Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Psychology
Debian Med-pakker for psykologi

Denne metapakke indeholder afhængigheder for en samling af programmer, som kan være nyttige for psykologisk forskning.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Psychology packages

Official Debian packages with high relevance

orthanc-neuro
Neuroimaging-udvidelsesmodul for Orthanc
Versions of package orthanc-neuro
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke installerer et udvidelsesmodul for Orthanc, det simple, RESTful Vendor Neutral Archive for medicinske billeder. Dette udvidelsesmodul tilføjer understøtter for neurobilleder i Orthanc, specielt for nemt at konvertere fra DICOM til NIfTI.

Please cite: Sebastien Jodogne: The Orthanc Ecosystem for Medical Imaging. J Digit Imaging (2018)
praat
program for taleanalyse og -syntese
Versions of package praat
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.4.0-1amd64,armel,armhf,i386
sid6.4.12+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64
trixie6.4.12+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64
bookworm6.3.07-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.1.38-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.0.48-1amd64,arm64,i386
stretch6.0.23-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream6.4.13
Debtags of package praat:
fieldlinguistics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
works-withaudio
x11application
Popcon: 12 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Ifølge programmets forfattere så udfører praat »fonetik via computeren«. Via sin grafiske grænseflade, flere funktioner for taleanalyse er tilgængelige: spektogrammer, cochleogrammer, og tonehøjde og formant- udtræk. Artikulær syntese samt syntese fra tonehøjde, formant og intensitet er også tilgængelig. Andre egenskaber indgår segmentering, brug af etiketter med brug af det fonetiske alfabet, samt beregning af statistikker. Praat er konfigurerbar og udvidelig gennem dets eget skriptsprog og har bestemmelser for kommunikation med andre programmer.

Please cite: Paul Boersma: Praat, a system for doing phonetics by computer. Glot International 5(9/10):341-345 (2001)
Screenshots of package praat
psignifit
Tilpasser og tester hypoteser om psykometriske funktioner
Versions of package psignifit
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.5.6-3.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.5.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.5.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.6-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5.6-5amd64,arm64,armhf,i386
jessie2.5.6-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package psignifit:
fieldstatistics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 5 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Psignifit tillader tilpasning af psykometriske funktioner til datasæt, mens der bevares fuld kontrol over et stort antal parametre. Data kan enten læses fra tekstfiler eller videresendes via en datakanal.

Psignifit udfører beregningen af konfidensintervaller samt goodness-of-fit test.

Dette er udgaven til kommandolinjen.

Bemærk: Dette er den forældede version 2.x af psignifit.

Screenshots of package psignifit
psychopy
Miljø for oprettelse af psykologistimuli i Python
Versions of package psychopy
ReleaseVersionArchitectures
trixie2023.2.4+dfsg-3all
sid2023.2.4+dfsg-3all
bullseye2020.2.10+dfsg-2all
stretch1.83.04.dfsg-2all
upstream2024.1.5
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PsychoPy tilbyder et miljø for oprettelse af psykologiske stimuli, der bruger skriptsproget Python. Det kombinerer de grafiske fordele i OpenGL med nem Pythonsyntaks for at give psykofysik en fri og simpel stimulipræsentation og kontrolpakke.

Formålet er at tilbyde, for travle forskere, værktøjer til at kontrollere timing og vinduesopsætning og et simpelt sæt af på forhånd pakkede stimuli og metoder. PsychoPy indeholder.

  • IDE GUI for kodning i et funktionsrigt skriptsprog (Python)
  • Builder GUI for hurtig udvikling af stimuleringssekvenser
  • Brug af udstyrsaccelereret grafik (OpenGL)
  • Integration med Spectrascan PR650 for nem skærmkalibrering
  • Simple rutiner for staircase og konstant stimulieksperimentelle metoder samt kurvetilpasning og bootstrapping
  • Simple (eller komplekse) grafiske brugerflader via wxPython
  • Nemme grænseflader til joystick, mus, lydkort etc. via PyGame
  • Videoafspilning (MPG, DivX, AVI, QuickTime etc.) som stimuli
The package is enhanced by the following packages: python-pyoptical
Please cite: Jonathan W.Peirce: PsychoPy—Psychophysics software in Python. Journal of Neuroscience Methods 162(1-2):8-13 (2007)
Screenshots of package psychopy
python3-bioxtasraw
Behandl biologiske plotdata med lille vinkel
Versions of package python3-bioxtasraw
ReleaseVersionArchitectures
sid2.2.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el
bookworm2.1.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
upstream2.3.0
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BioXTAS RAW er et Pythonprogram, baseret på en grafisk brugerflade, til reduktion og analyse af lille-vinkel røntgenplotdata (SAXS). Pakken er designet for biologiske SAXS-data.

