Summary
Imaging
pacchetti Debian Med per elaborazione e visualizzazione di immagini
Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian che possono essere utili
nell'elaborazione e nella visualizzazione di immagini medicali.
Da un lato installa svariati pacchetti che gestiscono vari formati di file
immagine e gestioni di immagini come DICOM (Digital Imaging and
Communications in Medicine), che è lo standard di fatto per la gestione di
immagini medicali, e NIFTI. Dall'altro fornisce una varietà di pacchetti
software che possono essere utilizzati per la visualizzazione e per
l'elaborazione di immagini, da un'interfaccia utente grafica, la riga di
comando o implementati in flussi di lavoro.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
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Debian Med Imaging packages
Official Debian packages with high relevance
amide
software per immagini medicali
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Versions of package amide |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.5-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.0.5-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.0.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.5-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.0.5-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package amide: |
field | medicine, medicine:imaging |
role | program |
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License: DFSG free
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AMIDE: (Amide's a Medical Imaging Data Examiner).
AMIDE è uno strumento per visualizzare e analizzare insiemi di dati di
immagini medicali. Tra le sue funzionalità sono incluse: la gestione
simultanea di insiemi di dati multipli importati da diversi formati di
file, la fusione di immagini, il disegno e l'analisi di regioni 3D di
interesse, la resa dei volumi e l'allineamento di corpi rigidi.
Amide importa la maggior parte dei file DICOM clinici (usando la libreria
DCMTK).
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ants
strumento avanzato di normalizzazione per analisi mentali e di immagini
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Versions of package ants |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.1.0-5 | amd64,i386 |
trixie | 2.4.3+dfsg-1 | amd64 |
sid | 2.4.3+dfsg-1 | amd64 |
jessie | 2.1.0~rc2+git3-g9103999-4 | amd64,i386 |
upstream | 2.5.3 |
Debtags of package ants: |
field | medicine:imaging |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | application |
works-with | file, image, image:raster |
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License: DFSG free
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Advanced Normalization Tools (ANTS) è una suite basata su ITK di strumenti
di normalizzazione, segmentazione e costruzione di modelli per l'analisi
morfometrica quantitativa. Molti degli strumenti di registrazione in ANTS
sono diffeomorfi, ma sono disponibili trasformazioni di deformazione
(elastica e BSpline). Tra le caratteristiche uniche di ANTS: metriche di
somiglianza multivariata, guida al landmark, possibilità di usare immagini
etichetta per guidare la mappatura, implementazioni dei diffeomorfismi sia
greedy sia ottimali in spazio-tempo.
La strategia di normalizzazione simmetrica (SyN) fa parte di ANTS in quanto
Diretta Manipolazione di Forme libere (Free) di Deformazione (DMFFD).
Questo pacchetto fornisce la configurazione di moduli di ambiente. Usare
"module load ants" per rendere tutti gli strumenti a riga di comando
disponibili nella propria shell.
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bart
strumenti per immagini di risonanza magnetica computazionale
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Versions of package bart |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.4.00-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.4.04-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 0.8.00-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.9.00-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 0.9.00-2 | riscv64 |
trixie | 0.9.00-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.6.00-3+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) è un'infrastruttura libera
e open source per la ricostruzione di immagini di risonanza magnetica
computazionale (Computational Magnetic Resonance Imaging). Consiste di una
libreria di programmazione e di un toolbox di programmi a riga di comando.
La libreria fornisce operazioni comuni su array multidimensionali,
trasformazioni di Fourier e wavelet, e anche implementazioni generiche di
algoritmi di ottimizzazione iterativa.
Gli strumenti a riga di comando forniscono accesso diretto alle operazioni
di base su array multidimensionali e anche implementazioni efficienti di
molti algoritmi di ricostruzione e calibrazione per acquisizione parallela,
compressed sensing e apprendimento macchina.
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bart-view
visualizzatore per dati multidimensionali a valori complessi
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Versions of package bart-view |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.3.00-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.1.00-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.1.00-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.2.00-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.3.00-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) è un'infrastruttura libera
e open source per la ricostruzione di immagini di risonanza magnetica
computazionale (Computational Magnetic Resonance Imaging).
Questo pacchetto fornisce un visualizzatore di immagini come componente
opzionale dell'infrastruttura BART. Il visualizzatore è progettato per dati
multidimensionali a valori complessi.
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biosig-tools
strumenti di conversione di formato per formati di dati biomedici
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Versions of package biosig-tools |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.9.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.3.0-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.3.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package biosig-tools: |
interface | commandline |
role | program |
use | converting |
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License: DFSG free
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Questo pacchetto, basato sulla libreria BioSig, fornisce strumenti a riga
di comando, come:
- save2gdf: converte tra diversi formati di file inclusi, ma non limitati
a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB;
- biosig2gdf: converte file di dati biosig in GDF, per semplificare
l'analisi e il caricamento da parte di linguaggi di scripting
(es. loadgdf.{py,r});
- rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: diversi strumenti di
conversione basati su save2gdf;
- biosig_fhir: impacchetta dati biosignal in file modello HL7/FHIR binari;
- physicalunits: convertitore per codifica e decodifica di unità di misura
fisiche secondo la ISO 11073-10101.
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camitk-imp
applicazione workbench per la libreria CamiTK
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Versions of package camitk-imp |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.1.2-3 | amd64,i386 |
sid | 5.2.0-2 | amd64 |
stretch | 4.0.4-2 | amd64,i386 |
trixie | 5.2.0-2 | amd64 |
jessie | 3.3.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 4.1.2-4 | amd64,i386 |
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License: DFSG free
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CamiTK aiuta i ricercatori e i clinici a collaborare semplicemente e
velocemente allo scopo di creare prototipi di applicazioni CAMI che hanno
immagini medicali, navigazione chirurgica e simulazioni biomediche.
camitk-imp è l'applicazione workbench di CamiTK con cui si possono provare
tutte le estensioni disponibili per fare prototipazione.
Fornisce un accesso facile e interattivo a tutti i dati disponibili e tutti
i parametri degli algoritmi, inclusi quelli che sono creati dall'utente
usando l'SDK CamiTK.
camitk-imp può, ad esempio, visualizzare immagini medicali da moltissimi
diversi formati (standard), offre algoritmi di elaborazione e segmentazione
di immagini per ricostruire una geometria a griglie ed eseguire una
simulazione biomeccanica.
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caret
??? missing short description for package caret :-(
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Versions of package caret |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.6.4~dfsg.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package caret: |
role | program |
uitoolkit | qt |
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License: DFSG free
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ctn
Central Test Node, un'implementazione per immagini mediche DICOM
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Versions of package ctn |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.2.0~dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.2.0~dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.2.0~dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.2.0~dfsg-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.2.0~dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.2.0~dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.0~dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package ctn: |
field | medicine:imaging |
interface | commandline, web, x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | athena, motif |
use | converting |
works-with | db, image, image:raster |
x11 | application |
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License: DFSG free
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DICOM è uno standard per la memorizzazione, annotazione e condivisione
di immagini. È ampiamente usato in ambito medico.
Il software Centrale Test Node (CTN) è un'implementazione
di tale standard.
Questo pacchetto comprende il file binario e i file di configurazione
di CTN.
Please cite:
S.M. Moore, S.A. Hoffman and D.E. Beecher:
DICOM Shareware: A Public Implementation of the DICOM Standard
2165:772–781
(1994)
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ctsim
simulatore di tomografia computerizzata
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Versions of package ctsim |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.2.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.0.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 6.0.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 6.0.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 6.0.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 5.2.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 6.0.2-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package ctsim: |
field | biology |
interface | 3d, commandline |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | wxwidgets |
use | viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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CTSim è un simulatore interattivo di tomografia assiale computerizzata.
Questa è una tecnica che stima l'interno degli oggetti mediante la misura
dell'assorbimento dei raggi X che li attraversano.
Sono disponibili sia un'interfaccia grafica che strumenti da riga di
comando. CTSim presenta delle modalità estremamente educative sia per
vedere la simulazione della raccolta dati, che per la ricostruzione.
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dcm2niix
convertitore di prossima generazione da DICOM a NIfTI
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Versions of package dcm2niix |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.0.20240202-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 1.0.20220720-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.20240202-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 1.0.20161101-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.20181125-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.20201102-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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dcm2niix è il successore di dcm2nii, un popolare strumento per la
conversione di immagini dai complicati formati utilizzati dai produttori di
scanner (DICOM, PAR/REC) al più semplice formato NIfTI utilizzato da molti
strumenti scientifici. Funziona per tutte le modalità (CT, MRI, PET, SPECT)
e i tipi di sequenza.
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dcmtk
programmi a riga di comando del toolkit OFFIS DICOM
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Versions of package dcmtk |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.6.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye-backports | 3.6.7-6~bpo11+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.6.7-9~deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.6.8-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.6.8-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie-security | 3.6.0-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
jessie | 3.6.0-15+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.6.1~20160216-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.6.4-2.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster-security | 3.6.4-2.1+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package dcmtk: |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting, downloading |
works-with | image, image:raster |
|
License: DFSG free
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DCMTK è una raccolta di librerie e applicazioni per esaminare, costruire e
convertire file immagine DICOM, maneggiare supporti offline, inviare e
ricevere immagini tramite connessione di rete, così come esempi di
server per archiviazione di immagini e worklist.
Questo pacchetto contiene le applicazioni di utilità di DCMTK.
Nota: questa versione è stata compilata con il supporto per libssl.
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dicom3tools
strumenti di manipolazione e conversione di file di immagini medicali DICOM
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Versions of package dicom3tools |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.00~20180803063840-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye-backports | 1.00~20220120135102-1~bpo11+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.00~20220618093127-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.00~20240118131615-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.00~20240118131615-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.00~20140902075059-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.00~20170109062447-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.00~20190724083540-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.00~20241003103319 |
Debtags of package dicom3tools: |
field | medicine, medicine:imaging |
role | program |
use | converting |
works-with | image |
|
License: DFSG free
|
Utilità a riga di comando per creare, modificare, fare il dump e
convalidare file di attributi DICOM. Supporta la conversione di alcuni
formati per immagini medicali proprietari in DICOM. Può gestire dati nel
vecchio formato ACR/NEMA e alcune versioni proprietarie di esso come SPI.
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dicomscope
visualizzatore OFFIS DICOM
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Versions of package dicomscope |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.6.0-20 | all |
jessie | 3.6.0-11 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.6.0-22 | all |
bookworm | 3.6.0-25 | all |
trixie | 3.6.0-27 | all |
sid | 3.6.0-27 | all |
stretch | 3.6.0-15 | all |
Debtags of package dicomscope: |
field | medicine, medicine:imaging |
role | program |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
DICOMscope è un visualizzatore DICOM libero che può mostrare immagini
DICOM non compresse, monocrome da tutte le modalità e che gestisce la
calibrazione del monitor in accordo a DICOM parte 14 oltre agli stati di
presentazione.
DICOMscope offre un client per stampa (DICOM Basic Grayscale Print
Management) che implementa anche la classe opzionale Presentation LUT SOP.
Lo sviluppo di questo prototipo è stato commissionato dal "Committee for
the Advancement of DICOM" e dimostrato all'European Congress of Radiology
ECR 1999. Una versione migliorata è stata sviluppata per la "DICOM Display
Consistency Demonstration" al RSNA InfoRAD 1999.
Il rilascio attuale è stato dimostrato all'ECR 2001 e contiene numerose
estensioni, incluso un server di stampa, la gestione di comunicazioni DICOM
cifrate, firme digitali e rapporti strutturati.
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fslview
??? missing short description for package fslview :-(
|
Versions of package fslview |
Release | Version | Architectures |
jessie | 4.0.1-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package fslview: |
interface | x11 |
made-of | html |
role | documentation, program |
scope | utility |
suite | debian |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Please cite:
S.M. Smith, M. Jenkinson, M.W. Woolrich, C.F. Beckmann, T.E.J. Behrens, H. Johansen-Berg, P.R. Bannister, M. De Luca, I. Drobnjak, D.E. Flitney, R. Niazy, J. Saunders, J. Vickers, Y. Zhang, N. De Stefano, J.M. Brady and P.M. Matthews:
Advances in functional and structural MR image analysis and implementation as FSL.
