Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Phylogeny
Debian Med phylogeny packages

This lists Debian packages related to phylogeny for use in life sciences. The purpose of this compilation of packages is to have a handy subset of from the med-bio metapackage which contains a lot more than only phylogeny related software.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Phylogeny packages

Official Debian packages with high relevance

Altree
programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation
Versions of package altree
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.3.1-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.2.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.3.1-7amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.3.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package altree:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram, shared-lib
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ALTree est conçu pour la détection d'association et de localisation de sites susceptibles en utilisant des arbres phylogénétiques haplotypes : tout d'abord il permet une détection d'une association entre le gène candidat et la maladie, puis de faire des hypothèses sur les loci susceptibles.

Please cite: Claire Bardel, Vincent Danjean and Emmanuelle Genin: ALTree: association detection and localization of susceptibility sites using haplotype phylogenetic trees. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(11):1402-1403 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Beast-mcmc
inférence phylogénétique bayésienne MCMC
Versions of package beast-mcmc
ReleaseVersionArchitectures
buster1.10.4+dfsg-1all
sid1.10.4+dfsg-1all
jessie1.8.0-1 (contrib)all
stretch1.8.4+dfsg.1-1all
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BEAST est un programme multiplateforme pour l'analyse bayésienne MCMC de séquences moléculaires. Il est entièrement orienté vers les phylogénies à racine et mesurées dans le temps inférées avec des modèles d'horloge (« clock ») stricts ou relâchés. Il peut servir de méthode de reconstruction de phylogénies mais est également un environnement pour tester des hypothèses évolutionnaires sans poser de condition sur la topologie de l'arbre. BEAST utilise MCMC pour balancer la taille de l'arbre, afin que chaque arbre soit pondéré proportionnellement à sa probabilité postérieure. Une interface utilisateur simple à utilisée est incluse pour configurer les analyses standard, ainsi qu'une suite de programmes pour analyser les résultats.

The package is enhanced by the following packages: beast-mcmc-doc beast-mcmc-examples
Please cite: Alexei J Drummond and Andrew Rambaut: BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees. (PubMed,eprint) BMC Evol Biol 8(7):214 (2007)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Clustalw
alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
Versions of package clustalw
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.1+lgpl-4amd64,armel,armhf,i386
buster2.1+lgpl-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1+lgpl-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1+lgpl-6amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.12-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.1+lgpl-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package clustalw:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 18 users (30 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce programme réalise l'alignement de séquences multiples de nucléotides ou d'acides aminés. Il identifie le format des séquences en entrée et détermine s'il s'agit d'acides nucléiques (ADN/ARN) ou d'acides aminés (peptides). Le format en sortie peut être choisi parmi divers formats pour les alignements multiples, comme Phylip ou FASTA. Clustal W est largement reconnu.

Les données en sortie de Clustal W peuvent être modifiées manuellement ou avec un éditeur d'alignement comme Seaview ou le logiciel compagnon Clustal X. Lorsqu'un modèle est construit à partir des alignements, il peut être utilisé pour améliorer les recherches dans les bases de données. Celles-ci peuvent être créées sous forme de modèles de Markov (HMM) avec le paquet HMMER.

The package is enhanced by the following packages: clustalw-mpi
Please cite: M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins: Clustal W and Clustal X version 2.0. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(21):2947-2948 (2007)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Clustalx
alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique
Versions of package clustalx
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.83-4 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch2.1+lgpl-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1+lgpl-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1+lgpl-6kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
sid2.1+lgpl-8amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1+lgpl-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.1+lgpl-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package clustalx:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useanalysing, comparing, viewing
works-with-formatplaintext
x11application
Popcon: 93 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce paquet offre une interface graphique utilisateur pour le programme Clustal d'alignement de plusieurs séquences. Il fournit un environnement intégré pour effectuer plusieurs alignements par séquence et par profil pour analyser les résultats. L'alignement de séquences est affiché dans une fenêtre sur l'écran. Un système de coloration souple a été intégré pour mettre en évidence les caractéristiques conservées dans l'alignement. Pour les présentations professionnelles, il convient d'utiliser le paquet texshade (LaTeX) ou boxshade .

Les menus déroulants en haut de la fenêtre permettent de sélectionner toutes les options nécessaires pour les traditionnels alignements par séquences multiples et par profil. Vous pouvez couper-coller les séquences pour changer l'ordre de l'alignement ; vous pouvez sélectionner un sous-ensemble de séquences à aligner ; vous pouvez sélectionner une sous-plage de l'alignement à réaligner et réinsérer dans l'alignement original.

Une analyse de la qualité de l'alignement peut être réalisée et les segments à faible score ou les résidus exceptionnels peuvent être mis en évidence.