BioXTAS RAW tilbyder et alternativ til lukkede kildeprogrammer såsom Primus og Scatter for primær dataanalyse. Da programmet kan kalibrere, maskere og integrere billeder, så er det også et alternativ til synchroton beamline-datakanaler, som videnskabsfolk kan installere på deres egen computer og bruge både hjemme og ved beamline.

r-cran-foreign
GNU R-pakke til at læse/skrive data fra andre statistiksystemer
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-cran-foreign
ReleaseVersionArchitectures
sid0.8.87-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie0.8.61-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.8.67-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.71-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0.8.81-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.8.84-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.8.87-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package r-cran-foreign:
devellang:r, library
fieldstatistics
roleapp-data
suitegnu
useconverting
Popcon: 680 users (470 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke tilbyder funktioner for læsning og skrivning af data lagret af statistiske pakker såsom Minitab, S, SAS, SPSS, Stata ...

Denne pakke er del af et sæt af pakker, som »anbefales« af R Core, og leveres med kildeudgivelser via opstrøm af R.

r-cran-psy
GNU R-procedurer for psykometri
Versions of package r-cran-psy
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.1-1all
stretch1.1-2all
bookworm1.2-1all
trixie1.2-1all
sid1.2-1all
buster1.1-4all
bullseye1.1-5all
Debtags of package r-cran-psy:
devellang:r, library
fieldmedicine, statistics
interfacecommandline
roleshared-lib
scopeutility
useanalysing, viewing
Popcon: 15 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke inkluderer flere procedurer brugt i psykometri og skalering, inklusive:

  • Cohens Kappa og vægtet Kappa (two-rater agreement tests)
  • Cronbachs Alfa (en element-troværdighed test)
  • Focused Principal Components Analysis
  • Intraclass correlation coefficients
  • Lights Kappa (en N-rater aftaletest)
  • Screeplots og grafiske repræsentationer af principielle komponenter
Remark of Debian Med team: r-cran-psy is orphaned upstream.

Hint to users of statistical psychological software. This package seems to be orphaned upstream. There are several related packages at CRAN for instance. See the list of prospective packages below and drop the Debian Med team a note if you are interested in one of them.

r-cran-psych
GNU R-procedurer for psykologisk, psykometrisk og personlighedsforskning
Versions of package r-cran-psych
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.0.12-1all
bookworm2.2.9-1all
stretch-backports1.8.12-1~bpo9+1all
buster1.8.12-1all
trixie2.4.1-1all
sid2.4.1-1all
upstream2.4.6.26
Popcon: 67 users (26 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Denne GNU R-pakke tilbyder en generel værktøjskasse til personlighed, psykometrisk teori og eksperimentel psykologi. Funktioner er primært til multivariat analyse og skalakonstruktion ved hjælp af faktoranalyse, hovedkomponentanalyse, klyngeanalyse og pålidelighedsanalyse, selvom andre tilbyder grundlæggende beskrivende statistikker. Item Response Theory udføres ved hjælp af faktoranalyse af tetrakoriske og polykore sammenhænge. Funktioner til at analysere data på flere niveauer omfatter inden for og mellem grupper statistik, herunder korrelationer og faktoranalyse. Funktioner til simulering og afprøvning af bestemte emne- og teststrukturer er inkluderet. Flere funktioner fungerer som en nyttig brugerflade til strukturel ligningsmodellering. Grafiske visninger af stidiagrammer, faktoranalyse og strukturelle ligningsmodeller oprettes ved hjælpe af grundlæggende grafik. Nogle af funktionerne er skrevet til at understøtte en bog om psykometrisk teori samt publikationer i personlighedsforskning.

r-cran-psychometric
GNU R-anvendt psykometrisk teori
Versions of package r-cran-psychometric
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.3-1all
trixie2.4-1all
sid2.4-1all
Popcon: 4 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke indeholder GNU R-funktioner til korrelationsteori, metaanalyse (validitet-oprettelse), troværdighed, elementanalyse, inter-rater troværdighed og klassisk udnyttelse.

r-cran-psychotree
GNU R-rekursiv partitionering baseret på psykometriske modeller
Versions of package r-cran-psychotree
ReleaseVersionArchitectures
sid0.16-0-1all
bookworm0.16-0-1all
bullseye0.15-3-2all
trixie0.16-0-1all
upstream0.16-1
Popcon: 4 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Rekursiv partitionering baseret på psykometriske modeller, der anvender den generelle MOB-algoritmer (fra pakken partykit) for at opnå Bradley-Terry-træer, Rasch-træer, bedømmelsesskala og delvise kredittræer og MPT-træer.

