DebiChem Project
Summary
3d visualization
visualisateurs 3D de DebiChem

Ce métapaquet installe des visualisateurs 3D qui peuvent être utiles aux chimistes.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem 3d visualization packages

Official Debian packages with high relevance

Adun.app
simulateur moléculaire pour GNUstep − interface graphique
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.81-6amd64,armel,armhf,i386
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.81-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.81-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 11 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun est un simulateur bio-moléculaire qui inclut aussi une gestion des données et des capacités d'analyse. Il a été développé au « Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory », qui fait partie de l'unité de recherche sur l'informatique biomédicale de l'UPF.

Ce paquet fournit UL, le frontal graphique d'Adun.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package adun.app
Avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 75 users (50 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

 — modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
   de force automatique ;
 — mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
    conformation ;
 — visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
 — visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
 — gestion des cellules cristallographiques ;
 — création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
    MOLPRO ;
 — architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Ballview
modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 7 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BALLView propose une visualisation rapide des structures moléculaires, des méthodes de mécanique moléculaire (minimisation, simulation dynamique moléculaire utilisant les champs de force « Assisted Model Building with Energy Refinement » et « Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics ») à l'aide de la technologie OpenGL, un calcul et une visualisation des propriétés électrostatiques (méthode « Finite Difference Poisson-Boltzmann ») et des fonctionnalités d'édition moléculaire.

BALLView peut être considéré comme une interface graphique utilisateur basée sur BALL (« Biochemical Algorithms Library »), en se concentrant sur les demandes les plus courantes de la chimie des protéines et des biophysiciens en particulier. Il est développé par les groupes de Hans-Peter Lenhof (Université de Saarland, Sarrebruck, Allemagne) et d'Oliver Kohlbacher (Université de Tübingen, Allemagne). BALL est un framework applicatif écrit en C++ qui a été spécifiquement conçu pour le développement rapide de logiciels pour la modélisation moléculaire et le calcul de la biologie moléculaire. Il propose de nombreuses structures de données ainsi que des cours de mécanique moléculaire, des méthodes avancées de résolution, la comparaison et l'analyse de structures de protéines, l'import/export de fichiers et la visualisation.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Cclib
analyseurs et algorithmes pour la chimie computationnelle
Versions of package cclib
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.0.1-2all
buster1.6-1all
sid1.6.1-1all
bullseye1.6.1-1all
jessie1.1-1all
stretch1.3.1-1all
Popcon: 11 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il s'agit d'une bibliothèque Python fournissant des analyseurs pour les fichiers journaux de chimie computationnelle. Elle fournit également une plate-forme pour implémenter les algorithmes indépendamment du paquet.

Ce paquet fournit les scripts d'aide pour les utilisateurs finaux.

Les fichiers de tests unitaires et de données gérés par cclib sont distribués séparément dans le paquet non libre cclib-data.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. (eprint) J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 20 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

À partir d'une description basique de la structure cristallographique, incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de Fourier et la limite de la maille élémentaire.

Quatre types de dessins sont produits :

  • une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
  • un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de haute qualité destinés à des publications ;

  • le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur Internet ;

  • un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.

DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS et WIEN2k.

Screenshots of package drawxtl
Gabedit
interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.2.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.4.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 21 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit est une interface utilisateur graphique pour les paquets de chimie computationnelle tels que⋅:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Ces paquets logiciels Ab Initio peuvent être lancés localement ou sur un serveur distant (prenant en charge FTP, RSH et SSH). Gabedit peut afficher différents résultats de calcul comprenant la plupart des formats majeurs de fichier de molécule. Le perfectionné «⋅Molecule Builder⋅» permet d'esquisser rapidement des molécules et de les examiner en 3D. Les graphiques peuvent de plus être exportés vers divers formats, y compris ceux animés.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
Gamgi
interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.15.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.14.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 15 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GAMGI (« General Atomistic Modelling Graphic Interface ») propose une interface graphique pour construire, visualiser et analyser les structures des atomes. Le programme est destiné à la communauté scientifique et propose une interface graphique pour étudier les structures des atomes et préparer les images pour les présentations, et pour enseigner la structure de l'atome.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gamgi
Garlic
logiciel de visualisation de biomolécules
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 15 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1. Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques.

Il dépend uniquement des bibliothèque  X, aucune autre bibliothèque n'est nécessaire.