Please cite: M.A. Larkin, G. Blackshields, N.P. Brown, R. Chenna, P.A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J.D. Thompson, T.J. Gibson and D.G. Higgins: Clustal W and Clustal X version 2.0. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(21):2947-2948 (2007)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Dialign
alignement de plusieurs séquences par segments
Versions of package dialign
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.2.1-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.2.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.1-7amd64,armel,armhf,i386
sid2.2.1-10amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package dialign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 17 users (29 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dialign2 est un outil qui s'utilise en ligne de commande pour réaliser plusieurs alignements de séquences de protéines ou d'ADN. Il construit les alignements de paires sans écart de segments similaires des séquences. Il est à noter que Dialign n'emploie aucun type de pénalité de l'écart.

Please cite: Burkhard Morgenstern: DIALIGN 2: improvement of the segment-to-segment approach to multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Bioinformatics 15(3):211-218 (1999)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Dialign-tx
alignement séquentiel multiple basé sur les segments
Versions of package dialign-tx
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.2-12amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.2-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.2-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package dialign-tx:
fieldbiology, biology:bioinformatics
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 13 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DIALIGN-TX est un outil en ligne de commandes pour réaliser un alignement multiple de séquences de protéines ou d'ADN. C'est une ré-implémentation complète de l'approche basée sur les segments incluant plusieurs nouvelles améliorations et heuristiques qui améliore significativement la qualité des alignements en sortie comparée à DIALIGN 2.2 et DIALIGN-T. Pour les alignements par paires, DIALIGN-TX utilise un algorithme de « fragment- chaining » qui favorise les chaînes d'alignements locaux de faible score plutôt que les fragments isolés de score élevé. Pour l'alignement multiple, DIALIGN-TX utilise une procédure gloutonne améliorée qui est moins sensible aux fausses similitudes locales des séquences.

The package is enhanced by the following packages: dialign-tx-data
Please cite: Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann and Burkhard Morgenstern: DIALIGN-TX: greedy and progressive approaches for segment-based multiple sequence alignment. (PubMed) Algorithms for Molecular Biology 3(1):6 (2008)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Exonerate
outil générique pour la comparaison de deux séquences
Versions of package exonerate
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.2.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch2.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.2.0-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.2.0-6amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package exonerate:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-with-formatplaintext
Popcon: 20 users (31 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le paquet exonerate permet d'aligner des séquences en utilisant de nombreux modèles d'alignement, en utilisant soit de la programmation dynamique exhaustive, soit divers procédés heuristiques. La plupart des fonctionnalités de l'ensemble de la programmation dynamique ont été réécrites en C pour une meilleure efficacité. Le paquet exonerate est un composant intrinsèque de la construction des bases de données du projet Ensembl genome (par le centre de recherche European Bioinformatics Institute pour fournir des données à l'échelle du génome pour des espèces non-vertébrée), fournissant des notes de similitudes entre les séquences ARN et ADN et ainsi des variants d'épissage et les séquences de codage en général.

Un système In-silico PCR Experiment Simulation (voir la page du manuel d'ipcress) est fourni avec le paquet exonerate.

Ce paquet vient aussi avec une sélection d'utilitaires pour la réalisation rapide de manipulations simples avec des fichiers FASTA dépassant 2 Go.

Please cite: Guy C. Slater and Ewan Birney: Automated generation of heuristics for biological sequence comparison. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 6(1):31 (2005)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Fastdnaml
outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN
Versions of package fastdnaml
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.2.2-9amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.2.2-10amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.2.2-10amd64,armel,armhf,i386
buster1.2.2-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.2-13amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package fastdnaml:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 9 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

fastDNAml est un logiciel dérivé de la version 3.3 du logiciel DNAML (« DNA Maximum Likelihood ») de Joseph Felsenstein faisant partie de son paquet PHYLIP (« PHYLogeny Inference Package »). Les utilisateurs devraient consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce logiciel.

Le logiciel fastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que DNAML, mais de le faire plus rapidement et en utilisant moins de mémoire. Ainsi, les grands arbres phylogénétiques qui reproduisent l'amorçage deviennent traitables. Une grande partie du logiciel fastDNAml est simplement un recodage de la version 3.3 du DNAML de PHYLIP du langage Pascal au C.

La page d'accueil de ce logiciel n'étant plus disponible, ce logiciel ne verra donc probablement pas d'autres mises à jour.

Please cite: Gary J. Olsen, Hideo Matsuda, Ray Hagstrom and Ross Overbeek: fastDNAml: a tool for construction of phylogenetic trees of DNA sequences using maximum likelihood. (PubMed,eprint) Comput Appl Biosci 10(1):41-48 (1994)
Registry entries: OMICtools 
Figtree
visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique
Versions of package figtree
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.3.1-1all
sid1.4.4-3all
buster1.4.4-3all
jessie1.4-2all
stretch1.4.2+dfsg-2all
Popcon: 9 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le paquet figtree est conçu comme une visionneuse graphique d'arbres phylogénétiques et comme un programme pour produire des chiffres de publication prêts à l'emploi. En particulier, il est conçu pour afficher des arbres résumés et annotés produits par le logiciel BEAST (« Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees »).

Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Hmmer
Prépare des modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
Versions of package hmmer
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.1b2+dfsg-5amd64,i386
buster3.2.1+dfsg-1amd64,i386
squeeze2.3.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.2.1+dfsg-1amd64,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
jessie3.1b1-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package hmmer:
biologyformat:aln, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-withdb
works-with-formatplaintext
Popcon: 24 users (25 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HMMER est une implémentation des profils modèles de Markov cachés pour rechercher des séquences biologiques dans des banques de données en les interrogeant avec des alignements multiples de séquences.

À partir d'un alignement multiple de séquences, HMMER construit un modèle statistique appelé « modèle de Markov caché », qui peut ensuite être utilisé pour interroger une banque de séquences afin de trouver plus d'homologues à la famille de séquences et, éventuellement, les aligner.

Please cite: S. R. Eddy: Profile hidden Markov models. (PubMed,eprint) Bioinformatics 14(9):755-763 (1998)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package hmmer
Iqtree
efficient phylogenetic software by maximum likelihood
Versions of package iqtree
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6.9+dfsg-1amd64,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
stretch1.5.3+dfsg-2amd64,i386
buster1.6.9+dfsg-1amd64,i386
upstream1.6.10
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

IQ-TREE is a very efficient maximum likelihood phylogenetic software with following key features among others:

  • A novel fast and effective stochastic algorithm to estimate maximum likelihood trees. IQ-TREE outperforms both RAxML and PhyML in terms of likelihood while requiring similar amount of computing time (see Nguyen et al., 2015)
  • An ultrafast bootstrap approximation to assess branch supports (see Minh et al., 2013).
  • A wide range of substitution models for binary, DNA, protein, codon, and morphological alignments.
  • Ultrafast model selection for all data types, 10 to 100 times faster than jModelTest and ProtTest.
  • Finding best partition scheme like PartitionFinder.
  • Partitioned models with mixed data types for phylogenomic (multi- gene) alignments, allowing for separate, proportional, or joint branch lengths among genes.
  • Supporting the phylogenetic likelihod library (PLL) (see Flouri et al., 2014)
Please cite: Lam Tung Nguyen, Heiko A. Schmidt, Arndt von Haeseler and Bui Quang Minh: IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies. (PubMed,eprint) Mol. Biol. Evol. 32(1):268-274 (2015)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Jmodeltest
HPC selection of models of nucleotide substitution
Versions of package jmodeltest
ReleaseVersionArchitectures
sid2.1.10+dfsg-7all
stretch2.1.10+dfsg-5all
buster2.1.10+dfsg-7all
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

jModelTest is a tool to carry out statistical selection of best-fit models of nucleotide substitution. It implements five different model selection strategies: hierarchical and dynamical likelihood ratio tests (hLRT and dLRT), Akaike and Bayesian information criteria (AIC and BIC), and a decision theory method (DT). It also provides estimates of model selection uncertainty, parameter importances and model-averaged parameter estimates, including model-averaged tree topologies. jModelTest 2 includes High Performance Computing (HPC) capabilities and additional features like new strategies for tree optimization, model- averaged phylogenetic trees (both topology and branch length), heuristic filtering and automatic logging of user activity.

Please cite: Diego Darriba, Guillermo L Taboada, Ramón Doallo and David Posada: jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing. (PubMed) Nature Methods 9(8):772 (2012)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Kalign
Alignement séquentiel multiple global et progressif
Versions of package kalign
ReleaseVersionArchitectures
sid2.03+20110620-5amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.04-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.03+20110620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.03+20110620-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.03+20110620-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.03+20110620-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package kalign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 15 users (18 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Kalign est un outil en ligne de commande pour l'alignement de séquences biologiques (ADN, ARN, proteïnes). Il utilise l'algorithme de concordance de chaînes Muth-Manber pour améliorer la précision et la vitesse de l'alignement. Il utilise une démarche d'alignement globale, progressive, enrichie par l'usage d'un algorithme de concordance de chaînes approché pour calculer les différences de séquence et par l'incorporation des correspondances locales dans tout autre alignement global.

Please cite: Timo Lassmann, Oliver Frings and Erik L. L. Sonnhammer: Kalign2: high-performance multiple alignment of protein and nucleotide sequences allowing external features. (PubMed,eprint) Nucl. Acids Res. 37(3):858-865 (2009)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Mrbayes
Bayesian Inference of Phylogeny
Versions of package mrbayes
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.2.1+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.2.3+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
buster3.2.6+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
sid3.2.6+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch3.2.6+dfsg-1amd64,arm64,armhf,i386
Popcon: 8 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bayesian inference of phylogeny is based upon a quantity called the posterior probability distribution of trees, which is the probability of a tree conditioned on the observations. The conditioning is accomplished using Bayes's theorem. The posterior probability distribution of trees is impossible to calculate analytically; instead, MrBayes uses a simulation technique called Markov chain Monte Carlo (or MCMC) to approximate the posterior probabilities of trees.

