DebiChem Project
Summary
3d visualization
DebiChem - 3D-fremvisninger

Denne metapakke vil installere 3D-fremvisere, som kan være nyttige for kemikere.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem 3d visualization packages

Official Debian packages with high relevance

Adun.app
Molekylær simulator for GNUstep - grafisk brugerflade
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.81-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
wheezy0.81-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.81-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.81-12hurd-i386
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 11 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun er en biomolekulær simulator, som også inkluderer datahåndtering og analysemuligheder. Programmet blev udviklet ved Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory, en del af Research Unit on Biomedical Informatics of the UPF.

Denne pakke indeholder UL, den grafiske brugerflade for Adun.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package adun.app
Avogadro
Molekulært grafik- og modelsystem
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 92 users (69 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

  • Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
  • Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
  • Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
  • Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
  • Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
  • Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
  • Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
0.8.1-5https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/732/large.png
Screenshots of package avogadro
Ballview
frit værktøj til molekylærmodellering og molekylærgrafik
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.4.2+20140406-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,hurd-i386,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 7 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BALLView tilbyder hurtig OpenGL-baseret visualisering af molekylære strukturer, molekylærmekaniske metoder (minimering, MD-simulering med brug af AMBER-, CHARMM- og MMFF94-kraffelter), beregning og visualisering af elektrostatiske egenskaber (FDPB) og funktioner til redigering af molekyler.

BALLView kan betragtes som en grafisk brugergrænseflade baseret på BALL (Biochemical Algoritms Library), med fokus på de mest almindelige krav fra proteinkemikere, og i særdeleshed fra biofysikere. Det bliver udviklet i grupper under Hans-Peter Lenhof (Saarland Universitetet, Saarbruecken, Tyskland) og Oliver Kohlbacher (Tübingen Universitet, Tyskland). BALL er et applikationsrammeværktøj i C++, som er specifikt designet til hurtig programudvikling i molekylærmodellering og biologisk molekylærberegning. Det tilbyder et udvidet sæt af datastrukturer såvel som klasser til molekylærmekanik, avanceret opløsningsmetoder, sammenligning og analyse af proteinstrukturer, import/eksport af filer, og visualisering.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Cclib
Fortolkere og algoritmer for beregningskemi
Versions of package cclib
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.3.1-1all
sid1.6-1all
buster1.6-1all
wheezy1.0.1-2all
jessie1.1-1all
upstream1.6.1
Popcon: 7 users (12 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Et Pythonbibliotek som tilbyder fortolkere til logfiler for beregningskemi. Det tilbyder også en platform til at implementere algoritmer på en pakkeafhængig måde.

Denne pakke indeholder hjælpeskripter for slutbrugere.

Hvis du er på udkig efter enhedstestene og datafilerne håndteret af cclib, så distribueres de separat i den ikkefrie pakke cclib-data.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. (eprint) J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Drawxtl
Fremviser til krystalstrukturer
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 16 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater, termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for enhedscellen.

Der produceres fire former for grafik:

  • et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
  • scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger i publikationskvalitet
  • sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse via internettet
  • en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.

De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.

Screenshots of package drawxtl
Gabedit
grafisk brugerflade for Ab Initio-pakker
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.4.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.4.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream2.5.0
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 12 users (11 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

Gabedit er en grafisk brugerflade til kemiske beregningspakker såsom:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Disse Ab Initio-programpakker kan køre lokalt eller på en ekstern server (der understøtter FTP, RSH og SSH). Gabedit kan vise en række beregningsresultater inklusiv understøttelse for de væsentligste molekulære filformater. Den avancerede »molekylebygger« tillader hurtigt optegning i molekyler og undersøgelse af dem i 3D. Grafik kan eksporteres til forskellige formater, inklusiv animationer.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit—A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
Gamgi
General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI)
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
wheezy0.15.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.14.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 14 users (25 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI) tilbyder en grafisk grænseflade til at bygge, se og analysere atomare strukturer. Programmet har som målgruppe det videnskabelige samfund og tilbyder en grafisk brugerflade til at studere atomare strukturer og forberede billeder til præsentationer og for undervisning i stofs atomare struktur.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gamgi
Garlic
Visualiseringsprogram for biomolekyler
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 14 users (20 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic er skrevet for undersøgelse af membranproteiner. Det kan bruges til at visualisere andre proteiner, samt nogle geometriske objekter. Denne version af Garlic genkender PDB-formatet i version 2.1. Garlic kan også bruges til at analysere proteinsekvenser.

Programmet afhænger kun af X-bibliotekerne, ingen andre biblioteker er krævet.