(PubMed)
NeuroImage
23:208-219
(2004)
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gdf-tools
libreria di IO per GDF - strumenti ausiliari
|
Versions of package gdf-tools |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.1.2-2.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.1.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.1.3-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0.1.3-11.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.1.3-11.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gdf-tools: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
GDF (General Dataformat for Biosignals, formato di dati generico per
biosegnali) è pensato per fornire un'archiviazione generica per segnali
biologici come EEG, ECG, MEG, ecc.
Questo pacchetto fornisce lo strumento incluso con la libreria (gdf_merger).
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ginkgocadx
software per immagini medicali e visualizzatore di DICOM completo
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Versions of package ginkgocadx |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.8.8-1 | amd64,i386 |
bullseye | 3.8.8-5 | amd64,i386 |
jessie | 3.7.0.1465.37+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.8.4-1 | amd64,i386 |
Debtags of package ginkgocadx: |
field | medicine, medicine:imaging |
role | program |
uitoolkit | gtk, wxwidgets |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Ginkgo CADx fornisce una soluzione completa per visualizzatore DICOM con
capacità avanzate e gestione di estensioni.
- Interfaccia facile e personalizzabile attraverso profili.
- Visualizzazione completa di immagini DICOM.
- Insieme completo di strumenti (misuratori, marcatori, testo, ...).
- Gestione di più modalità (neurologica, radiologica, dermatologica,
oftalmologica, ultrasuoni, endoscopia, ...).
- Gestione della trasformazione in DICOM di JPEG, PNG, GIF e TIFF.
- Gestione dell'integrazione EMH completa: flussi di lavoro standard HL7
e conformi con IHE.
- Workstation PACS (C-FIND, C-MOVE, C-STORE, ...).
- Estensibile tramite estensioni personalizzate:
- composizione di mosaici di immagini retinali;
- diagnostica automatica di analisi retinali;
- diagnostica automatica di psoriasi.
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gwyddion
strumento per visualizzazione ed analisi con microscopia a scansione di sonda
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Versions of package gwyddion |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.66-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.66-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.47-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.38-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.62-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.57-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.52-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gwyddion: |
field | physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | analysing, viewing |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Gwyddion è un programma modulare per la visualizzazione e l'analisi di dati
ottenuti con microscopia a sonda a scansione (SPM, Scanning Probe
Microscopy). È principalmente pensato per l'analisi di dati nel campo
dell'altezza ottenuti con tecniche di microscopia quali:
- microscopia a forza atomica (AFM);
- microscopia a forza magnetica (MFM);
- microscopia a scansione per effetto tunnel (STM);
- microscopia ottica a scansione in campo prossimo (SNOM o NSOM)
e altri. Tuttavia può essere usato per analisi di immagini e campi altezza
arbitrari.
Questo pacchetto contiene l'applicazione principale ed i suoi moduli.
Contiene anche un creatore di miniature per GNOME, e Xfce, che crea
anteprime per tutti i tipi di file gestiti da Gwyddion.
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heudiconv
DICOM converter with support for structure heuristics
|
Versions of package heudiconv |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.1.6-1 | all |
bookworm | 0.11.6-1 | all |
upstream | 1.3.0 |
|
License: DFSG free
|
This is a flexible dicom converter for organizing brain imaging data into
structured directory layouts. It allows for flexible directory layouts and
naming schemes through customizable heuristics implementations.
It only converts the necessary dicoms, not everything in a directory.
It tracks the provenance of the conversion from dicom to nifti in w3c
prov format.
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imagej
programma di elaborazione delle immagini pensato per immagini di microscopia
|
Versions of package imagej |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.53g-2 | all |
buster | 1.52j-1 | all |
trixie | 1.54g-1 | all |
stretch | 1.51i+dfsg-2 | all |
bookworm | 1.53t-1 | all |
sid | 1.54g-1 | all |
jessie | 1.49i+dfsg-1 | all |
Debtags of package imagej: |
role | program |
use | analysing, editing, viewing |
works-with | image, image:raster |
works-with-format | gif, jpg, tiff |
|
License: DFSG free
|
Può visualizzare, modificare, analizzare, processare, salvare e
stampare immagini a 8, 16 e 32 bit. Può leggere molti formati immagine
inclusi TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS e "raw". Gestisce "stack": una
serie di immagini che condividono un'unica finestra.
Può calcolare statistiche su valori di area e pixel di selezioni
definite dall'utente. Può misurare distanze ed angoli. Può creare
istogrammi di densità e grafici con linee di contorno. Gestisce le
funzioni standard di elaborazione delle immagini come manipolazione del
contrasto, sharpening, sfumatura, rilevamento dei bordi e filtri mediani.
La calibrazione spaziale è disponibile per fornire misure dimensionali
nel mondo reale in unità quali i millimetri. È anche disponibile la
calibrazione della densità o della scala di grigi.
ImageJ è sviluppato da Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov) al Research
Services Branch del National Institute of Mental Health di Bethesda nel
Maryland, USA.
|
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imagevis3d
applicazione desktop per il rendering volumetrico di grandi quantità di dati
|
Versions of package imagevis3d |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.1.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.1.0-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 3.1.0-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package imagevis3d: |
uitoolkit | qt |
|
License: DFSG free
|
ImageVis3D è un'applicazione per il rendering volumetrico progettata
specificamente per grandi quantità di dati. Questo è ottenuto suddividendo
l'insieme dei dati in più LoD (levels of detail, livelli di dettaglio), con
ogni livello a sua volta scomposto in più blocchetti (primitive di
rendering atomiche). Le interazioni avvengono sul LoD più grezzo,
di cui può essere fatto il rendering istantaneamente su quasi tutti i
sistemi moderni. Dopo un ritardo configurabile, ImageVis3D farà
successivamente il rendering di livelli di dettaglio più precisi, fino a
che i dati saranno visibili alla loro risoluzione nativa.
Lo sviluppo di ImageVis3D è sponsorizzato dal NIH/NCRR Center for
Integrative Biomedical Computing (CIBC) e dal DOE Visualization And
Analytics Center for Enabling Technologies (VACET).
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invesalius
software di ricostruzione 3D per immagini medicali
|
Versions of package invesalius |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.1.99992-3 | all |
bullseye | 3.1.99994-1 | all |
bookworm | 3.1.99998-4 | all |
jessie | 3.0~b5-4 | all |
sid | 3.1.99998-5 | all |
stretch | 3.0.1-1 | all |
trixie | 3.1.99998-5 | all |
|
License: DFSG free
|
InVesalius genera ricostruzioni 3D per immagini medicali basate su una
sequenza di file 2D DICOM acquisiti con apparecchiature TC o RM.
InVesalius è internazionalizzato (attualmente disponibile in inglese,
portoghese, francese, spagnolo, turco, italiano, ceco, giapponese,
catalano, coreano, romeno e tedesco) e fornisce diversi strumenti:
- compatibilità DICOM che include: (a) ACR-NEMA versione 1 e 2; (b) DICOM
versione 3.0 (incluse varie codifiche di JPEG, senza perdita e con
perdita, RLE),
- funzionalità di manipolazione immagini (zoom, panoramica, rotazione,
luminosità/contrasto, ecc.),
- segmentazione basata su fette 2D,
- gamme di soglie predefinite secondo il tessuto di interesse,
- segmentazione basata su spartiacque,
- segmentazioni di regioni crescenti,
- strumenti di modifica (simili a Paint Brush) basati su fette 2D,
- segmentazione semi-automatica basata su Watershed,
- creazione di superfici 3D,
- strumenti di connessione di superfici 3D,
- esportazione di superfici 3D (include: STL binario, OBJ, VRML,
Inventor),
- proiezione di rendering volumetrico di alta qualità,
- preimpostazioni predefinite per il rendering volumetrico,
- piano di taglio del rendering volumetrico,
- esportazione di immagini (incluse: BMP, TIFF, JPG, PostScript, POV-Ray),
- visualizzazioni di proiezioni di intensità minima, massima o media,
Maximum Intensity Difference Accumulation e basate sui contorni.
|
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ismrmrd-tools
strumenti a riga di comando per ISMRMRD
|
Versions of package ismrmrd-tools |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.8.0-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.4.0-1 | amd64,arm64,i386 |
stretch | 1.3.3-1 | amd64,arm64,armel,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.8.0-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.8.0-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.4.2.1-6 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.14.1 |
|
License: DFSG free
|
Il formato ISMRMRD combina una miscela di strutture dati flessibili
(intestazioni XML) e strutture fisse (equivalenti alle struct del C) per
rappresentare dati MRI.
Inoltre, il formato ISMRMRD specifica anche un'intestazione per le immagini
per memorizzare le immagini ricostruite e la libreria C++ di
accompagnamento fornisce un modo comodo per scrivere tali immagini in file
HDF5 insieme ad array generici per memorizzare strutture dati definite meno
bene, es. mappe di sensibilità degli avvolgimenti o altri dati di calibrazione.
Questo pacchetto fornisce gli strumenti a riga di comando.
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itksnap
segmentazione semiautomatica di strutture in immagini 3D
|
Versions of package itksnap |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.6.0-5 | amd64,i386 |
buster | 3.6.0-3 | amd64,i386 |
stretch | 3.4.0-2 | amd64,i386 |
jessie | 2.2.0-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package itksnap: |
field | medicine:imaging |
role | program |
|
License: DFSG free
|
SNAP fornisce la segmentazione semiautomatica di strutture in immagini
medicali (es. immagini di risonanza magnetica del cervello) usando metodi
di contorno attivo e delineazione manuale e navigazione di immagini.
Funzionalità notevoli sono:
- cursore collegato per navigazione 3D senza interruzioni;
- segmentazione manuale in 3 piani ortogonali contemporaneamente;
- gestione di molti formati differenti di immagini 3D, incluso NIfTI;
- gestione di visualizzazioni collegate concorrenti e segmentazione di
immagini multiple;
- gestione limitata di immagini a colori (es. mappe di tensori di
diffusione);
- strumento di taglio di piani 3D per post-elaborazione veloce dei
risultati della segmentazione.
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king
sistema interattivo per grafica vettoriale tridimensionale
|
Versions of package king |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.24+dfsg2-2 | all |
bookworm | 2.24+dfsg2-1 | all |
bullseye | 2.23.161103+dfsg1-4 | all |
buster | 2.23.161103+dfsg1-3 | all |
stretch | 2.23.161103+dfsg1-1 | all |
jessie | 2.21.120420+dfsg-1 | all |
sid | 2.24+dfsg2-2 | all |
|
License: DFSG free
|
KiNG (Kinemage, Next Generation) è un sistema interattivo per grafica
vettoriale tridimensionale. Gestisce un insieme di primitive grafiche che
lo rendono adatto per molti tipi di grafi, disegni e altre illustrazioni,
anche se il suo uso primario era la visualizzazione di strutture
macromolecolari per la ricerca biofisica. KiNG si basa su Mage, JavaMage e
il concetto "kinemage" (immagine cinetica) per fornire un'applicazione Java
completa con un'interfaccia utente facile da usare e funzionalità di
modifica integrate. Il file jar di KiNG può essere usato in una pagina web
come applet Java oppure oggetto Java per promuovere un facile accesso alle
"kinemage" o ai file di coordinate da un browser web.
|
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libgdcm-tools
strumenti e utilità per Grassroots DiCoM
|
Versions of package libgdcm-tools |
Release | Version | Architectures |
bullseye-backports | 3.0.17-4~bpo11+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.21-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.24-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.0.24-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.4.4-3+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.8.8-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.0.8-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.6.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package libgdcm-tools: |
field | medicine:imaging |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
works-with | image, image:raster |
|
License: DFSG free
|
Grassroots DiCoM è una libreria C++ per file medicali DICOM. È inglobata
automaticamente in Python/C#/Java (tramite swig). Gestisce RAW, JPEG
(con e senza perdita di dati), J2K, JPEG-LS, RLE e deflated.
Installare questo pacchetto per i programmi: gdcmanon, gdcmclean, gdcmconv,
gdcmdiff, gdcmdump, gdcmpap3, gdcmgendir, gdcmimg, gdcminfo, gdcmpdf,
gdcmraw, gdcmscanner, gdcmscu, gdcmtar, gdcmxml.
|
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medcon
strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...)
|
Versions of package medcon |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.14.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.13.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.16.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.16.3+dfsg-1+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.23.0-gtk3+dfsg-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package medcon: |
field | biology |
interface | commandline |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | converting |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato
sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C
della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella
interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente
gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.
Può anche leggere file non supportati senza compressione, visualizzare i
valori dei pixel o estrarre/riordinare le immagini specificate.
