Debian Med Imaging packages

AMIDE: analizator zobrazowanych danych medycznych (ang. Amide's a Medical Imaging Data Examiner). AMIDE jest narzędziem do przeglądania i analizowania zestawów danych obrazów medycznych. Do jego możliwości można zaliczyć: jednoczesne przetwarzanie złożonych zbiorów danych importowanych z różnych formatów plików, łączenie obrazów, przedstawianie określonych analiz i rysunków w postaci trójwymiarowej, renderowanie objętości i wyrównywanie obrazów ciał stałych.

Amide importuje większość klinicznych plików DICOM (z wykorzystaniem biblioteki DCMTK).

Advanced Normalization Tools (ANTS) is an ITK-based suite of normalization, segmentation and template-building tools for quantitative morphometric analysis. Many of the ANTS registration tools are diffeomorphic, but deformation (elastic and BSpline) transformations are available. Unique components of ANTS include multivariate similarity metrics, landmark guidance, the ability to use label images to guide the mapping and both greedy and space-time optimal implementations of diffeomorphisms. The symmetric normalization (SyN) strategy is a part of the ANTS toolkit as is directly manipulated free form deformation (DMFFD).

This package provides environment-modules configuration. Use 'module load ants' to make all cmdline tools available in your shell.

The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) is a free and open-source image-reconstruction framework for Computational Magnetic Resonance Imaging. It consists of a programming library and a toolbox of command-line programs. The library provides common operations on multi-dimensional arrays, Fourier and wavelet transforms, as well as generic implementations of iterative optimization algorithms. The command-line tools provide direct access to basic operations on multi-dimensional arrays as well as efficient implementations of many calibration and reconstruction algorithms for parallel imaging, compressed sensing, and machine learning.

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) to wolna od opłat, otwartoźródłowa platforma rekonstruowania obrazu, służąca do obrazowania metodą komputerowego rezonansu magnetycznego.

Pakiet zawiera przeglądarkę obrazów jako opcjonalny komponent środowiska BART. Przeglądarka ta jest przeznaczona do obsługi wielowymiarowych danych * wartościach zespolonych.

Pakiet oparty jest na bibliotece BioSig i zawiera narzędzia wiersza poleceń, takie jak:

• save2gdf: konwerter pomiędzy różnymi formatami plików, takimi jak: (lecz nie ograniczający się do nich) SCP-ECG (EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB.
• biosig2gdf: konwertuje pliki danych biosig do formatu GDF, aby uprościć analizowanie i ładowanie językom skryptowym (np.loadgdf.{py,r}).
• rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: kilka narzędzi konwertujących opartych na save2gdf.
• biosig_fhir: pakuje dane biosygnałowe do binarnego pliku szablonu HL7/FHIR.
• physicalunits: konwerter do kodowania i dekodowania jednostek fizycznych zgodnie z ISO 11073-10101.

CamiTK helps researchers and clinicians to easily and rapidly collaborate in order to prototype CAMI applications, that feature medical images, surgical navigation and biomechanical simulations.

camitk-imp is the CamiTK workbench application where you can test all available extensions for prototyping. It provides an easy and interactive access to all available data and algorithm parameters, including the one you build yourself using the CamiTK SDK.

For example, camitk-imp can visualize medical images from a lot of different (standard) formats, offers image processing and segmentation algorithms to reconstruct a mesh geometry and run a biomechanical simulation.

DICOM jest standardem przechowywania obrazów, nanoszenia uwag oraz ich wymiany w sieci. Jest szeroko stosowany w obrazowaniu medycznym. Oprogramowanie Central Test Node (CTN) zapewnia implementację tego standardu.

Pakiet zawiera program w postaci binarnej oraz wstępną konfigurację do programu CTN.

CTSim dostarcza interaktywny symulator tomografii komputerowej. Tomografia komputerowa jest techniką przybliżonego opisu wnętrza obiektu na podstawie pomiaru promieniowania rentgenowskiego wchłoniętego przez ten obiekt.

CTSim posiada graficzny interfejs użytkownika oraz możliwość zarządzania z wiersza poleceń. CTSim udostępnia bardzo dobry system szkoleniowy, służący do przeglądania danych uzyskanych w trakcie symulacji oraz rekonstrukcji obiektu.

dcm2niix is the successor of dcm2nii, a popular tool for converting images from the complicated formats used by scanner manufacturers (DICOM, PAR/REC) to the simpler NIfTI format used by many scientific tools. It works for all modalities (CT, MRI, PET, SPECT) and sequence types.

DCMTK zawiera zbiór bibliotek i aplikacji do rozpatrywania, tworzenia i konwertowania plików obrazów DICOM, obsługiwania mediów w trybie offline, wysyłania i odbierania obrazów za pośrednictwem połączenia sieciowego, jak również przykładowe serwery do przechowywania obrazów i listy zadań.

Pakiet zawiera aplikacje użytkowe DCMTK.

Uwaga: Niniejsza wersja została skompilowana z obsługą libssl.

