Debian Med Project
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Summary
Phylogeny
Debian Med phylogeny packages

This lists Debian packages related to phylogeny for use in life sciences. The purpose of this compilation of packages is to have a handy subset of from the med-bio metapackage which contains a lot more than only phylogeny related software.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Phylogeny packages

Official Debian packages with high relevance

altree
programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation
Versions of package altree
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.3.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.3.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.3.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.3.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.3.1-2amd64,armel,armhf,i386
stretch1.3.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.1-7amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package altree:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram, shared-lib
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 1 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ALTree est conçu pour la détection d'association et de localisation de sites susceptibles en utilisant des arbres phylogénétiques haplotypes : tout d'abord il permet une détection d'une association entre le gène candidat et la maladie, puis de faire des hypothèses sur les loci susceptibles.

Please cite: Claire Bardel, Vincent Danjean and Emmanuelle Genin: ALTree: association detection and localization of susceptibility sites using haplotype phylogenetic trees. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(11):1402-1403 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
beast-mcmc
inférence phylogénétique bayésienne MCMC
Versions of package beast-mcmc
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.8.0-1 (contrib)all
buster1.10.4+dfsg-1all
bullseye1.10.4+dfsg-2all
bookworm1.10.4+dfsg-5all
trixie1.10.4+dfsg-5all
sid1.10.4+dfsg-5all
stretch1.8.4+dfsg.1-1all
Popcon: 1 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BEAST est un programme multiplateforme pour l'analyse bayésienne MCMC de séquences moléculaires. Il est entièrement orienté vers les phylogénies à racine et mesurées dans le temps inférées avec des modèles d'horloge (« clock ») stricts ou relâchés. Il peut servir de méthode de reconstruction de phylogénies mais est également un environnement pour tester des hypothèses évolutionnaires sans poser de condition sur la topologie de l'arbre. BEAST utilise MCMC pour balancer la taille de l'arbre, afin que chaque arbre soit pondéré proportionnellement à sa probabilité postérieure. Une interface utilisateur simple à utilisée est incluse pour configurer les analyses standard, ainsi qu'une suite de programmes pour analyser les résultats.

The package is enhanced by the following packages: beast-mcmc-doc beast-mcmc-examples
Please cite: Alexei J Drummond and Andrew Rambaut: BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees. (PubMed,eprint) BMC Evol Biol 8(7):214 (2007)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
clustalw
alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
Versions of package clustalw
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.1+lgpl-7amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.1+lgpl-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1+lgpl-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1+lgpl-6amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.1+lgpl-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1+lgpl-4amd64,armel,armhf,i386
sid2.1+lgpl-7amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package clustalw:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 14 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce programme réalise l'alignement de séquences multiples de nucléotides ou d'acides aminés. Il identifie le format des séquences en entrée et détermine s'il s'agit d'acides nucléiques (ADN/ARN) ou d'acides aminés (peptides). Le format en sortie peut être choisi parmi divers formats pour les alignements multiples, comme Phylip ou FASTA. Clustal W est largement reconnu.

Les données en sortie de Clustal W peuvent être modifiées manuellement ou avec un éditeur d'alignement comme Seaview ou le logiciel compagnon Clustal X. Lorsqu'un modèle est construit à partir des alignements, il peut être utilisé pour améliorer les recherches dans les bases de données. Celles-ci peuvent être créées sous forme de modèles de Markov (HMM) avec le paquet HMMER.

The package is enhanced by the following packages: clustalw-mpi
Please cite: M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins: Clustal W and Clustal X version 2.0. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(21):2947-2948 (2007)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
clustalx
alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique
Versions of package clustalx
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.1+lgpl-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.1+lgpl-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.1+lgpl-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2.1+lgpl-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie2.1+lgpl-3amd64,armel,armhf,i386
stretch2.1+lgpl-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1+lgpl-8amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package clustalx:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useanalysing, comparing, viewing
works-with-formatplaintext
x11application
Popcon: 5 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce paquet offre une interface graphique utilisateur pour le programme Clustal d'alignement de plusieurs séquences. Il fournit un environnement intégré pour effectuer plusieurs alignements par séquence et par profil pour analyser les résultats. L'alignement de séquences est affiché dans une fenêtre sur l'écran. Un système de coloration souple a été intégré pour mettre en évidence les caractéristiques conservées dans l'alignement. Pour les présentations professionnelles, il convient d'utiliser le paquet texshade (LaTeX) ou boxshade .

Les menus déroulants en haut de la fenêtre permettent de sélectionner toutes les options nécessaires pour les traditionnels alignements par séquences multiples et par profil. Vous pouvez couper-coller les séquences pour changer l'ordre de l'alignement ; vous pouvez sélectionner un sous-ensemble de séquences à aligner ; vous pouvez sélectionner une sous-plage de l'alignement à réaligner et réinsérer dans l'alignement original.

Une analyse de la qualité de l'alignement peut être réalisée et les segments à faible score ou les résidus exceptionnels peuvent être mis en évidence.