È possibile recuperare i vettori grezzi delle immagini in formato binario o
ASCII o produrre immagini PNG per le applicazioni desktop.
Questo è lo strumento a riga di comando per l'elaborazione di massa.
|
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mia-tools
strumenti a riga di comando per elaborazioni di immagini in scala di grigi
|
Versions of package mia-tools |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.4.3-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.4.7-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.6-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.4.7-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.4.7-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.2-1 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
|
Strumenti a riga di comando per eseguire compiti generici di elaborazione di
immagini in scala di grigi a 2D e 3D, e operazioni basilari su reticoli
triangolari. Gli algoritmi di elaborazione di immagine gestiti sono:
filtraggi di immagine, combinazione, registrazione di immagine,
compensazione del movimento per serie di immagini e la stima di diverse
statistiche relative alle immagini.
Questo pacchetto contiene anche le interfacce nipype per tali strumenti a
riga di comando.
|
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mia-viewit
programma visualizzatore per insiemi di dati 3D creati usando MIA
|
Versions of package mia-viewit |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.0.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.1-1 | amd64,i386 |
buster | 1.0.5-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package mia-viewit: |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
Il programma visualizzatore di MIA per la visualizzazione di insiemi di dati
3D. Le interfacce e i tipi di dati gestiti si concentrano sui risultati che
possono essere ottenuti eseguendo programmi dal pacchetto mia-tools.
|
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mialmpick
strumenti per scelta di punti di riferimento in insiemi di dati di volumi 3D
|
Versions of package mialmpick |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.2.14-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.2.13-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.2.10-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.2.15-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.2.15-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mialmpick: |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
Questo strumento fornisce un semplice strumento per rendering 3D che può
visualizzare superfici direttamente a partire da volumi 3D e può essere
usato per impostare punti di riferimento 3D. È particolarmente adatto per
insiemi di dati di tomografia computerizzata.
Please cite:
Gert Wollny, Fritjhof Kruggel, Thomas Hierl and Jörg Hendricks:
Assessment, validation, and visualisation of bony changes in crano-facial surgery
(eprint)
:459-464
(2004)
|
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minc-tools
strumenti per immagini medicali in formato MNI
|
Versions of package minc-tools |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.3.00+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.3.00+dfsg-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.3.00+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.00-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.3.00+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.3.00+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.3.00+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package minc-tools: |
field | medicine, medicine:imaging |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, converting |
works-with | image, image:raster |
|
License: DFSG free
|
Questo pacchetto contiene strumenti per manipolare file MINC.
Il formato di file Minc è un formato per immagini medicali altamente
flessibile costruito sulla base del formato dati generalizzato NetCDF. Il
formato è semplice, auto-descrittivo, estensibile, portabile e a N
dimensioni, con interfacce di programmazione sia per accesso di basso
livello ai dati, sia per manipolazione di volumi ad alto livello. Sopra
alle librerie è costruita una suite di strumenti generici per la
manipolazione di file immagine. Il formato, le librerie e gli strumenti
sono pensati per l'uso in ambienti di ricerca sulle immagini medicali: sono
semplici e potenti e non cercano in alcun modo di fornire una bella
interfaccia per gli utenti.
|
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mricron
conversione, visualizzazione e analisi di immagini di risonanza magnetica
|
Versions of package mricron |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.2.20211006+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
jessie | 0.20140804.1~dfsg.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.20190902+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
buster | 0.20140804.1~dfsg.1-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.20140804.1~dfsg.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.2.20211006+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
bookworm | 1.2.20211006+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el |
Debtags of package mricron: |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
Questo è uno strumento di visualizzazione e analisi basato su GUI per
immagini di risonanza magnetica (funzionale). MRIcron può essere usato per
creare rendering 2D o 3D di mappe statistiche sovrapposte su immagini
dell'anatomia del cervello. Inoltre aiuta a disegnare le ROI
(regions-of-interest) anatomiche o la mappatura delle lesioni, e l'analisi
di base delle serie temporali funzionali (es. creando grafici dei
cambiamenti di segnali peristimolo).
Oltre a "mricron", questo pacchetto fornisce anche "dcm2nii", che gestisce
la conversione di immagini DICOM e PAR/REC nel formato NIfTI, e "npm", per
l'analisi di dati non parametrici.
|
|
mrtrix3
trattografia MRI pesata in diffusione della materia bianca
|
Versions of package mrtrix3 |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0~rc3+git135-g2b8e7d0c2-3 | amd64,arm64,i386 |
sid | 3.0.4-1 | amd64,arm64 |
trixie | 3.0.4-1 | amd64,arm64 |
bookworm | 3.0.3-3 | amd64,arm64 |
bullseye | 3.0~rc3+git135-g2b8e7d0c2-5 | amd64,arm64 |
|
License: DFSG free
|
Insieme di strumenti per effettuare trattografia MRI pesata in diffusione
della materia bianca del cervello in presenza di fibre incrociate usando
CSD (Constrained Spherical Deconvolution) e un algoritmo streamline
probabilistico. Sono gestite le immagini di risonanza magnetica nei formati
DICOM, ANALYZE o NIfTI non compresso.
|
|
nifti-bin
strumenti forniti con la libreria NIfTI
|
Versions of package nifti-bin |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.0.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.0.1-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.0.1-9.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.0.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package nifti-bin: |
field | medicine, medicine:imaging |
interface | commandline |
role | program, shared-lib |
scope | utility |
use | checking, converting |
|
License: DFSG free
|
Niftilib è un insieme di librerie di I/O per la lettura e la scrittura di
file dati nel formato NIfTI-1. NIfTI-1 è un formato binario per
l'archiviazione di immagini mediche, tipo risonanza magnetica (RMN) o
immagini cerebrali da RMN funzionale (fRMN).
Questo pacchetto comprende gli strumenti forniti con la libreria
(nifti_tool, nifti_stats e nifti1_test).
|
|
odil
libreria C++11 per lo standard DICOM (applicazione)
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Versions of package odil |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.12.2-2 | all |
sid | 0.12.2-5 | all |
trixie | 0.12.2-5 | all |
stretch | 0.7.3-1 | all |
buster | 0.10.0-3 | all |
bullseye | 0.12.1-1 | all |
upstream | 0.13.0 |
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License: DFSG free
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Odil sfrutta i costrutti C++ per fornire un'API facile da usare per le
diverse parti dello standard DICOM. In Odil sono inclusi: gestione di
errori basata su eccezioni, accesso generico a elementi di insiemi di dati,
rappresentazione standard JSON e XML di insiemi di dati, implementazione
generica di messaggi, client e server per i vari protocolli DICOM.
Questo pacchetto contiene l'applicazione a riga di comando.
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odin
sviluppa, simula ed esegue sequenze di risonanza magnetica
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Versions of package odin |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.0.5-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.0.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.0.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.0.5-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.8.8-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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ODIN è un'infrastruttura per immagini da risonanza magnetica (MRI). Copre
l'intera catena di strumenti di MRI, dall'acquisizione di dati a basso
livello alla ricostruzione dell'immagine. In particolare, ha l'obiettivo di
una rapida prototipazione di sequenze MRI. Le sequenze possono essere
programmate usando un'interfaccia di programmazione C++, orientata agli
oggetti, di alto livello. Fornisce strumenti avanzati di analisi delle
sequenze, come il disegno interattivo di traiettorie nello spazio k,
un'interfaccia utente per un ciclo compilazione-link-test veloce e un
potente simulatore di MRI che gestisce differenti campioni virtuali.
Per una ricostruzione dell'immagine veloce e flessibile, ODIN contiene
un'infrastruttura di elaborazione dati molto personalizzabile e multi-thread.
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openslide-tools
strumenti di manipolazione e conversione per OpenSlide
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Versions of package openslide-tools |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.4.1+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.4.1+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.4.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 3.4.1+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.4.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.4.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.4.1+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 4.0.0 |
Debtags of package openslide-tools: |
role | program |
scope | utility |
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License: DFSG free
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OpenSlide è una libreria C che fornisce una semplice interfaccia per
leggere immagini whole-slide, anche conosciute come slide virtuali.
Le immagini whole-slide, conosciute anche come slide virtuali, occupano
molto spazio, sono immagini ad alta risoluzione usate in patologia
digitale. Leggere queste immagini tramite strumenti o librerie per immagini
standard è problematico, poiché questi strumenti sono tipicamente
progettati per immagini che possono essere comodamente decompresse in RAM o
in un file swap. Le immagini whole-slide di norma eccedono la dimensione
della RAM, occupando spesso decine di gigabyte quando sono decompresse. In
aggiunta, le immagini whole-slide sono tipicamente a multi-risoluzione e
solo una piccola quantità di dati delle immagini può essere necessaria ad
una determinata risoluzione.
Questa libreria attualmente gestisce:
- Aperio (.svs, .tif),
- Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi),
- Leica (.scn),
- MIRAX (.mrxs),
- Sakura (.svslide),
- Trestle (.tif),
- TIFF generiche affiancate (.tif).
Questo pacchetto contiene gli strumenti a riga di comando per la
manipolazione di file.
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orthanc
server DICOM leggero e RESTful per immagini medicali
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Versions of package orthanc |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.12.4+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.2.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.6+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster-security | 1.5.6+dfsg-1+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.9.2+really1.9.1+dfsg-1+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye-security | 1.9.2+really1.9.1+dfsg-1+deb11u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.10.1+dfsg-2+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm-security | 1.10.1+dfsg-2+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.12.4+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.8.4+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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Orthanc mira a fornire un server DICOM, semplice ma potente per le
immagini medicali. Orthanc può trasformare qualsiasi computer con in
esecuzione Windows o Linux in un archivio indipendente dal produttore (VNA)
(in altre parole un sistema mini-PACS). La sua architettura è leggera e ciò
significa che non è necessaria alcuna amministrazione di database
complessa, né l'installazione di dipendenze di terze parti.
Ciò che rende unico Orthanc è il fatto che fornisce un'API RESTful. Grazie
a questa fondamentale funzionalità, è possibile pilotare Orthanc da
qualsiasi linguaggio per computer. Le etichette DICOM delle immagini
medicali memorizzate possono essere scaricate in formato di file JSON.
Inoltre Orthanc può generare al volo immagini PNG standard a partire da
istanze DICOM.
Orthanc permette ai propri utenti di concentrarsi sul contenuto dei file
DICOM, nascondendo la complessità del formato DICOM e del protocollo DICOM.
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orthanc-wsi
Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)
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Versions of package orthanc-wsi |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.0+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.0+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.6-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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Orthanc-WSI brings support of whole-slide imaging for digital
pathology into Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral
Archive for medical imaging.
This package contains two command-line tools to convert whole-slide
images to and from DICOM. Support for proprietary file formats is
available through OpenSlide. The package also contains an Orthanc
plugin to display such DICOM images by any standard Web browser. The
implementation follows DICOM Supplement 145.
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pixelmed-apps
implementazione DICOM contenente un visualizzatore di immagini e di ECG - cli
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Versions of package pixelmed-apps |
Release | Version | Architectures |
stretch | 20150917-1 | all |
bookworm | 20220618+dfsg-1 | all |
trixie | 20220618+dfsg-2 | all |
jessie | 20140816-1 | all |
bullseye | 20200416-4 | all |
sid | 20220618+dfsg-2 | all |
buster | 20150917+git20151209.36f3174+dfsg-1 | all |
upstream | 20240721 |
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License: DFSG free
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Questo è un toolkit DICOM autonomo che implementa il codice per leggere e
creare dati DICOM, la rete e la gestione di file DICOM, un database di
oggetti DICOM, la gestione per la visualizzazione di cartelle, immagini,
rapporti e spettri, e la validazione di oggetti DICOM.
Fornisce applicazioni a riga di comando per usare pixelmed.