Pakiet zawiera narzędzia wiersza poleceń do tworzenia, modyfikowania, przesyłania i sprawdzania poprawności plików z atrybutami DICOM. Obsługuje przekształcanie niektórych własnościowych formatów obrazów medycznych do DICOM. Umożliwia współpracę ze starszym formatem danych ACR/NEMA i niektórymi własnościowymi wersjami tego formatu, takimi jak SPI.

DICOMscope is a free DICOM viewer which can display uncompressed, monochrome DICOM images from all modalities and which supports monitor calibration according to DICOM part 14 as well as presentation states.

DICOMscope offers a print client (DICOM Basic Grayscale Print Management) which also implements the optional Presentation LUT SOP Class.

The development of this prototype was commissioned by the "Committee for the Advancement of DICOM" and demonstrated at the European Congress of Radiology ECR 1999. An enhanced version was developed for the "DICOM Display Consistency Demonstration" at RSNA InfoRAD 1999.

The current release has been demonstrated at ECR 2001 and contains numerous extensions, including a print server, support for encrypted DICOM communication, digital signatures and structured reporting.

GDF (General Dataformat for Biosignals - powszechny format danych do biosygnałów) służy do uniwersalnego przechowywania biosygnałów, takich jak EEG, EKG, MEG itd.

Pakiet zawiera narzędzie dostarczane z biblioteką (gdf_merger).

Ginkgo CADx stanowi kompletne rozwiązanie przeglądarki do standardu DICOM z zaawansowanymi funkcjami i obsługą rozszerzeń.

• Prosty i konfigurowalny interfejs poprzez profile.
• W pełni funkcjonalna wizualizacja obrazów DICOM.
• Kompletny zestaw narzędzi (measure, markers, text, ...).
• Obsługa wielu modalności (neurologiczne, radiologiczne, dermatologiczne, okulistyczne, USG, endoskopiczne, ...).
• Obsługa dychotomizacji z JPEG, PNG, GIF i TIFF.
• Pełna obsługa integracji EMH: standard HL7 i obieg zgodny z IHE.
• Stacja robocza PACS (C-Find, C-MOVE, C-STORE ...).
• Rozszerzalny dzięki niestandardowym rozszerzeniom.
• Kompozycja mozaikowa obrazu siatkówki.
• Automatyczna analiza diagnostyki siatkówki.
• Automatyczna diagnostyka łuszczycy.

Gwyddion jest modularnym programem do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM). Przeznaczony jest głównie do analizy danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości, otrzymanych przy pomocy następujących technik:

• Mikroskop Sił Atomowych (AFM),
• Mikroskop Sił Magnetycznych (MFM),
• Skaningowy Mikroskop Tunelowy (STM),
• Mikroskop Optyczny Bliskiego Pola (SNOM lub NSOM) i wiele innych. Może być również użyty do arbitralnej analizy obrazów danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości.

Pakiet zawiera główną aplikację i jej moduły. Zawiera również program Thumbnailer do GNOME (i Xfce), który tworzy podgląd wszystkich typów plików obsługiwanych przez program Gwyddion.

This is a flexible dicom converter for organizing brain imaging data into structured directory layouts. It allows for flexible directory layouts and naming schemes through customizable heuristics implementations. It only converts the necessary dicoms, not everything in a directory. It tracks the provenance of the conversion from dicom to nifti in w3c prov format.

Program umożliwia podgląd, edycję, analizę, przetwarzanie, zapis oraz wydruk obrazów o paletach 8, 16 i 32-bitowych. Umożliwia otwieranie formatów TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS oraz "raw". Wspiera przetwarzanie serii obrazów w jednym oknie.

Program umożliwia obliczanie pól oraz statystyk wartości pikseli dla zakresów wybranych przez użytkownika. Możliwy jest pomiar odległości i kątów, tworzenie histogramów i wykresów profilowych. Dostępne są również standardowe operacje na obrazie takie jak: zmiana kontrastu, wyostrzanie, wygładzanie, trasowanie czy filtrowanie uśredniające.

Aby dokonywać pomiarów rzeczywistych odległości możliwa jest kalibracja przestrzenna w danych jednostkach np. milimetrach. Można również kalibrować względem gęstości lub skali szarości.

ImageJ został opracowany przez Wayne'a Rasbanda (wayne@codon.nih.gov) na Oddziale Usług Badawczych w National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

ImageVis3D is a volume rendering application specifically designed to render large data. This is achieved by splitting the dataset into multiple levels of detail (LoD), with each level itself decomposed into multiple bricks (atomic rendering primitive). Interaction occurs at the coarsest LoD, which can be rendered instantaneously on almost all modern systems. After a configurable delay, ImageVis3D will successively render finer levels of detail, until the data are visible at their native resolution.

Development of ImageVis3D is sponsored by the NIH/NCRR Center for Integrative Biomedical Computing (CIBC), and the DOE Visualization And Analytics Center for Enabling Technologies (VACET).

