimage, image:raster
x11library
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

La libreria CImg è un toolkit C++ che fornisce semplici classi e funzioni per caricare, salvare, elaborare e visualizzare immagini nel codice C++ dell'utente. Consiste di un solo file header CImg.h che deve essere incluso nei sorgenti del programma. Contiene utili algoritmi di elaborazione delle immagini per caricare/salvare, ridimensionare/ruotare, filtrare, disegnare oggetti (testo, linee, superfici, ellissi, ...), ecc.

Le istanze delle immagini sono create da una classe capace di rappresentare immagini con fino a 4 dimensioni (da segnali scalari 1-D a volumi 3-D di pixel con valori vettoriali), con tipi di modelli a pixel. Dipende da un numero minimo di librerie: lo si può compilare con le librerie C standard. Non sono necessarie librerie esotiche o dipendenze complesse.

The package is enhanced by the following packages: cimg-doc cimg-examples
Ctn-dev
file di sviluppo per Central Test Node, un'implementazione DICOM
Versions of package ctn-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.2.0~dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
sid3.2.0~dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.2.0~dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.2.0~dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.0.6-13amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch3.2.0~dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ctn-dev:
devellibrary
fieldmedicine:imaging
roledevel-lib
works-withdb, image, image:raster
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DICOM è uno standard per la memorizzazione, annotazione e condivisione di immagini. È ampiamente usato in ambito medico.

Questo pacchetto include i file header e la libreria statica usati per creare programmi che usano la libreria CTN.

Please cite: S.M. Moore, S.A. Hoffman and D.E. Beecher: DICOM Shareware: A Public Implementation of the DICOM Standard 2165:772–781 (1994)
Gmic
GREYC's Magic for Image Computing
Maintainer: Bernd Zeimetz
Versions of package gmic
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.6.0.1-1amd64,armel,armhf,i386
sid2.9.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.7.9+zart-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.5.1.6+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.3.9.0+dfsg-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.9.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.9.7
Debtags of package gmic:
interfacecommandline
roleprogram
works-withimage
Popcon: 283 users (104 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

G'MIC è un'infrastruttura completa e aperta per l'elaborazione di immagini che fornisce svariate interfacce utente diverse per convertire, manipolare, filtrare e visualizzare insiemi di dati generici di immagini, da segnali scalari 1D, a sequenze 3D+t di immagini volumetriche multispettro.

Questo pacchetto contiene il binario autonomo gmic.

Screenshots of package gmic
Libbart-dev
file di sviluppo per BART
Versions of package libbart-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.6.00-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.4.00-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.6.00-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.4.04-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.7.00
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) è un'infrastruttura libera e open source per la ricostruzione di immagini di risonanza magnetica computazionale (Computational Magnetic Resonance Imaging).

Questo pacchetto fornisce gli header e le librerie statiche.

Please cite: Martin Uecker, Sebastian Rosenzweig, H. Christian M. Holme, Moritz Blumenthal, Zhengguo Tan, Xiaoqing Wang, Jonathan I. Tamir and Michael Lustig: BART Toolbox for Computational Magnetic Resonance Imaging.
Libbiosig-dev
libreria di I/O per dati biomedici - file di sviluppo
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.2.1
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BioSig è una libreria per accedere a file in svariati formati di dati biomedici (inclusi EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). L'elenco completo dei formati di file gestiti è disponibile all'indirizzo http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Questo pacchetto fornisce i file header e la libreria statica.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Libcamitk-dev
Computer Assisted Medical Intervention Tool Kit - sviluppo
Versions of package libcamitk-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye4.1.2-4amd64,i386
stretch4.0.4-2amd64,i386
buster4.1.2-3amd64,i386
sid4.1.2-4amd64,i386
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Aiuta i ricercatori e i clinici a collaborare in modo facile e rapido allo scopo di prototipizzare applicazioni CAMI (Intervento medico assistito dal computer) che gestiscono immagini medicali, navigazione chirurgica e simulazioni biomeccaniche.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare applicazioni CamiTK. Fornisce anche l'applicazione per assistente di configurazione di CamiTK per creare nuove estensioni.

Please cite: Céline Fouard, Aurélien Deram, Yannick Keraval and Emmanuel Promayon: CamiTK: a Modular Framework Integrating Visualization, Image Processing and Biomechanical Modeling. :323-354 (2012)
Libcifti-dev
file di sviluppo per CiftiLib
Versions of package libcifti-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CIFTI (Connectivity Informatics Technology Initiative) standardizza i formati di file per l'archiviazione di dati di connettività. Questi formati sono sviluppati dallo Human Connectome Project e altre parti interessate.

CiftiLib è una libreria C++ per I/O su file CIFTI-1 e CIFTI-2, con gestione di accesso su disco e in memoria. Fornisce anche funzionalità per leggere e scrivere file NIfTI-1 e NIfTI-2 generici.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo.

Libcv-dev
pacchetto di transizione per libcv-dev
Versions of package libcv-dev
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.1.0-3+squeeze1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.3.1-11+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.4.9.1+dfsg-1+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy-security2.3.1-11+deb7u4amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.9.1+dfsg1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie-security2.4.9.1+dfsg-1+deb8u2amd64,armel,armhf,i386
upstream4.5.2
Debtags of package libcv-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 13 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto fornisce i file per la transizione da libcv-dev ai pacchetti suddivisi.

Questo pacchetto contiene i file header e la libreria statica necessari per compilare applicazioni che usano OpenCV (Open Computer Vision).

La libreria Open Computer Vision è una raccolta di algoritmi e codice d'esempio per vari problemi relativi alla visione artificiale. La libreria è compatibile con IPL (Image Processing Library di Intel) e, se disponibile, può usare IPP (Integrated Performance Primitives di Intel) per ottenere prestazioni migliori.

OpenCV fornisce tipi di dati e operatori portabili di basso livello e un insieme di funzionalità di alto livello per l'acquisizione video, l'elaborazione e l'analisi di immagini, analisi strutturale, analisi del movimento e inseguimento di oggetti, riconoscimento di oggetti, calibrazione di videocamere e ricostruzione 3D.

Please cite: Gary Bradski and Adrian Kaehler: Learning OpenCV: Computer Vision with the OpenCV Library (2008)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Libedf-dev
libreria European Data Format - sviluppo
Versions of package libedf-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.15-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.10-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

EDFlib è una libreria di programmazione per C/C++ per leggere e scrivere file EDF+/BDF+. (Legge anche i file EDF/BDF di vecchio tipo.) EDF sta per European Data Format. BDF è la versione a 24 bit di EDF.

Header e librerie condivise per edflib.

Libgdcm2-dev
librerie e header di sviluppo per Grassroots DiCoM
Versions of package libgdcm2-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster2.8.8-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.6.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.4-3+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.0.16-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.8.8-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.2.0-14.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package libgdcm2-dev:
devellang:c++, library
roledevel-lib
Popcon: 46 users (100 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Grassroots DiCoM è una libreria C++ per file medicali DICOM. È inglobata automaticamente in Python/C#/Java (tramite swig). Gestisce RAW, JPEG (con e senza perdita di dati), J2K, JPEG-LS, RLE e deflated.