Inkluderede funktioner:

  • »Slab«-placeringen og tykkelse er synlige i et lille vindue.
  • Atomare bindinger samt atomer opfattes som uafhængige objekter der kan tegnes.
  • Farverne for atomer og bindinger afhænger af placering. Fem oversættelsesmodeller er tilgængelige (som for slab).
  • Kan vise stereobilleder.
  • Kan vise andre geometriske objekter, såsom membran.
  • Atomar information er tilgængelig for atom som musemarkøren placeres over. Ingen klik er krævet, bare flyt musemarkøren over strukturen!
  • Kan indlæse mere end en struktur.
  • Kan tegne Ramachandranplot, helisk hjul, Venn-diagram, gennemsnitlig hydrofobicitet og hydrofobisk momentplot.
  • Kommandoprompten er tilgængelig i bunden af hovedvinduet. Den kan vise en fejlbesked og en kommandostreng.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Gausssum
fortolk og vis Guassian, GAMESS og anden uddata
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.2-1all
sid3.0.2-1all
wheezy2.2.5-2all
jessie2.2.6.1-1all
stretch3.0.1.1-1all
squeeze2.2.4-1all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 16 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum fortolker uddatafilerne fra beregninger foretaget af ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussion, Jaguar og PC GAMESS, for at udtrække nyttig information.

GaussSum anvender GNUPlot til at vise forløbet for geometiske optimeringer, tætheden på tilstande for spektre, UV-VIS-spektre, IR-spektre, Raman- spektre og kort over forskelligheder i tæthed af elektroner. Det kan også vise alle linjer, som indeholder en vilkårlig frase og mere.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Gdis
Fremviser til molekylær- og krystalmodeller
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 15 users (32 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Et program baseret på GTK+ til visning og manipulation af isolerede molekyler, periodiske systemer og krystalformer. Det er under udvikling, men dog stadig rimelig funktionelt. Det har følgende funktioner:

  • Understøtter adskillige filtyper (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN og GULP)
  • Et simpelt værktøj til at skabe og manipulere molekyler
  • Et vindue til at skabe startkonfigurationer for simulationer af molekylære dynamikker
  • Et udvalg af værktøj til visualisering (information om geometri, fremhævelse af region, osv.)
  • Animation af BIOSYM-filer (også animationsgengivelser, se nedenfor)

GDIS lader dig også udføre følgende funktioner gennem andre pakker:

  • Optegning af model (takket være POVRay)
  • Minimering af energi (takket være GULP)
  • Morfologi-beregninger (takket være cdd)
  • Behandling af rumgrupper (takket være SgInfo)
  • Se den periodiske tabel (takket være GPeriodic)
  • Indlæs yderligere filtyper, såsom PDB (takket være Babel)
Screenshots of package gdis
Gdpc
visualiseringsprogram til simulering af molekylær dynamik
Versions of package gdpc
ReleaseVersionArchitectures
sid2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.2.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package gdpc:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
works-with3dmodel, image, video
works-with-formatjpg, png
x11application
Popcon: 14 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gpdc er et grafisk program til visualisering af uddata, der stammer fra simuleringer af molekylær dynamik. Det læser inddata i standardformatet xyz, såvel som fra andre brugerdefinerede formater, og kan producere billeder fra hvert trin i en billedsekvens i JPG- eller PNG-format.

Registry entries: OMICtools 
Other screenshots of package gdpc
VersionURL
2.2.5-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/394/large.png
Screenshots of package gdpc
Jmol
Molekulær fremviser
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
jessie12.2.32+dfsg2-1all
wheezy12.2.32+dfsg2-1all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
sid14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
upstream14.28.4
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 70 users (91 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Jmol er en Javamolekulær fremviser for tredimensionelle kemiske strukturer. Funktioner inkluderer læsning af en række filtyper og resultater fra quantum-kemiprogrammer og animation af filer med flere rammer samt beregnede normale tilstande fra quantum-programmer. Fremviseren inkluderer funktioner for kemikalier, krystaller, materialer og biomolekyler. Jmol kan være nyttigt for studenter, undervisere og forskere indenfor kemi og biokemi.

Filformater som kan læses af Jmol inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton og VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package jmol
Kalzium
Periodisk tabel og kemiværktøjer
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.8.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.4.5-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.14.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream18.12.2
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 179 users (167 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Kalzium er et kemiprogram med alle funktioner, inklusiv en periodisk tabel, kemisk reference, kemisk ligningsløser og 3D-molekylefremviser.

Denne pakke er en del af KDE-undervisningsmodulet.

Other screenshots of package kalzium
VersionURL
4:4.4.5-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/004/862/large.png
Screenshots of package kalzium
P4vasp
Visualiseringsprogrampakke for Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP)
Maintainer: Debichem Team
Versions of package p4vasp
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.3.29+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el
buster0.3.30+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.3.29+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el
sid0.3.30+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

P4VASP er en visualiseringsprogrampakke for Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP). Den indeholder en GUI-ramme, der kan udvides, og som kan bruges til at vise materielle struktur, tilstandstæthed, båndstruktur med mere.