Parmi ses fonctions :

 – la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une petite
   fenêtre ;
 – les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des objets
   indépendants pour l'affichage ;
 – la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position. Cinq
   modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
 – il est capable de représenter des images stéréographiques ;
 – il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme une
   membrane ;
 – l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
   la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer le
    pointeur au-dessus ;
 – il est capable de charger plus d'une structure ;
 – il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
   hélicoïdales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité et
   les moments hydrophobes ;
 – l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
   Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Gausssum
analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.2-1all
sid3.0.2-1all
squeeze2.2.4-1all
wheezy2.2.5-2all
jessie2.2.6.1-1all
stretch3.0.1.1-1all
buster3.0.2-1all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 11 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum analyse les fichiers de sortie de calculs scientifiques avec ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar et PC GAMESS pour en extraire des informations utiles.

GaussSum utilise GNUPlot pour afficher l’avancement des optimisations géométriques, la densité des spectres d’états, les spectres ultraviolet-visibles (UV-VIS), les spectres infra-rouges, les spectres Raman et les cartes de différences de densité électronique. Il peut aussi afficher, entre autres, toutes les lignes contenant une phrase arbitraire.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Gdis
visualisateur de modèle de molécule et de cristal
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 23 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Il s’agit d’un programme basé sur GTK+ pour l’affichage et la manipulation de molécules isolées, de systèmes périodiques et de formes cristallines. Il est en développement, mais néanmoins à peu près fonctionnel. Il possède les caractéristiques suivantes :

 — prise en charge de plusieurs types de fichier (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL,
   MARVIN et GULP) ;
 — création de molécule simple et outil de manipulation ;
 — dialogue pour la création de configurations de départ pour la simulation
   de dynamique moléculaire ;
 — outils complémentaires pour la visualisation (information de géométrie,
   mise en évidence de région, etc) ;
 — animation de fichiers BIOSYM (ainsi que d’autres animations de rendu,
   voir ci-dessous).

GDIS permet aussi de réaliser les fonctions suivantes à l’aide d’autres paquets :

 — rendu de modèle (grâce à POVRay) ;
 — minimisation d’énergie (grâce à GULP) ;
 — calcul de morphologie (grâce à cdd) ;
 — traitement de groupe d’espace (grâce à SgInfo) ;
 — visualisation de la table périodique des éléments (grâce à GPeriodic) ;
 — chargement de types de fichier supplémentaires, tel PDB (grâce à Babel).
Screenshots of package gdis
Gdpc
Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire
Versions of package gdpc
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.2.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.2.5-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdpc:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
works-with3dmodel, image, video
works-with-formatjpg, png
x11application
Popcon: 14 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le programme gpdc est un programme graphique de visualisation de données issues de simulations de dynamique moléculaire. Il gère en entrée le format standard xyz ainsi que d'autres formats et en sortie les formats de fichiers graphiques JPG et PNG.

Registry entries: OMICtools 
Other screenshots of package gdpc
VersionURL
2.2.5-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/396/large.png
Screenshots of package gdpc
Jmol
visualisateur moléculaire
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
wheezy12.2.32+dfsg2-1all
sid14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
jessie12.2.32+dfsg2-1all
upstream14.28.4
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 81 users (71 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Jmol est un visualisateur Java moléculaire pour des structures chimiques en trois dimensions. Ses fonctions comprennent la lecture d’une variété de types de fichiers et de sorties de programmes de chimie quantique, l’animation de fichiers de multi-trames et les modes normaux calculés à partir de programmes quantiques. Il englobe des fonctions pour les produits chimiques, les cristaux, les matériaux et les biomolécules. Jmol peut être utile pour des étudiants, des enseignants ou des chercheurs en chimie et biochimie.

Les formats lus par Jmol comprennent PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton et VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package jmol
Kalzium
outil de table périodique et de chimie
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
sid17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy4.8.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.4.5-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream19.08.0
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 168 users (264 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Kalzium est une application de chimie comprenant une table périodique des éléments, une référence chimique, un résolveur d'équations chimiques et un visionneur de molécules en 3D.

Ce paquet fait partie du module éducatif de KDE.

Other screenshots of package kalzium
VersionURL
4:3.5.9-2https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/228/large.png
Screenshots of package kalzium
P4vasp
visualization suite for the Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP)
Versions of package p4vasp
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.3.29+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el
sid0.3.30+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.3.30+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.3.29+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.3.30+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 10 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

p4VASP is a visualization suite for the Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP). It contains an extensible GUI framework, that can be used to view material structure, density of states, band-structure and more.