The package is enhanced by the following packages: mrbayes-doc
Please cite: Fredrik Ronquist, Maxim Teslenko, Paul van der Mark, Daniel L. Ayres, Aaron Darling, Sebastian Höhna, Bret Larget, Liang Liu, Marc A. Suchard and John P. Huelsenbeck: MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and Model Choice across a Large Model Space. (PubMed,eprint) Systematic Biology (2012)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package mrbayes
Muscle
Programme d'alignements multiples de séquences de protéine
Versions of package muscle
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.8.31-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.70+fix1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie3.8.31-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.8.31+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package muscle:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 30 users (28 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MUSCLE est un programme d'alignements multiples de séquences de protéine. L'acronyme MUSCLE signifie « MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation ». D'après les tests des auteurs, MUSCLE réalise les meilleurs résultats de tous les programmes testés sur plusieurs bancs de mesure concernant la précision d'alignement et est aussi un des plus rapides.

Please cite: Robert C. Edgar: MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 32(5):1792-1797 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Topics: Sequence analysis
Screenshots of package muscle
Mustang
alignement structurel multiple de protéines
Versions of package mustang
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.2.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster3.2.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.2.3-3amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.2.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.2.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package mustang:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 12 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Mustang est un algorithme pour aligner des structures multiples de protéines. Avec un ensemble donné de fichiers PDB, le programme utilise l'information spatiale dans les atomes Calpha de l'ensemble pour produire une séquence d'alignement. Basé sur un appairage heuristique progressif, l'algorithme traite ensuite un certain nombre de repasses d'affinage. Mustang rapporte les alignements de séquence multiples et la superposition de structures correspondantes.

The package is enhanced by the following packages: mustang-testdata
Please cite: Arun S. Konagurthu, James C. Whisstock, Peter J. Stuckey and Arthur M. Lesk: MUSTANG: A multiple structural alignment algorithm. (PubMed) Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 64(3):559-574 (2006)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package mustang
Njplot
programme de dessin d’arbre phylogénétique
Versions of package njplot
ReleaseVersionArchitectures
buster2.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4-8amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.3-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package njplot:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useanalysing, editing, organizing, printing, viewing
works-withbiological-sequence
works-with-formatplaintext
x11application
Popcon: 80 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

NJplot peut dessiner n’importe quel dendrogramme exprimé dans le format Newick standard d’arbre phylogénétique (par exemple, le format utilisé par le paquet PHYLIP). NJplot est particulièrement pratique pour enraciner les arbres non enracinés obtenus par des méthodes de parcimonie, de distance ou de maximum de vraisemblance pour la construction d’arbres.

Please cite: G. Perrière and M. Gouy: WWW-query: An on-line retrieval system for biological sequence banks. (PubMed) Biochimie 78(5):364–369 (1996)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package njplot
Phylip
package of programs for inferring phylogenies
Versions of package phylip
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.69-1 (non-free)amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze3.69-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie3.696+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.696+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.697+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.697+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package phylip:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 31 users (25 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The PHYLogeny Inference Package is a package of programs for inferring phylogenies (evolutionary trees) from sequences. Methods that are available in the package include parsimony, distance matrix, and likelihood methods, including bootstrapping and consensus trees. Data types that can be handled include molecular sequences, gene frequencies, restriction sites, distance matrices, and 0/1 discrete characters.

Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Phyml
Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
Versions of package phyml
ReleaseVersionArchitectures
squeeze20100123-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.3.20180621-2amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie20120412-2amd64,armel,armhf,i386
buster3.3.20180621-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.2.0+dfsg-7amd64,arm64,armhf,i386
wheezy20110919-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream3.3.20190321
Debtags of package phyml:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-withbiological-sequence
Popcon: 17 users (13 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PhyML is a software that estimates maximum likelihood phylogenies from alignments of nucleotide or amino acid sequences. It provides a wide range of options that were designed to facilitate standard phylogenetic analyses. The main strengths of PhyML lies in the large number of substitution models coupled to various options to search the space of phylogenetic tree topologies, going from very fast and efficient methods to slower but generally more accurate approaches. It also implements two methods to evaluate branch supports in a sound statistical framework (the non-parametric bootstrap and the approximate likelihood ratio test).

PhyML was designed to process moderate to large data sets. In theory, alignments with up to 4,000 sequences 2,000,000 character-long can be analyzed. In practice however, the amount of memory required to process a data set is proportional of the product of the number of sequences by their length. Hence, a large number of sequences can only be processed provided that they are short. Also, PhyML can handle long sequences provided that they are not numerous. With most standard personal computers, the “comfort zone” for PhyML generally lies around 3 to 500 sequences less than 2,000 character long.

This package also includes PhyTime.

Please cite: Stéphane Guindon: Bayesian estimation of divergence times from large sequence alignments. (PubMed,eprint) Molecular Biology and Evolution 27(8):1768-81 (2010)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package phyml
Poa
alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences
Versions of package poa
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.0+20060928-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0+20060928-3amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.0+20060928-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.0+20060928-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.0+20060928-7amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.0+20060928-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package poa:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
works-with-formatplaintext
Popcon: 13 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (Partial Order Aligment en anglais). C'est un programme rapide de MSA (alignement multiple de séquences) en bio-informatique. Ses points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement. L'alignement d'ordre partiel est une approche pour MSA qui peut être combinée avec d'autres méthodes comme l'alignement progressif. POA aligne de manière optimale une paire de MSA et peut donc être utilisé directement avec des méthodes progressives comme CLUSTAL. Pour les alignements de grande taille, POA est de dix à trente fois plus rapide que CLUSTALW.

Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package poa
Populations
logiciel de génétique de populations
Versions of package populations
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.33+svn0120106-2.1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.2.33+svn0120106-2.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.2.33+svn0120106-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.33+svn0120106+dfsg-1kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
buster1.2.33+svn0120106+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.33+svn0120106+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package populations:
roleprogram
uitoolkitqt
Popcon: 4 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Populations est un logiciel de génétique de populations. Il permet de calculer la distance génétique entre des populations ou des individus. Il permet aussi de créer des arbres phylogénétiques (NJ ou UPGMA) avec des valeurs de démarrage.

Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package populations
Proalign
logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes
Versions of package proalign
ReleaseVersionArchitectures
sid0.603-3hurd-i386
stretch0.603-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.603-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.603-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.603-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le logiciel ProAlign réalise des alignements de séquences probabilistes en utilisant le modèle de Markov caché. Il inclut une interface graphique utilisateur permettant de: (i) réaliser des alignements de nucléotides ou d'acides aminés (ii) visionner la qualité des solutions (iii) filtrer les régions considérées non fiables de l'alignement (iv) exporter les alignements vers d'autres logiciels

Le logiciel ProAlign une méthode progressive, telle que l'alignement de multiples séquences est créé par étapes en réalisant des alignements par paires dans les noeuds d'un arbre de guidage . Les séquences sont décrites avec des vecteurs de probabilité de symboles, et chaque alignement par paires, reconstruit la séquence ancestrale (parente) en calculant les probabilités de différents symboles selon un modèle évolutif.

Please cite: Ari Löytynoja and Michel C Milinkovitch: A hidden Markov model for progressive multiple alignment. (PubMed,eprint) Bioinformatics 19(12):1505-13 (2003)
Registry entries: OMICtools 
Probalign
multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
Versions of package probalign
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.4-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.4-8amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.4-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.4-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Popcon: 10 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Probalign uses partition function posterior probability estimates to compute maximum expected accuracy multiple sequence alignments. It performs statistically significantly better than the leading alignment programs Probcons v1.1, MAFFT v5.851, and MUSCLE v3.6 on BAliBASE 3.0, HOMSTRAD, and OXBENCH benchmarks. Probalign improvements are largest on datasets containing N/C terminal extensions and on datasets with long and heterogeneous length sequences. On heteregeneous length datasets containing repeats Probalign alignment accuracy is 10% and 15% higher than the other three methods when standard deviation of length is at least 300 and 400.

Please cite: Usman Roshan and Dennis R. Livesay: Probalign: multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(22):2715-21 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Probcons
alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste
Versions of package probcons
ReleaseVersionArchitectures
sid1.12-12amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.12-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.12-9amd64,armel,armhf,i386
stretch1.12-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.12-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.12-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package probcons:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 12 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ceci est un outil pour la génération d'alignements de séquences multiples de protéines. En utilisant une combinaison de techniques d'alignements basées sur la modélisation probabiliste et la cohérence, le logiciel PROBCONS a atteint les meilleures précisions des méthodes d'alignement à ce jour. Sur la base de données d'alignements de test de performance BAliBASE (« Benchmark ALIgnment dataBASE »), les alignements produits par le logiciel PROBCONS montrent une amélioration statistiquement significative sur les logiciels actuels, contenant une moyenne de plus de 7 % de colonnes alignées correctement que celles du logiciel T-Coffee, plus de 11 % de colonnes alignées correctement que celles du logiciel ClustalW, et plus de 11 % de colonnes alignées que celles du logiciel Dialign.

Please cite: Chuong B. Do, Mahathi S.P. Mahabhashyam, Michael Brudno and Serafim Batzoglou: ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Genome Research 15(2):330-340 (2005)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package probcons
Proda
Alignement multiple de séquences protéiques
Versions of package proda
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0-7amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.0-8amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0-12amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package proda:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 12 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ProDA est un programme pour détecter et aligner les régions homologues dans des collections de protéines comportant divers arrangements de domaines. À partir d'un ensemble de séquences non alignées, ProDA identifiera toutes les régions homologues apparaissant dans une ou plusieurs séquences et renverra une collection d'alignements multiples locaux pour chacune d'entre elles.

Please cite: Tu Minh Phuong, Chuong B. Do, Robert C. Edgar and Serafim Batzoglou: Multiple alignment of protein sequences with repeats and rearrangements. (PubMed,eprint) Nucl. Acids Res. 34(20):5932-5942 (2006)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package proda
Prottest
selection of best-fit models of protein evolution
Versions of package prottest
ReleaseVersionArchitectures
sid3.4.2+dfsg-3all
stretch3.4.2+dfsg-2all
buster3.4.2+dfsg-3all
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PROTTEST (ModelTest's relative) is a program for selecting the model of protein evolution that best fits a given set of sequences (alignment). This java program is based on the Phyml program (for maximum likelihood calculations and optimization of parameters) and uses the PAL library as well. Models included are empirical substitution matrices (such as WAG, LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb, and HIVw) that indicate relative rates of amino acid replacement, and specific improvements (+I:invariable sites, +G: rate heterogeneity among sites, +F: observed amino acid frequencies) to account for the evolutionary constraints impossed by conservation of protein structure and function. ProtTest uses the Akaike Information Criterion (AIC) and other statistics (AICc and BIC) to find which of the candidate models best fits the data at hand.