Please cite: M.A. Larkin, G. Blackshields, N.P. Brown, R. Chenna, P.A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J.D. Thompson, T.J. Gibson and D.G. Higgins: Clustal W and Clustal X version 2.0. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(21):2947-2948 (2007)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Topics: Sequence analysis
dialign
alignement de plusieurs séquences par segments
Versions of package dialign
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.2.1-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie2.2.1-7amd64,armel,armhf,i386
stretch2.2.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2.1-10amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.2.1-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.2.1-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.2.1-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package dialign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 9 users (14 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Dialign2 est un outil qui s'utilise en ligne de commande pour réaliser plusieurs alignements de séquences de protéines ou d'ADN. Il construit les alignements de paires sans écart de segments similaires des séquences. Il est à noter que Dialign n'emploie aucun type de pénalité de l'écart.

Please cite: Burkhard Morgenstern: DIALIGN 2: improvement of the segment-to-segment approach to multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Bioinformatics 15(3):211-218 (1999)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
dialign-tx
alignement séquentiel multiple basé sur les segments
Versions of package dialign-tx
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.2-7amd64,armel,armhf,i386
trixie1.0.2-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.0.2-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.2-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.0.2-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.2-12amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.0.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package dialign-tx:
fieldbiology, biology:bioinformatics
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 8 users (11 upd.)*
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License: DFSG free
Git

DIALIGN-TX est un outil en ligne de commandes pour réaliser un alignement multiple de séquences de protéines ou d'ADN. C'est une ré-implémentation complète de l'approche basée sur les segments incluant plusieurs nouvelles améliorations et heuristiques qui améliore significativement la qualité des alignements en sortie comparée à DIALIGN 2.2 et DIALIGN-T. Pour les alignements par paires, DIALIGN-TX utilise un algorithme de « fragment- chaining » qui favorise les chaînes d'alignements locaux de faible score plutôt que les fragments isolés de score élevé. Pour l'alignement multiple, DIALIGN-TX utilise une procédure gloutonne améliorée qui est moins sensible aux fausses similitudes locales des séquences.

The package is enhanced by the following packages: dialign-tx-data
Please cite: Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann and Burkhard Morgenstern: DIALIGN-TX: greedy and progressive approaches for segment-based multiple sequence alignment. (PubMed) Algorithms for Molecular Biology 3(1):6 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
exonerate
outil générique pour la comparaison de deux séquences
Versions of package exonerate
ReleaseVersionArchitectures
buster2.4.0-4amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.0-6amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package exonerate:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-with-formatplaintext
Popcon: 66 users (7 upd.)*
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Git

Le paquet exonerate permet d'aligner des séquences en utilisant de nombreux modèles d'alignement, en utilisant soit de la programmation dynamique exhaustive, soit divers procédés heuristiques. La plupart des fonctionnalités de l'ensemble de la programmation dynamique ont été réécrites en C pour une meilleure efficacité. Le paquet exonerate est un composant intrinsèque de la construction des bases de données du projet Ensembl genome (par le centre de recherche European Bioinformatics Institute pour fournir des données à l'échelle du génome pour des espèces non-vertébrée), fournissant des notes de similitudes entre les séquences ARN et ADN et ainsi des variants d'épissage et les séquences de codage en général.

Un système In-silico PCR Experiment Simulation (voir la page du manuel d'ipcress) est fourni avec le paquet exonerate.

Ce paquet vient aussi avec une sélection d'utilitaires pour la réalisation rapide de manipulations simples avec des fichiers FASTA dépassant 2 Go.

Please cite: Guy C. Slater and Ewan Birney: Automated generation of heuristics for biological sequence comparison. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 6(1):31 (2005)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
fastdnaml
outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN
Versions of package fastdnaml
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.2.2-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.2-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.2-14amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.2.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.2-17amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.2.2-17amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.2.2-10amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package fastdnaml:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 3 users (7 upd.)*
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fastDNAml est un logiciel dérivé de la version 3.3 du logiciel DNAML (« DNA Maximum Likelihood ») de Joseph Felsenstein faisant partie de son paquet PHYLIP (« PHYLogeny Inference Package »). Les utilisateurs devraient consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce logiciel.

Le logiciel fastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que DNAML, mais de le faire plus rapidement et en utilisant moins de mémoire. Ainsi, les grands arbres phylogénétiques qui reproduisent l'amorçage deviennent traitables. Une grande partie du logiciel fastDNAml est simplement un recodage de la version 3.3 du DNAML de PHYLIP du langage Pascal au C.

La page d'accueil de ce logiciel n'étant plus disponible, ce logiciel ne verra donc probablement pas d'autres mises à jour.

Please cite: Gary J. Olsen, Hideo Matsuda, Ray Hagstrom and Ross Overbeek: fastDNAml: a tool for construction of phylogenetic trees of DNA sequences using maximum likelihood. (PubMed,eprint) Comput Appl Biosci 10(1):41-48 (1994)
fasttree
arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
Versions of package fasttree
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.10-2amd64,arm64,armhf,i386
sid2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1.7-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.1.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 9 users (7 upd.)*
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Le paquet FastTree déduit les arbres phylogénétiques de probabilité approximativement maximale des alignements de nucléotides ou des séquences de protéines. Il manipule des alignements jusqu'à un million de séquences en une quantité de temps et de mémoire raisonnable. Pour de grands alignements, le paquet FastTree est 100 à 1000 fois plus rapide que la version 3.0 du paquet PhyML ou la version 7 du paquet RAxML.