Den tilbyder et Pythonbibliotek, som i høj grad forenkler processen med manipulation af VASP-inddata og uddata i Pythonskripter. P4VASP udnytter mange gode rutiner og objekter f.eks. til oprettelse af 2D-grafer, datalager (xml,DOM) eller et simpelt matrixbibliotek.

Other screenshots of package p4vasp
VersionURL
0.3.29+dfsg-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/013/507/large.png
Screenshots of package p4vasp
Qutemol
interaktiv visualisering af makromolekyler
Maintainer: Debichem Team
Versions of package qutemol
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.4.1~cvs20081111-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.4.1~cvs20081111-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4.1~cvs20081111-3.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package qutemol:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut, wxwidgets
x11application
Popcon: 10 users (29 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

QuteMol er et interaktivt, højkvalitetssystem til visualisering af molekyler. Det udnytter de aktuelle GPU-kapaciteter via OpenGL-skygger til at tilbyde en vifte af innovative visuelle effekter. QuteMols visualiseringsteknikker har som mål at skabe klarere og lettere forståelse af 3D-formen og strukturen i store molekyler eller komplekse proteiner.

Qutemol bruger avancerede OpenGL-teknikker og virker måske ikke korrekt med alle videokort og drivere.

Funktioner der tilbydes i QuteMol:

  • Omgivende okklusion i realtid
  • Dybdebevidst silhuet-forbedring
  • Kugler-og-pinde, rumudfylding og »liquorice«-visualiseringstilstande
  • Højopløste, udjævnede øjebliksbilleder til optegninger i trykkvalitet
  • Automatisk oprettelse af animerede gif-billeder af roterende molekyler for animationer på internetsider
  • Interaktiv optegning af makromolekyler (>100k atomer)

QuteMol læser PDB-filer som inddata.

Please cite: Marco Tarini, Paolo Cignoni and Claudio Montani: Ambient Occlusion and Edge Cueing for Enhancing Real Time Molecular Visualization. (eprint) IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 12(5):1237-1244 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package qutemol
Rasmol
Visualisering af biologiske makromolekyler
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
sid2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.7.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.7.5.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,s390x
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 261 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

RasMol er et molekylært grafikprogram lavet til visualisering af proteiner, xxx syrer og små molekyler. Programmet har som formål at vise, lære og oprette billeder i udgivelseskvalitet.

Programmet læser i en molekylær koordinatfil og viser interaktivt molekylet på skærmen i forskellige farveskemaer og molekylerepræsentationer. Blandt de tilgængelige repræsentationer findes trådgitter med dybdeeffekt, Dreiding-pinde, kalotmodeller (CPK), kugler og pinde, biomolekylære bånd (eller »ribbons«; massive og som tråde), atometiketter samt prikoverflader.

Understøttede filformater inkluderer Protein Data Bank (PDB), Tripos Asscociates' Alchemy- og Sybyl Mo12-formater, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-filformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ-format (XMol), CHARMm-format, CIF-format og mmCIF-formatfiler.

Denne pakke installerer to versioner af RasMol: rasmol-gtk har en moderne GTK-baseret brugerflade og rasmol-classic har versionen med den gamle Xlib-grafiske brugerflade.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please register by following this link if you are using rasmol.
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package rasmol
Raster3d
Værktøjer for oprettelse af billeder for proteiner eller andre molekyler
Versions of package raster3d
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0-3-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.9-1-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.0-2-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.0-3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch3.0-3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0-3-5amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream3.0-4
Debtags of package raster3d:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeapplication
useconverting, viewing
works-with3dmodel, image, image:raster
works-with-formatjpg, png
Popcon: 14 users (9 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Raster3D er et sæt af værktøjer for oprettelse af højkvalitets rasterbilleder for proteiner eller andre molekyler. Basisprogrammet optegner sfærer, triangler, cylindere og keglesnitsflader med spejlende fremhævelse, Phong-skygge og skyggelægning. Programmet bruger en effektiv programalgoritme Z-buffer, som er uafhængig af eventuelt udstyr. Yderligere programmer behandler atomare koordinater fra PDB-filer til optegningsbeskrivelser for billeder komponeret for bånd, pladsfyldende atomer, grænser, bold+stav etc. Raster3D kan også bruges til at optegne billeder fremstillet i andre programmer såsom Molscript i strålende 3D med fremhævelser, skyggelægning etc. Resultatet gemmes i billedpunktsfiler med 24-bit farveinformation per billedpunkt.