Please cite: Diego Darriba, Guillermo L. Taboada, Ramón Doallo and David Posada: ProtTest 3: fast selection of best-fit models of protein evolution. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(8):1164-5 (2011)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Seaview
Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny
Versions of package seaview
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.2.5-1 (non-free)amd64,i386
wheezy4.3.3-3 (non-free)amd64,armel,i386
jessie4.5.3.1-2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.6.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.7-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package seaview:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
networkclient
roleprogram
scopeutility
uitoolkitfltk
usecomparing, editing, printing, viewing
works-withbiological-sequence
works-with-formatplaintext
x11application
Popcon: 15 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be manually edited. It drives the programs Muscle or Clustal Omega for multiple sequence alignment, and also allows one to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0. SeaView draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows one to download sequences from EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.

The package is enhanced by the following packages: muscle
Please cite: Manolo Gouy, Stephane Guindon and Olivier Gascuel: SeaView version 4: a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building. (PubMed,eprint) Mol Biol Evol 27(2):221-224 (2010)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Sigma-align
alignement de multiples séquences d'ADN non codant
Versions of package sigma-align
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.1.3-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.1.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.1.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.1.3-6amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.1.3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.1.3-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package sigma-align:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SIGMA (« SImple Greedy Multiple Alignment ») est un logiciel d'alignement. Son algorithme et schéma de notation sont conçus spécialement pour une séquence d'ADN non codant.

Il utilise une stratégie de recherche d'alignements locaux avec le moins d'espacement possible. Ceci se produit à chaque étape, ce qui rend le meilleur alignement possible compatible avec les alignements existants. Il note l'importance de l'alignement sur ​​la base des longueurs des fragments alignés et un modèle de fond. Ceux-ci peuvent être communiqués ou estimés à partir d'un fichier complémentaire de l'ADN intergénique.

Please cite: Siddharthan, Rahul: Sigma: multiple alignment of weakly-conserved non-coding DNA sequence. (PubMed) BMC Bioinformatics 7(1):143 (2006)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Spread-phy
analyze and visualize phylogeographic reconstructions
Versions of package spread-phy
ReleaseVersionArchitectures
sid1.0.7+dfsg-2all
stretch1.0.7+dfsg-1all
buster1.0.7+dfsg-2all
jessie1.0.5+dfsg-1 (contrib)all
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SPREAD is a user-friendly application to analyze and visualize phylogeographic reconstructions resulting from Bayesian inference of spatio-temporal diffusion.

There is a tutorial for SPREAD online at http://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/tutorial/spread_tutorial.html

Originally this program is named "spread". However, there is just such a package inside Debian and thus a 'phy' for phylogeny was prepended.

Please cite: Filip Bielejec, Andrew Rambaut, Marc A. Suchard and Philippe Lemey: SPREAD: spatial phylogenetic reconstruction of evolutionary dynamics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(20):2910-2912 (2011)
Registry entries: OMICtools 
T-coffee
alignement multiple de séquences
Versions of package t-coffee
ReleaseVersionArchitectures
buster12.00.7fb08c2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze8.84-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy9.02.r1228-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie11.00.8cbe486-1amd64,armel,armhf,i386
stretch11.00.8cbe486-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid12.00.7fb08c2-4amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package t-coffee:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 12 users (34 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee crée un alignement multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et les structures.

T-Coffee permet la combinaison de collection d'alignements multiples ou par paires de séquences, globaux ou locaux, dans un modèle unique. Il peut aussi estimer le niveau de cohérence de chaque position dans le nouvel alignement avec les autres alignements. Veuillez vous référer à l'épreuve incluse pour plus d'informations.

T-Coffee dispose d'une variante appelée M-Coffee qui permet la combinaison de sorties de nombreux paquets d'alignement de séquences. Dans sa version publiée, il utilise MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA et T-Coffee. Une version spéciale, DM-Coffee, a été faite pour Debian. Cette version n'utilise que des logiciels libres grâce au remplacement de Clustal W par Kalign. L'utilisation des huit méthodes proposées par M-Coffee peut parfois s'avérer lourde. Il est néanmoins possible de n'en utiliser qu'un sous-ensemble de son choix.

