PAN Blend Project
Summary
microscopy
microscopy IR

This metapackage will install all microscopy softwares.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for PAN Blend to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the PAN Blend mailing list

Links to other tasks

PAN Blend microscopy packages

Official Debian packages with high relevance

gwyddion
Narzędzie do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM)
Versions of package gwyddion
ReleaseVersionArchitectures
sid2.64-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.57-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.62-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.64-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
jessie2.38-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.47-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.52-1amd64,arm64,armhf,i386
upstream2.65
Debtags of package gwyddion:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useanalysing, viewing
works-withimage, image:raster
x11application
Popcon: 28 users (12 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Gwyddion jest modularnym programem do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM). Przeznaczony jest głównie do analizy danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości, otrzymanych przy pomocy następujących technik:

  • Mikroskop Sił Atomowych (AFM),
  • Mikroskop Sił Magnetycznych (MFM),
  • Skaningowy Mikroskop Tunelowy (STM),
  • Mikroskop Optyczny Bliskiego Pola (SNOM lub NSOM) i wiele innych. Może być również użyty do arbitralnej analizy obrazów danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości.

Pakiet zawiera główną aplikację i jej moduły. Zawiera również program Thumbnailer do GNOME (i Xfce), który tworzy podgląd wszystkich typów plików obsługiwanych przez program Gwyddion.

Please cite: David Nečas and Petr Klapetek: Gwyddion: an open-source software for SPM data analysis. (eprint) Central European Journal of Physics 10(1):181-188 (2012)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package gwyddion

Official Debian packages with lower relevance

threeb
3B Microscopy Analysis Software - command-line tool
Versions of package threeb
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.0~git20220106110332.a3144e0-6amd64,i386,s390x
sid0.0~git20220106110332.a3144e0-6amd64,i386,riscv64,s390x
bookworm0.0~git20220106110332.a3144e0-5amd64,i386,mipsel,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bayesian analysis of blinking and bleaching, or 3B microscopy, is a method which analyses data in which many overlapping fluorophores undergo bleaching and blinking events, giving the structure at enhanced resolution. By using a Hidden Markov Model (HMM), it allows useful information to be obtained from data that would be impossible to analyse with standard localisation analysis techniques.

This package contains the command-line tool.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 237471