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plastimatch
ricostruzione e registratura di immagini medicali
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Versions of package plastimatch |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.9.4+dfsg.1-3 | amd64 |
sid | 1.9.4+dfsg.1-3 | amd64 |
bookworm | 1.9.4+dfsg.1-1 | amd64 |
bullseye | 1.9.3+dfsg.1-1 | amd64,i386 |
buster | 1.7.4+dfsg.1-2 | amd64,i386 |
stretch | 1.6.5+dfsg.1-1 | amd64,i386 |
jessie | 1.5.16+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 1.10.0 |
Debtags of package plastimatch: |
field | medicine:imaging |
role | program |
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License: DFSG free
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Plastimatch è un software open source per registratura di immagini
deformabili. È progettato per registrature volumetriche ad alte prestazioni
di immagini medicali, come tomografie computerizzate (CT) ai raggi X,
tomografie a risonanza magnetica (MRI) e tomografie a emissione di
positroni (PET). Le caratteristiche del software includono:
- metodo B-spline per la registratura deformabile di immagini (con
accelerazione GPU e multiprocessore), inclusa la gestione di maschere
per le immagini, penalità per punti di confine e regolarizzazione;
- metodo Demons per la registratura deformabile di immagini (con
accelerazione GPU);
- segmentazione multi-atlante;
- algoritmi basati su ITK per registratura a traslazione, rigide, affini,
diversi metodi demons e B-spline;
- infrastruttura di registratura con pipe, multi-stadio con conversione
perfetta tra la maggior parte degli algoritmi e i tipi di
trasformazione;
- registratura deformabile basata su punti di confine usando spline
thin-plate per la registratura globale;
- registratura deformabile basata su punti di confine usando funzioni a
base radiale per correzioni locali;
- ampia gestione di formati di file per immagini 3D (usando ITK) inclusi
DICOM, Nifti, NRRD, MetaImage e Analyze;
-
toolchain esaustiva per la ricerca radioterapica, inclusa la gestione
per i formati di file DICOM, DICOM-RT, DICOM SRO, XiO, l'analisi della
gamma, la manipolazione dei contorni, l'analisi della sovrapposizione
dei contorni e l'analisi vettoriale dei campi.
Plastimatch ha anche due utili strumenti che non sono direttamente
correlati con la registratura di immagini:
-
ricostruzione di CT con fascio a cono FDK (con accelerazione GPU e
multiprocessore);
- generazione di radiografie ricostruite digitalmente (DRR) (con
accelerazione GPU e multiprocessore).
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python3-dipy
Python library for the analysis of diffusion MRI datasets
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Versions of package python3-dipy |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.9.0-8 | all |
bullseye | 1.3.0-3 | all |
sid | 1.9.0-8 | all |
bookworm | 1.6.0-1 | all |
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License: DFSG free
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DIPY is a software project for computational neuroanatomy. It focuses
on diffusion magnetic resonance imaging (dMRI) analysis and
tractography but also contains implementations of other computational
imaging methods such as denoising and registration that are
applicable to the greater medical imaging and image processing
communities. Additionally, DIPY is an international project which
brings together scientists across labs and countries to share their
state-of-the-art code and expertise in the same codebase,
accelerating scientific research in medical imaging.
Here are some of the highlights:
- Reconstruction algorithms: CSD, DSI, GQI, DTI, DKI, QBI, SHORE
and MAPMRI
- Fiber tracking algorithms: deterministic and probabilistic
- Native linear and nonlinear registration of images
- Fast operations on streamlines (selection, resampling, registration)
- Tractography segmentation and clustering
- Many image operations, e.g., reslicing or denoising with NLMEANS
- Estimation of distances/correspondences between streamlines and
connectivity matrices
- Interactive visualization of streamlines in the space of images
This package contains the Python 3 version.
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python3-nibabel
collegamenti Python 3 a vari formati di dati per neuroimmagini
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Versions of package python3-nibabel |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 5.0.0-2 | all |
buster | 2.3.2-1 | all |
bullseye | 3.2.1-2 | all |
stretch | 2.1.0-1 | all |
sid | 5.2.1-2 | all |
trixie | 5.2.1-2 | all |
upstream | 5.3.0 |
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License: DFSG free
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NiBabel fornisce accesso in lettura e scrittura ad alcuni formati di file
comuni per neuroimmagini e file medicali, inclusi: ANALYZE (plain, SPM99,
SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, così come PAR/REC. Le varie classi per formato
per immagini danno accesso pieno o selettivo alle informazioni delle
intestazioni (metainformazioni) e l'accesso ai dati dell'immagine è reso
disponibile attraverso matrici NumPy. NiBabel è il successore di PyNIfTI.
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python3-nipy
Analysis of structural and functional neuroimaging data
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Versions of package python3-nipy |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.5.0-7 | all |
sid | 0.6.0-1 | all |
sid | 0.6.0-2 | all |
upstream | 0.6.1 |
|
License: DFSG free
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NiPy is a Python-based framework for the analysis of structural and
functional neuroimaging data. It provides functionality for
- General linear model (GLM) statistical analysis
- Combined slice time correction and motion correction
- General image registration routines with flexible cost functions,
optimizers and re-sampling schemes
- Image segmentation
- Basic visualization of results in 2D and 3D
- Basic time series diagnostics
- Clustering and activation pattern analysis across subjects
- Reproducibility analysis for group studies
Please cite:
K. Jarrod Millman and Matthew Brett:
Analysis of functional magnetic resonance imaging in Python
(eprint)
Computing in Science & Engineering
9(3):52-55
(2007)
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python3-nipype
catena di elaborazione dati per l'analisi di neuroimmagini in Python 3
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Versions of package python3-nipype |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.8.5-3 | all |
bullseye | 1.6.0-2 | all |
sid | 1.8.6-3 | all |
|
License: DFSG free
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Nipype interfaccia Python con altri pacchetti per neuroimmagini e crea
un'API per specificare una completa catena di elaborazione dati per analisi
in Python. Attualmente ha interfacce per SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, ma
potrebbe essere estesa ad altri pacchetti (come lipsia).
Please cite:
SS Ghosh, C Burns, D Clark, K Gorgolewski, YO Halchenko, C Madison, R Tungaraza and KJ Millman:
Nipype: Opensource platform for unified and replicable interaction with existing neuroimaging tools
(eprint)
16th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping
:106
(2010)
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python3-nitime
timeseries analysis for neuroscience data (nitime)
|
Versions of package python3-nitime |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.9-5 | all |
bullseye | 0.9-1 | all |
trixie | 0.11-2 | all |
sid | 0.11-2 | all |
|
License: DFSG free
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Nitime is a Python module for time-series analysis of data from
neuroscience experiments. It contains a core of numerical algorithms
for time-series analysis both in the time and spectral domains, a set
of container objects to represent time-series, and auxiliary objects
that expose a high level interface to the numerical machinery and
make common analysis tasks easy to express with compact and
semantically clear code.
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python3-pydicom
lettura e scrittura di file medicali DICOM (Python 3)
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Versions of package python3-pydicom |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.3.1-1 | all |
sid | 2.4.3-1 | all |
bullseye | 2.0.0-1 | all |
buster | 1.2.1-1 | all |
trixie | 2.4.3-1 | all |
upstream | 3.0.1 |
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License: DFSG free
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pydicom è un modulo in Python puro per l'analisi di file DICOM. DICOM è uno
standard (http://medical.nema.org) per comunicare le immagini medicali e le
informazioni relative, come rapporti e oggetti di radioterapia.
pydicom rende facile la lettura di file DICOM in naturali strutture
pythoniche per una facile manipolazione. Gli insiemi di dati modificati
posso essere nuovamente scritti su file in formato DICOM.
Questo pacchetto installa il modulo per Python 3.
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python3-pyxid
interfaccia per i dispositivi XID e StimTracker di Cedrus
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Versions of package python3-pyxid |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.0-4 | all |
bookworm | 1.0-6 | all |
trixie | 1.0-6 | all |
sid | 1.0-6 | all |
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License: DFSG free
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pyxid è una libreria Python per interfacciarsi con i dispositivi XID
(eXperiment Interface Device) e StimTracker di Cedrus. I dispositivi XID
sono utilizzati in software come SuperLab, Presentation ed ePrime per
ricevere input come parte di esperimenti di test con stimoli/risposte.
pyxid gestisce tutta la parte a basso livello del dispositivo per i
dispositivi XID nei progetti Python.
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python3-surfer
visualize Freesurfer's data in Python3
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Versions of package python3-surfer |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.11.0-1 | all |
trixie | 0.11.2-1 | all |
bookworm | 0.11.0-4 | all |
sid | 0.11.2-1 | all |
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License: DFSG free
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This is a Python3 package for visualization and interaction with cortical
surface representations of neuroimaging data from Freesurfer. It
extends Mayavi’s powerful visualization engine with a high-level interface for
working with MRI and MEG data.
PySurfer offers both a command-line interface designed to broadly replicate
Freesurfer’s Tksurfer program as well as a Python library for writing scripts
to efficiently explore complex datasets.
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sigviewer
visualizzatore con GUI per segnali biologici come EEG, EMG e ECG
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Versions of package sigviewer |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.5.1+svn556-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.6.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.6.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.6.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.6.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.6.2-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.5.1+svn556-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package sigviewer: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
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SigViewer è un software di visualizzazione e valutazione per dati di
segnali biomedici. Si basa sulla libreria biosig4c++ che gestisce svariati
formati di dati (inclusi EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB,
HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100,
FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). L'elenco completo dei formati di file gestiti è
disponibile su:
http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .
Oltre a visualizzare i segnali biologici, SigViewer permette la creazione
di annotazioni per selezionare artefatti o eventi specifici.
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sofa-apps
GUI per SOFA (Simulation Open Framework Architecture)
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Versions of package sofa-apps |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0~beta4-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0~beta4-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0~beta4-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package sofa-apps: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
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SOFA è un'infrastruttura Open Source mirata principalmente alla simulazione
in tempo reale, in particolare alla simulazione medica.
È rivolta soprattutto alla comunità della ricerca per aiutare nello
sviluppo di nuovi algoritmi, ma può anche essere usata come efficiente
strumento per costruire prototipi.
Questo pacchetto contiene l'applicazione principale di SOFA.
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teem-apps
strumenti per elaborare e visualizzare dati e immagini scientifici - strumenti a riga di comando
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Versions of package teem-apps |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.11.0~svn5226-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.12.0~20160122-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.12.0~20160122-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.11.0~svn6057-1.1 | amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,s390x |
sid | 1.12.0~20160122-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.12.0~20160122-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package teem-apps: |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
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Teem è un gruppo coordinato di librerie per rappresentare, elaborare e
visualizzare dati scientifici raster. Teem comprende strumenti a riga di
comando che permettono di applicare velocemente le funzioni della libreria
a file e flussi, senza dover scrivere codice. Le librerie più importanti
e utili in Teem sono:
- Nrrd (e lo strumento a riga di comando unu che ne fa uso) gestisce una
gamma di operazioni per trasformare dati raster a N dimensioni
(ricampionamento, ritaglio, estrazione, proiezione, istogramma, ecc.),
così come il formato di file NRRD per memorizzare array e le loro
meta-informazioni;
- Gage: veloci misurazioni basate su convoluzione in posizioni di punti
arbitrari in insiemi di dati di volume (scalare, vettore, tensore,
ecc.);
- Mite: uno strumento di rendering ray-casting multi-thread con funzioni
di trasferimento basate su qualsiasi quantità misurabile da Gage;
- Ten: per stima, elaborazione e visualizzazione di campi tensoriali di
diffusione, compresi metodi di trattografia di fibre.
Questo pacchetto contiene alcuni semplici strumenti a riga di comando che
forniscono accesso veloce e facile alle funzionalità nelle varie librerie.
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tifffile
legge e scrive dati immagine da e su file TIFF
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Versions of package tifffile |
Release | Version | Architectures |
buster | 20181128-1+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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Le immagini e i metadati possono essere letti da file TIFF, BigTIFF,
OME-TIFF, STK, LSM, NIH, ImageJ, MicroManager, FluoView, SEQ e GEL.
È gestito solo un sottoinsieme della specifica TIFF, per lo più immagini in
scala di grigi e RGB(A) senza compressione e con compressione senza perdita
di dati con interi a 2**(da 0 a 6) bit e 16, 32, 64 bit in virgola mobile,
che sono comunemente usate nelle immagini bio-scientifiche.
Nello specifico, non è gestita la lettura di dati immagine JPEG/TIFF
compressi o di metadati EXIF/IPTC/GPS/XMP. Solo i record delle
informazioni primarie sono letti dai formati immagine STK, FluoView,
MicroManager e NIH.
Il formato TIFF (Tagged Image File Format) è sotto il controllo di Adobe
Systems. BigTIFF permette di avere file più grandi di 4 GB. STK, LSM,
FluoView, SEQ, GEL e OME-TIFF sono estensioni personalizzate definite,
rispettivamente, da MetaMorph, Carl Zeiss MicroImaging, Olympus, Media
Cybernetics, Molecular Dynamics e il consorzio Open Microscopy Environment.