Librerie statiche e header di sviluppo per libgdcm. Non sono necessari per usare GDCM, ma sono necessari per compilare plugin o programmi che linkano libgdcm.

Please cite: David Rodríguez González, Trevor Carpenter, Jano I. van Hemert and Joanna Wardlaw: An open source toolkit for medical imaging de-identification. (PubMed,eprint) European Radiology 20(8):1896-1904 (2010)
Libgdf-dev
libreria di IO per GDF - libreria di sviluppo
Versions of package libgdf-dev
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package libgdf-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 1 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals, formato di dati generico per biosegnali) è pensato per fornire un'archiviazione generica per segnali biologici come EEG, ECG, MEG, ecc.

Questo pacchetto fornisce i file header.

Please cite: Alois Schlögl: GDF – A general dataformat for BIOSIGNALS. The Computing Research Repository abs/cs/0608052 (2006)
Libgiftiio-dev
libreria di IO per il formato dati della superficie corticale GIFTI
Versions of package libgiftiio-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.9-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.9-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.9-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.9-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libgiftiio-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 1 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GIFTI è un formato di file basato su XML per dati della superficie corticale. Questa implementazione IO di riferimento è sviluppata dalla Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI).

Questo pacchetto fornisce i file header e la libreria statica.

Registry entries: SciCrunch 
Libinsighttoolkit4-dev
toolkit di elaborazione di immagini per la registrazione e la segmentazione - sviluppo
Versions of package libinsighttoolkit4-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.6.0-3amd64,i386
stretch4.10.1-dfsg1-1.1amd64,i386
bullseye4.13.3withdata-dfsg1-4amd64,i386
sid4.13.3withdata-dfsg1-4amd64,i386
buster4.12.2-dfsg1-4amd64,i386
Debtags of package libinsighttoolkit4-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 9 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ITK è un toolkit open source per la registrazione e la segmentazione. La segmentazione è il processo di identificazione e di classificazione di dati provenienti da un campionamento digitale, tipicamente un'immagine acquisita da strumentazioni mediche come scanner per la tomografia (CT) o la risonanza magnetica (MRI). La registrazione è l'allineamento o lo sviluppo di corrispondenze fra dati. Ad esempio, in ambiente medico, una scansione CT può essere allineata con una scansione MRI per combinarne le informazioni.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare proprie applicazioni ITK.

Libismrmrd-dev
file di sviluppo per ISMRMRD
Versions of package libismrmrd-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.4.2.1-6amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.3-1amd64,arm64,armel,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.4.2.1-6amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4.0-1amd64,arm64,armel,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il formato ISMRMRD combina una miscela di strutture dati flessibili (intestazioni XML) e strutture fisse (equivalenti alle struct del C) per rappresentare dati MRI.

Inoltre, il formato ISMRMRD specifica anche un'intestazione per le immagini per memorizzare le immagini ricostruite e la libreria C++ di accompagnamento fornisce un modo comodo per scrivere tali immagini in file HDF5 insieme ad array generici per memorizzare strutture dati definite meno bene, es. mappe di sensibilità degli avvolgimenti o altri dati di calibrazione.

Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo.

Libmaxflow-dev
Development files for the maxflow-mincut algorithm
Versions of package libmaxflow-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.5-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This library implements an efficient minimum cut/maximum flow algorithms on graphs that can be used for exact or approximate energy minimization in low-level vision. The algorithm provides a high performance that makes near real-time performance possible. This package provides the development files for the library.

Please cite: Yuri Boykov and Vladimir Kolmogorov: An Experimental Comparison of Min-Cut/Max-Flow Algorithms for Energy Minimization in Vision. (eprint) IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 6(9):1124 - 1137 (2004)
Libmdc2-dev
strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...) (sviluppo)
Versions of package libmdc2-dev
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.10.7-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.10.5-2.1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch0.14.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.13.0-2amd64,armel,armhf,i386
upstream0.21.0
Debtags of package libmdc2-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.

Libreria statica, file include e documentazione per sviluppatori.

Libmia-2.4-dev
libreria per elaborazione di immagini 2D e 3D in scala di grigi, file di sviluppo
Versions of package libmia-2.4-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster2.4.6-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental2.4.7-8~exp1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.3-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.7-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.7-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

libmia comprende un insieme di librerie e plugin per elaborazione di uso generico di immagini 2D e 3D in scala di grigi e per la gestione di base di reticoli triangolari. Le librerie forniscono un'infrastruttura di base e algoritmi generici, che possono essere specializzati specificando i plugin appropriati. Questo pacchetto fornisce i file di sviluppo per la libreria.

The package is enhanced by the following packages: libmia-2.4-doc
Please cite: Gert Wollny, Jean-Jaques Hublin, Maria-J Ledesma-Carbayo, Matthew M. Skinner, Peter Kellman and Thomas Hierl: MIA - A Free and Open Source Software for Gray Scale Medical Image Analysis. (eprint) Source Code for Biology and Medicine 8:20 (2013)
Libmialm-dev
Development files for the MIA landmark library
Versions of package libmialm-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0.9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.8-2amd64,armel,armhf,i386
sid1.0.9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libmialm-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This library implements handling for landmarks and 3D view positioning for optimal landmark visibility, and in-and output of these landmarks. This library is part of the MIA tool chain for medical image analysis. This package contains the development files - headers, shared libraries, and pkg-config files.

Please cite: Gert Wollny, Fritjhoff Kruggel, Thomas Hierl and Jörg Hendricks: Assessment, validation, and visualisation of bony changes in crano-facial surgery. (eprint) (2004)
Libmiaviewit-dev
file di sviluppo per la libreria di visualizzazione 3D
Versions of package libmiaviewit-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.1-1amd64,i386
sid1.0.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.5-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libmiaviewit-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

La libreria per componente aggiuntivo MIA per semplice visualizzazione 3D fornisce un'interfaccia per la visualizzazione di dati 3D generati utilizzando mia-tools. Questi sono i file di sviluppo.

Libminc-dev
MNI medical image format development environment
Versions of package libminc-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.00-6amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3.00-3.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.03-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.1.10-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.4.03-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.03-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.18+cvs20100518-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package libminc-dev:
fieldmedicine, medicine:imaging
roledevel-lib
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License: DFSG free
Git

This package contains the library and headers for libminc2 and libminc_io.

The Minc file format is a highly flexible medical image file format. Minc version 1 is built on top of the NetCDF generalized data format. Minc version 2 is built on top of the HDF data format. This library handles both formats. In each case the format is simple, self-describing, extensible, portable and N-dimensional, with programming interfaces for both low-level data access and high-level volume manipulation. On top of the libraries is a suite of generic image-file manipulation tools. The format, libraries and tools are designed for use in a medical-imaging research environment : they are simple and powerful and make no attempt to provide a pretty interface to users.