Le paquet FastTree est plus précis que la version 3 du paquet PhyML avec des paramètres par défaut, et bien plus précis que les méthodes de matrices de distances qui sont traditionnellement utilisées pour de grands alignements. Le paquet FastTree utilise les modèles de Jukes-Cantor (1969) ou « Generalized Time Reversible » (GTR . Simon Tavaré , 1986) de l'évolution de nucléotides et le modèle de Jones, Taylor and Thornton (1992) de l'évolution des acides aminés. Pour tenir compte des taux variants de l'évolution à travers les sites, FastTree utilise un taux unique de chaque site (l'approximation CAT). Pour estimer rapidement la fiabilité de chaque scission dans l'arbre, le paquet FastTree calcule les valeurs d'appui avec le test de Shimodaira-Hasegawa (1999 ; Ces valeurs d'appui sont les mêmes que « les appuis locaux de type Shimodaira-Hasegawa » de la version 3 du paquet PhyML.)

Ce paquet contient une version à processus en série (fasttree) et une version à processus en parallèle qui utilise OpenMP (fasttreMP).

Please cite: Morgan N. Price, Paramvir S. Dehal and Adam P. Arkin: FastTree 2 -- Approximately Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments.. (PubMed,eprint) PLoS ONE 5(3):e9490 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
figtree
visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique
Versions of package figtree
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.4-2all
sid1.4.4-6all
buster1.4.4-3all
stretch1.4.2+dfsg-2all
bullseye1.4.4-5all
bookworm1.4.4-5all
trixie1.4.4-6all
Popcon: 8 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le paquet figtree est conçu comme une visionneuse graphique d'arbres phylogénétiques et comme un programme pour produire des chiffres de publication prêts à l'emploi. En particulier, il est conçu pour afficher des arbres résumés et annotés produits par le logiciel BEAST (« Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees »).

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
gmap
alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA
Versions of package gmap
ReleaseVersionArchitectures
trixie2024-11-20+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64
jessie2014-10-22-1 (non-free)amd64
stretch2017-01-14-1 (non-free)amd64
buster2019-01-24-1 (non-free)amd64
bullseye2021-02-22+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
bookworm2021-12-17+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
sid2024-11-20+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64
Debtags of package gmap:
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:structural
roleprogram
useanalysing
Popcon: 4 users (15 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Ce paquet fournit les programmes GMAP et GSNAP ainsi que des utilitaires pour gérer des bases de données concernant le génome au format GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) est un outil pour aligner les séquences EST, mRNA et cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) est un outil pour aligner les lectures de transcriptome à partir d’une ou de deux extrémités. Ces deux outils peuvent utiliser une base de données de :

 – sites d’épissage connus et des sites nouveaux identifiés d’épissage ;
 – polymorphismes de nucléotide simple connus (SNP).
GSNAP peut aligner de l’ADN traité avec du bisulfite.
Please cite: Thomas D. Wu and Serban Nacu: Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads. (PubMed,eprint) Bioinformatics 26(7):873-81 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
hmmer
profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
Versions of package hmmer
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.3.2+dfsg-1amd64,i386
buster3.2.1+dfsg-1amd64,i386
trixie3.4+dfsg-2amd64,arm64,i386
bullseye3.3.2+dfsg-1amd64,i386
sid3.4+dfsg-2amd64,arm64,i386
jessie3.1b1-3amd64,armel,armhf,i386
stretch3.1b2+dfsg-5amd64,i386
Debtags of package hmmer:
biologyformat:aln, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-withdb
works-with-formatplaintext
Popcon: 20 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HMMER est une implémentation des profils de modèles de Markov cachés pour rechercher des séquences biologiques dans des banques de données en les interrogeant avec des alignements multiples de séquences.

À partir d'un alignement multiple de séquences, HMMER construit un modèle statistique appelé « modèle de Markov caché », qui peut ensuite être utilisé pour interroger une banque de séquences afin de trouver plus d'homologues à la famille de séquences et, éventuellement, de les aligner.