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voxbo
elaborazione, analisi statistica e visualizzazione di dati di immagini del cervello
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Versions of package voxbo |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.8.5~svn1246-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.8.5~svn1246-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.8.5~svn1246-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package voxbo: |
field | medicine:imaging |
role | program |
uitoolkit | qt |
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License: DFSG free
|
Questo è un toolkit per l'analisi di esperimenti di neuroimmagini
funzionali (principalmente fMRI) e mappatura lesione-comportamento basata
su voxel. VoxBo gestisce GLM modificato (per dati autocorrelati), oltre a
GLM standard per dati non autocorrelati. Il toolkit è progettato per poter
funzionare insieme a AFNI, FSL, SPM e altri.
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vrrender
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Versions of package vrrender |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 20.2.0-2 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
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Medical image viewer featuring negatoscope, multi-planar
reconstruction, and volume rendering.
Many image formats are handled such as DICOM, mhd,
inr.gz, vtk, vti,... Segmentations meshes can also
be imported from DICOM and vtk formats, and visualized
in mixed rendering with images.
Tools are provided to measure distances of
structures in the image and to place landmarks.
Last, VRRender can also connect directly to a PACS, and
then request, download or upload DICOM files.
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vtk-dicom-tools
DICOM per VTK - strumenti
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Versions of package vtk-dicom-tools |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.8.14-3.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.5.5-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 0.8.14-3.2~exp1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.8.9-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.7.10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.8.12-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.8.14-3.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 0.8.16 |
|
License: DFSG free
|
Questo pacchetto contiene un insieme di classi per gestire file e metadati
DICOM dall'interno di VTK, e alcuni programmi di utilità per interrogare e
convertire file DICOM.
Strumenti a riga di comando.
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xmedcon
strumento di conversione di immagini medicali (DICOM, ECAT...) (GUI)
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Versions of package xmedcon |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.13.0-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.16.3+dfsg-1+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.24.0-gtk3+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.16.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 0.23.0-gtk3+dfsg-1+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.14.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package xmedcon: |
field | biology |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | converting |
works-with | image, image:raster |
x11 | application |
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License: DFSG free
|
Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato
sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C
della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella
interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente
gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.
Può anche leggere file non supportati senza compressione, visualizzare i
valori dei pixel o estrarre/riordinare le immagini specificate.
È possibile recuperare i vettori grezzi delle immagini in formato binario o
ASCII o produrre immagini PNG per le applicazioni desktop.
Questa è la versione per X del programma, basata su GTK+. Elabora un solo
file alla volta.
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Official Debian packages with lower relevance
cmtk
toolkit per morfometria computazionale
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Versions of package cmtk |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.3.1p1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.3.1p2+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.2.2-1.3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.3.1-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.3.1p1+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.3.1p2+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 3.4.0 |
|
License: DFSG free
|
Un toolkit software per morfometria computazionale di immagini biomediche,
CMTK comprende un insieme di strumenti a riga di comando e una libreria
backend di uso generale per elaborazione e I/O.
Gli strumenti a riga di comando forniscono principalmente le seguenti
funzionalità: registrazione (affine e non-rigida; canale singolo e
multiplo; a coppie e a gruppi), correzione di immagini (stima del campo del
bias MR; correzione degli artefatti delle immagini interlacciate),
elaborazione (filtri; combinazione di segmentazioni tramite voto e STAPLE;
media basata sulla forma), statistiche (t-test; regressione lineare generale).
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connectomeviewer
Interactive Analysis and Visualization for MR Connectomics
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Versions of package connectomeviewer |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1.0+dfsg-1 | all |
jessie | 2.1.0-1 | all |
|
License: DFSG free
|
The Connectome Viewer is a extensible, scriptable, pythonic research
environment for visualization and (network) analysis in neuroimaging
and connectomics.
Employing the Connectome File Format, diverse data types such as
networks, surfaces, volumes, tracks and metadata are handled and
integrated. The Connectome Viewer is part of the MR Connectome Toolkit.
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elastix
cassetta degli attrezzi per la registrazione rigida e non rigida di immagini
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Versions of package elastix |
Release | Version | Architectures |
trixie | 5.1.0-1 | amd64 |
jessie | 4.7-2 | amd64,i386 |
stretch | 4.8-10 | amd64,i386 |
buster | 4.9.0-1 | amd64,i386 |
bullseye | 4.9.0-2 | amd64,i386 |
bookworm | 5.0.1-4 | amd64 |
sid | 5.1.0-1 | amd64 |
upstream | 5.2.0 |
Debtags of package elastix: |
role | program |
|
License: DFSG free
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Registrazione di immagini basata sul ben conosciuto ITK (Insight
Segmentation and Registration Toolkit). Il software consiste in una
raccolta di algoritmi che sono usati comunemente per risolvere problemi di
registrazione di immagini (medicali). Il progetto modulare di elastix
permette all'utente di configurare, testare e confrontare velocemente
diversi metodi di registrazione per un'applicazione specifica.
Un'interfaccia a riga di comando abilita l'elaborazione automatica di un
gran numero di insiemi di dati, grazie a script.
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illustrate
cartoonish representations of large biological molecules
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Versions of package illustrate |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.0+git20200923.217db48-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.0+git20200923.217db48-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.0+git20200923.217db48-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 0.0+git20240817.e469df4 |
|
License: DFSG free
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This package provides a binary to transform PDF-formatted proteins into
simplified but instructive graphics. The software has been used for
the Protein-of-the-month's biomolecular illustrations for the past 20
years.
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imagemagick
programmi per la manipolazione di immagini -- binari
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Versions of package imagemagick |
Release | Version | Architectures |
bullseye-security | 6.9.11.60+dfsg-1.3+deb11u3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster-security | 6.9.10.23+dfsg-2.1+deb10u7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster | 6.9.10.23+dfsg-2.1+deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch-security | 6.9.7.4+dfsg-11+deb9u14 | amd64,arm64,armel,armhf |
stretch-security | 6.9.7.4+dfsg-11+deb9u13 | i386 |
experimental | 7.1.1.33+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 6.9.7.4+dfsg-11+deb9u8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie-security | 6.8.9.9-5+deb8u19 | amd64,armel,armhf,i386 |
jessie | 6.8.9.9-5+deb8u12 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 6.9.13.12+dfsg1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 6.9.13.12+dfsg1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm-security | 6.9.11.60+dfsg-1.6+deb12u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 6.9.11.60+dfsg-1.6+deb12u2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.9.11.60+dfsg-1.3+deb11u4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 6.9.13.17 |
Debtags of package imagemagick: |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | xlib |
use | converting, editing, viewing |
works-with | image, image:raster |
works-with-format | gif, jpg, pdf, png, postscript, svg, tiff |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
ImageMagick è una suite di programmi per creare, modificare e comporre
immagini bitmap. Può leggere, convertire e scrivere immagini in moltissimi
formati (oltre 100) tra i quali DPX, EXR, GIF, JPEG, JPEG-2000, PDF,
PhotoCD, PNG, PostScript, SVG e TIFF. Si può usare ImageMagick per
traslare, capovolgere, riflettere, ruotare, scalare, ritagliare e
trasformare le immagini, per correggere i colori, per applicare vari
effetti speciali oppure per disegnare testi, linee, poligoni, ellissi e
curve di Bézier.
Tutte le operazioni possono essere eseguite sia da riga di comando che
attraverso un'interfaccia grafica X11 (display).
Questo pacchetto include collegamenti ai binari e alle pagine di manuale
specifici per profondità di canale.
Questo è un pacchetto fittizio. Può essere rimosso, anche completamente,
senza problemi.
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imview
applicazione per visualizzare e analizzare immagini
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Versions of package imview |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.1.9h-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.1.9c-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1.9c-12 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.9h-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.1.9h-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.1.9h-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.1.9h-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package imview: |
role | program |
works-with | image, image:raster |
|
License: DFSG free
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Imview è un'applicazione che:
- visualizza immagini in un gran numero di formati;
- visualizza immagini 2D e 3D (come fette) con un ottimo ingrandimento
e scorrimento;
- accetta serie temporali e multi-spettrali, o documenti con più pagine
(per esempio immagini da satellite, pile TIFF, GIF animate e file con
più componenti eterogenei);
- visualizza pixel di ogni tipo (dati da 1 a 64 bit, interi o virgola
mobile);
- mostra profili 1D di immagini 2D (oppure fette 2D di immagini 3D);
- supporta mappe di colore arbitrarie per tutti i tipi di pixel (per
esempio la visualizzazione in falsi colori);
- dispone delle funzioni standard di manipolazione (luminosità/contrasto,
gamma, ingrandimento, ritaglio, rotazione, ecc.);
- può essere controllato da remoto via socket e comandi testuali (per
essere facilmente integrato in diversi sistemi di analisi delle
immagini);
- le immagini possono essere caricate in Imview via socket o memoria
condivisa;
- e molto altro!
Please cite:
Hugues Talbot:
ImView: a portable image display application
(eprint)
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orthanc-dicomweb
plugin per estendere Orthanc con la gestione di WADO e DICOMweb
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Versions of package orthanc-dicomweb |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.6+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.17+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.17+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.7+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.5+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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Orthanc DICOMweb è un plugin per Orthanc, un archivio per immagini mediche
leggero, indipendente dal produttore e basato su REST. Estende il nucleo
principale di Orthanc con la gestione degli standard WADO (ora noto come
WADO-URI) e DICOMweb (QIDO-RS, STOW-RS, WADO-RS).
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orthanc-gdcm
transcodificatore/decodificatore DICOM per Orthanc che usa GDCM (particolarmente per JPEG2k)
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Versions of package orthanc-gdcm |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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Questo pacchetto installa un plugin per Orthanc, un archivio di immagini
medicali leggero, RESTful e indipendente dal produtttore. Il plugin estende
Orthanc con un transcodificatore/decodificatore di immagini DICOM che è
costruito sopra alla libreria GDCM, mentre il
transcodificatore/decodificatore incorporato di Orthanc usa DCMTK.
Questo plugin è in particolare necessario ad Orthanc per poter
transcodificare e decodificare sintassi di trasferimento JPEG2k.
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orthanc-imagej
plugin per ImageJ per importare immagini da Orthanc
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Versions of package orthanc-imagej |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.2+dfsg-4 | all |
stretch | 1.1+dfsg-1 | all |
buster | 1.2+dfsg-1 | all |
bullseye | 1.2+dfsg-3 | all |
bookworm | 1.2+dfsg-3 | all |
trixie | 1.2+dfsg-4 | all |
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License: DFSG free
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Questo plugin per ImageJ permette a ImageJ di sfogliare il contenuto di un
server Orthanc e di importare immagini DICOM 2D/3D da Orthanc in ImageJ.
Orthanc è un server DICOM RESTful e leggero per ricerche in campo sanitario
e medico.
Questo plugin semplifica l'indicizzazione di immagini DICOM quando si usa
ImageJ (es. per controllo di qualità delle modalità DICOM o per uso
pedagogico). Non c'è nemmeno bisogno di intraprendere una complicata
configurazione della rete dal momento che il plugin usa direttamente l'API
REST di Orthanc. Ciò rende la sua installazione e il suo uso piuttosto diretti.
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orthanc-mysql
plugin per usare MySQL o MariaDB come backend di database per Orthanc
|
Versions of package orthanc-mysql |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Orthanc MySQL è un insieme di due plugin per Orthanc, un archivio di
immagini medicali leggero, RESTful e indipendente dal fornitore. Tali plugin
sostituiscono il motore SQLite predefinito di Orthanc con un backend MySQL o
MariaDB. Essi portano scalabilità in Orthanc, rendendolo pronto per ambienti
professionali.
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orthanc-neuro
plugin per neuroimmagini per Orthanc
|
Versions of package orthanc-neuro |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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Questo pacchetto installa un plugin per Orthanc, un archivio per immagini
medicali leggero e indipendente dal venditore basato su REST. Questo plugin
aggiunge la gestione di neuroimmagini in Orthanc, in particolare per
convertire facilmente da DICOM a NIfTI.
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orthanc-postgresql
plugin per usare PostgreSQL come backend di database per Orthanc
|
Versions of package orthanc-postgresql |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 4.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 3.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 6.2 |
|
License: DFSG free
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Orthanc PostgreSQL è un insieme di due plugin per Orthanc, un archivio per
immagini mediche leggero, indipendente dal produttore e basato su REST.