Libnifti2-dev
librerie di I/O per il formato dati NIfTI-1 (sviluppo)
Versions of package libnifti2-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Niftilib è un insieme di librerie di I/O per la lettura e la scrittura di file dati nel formato NIfTI-1. NIfTI-1 è un formato binario per l'archiviazione di immagini mediche, tipo risonanza magnetica (RMN) o immagini cerebrali da RMN funzionale (fRMN).

Questo pacchetto fornisce i file header e le librerie statiche di libnifti2.

Libodil-dev
libreria C++11 per lo standard DICOM (file di sviluppo)
Versions of package libodil-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster0.10.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.12.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.12.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Odil sfrutta i costrutti C++ per fornire un'API facile da usare per le diverse parti dello standard DICOM. In Odil sono inclusi: gestione di errori basata su eccezioni, accesso generico a elementi di insiemi di dati, rappresentazione standard JSON e XML di insiemi di dati, implementazione generica di messaggi, client e server per i vari protocolli DICOM.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

Libopenigtlink-dev
Open IGT Link, semplice protocollo di rete - sviluppo
Versions of package libopenigtlink-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.10.5-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye1.11.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.11.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.11.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.11.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream3.0
Debtags of package libopenigtlink-dev:
devellibrary
roledevel-lib
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License: DFSG free
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Open IGT Link è un semplice protocollo di rete pensato per tracker, robot e altri dispositivi per inviare dati all'applicazione principale. Alcuni dispositivi potrebbero anche accettare comandi.

Alcune applicazioni d'esempio sono:

  • guida stereotassica per la chirurgia usando sensori ottici della posizione e software per la visualizzazione di immagini medicali;
  • guida per video-chirurgia usando MRI in tempo reale e software per la visualizzazione di immagini medicali;
  • interventi assistiti da robot usando dispositivi robotici e software di pianificazione chirurgica.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare le proprie applicazioni IGT.

Libopenmeeg-dev
openmeeg library -- development files
Versions of package libopenmeeg-dev
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.0.0.dfsg-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.0.0.dfsg-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package libopenmeeg-dev:
devellibrary
roledevel-lib
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License: DFSG free
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OpenMEEG consists of state-of-the art solvers for forward problems in the field of MEG and EEG. Solvers are based on the symmetric Boundary Element method [Kybic et al, 2005], providing excellent accuracy, particularly for superficial cortical sources. OpenMEEG can compute four types of lead fields (EEG, MEG, Internal Potential and Electrical Impedence Tomography).

This package provides static libraries and header files.

Please cite: Alexandre Gramfort, Théodore Papadopoulo, Emmanuel Olivi and Maureen Clerc: OpenMEEG: opensource software for quasistatic bioelectromagnetics. (PubMed,eprint) BioMedical Engineering OnLine 9:45 (2010)
Libopenslide-dev
file di sviluppo per la libreria OpenSlide
Versions of package libopenslide-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.4.0-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.2.6-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.4.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.4.1+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.4.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.4.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libopenslide-dev:
devellibrary
roledevel-lib
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License: DFSG free
Git

OpenSlide è una libreria C che fornisce una semplice interfaccia per leggere immagini whole-slide, anche conosciute come slide virtuali.

Le immagini whole-slide, conosciute anche come slide virtuali, occupano molto spazio, sono immagini ad alta risoluzione usate in patologia digitale. Leggere queste immagini tramite strumenti o librerie per immagini standard è problematico, poiché questi strumenti sono tipicamente progettati per immagini che possono essere comodamente decompresse in RAM o in un file swap. Le immagini whole-slide di norma eccedono la dimensione della RAM, occupando spesso decine di gigabyte quando sono decompresse. In aggiunta, le immagini whole-slide sono tipicamente a multi-risoluzione e solo una piccola quantità di dati delle immagini può essere necessaria ad una determinata risoluzione.

Questa libreria attualmente gestisce:

  • Aperio (.svs, .tif),
  • Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi),
  • Leica (.scn),
  • MIRAX (.mrxs),
  • Sakura (.svslide),
  • Trestle (.tif),
  • TIFF generiche affiancate (.tif).

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare applicazioni OpenSlide.

Registry entries: OMICtools 
Libopensurgsim-dev
piattaforma libera per simulazione chirurgica - sviluppo
Versions of package libopensurgsim-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster0.7.0-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
stretch0.7.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.7.0-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.7.0-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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License: DFSG free
Git

OpenSurgSim è un toolkit in C++ per sviluppare simulazioni chirurgiche in tempo reale. Permette di creare simulatori utilizzando i blocchi costruttivi inclusi, come gestione dei dispositivi di input, risposta al tatto, grafica, rilevamento delle collisioni e simulazione della fisica.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare proprie applicazioni OpenSurgSim.

Please cite: Timothy Kelliher, Julien Lenoir, Paul Novotny and Harald Scheirich: Open Surgical Simulation (OSS) – A Community Resource. Medicine Meets Virtual Reality 21: NextMed/MMVR21 :197-203 (2014)
Libpapyrus3-dev
DICOM compatible file format library
Versions of package libpapyrus3-dev
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.7.1-1amd64,armel,armhf,i386
buster3.7.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.7.1+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.7.1+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libpapyrus3-dev:
devellibrary
roledevel-lib
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License: DFSG free
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PAPYRUS 3.0 file format based on the new DICOM 3.0 Standard addresses the open interchange of medical images in files or on removable storage media. This specific implementation of the DICOM standard is intended as a generic solution for interchange of multi-modality medical images on removable media. It can also be used for convenient exchange of image data between different computer systems through industry standard file transfer mechanisms. Finally it can also be used for storage and archival of medical image data in a DICOM compatible format.

This package contains the libraries needed to run PAPYRUS 3.0 applications.

Please cite: O. Ratib, H. Hoehn, C. Girard and C. Parisot: PAPYRUS 3.0: DICOM-compatible file format. (PubMed,eprint) Medical Informatics 19(2):171-178 (1994)
Libsight-dev
Sight header files
Versions of package libsight-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid20.2.0-2amd64,i386
bullseye20.2.0-2amd64,i386
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License: DFSG free
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The Surgical Image Guidance and Healthcare Toolkit aims to ease the creation of applications based on medical imaging. It includes various features such as 2D and 3D digital image processing, visualization, augmented reality and medical interaction simulation. It runs on many different environments (Windows, Linux, macOS), is written in C++, and features rapid interface design using XML files.

Sight was formerly known as FW4SPL. It was renamed in 2018, firstly to make its purpose clearer, and secondly as part of a major change in design and in the governance of the development team.

This package contains the development files.

Libsimpleitk1-dev
development files for SimpleITK
Versions of package libsimpleitk1-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.1-3amd64,i386
buster1.0.1-3amd64,i386
upstream2.0.2
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License: DFSG free
Git

SimpleITK is an image analysis toolkit with a large number of components supporting general filtering operations, image segmentation and registration. It is built on top of the Insight Segmentation and Registration Toolkit ITK with the intent of providing a simplified interface to ITK. SimpleITK itself is written in C++ but is available for a large number of programming languages.