Please cite: S. R. Eddy: Profile hidden Markov models. (PubMed,eprint) Bioinformatics 14(9):755-763 (1998)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
Screenshots of package hmmer
iqtree
logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance
Versions of package iqtree
ReleaseVersionArchitectures
sid2.0.7+dfsg-1amd64,i386
stretch1.5.3+dfsg-2amd64,i386
buster1.6.9+dfsg-1amd64,i386
bullseye1.6.12+dfsg-1amd64,i386
bookworm2.0.7+dfsg-1amd64,i386
trixie2.0.7+dfsg-1amd64,i386
Popcon: 6 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

IQ-TREE est logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance très efficace avec, entre autres, les fonctions clés suivantes :

 .
  – un nouvel algorithme stochastique rapide et efficace pour estimer les
    arbres de maximum de vraisemblance. IQ-TREE surpasse RAxML et PhyML en
    termes de vraisemblance tout en requérant le même temps de calcul
    (consulter Nguyen et al., 2015) ;
  – une approximation par technique de bootstrap ultra-rapide pour estimer
    la prise en charge de branches (consulter Minh et al., 2013) ;
  – une grande diversité de modèles de substitution pour des alignements
    binaires, d’ADN, de protéines, de codons ou morphologiques ;
  – une sélection de modèle ultra-rapide pour tous les types de données,
    10 à 100 fois plus rapide que jModelTest et ProtTest ;
  – une découverte du meilleur schéma de partition comme PartitionFinder ;
  – des modèles de partition avec des types mélangés de données pour les
    alignements de phylogénomique (multi-gène), permettant des longueurs
    de branches distinctes, proportionnelles ou jointes entre les gènes ;
  – la prise en charge de la bibliothèque PLL (bibliothèque phylogénétique
    de vraisemblance) (consulter Flouri et al., 2014).
Please cite: Lam Tung Nguyen, Heiko A. Schmidt, Arndt von Haeseler and Bui Quang Minh: IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies. (PubMed,eprint) Mol. Biol. Evol. 32(1):268-274 (2015)
Registry entries: Bio.tools  Bioconda 
jmodeltest
sélection par calculs intensifs de modèle de substitution de nucléotide
Versions of package jmodeltest
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.10+dfsg-5all
sid2.1.10+dfsg-12all
trixie2.1.10+dfsg-12all
bullseye2.1.10+dfsg-10all
bookworm2.1.10+dfsg-12all
buster2.1.10+dfsg-7all
Popcon: 0 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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jModelTest est un outil pour réaliser une sélection statistique des modèles les plus adaptés de substitution de nucléotide. Il met en œuvre cinq stratégies différentes de sélection de modèle : tests de ratio de vraisemblance dynamiques et hiérarchiques (dLRT et hLRT), le critère d’information d’Akaike et celui Bayesian (AIC et BIC) et une méthode de la théorie de décision (DT). Il fournit aussi une estimation de l’incertitude de la sélection de modèles, de l’importance des paramètres et paramètres de moyenne de modèle y compris pour les topologies d’arbres. jModelTest 2 intègre des possibilités de calcul intensifs (HPC – High Performance Computing) et des fonctions supplémentaires telles que des nouvelles stratégies pour l’optimisation d’arbre, des arbres phylogénétiques de moyennes de modèle (topologie et longueur d’arbre), un nouveau filtrage d’heuristique et une journalisation automatique de l’activité des utilisateurs.

Please cite: Diego Darriba, Guillermo L Taboada, Ramón Doallo and David Posada: jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing. (PubMed) Nature Methods 9(8):772 (2012)
Registry entries: SciCrunch 
kalign
Alignement séquentiel multiple global et progressif
Versions of package kalign
ReleaseVersionArchitectures
sid3.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye3.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.3.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.03+20110620-5amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.03+20110620-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.03+20110620-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package kalign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 10 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Kalign est un outil en ligne de commande pour l'alignement de séquences biologiques (ADN, ARN, proteïnes). Il utilise l'algorithme de concordance de chaînes Muth-Manber pour améliorer la précision et la vitesse de l'alignement. Il utilise une démarche d'alignement globale, progressive, enrichie par l'usage d'un algorithme de concordance de chaînes approché pour calculer les différences de séquence et par l'incorporation des correspondances locales dans tout autre alignement global.

Please cite: Lassmann, Timo.: Kalign 3: multiple sequence alignment of large datasets. (eprint) Bioinformatics 36(6):1928-1929 (2020)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
mrbayes
Bayesian Inference of Phylogeny
Versions of package mrbayes
ReleaseVersionArchitectures
sid3.2.7a-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch3.2.6+dfsg-1amd64,arm64,armhf,i386
buster3.2.6+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.2.7a-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.2.7a-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.2.7a-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie3.2.3+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 4 users (7 upd.)*
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License: DFSG free
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Bayesian inference of phylogeny is based upon a quantity called the posterior probability distribution of trees, which is the probability of a tree conditioned on the observations. The conditioning is accomplished using Bayes's theorem. The posterior probability distribution of trees is impossible to calculate analytically; instead, MrBayes uses a simulation technique called Markov chain Monte Carlo (or MCMC) to approximate the posterior probabilities of trees.

The package is enhanced by the following packages: mrbayes-doc
Please cite: Fredrik Ronquist, Maxim Teslenko, Paul van der Mark, Daniel L. Ayres, Aaron Darling, Sebastian Höhna, Bret Larget, Liang Liu, Marc A. Suchard and John P. Huelsenbeck: MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and Model Choice across a Large Model Space. (PubMed,eprint) Systematic Biology (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
Screenshots of package mrbayes
muscle
programme d'alignements multiples de séquences de protéine
Versions of package muscle
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.8.31-1amd64,armel,armhf,i386
trixie5.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid5.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch3.8.31+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.1551-2amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm5.1.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream5.3
Debtags of package muscle:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 17 users (11 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
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MUSCLE est un programme d'alignements multiples de séquences de protéine. L'acronyme MUSCLE signifie « MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation ». D'après les tests des auteurs, MUSCLE réalise les meilleurs résultats de tous les programmes testés sur plusieurs bancs de mesure concernant la précision d'alignement et est aussi un des plus rapides.