InVesalius generates 3D medical imaging reconstructions based on a sequence of 2D DICOM files acquired with CT or MRI equipments. InVesalius is internationalized (currently available in English, Portuguese, French, Spanish, Turkish, Italian, Czesh, Japanese, Catalan, Korean, Romanian and German) and provides several tools:

• DICOM support including: (a) ACR-NEMA version 1 and 2; (b) DICOM version 3.0 (including various encodings of JPEG -lossless and lossy-, RLE)
• Image manipulation features (zoom, pan, rotation, brightness/contrast, etc)
• Segmentation based on 2D slices
• Pre-defined threshold ranges according to tissue of interest
• Segmentation based on watershed
• Region growing segmentation
• Edition tools (similar to Paint Brush) based on 2D slices
• Semi-automatic segmentation based on Watershed
• 3D surface creation
• 3D surface connectivity tools
• 3D surface exportation (including: binary STL, OBJ, VRML, Inventor)
• High-quality volume rendering projection
• Pre-defined volume rendering presets
• Volume rendering crop plane
• Picture exportation (including: BMP, TIFF, JPG, PostScript, POV-Ray)
• Minimum, Maximum or Mean Intensity Projection, Maximum Intensity Difference Accumulation and Contour based visualizations

The ISMRMRD format combines a mix of flexible data structures (XML header) and fixed structures (equivalent to C-structs) to represent MRI data.

In addition, the ISMRMRD format also specifies an image header for storing reconstructed images and the accompanying C++ library provides a convenient way of writing such images into HDF5 files along with generic arrays for storing less well defined data structures, e.g. coil sensitivity maps or other calibration data.

This package provides the command-line tools.

SNAP umożliwia półautomatyczną segmentację struktur w obrazach medycznych (np. obrazach rezonansu magnetycznego mózgu) przy użyciu metod aktywnych konturów, jak również ręcznego wytyczania i nawigacji w ramach obrazu. Godne uwagi cechy to:

• połączony kursor do łatwej nawigacji 3D;
• ręczna segmentacja w trzech prostopadłych płaszczyznach jednocześnie;
• obsługa wielu różnych formatów obrazu 3D, w tym NIfTI;
• obsługa równoczesnego podglądania i segmentacji wielu obrazów;
• ograniczona obsługa kolorowych obrazów (np. map tensora dyfuzji);
• narzędzie przycinania płaszczyzny 3D do przyspieszenia dalszego przetwarzania wyników segmentacji.

KiNG (Kinemage, Następna Generacja) jest interaktywnym systemem do tworzenia trójwymiarowej grafiki wektorowej. Obsługuje szereg prymitywów graficznych, co czyni go idealnym narzędziem do różnego rodzaju grafów, wykresów i innych ilustracji; mimo, że pierwotnie został zaprojektowany do wyświetlania wielocząsteczkowych struktur dla biofizycznych badań. KiNG opiera się na Mage, JavaMage oraz na koncepcji "kinemage" (kinetyczne obrazy), aby zapewnić w pełni funkcjonalną aplikację Javy z przyjaznym użytkownikowi interfejsem i zintegrowanymi funkcjami edycji. Plik o rozszerzeniu .jar z programem KiNG można użyć wewnątrz strony internetowej jako aplet lub obiekt Javy, w celu umożliwienia łatwego dostępu do obrazów kinemage albo zarządzania plikami za pośrednictwem przeglądarki.

Grassroots DiCoM is a C++ library for DICOM medical files. It is automatically wrapped to python/C#/Java (using swig). It supports RAW,JPEG (lossy/lossless),J2K,JPEG-LS, RLE and deflated.

Install this package for the gdcmanon, gdcmclean, gdcmconv, gdcmdiff, gdcmdump, gdcmpap3, gdcmgendir, gdcmimg, gdcminfo, gdcmpdf, gdcmraw, gdcmscanner, gdcmscu, gdcmtar, gdcmxml programs.

Program przeznaczony jest do konwertowania formatów obrazów medycznych i rozpowszechniany na podstawie licencji (L)GPL. Pakiet zawiera kompletny kod źródłowy w języku C, elastyczne narzędzie wiersza poleceń oraz przejrzysty interfejs graficzny, stworzony przy użyciu biblioteki GTK+. Aktualnie obsługuje następujące formaty: ACR/NEMA 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 i PNG.

Program umożliwia także odczytywanie nieskompresowanych, oficjalnie nieobsługiwanych plików, wyświetlanie wartości pikseli oraz wyodrębnianie/zmienianie kolejności poszczególnych obrazów. Możliwe jest również uzyskiwanie nieprzetworzonych obrazów w formatach binarnym lub ASCII oraz zapisywanie obrazów w formacie PNG, używanym w aplikacjach pulpitowych.

Jest to narzędzie wiersza poleceń do przetwarzania wsadowego.

