DebiChem Molecular mechanics packages

Adun è un simulatore molecolare che include anche capacità di gestione e analisi di dati. È stato sviluppato presso il Laboratorio di Biofisica e Biochimica Computazionale, una sezione dell'Unità di Ricerca sull'Informatica Biomedica dell'UPF (Universitat Pompeu Fabra).

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

• modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
• meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
• visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
• visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
• gestione di unità a cella cristallografiche;
• generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
• architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Ghemical è un pacchetto software per la chimica computazionale scritto in C++. Ha un'interfaccia utente grafica e supporta sia modelli di meccanica quantistica (semi-empirici), sia modelli di meccanica molecolare. Sono attualmente disponibili l'ottimizzazione geometrica, dinamiche molecolari e un vasto insieme di strumenti di visualizzazione che usano OpenGL.

Ghemical si basa su codice esterno per fornire i calcoli di meccanica quantistica. I metodi semi-empirici MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3, che sono inclusi nel pacchetto, provengono dal pacchetto MOPAC7 (di pubblico dominio). Per i metodi ab initio è usato il pacchetto MPQC: i metodi basati sulla teoria Hartree-Fock sono attualmente supportati con i set di base da STO-3G a 6-31G**.

GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari, ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un numero di particelle tra le centinaia e i milioni.

Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi non biologici, come ad esempio polimeri.

LAMMPS is a classical molecular dynamics code, and an acronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.

LAMMPS has potentials for soft materials (biomolecules, polymers) and solid-state materials (metals, semiconductors) and coarse-grained or mesoscopic systems. It can be used to model atoms or, more generically, as a parallel particle simulator at the atomic, meso, or continuum scale.

LAMMPS runs on single processors or in parallel using message-passing techniques and a spatial-decomposition of the simulation domain. The code is designed to be easy to modify or extend with new functionality.

VOTCA è un pacchetto software focalizzato all'analisi di dati di dinamica molecolare, allo sviluppo di tecniche di "coarse-graining" sistematiche oltre che a metodi usati per la simulazione del trasporto di cariche microscopiche in semiconduttori disordinati.

csg è il motore per "coarse-graining" di VOTCA.

VMD stands for Visual Molecular Dynamics. While text books and even structure databases because of technical problems only present static pictures of proteins or DNA, for the understanding of the properties of those molecules their vibration or their movement in general is important.

The movements itself are calculated by molecular dynamics programs, such as NAMD (by the same group), Rosetta, BALLView or GROMACS. The latter two are already in the distribution, we have package build instructions for Rosetta.

VMD has a series of nice features, from displaying through animation to analysing. It can be scripted, clustered, and runs on all common OS. Its license does not allow to redistribute a Debian package. But to share these build instructions for such a package is just fine.