DebiChem Project
Summary
3d visualization
strumenti di visualizzazione in 3D per DebiChem

Questo metapacchetto installa gli strumenti di visualizzazione in 3D che possono essere utili per i chimici.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem 3d visualization packages

Official Debian packages with high relevance

Adun.app
simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.81-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
wheezy0.81-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.81-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.81-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.81-12hurd-i386
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 10 users (20 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun è un simulatore biomolecolare che include anche capacità di gestione e analisi di dati. È stato sviluppato presso il Laboratorio di Biofisica e Biochimica Computazionale, una sezione dell'Unità di Ricerca sull'Informatica Biomedica dell'UPF (Universitat Pompeu Fabra).

Questo pacchetto contiene UL, il frontend con interfaccia utente grafica per Adun.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package adun.app
Avogadro
sistema di grafica e modellamento molecolare
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.0.3-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 94 users (70 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

  • modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
  • meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
  • visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
  • visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
  • gestione di unità a cella cristallografiche;
  • generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
  • architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Other screenshots of package avogadro
VersionURL
1.0.1-3+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/008/025/large.png
Screenshots of package avogadro
Ballview
strumento libero per modelli e grafici molecolari
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.4.2+20140406-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
squeeze1.3.2-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,hurd-i386,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.4.1+20111206-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 10 users (17 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BALLView fornisce una veloce visualizzazione delle strutture molecolari basata sulle OpenGL, metodi per meccanismi molecolari (minimizzazione, simulazione MD tramite i campi di forze AMBER, CHARMM, e MMFF94), calcolo e visualizzazione delle proprietà elettrostatiche (FDPB) e funzionalità di modifica molecolare.

BALLView può essere considerato un'interfaccia utente grafica basata su BALL (Biochemical Algorithms Library - libreria di algoritmi biochimici), con una particolare attenzione specialmente verso le richieste più comuni dei chimici delle proteine e dei biofisici. È stato sviluppato dal gruppo di Hans-Peter Lenhof (Università del Saarland, Saarbruecken, Germania) e Oliver Kohlbacher (Università di Tubinga, Germania). BALL è un'infrastruttura per applicazioni C++ che è stata progettata specificatamente per lo sviluppo veloce del software nel modellamento molecolare e nella biologia molecolare computazionale. Fornisce un ampio insieme di strutture di dati come anche classi per la meccanica molecolare, metodi di solvatazione avanzati, confronto e analisi delle strutture proteiche, importazione ed esportazione dei file e visualizzazione.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package ballview
Cclib
analizzatori e algoritmi per chimica computazionale
Versions of package cclib
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.3.1-1all
sid1.6-1all
buster1.6-1all
wheezy1.0.1-2all
jessie1.1-1all
upstream1.6.1
Popcon: 6 users (11 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Libreria Python che fornisce analizzatori per file di log di chimica computazionale. Mette a disposizione anche una piattaforma per l'implementazione di algoritmi in maniera indipendente dal pacchetto.

Questo pacchetto contiene script ausiliari per l'utente finale.

Se si stanno cercando i test di unità e i file dei dati gestiti da cclib, essi sono distribuiti separatamente come pacchetto non-free cclib-data.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. (eprint) J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Drawxtl
visualizzatore di strutture di cristalli
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.5-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze5.4+dfsg-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 16 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

DRAWxtl legge una descrizione base della struttura del cristallo, che include parametri della cella unitaria, gruppi spaziali, coordinate atomiche, parametri termici o mappa di Fourier e produce in output un oggetto geometrico che contiene poliedri, piani, coni di coppie di elettroni, sfere o ellissoidi, legami, contorni di Fourier di iso-superfici e legami delle celle unitarie.

Vengono prodotti quattro tipi di grafica:

  • una finestra OpenGL per la visualizzazione immediata;
  • un linguaggio di scena POV-RAY (Persistence of Vision Ray Tracer) per disegni di qualità tipografica;
  • il VRML (Virtual Reality Modeling Language) per la diffusione in Internet;
  • un rendering PostScript della finestra OpenGL per coloro che desiderano un output di alta qualità ma non hanno POV-RAY installato.