Muscle v5 est une réécriture majeure de MUSCLE basée sur de nouveaux algorithmes.

Les utilisateurs doivent faire attention à ce que les arguments de ligne de commande ne sont plus les mêmes que ceux des versions 3.x de MUSCLE.

Meilleure précision, extensible à des milliers de séquences

Comparé aux version précédentes, Muscle v5 est plus précis, souvent plus rapide et extensible à des ensembles de données plus grands. Au moment de son écriture (fin 2021), Muscle v5 réalise les meilleurs scores sur plusieurs bancs d’essai dont Balibase, Bralibase, Prefab et Balifam. Il peut aligner des milliers de séquences avec une grande précision sur un ordinateur de bas prix (par exemple, un CPU 8 cœurs d’Intel avec 32 Gb de RAM). Pour de grands ensembles de données, Muscle v5 est 20 à 30 % plus précis que MAFFT et Clustal-Omega.

Ensembles d’alignements

Muscle v5 peut générer des ensembles d’alignements alternatifs de haute précision. Toutes les réplications ont une précision moyenne égale lors de test sur banc d’essai, y compris les alignements multiples de séquences avec les paramètres par défaut. En comparant les résultats d’analyse en aval (arbres, prédiction de structure…) de différentes réplications, il est possible d’évaluer les effets des erreurs d’alignements lors d’études.

Please cite: Robert C. Edgar: MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 32(5):1792-1797 (2004)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
Screenshots of package muscle
muscle3
multiple alignment program of protein sequences
Versions of package muscle3
ReleaseVersionArchitectures
sid3.8.1551-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.8.1551-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
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MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE stands for multiple sequence comparison by log-expectation. In the authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of the fastest programs out there.

This is version 3 of the muscle program. It is a different program than muscle version 5 which is packaged as muscle in Debian.

Please cite: Robert C. Edgar: MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 32(5):1792-1797 (2004)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
mustang
alignement structurel multiple de protéines
Versions of package mustang
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie3.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye3.2.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.2.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.2.3-3amd64,arm64,armhf,i386
sid3.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mustang:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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Mustang est un algorithme pour aligner des structures multiples de protéines. Avec un ensemble donné de fichiers PDB, le programme utilise l'information spatiale dans les atomes Calpha de l'ensemble pour produire une séquence d'alignement. Basé sur un appairage heuristique progressif, l'algorithme traite ensuite un certain nombre de repasses d'affinage. Mustang rapporte les alignements de séquence multiples et la superposition de structures correspondantes.

The package is enhanced by the following packages: mustang-testdata
Please cite: Arun S. Konagurthu, James C. Whisstock, Peter J. Stuckey and Arthur M. Lesk: MUSTANG: A multiple structural alignment algorithm. (PubMed) Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 64(3):559-574 (2006)
Registry entries: Bio.tools 
Screenshots of package mustang
njplot
programme de dessin d’arbre phylogénétique
Versions of package njplot
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4-8amd64,arm64,armhf,i386
jessie2.4-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package njplot:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useanalysing, editing, organizing, printing, viewing
works-withbiological-sequence
works-with-formatplaintext
x11application
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NJplot peut dessiner n’importe quel dendrogramme exprimé dans le format Newick standard d’arbre phylogénétique (par exemple, le format utilisé par le paquet PHYLIP). NJplot est particulièrement pratique pour enraciner les arbres non enracinés obtenus par des méthodes de parcimonie, de distance ou de maximum de vraisemblance pour la construction d’arbres.

Please cite: G. Perrière and M. Gouy: WWW-query: An on-line retrieval system for biological sequence banks. (PubMed) Biochimie 78(5):364–369 (1996)
Registry entries: Bio.tools 
Screenshots of package njplot
phylip
paquet de programmes pour déduire les phylogénies
Versions of package phylip
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.697+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.697+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.697+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie3.696+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.696+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.697+dfsg-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.697+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package phylip:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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Le paquet PHYLogeny Inference est un paquet de programmes de déduction de phylogénies (arborescences évolutives) à partir de séquences. Les méthodes disponibles dans le paquet sont la parcimonie, la matrice de distance et les méthodes de probabilité dont le bootstrap et les arbres de consensus. Les types de données prises en charge sont notamment les séquences moléculaires, les fréquences de gène, les sites de restriction, les matrices de distance et les caractères discrets [0;1].