Questi plugin sostituiscono il motore SQLite predefinito di Orthanc con un
backend PostgreSQL. Essi portano la scalablilità in Orthanc rendendolo
pronto per ambienti professionali.
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orthanc-webviewer
visualizzatore web di immagini medicali per Orthanc
|
Versions of package orthanc-webviewer |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.9+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.8-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.7-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.5-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.9+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Orthanc Web Viewer è un plugin per Orthanc, un archivio per immagini
medicali leggero e indipendente dal venditore basato su REST. Estende
Orthanc con un visualizzatore web integrato di immagini DICOM.
|
|
paraview
applicazione per visualizzazione parallela
|
Versions of package paraview |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 5.11.0+dfsg-1 | amd64,arm64,i386,ppc64el,s390x |
jessie | 4.1.0+dfsg+1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 5.12.1+dfsg-4 | amd64,arm64,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.12.1+dfsg-4 | amd64,arm64,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 5.9.0-2 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
buster | 5.4.1+dfsg4-3.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.1.2+dfsg1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 5.13.1 |
Debtags of package paraview: |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
ParaView è un'applicazione multipiattaforma e open source progettata per
visualizzare insiemi di dati di dimensioni variabili da piccole a molto
grandi. Tra gli scopi del progetto ParaView sono inclusi i seguenti:
- sviluppare un'applicazione di visualizzazione open source e
multipiattaforma;
- gestire modelli di calcolo distribuito per elaborare grandi insiemi
di dati;
- creare un'interfaccia utente aperta, flessibile e intuitiva;
- sviluppare un'architettura estensibile basata su standard aperti.
ParaView gira su sistemi paralleli a memoria distribuita e condivisa così
come con processori singoli ed è stata testata con successo su Windows, Mac
OS X, Linux e varie workstation Unix, cluster e supercomputer. Sotto il
cofano, ParaView usa il Visualization Toolkit come motore di elaborazione e
rendering dei dati ed ha un'interfaccia utente scritta usando Qt.
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pngquant
utilità di ottimizzazione per immagini PNG (Portable Network Graphics)
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Versions of package pngquant |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.18.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.12.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.5.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
jessie-security | 2.3.0-1+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.17.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.13.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.18.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package pngquant: |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | compressing, converting |
works-with | image, image:raster |
works-with-format | png |
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License: DFSG free
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pngquant è un'utilità di conversione a riga di comando per la
quantizzazione e la
retinatura di immagini PNG truecolor, specialmente quelle con un canale
alfa completo, fino a ottenere immagini PNG con tavolozza RGBA a 8 bit (o
meno). Queste immagini
sono solitamente da due a quattro volte più piccole che le versioni a
32 bit, e la trasparenza parziale è mantenuta abbastanza bene. Questo rende
pngquant particolarmente utile sia per siti web che per lo sviluppo per la
PlayStation 2, dove uno dei formati di texture è bastato su tavolozze RGBA
(ma senza la compressione PNG).
Questa è la stessa tecnica usata da molte delle immagini nella pagina
"Miscellaneous Transparent PNGs"
(http://www.libpng.org/pub/png/pngs-img.html) e i risultati sono spesso
indistinguibili dalle immagini PNG originali in truecolor.
Gli ottimizzatori (come pngcrush e optipng) ottimizzano la compressione,
solitamente senza degrado, mentre pngquant quantizza i colori a 256 (o
meno) combinazioni distinte RGBA, il che comporta un degrado.
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science-workflow
sistemi di gestione dei flussi di lavoro per ricerca scientifica
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Versions of package science-workflow |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.14.5 | all |
trixie | 1.14.6 | all |
stretch | 1.7 | all |
buster | 1.10 | all |
sid | 1.14.6 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
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License: DFSG free
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Questo task elenca alcuni pacchetti che forniscono sistemi di gestione dei
flussi di lavoro utili per la ricerca scientifica.
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trimage
interfaccia GUI e a riga di comando per l'ottimizzazione di immagini
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Versions of package trimage |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.0.6-2 | all |
bullseye | 1.0.6-1 | all |
buster | 1.0.5+git20130126.e47888e-1 | all |
stretch | 1.0.5-1.1 | all |
sid | 1.0.6-2 | all |
trixie | 1.0.6-2 | all |
jessie | 1.0.5-1 | all |
Debtags of package trimage: |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | qt |
works-with | image |
works-with-format | jpg, png |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Trimage è un'interfaccia multipiattaforma con GUI e a riga di comando per
l'ottimizzazione di immagini mediante optipng, advpng, pngcrush e jpegoptim,
in funzione del tipo di file (attualmente sono gestiti i file PNG e JPG).
Tutti i file delle immagini sono compressi senza perdita al livello di
compressione massimo disponibile. Trimage fornisce varie funzioni di input
per adattarsi al flusso di lavoro dell'utente: un classico dialogo per i
file, trascinamento e rilascio e varie opzioni a riga di comando.
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Debian packages in contrib or non-free
bart-cuda
tools for computational magnetic resonance imaging
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Versions of package bart-cuda |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.6.00-1+deb11u1 (contrib) | amd64 |
sid | 0.8.00-2 (contrib) | amd64 |
bookworm | 0.8.00-2 (contrib) | amd64 |
upstream | 0.9.00 |
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License: DFSG free, but needs non-free components
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The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) is a free and
open-source image-reconstruction framework for Computational Magnetic
Resonance Imaging. It consists of a programming library and a toolbox
of command-line programs. The library provides common operations on
multi-dimensional arrays, Fourier and wavelet transforms, as well as
generic implementations of iterative optimization algorithms. The
command-line tools provide direct access to basic operations on
multi-dimensional arrays as well as efficient implementations of
many calibration and reconstruction algorithms for parallel imaging,
compressed sensing, and machine learning.
This package provides BART with CUDA support.
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fsl
transitional dummy package
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Versions of package fsl |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.0.7-4 (non-free) | all |
buster | 5.0.8-6 (non-free) | all |
Debtags of package fsl: |
field | medicine:imaging |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | tk |
use | analysing |
x11 | application |
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License: non-free
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The only purpose of this package is to enable upgrades to the new 'fsl-core'
package which replaces 'fsl'. This package can safely be removed.
Users aiming to perform a complete FSL installation (including all data
components) are advised to install the 'fsl-complete' package from
NeuroDebian.
Please cite:
Mark Jenkinson, Christian F. Beckmann, Timothy E. J. Behrens, Mark W. Woolrich and Stephen M. Smith:
FSL.
(PubMed)
NeuroImage
62(2):782-790
(2012)
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vmtk
the Vascular Modeling Toolkit
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Versions of package vmtk |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.1-3 (non-free) | all |
buster | 1.3+dfsg-2.3 (non-free) | all |
stretch | 1.3+dfsg-2.1+deb9u1 (non-free) | all |
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License: non-free
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The Vascular Modeling Toolkit is a collection of libraries and tools for
3D reconstruction, geometric analysis, mesh generation and surface data
analysis for image-based modeling of blood vessels.
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
bioimagesuite
integrated image analysis software suite
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Versions of package bioimagesuite |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.0-1 | all |
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License: GPL-2+
Debian package not available
Version: 2.0-1
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BioImage Suite has extensive capabilities for both neuro/cardiac
and abdominal image analysis and state of the art visualization.
Many packages are available that are highly extensible, and provide
functionality for image visualization and registration, surface
editing, cardiac 4D multi-slice editing, diffusion tensor image
processing, mouse segmentation and registration, and much more. It
can be integrated with other biomedical image processing software,
such as FSL and SPM. This site provides information, downloads,
documentation, and other resources for users of the software.
BioImage Suite was developed at Yale University and has been
extensively used at different labs at Yale since 2004.
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bioimagexd
Analyzing, processing and visualizing of multi dimensional microscopy images
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Versions of package bioimagexd |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.0-r1799-1 | all |
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License: GPL-2
Debian package not available
Version: 1.0-r1799-1
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BioImageXD is a multi-purpose post-processing tool for bioimaging. The
software can be used for simple visualization of multi-channel temporal image
stacks to complex 3D rendering of multiple channels at once. Animations of 3D
renderings can be created using flying paths or keyframes. BioImageXD has basic
image adjustment operations and a collection of noise reduction methods.
Processing methods are accompanied with a selection of segmentation methods.
Segmentation results can be analysed for tens of parameters or used for motion
tracking. Other quantitative analysis methods include for instance voxel and
object colocalization methods and internalization analysis. All processing and
analysis methods can be build into pipelines and run for hundreds of datasets
at once in batch processor.
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cellprofiler
quantitatively measure phenotypes from images automatically
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Versions of package cellprofiler |
Release | Version | Architectures |
VCS | 3.0.0-1 | all |
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License: GPL-2
Debian package not available
Version: 3.0.0-1
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CellProfiler is cell image analysis software designed to enable
biologists without training in computer vision or programming to
quantitatively measure phenotypes from thousands of images
automatically.
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crea
base library of the creaTools medical image processing suite
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Versions of package crea |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.0.20131107-1 | all |
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License: CeCILL-B
Debian package not available
Version: 0.0.20131107-1
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The CreaTools are a suite of medical image processing and visualization
software and development tools. They are developed by CREATIS, a
research unit with extensive experience in the medical image processing
field.
The CreaTools are a set of tools designed to meet both the needs of the
end-users (physicians, students or researchers) and of the developers.
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dicoogle
Java Advanced Imaging API reference implementation
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Versions of package dicoogle |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.5.0-1 | all |
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License: free
Debian package not available
Version: 2.5.0-1
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This project contains the source code for the core Java Advanced Imaging API
reference implementation containing the packages javax.media.jai. and
com.sun.media.jai..
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fiji
"batteries-included" distribution of ImageJ
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Versions of package fiji |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.3.1-1 | all |
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License: GPL-2 or GPL-3 or Public domain
Version: 2.3.1-1
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Fiji is an image processing package — a "batteries-included"
distribution of ImageJ, bundling many plugins which facilitate
scientific image analysis for the life sciences.
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freesurfer
analysis and visualization of functional brain imaging data
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Versions of package freesurfer |
Release | Version | Architectures |
VCS | 5.1.0+dev+cvs20120104-1 | all |
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License: FreeSurfer-Software-License-Agreement
Debian package not available
Version: 5.1.0+dev+cvs20120104-1
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FreeSurfer is a set of tools for analysis and visualization of
structural and functional brain imaging data. It contains a fully
automatic structural stream for processing cross sectional and
longitudinal data.
FreeSurfer provides many anatomical analysis tools, including:
representation of the cortical surface between white and gray matter,
representation of the pial surface, segmentation of white matter from
the rest of the brain, skull stripping, B1 bias field correction,
nonlinear registration of the cortical surface of an individual with
an sterotaxic atlas, labeling of regions of the cortical surface,
statistical analysis of group morphometry differences, and labeling of
subcortical brain structures, etc.
This package depends upon the latest version of freesurfer.
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incf-nidash-oneclick-clients
utility for pushing DICOM data to the INCF datasharing server
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License: BSD
Debian package not available
Language: Python
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A command line utility for anonymizing and sending DICOM data to the XNAT
image database at the International Neuroinformatics Coordinating Facility
(INCF). This tool is maintained by the INCF NeuroImaging DataSharing (NIDASH)
task force.
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insightapplications
InsightToolKit (ITK) based medical imaging applications
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Versions of package insightapplications |
Release | Version | Architectures |
VCS | 3.20.0-1.1 | all |
|
License: BSD
Debian package not available
Version: 3.20.0-1.1
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A variety of applications providing segmentation, registration, and
other medical image processing algorithms such as MRI bias field
correction.
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jist
Java Image Science Toolkit
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Versions of package jist |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.0.20100907.dfsg1-1 | all |
|
License: free
Debian package not available
Version: 2.0.20100907.dfsg1-1
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Java Image Science Toolkit (JIST) provides a native Java-based
imaging processing environment similar to the ITK/VTK
paradigm. Initially developed as an extension to MIPAV (CIT, NIH,
Bethesda, MD), the JIST processing infrastructure provides automated
GUI generation for application plug-ins, graphical layout tools, and
command line interfaces.