r-cran-psyphy
Funktioner til at analysere psykofysiske data i GNU R
Versions of package r-cran-psyphy
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.2-2-1all
bookworm0.2-3-1all
trixie0.3-1all
sid0.3-1all
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

En samling af funktioner der kan være nyttig til at analysere data fra pyskofysiske eksperimenter. Det inkluderer funktioner til at beregne d' fra flere forskellige eksperimentdesign, henvisninger for m-alternative tvunget valg-data (mafc) til brugs med den binomiale familie i glm (og muligvis andre kontekster) og self-Start-funktioner til at estimere gammaværdier for CRT-skærmkalibreringer.

Official Debian packages with lower relevance

python-pyepl
Modul for kodning af psykologiske eksperimenter i Python
Versions of package python-pyepl
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.1.0+git12-g365f8e3-2amd64,armel,armhf,i386
buster1.1.0+git12-g365f8e3-3amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package python-pyepl:
devellang:python
hardwareinput, input:keyboard, input:mouse, video
interfacecommandline, x11
officepresentation
roledevel-lib, program
scopesuite
soundplayer
usemonitor, playing, viewing
works-withpeople
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyEPL er et værktøjssæt for stimulilevering og svarregistrering, som skal bruges til oprettelse af psykologieksperimenter (samt neurovidenskab, markedsføringsforskning og andre).

Det tilbyder

  • præsentation: Både visuelle og auditive stimuli
  • svarregistrering: både manuel (tastatur/joystick) og lyd (mikrofon) tidsstemplet
  • sync-pulserende: synkroniserer din adfærdsmæssige opgave med ekstern erhvervelsesudstyr
  • fleksibilitet i kodningen af forskellige eksperimenter på grund af brugen af Python som en beskrivelsessprog
  • Hurtig udførelse af kritiske punkter på grund af kaldene til lænkede og kompilerede biblioteker

Denne værktøjskasse er et alternativ til det vidt udbredte kommercielle produkt E'(E-Prime).

Denne pakke tilbyder PyEPL for understøttede versioner af Python.

The package is enhanced by the following packages: python-pyoptical
python3-bids-validator
Validator for Brain Imaging Data Structure-datasæt (BIDS)
Versions of package python3-bids-validator
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.9.9-1all
bullseye1.6.0-1all
trixie1.14.5-1all
sid1.14.5-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke indeholder et Pythonmodul til at validere BIDS-datasæt (Brain Imaging Data Structure). Det indeholder ikke det originale bids-validator-kommandolinjeværktøj (skrevet i JS).

python3-bmtk
Udviklingspakke til at bygge, simulere og analysere netværk i stor skala
Versions of package python3-bmtk
ReleaseVersionArchitectures
sid1.1.0+ds-1amd64
bullseye0.0+git20210109.8572664+ds-1amd64
trixie1.1.0+ds-1amd64
bookworm1.0.6+ds-1amd64
upstream1.1.1
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Brain Modelling Toolkit er en programudviklingspakke til at bygge, simulere og analysere netværk i stor skala for forskellige niveauer af opløsning.

python3-pynwb
Python library for working with Neurodata in the NWB format
Versions of package python3-pynwb
ReleaseVersionArchitectures
sid2.5.0-1all
trixie2.5.0-1all
buster0.5.1-1all
upstream2.8.1
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyNWB is a Python package for working with NWB files. It provides a high-level API for efficiently working with Neurodata stored in the NWB format.

Neurodata Without Borders: Neurophysiology (NWB:N) is a project to develop a unified data format for cellular-based neurophysiology data, focused on the dynamics of groups of neurons measured under a large range of experimental conditions.

science-psychophysics
Debian Science - pakker for psykofysik
Versions of package science-psychophysics
ReleaseVersionArchitectures
sid1.14.6all
bookworm1.14.5all
bullseye1.14.2all
buster1.10all
trixie1.14.6all
stretch1.7all
jessie1.4all
Debtags of package science-psychophysics:
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 0 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne metapakke vil installere Debianpakker, som kan være nyttige for udførsel af eksperimenter relateret til fysisk stimuli og deres fysiologiske effekter.

Udvalget af pakker er målrettet programmer for stimuli. For yderligere programmer relateret til analyse af de indhentede data se science-neuroscience-cognitive, med-imaging afhængig af domænanvendelsen. Kig derudover i science-bci da disse pakker ofte tilbyder en fuldstændig ramme inklusiv stimulilevering.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 235723