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
phyml
estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale
Versions of package phyml
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.2.0+dfsg-7amd64,arm64,armhf,i386
sid3.3.20220408-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.3.20220408-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.3.20220408-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3.20200621-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.3.20180621-2amd64,arm64,armhf,i386
jessie20120412-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package phyml:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-withbiological-sequence
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License: DFSG free
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PhyML est un logiciel qui estime la probabilité maximale de phylogénies à partir d'alignements de séquences de nucléotides ou d'acides aminés . Il fournit de nombreuses options qui ont été conçues pour faciliter les analyses phylogénétiques classiques. Les principales forces du logiciel PhyML reposent sur la grande quantité de modèles de substitution couplés avec de nombreuses options pour rechercher l'espace des topologies d'arbres phylogénétiques, allant de méthodes très rapides et efficaces à des approches moins rapides mais généralement plus précises. Il met également en œuvre deux méthodes pour évaluer les supports de branches dans une structure statistique fiable (le test du ratio de l'amorçage sans paramètre et de la probabilité approximative).

Le logiciel PhyML a été conçu pour traiter des ensembles de données modérés à volumineux. En théorie, les alignements jusqu'à 4 000 séquences de 2 000 000 symboles de longueur peuvent être analysés. Cependant, en pratique, la quantité de mémoire nécessaire pour traiter un ensemble de données est proportionnelle au produit du nombre de séquences par leur longueur. Par conséquent, un grand nombre de séquences peuvent seulement être traitées pour autant qu'elles soient courtes. Le logiciel PhyML peut aussi manipuler des séquences longues mais peu nombreuses. Avec les ordinateurs personnels les plus classiques, la « zone de confort » du logiciel PhyML se situe généralement entre 3 et 500 séquences de moins de 2 000 symboles de longueur.

Ce paquet fournit aussi PhyTime.

Please cite: Stéphane Guindon: Bayesian estimation of divergence times from large sequence alignments. (PubMed,eprint) Molecular Biology and Evolution 27(8):1768-81 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
Screenshots of package phyml
poa
alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences
Versions of package poa
ReleaseVersionArchitectures
buster2.0+20060928-7amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.0+20060928-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0+20060928-3amd64,armel,armhf,i386
bullseye2.0+20060928-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.0+20060928-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.0+20060928-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2.0+20060928-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package poa:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
works-with-formatplaintext
Popcon: 7 users (11 upd.)*
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License: DFSG free
Git

POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (Partial Order Aligment en anglais). C'est un programme rapide de MSA (alignement multiple de séquences) en bio-informatique. Ses points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement. L'alignement d'ordre partiel est une approche pour MSA qui peut être combinée avec d'autres méthodes comme l'alignement progressif. POA aligne de manière optimale une paire de MSA et peut donc être utilisé directement avec des méthodes progressives comme CLUSTAL. Pour les alignements de grande taille, POA est de dix à trente fois plus rapide que CLUSTALW.

Registry entries: Bioconda 
Screenshots of package poa
populations
logiciel de génétique de populations
Versions of package populations
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.33+svn0120106-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.33+svn0120106+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
jessie1.2.33+svn0120106-2.1amd64,armel,armhf,i386
sid1.2.33+svn0120106+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.2.33+svn0120106+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.2.33+svn0120106+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.33+svn0120106+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package populations:
roleprogram
uitoolkitqt
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Populations est un logiciel de génétique de populations. Il permet de calculer la distance génétique entre des populations ou des individus. Il permet aussi de créer des arbres phylogénétiques (NJ ou UPGMA) avec des valeurs de démarrage.

Screenshots of package populations
pplacer
phylogenetic placement and downstream analysis
Versions of package pplacer
ReleaseVersionArchitectures
sid1.1~alpha19-8amd64,arm64,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.1~alpha19-4amd64,arm64,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Pplacer places reads on a phylogenetic tree. guppy (Grand Unified Phylogenetic Placement Yanalyzer) yanalyzes them. rppr is a helpful tool for working with reference packages.

Pplacer places query sequences on a fixed reference phylogenetic tree to maximize phylogenetic likelihood or posterior probability according to a reference alignment. Pplacer is designed to be fast, to give useful information about uncertainty, and to offer advanced visualization and downstream analysis.

Please cite: Frederick A Matsen, Robin B Kodner and E Virginia Armbrust: pplacer: linear time maximum-likelihood and Bayesian phylogenetic placement of sequences onto a fixed reference tree. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 11:538 (2010)
Registry entries: Bioconda 
proalign
logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes
Versions of package proalign
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.603-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.603-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.603-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.603-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.603-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.603-4amd64,arm64,armhf,i386
jessie0.603-1amd64,armel,armhf,i386
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License: DFSG free
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Le logiciel ProAlign réalise des alignements de séquences probabilistes en utilisant le modèle de Markov caché. Il inclut une interface graphique utilisateur permettant de: (i) réaliser des alignements de nucléotides ou d'acides aminés (ii) visionner la qualité des solutions (iii) filtrer les régions considérées non fiables de l'alignement (iv) exporter les alignements vers d'autres logiciels

Le logiciel ProAlign une méthode progressive, telle que l'alignement de multiples séquences est créé par étapes en réalisant des alignements par paires dans les noeuds d'un arbre de guidage . Les séquences sont décrites avec des vecteurs de probabilité de symboles, et chaque alignement par paires, reconstruit la séquence ancestrale (parente) en calculant les probabilités de différents symboles selon un modèle évolutif.