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kradview
medical image viewer for DICOM images
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Versions of package kradview |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.1.0-2 | all |
|
License: GPL-3+
Debian package not available
Version: 1.1.0-2
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Kradview is a viewer of images obtained for some different sources: X-ray,
NMR and DICOM-compatible imaging devices. Its aim is a easy to use DICOM viewer
with instant rendering of images, no matter the size and the zoom of the DICOM
image. It covers the "let's see the the X-ray image" need of the medical
professional.
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libdcm4che-java
Clinical Image and Object Management
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Versions of package libdcm4che-java |
Release | Version | Architectures |
VCS | 5.10.6-1 | all |
|
License: Apache-2.0 or LGPL-2
Debian package not available
Version: 5.10.6-1
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Dcm4che is a collection of open source applications and utilities for
the healthcare enterprise.
At the core of the dcm4che project is a robust implementation of the
DICOM standard. The dcm4che DICOM toolkit is used in many production
applications across the world.
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mayam
Cross-platform DICOM Viewer
|
Versions of package mayam |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.8-1 | all |
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License: MPL 1.1/GPL 2.0/LGPL 2.1
Debian package not available
Version: 0.8-1
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A Cross-platform DICOM viewer using the dcm4che toolkit.
The current features are:
- DICOM Listener for Q/R
- DICOM Send
- Local DB for storing study information
- Importing DICOM studies from local disk
- Parsing DicomDir from local disk or CD
- Query compressed studies without decompressing them
- Multiple Studies viewer using Layout,Tab view
- Export to JPEG (Study, Series, Instance level). Windowing can be
applied to a single instance or series of instance while exporting
- Cine Loop & stack navigation
- Toggle for Text and Annotation Overlay
- Windowing Presets Settings (based on modality)
- Layout Settings (based on modality)
- AE Management
- DICOM Tags Viewer
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micromanager
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Versions of package micromanager |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.4.10-1 | all |
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License: free
Version: 1.4.10-1
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µManager is a software package for control of automated microscopes. It lets
you execute common microscope image acquisition strategies such as time-lapses,
multi-channel imaging, z-stacks, and combinations thereof. μManager works with
microscopes from all four major manufacturers (Leica, Nikon, Olympus and
Zeiss), most scientific-grade cameras and many peripherals (stages, filter
wheels, shutters, etc.) used in microscope imaging (check the list of supported
hardware). Since μManager runs as a plugin to ImageJ, image analysis routines
are available within the application.
Unencumbered code provides a GUI for microscope image acquisition, a hardware
interface layer and hardware interfacing for:
- ASI stages, filter wheels and shutters
- Arduino
- Conix filter changer
- Velleman K8055 and K8061 digital IO boards
- Leica DMI microscopes
- Ludl shutters, stages and filter Wheels
- Nikon TE2000 microscope
- Physik Instrumente stages
- Pecon stage incubators
- Prior shutters, stages and filter wheels
- Spectral LMM5 laser controller
- Sutter shutters, filter wheels and DG4
- Vincent Uniblitz shutters
- Yokogawa spinning disk confocal CSU22 and CSUX
- Zeiss microscopes (two 'generations')
- iidc1394 compatible cameras (through libdc1394)
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mipav
quantitative analysis and visualization of medical images
|
Versions of package mipav |
Release | Version | Architectures |
VCS | 5.0.0.20100907-2 | all |
|
License: non-free
Version: 5.0.0.20100907-2
|
The MIPAV (Medical Image Processing, Analysis, and Visualization)
application enables quantitative analysis and visualization of
medical images of numerous modalities such as PET, MRI, CT, or
microscopy. Using MIPAV's standard user-interface and analysis
tools, researchers at remote sites can easily share research data and
analyses, thereby enhancing their ability to research, diagnose,
monitor, and treat medical disorders. MIPAV provides an interface
for plug-ins and serves as the foundation for other projects
(e.g. JIST).
This package provides downloader/installer for non-redistributable
closed-source version of MIPAV and a convenience startup wrapper.
You will have a choice of reviewing the license and accepting or
declining it upon installation.
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mni-colin27-nifti
Talairach stereotaxic space template
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Versions of package mni-colin27-nifti |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.1-2 | all |
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License: free
Version: 1.1-2
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This template MRI volume was created from 27 T1-weighted MRI scans of a
single individual that have been transformed into the Talairach stereotaxic
space. The anatomical image is complemented by a brain and a head mask.
All images are in 1x1x1 mm resolution.
This package provides the template in NIfTI format.
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openelectrophy
data analysis GUI for intra- and extra-cellular recordings
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Versions of package openelectrophy |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.0.svn143 | all |
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License: free
Version: 0.0.svn143
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This package provides the startup script for the OpenElectrophy GUI.
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openmeeg-tools
openmeeg library -- command line tools
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Versions of package openmeeg-tools |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.4.2-1 | all |
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License: CeCILL-B
Debian package not available
Version: 2.4.2-1
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OpenMEEG consists of state-of-the art solvers for forward problems in
the field of MEG and EEG. Solvers are based on the symmetric
Boundary Element method [Kybic et al, 2005], providing excellent
accuracy, particularly for superficial cortical sources. OpenMEEG can
compute four types of lead fields (EEG, MEG, Internal Potential and
Electrical Impedence Tomography).
This package provides command line interface to openmeeg functionality.
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slicer
software package for visualization and image analysis - main application
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Versions of package slicer |
Release | Version | Architectures |
VCS | 4.10.2-1 | all |
|
License: free
Debian package not available
Version: 4.10.2-1
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Slicer is an application for computer scientists and clinical researchers. The
platform provides functionality for segmentation, registration and
three-dimensional visualization of multi-modal image data, as well as advanced
image analysis algorithms for diffusion tensor imaging, functional magnetic
resonance imaging and image-guided therapy. Standard image file formats are
supported, and the application integrates interface capabilities to biomedical
research software and image informatics frameworks.
3D Slicer main application.
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stabilitycalc
evaluate fMRI scanner stability
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License: BSD
Language: Python
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Command-line tools to calculate numerous fMRI scanner stability metrics, based
on the FBIRN quality assurance test protocal. Any 4D volumetric timeseries
image in NIfTI format is support input. Output is a rich HTML report.
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tools for volumetric image analysis
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Versions of package via-bin |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.6.0-3.1 | all |
|
License: free
Version: 1.6.0-3.1
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VIA is a volumetric image analysis suite for functional and structural
(medical) images. The suite consists of different tools ranging from
simple data handling over viewers to complex image transformation.
All tools operate on data in VISTA format. The package contains several
converters from e.g. PNG, PGM or PNM to this data format and back.
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interactive parallel visualization and graphical analysis tool
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Versions of package visit |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.9.1-1 | all |
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License: free
Debian package not available
Version: 2.9.1-1
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VisIt is a free interactive parallel visualization and graphical
analysis tool for viewing scientific data. Users can quickly generate
visualizations from their data, animate them through time, manipulate
them, and save the resulting images for presentations. VisIt contains
a rich set of visualization features so that you can view your data in
a variety of ways. It can be used to visualize scalar and vector
fields defined on two- and three-dimensional (2D and 3D) structured and
unstructured meshes.
VisIt was designed to handle very large data set sizes in the terascale
range and yet can also handle small data sets in the kilobyte range.
|
xnat
platform for data management and productivity tasks in neuroimaging
|
Versions of package xnat |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1.7.5.1-1 | all |
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License: XNAT_SLA
Debian package not available
Version: 1.7.5.1-1
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The primary functionality of XNAT is to provide a place to store and
control access to neuroimaging data. This includes sophisticated user
control, search and retrieval, and archiving capabilities. As
open-source software, XNAT also supports a wide variety of
research-based processing pipelines, and is able to link up with
supercomputer processing power to dramatically shorten image
processing time.
|
Unofficial packages built by somebody else
cdmedicpacs
web interface to PACS to access DICOM study images
|
|
License: GPL2
|
Web based PACS (Picture Archiving and Communication System) to access DICOM
studies images, in an easy and quick manner.
- Easy configuration of PACS nodes (AE,IP,Port) , status, statistics
of storage form web interface.
- Dynamic web page generation from DICOM data +- prospective preparation
when system is idle.
- Automatic video(mp4/gif) generation from Heart MRI at Patient’s heart
bit frame rate and XA at 15 fps.
- Still images in jpeg with Window/Level from DICOM header when present
or with Histogram algorithm.
- Possibility on large Studies of still images to make a single mp4 for
Series instead of a bunch of jpeg.
- Easy web deletion of Series/Studies and auto deletion (Study date/DB
insertion) for temporal PACS.
- Good DICOM interaction with Diagnostic Modalities and commercial DICOM
Viewers/Work Stations.
- Good DICOM interaction with free DICOM Viewers Aeskulap
|
mni-autoreg
MNI average brain (305 MRI) stereotaxic registration model
|
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License: no-free, but GPLed parts
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This package provides a version of the MNI Average Brain (an average of 305
T1-weighted MRI scans, linearly transformed to Talairach space) specially
adapted for use with the MNI Linear Registration Package.
- average_305.mnc - a version of the average MRI that covers the whole brain
(unlike the original Talairach atlas), sampled with 1mm cubic voxels
- average_305_mask.mnc - a mask of the brain in average_305.mnc
- average_305_headmask.mnc - another mask, required for nonlinear mode
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mni-n3
MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization
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License: BSDish
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MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization (N3). This package provides
the 'nu_correct' tool for unsupervised correction of radio frequency (RF)
field inhomogenities in MR volumes. Two packages are provided:
- mni-n3 - provides 'nu_correct'
- libebtks-dev - MNI support library with numerical types and algorithms
|
opendicom.net
API to DICOM in C# for Mono
|
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License: LGPL
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The openDICOM.NET project implements a new approach towards DICOM
(Digital Imaging and Communications in Medicine) libraries. DICOM is
a worldwide standard in Medical IT and is provided by the National
Electrical Manufacturers Association (NEMA). This standard specifies
the way medical images and meta data like study or patient related
data is stored and communicated over different digital medias. Thus,
DICOM is a binary protocol and data format.
The openDICOM# Class Library, main part of the openDICOM.NET project,
provides an API to DICOM in C# for Mono and the .NET Framework. It is
a completely new implementation of DICOM. In contrast to other
similar libraries the intention of this implementation is to provide
a clean classification with support of unidirectional DICOM data
streaming. Another implemented goal is the support of DICOM as
XML. This is not standard conform but very use- and powerful within
software development, storage and manipulation. Currently, full read
support of DICOM output stream and full write support to XML is
supposed to be provided. The entire DICOM content can be accessed as
sequence or as tree of class instances. Latter is the default
representation of DICOM content by the library.
The openDICOM.NET Utils are a collection of console tools for working
with the needed data dictionaries in different data formats (binary
and textual), query of ACR-NEMA (prior DICOM standard) and DICOM
files and transcoding them into image formats like JPEG and XML
files. These utils are written in C# for Mono and the .NET Framework
and are using the openDICOM# API for processing.
The openDICOM.NET Navigator recapitulates the openDICOM.NET Utils in
form of a GTK# GUI. It provides different views with focus on DICOM
data sets and visualization. Connectivity to GIMP is also given for
single image processing purpose as well as the possibility to run
through multi-frame images like a movie.
The openDICOM.NET Beagle Filter Plugin increases the usability of
ACR-NEMA and DICOM query within your desktop. It makes DICOM content
overall indexable for retrieval. The Beagle search engine relies on
Mono/.NET and works in the background of your system, but is able to
detect content changes in realtime (depending on your configuration).
All GUI applications focus the popular GNOME desktop, but are 100%
platform independent by relying on Mono.
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No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
Delft Visualization and Image processing Development Environment
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License: BSD
Debian package not available
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DeVIDE, or the Delft Visualization and Image processing Development
Environment, is a Python-based dataflow application builder that enables
the rapid prototyping of medical visualization and image processing
applications via visual programming. In other words, by visually connecting
functional blocks (think Yahoo pipes), you can create cool visualizations.