This package provides the development files.

Registry entries: OMICtools 
Libteem-dev
strumenti per elaborare e visualizzare dati e immagini scientifici - sviluppo
Versions of package libteem-dev
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.11.0~svn6057-1.1amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,s390x
bullseye1.12.0~20160122-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.12.0~20160122-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.11.0~svn5226-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.11.0~svn5226-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package libteem-dev:
devellibrary
roledevel-lib
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License: DFSG free
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Teem è un gruppo coordinato di librerie per rappresentare, elaborare e visualizzare dati scientifici raster. Teem comprende strumenti a riga di comando che permettono di applicare velocemente le funzioni della libreria a file e flussi, senza dover scrivere codice. Le librerie più importanti e utili in Teem sono:

  • Nrrd (e lo strumento a riga di comando unu che ne fa uso) gestisce una gamma di operazioni per trasformare dati raster a N dimensioni (ricampionamento, ritaglio, estrazione, proiezione, istogramma, ecc.), così come il formato di file NRRD per memorizzare array e le loro meta-informazioni;
  • Gage: veloci misurazioni basate su convoluzione in posizioni di punti arbitrari in insiemi di dati di volume (scalare, vettore, tensore, ecc.);
  • Mite: uno strumento di rendering ray-casting multi-thread con funzioni di trasferimento basate su qualsiasi quantità misurabile da Gage;
  • Ten: per stima, elaborazione e visualizzazione di campi tensoriali di diffusione, compresi metodi di trattografia di fibre.

Questo pacchetto fornisce i file header di Teem necessari per compilare programmi C++ che usano Teem per fare visualizzazioni 3D.

Libvia-dev
libreria per analisi di immagini volumetriche
Versions of package libvia-dev
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.0.4-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.6.0-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package libvia-dev:
devellibrary
roledevel-lib
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

VIA è una suite per analisi di immagini volumetriche. Le librerie incluse forniscono circa 70 funzioni per analisi di immagini.

Questo pacchetto fornisce i file header e le librerie statiche di vialib, vxlib e viaio.

Libvigraimpex-dev
file di sviluppo per la libreria C++ di visione artificiale
Versions of package libvigraimpex-dev
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.10.0+git20160211.167be93+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.7.0+dfsg-7amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.10.0+git20160211.167be93+dfsg1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.11.1+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.7.1+dfsg1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.11.1+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.9.0+dfsg-10amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package libvigraimpex-dev:
devellang:c++, library
roledevel-lib
works-withimage, image:raster
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License: DFSG free
Git

VIGRA (Vision with Generic Algorithms, visione con algoritmi generici) è una libreria per visione artificiale che pone particolare attenzione sugli algoritmi flessibili, perché gli algoritmi rappresentano la principale conoscenza pratica in questo campo. La libreria è stata di conseguenza creata usando programmazione generica come introdotta da Stepanov e Musser ed esemplificata nella Standard Template Library C++. Mediante la scrittura di pochi adattatori (iteratori e metodo di accesso per immagini) è possibile usare gli algoritmi di VIGRA nelle proprie strutture dati, all'interno del proprio ambiente.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo e gli header necessari per compilare programmi e pacchetti che usano VIGRA.

Libvistaio-dev
Development files for the libvistaio library
Versions of package libvistaio-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.2.19-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2.16-2amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.19-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.19-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libvistaio-dev:
devellibrary
roledevel-lib
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Vistaio is a library that handles loading and storing of data in a cross-platform manner. Its virtue is that the otherwise binary files provide an ascii header that makes it easy to get information about the contens of a file. It supports a variety of data types like images, vector fields and graphs. This is the development package containing the header files, and pkg-config script, and man pages.

Libvolpack1-dev
fast volume rendering library (development package)
Versions of package libvolpack1-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0b3-5amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.0b3-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.0b3-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0b3-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0b3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0b3-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0b3-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package libvolpack1-dev:
fieldmedicine:imaging
roledevel-lib
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

VolPack is a software library for fast, high-quality volume rendering with this features:

  • Renders data sampled on a regular, three-dimensional grid.
  • Supports user-specified transfer functions for both opacity and color.
  • Provides a shading model with directional light sources, multiple material types with different reflective properties, depth cueing, and shadows.
  • Produces color (24 bits/pixel) or grayscale (8 bits/pixel) renderings, with or without an alpha channel.
  • Supports arbitrary affine view transformations.
  • Supports a flexible data format that allows an arbitrary C structure to be associated with each voxel.

This is the development package.

Libvtk-dicom-dev
DICOM per VTK - sviluppo
Versions of package libvtk-dicom-dev
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.7.10-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.8.12-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.8.12-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto contiene un insieme di classi per gestire file e metadati DICOM dall'interno di VTK, e alcuni programmi di utilità per interrogare e convertire file DICOM.

Header di sviluppo.

Libvtk7-dev
file header VTK
Versions of package libvtk7-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster7.1.1+dfsg1-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid7.1.1+dfsg2-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye7.1.1+dfsg2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 39 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il Visualization Toolkit (VTK) è un sistema software open source per la computer grafica 3D, l'elaborazione e la visualizzazione di immagini.

Questo pacchetto fornisce i file header VTK richiesti per compilare programmi C++ che utilizzano VTK per fare visualizzazione 3D.

Libxdf-dev
C++ library for loading XDF files (headers and static lib)
Versions of package libxdf-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster0.98+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.99.6+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.99.6+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Libxdf is a cross-platform C++ library for loading multimodal, multi- rate signals stored in XDF files. Libxdf is used in the biosignal viewing application SigViewer. It can also be integrated into other C++ applications.

This package contains the header files and the static library

Octave-bart
collegamenti Octave per BART
Versions of package octave-bart
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.6.00-3all
stretch0.4.00-1all
sid0.6.00-3all
buster0.4.04-2all
upstream0.7.00
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) è un'infrastruttura libera e open source per la ricostruzione di immagini di risonanza magnetica computazionale (Computational Magnetic Resonance Imaging).

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Octave per BART.

Please cite: Martin Uecker, Sebastian Rosenzweig, H. Christian M. Holme, Moritz Blumenthal, Zhengguo Tan, Xiaoqing Wang, Jonathan I. Tamir and Michael Lustig: BART Toolbox for Computational Magnetic Resonance Imaging.
Octave-dicom
manipola file DICOM in Octave
Versions of package octave-dicom
ReleaseVersionArchitectures
sid0.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.2.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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DICOM (Digital communications in medicine) è uno standard per informazioni originariamente creato per trasferire immagini, che ora ha a che fare con un'ampia gamma di dati medici.

Questo pacchetto fornisce funzioni per leggere e (infine) scrivere file DICOM in Octave, un software per calcolo scientifico. Le funzioni nel pacchetto sono pensate per avere usi simili alle funzioni dicom in Matlab Image Processing Toolbox. In Octave esse sono separate: la maggior parte degli utenti del pacchetto per immagini non userà dicom e la sua dipendenza potrebbe essere considerata un problema.