Narzędzia wiersza poleceń do uruchamiania powszechnie stosowanych zadań dotyczących przetwarzania dwu i trójwymiarowych obrazów w skali szarości, oraz podstawowych operacji na trójkątnych oczkach. Obsługiwanymi algorytmami przetwarzania obrazów są: filtrowanie, łączenie, rejestrowanie, kompensowanie ruchu na serii zdjęć, oraz ocena różnych statystyk mających związek z obrazami. Pakiet zawiera również interfejsy nipype do tych narzędzi wiersza poleceń.

MIA to przeglądarka do wizualizacji zestawów danych 3D. Interfejsy i obsługiwane typy danych skupiają się na wynikach, które można uzyskać, uruchamiając programy z pakietu mia-tools.

Narzędzie zapewnia prosty mechanizm renderujący 3D, który może wizualizować powierzchnie bezpośrednio z wielkości 3D i służyć do wyznaczania punktów orientacyjnych 3D. Najlepiej nadaje się do zestawów danych CT.

Pakiet zawiera narzędzia do obsługi plików MINC.

Format pliku Minc to bardzo elastyczny format plików obrazów medycznych, zbudowany na bazie uogólnionego formatu danych NetCDF. Format ten jest prosty, samoopisujący się, rozszerzalny, przenośny i N-wymiarowy, z interfejsami programistycznymi zarówno do niskopoziomowego dostępu do danych, jak i do wysokopoziomowego zarządzania zawartością. Pakiet udostępnia zestaw narzędzi do obsługi plików graficznych, bazujący na bibliotekach. Format, biblioteki i narzędzia przeznaczone są do użytku w środowisku badawczym obrazowania medycznego: są proste i wydajne i nie starają się zapewnić użytkownikom ładnego interfejsu.

Jest to narzędzie z graficznym interfejsem użytkownika, służące do przeglądania i analizowania (funkcjonalnych) obrazów otrzymanych metodą rezonansu magnetycznego. MRIcron może być używany do tworzenia dwu- lub trójwymiarowych wizualizacji map statystycznych, nakładanych na zdjęcia anatomiczne mózgu. Ponadto, pomaga w rysowaniu anatomicznych obszarów zainteresowania (ROI), w odwzorowywaniu zmian oraz w podstawowej analizie funkcjonalnych szeregów czasowych (np. w tworzeniu wykresów przed i po stymulacyjnej zmiany sygnału).

Oprócz samego MRIcron, pakiet dostarcza również narzędzie dcm2nii, obsługujące konwersję obrazów DICOM i PAR/REC do formatu NIfTI oraz npm do nieparametrycznej analizy danych.

Set of tools to perform diffusion-weighted MRI white matter tractography of the brain in the presence of crossing fibres, using Constrained Spherical Deconvolution, and a probabilisitic streamlines algorithm. Magnetic resonance images in DICOM, ANALYZE, or uncompressed NIfTI format are supported.

Niftilib jest zestawem bibliotek wejścia/wyjścia do odczytywania i zapisywania plików w formacie danych NIfTI-1. NIfTI-1 to binarny format pliku do przechowywania danych z obrazów medycznych, np. obrazów mózgu wykonanych metodą obrazowania rezonansu magnetycznego (MRI) oraz wyspecjalizowaną odmianą obrazowania rezonansu magnetycznego (fMRI).

Pakiet zawiera narzędzia, które dostarczane są z biblioteką NIfTI (nifti_tool, nifti_stats i nifti1_test).

Odil leverages C++ constructs to provide a user-friendly API of the different parts of the DICOM standard. Included in Odil are exception-based error handling, generic access to datasets elements, standard JSON and XML representation of datasets, and generic implementation of messages, clients and servers for the various DICOM protocols.

This package contains the command-line application.

ODIN is a framework for magnetic resonance imaging (MRI). It covers the whole toolchain of MRI, from low-level data acquisition to image reconstruction. In particular, it aims at rapid prototyping of MRI sequences. The sequences can be programmed using a high-level, object oriented, C++ programming interface. It provides advanced sequence analysis tools, such as interactive plotting of k-space trajectories, a user interface for a fast compile-link-test cycle and a powerful MRI simulator which supports different virtual samples. For fast and flexible image reconstruction, ODIN contains a highly customizable, multi-threaded data-processing framework.

OpenSlide to biblioteka języka C, dostarczająca interfejs do odczytu obrazów kompletnych slajdów znanych jako wirtualne klisze.

Wirtualne klisze są to duże obrazy o wysokiej rozdzielczości używane w cyfrowej obróbce zdjęć medycznych. Odczyt tych obrazów w standardowych programach jest problematyczny, gdyż narzędzia te pracują z reguły na obrazie dekompresowanym do pamięci operacyjnej lub pliku wymiany. Wirtualne klisze z reguły są większe niż pamięć RAM, po rozpakowaniu zajmując nieraz dziesiątki gigabajtów. Dodatkowo są to obrazy zapisane w wielu rozdzielczościach, i często niezbędna jest jedynie niewielka porcja danych dla wybranej rozdzielczości.