See the DeVIDE website at http://visualisation.tudelft.nl/Projects/DeVIDE
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DTI spatial normalization and atlas construction toolkit
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License: GPL-3+
Debian package not available
Language: C++
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DTI-TK is a spatial normalization & atlas construction toolkit,
designed from ground up to support the manipulation of
diffusion-tensor images (DTI) with special cares taken to respect the
tensorial nature of the data. It implements a state-of-the-art
registration algorithm that drives the alignment of white matter (WM)
tracts by matching the orientation of the underlying fiber bundle at
each voxel. The algorithm has been shown to both improve WM tract
alignment and to enhance the power of statistical inference in
clinical settings. The key features include:
- NIfTI support for scalar, vector and DTI volumes
- tool chains for manipulating DTI volumes: resampling, smoothing,
warping, registration & visualization
- pipelines for WM morphometry: spatial normalization & atlas
construction for population-based studies
- built-in cluster-computing support
- interoperability with other major DTI tools: AFNI, Camino,
DTIStudio & FSL
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toolbox for processing and visualization of electrophysiological data
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License: GPL-2+
Debian package not available
Language: C, Matlab/Octave
|
EEGLAB is an interactive Matlab toolbox for processing continuous and
event-related EEG, MEG and other electrophysiological data
incorporating independent component analysis (ICA), time/frequency
analysis, artifact rejection, event-related statistics, and several
useful modes of visualization of the averaged and single-trial data.
Please register by following this link if you are using eeglab.
Please cite:
Delorme A and Makeig S:
EEGLAB: an open source toolbox for analysis of single-trial EEG dynamics
(2004)
|
I/O framework for neuroimaging data
|
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License: GPL-2+
Debian package not available
Language: C++
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This framework aids access of and conversion between various established
neuro-imaging data formats, like Nifti, Analyze, DICOM and VISTA. ISIS
is extensible with plugins to add support for additional data formats.
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high performance computing MRI simulator
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License: GPL-2+
Debian package not available
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JEMRIS, which stands for "Juelich Extensible MRI Simulator", is
a general simulator of MRI (Magnetic Resonance Imaging) data.
The general process of simulation consists of preparation by choice or
implementation of sequence, sample and coil setup and the invocation
of the simulation run itself.
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medical image referral, archiving, routing and viewing system
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License: GPL
Debian package not available
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OpenSourcePACS is a free, open source image referral, archiving,
routing and viewing system. It adds functionality beyond conventional
PACS by integrating wet read functions, implemented through DICOM
Presentation State and Structured Reporting standards.
In its first release, OpenSourcePACS delivers a complete wet read
system, enabling an imaging clinic or hospital to offer its services
over the web to physicians within or outside the institution. In
future releases, we hope to incorporate more RIS (dictation,
transcription, and reporting) functionality.
OpenSourcePACS is a product of the UCLA Medical Imaging Informatics
group (http://www.mii.ucla.edu/).
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No known packages available
blox
medical imaging and visualization program
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License: GPL
Debian package not available
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The purpose of the project is to develop a quantitative medical
imaging and visualization program for use on brain MR, DTI and MRS
data. It is a joint project of the Kennedy Krieger Institute and the
Johns Hopkins University, Psychiatric Neuroimaging Lab
(http://pni.med.jhu.edu/methods/morph.htm).
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brainvisa
image processing factory for MR images
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License: Free? (CeCill License)
Debian package not available
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BrainVISA is a software, which embodies an image processing
factory. A simple control panel allows the user to trigger some
sequences of treatments on series of images. These treatments are
performed by calls to command lines provided by different
laboratories. These command lines, hence, are the building blocks on
which are built the assembly lines of the factory. BrainVISA is
distributed with a toolbox of building blocks dedicated to the
segmentation of T1-weighted MR images. The product of the main
assembly line made up from this toolbox is the following: grey/white
classification for Voxel Based Morphometry, Meshes of each hemisphere
surface for visualization purpose, Spherical meshes of each
hemisphere white matter surface, a graph of the cortical folds, a
labeling of the cortical folds according to a nomenclature of the
main sulci.
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dcm4chee
Clinical Image and Object Management (enterprise)
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License: LGPL, MPL, Apache, other (also non-free)
Debian package not available
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Contained within the dcm4che project is dcm4chee (the extra 'e'
stands for 'enterprise'). dcm4chee is an Image Manager/Image Archive
(according to IHE). The application contains the DICOM, HL7 services
and interfaces that are required to provide storage, retrieval, and
workflow to a healthcare environment. dcm4chee is pre-packaged and
deployed within the JBoss application server. By taking advantage of
many JBoss features (JMS, EJB, Servlet Engine, etc.), and assuming the
role of several IHE actors for the sake of interoperability, the
application provides many robust and scalable services.
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dicom4j
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License: GPL
Debian package not available
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Java framework for Dicom
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drjekyll
interactive voxel editor for viewing and editing three-dimensional images
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License: GPL
Debian package not available
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It is specifically aimed at postprocessing of segmented datasets,
but offers some functionality for raw data as well.
Voxel elements (=voxels) and pixel ("picture element") are viewed
as data sets and can be processed by this program as kind of
a final polishing process.
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dti-query
dynamic queries of the white matter brain pathways
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License: MIT
Debian package not available
Language: C++
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This application allows neuroscientists to place and interactively manipulate
box-shaped regions (or volumes of interest) to selectively display pathways
that pass through specific anatomical areas. A simple and extensible query
language allows for arbitrary combinations of these queries using Boolean
logic operators. Queries can be further restricted by numerical path
properties such as length, mean fractional anisotropy, and mean curvature.
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ecg2png
convert scanned electrocardiograms into PNG format
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License: GPL
Debian package not available
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This program is designed to convert scanned 12-lead
electrocardiograms into PNG format and a web-friendly image size. It
assumes that the electrocardiogram (ECG) is printed with a black line
on white paper with a red grid.
The problems this program is designed to solve are (1) an ECG scanned
at relatively high resolution (300 to 600 dots per inch) imposes a
substantial load on the web browser because it contains about 6
million pixels which may require 18 to 24 MB of RAM to store for
display. Also, (2) typical scanners convert a clean paper ECG into a
multitude of colors, include green and blue. The resulting file
cannot be compressed efficiently because it does not contain as much
redundancy, and thus takes more time to transmit over low-speed
network connections.
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gimias
Graphical Interface for Medical Image Analysis and Simulation
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License: BSD-like
Debian package not available
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GIMIAS is a workflow-oriented environment for solving advanced
biomedical image computing and individualized simulation problems, which
is extensible through the development of problem-specific plug-ins. In
addition, GIMIAS provides an open source framework for efficient
development of research and clinical software prototypes integrating
contributions from the Physiome community while allowing
business-friendly technology transfer and commercial product
development.
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hid
database management system for clinical imaging
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License: BSD, BIRN
Debian package not available
Language: java
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The Human Imaging Database (HID) is an extensible database management
system developed to handle the increasingly large and diverse
datasets collected as part of the MBIRN and FBIRN collaboratories and
throughout clinical imaging communities at large.
Please register by following this link if you are using hid.
Please cite:
Keator, D.B.; Grethe, J.S.; Marcus, D.; Ozyurt, B.;
Gadde, S.; Murphy, S.; Pieper, S.; Greve, D.;Notestine, R.; Bockholt,
H.J.; Papadopoulos, P.:
A National Human Neuroimaging Collaboratory Enabled
By The Biomedical Informatics Research Network (BIRN)
(2008)
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maris
package suite for Radiological Workflow
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License: GPL
Debian package not available
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The MARiS Project goal is to realize a package suite for Radiological
Workflow using Open Source tools and technologies in according with
IHE guidelines. The architecture of the single packages is based on
the concept of IHE actor: this is very useful to develop a system
that is an ensemble of single pieces that cooperate together using
IHE profiles.
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medisnap
photograph, manage, view, compare, document and archive medical photos
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License: GPL-3
Debian package not available
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Photograph, manage, view, compare, document and archive medical photos fully integrated
into doctor's practice systems. Take a photo and immediately see how the picture gets
archived to your current patient automatically.
- direct support for Olympus E-System cameras
- network support
- fully integrated via GDT interface into many medical software systems
- organise photos by patients effectively
- define your own localisations
- compare photos of healing processes at different times
- work time-optimized and effective, photos automatically get added and archived under
the current patient in your system
- easily print selected photos and archive or give them to your patients
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mesa-test-tools
IHE Test Software for Radiology
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License: free
Debian package not available
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The MESA software release which is available at
http://ihedoc.wustl.edu/mesasoftware/10.15.0/dist/ provides several
tools that might cover a wide range of applications for
Integrating the Healthcare Enterprise (IHE) testing.
Another important element of the IHE testing process is the set of
software tools HIMSS and RSNA have commissioned. Developed by the
Electronic Radiology Laboratory at the Mallinckrodt Institute of
Radiology, Washington University of St. Louis, the MESA tools are
designed for use by participating companies in implementing IHE
capabilities in their systems and preparing for the Connectathon. Their
purpose is to provide communication partners, test data and test plans
to allow organizations to provide a baseline level of testing as they
implement the IHE Technical Framework. These tools are made available to
participants during the period of an IHE demonstration year and are then
released into the public domain at the end of that cycle. The latest
version of the MESA Test Tools available in the public domain can be
found here.
This kind of software is definitively valuable for information systems
vendors and imaging systems vendors.
Because the CTN Debian package is based on an upstream dead project
these tools should have a high priority for packaging because the
CTN homepage http://erl.wustl.edu/research/dicom/ctn.html says:
"The CTN software is also embedded within the MESA tools. The version
of CTN software in those tools does not have a separate release number
but is more current than version 3.0.6."
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miview
Medical Images viewer and converter
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License: GPL-3+
Debian package not available
Language: C++
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MIView features
- DICOM files browser
- volume rendering
- reads DICOM v3, NEMA/ACR, Papyrus, Jpeg, GIF, bitmap, TIFF,
Analyze 7.5, and Nifti1 files
- can convert to raster (jpeg, bitmap, etc) and Analyze/Nifti1
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mni-icbm152-nlin-2009
MNI stereotaxic space human brain template
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License: custom, DFSG-compliant
Debian package not available
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This is an unbiased standard magnetic resonance imaging template volume for
the normal human population. It has been created by the Montreal Neurological
Institute (MNI) using anatomical data from the International Consortium for
Brain Mapping (ICBM).
The package provides a 1x1x1 mm and 0.5x0.5x0.5 mm resolution templates
(hemissphere-symetric and asymetric non-linearily co-registered versions),
some including T1w, T2w, PDw modalities, T2 relaxometry, and tissue probability
maps. In addition, it contains a lobe atlas, and masks for brain, eyes and
face.
Please cite:
V.S. Fonov, A.C. Evans, R.C. McKinstry, C.R. Almli and D.L. Collins:
Unbiased nonlinear average age-appropriate brain templates from birth to adulthood.
(2009)
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mrisim
simulator for magnetic resonance imaging data
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License: BSD-like
Debian package not available
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mrisim is a simple Magnetic Resonance Imaging (MRI) simulation program
which produces MINC volumes from a segmented and labelled brain phantom.
It allows intrinsic tissue parameters (T1, T2...) and pulse sequence
parameters (TR, TE ...) to be specified and then produces simulated
images with noise. Currently, no artifacts are implemented.
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omero
coming standard LIMS for microscopy images
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License: GPL
Debian package not available
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OMERO is client-server software for visualisation, management and
analysis of biological microscope images.
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piano
medical image processing library for surgical planning
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License: BSD
Debian package not available
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Piano is a library containing roughly 75 algorithms and tools for
multi-dimensional medical image processing, analysis and visualization.
It is used in the field of surgical planning.
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pymeg
suite for analysis of magnetoencephalography (MEG) data
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License: GPL-3
Debian package not available
Language: Python
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PyMEG is a project in Python to do various neuroimaging processing
with magnetoencephalography (MEG) data. The purpose of this project,
is to create a suite of functions to do MEG analysis in Python.
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stir
Software for Tomographic Image Reconstruction
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License: GPL
Debian package not available
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STIR is Open Source software for use in tomographic imaging. Its aim is to
provide a Multi-Platform Object-Oriented framework for all data manipulations
in tomographic imaging. Currently, the emphasis is on (iterative) image
reconstruction in PET, but other application areas and imaging modalities
can and might be added.
STIR is the successor of the PARAPET software library which was the result
of a (European Union funded) collaboration between 6 different partners,
the PARAPET project..
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tempo
3D visualization of brain electrical activity
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License: BSD
Debian package not available
Language: C++, Qt
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TEMPO is open source software for 3D visualization of brain electrical
activity. TEMPO accepts EEG file in standard EDF format and creates
animated sequence of topographic maps. Topographic maps are generated
over 3D head model and user is able to navigate around head and examine
maps from different viewpoints. Most mapping parameters are adjustable
through appropriate graphical user interface controls. Also, individual
topographic maps could be saved in PNG format for future examination or
publishing.
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