Questo pacchetto di componenti aggiuntivi di Octave fa parte del progetto Octave-Forge.

Octave-gdf
libreria di IO per GDF - interfaccia ad Octave
Versions of package octave-gdf
ReleaseVersionArchitectures
buster0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch0.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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GDF (General Dataformat for Biosignals, formato di dati generico per biosegnali) è pensato per fornire un'archiviazione generica per segnali biologici come EEG, ECG, MEG, ecc.

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Octave per libgdf.

Please cite: Alois Schlögl: GDF – A general dataformat for BIOSIGNALS. The Computing Research Repository abs/cs/0608052 (2006)
Odin
sviluppa, simula ed esegue sequenze di risonanza magnetica
Versions of package odin
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.8.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.0.4-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.0.4-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.8.8-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.8.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 19 users (18 upd.)*
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ODIN è un'infrastruttura per immagini da risonanza magnetica (MRI). Copre l'intera catena di strumenti di MRI, dall'acquisizione di dati a basso livello alla ricostruzione dell'immagine. In particolare, ha l'obiettivo di una rapida prototipazione di sequenze MRI. Le sequenze possono essere programmate usando un'interfaccia di programmazione C++, orientata agli oggetti, di alto livello. Fornisce strumenti avanzati di analisi delle sequenze, come il disegno interattivo di traiettorie nello spazio k, un'interfaccia utente per un ciclo compilazione-link-test veloce e un potente simulatore di MRI che gestisce differenti campioni virtuali. Per una ricostruzione dell'immagine veloce e flessibile, ODIN contiene un'infrastruttura di elaborazione dati molto personalizzabile e multi-thread.

Screenshots of package odin
Python3-biosig
collegamenti Python 3 per la libreria BioSig
Versions of package python3-biosig
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.1.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.9.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.2.1
Popcon: 0 users (0 upd.)*
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Questo pacchetto fornisce i collegamenti Python 3 per la libreria BioSig. L'obiettivo principale consiste in un'interfaccia di I/O ad una varietà di formati di file biomedici che include, ma non si limita a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF e EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Python3-brian
simulatore per reti neurali spiking
Versions of package python3-brian
ReleaseVersionArchitectures
sid2.4.2-6all
bullseye2.4.2-6all
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Brian è un simulatore per reti neurali spiking guidato dal tempo. È progettato con un'enfasi su flessibilità ed estensibilità, per lo sviluppo rapido e l'affinamento di modelli neurali. I modelli dei neuroni sono specificati dall'utente con insiemi di equazioni differenziali, condizioni di soglia e condizioni di ripristino (date come stringhe). L'attenzione è principalmente su reti di modelli di neuroni a compartimento singolo (es. neuroni di tipo Hodgkin-Huxley o integra-e-spara con perdita). Le funzionalità includono:

  • un sistema per specificare quantità con dimensioni fisiche;
  • integrazione numerica esatta per equazioni differenziali lineari;
  • integrazione di Eulero, Runge-Kutta ed esponenziale di Eulero per equazioni differenziali non lineari;
  • connessioni sinaptiche con ritardi;
  • plasticità a breve termine e a lungo termine (plasticità dipendente dalla tempistica degli spike);
  • una libreria di componenti modello standard che include equazioni integra-e-spara, sinapsi e correnti ioniche;
  • strumenti per fare automaticamente il fitting di modelli di neuroni spiking su registrazioni elettrofisiologiche.
Please cite: D.F. Goodman and R. Brette: Brian: A Simulator for Spiking Neural Networks in Python. (PubMed,eprint) Frontiers in Neuroinformatics 2(5) (2008)
Python3-dipy
Python library for the analysis of diffusion MRI datasets
Versions of package python3-dipy
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.3.0-2all
sid1.3.0-2all
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DIPY is a software project for computational neuroanatomy. It focuses on diffusion magnetic resonance imaging (dMRI) analysis and tractography but also contains implementations of other computational imaging methods such as denoising and registration that are applicable to the greater medical imaging and image processing communities. Additionally, DIPY is an international project which brings together scientists across labs and countries to share their state-of-the-art code and expertise in the same codebase, accelerating scientific research in medical imaging.

Here are some of the highlights:

  • Reconstruction algorithms: CSD, DSI, GQI, DTI, DKI, QBI, SHORE and MAPMRI
  • Fiber tracking algorithms: deterministic and probabilistic
  • Native linear and nonlinear registration of images
  • Fast operations on streamlines (selection, resampling, registration)
  • Tractography segmentation and clustering
  • Many image operations, e.g., reslicing or denoising with NLMEANS
  • Estimation of distances/correspondences between streamlines and connectivity matrices
  • Interactive visualization of streamlines in the space of images

This package contains the Python 3 version.

Please cite: Eleftherios Garyfallidis, Matthew Brett, Vassilis Tsiaras, George Vogiatzis and Ian Nimmo-Smith: Identification of corresponding tracks in diffusion MRI tractographies. (eprint) Proc. Intl. Soc. Mag. Reson. Med. 18 (2010)
Python3-gdcm
collegamenti Python per Grassroots DICOM
Versions of package python3-gdcm
ReleaseVersionArchitectures
buster2.8.8-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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Versions and Archs
License: DFSG free
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Grassroots DiCoM è una libreria C++ per file medicali DICOM. È inglobata automaticamente in Python/C#/Java (tramite swig). Gestisce RAW, JPEG (con e senza perdita di dati), J2K, JPEG-LS, RLE e deflated.

Collegamenti Python alla libreria GDCM DICOM.

Please cite: David Rodríguez González, Trevor Carpenter, Jano I. van Hemert and Joanna Wardlaw: An open source toolkit for medical imaging de-identification. (PubMed,eprint) European Radiology 20(8):1896-1904 (2010)
Python3-imageio
libreria per leggere e scrivere dati di immagini (Python 3)
Versions of package python3-imageio
ReleaseVersionArchitectures
sid2.4.1-3all
buster2.4.1-2all
bullseye2.4.1-3all
upstream2.9.0
Popcon: 50 users (24 upd.)*
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License: DFSG free
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Imageio è una libreria Python che fornisce una facile interfaccia per leggere e scrivere un'ampia gamma di dati di immagini, inclusi immagini animate, video, dati volumetrici e formati scientifici.

Questo pacchetto fornisce la libreria per Python 3.

Python3-mia
collegamenti Python 3 per la libreria di elaborazione immagini MIA
Versions of package python3-mia
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.1.6-1amd64,i386
sid0.1.9-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.1.9-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.1.9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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MIA è costituito da un insieme di strumenti, librerie e plugin per l'elaborazione generica di immagini 2D e 3D in toni di grigio e manipolazione di base di reticoli di triangoli. Le librerie forniscono un'infrastruttura di base e algoritmi generici, che possono essere specializzati specificando i plugin appropriati. Questo pacchetto fornisce i collegamenti Python 3.

