DebiChem Molecular mechanics packages

Adun jest symulatorem biomolekularnym, który umożliwia także zarządzanie danymi i ich analizę. Został stworzony przez Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory (laboratorium obliczeń biofizycznych i biomedycznych), będące częścią Research Unit on Biomedical Informatics (jednostki badawczej nad informatyką biomedyczną) na UPF.

Avogadro jest systemem do molekularnego modelowania oraz wizualizacji cząsteczek i biocząsteczek. Może wizualizować właściwości cząsteczek, takie jak orbitale lub potencjały elektrostatyczne, a ponadto udostępnia intuicyjne narzędzie do budowania cząsteczek.

Podstawowe możliwości:

• molekularne modelowanie z automatyczną optymalizacją opartą na geometrii pól siłowych;
• mechanika molekularna obejmująca wyszukiwanie według ograniczeń i konformacji;
• wizualizacja orbitali molekularnych oraz ogólnych izopowierzchni;
• wizualizacja drgań i kreślenie widm oscylacyjnych;
• obsługa krystalograficznych komórek elementarnych;
• generowanie wejścia dla pakietów chemii kwantowej Gaussian, GAMESS i MOLPRO;
• elastyczna architektura wtyczek i skryptów Pythona.

Avogadro odczytuje formaty plików takie jak: PDB, XYZ, CML, CIF, Molden oraz dane wyjściowe: Gaussian, GAMESS i MOLPRO.

Ghemical jest pakietem oprogramowania stosowanym w chemii obliczeniowej, napisanym w języku C++. Posiada graficzny interfejs użytkownika i obsługuje zarówno modele mechaniki kwantowej (na wpół doświadczalne) jak i modele mechaniki molekularnej. Zapewnia optymalizację geometrii, dynamikę molekularną oraz zawiera duży zestaw narzędzi wizualnych wspieranych przez OpenGL.

Ghemical opiera się na kodzie zewnętrznym, umożliwiającym dokonywanie obliczeń w mechanice kwantowej. Zawiera, pochodzące z pakietu MOPAC7, semiempiryczne metody MNDO, MINDO/3, AM1 i PM3. Pakiet MPQC dostarcza, opartych na teorii Hartree-Focka, metod ab initio, obsługiwanych obecnie w podstawowym zakresie od STO-3G do 6-31G**.

GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.

It is primarily designed for biochemical molecules like proteins and lipids that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually dominate simulations) many groups are also using it for research on non- biological systems, e.g. polymers.

LAMMPS is a classical molecular dynamics code, and an acronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.

LAMMPS has potentials for soft materials (biomolecules, polymers) and solid-state materials (metals, semiconductors) and coarse-grained or mesoscopic systems. It can be used to model atoms or, more generically, as a parallel particle simulator at the atomic, meso, or continuum scale.

LAMMPS runs on single processors or in parallel using message-passing techniques and a spatial-decomposition of the simulation domain. The code is designed to be easy to modify or extend with new functionality.

VOTCA is a software package which focuses on the analysis of molecular dynamics data, the development of systematic coarse-graining techniques as well as methods used for simulating microscopic charge transport in disordered semiconductors.

csg is Votca's coarse-graining engine.

VMD stands for Visual Molecular Dynamics. While text books and even structure databases because of technical problems only present static pictures of proteins or DNA, for the understanding of the properties of those molecules their vibration or their movement in general is important.

The movements itself are calculated by molecular dynamics programs, such as NAMD (by the same group), Rosetta, BALLView or GROMACS. The latter two are already in the distribution, we have package build instructions for Rosetta.

VMD has a series of nice features, from displaying through animation to analysing. It can be scripted, clustered, and runs on all common OS. Its license does not allow to redistribute a Debian package. But to share these build instructions for such a package is just fine.