It provides a Python library, that greatly simplifies the process of manipulation of the VASP input and output data in Python scripts. P4vasp utilizes also many handy routines and objects e.g. for creating 2D graphs, data storage (xml,DOM) or simple matrix library.

Other screenshots of package p4vasp
VersionURL
0.3.29+dfsg-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/013/507/large.png
Screenshots of package p4vasp
Qutemol
visualisation interactive de macromolécules
Versions of package qutemol
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.4.1~cvs20081111-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.4.1~cvs20081111-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4.1~cvs20081111-3.2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package qutemol:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut, wxwidgets
x11application
Popcon: 15 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

QuteMol est un système de visualisation moléculaire interactif et de haute qualité. Il exploite les capacités des GPU actuels grâce aux shaders OpenGL pour proposer un ensemble d'effets visuels innovants. Les techniques de visualisation de QuteMole sont destinées à améliorer la clarté et la compréhension de la forme en 3D et de la structure de grandes molécules ou de protéines complexes.

QuteMol utilise des techniques évoluées d'OpenGL et pourrait ne pas fonctionner correctement avec toutes les cartes graphiques et tous les pilotes.

Les fonctionnalités proposées par QuteMol incluent :

 − occlusion ambiante en temps réel ;
 − amélioration de la silhouette prenant en compte la profondeur ;
 − modes de visualisation en boule et bâton, remplissage de l'espace et
    « liquorice » ;
 − création automatique de gifs animés de molécules en rotation pour les
    animations de pages web ;
 − rendu interactif de macromolécules (plus de 100 atomes).

QuteMol lit les fichiers PDB en entrée.

Please cite: Marco Tarini, Paolo Cignoni and Claudio Montani: Ambient Occlusion and Edge Cueing for Enhancing Real Time Molecular Visualization. (eprint) IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 12(5):1237-1244 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package qutemol
Rasmol
visualisation de macromolécules biologiques
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.7.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.7.5.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
bullseye2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 200 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

RasMol est un programme graphique moléculaire destiné à la visualisation de protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules. Le programme est destiné à l'affichage, l'apprentissage et la génération d'images de la qualité des publications.

Le programme lit un fichier de coordonnées de molécule et l'affiche interactivement à l'écran avec diverses couleurs et représentations. Les molécules chargées peuvent être montrées comme des structures filaires, des liaisons cylindriques (drieding), des sphères remplissant l'espace (CPK), des rubans macromoléculaires, des boules avec des liaisons, des rubans de biomoléculaires solides et en brins, des étiquettes d'atomes et des surfaces de points.

Sont actuellement pris en charge les formats Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos' Alchemy et Sybyl Mol2, les formats de fichiers Molecular Design Limited's (MDL) Mol, le format Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ et les formats de fichiers CHARMm, CIF et mmCIF.

Ce paquet installe deux versions de RasMol : rasmol-gtk possède une interface moderne en GTK et rasmol-classic est la version avec l'ancienne interface graphique Xlib.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please register by following this link if you are using rasmol.
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package rasmol
Raster3d
outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules
Versions of package raster3d
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.0-3-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.9-1-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.0-2-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.0-3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0-3-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0-4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0-4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package raster3d:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeapplication
useconverting, viewing
works-with3dmodel, image, image:raster
works-with-formatjpg, png
Popcon: 15 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Raster3D est un ensemble d'outils pour la génération d'images matricielles de protéines ou d'autres molécules. Le logiciel principal rend les sphères, les triangles, les cylindres, les surfaces quadriques avec la surbrillance spéculaire, l'ombrage de Phong et l'ombrage. Il utilise l'algorithme efficace du logiciel Z-buffer, qui est indépendant de la carte graphique. Les logiciels annexes traitent les coordonnées atomiques des fichiers Protein Data Bank (PDB) dans les descriptions de rendu pour les images composées de rubans, les atomes remplissant l'espace, les liaisons, "ball+stick", etc. Raster3D peut aussi être utilisé pour rendre des images composées dans d'autres logiciels tels que Molscript en 3D avec des surbrillances et des ombrages, etc. La sortie est en fichiers d'images avec 24 bits d'information de couleur par pixel.

