DebiChem Molecular mechanics packages

Adun est un simulateur bio-moléculaire qui inclut aussi une gestion des données et des capacités d'analyse. Il a été développé au « Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory », qui fait partie de l'unité de recherche sur l'informatique biomédicale de l'UPF.

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électriques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

• modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs de force automatique ;
• mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de conformation ;
• visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
• visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
• gestion des cellules cristallographiques ;
• création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and MOLPRO ;
• architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

Ghemical est un logiciel de modélisation de chimie écrit en C++. Il dispose d'une interface graphique utilisateur et prend en charge des modèles de mécanique quantique (semi-empirique) et des modèles de mécanique moléculaire. L'optimisation de la géométrie, la dynamique moléculaire et un grand ensemble d'outils de visualisation, réalisés à l'aide de la technologie OpenGL, sont actuellement disponibles.

Le logiciel Ghemical repose sur un code externe pour fournir les calculs de la mécanique quantique. Les méthodes semi-empiriques MNDO (« Modified Neglect of Diatomic Overlap »), MINDO/3 (« Modified Intermediate Neglect of Differential Overlap version 3 »), AM1 (« Austin Model 1 ») et PM3 (« Parameterized Model number 3 ») viennent du paquet MOPAC7 (« Molecular Orbital PACkage 7 ») dans le domaine public et sont inclus dans le paquet. Le paquet MPQC (« Massively Parallel Quantum Chemistry ») est utilisé pour proposer des méthodes ab initio (méthodes de chimie numérique basées sur la chimie quantique) : les méthodes basées sur la théorie Hartree-Fock sont actuellement prises en charge avec des ensembles de base allant de STO-3G à 6-31G**.

GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

LAMMPS is a classical molecular dynamics code, and an acronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.

LAMMPS has potentials for soft materials (biomolecules, polymers) and solid-state materials (metals, semiconductors) and coarse-grained or mesoscopic systems. It can be used to model atoms or, more generically, as a parallel particle simulator at the atomic, meso, or continuum scale.

LAMMPS runs on single processors or in parallel using message-passing techniques and a spatial-decomposition of the simulation domain. The code is designed to be easy to modify or extend with new functionality.

VOTCA is a software package which focuses on the analysis of molecular dynamics data, the development of systematic coarse-graining techniques as well as methods used for simulating microscopic charge transport in disordered semiconductors.

csg is Votca's coarse-graining engine.

VMD stands for Visual Molecular Dynamics. While text books and even structure databases because of technical problems only present static pictures of proteins or DNA, for the understanding of the properties of those molecules their vibration or their movement in general is important.

The movements itself are calculated by molecular dynamics programs, such as NAMD (by the same group), Rosetta, BALLView or GROMACS. The latter two are already in the distribution, we have package build instructions for Rosetta.

VMD has a series of nice features, from displaying through animation to analysing. It can be scripted, clustered, and runs on all common OS. Its license does not allow to redistribute a Debian package. But to share these build instructions for such a package is just fine.