The package is enhanced by the following packages: clustalw dialign-tx kalign mafft muscle ncbi-blast+ poa prank probcons tm-align
Please cite: Cédric Notredame, Desmond G. Higgins and Jaap Heringa: T-coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. (PubMed) Journal of Molecular Biology 302(1):205-217 (2000)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Tm-align
alignement structurel de protéines
Versions of package tm-align
ReleaseVersionArchitectures
buster20170708+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch20160521+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie20140601+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy20120507-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid20170708+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package tm-align:
roleprogram
Popcon: 12 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TM-align est un algorithme pour l'alignement de structures de protéines utilisant la programmation dynamique. L'évaluation est effectuée par la matrice de rotation TM-score. L'algorithme est similaire à RMSD dans le fait que les portions non alignées de la structure influencent moins l'évaluation que les régions conservées plus structurées.

Please cite: Yang Zhang and Jeffrey Skolnick: TM-align: A protein structure alignment algorithm based on TM-score. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 33(7):2302-2309 (2005)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package tm-align
Tree-ppuzzle
Reconstruction d'arbres phylogéniques par ressemblance maximum
Versions of package tree-ppuzzle
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
squeeze5.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.2-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package tree-ppuzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 0 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TREE-PUZZLE (le nouveau nom pour PUZZLE) est un programme interactif en console qui intègre un algorithme rapide de recherche par arborescence, sur 4 niveaux, qui permet l'analyse de grands jeux de données et qui fournit un support d'estimations à chaque branche interne. TREE-PUZZLE calcule aussi des distances maximales entre des paires semblables, ainsi que la longueur des branches spécifiées par les utilisateurs. Les branches peuvent aussi être calculées durant un temps donné. De plus, TREE-PUZZLE offre une nouvelle méthode, la cartographie par similitude, pour rechercher le support d'une hypothétique branche interne sans calculer l'arbre complet et pour visualiser l'enchaînement d'un alignement de séquence apparentées.

Ceci est la version parallélisée de tree-puzzle.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Tree-puzzle
reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale
Versions of package tree-puzzle
ReleaseVersionArchitectures
squeeze5.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy5.2-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package tree-puzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 7 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TREE-PUZZLE (le nouveau nom pour PUZZLE) est un programme interactif en console qui intègre un algorithme rapide de recherche dans une arborescence par la méthode de quadruplets «⋅Quartet Puzzling⋅», qui permet l'analyse de grands jeux de données et qui attribue automatiquement des estimations de prise en charge à chaque branche interne. TREE-PUZZLE calcule aussi des distances maximales vraisemblables entre des paires, ainsi que la longueur des branches spécifiées par l’utilisateur. Les branches peuvent aussi être calculées suivant le postulat de l'horloge moléculaire. De plus, TREE-PUZZLE offre une méthode novatrice, la cartographie par vraisemblance, pour étudier la prise en charge d'une hypothétique branche interne sans calculer l'arbre complet et pour visualiser le contenu phylogénétique d’un alignement de séquences.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Treeview
réimplémentation en Java de TreeView de Michael Eisen
Versions of package treeview
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.1.6.4+dfsg-1 (contrib)all
stretch1.1.6.4+dfsg1-2all
buster1.1.6.4+dfsg1-4all
sid1.1.6.4+dfsg1-4all
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TreeView crée un affichage ressemblant à une matrice de données d’expression, connu sous l’appellation de « groupement d’Eisen » (Eisen clustering). L’implémentation originale est un programme Windows appelé TreeView de Michael Eisen. Ce paquet TreeView, quelques fois mentionné en tant que jTreeView, a été réécrit en Java sous licence libre.

TreeView en Java est un visualisateur extensible pour des données de biopuce au format PCL ou CDT.

Please cite: Alok J. Saldanha: Java Treeview -- extensible visualization of microarray data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 20(17):3246-3248 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Treeviewx
affiche et imprime les arbres phylogénétiques
Versions of package treeviewx
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.5.1+20100823-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.5.1+20100823-3amd64,armel,armhf,i386
stretch0.5.1+20100823-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.5.1+git20100823.7e4d0e9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.5.1+git20100823.7e4d0e9-1amd64,arm64,armel,armhf,hurd-i386,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.5.1-7amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package treeviewx:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitwxwidgets
useviewing
works-with-formatpdf, plaintext, postscript, svg
x11application
Popcon: 7 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TreeView X est un logiciel libre et multiplate-forme pour les arbres phylogénétiques. Il peut lire et afficher les fichiers d'arbres aux formats de données Nexus et Newick (tels que ceux produits par les logiciels PAUP*, clustalX, tree-puzzle, et d'autres). Il permet d'ordonner les branches des arbres et d'exporter les arbres au format SVG.

Please cite: Page, Roderic D. M.: TreeView: an application to display phylogenetic trees on personal computers. (PubMed) Comput. Appl. Biosci. 12(4):357-8 (1996)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package treeviewx

Official Debian packages with lower relevance

Python3-treetime
inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
Versions of package python3-treetime
ReleaseVersionArchitectures
sid0.5.3-1all
buster0.5.3-1all
upstream0.5.5
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

TreeTime provides routines for ancestral sequence reconstruction and the maximum likelihoo inference of molecular-clock phylogenies, i.e., a tree where all branches are scaled such that the locations of terminal nodes correspond to their sampling times and internal nodes are placed at the most likely time of divergence.

