DebiChem Molecular mechanics packages

Adun er en biomolekulær simulator, som også inkluderer datahåndtering og analysemuligheder. Programmet blev udviklet ved Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory, en del af Research Unit on Biomedical Informatics of the UPF.

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

• Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
• Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
• Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
• Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
• Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
• Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
• Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Ghemical er en beregningsmæssig kemi-programpakke skrevet i C++. Den har en grafisk brugergrænseflade og den understøtter både kvantemekaniske (semi- empiriske) modeller og molekylær-mekaniske modeller. Geometri-optimering, molekylære dynamikker og store sæt af visualiseringsværktøjer med brug af OpenGL er på nuværende tidspunkt tilgængelige.

Ghemical afhænger af ekstern kode som tilbyder de kvantemekaniske beregninger. De semi-empiriske metoder MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3 kommer fra pakken MOPAC7 (Public Domain, dvs. offentlig ejendom), og inkluderes i pakken. Pakken MPQC anvendes for at tilbyde ab initio-metoder: metoderne som er baseret på Hartee-Fock-teori understøttes aktuelt med basissæt, der strækker sig fra STO-3G til 6-31G**.

GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs. simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til millioner partikler.

GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger (som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.

LAMMPS is a classical molecular dynamics code, and an acronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.

LAMMPS has potentials for soft materials (biomolecules, polymers) and solid-state materials (metals, semiconductors) and coarse-grained or mesoscopic systems. It can be used to model atoms or, more generically, as a parallel particle simulator at the atomic, meso, or continuum scale.

LAMMPS runs on single processors or in parallel using message-passing techniques and a spatial-decomposition of the simulation domain. The code is designed to be easy to modify or extend with new functionality.

VOTCA is a software package which focuses on the analysis of molecular dynamics data, the development of systematic coarse-graining techniques as well as methods used for simulating microscopic charge transport in disordered semiconductors.

csg is Votca's coarse-graining engine.

VMD stands for Visual Molecular Dynamics. While text books and even structure databases because of technical problems only present static pictures of proteins or DNA, for the understanding of the properties of those molecules their vibration or their movement in general is important.

The movements itself are calculated by molecular dynamics programs, such as NAMD (by the same group), Rosetta, BALLView or GROMACS. The latter two are already in the distribution, we have package build instructions for Rosetta.

VMD has a series of nice features, from displaying through animation to analysing. It can be scripted, clustered, and runs on all common OS. Its license does not allow to redistribute a Debian package. But to share these build instructions for such a package is just fine.