Please cite: Gert Wollny, Jean-Jaques Hublin, Maria-J Ledesma-Carbayo, Matthew M. Skinner, Peter Kellman and Thomas Hierl: MIA - A Free and Open Source Software for Gray Scale Medical Image Analysis. (eprint) Source Code for Biology and Medicine 500 (2013)
Python3-mne
moduli Python per analisi di dati MEG e EEG
Versions of package python3-mne
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.19.1+dfsg-1all
sid0.19.1+dfsg-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Questo pacchetto è progettato per analisi nello spazio dei sensori e delle sorgenti di dati MEG e EEG, incluse analisi nel dominio della frequenza e tempo-frequenza e statistiche non parametriche.

Python3-nibabel
collegamenti Python 3 a vari formati di dati per neuroimmagini
Versions of package python3-nibabel
ReleaseVersionArchitectures
buster2.3.2-1all
bullseye3.2.1-2all
sid3.2.1-2all
stretch2.1.0-1all
Popcon: 50 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

NiBabel fornisce accesso in lettura e scrittura ad alcuni formati di file comuni per neuroimmagini e file medicali, inclusi: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, così come PAR/REC. Le varie classi per formato per immagini danno accesso pieno o selettivo alle informazioni delle intestazioni (metainformazioni) e l'accesso ai dati dell'immagine è reso disponibile attraverso matrici NumPy. NiBabel è il successore di PyNIfTI.

Python3-nipy
Analysis of structural and functional neuroimaging data
Versions of package python3-nipy
ReleaseVersionArchitectures
sid0.4.3~rc1-1all
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

NiPy is a Python-based framework for the analysis of structural and functional neuroimaging data. It provides functionality for

  • General linear model (GLM) statistical analysis
  • Combined slice time correction and motion correction
  • General image registration routines with flexible cost functions, optimizers and re-sampling schemes
  • Image segmentation
  • Basic visualization of results in 2D and 3D
  • Basic time series diagnostics
  • Clustering and activation pattern analysis across subjects
  • Reproducibility analysis for group studies
Please cite: K. Jarrod Millman and Matthew Brett: Analysis of functional magnetic resonance imaging in Python (eprint) Computing in Science & Engineering 9(3):52-55 (2007)
Python3-nipype
catena di elaborazione dati per l'analisi di neuroimmagini in Python 3
Versions of package python3-nipype
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.6.0-2all
sid1.6.0-2all
Popcon: 29 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Nipype interfaccia Python con altri pacchetti per neuroimmagini e crea un'API per specificare una completa catena di elaborazione dati per analisi in Python. Attualmente ha interfacce per SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, ma potrebbe essere estesa ad altri pacchetti (come lipsia).

Please cite: SS Ghosh, C Burns, D Clark, K Gorgolewski, YO Halchenko, C Madison, R Tungaraza and KJ Millman: Nipype: Opensource platform for unified and replicable interaction with existing neuroimaging tools (eprint) 16th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping :106 (2010)
Python3-nitime
timeseries analysis for neuroscience data (nitime)
Versions of package python3-nitime
ReleaseVersionArchitectures
sid0.9-1all
bullseye0.9-1all
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Nitime is a Python module for time-series analysis of data from neuroscience experiments. It contains a core of numerical algorithms for time-series analysis both in the time and spectral domains, a set of container objects to represent time-series, and auxiliary objects that expose a high level interface to the numerical machinery and make common analysis tasks easy to express with compact and semantically clear code.

Python3-openslide
wrapper Python 3 per leggere file di immagini whole-slide
Versions of package python3-openslide
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.1.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.1-5all
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

OpenSlide è una libreria C che fornisce una semplice interfaccia per leggere immagini whole-slide, anche conosciute come slide virtuali.

Le immagini whole-slide, conosciute anche come slide virtuali, occupano molto spazio, sono immagini ad alta risoluzione usate in patologia digitale. Leggere queste immagini tramite strumenti o librerie per immagini standard è problematico, poiché questi strumenti sono tipicamente progettati per immagini che possono essere comodamente decompresse in RAM o in un file swap. Le immagini whole-slide di norma eccedono la dimensione della RAM, occupando spesso decine di gigabyte quando sono decompresse. In aggiunta, le immagini whole-slide sono tipicamente a multi-risoluzione e solo una piccola quantità di dati delle immagini può essere necessaria ad una determinata risoluzione.

Questa libreria attualmente gestisce:

  • Aperio (.svs, .tif),
  • Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi),
  • Leica (.scn),
  • MIRAX (.mrxs),
  • Sakura (.svslide),
  • Trestle (.tif),
  • TIFF generiche affiancate (.tif).

Questo pacchetto contiene il modulo Python 3 necessario per eseguire applicazioni OpenSlide.

Python3-pydicom
lettura e scrittura di file medicali DICOM (Python 3)
Versions of package python3-pydicom
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.0.0-1all
buster1.2.1-1all
sid2.0.0-1all
Popcon: 28 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

pydicom è un modulo in Python puro per l'analisi di file DICOM. DICOM è uno standard (http://medical.nema.org) per comunicare le immagini medicali e le informazioni relative, come rapporti e oggetti di radioterapia.

pydicom rende facile la lettura di file DICOM in naturali strutture pythoniche per una facile manipolazione. Gli insiemi di dati modificati posso essere nuovamente scritti su file in formato DICOM.

Questo pacchetto installa il modulo per Python 3.

Python3-pyxnat
interfaccia per accedere a dati di neuroimmagini su server XNAT
Versions of package python3-pyxnat
ReleaseVersionArchitectures
sid1.4-1all
bullseye1.4-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

pyxnat è una semplice libreria Python che si basa sull'API REST fornita dalla piattaforma XNAT a partire dalla sua versione 1.4. XNAT è un database estensibile per dati di neuroimmagini. L'obiettivo principale è di facilitare la comunicazione con un server XNAT per usare come plugin strumenti esterni o script Python per elaborare i dati. Ha:

  • funzionalità di navigazione delle risorse;
  • accesso in lettura e scrittura alle risorse;
  • ricerche complesse;
  • cache su disco dei file richiesti e delle risorse.
Python3-simpleitk
Python bindings for SimpleITK
Versions of package python3-simpleitk
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.1-3amd64,i386
buster1.0.1-3amd64,i386
upstream2.0.2
Popcon: 2 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
Git

SimpleITK is an image analysis toolkit with a large number of components supporting general filtering operations, image segmentation and registration. It is built on top of the Insight Segmentation and Registration Toolkit ITK with the intent of providing a simplified interface to ITK. SimpleITK itself is written in C++ but is available for a large number of programming languages.

This package provides the Python bindings.

Registry entries: OMICtools 
Python3-vigra
collegamento Python 3 per la libreria C++ di visione artificiale
Versions of package python3-vigra
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.11.1+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.11.1+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

VIGRA (Vision with Generic Algorithms, visione con algoritmi generici) è una libreria per visione artificiale che pone particolare attenzione sugli algoritmi flessibili, perché gli algoritmi rappresentano la principale conoscenza pratica in questo campo. La libreria è stata di conseguenza creata usando programmazione generica come introdotta da Stepanov e Musser ed esemplificata nella Standard Template Library C++. Mediante la scrittura di pochi adattatori (iteratori e metodo di accesso per immagini) è possibile usare gli algoritmi di VIGRA nelle proprie strutture dati, all'interno del proprio ambiente.