Please cite: Ari Löytynoja and Michel C Milinkovitch: A hidden Markov model for progressive multiple alignment. (PubMed,eprint) Bioinformatics 19(12):1505-13 (2003)
probalign
alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition
Versions of package probalign
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.4-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.4-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4-8amd64,arm64,armhf,i386
jessie1.4-3amd64,armel,armhf,i386
sid1.4-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.4-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 5 users (11 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Probalign utilise l’estimation de probabilités à postériori de la fonction de partition pour calculer les alignements de séquence multiple avec la précision maximale attendue. Il obtient des résultats statistiquement significativement meilleurs que les programmes d´alignement leaders Probcons v1.1, MAFFT v5.851 et MUSCLE v3.6 avec les tests de performance BAliBASE 3.0, HOMSTRAD et OXBENCH. Les améliorations de Probalign sont plus importantes sur les ensembles de données contenant des extrémités N/C-terminales et sur les ensembles de données avec des séquences de longueurs hétérogènes. Sur les ensembles de données de longueurs hétérogènes contenant des répétitions, la précision d’alignement de Probalign est 10 % et 15 % meilleure que les trois autres méthodes quand l´écart-type de longueur est au moins 300 et 400.

Please cite: Usman Roshan and Dennis R. Livesay: Probalign: multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(22):2715-21 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
probcons
alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste
Versions of package probcons
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.12-9amd64,armel,armhf,i386
stretch1.12-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.12-12amd64,arm64,armhf,i386
sid1.12-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.12-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.12-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.12-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package probcons:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
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Ceci est un outil pour la génération d'alignements de séquences multiples de protéines. En utilisant une combinaison de techniques d'alignements basées sur la modélisation probabiliste et la cohérence, le logiciel PROBCONS a atteint les meilleures précisions des méthodes d'alignement à ce jour. Sur la base de données d'alignements de test de performance BAliBASE (« Benchmark ALIgnment dataBASE »), les alignements produits par le logiciel PROBCONS montrent une amélioration statistiquement significative sur les logiciels actuels, contenant une moyenne de plus de 7 % de colonnes alignées correctement que celles du logiciel T-Coffee, plus de 11 % de colonnes alignées correctement que celles du logiciel ClustalW, et plus de 11 % de colonnes alignées que celles du logiciel Dialign.

Please cite: Chuong B. Do, Mahathi S.P. Mahabhashyam, Michael Brudno and Serafim Batzoglou: ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Genome Research 15(2):330-340 (2005)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
Screenshots of package probcons
proda
Alignement multiple de séquences protéiques
Versions of package proda
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0-12amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0-8amd64,armel,armhf,i386
sid1.0-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.0-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package proda:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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ProDA est un programme pour détecter et aligner les régions homologues dans des collections de protéines comportant divers arrangements de domaines. À partir d'un ensemble de séquences non alignées, ProDA identifiera toutes les régions homologues apparaissant dans une ou plusieurs séquences et renverra une collection d'alignements multiples locaux pour chacune d'entre elles.

Please cite: Tu Minh Phuong, Chuong B. Do, Robert C. Edgar and Serafim Batzoglou: Multiple alignment of protein sequences with repeats and rearrangements. (PubMed,eprint) Nucl. Acids Res. 34(20):5932-5942 (2006)
Registry entries: Bio.tools  Bioconda 
Screenshots of package proda
prottest
selection of best-fit models of protein evolution
Versions of package prottest
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.4.2+dfsg-8all
sid3.4.2+dfsg-8all
stretch3.4.2+dfsg-2all
bookworm3.4.2+dfsg-8all
bullseye3.4.2+dfsg-5all
buster3.4.2+dfsg-3all
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PROTTEST (ModelTest's relative) is a program for selecting the model of protein evolution that best fits a given set of sequences (alignment). This java program is based on the Phyml program (for maximum likelihood calculations and optimization of parameters) and uses the PAL library as well. Models included are empirical substitution matrices (such as WAG, LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb, and HIVw) that indicate relative rates of amino acid replacement, and specific improvements (+I:invariable sites, +G: rate heterogeneity among sites, +F: observed amino acid frequencies) to account for the evolutionary constraints impossed by conservation of protein structure and function. ProtTest uses the Akaike Information Criterion (AIC) and other statistics (AICc and BIC) to find which of the candidate models best fits the data at hand.

Please cite: Diego Darriba, Guillermo L. Taboada, Ramón Doallo and David Posada: ProtTest 3: fast selection of best-fit models of protein evolution. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(8):1164-5 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
quicktree
algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies
Versions of package quicktree
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
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QuickTree est une mise en œuvre efficace de l’algorithme Neighbor-Joining (PMID : 3447015), qui peut reconstruire des phylogénies à partir de grandes quantités d’alignements pour des temps inférieurs à l’âge de l’univers.