I formati di file che DRAWxtl può leggere includono CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS e WIEN2k.

Screenshots of package drawxtl
Gabedit
interfaccia utente grafica per pacchetti Ab Initio
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.4.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.4.8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream2.5.0
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 11 users (12 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Svn

Gabedit è un'interfaccia utente grafica per pacchetti di chimica computazionale come:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Questi pacchetti software Ab Initio possono essere eseguiti localmente o su un server remoto (con gestione di FTP, RSH e SSH). Gabedit può visualizzare una varietà di risultati di calcoli, inclusa la maggior parte dei principali formati di file molecolari. L'avanzato "Molecule Builder" (creatore di molecole) permette di tratteggiare rapidamente molecole e di esaminarle in 3D. I risultati grafici possono essere esportati in vari formati, incluse animazioni.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit—A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
Gamgi
GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
wheezy0.15.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.14.8-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 14 users (30 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) fornisce un'interfaccia grafica per costruire, visualizzare e analizzare strutture atomiche. Il programma è pensato per la comunità scientifica e fornisce un'interfaccia grafica per studiare le strutture atomiche, per preparare immagini per presentazioni e per insegnare le strutture atomiche della materia.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package gamgi
Garlic
programma per visualizzazione di biomolecole
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
buster1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.6-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 14 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic è stato scritto per lo studio di proteine della membrana. Può essere usato per visualizzare altre proteine ed anche altri oggetti geometrici. Questa versione di garlic riconosce il formato PDB versione 2.1. Garlic può anche essere usato per analizzare sequenze proteiche.

Dipende solamente dalle librerie X, non sono necessarie altre librerie.

Le sue caratteristiche includono:

  • la posizione e lo spessore del piano di sezione sono visibili in una piccola finestra;
  • i legami atomici, così come gli atomi, sono trattati come oggetti disegnabili indipendentemente;
  • i colori degli atomi e dei legami dipendono dalla posizione: sono disponibili cinque modalità di mappatura (come per i piani);
  • possibilità di visualizzare immagini stereo;
  • possibilità di visualizzare altri oggetti geometrici, come la membrana;
  • le informazioni sugli atomi sono disponibili per l'atomo su cui è posizionato il puntatore del mouse: non è necessario fare clic, semplicemente muovere il mouse sopra la struttura!;
  • capacità di caricare più di una struttura;
  • capacità di disegnare grafici di Ramachandran, strutture delle alfa-eliche, diagrammi di Venn, grafici di idrofobicità media e di momento idrofobico;
  • il prompt dei comandi è disponibile alla base della finestra principale e può visualizzare un messaggio di errore e una stringa di comando.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Gausssum
analizza e visualizza l'output di Gaussian, GAMESS, ecc.
Maintainer: Debichem Team
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.2-1all
sid3.0.2-1all
wheezy2.2.5-2all
jessie2.2.6.1-1all
stretch3.0.1.1-1all
squeeze2.2.4-1all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 15 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum analizza, per estrarre informazioni utili, i file di output generati dalle elaborazioni di ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar e PC GAMESS.

GaussSum usa GNUPlot per visualizzare lo sviluppo di ottimizzazione geometriche, la densità di spettri di stato, spettri UV-VIS, spettri IR, spettri Raman e mappe di differenza di densità di elettroni. Può anche visualizzare tutte le righe contenenti una frase o parola arbitraria e molto altro.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
Gdis
visualizzatore per modelli di molecole e cristalli
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
buster0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.90-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.90-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 19 users (35 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

Programma basato su GTK per la visualizzazione e la manipolazione di molecole isolate, sistemi periodici e strutture cristalline. Nonostante sia in fase di sviluppo è ragionevolmente funzionante. Ha le seguenti caratteristiche:

  • supporto per diversi tipi di file (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN e GULP);
  • semplice strumento di creazione e manipolazione di molecole;
  • finestra di dialogo per creare configurazioni di partenza per simulazioni di dinamiche molecolari;
  • strumenti assortiti per la visualizzazione (informazioni geometriche, evidenziazione di regioni, ecc.);
  • animazione di file BIOSYM (anche animazioni rendered, vedi sotto).