Questo pacchetto esporta la funzionalità della libreria VIGRA in Python 3.

R-cran-rniftilib
interfaccia GNU/R a NIFTICLIB
Versions of package r-cran-rniftilib
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.0-35.r79-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.0-35.r79-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.0-32-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.0-35.r79-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.0-35.r79-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 12 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Interfaccia R a nifticlib (nifticlib-2.0.0) (lettura/scrittura di immagini di volumi ANALYZE™ 7.5/NIfTI-1)

Please cite: Gesa Hartwigsen, Annette Baumgaertner, Cathy J. Price, Maria Koehnke, Stephan Ulmer and Hartwig R. Siebner: Phonological decisions require both the left and right supramarginal gyri. (PubMed,eprint) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 107(38):16494-9 (2010)

Official Debian packages with lower relevance

Libcamp-dev
libreria di riflessione multiuso per C++ (file di sviluppo)
Versions of package libcamp-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster0.8.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.8.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.8.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CAMP è una libreria di riflessione multiuso sviluppata da Technogerma Systems France (http://www.tegesoft.com). Fornisce un'astrazione per la maggior parte dei concetti di alto livello del C++:

  • classi;
  • enumerazioni;
  • proprietà;
  • funzioni;
  • oggetti;
  • variabili. Facendo il wrapping di tutti questi concetti con strutture astratte, CAMP fornisce un ulteriore livello di flessibilità ai programmi e gli permette di esporre completamente le loro strutture di dati durante l'esecuzione. Molte applicazioni possono sfruttare CAMP per automatizzare compiti che altrimenti richiederebbero un'enorme quantità di lavoro. Per esempio, CAMP può essere usata per esporre e modificare gli attributi degli oggetti in un'interfaccia utente grafica. Può essere usata per fare collegamenti automatici di classi C++ per linguaggi di scripting come Python o Lua. Un'altra applicazione possibile sarebbe la serializzazione di oggetti in formato XML, di testo o binario, oppure si possono anche unire tutti questi esempi per fornire un'interfaccia potente e uniforme per manipolare oggetti esternamente al codice C++.

Questo pacchetto contiene i file necessari per lo sviluppo.

Libeegdev-dev
Biosignal acquisition device library (Development files)
Versions of package libeegdev-dev
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.2-3.1amd64,armel,armhf,i386
sid0.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.2-3.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libeegdev-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

eegdev is a library that provides a unified interface for accessing various EEG (and other biosignals) acquisition systems. This interface has been designed to be both flexible and efficient. The device specific part is implemented by the means of plugins which makes adding new device backend fairly easy even if the library does not support them yet officially.

The core library not only provides to users a unified and consistent interface to the acquisition device but it also provides many functionalities to the device backends (plugins) ranging from configuration to data casting and scaling making writing new device backend an easy task.

This library is particularly useful to handle the acquisition part of a Brain Computer Interface (BCI) or any realtime multi-electrode acquisition in neurophysiological research.

This package contains the files needed to compile and link programs which use eegdev. It provides also the headers needed to develop new device plugins. The manpages and examples are shipped in this package.

Libfreeimage-dev
libreria di supporto per i formati di immagini grafiche (file di sviluppo)
Versions of package libfreeimage-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie-security3.15.4-4.2+deb8u2amd64,armel,armhf,i386
stretch-security3.17.0+ds1-5+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386
jessie3.15.4-4.2+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy-security3.15.1-1.1+deb7u1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.15.1-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.10.0-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.18.0+ds2-1+deb10u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster-security3.18.0+ds2-1+deb10u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.18.0+ds2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.18.0+ds2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.17.0+ds1-5+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libfreeimage-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 44 users (109 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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FreeImage è un progetto per libreria C/C++ Open Source per gli sviluppatori a cui piacerebbe gestire i popolari formati grafici per immagini, come PNG, BMP, JPEG, TIFF e altri, come richiesto dalle odierne applicazioni multimediali. FreeImage è facile da usare, veloce, con gestione sicura dei thread e multipiattaforma (funziona su Linux, Windows a 32 bit e Mac OS X).

Questo pacchetto contiene gli header e le librerie statiche necessari per sviluppare programmi che usano FreeImage.

Libics-dev
Image Cytometry Standard file reading and writing (devel)
Versions of package libics-dev
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.5.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.6.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.5.2-6amd64,armel,armhf,i386
stretch1.5.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libics-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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This is the reference library for ICS (Image Cytometry Standard), an open standard for writing images of any dimensionality and data type to file, together with associated information regarding the recording equipment or recorded subject.

This package contains the libraries needed to build ICS applications.

Liblimereg-dev
libreria per registrazione di immagini leggera [file di sviluppo]
Versions of package liblimereg-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.4.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Liblimereg allinea automaticamente l'una con l'altra due immagini con un contenuto simile. Date due immagini 2D l'algoritmo restituisce i parametri della trasformazione rigida identificata per il migliore allineamento possibile (spostamento, rotazione). Ci sono anche funzioni per una trasformazione rigida delle immagini (spostamento, rotazione) e per creare una immagine differenza a partire da due immagini.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header.

Libnifti-doc
documentazione dell'API della libreria NIfTI
Versions of package libnifti-doc
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0.0-2all
buster2.0.0-3all
sid2.0.0+git186-g84740c2-1all
sid3.0.1-8all
bullseye3.0.1-8all
squeeze2.0.0-1all
wheezy2.0.0-1all
stretch2.0.0-2all
Debtags of package libnifti-doc:
develdoc, lang:c, library
made-ofhtml
roledocumentation, source
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Niftilib è un insieme di librerie di I/O per la lettura e la scrittura di file dati nel formato NIfTI-1. NIfTI-1 è un formato binario per l'archiviazione di immagini mediche, tipo risonanza magnetica (RMN) o immagini cerebrali da RMN funzionale (fRMN).

Questo pacchetto fornisce la documentazione di riferimento dell'API della libreria.

Libvtk6-dev
file header VTK
Versions of package libvtk6-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie6.1.0+dfsg2-6amd64,armel,armhf,i386
bullseye6.3.0+dfsg2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.3.0+dfsg2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch6.3.0+dfsg1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.3.0+dfsg2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libvtk6-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 17 users (76 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Il Visualization Toolkit (VTK) è un sistema software open source per la computer grafica 3D, l'elaborazione e la visualizzazione di immagini.

Questo pacchetto fornisce i file header VTK richiesti per compilare programmi C++ che utilizzano VTK per fare visualizzazione 3D.