Aktualnie wspierane są następujące formaty:

• Aperio (.svs, .tif)
• Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi)
• Leica (.scn)
• MIRAX (.mrxs)
• Sakura (.svslide)
• Trestle (.tif)
• Standardowy kafelkowany TIFF (.tif)

Pakiet zawiera narzędzia do przetwarzania plików, pracujące w wierszu poleceń.

Orthanc aims at providing a simple, yet powerful DICOM server for medical imaging. Orthanc can turn any computer running Windows or Linux into a Vendor Neutral Archive (in other words, a mini-PACS system). Its architecture is lightweight, meaning that no complex database administration is required, nor the installation of third-party dependencies.

What makes Orthanc unique is the fact that it provides a RESTful API. Thanks to this major feature, it is possible to drive Orthanc from any computer language. The DICOM tags of the stored medical images can be downloaded in the JSON file format. Furthermore, standard PNG images can be generated on-the-fly from the DICOM instances by Orthanc.

Orthanc lets its users focus on the content of the DICOM files, hiding the complexity of the DICOM format and of the DICOM protocol.

Orthanc-WSI brings support of whole-slide imaging for digital pathology into Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging.

This package contains two command-line tools to convert whole-slide images to and from DICOM. Support for proprietary file formats is available through OpenSlide. The package also contains an Orthanc plugin to display such DICOM images by any standard Web browser. The implementation follows DICOM Supplement 145.

This is a stand-alone DICOM toolkit that implements code for reading and creating DICOM data, DICOM network and file support, a database of DICOM objects, support for display of directories, images, reports and spectra, and DICOM object validation.

Provide command line applications for using pixelmed

Plastimatch is an open source software for deformable image registration. It is designed for high-performance volumetric registration of medical images, such as X-ray computed tomography (CT), magnetic resonance imaging (MRI), and positron emission tomography(PET). Software features include:

• B-spline method for deformable image registration (GPU and multicore accelerated), including support for image masking, landmark penalties, and regularization
• Demons method for deformable image registration (GPU accelerated)
• Multi-atlas segmentation
• ITK-based algorithms for translation, rigid, affine, multiple demons methods, and B-spline registration
• Pipelined, multi-stage registration framework with seamless conversion between most algorithms and transform types
• Landmark-based deformable registration using thinplate splines for global registration
• Landmark-based deformable registration using radial basis functions for local corrections
• Broad support for 3D image file formats (using ITK), including DICOM, Nifti, NRRD, MetaImage, and Analyze

• Extensive toolchain for radiotherapy research, including support for DICOM, DICOM-RT, DICOM SRO, XiO file format, gamma analysis, contour manipulation, contour overlap analysis, and vector field analysis Plastimatch also features two handy utilities which are not directly related to image registration:

• FDK cone-beam CT reconstruction (GPU and multicore accelerated)

• Digitally reconstructed radiograph (DRR) generation (GPU and multicore accelerated)

DIPY is a software project for computational neuroanatomy. It focuses on diffusion magnetic resonance imaging (dMRI) analysis and tractography but also contains implementations of other computational imaging methods such as denoising and registration that are applicable to the greater medical imaging and image processing communities. Additionally, DIPY is an international project which brings together scientists across labs and countries to share their state-of-the-art code and expertise in the same codebase, accelerating scientific research in medical imaging.

Here are some of the highlights:

• Reconstruction algorithms: CSD, DSI, GQI, DTI, DKI, QBI, SHORE and MAPMRI
• Fiber tracking algorithms: deterministic and probabilistic
• Native linear and nonlinear registration of images
• Fast operations on streamlines (selection, resampling, registration)
• Tractography segmentation and clustering
• Many image operations, e.g., reslicing or denoising with NLMEANS
• Estimation of distances/correspondences between streamlines and connectivity matrices
• Interactive visualization of streamlines in the space of images

This package contains the Python 3 version.

NiBabel provides read and write access to some common medical and neuroimaging file formats, including: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, as well as PAR/REC. The various image format classes give full or selective access to header (meta) information and access to the image data is made available via NumPy arrays. NiBabel is the successor of PyNIfTI.

NiPy is a Python-based framework for the analysis of structural and functional neuroimaging data. It provides functionality for

• General linear model (GLM) statistical analysis
• Combined slice time correction and motion correction
• General image registration routines with flexible cost functions, optimizers and re-sampling schemes
• Image segmentation
• Basic visualization of results in 2D and 3D
• Basic time series diagnostics
• Clustering and activation pattern analysis across subjects
• Reproducibility analysis for group studies

Nipype interfaces Python to other neuroimaging packages and creates an API for specifying a full analysis pipeline in Python. Currently, it has interfaces for SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, but could be extended for other packages (such as lipsia).