GDIS permette anche di svolgere le seguenti azioni attraverso altri pacchetti:

  • rendering di modelli (grazie a POVRay);
  • minimizzazione dell'energia (grazie a GULP),
  • calcoli morfologici (grazie a cdd);
  • elaborazione di gruppi spaziali (grazie a SgInfo);
  • visione della tavola periodica degli elementi (grazie a GPeriodic);
  • caricamento di tipi di file addizionali, come PDB (grazie a Babel).
Screenshots of package gdis
Gdpc
visualizzatore di simulazioni di dinamiche molecolari
Versions of package gdpc
ReleaseVersionArchitectures
sid2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.2.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.2.5-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package gdpc:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
works-with3dmodel, image, video
works-with-formatjpg, png
x11application
Popcon: 15 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gdpc è un programma grafico per la visualizzazione dei dati risultanti da simulazioni di dinamiche molecolari. Legge i dati nel formato standard xyz, come anche in altri formati ad hoc, e può produrre immagini di ogni fotogramma nei formati JPG o PNG.

Registry entries: OMICtools 
Other screenshots of package gdpc
VersionURL
2.2.5-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/007/396/large.png
Screenshots of package gdpc
Jmol
visualizzatore molecolare
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
jessie12.2.32+dfsg2-1all
wheezy12.2.32+dfsg2-1all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
sid14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
upstream14.28.4
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 71 users (88 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Jmol è un visualizzatore molecolare in Java per strutture chimiche tridimensionali. Le caratteristiche includono la lettura di una varietà di tipi di file e dell'output di programmi di chimica quantistica, e animazioni di file a più fotogrammi e modalità normali calcolate per programmi quantistici. Comprende funzionalità per prodotti chimici, cristalli, materiali e biomolecole. Jmol potrebbe essere utile a studenti, educatori e ricercatori in chimica e biochimica.

I formati di file letti da Jmol includono PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton e VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package jmol
Kalzium
tavola periodica degli elementi e strumenti di chimica
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
wheezy4.8.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.4.5-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.14.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
upstream18.12.2
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 178 users (176 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Kalzium è un'applicazione per chimica completa che include una tavola periodica degli elementi, documenti di consultazione per la chimica, un risolutore di equazioni chimiche e un visualizzatore di molecole 3D.

Questo pacchetto fa parte del modulo educativo di KDE.

Other screenshots of package kalzium
VersionURL
4:3.5.9-2https://screenshots.debian.net/screenshots/000/001/228/large.png
Screenshots of package kalzium
P4vasp
suite di visualizzazione per Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP)
Versions of package p4vasp
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.3.29+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el
buster0.3.30+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.3.29+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el
sid0.3.30+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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License: DFSG free
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p4VASP è una suite di visualizzazione per il Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP). Contiene un'infrastruttura GUI estensibile che può essere usata per visualizzare la struttura dei materiali, la densità degli stati, la struttura elettronica a bande e altro ancora.

Fornisce una libreria per Python che semplifica enormemente la manipolazione dell'input e dell'output dei dati di VASP in script Python. p4VASP usa anche molte comode routine e oggetti, ad esempio, per creare grafi 2D, per memorizzare dati (xml, DOM) o per una semplice libreria per matrici.

Other screenshots of package p4vasp
VersionURL
0.3.29+dfsg-1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/013/508/large.png
Screenshots of package p4vasp
Qutemol
visualizzazione interattiva di macromolecole
Versions of package qutemol
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.4.1~cvs20081111-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.4.1~cvs20081111-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4.1~cvs20081111-3.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package qutemol:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut, wxwidgets
x11application
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License: DFSG free
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QuteMol è un sistema interattivo di alta qualità per la visualizzazione di molecole. Sfrutta le attuali capacità della GPU attraverso shader OpenGL per offrire una varietà di effetti visivi innovativi. Le tecniche di visualizzazione di QuteMol sono mirate a migliorare la chiarezza e la facilità di comprensione della forma tridimensionale e della struttura di molecole grandi o proteine complesse.

QuteMol usa tecniche OpenGL avanzate e potrebbe non funzionare in modo corretto con tutte le schede video e i driver.