Libxdffileio-dev
Library to read/write EEG data file formats (development files)
Versions of package libxdffileio-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster0.3-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.3-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.3-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye0.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libxdffileio-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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xdffileio is a library that provides a unified interface for writing and reading various biosignal file formats in realtime (i.e. streaming). It has been designed to provide a flexible, consistent and generic interface to all supported file formats while minimizing the overhead the function calls: the heaviest operations (type casting, scaling and formatting) are offloaded into a separated thread. This design makes its particularly suitable to be directly used in a data acquisition loop (like in electrophysiology recording or in Brain-Computer Interfaces (BCI)).

The genericity of the interface makes trivial various operations like transformation of a recorded file or its conversion to another file format. xdffileio currently supports EDF, BDF, GDF1 and GDF2 file formats and more will be added in future.

This package contains the files needed to compile and link programs which use xdffileio.

Tifffile
legge e scrive dati immagine da e su file TIFF
Versions of package tifffile
ReleaseVersionArchitectures
wheezy20120421-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster20181128-1+deb10u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream20210408
Popcon: 9 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
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Le immagini e i metadati possono essere letti da file TIFF, BigTIFF, OME-TIFF, STK, LSM, NIH, ImageJ, MicroManager, FluoView, SEQ e GEL.

È gestito solo un sottoinsieme della specifica TIFF, per lo più immagini in scala di grigi e RGB(A) senza compressione e con compressione senza perdita di dati con interi a 2**(da 0 a 6) bit e 16, 32, 64 bit in virgola mobile, che sono comunemente usate nelle immagini bio-scientifiche. Nello specifico, non è gestita la lettura di dati immagine JPEG/TIFF compressi o di metadati EXIF/IPTC/GPS/XMP. Solo i record delle informazioni primarie sono letti dai formati immagine STK, FluoView, MicroManager e NIH.

Il formato TIFF (Tagged Image File Format) è sotto il controllo di Adobe Systems. BigTIFF permette di avere file più grandi di 4 GB. STK, LSM, FluoView, SEQ, GEL e OME-TIFF sono estensioni personalizzate definite, rispettivamente, da MetaMorph, Carl Zeiss MicroImaging, Olympus, Media Cybernetics, Molecular Dynamics e il consorzio Open Microscopy Environment.

Debian packages in contrib or non-free

Libvmtk-dev
shared links and header files for vmtk
Versions of package libvmtk-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3+dfsg-2.3 (non-free)amd64,i386
wheezy1.0.1-1 (non-free)amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.1-3 (non-free)amd64,armel,armhf,i386
stretch1.3+dfsg-2.1+deb9u1 (non-free)amd64,i386
buster1.3+dfsg-2.3 (non-free)amd64,i386
Debtags of package libvmtk-dev:
devellibrary
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: non-free
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The Vascular Modeling Toolkit is a collection of libraries and tools for 3D reconstruction, geometric analysis, mesh generation and surface data analysis for image-based modeling of blood vessels.

This package contains header files and shared library links.

Please cite: < M. Piccinelli, A. Veneziani, D. A. Steinman, A. Remuzzi and L. Antiga: A framework for geometric analysis of vascular structures: application to cerebral aneurysms.. IEEE Trans Med Imaging 28(8):1141-1155 (2009)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Python-vmtk
Python interface for vmtk
Versions of package python-vmtk
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.0.1-1 (non-free)amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.3+dfsg-2.3 (non-free)amd64,i386
stretch1.3+dfsg-2.1+deb9u1 (non-free)amd64,i386
jessie1.0.1-3 (non-free)amd64,armel,armhf,i386
sid1.3+dfsg-2.3 (non-free)amd64,i386
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: non-free
Git

The Vascular Modeling Toolkit is a collection of libraries and tools for 3D reconstruction, geometric analysis, mesh generation and surface data analysis for image-based modeling of blood vessels.

This package provides the Python interface for vmtk.

Please cite: < M. Piccinelli, A. Veneziani, D. A. Steinman, A. Remuzzi and L. Antiga: A framework for geometric analysis of vascular structures: application to cerebral aneurysms.. IEEE Trans Med Imaging 28(8):1141-1155 (2009)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Emokit
Emotiv EPOC headset Python interface
License: BSD-3
Debian package not available
Git
Language: Python, C

Emotive is an interface to a budget Emotiv EPOC EEG headset.

Libbio-formats-java
reading and writing proprietary microscopy image data and metadata
Versions of package libbio-formats-java
ReleaseVersionArchitectures
VCS6.0.1+dfsg-1all
Versions and Archs
License: LGPL-3+
Debian package not available
Git
Version: 6.0.1+dfsg-1

Bio-Formats is a standalone Java library for reading and writing life sciences image file formats. It is capable of parsing both pixels and metadata for a large number of formats, as well as writing to several formats.

Bio-Formats's primary purpose is to convert proprietary microscopy data into an open standard called the OME data model, particularly into the OME-TIFF file format.

Remark of Debian Med team: This library would enhance the package imagej
Libctk-dev
toolkit for medical imaging application development - devel
Versions of package libctk-dev
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.1.0+git20160903~cdb75ce-1all
Versions and Archs
License: Apache License, Version 2.0
Debian package not available
Git
Version: 0.1.0+git20160903~cdb75ce-1

The goals of CTK are as follows:

  • Provide a unified set of basic programming constructs that are useful for medical imaging applications development
  • Facilitate the exchange and combination of code and data
  • Document, integrate, and adapt successful solutions
  • Avoid the duplication of code and data
  • Continuously extend to new tasks within the scope of the toolkit (medical imaging) without burdening existing tasks

This package provides the CTK header files required to compile C++ programs that use CTK.

Libopenslide-java
java wrapper for reading whole slide image files
Versions of package libopenslide-java
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.12.2-1all
Versions and Archs
License: LGPL-2.1
Debian package not available
Git
Version: 0.12.2-1

OpenSlide is a C library that provides a simple interface to read whole-slide images also known as virtual slides.

Whole-slide images, also known as virtual slides, are large, high resolution images used in digital pathology. Reading these images using standard image tools or libraries is a challenge because these tools are typically designed for images that can comfortably be uncompressed into RAM or a swap file. Whole-slide images routinely exceed RAM sizes, often occupying tens of gigabytes when uncompressed. Additionally, whole-slide images are typically multi-resolution, and only a small amount of image data might be needed at a particular resolution.

This library currently supports:

  • Trestle (.tif)
  • Hamamatsu (.vms, .vmu)
  • Aperio (.svs, .tif)
  • MIRAX (.mrxs)
  • Generic tiled TIFF (.tif)

This package contains the java module needed to run OpenSlide applications.

Unofficial packages built by somebody else

Libmni-perllib-perl
The MNI Perl Library
Responsible: NeuroDebian Team
License: Artistic License

Collection of various Perl module used by other MNI software packages.

Remark of Debian Med team: There was some previous work on this software which is stalled currently

Michael Hanke agreed to take over his stuff from mentors http://mentors.debian.net/cgi-bin/sponsor-pkglist?action=details;package=libmni-perllib-perl to Debian Med svn and start group maintenance.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 204307