Nitime is a Python module for time-series analysis of data from neuroscience experiments. It contains a core of numerical algorithms for time-series analysis both in the time and spectral domains, a set of container objects to represent time-series, and auxiliary objects that expose a high level interface to the numerical machinery and make common analysis tasks easy to express with compact and semantically clear code.

pydicom is a pure Python module for parsing DICOM files. DICOM is a standard (http://medical.nema.org) for communicating medical images and related information such as reports and radiotherapy objects.

pydicom makes it easy to read DICOM files into natural pythonic structures for easy manipulation. Modified datasets can be written again to DICOM format files.

This package installs the module for Python 3.

pyxid is a Python library for interfacing with Cedrus XID (eXperiment Interface Device) and StimTracker devices. XID devices are used in software such as SuperLab, Presentation, and ePrime for receiving input as part of stimulus/response testing experiments.

pyxid handles all of the low level device handling for XID devices in Python projects.

This is a Python3 package for visualization and interaction with cortical surface representations of neuroimaging data from Freesurfer. It extends Mayavi’s powerful visualization engine with a high-level interface for working with MRI and MEG data.

PySurfer offers both a command-line interface designed to broadly replicate Freesurfer’s Tksurfer program as well as a Python library for writing scripts to efficiently explore complex datasets.

User-friendly application to calibrate mono and stereo cameras.

SightCalibrator can take images, video files, or any supported camera device as input. It detects the presence of a checkerboard in images. The parameters of the checkboard can be customized. Individual images can then be marked to be used in the computation of the calibration. Last, the intrinsic and extrinsic parameters can be exported in OpenCV format, Yaml or XML.

Medical image viewer featuring negatoscope, multi-planar reconstruction, and volume rendering.

Many image formats are handled such as DICOM, mhd, inr.gz, vtk, vti,... Reconstructions can also be imported from DICOM segmentations or VTK supported formats, and visualized in mixed rendering with images.

Tools are provided to measure distances of structures in the image and to place landmarks.

Last, SightViewer can also connect directly to a PACS, and then request, download or upload DICOM files.

SigViewer to oprogramowanie do przeglądania i oceniania biomedycznych danych sygnałowych. Opiera się na bibliotece biosig4c++, która obsługuje pewną liczbę formatów danych (w tym: EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT (Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro i TMS32). Pełna lista obsługiwanych formatów plików dostępna jest pod adresem: http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED.

Oprócz wyświetlania biosygnałów, SigViewer obsługuje tworzenie adnotacji w celu wybierania artefaktów lub określonych zdarzeń.

SOFA to otwartoźródłowa struktura skoncentrowana przede wszystkim na symulacjach czasu rzeczywistego, z naciskiem na symulacje medyczne. Jest ona przewidziana głównie dla społeczności badawczej, do pomocy w rozwijaniu nowszych algorytmów, ale może być również użyta jako skuteczne narzędzie do prototypów.

Pakiet zawiera główną aplikację SOFA.

Teem is a coordinated group of libraries for representing, processing, and visualizing scientific raster data. Teem includes command-line tools that permit the library functions to be quickly applied to files and streams, without having to write any code. The most important and useful libraries in Teem are:

• Nrrd (and the unu command-line tool on top of it) supports a range of operations for transforming N-dimensional raster data (resample, crop, slice, project, histogram, etc.), as well as the NRRD file format for storing arrays and their meta-information.
• Gage: fast convolution-based measurements at arbitrary point locations in volume datasets (scalar, vector, tensor, etc.)
• Mite: a multi-threaded ray-casting volume render with transfer functions based on any quantity Gage can measure
• Ten: for estimating, processing, and visualizing diffusion tensor fields, including fiber tractography methods.

This package contains some simple command-line tools which provide fast and easy access to the functionality in the various libraries.

Image and meta-data can be read from TIFF, BigTIFF, OME-TIFF, STK, LSM, NIH, ImageJ, MicroManager, FluoView, SEQ and GEL files.

Only a subset of the TIFF specification is supported, mainly uncompressed and losslessly compressed 2**(0 to 6) bit integer, 16, 32 and 64-bit float, grayscale and RGB(A) images, which are commonly used in bio-scientific imaging. Specifically, reading JPEG/CCITT compressed image data or EXIF/IPTC/GPS/XMP meta-data is not implemented. Only primary info records are read for STK, FluoView, MicroManager, and NIH image formats.

TIFF, the Tagged Image File Format, is under the control of Adobe Systems. BigTIFF allows for files greater than 4 GB. STK, LSM, FluoView, SEQ, GEL, and OME-TIFF, are custom extensions defined by MetaMorph, Carl Zeiss MicroImaging, Olympus, Media Cybernetics, Molecular Dynamics, and the Open Microscopy Environment consortium respectively.

Pakiet zawiera zestaw narzędzi do analiz eksperymentów z zakresu funkcjonalnego obrazowania rezonansu magnetycznego (głównie fMRI) oraz mapowania zmiennych zachowawczych baz vokselowych. VoxBo obsługuje zmodyfikowany GLM (dla danych skorelowanych automatycznie) oraz standardowe GLM dla danych nieskorelowanych automatycznie. Zestaw narzędziowy przeznaczony jest do współdziałania z AFNI, FSL, SPM i innymi.