Le funzionalità offerte da QuteMol includono:

  • occlusione di ambienti in tempo reale;
  • evidenziazione dei contorni tenendo conto delle profondità;
  • modalità di visualizzazione a sfere e bastoncini, con riempimento dello spazio e "liquorice";
  • istantanee con anti-aliasing ad alta risoluzione per creare disegni di qualità tipografica;
  • generazione automatica di gif animate di molecole che ruotano per le animazioni in pagine web;
  • rendering interattivo di macromolecole (>100k atomi).

QuteMol legge in input file PDB.

Please cite: Marco Tarini, Paolo Cignoni and Claudio Montani: Ambient Occlusion and Edge Cueing for Enhancing Real Time Molecular Visualization. (eprint) IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 12(5):1237-1244 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package qutemol
Rasmol
visualizza macromolecole biologiche
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
sid2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.7.5-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.7.5.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,s390x
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
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License: DFSG free
Git

RasMol è un programma di disegno molecolare progettato per visualizzare proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma è volto a fini illustrativi, didattici e alla produzione di immagini di qualità per la pubblicazione.

Il programma legge da un file le coordinate molecolari e visualizza interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di colori e di rappresentazioni. Attualmente le rappresentazioni disponibili includono insiemi di linee, con segmenti cilindrici rappresentanti i legami, con sfere solide (CPK), con palline e bastoncini, con nastri macromolecolari (sia nastri solidi ombreggiati che filamenti paralleli), con etichette per gli atomi e superfici punteggiate.

I formati di input attualmente supportati comprendono: Protein Data Bank (BPD), i formati Mol2 per Alchemy e Sybyl della Tripos, il formato Mol della Molecular Design Limited (MDL), il formato XMol XYZ del Minnesota Supercomputer Center (MSC), il formato CHARMm, il formato CIF e il formato mmCIF.

Questo pacchetto installa due versioni di RasMol, rasmol-gtk ha una moderna interfaccia basata su GTK e rasmol-classic è la vecchia versione con la GUI Xlib.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please register by following this link if you are using rasmol.
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package rasmol
Raster3d
strumenti per generare immagini di proteine o di altre molecole
Versions of package raster3d
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0-3-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.9-1-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.0-2-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.0-3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch3.0-3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0-3-5amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream3.0-4
Debtags of package raster3d:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeapplication
useconverting, viewing
works-with3dmodel, image, image:raster
works-with-formatjpg, png
Popcon: 14 users (8 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Raster3D è un insieme di strumenti per generare immagini raster di alta qualità di proteine o di altre molecole. Il programma principale fa il rendering di superfici di sfere, triangoli, cilindri e quadriche con punti luce riflessi, Phong shading e ombreggiature. Usa un algoritmo Z-buffer software efficiente che è indipendente da ogni hardware grafico. Programmi ausiliari elaborano coordinate atomiche da file PDB in descrizioni di rendering per immagini composte da nastri, atomi che riempono lo spazio, legami, sfere e stecche, ecc. Raster3D può anche essere usato per fare il rendering di immagini composte in altri programmi come Molscript in glorioso 3D con effetto luci, ombreggiatura, ecc. L'output è composto da file di immagini di pixel con 24 bit di informazioni sul colore per pixel.

Please cite: E.A. Merritt and D.J. Bacon: Raster3D Photorealistic Molecular Graphics. (PubMed) Methods in Enzymology 277:505-524 (1997)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Shelxle
interfaccia utente grafica per SHELXL
Versions of package shelxle
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.0.816-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.952-1amd64,arm64,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.0.564-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0.677-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
buster1.0.912-1amd64,arm64,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package shelxle:
uitoolkitqt
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License: DFSG free
Git

ShelXle combina un editor con evidenziazione della sintassi per i file .ins (input) e .res (output) associati a SHELXL con un display grafico interattivo per la visualizzazione di una struttura tridimensionale incluse mappe di densità elettronica (Fo) e di differenza di densità (Fo-Fc).

http://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

Please cite: Christian B. Hübschle, George M. Sheldrick and Birger Dittrich: ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL. (eprint) J. Appl. Cryst. 44(6):1281-1284 (2011)
Screenshots of package shelxle
V-sim
visualizzatore di strutture atomiche
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.7.2-6amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.5.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.6.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
Popcon: 20 users (13 upd.)*
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License: DFSG free
Git

V_Sim visualizza strutture atomiche come cristalli, bordi di granuli, molecole e così via; tanto in formato binario quanto in formato puro testo.