TreeTime aims at striking a compromise between sophisticated probabilistic models of evolution and fast heuristics. It implements GTR models of ancestral inference and branch length optimization, but takes the tree topology as given. To optimize the likelihood of time-scaled phylogenies, treetime uses an iterative approach that first infers ancestral sequences given the branch length of the tree, then optimizes the positions of unconstraine d nodes on the time axis, and then repeats this cycle. The only topology optimization are (optional) resolution of polytomies in a way that is most (approximately) consistent with the sampling time constraints on the tree. The package is designed to be used as a stand-alone tool or as a library used in larger phylogenetic analysis workflows.

Features

  • ancestral sequence reconstruction (marginal and joint maximum likelihood)
  • molecular clock tree inference (marginal and joint maximum likelihood)
  • inference of GTR models
  • rerooting to obtain best root-to-tip regression
  • auto-correlated relaxed molecular clock (with normal prior)

This package provides the Python 3 module.

Registry entries: OMICtools 

Debian packages in contrib or non-free

Gmap
spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads
Versions of package gmap
ReleaseVersionArchitectures
sid2019-01-24-1 (non-free)amd64
squeeze2010-07-21-1 (non-free)i386
buster2019-01-24-1 (non-free)amd64
stretch2017-01-14-1 (non-free)amd64
jessie2014-10-22-1 (non-free)amd64
wheezy2012-06-12-1 (non-free)amd64
upstream2019-03-15
Debtags of package gmap:
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:structural
roleprogram
useanalysing
Popcon: 1 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: non-free
Git

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

  • known splice sites and identify novel splice sites.
  • known single-nucleotide polymorphisms (SNPs). GSNAP can align bisulfite-treated DNA.
Please cite: Thomas D. Wu and Colin K. Watanabe: GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences. (eprint) Bioinformatics 21(9):1859-1875 (2005)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Forester
Graphical vizualiation tool Archaeopteryx
Versions of package forester
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0+20180205-1all
Versions and Archs
License: LGPL 2.1+
Debian package not available
Git
Version: 0.0+20180205-1

Archaeopteryx is a software tool for the visualization, analysis, and editing of potentially large and highly annotated phylogenetic trees. It can be used both as applet (ArchaeopteryxA and ArchaeopteryxE) and as a standalone application.

Patristic
Calculate patristic distances and comparing the components of genetic change
Versions of package patristic
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20100817-2all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 0.0.20100817-2

Patristic overcomes some logistic barriers to analysing signals in sequences. In additional to calculating patristic distances, it provides plots for any combination of matrices, calculates commonly used statistics, allows data such as isolation dates to be entered and reorders matrices with matching species or gene labels. It will be used to analyse rates of mutation and substitutional saturation and the evolution of viruses.

Please cite: Mathieu Fourment and Mark J Gibbs: PATRISTIC: a program for calculating patristic distances and graphically comparing the components of genetic change. (PubMed,eprint) BMC Evolutionary Biology 6:1 (2006)

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Phylowin - wnpp
Graphical interface for molecular phylogenetic inference
License: unknown
Debian package not available

Phylo_win is a graphical colour interface for molecular phylogenetic inference. It performs neighbor-joining, parsimony and maximum likelihood methods and bootstrap with any of them. Many distances can be used including Jukes & Cantor, Kimura, Tajima & Nei, HKY, Galtier & Gouy (1995), LogDet for nucleotidic sequences, Poisson correction for protein sequences, Ka and Ks for codon sequences. Species and sites to include in the analysis are selected by mouse. Reconstructed trees can be drawn, edited, printed, stored and evaluated according to numerous criteria.

This program uses sources files from the Phylip program, which forbids its use for profit. Therfore, Phylo_win will unfortunately have to be distributed in contrib or non-free.

Remark of Debian Med team: Issuer of previous ITP said:

Because I could never figure out the license of Phylo_win, and because the upstream authors released SeaView 4, which provides similar functionalities, I will not package Phylo_win.

Probably it makes sense to remove this project from the prospective packages list.

No known packages available

Gbioseq
DNA sequence editor for Linux
License: GPL
Debian package not available

gBioSeq is in an early stage of development, but it is already running. The goal is to provide an easy to use software to edit DNA sequences under Linux, Windows, MacOsX, using GTK C# (Mono).

Jstreeview
Editor for Phylogenetic Trees
License: MIT/X11
Debian package not available
Language: JavaScript

A concise viewer/editor for phylogenetic trees in the Newick format. The core functions are written in JavaScript, using the canvas tag proposed by HTML 5. No server side support is needed for rendering the picture and therefore you can grab this page together with knhx.js and canvastext.js to locally view your trees in a supported web browser.

The source can be downloaded at http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/download/jstreeview.zip

Phpphylotree
draw phylogenetic trees
License: GPL
Debian package not available

PhpPhylotree is a web application that is able to draw phylogenetic trees. It produces an SVG (Scalable Vector Graphic) file from phylip/newick tree files.

Treetime
Bayesian sampling of phylogenetic trees from molecular data
License: GPL
Debian package not available

TreeTime is controlled by input files in nexus format and does bayesian sampling of phylogenetic trees from these data.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 200383