Medical image viewer featuring negatoscope, multi-planar reconstruction, and volume rendering.

Many image formats are handled such as DICOM, mhd, inr.gz, vtk, vti,... Segmentations meshes can also be imported from DICOM and vtk formats, and visualized in mixed rendering with images.

Tools are provided to measure distances of structures in the image and to place landmarks.

Last, VRRender can also connect directly to a PACS, and then request, download or upload DICOM files.

Pakiet zawiera zestaw klas do zarządzania plikami i metadanymi DICOM z poziomu VTK, oraz niektóre narzędzia do odpytywania i konwertowania plików DICOM.

Narzędzia wiersza poleceń.

Program przeznaczony jest do konwertowania formatów obrazów medycznych i rozpowszechniany na podstawie licencji (L)GPL. Pakiet zawiera kompletny kod źródłowy w języku C, elastyczne narzędzie wiersza poleceń oraz przejrzysty interfejs graficzny, stworzony przy użyciu biblioteki GTK+. Aktualnie obsługuje następujące formaty: ACR/NEMA 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 i PNG.

Program umożliwia także odczytywanie nieskompresowanych, oficjalnie nieobsługiwanych plików, wyświetlanie wartości pikseli oraz wyodrębnianie/zmienianie kolejności poszczególnych obrazów. Możliwe jest również uzyskiwanie nieprzetworzonych obrazów w formatach binarnym lub ASCII oraz zapisywanie obrazów w formacie PNG, używanym w aplikacjach pulpitowych.

Jest to graficzna wersja programu (działająca w środowisku X), z interfejsem opartym na bibliotece GTK+. Program przetwarza tylko jeden plik na raz.

A software toolkit for computational morphometry of biomedical images, CMTK comprises a set of command line tools and a back-end general-purpose library for processing and I/O.

The command line tools primarily provide the following functionality: registration (affine and nonrigid; single and multi-channel; pairwise and groupwise), image correction (MR bias field estimation; interleaved image artifact correction), processing (filters; combination of segmentations via voting and STAPLE; shape-based averaging), statistics (t-tests; general linear regression).

The Connectome Viewer is a extensible, scriptable, pythonic research environment for visualization and (network) analysis in neuroimaging and connectomics.

Employing the Connectome File Format, diverse data types such as networks, surfaces, volumes, tracks and metadata are handled and integrated. The Connectome Viewer is part of the MR Connectome Toolkit.

Rejestracja obrazu oparta na dobrze znanym zestawie narzędziowym ITK (Insight Segmentation and Registration Toolkit). Oprogramowanie składa się z kolekcji algorytmów, które są powszechnie stosowane do rozwiązywania problemów związanych z rejestracją obrazów (medycznych). Modułowa konstrukcja Elastix pozwala użytkownikowi szybko konfigurować, testować i porównywać różne metody rejestracji dla określonej aplikacji. Interfejs wiersza poleceń umożliwia automatyczne przetwarzanie dużych ilości zbiorów danych, z wykorzystaniem skryptów.

Pakiet zawiera program umożliwiający przekształcanie białek zapisanych w formacie PDF w uproszczoną, ale pouczającą grafikę. Oprogramowanie to było wykorzystywane do tworzenia ilustracji biomolekularnych w czasopiśmie "Protein-of-the-month" (Białko miesiąca) przez ostatnie 20 lat.

Imview to program, który umożliwia:

• wyświetlanie wielu formatów graficznych;
• wyświetlanie obrazów 2D lub 3D (jako plastrów) z bardzo dobrymi funkcjami powiększania i panoramowania;
• współpracę z wielowidmowymi szeregami czasowymi lub wielostronicowymi dokumentami (jak np.: zdjęcia satelitarne, stosy TIFF, animowane GIFy i heterogeniczne pliki wieloskładnikowe);
• wyświetlanie wszystkich rodzajów pikseli (od 1-bitowych do 64-bitowych danych, całkowitych lub zmiennoprzecinkowych);
• wyświetlanie arbitralnych profili 1-D z obrazów 2-D (lub plastrów 2-D z obrazów 3-D);
• obsługiwanie dowolnych map kolorów dla wszystkich rodzajów pikseli (tj. wyświetlanie nierzeczywistych kolorów);
• obsługiwanie standardowych funkcji do obróbki grafiki (jasność/kontrast, gamma, powiększanie, przycinanie, obracanie itp.);
• zdalną pracę za pomocą gniazd i poleceń tekstowych (dla łatwej integracji z różnymi systemami analizy obrazu);
• przesyłanie obrazów do Imview poprzez gniazda lub pamięć współdzieloną;
• dostęp do wielu innych funkcji.

Orthanc DICOMweb is a plugin to Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. It extends the Orthanc core with support of the WADO (now known as WADO-URI) and DICOMweb (QIDO-RS, STOW-RS, WADO-RS) standards.