Please cite: E.A. Merritt and D.J. Bacon: Raster3D Photorealistic Molecular Graphics. (PubMed) Methods in Enzymology 277:505-524 (1997)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Shelxle
Grafisk brugergrænseflade for SHELXL
Maintainer: Debichem Team
Versions of package shelxle
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.0.816-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.952-1amd64,arm64,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.564-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.677-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
buster1.0.912-1amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package shelxle:
uitoolkitqt
Popcon: 1 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ShelXle kombinerer et redigeringsprogram med syntaksfremhævelse for SHELXL- associerede .ins- (input) og .res-filer (output) med en interaktiv grafisk skærm for visualisering af tredimensionelle strukturer inklusive elektrontætheds- (Fo) og forskeltæthedskort (Fo-Fc).

http://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

Please cite: Christian B. Hübschle, George M. Sheldrick and Birger Dittrich: ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL. (eprint) J. Appl. Cryst. 44(6):1281-1284 (2011)
Screenshots of package shelxle
V-sim
Visualiser atomare strukturer
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.7.2-6amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 19 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

V_Sim visualiserer atomare strukturer såsom krystaller, korngrænser, molekyler og så videre (enten i et binært format eller i klartekst).

Optegningen udføres i pseudo-3D med sfærer (atomer) eller pile (»spins«). Brugeren kan interagere via mange funktioner for at vælge visningen, angive bindingerne, tegne klipniveauer, beregne overflader fra skalafelter, duplikere noder, måle geometri ... Derudover gør V_Sim det muligt at eksportere visningen som billeder i PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) og andre formater. Nogle værktøjer er også tilgængelige til at farvelægge atomer fra dataværdier eller til at animere - på skærmen - mange positionsfiler.

Screenshots of package v-sim
Viewmol
Grafisk brugerflade for bregningskemiprogrammer
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.4.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 22 users (35 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Viewmol kan hjælpe grafisk med oprettelsen af molekylære strukturer for beregninger og med at visualisere resultaterne.

I øjeblikket inkluderer Viewmol inddatafiltre for resultaterne Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole og Vamp samt PDB-filer. Strukturer kan gemmes som Accelrys' car-filer, MDL-filer og Turbomolekoordinatfiler. Viewmol kan oprette inddatafiler for Gaussian 9x/03. Viewmols filformat er blevet tilføjet til OpenBabel, så at OpenBabel kan fungere som inddata samt resultatfilter for koordinater.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol
Xbs
3d-modeller og film af molekyler
Maintainer: Matthew Vernon
Versions of package xbs
ReleaseVersionArchitectures
jessie0-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
wheezy0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0-10amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xbs:
fieldchemistry
interface3d
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitxlib
useprinting, viewing
works-withtext
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 7 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

xbs kugler-og-pinde-optegningsprogram kan lave faste og bevægelige tredimensionelle modeller af molekyler. Uddata kan fås i X11 og PostScript. Modellerne kan roteres, skaleres osv. Diverse funktioner som mærkater, skygger, lyssætning og farver er tilgængelige.

Screenshots of package xbs
Xcrysden
Visualiseringsprogram for krystallinske strukturer og molekylstruktur
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.5.53-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Popcon: 23 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

XCrySDen er et krystallinsk og molekylært strukturvisualiseringsprogram, som forsøger at vise isooverflader og konturer, som kan overlejres på krystallinske strukturer og interaktivt roteres og manipuleres. Det kan køre på de fleste UNIX-platforme, uden nogen specielle udstyrskrav.

XCrySDen giver mulighed for realtids optagelse af visningen. Flere filmkodere er understøttet, specielt Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle eller whirlgif er nødvendige. For AVI/MPEG er mencoder eller ppmtompeg (netpbm) krævet. For vinduesdump skal enten imagemagick eller swd (x11-apps) være til stede.

Screenshots of package xcrysden
Xmakemol
Program til visualisering af atomare og molekylære systemer
Versions of package xmakemol
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.16-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
squeeze5.16-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.16-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xmakemol:
fieldchemistry
hardwareinput, input:mouse
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, viewing
x11application
Popcon: 16 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

XMakemol er et musebaseret program, skrevet med brug af LessTif-kontrolsættet, til at se og manipulere atomare og andre kemiske systemer. Programmet læser XYZ-inddata og optegner atomer, bindinger og hydrogen-bindinger.

Inkluderede funktioner:

  • Animering af flere billedfiler
  • Interaktiv måling af bindingslængder, bindingsvinkler og torsionsvinkler
  • Kontrol over atom/bindings-størrelser
  • Eksport til Xpm, Encapsulated PostScript og XYZ-formater
  • Skift af synligheden for atomgrupper
  • Redigering af positionen for atomundersæt
Screenshots of package xmakemol
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200201