Please cite: E.A. Merritt and D.J. Bacon: Raster3D Photorealistic Molecular Graphics. (PubMed) Methods in Enzymology 277:505-524 (1997)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Shelxle
graphical user interface for SHELXL
Versions of package shelxle
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.985-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.985-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.952-1amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.816-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.677-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.564-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package shelxle:
uitoolkitqt
Popcon: 2 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ShelXle combines an editor with syntax highlighting for the SHELXL-associated .ins (input) and .res (output) files with an interactive graphical display for visualization of a three-dimensional structure including the electron density (Fo) and difference density (Fo-Fc) maps.

https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

Please cite: Christian B. Hübschle, George M. Sheldrick and Birger Dittrich: ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL. (eprint) J. Appl. Cryst. 44(6):1281-1284 (2011)
Screenshots of package shelxle
V-sim
visualisation de structures atomiques
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.7.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 20 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

V_Sim visualise des structures atomiques telles que cristaux, joints de grain, molécules, etc. (au format binaire ou texte pur).

Le rendu est réalisé en pseudo-3D avec des sphères (atomes) ou des flèches (spins). L’utilisateur peut interagir à l’aide de plusieurs fonctions pour choisir la vue, définir les liaisons, dessiner les plans de coupe, calculer les surfaces à partir de champs scalaires, dupliquer des nœuds, mesurer la géométrie… De plus, V_Sim permet d’exporter les vues sous forme d’images PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (schéma) ou d’autres formats. D’autres outils sont aussi disponibles pour colorer les atomes à partir des valeurs de données ou réaliser une animation sur l’écran de plusieurs fichiers de position.

Screenshots of package v-sim
Viewmol
interface graphique pour les programmes de calculs de chimie
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 36 users (25 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Viewmol peut aider graphiquement à la génération de structures moléculaires pour les calculs et à visualiser les résultats.

Actuellement, Viewmol inclut des filtres d'entrée pour les sorties Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole et Vamp de même que pour les fichiers PDB. Les structures peuvent être sauvegardées comme fichiers .car d'Accelrys, fichiers MDL et fichiers de coordonnées Turbomole. Viewmol peut générer des fichiers d'entrée pour Gaussian 9x/03. Le format de fichier viewmol a été ajouté à OpenBabel de telle manière que ce dernier puisse servir aussi bien comme filtre d'entrée que comme filtre de sortie pour les coordonnées.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol
Xbs
modèles 3D et animations de molécules
Maintainer: Matthew Vernon
Versions of package xbs
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0-8amd64,armel,armhf,i386
wheezy0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package xbs:
fieldchemistry
interface3d
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitxlib
useprinting, viewing
works-withtext
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 10 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

Ce programme peut créer des modèles tridimensionnels fixes et animés de molécules. Des sorties X11 et PostScript sont disponibles. Les modèles peuvent être tournés, agrandis, etc. Différentes options d'étiquetage, d'ombres, de lumières et de colorations sont disponibles.

Screenshots of package xbs
Xcrysden
visualisation de structure cristalline et moléculaire
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.5.53-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.5.60-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 24 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free

XCrySDen est un programme de visualisation de structure cristalline et moléculaire, visant à afficher des isosurfaces et contours, qui peuvent être superposés sur des structures cristallines et de manière interactive, tournés et manipulés. Ce programme peut fonctionner sur la plupart des plateformes Unix, sans besoins matériels spécifiques.

XCrySDen permet l’enregistrement en temps réel de l’affichage. Plusieurs encodeurs vidéo sont pris en charge, en particulier pour les GIF animés, convert (imagemagick), gifsicle ou whirlgif est nécessaire. Pour AVI ou MPEG, mencoder ou ppmtompeg (netpbm) est nécessaire. Pour l’enregistrement de fenêtre, imagemagick ou xwd (x11-apps) doit être installé.

Screenshots of package xcrysden
Xmakemol
programme pour visualiser les systèmes atomiques et moléculaires
Versions of package xmakemol
ReleaseVersionArchitectures
buster5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.16-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.16-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xmakemol:
fieldchemistry
hardwareinput, input:mouse
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, viewing
x11application
Popcon: 10 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

XMakemol est un programme basé sur la souris, écrit en se servant des accessoires graphiques LessTif, pour visualiser et manipuler les systèmes atomiques ou chimiques. Il lit une entrée au format XYZ et affiche les atomes, les liaisons et les liaisons hydrogène.

Fonctions incluses :

 – animation de plusieurs fichiers de vues ;
 – mesure interactive des longueurs de liaison, angles des liaisons et
   torsions ;
 – contrôle des dimensions des atomes et des liaisons ;
 – exportation vers les formats Xpm, Encapsulated PostScript et XYZ ;
 – basculement de l’affichage de groupes d’atomes ;
 – édition des positions de sous-ensembles d’atomes.
Screenshots of package xmakemol
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 196119