This package installs a plugin for Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. The plugin extends Orthanc with a transcoder/decoder of DICOM images that is built on the GDCM library, whereas the built-in transcoder/decoder of Orthanc uses DCMTK.

This plugin is notably necessary for Orthanc to be able to transcode and decode JPEG2k transfer syntaxes.

This ImageJ plugin allows ImageJ to browse the content of an Orthanc server, then import 2D/3D DICOM images from Orthanc into ImageJ. Orthanc is a lightweight, RESTful DICOM server for healthcare and medical research.

This plugin simplifies the indexation of DICOM images if using ImageJ (e.g. for quality control of DICOM modalities, or for pedagogical use). There is also no need to carry on any complex network configuration, since the plugin directly uses the REST API of Orthanc. This makes its installation and its use quite straightforward.

Orthanc MySQL is a set of two plugins to Orthanc, a lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. These plugins override the default SQLite engine of Orthanc with a MySQL or MariaDB back-end. They bring scalability to Orthanc, making it enterprise-ready.

This package installs a plugin for Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. This plugin adds support for neuroimaging in Orthanc, notably to easily convert from DICOM to NIfTI.

Orthanc PostgreSQL is a set of two plugins to Orthanc, a lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. These plugins override the default SQLite engine of Orthanc with a PostgreSQL back-end. They bring scalability to Orthanc, making it enterprise-ready.

Orthanc Web Viewer is a plugin to Orthanc, a lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. It extends Orthanc with an integrated Web viewer of DICOM images.

ParaView to otwartoźródłowa, wieloplatformowa aplikacja zaprojektowana do wizualizacji zestawów danych o rozmiarach począwszy od małych do bardzo dużych. Cele projektu ParaView obejmują:

* Opracowywanie otwartoźródłowych, wieloplatformowych aplikacji do
  wizualizacji.
* Obsługiwanie rozprowadzanych modeli obliczeniowych do przetwarzania
  dużych zbiorów danych.
* Tworzenie otwartego, elastycznego i intuicyjnego interfejsu
  użytkownika.
* Opracowywanie rozszerzalnej architektury w oparciu o otwarte
  standardy.

ParaView działa na rozproszonych i równoległych pamięciach współdzielonych jak również na pojedynczych systemach procesorowych. Został z powodzeniem przetestowany na Windows, Mac OS X, Linux oraz różnych stacjach roboczych Uniksa, klastrach i superkomputerach. Pod maską ParaView używa zestawu narzędzi do wizualizacji jako silnika do renderowania i przetwarzania danych oraz posiada interfejs użytkownika napisany przy użyciu Qt.

Pngquant to narzędzie konwertujące, używane z poziomu wiersza poleceń, które kwantyzuje oraz dodaje dither do obrazów PNG truecolor, aby przekształcić je na pliki z 8-bitową paletą RGBA. Tak przetworzone obrazy są zazwyczaj od dwóch do czterech razy mniejsze niż 32-bitowe oryginały, a ich częściowa przezroczystość zostaje w miarę zgrabnie zachowana. To czyni pngquant szczególnie pożytecznym narzędziem przy tworzeniu stron WWW, a także przy rozwijaniu oprogramowania dla PlayStation 2, którego format tekstur opiera się na palecie RGBA (choć nie są one poddawane kompresji PNG). Jest to ta sama technika, którą zastosowano dla wielu obrazów na stronie Miscellaneous Transparent PNGs (http://www.libpng.org/pub/png/pngs-img.html), a jej rezultaty nierzadko nie dają się odróżnić od oryginalnych plików PNG truecolor.

Optymalizatory (takie, jak pngcrush czy optipng) optymalizują kompresję, zazwyczaj bezstratnie, podczas gdy pngquant kwantyzuje kolory do 256 (lub mniej) różnych kombinacji, co jest procesem stratnym.

W tym zadaniu wymieniono niektóre pakiety udostępniające systemy zarządzania przepływem pracy przydatne w badaniach naukowych.

Trimage to wieloplatformowy graficzny interfejs użytkownika oraz interfejs wiersza poleceń do optymalizacji plików obrazów za pomocą: optipng, advpng, pngcrush i jpegoptim, w zależności od typu pliku (obecnie obsługiwane są pliki PNG i JPG). Wszystkie pliki obrazów kompresowane są bezstratnie na najwyższych dostępnych poziomach kompresji. Trimage oferuje różne funkcje wprowadzania danych, które pasują do osobistego przepływu pracy: Regularne okno dialogowe pliku, przeciąganie i upuszczanie oraz różne opcje wiersza poleceń.

The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) is a free and open-source image-reconstruction framework for Computational Magnetic Resonance Imaging. It consists of a programming library and a toolbox of command-line programs. The library provides common operations on multi-dimensional arrays, Fourier and wavelet transforms, as well as generic implementations of iterative optimization algorithms. The command-line tools provide direct access to basic operations on multi-dimensional arrays as well as efficient implementations of many calibration and reconstruction algorithms for parallel imaging, compressed sensing, and machine learning.

This package provides BART with CUDA support.