La resa è ottenuta in pseudo-3D con sfere (atomi) e frecce (spin). L'utente può interagire tramite molte funzioni per scegliere la visualizzazione, impostare i legami, disegnare piani di sezione, calcolare superfici da campi scalari, duplicare nodi, misurare la geometria... Inoltre V_Sim permette di esportare le visualizzazioni come immagini PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (schema) ed altri formati. Ci sono anche alcuni strumenti per colorare gli atomi secondo valori dati o per animare sullo schermo diversi file posizione.

Screenshots of package v-sim
Viewmol
interfaccia grafica per programmi di chimica computazionale
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.4.1-15amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.4.1-18amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.4.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.1-25amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
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Viewmol è in grado di aiutare graficamente nella generazione di strutture molecolari per la computazione e la visualizzazione dei loro risultati.

Attualmente Viewvol include filtri in input per Discover, DMo13, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, output di Vamp e file PDB. Le strutture possono essere salvate come file car di Accelrys, file MDL e file di coordinate Turbomole. Viewmol può generare file di input per Gaussian 9x/03. Il formato dei file di Viewmol è stato aggiunto a OpenBabel in modo che OpenBabel possa servire da filtro di input o di output per le coordinate.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package viewmol
Xbs
modelli 3D e animazioni di molecole
Maintainer: Matthew Vernon
Versions of package xbs
ReleaseVersionArchitectures
jessie0-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
wheezy0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid0-10amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xbs:
fieldchemistry
interface3d
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitxlib
useprinting, viewing
works-withtext
works-with-formatpostscript
x11application
Popcon: 8 users (12 upd.)*
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License: DFSG free

Il programma di disegno palle-e-stecche xbs può creare modelli tridimensionali di molecole, fermi o in movimento. È possibile ottenere il risultato su X11 o in PostScript. I modelli possono essere ruotati, scalati, ecc. Sono disponibili varie opzioni di etichettatura, ombreggiatura, illuminazione e colorazione.

Screenshots of package xbs
Xcrysden
visualizzatore di strutture cristalline e molecolari
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.5.53-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Popcon: 26 users (3 upd.)*
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License: DFSG free

XCrySDen è un programma per la visualizzazione di strutture cristalline e molecolari che mira alla visualizzazione di isosuperfici e contorni che possono essere sovrapposti a strutture cristalline e ruotati e manipolati in modo interattivo. Può essere eseguito nella maggior parte delle piattaforme UNIX, senza alcun particolare requisito hardware.

XCrySDen permette la cattura in tempo reale del display. Sono gestiti diversi codificatori di filmati, in particolare per le GIF animate è necessario convert (imagemagick), gifsicle o whirlgif. Per gli AVI/MPEG è richiesto mencoder o ppmtompeg (netpbm). Per i dump di finestre deve essere presente imagemagick oppure xwd (x11-apps).

Screenshots of package xcrysden
Xmakemol
programma per visualizzare sistemi atomici e molecolari
Versions of package xmakemol
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.16-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
squeeze5.16-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.16-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xmakemol:
fieldchemistry
hardwareinput, input:mouse
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, viewing
x11application
Popcon: 18 users (7 upd.)*
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Svn

XMakemol è un programma usabile con il mouse, scritto utilizzando la libreria grafica LessTif, che serve per visualizzare e manipolare sistemi atomici e altri sistemi chimici. Legge in input il formato XYZ e rappresenta atomi, legami e legami idrogeno.

Le funzionalità incluse sono:

  • animazione di file composti da molteplici fotogrammi;
  • misurazione interattiva delle lunghezze dei legami, degli angoli dei legami e degli angoli di torsione;
  • controllo delle dimensioni di atomi e legami;
  • esportazione nei formati XPM, Encapsulated ProstScript e XYZ;
  • commutazione della visibilità di gruppi di atomi;
  • modifica delle posizioni di sottoinsiemi di atomi.
Screenshots of package xmakemol
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200403