QuickTree accepte comme entrées des matrices de distance ou des alignements multiples de séquence. Les matrices doivent être au format PHYLIP. Les alignements doivent être au format Stockholm qui est le format natif d’alignement pour la base de données Pfam. Les alignements de formats différents peuvent être convertis au format Stockholm avec le programme sreformat qui fait partie du paquet HMMer (hmmer.org).

Les arbres sont écrits sur la sortie standard, au format Newick/New-Hampshire utilisé par PHYLIP et beaucoup d’autres programmes.

seaview
interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie
Versions of package seaview
ReleaseVersionArchitectures
buster4.7-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch4.6.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.5.3.1-2amd64,armel,armhf,i386
bookworm5.0.5-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie5.0.5-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid5.0.5-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye5.0.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package seaview:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
networkclient
roleprogram
scopeutility
uitoolkitfltk
usecomparing, editing, printing, viewing
works-withbiological-sequence
works-with-formatplaintext
x11application
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SeaView est un visualisateur et un éditeur pour des alignements multiples de séquence, c'est-à-dire, des séquences d’ADN ou de protéines sont chacune positionnées dans leur propre ligne distincte, de telle façon les acides aminés ou nucléiques à une position particulière (colonne) sont supposées avoir les mêmes propriétés biochimiques.

SeaView lit et écrit divers formats de fichiers (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) de séquences d’ADN et de protéines et d’arbres phylogénétiques. Les alignements peuvent être édités manuellement. Il pilote les programmes Muscle ou Clustal Omega pour des alignements multiples de séquences, et permet aussi d’utiliser n’importe quel algorithme externe d’alignement capable de lire et d'écrire des fichiers au format FASTA. Il calcule les arbres phylogénétiques selon la parcimonie en utilisant les algorithmes dnapars et protpars de PHYLIP, selon la distance avec les algorithmes NJ ou BioNJ pour diverses distances d’évolution, ou selon le maximum de vraisemblance en utilisant le programme PhyML 3.0.

SeaView dessine les arbres phylogénétiques sur l’écran ou dans des fichiers PostScript, et permet de télécharger des séquences d’EMBL, GenBank ou UniProt grâce à Internet.

The package is enhanced by the following packages: muscle muscle3
Please cite: Manolo Gouy, Stephane Guindon and Olivier Gascuel: SeaView version 4: a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building. (PubMed,eprint) Mol Biol Evol 27(2):221-224 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Screenshots of package seaview
sigma-align
alignement de multiples séquences d'ADN non codant
Versions of package sigma-align
ReleaseVersionArchitectures
sid1.1.3-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch1.1.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.1.3-6amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.1.3-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.1.3-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package sigma-align:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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SIGMA (« SImple Greedy Multiple Alignment ») est un logiciel d'alignement. Son algorithme et schéma de notation sont conçus spécialement pour une séquence d'ADN non codant.

Il utilise une stratégie de recherche d'alignements locaux avec le moins d'espacement possible. Ceci se produit à chaque étape, ce qui rend le meilleur alignement possible compatible avec les alignements existants. Il note l'importance de l'alignement sur ​​la base des longueurs des fragments alignés et un modèle de fond. Ceux-ci peuvent être communiqués ou estimés à partir d'un fichier complémentaire de l'ADN intergénique.

Please cite: Siddharthan, Rahul: Sigma: multiple alignment of weakly-conserved non-coding DNA sequence. (PubMed) BMC Bioinformatics 7(1):143 (2006)
Registry entries: Bio.tools 
spread-phy
analyze and visualize phylogeographic reconstructions
Versions of package spread-phy
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.0.7+dfsg-1all
jessie1.0.5+dfsg-1 (contrib)all
buster1.0.7+dfsg-2all
bullseye1.0.7+dfsg-3all
bookworm1.0.7+dfsg-5all
trixie1.0.7+dfsg-5all
sid1.0.7+dfsg-5all
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SPREAD is a user-friendly application to analyze and visualize phylogeographic reconstructions resulting from Bayesian inference of spatio-temporal diffusion.

There is a tutorial for SPREAD online at http://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/tutorial/spread_tutorial.html

Originally this program is named "spread". However, there is just such a package inside Debian and thus a 'phy' for phylogeny was prepended.

Please cite: Filip Bielejec, Andrew Rambaut, Marc A. Suchard and Philippe Lemey: SPREAD: spatial phylogenetic reconstruction of evolutionary dynamics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(20):2910-2912 (2011)
t-coffee
alignement multiple de séquences
Versions of package t-coffee
ReleaseVersionArchitectures
jessie11.00.8cbe486-1amd64,armel,armhf,i386
sid13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye13.41.0.28bdc39+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster12.00.7fb08c2-4amd64,arm64,armhf,i386
stretch11.00.8cbe486-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package t-coffee:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee crée un alignement multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et les structures.

T-Coffee permet la combinaison de collection d'alignements multiples ou par paires de séquences, globaux ou locaux, dans un modèle unique. Il peut aussi estimer le niveau de cohérence de chaque position dans le nouvel alignement avec les autres alignements. Veuillez vous référer à l'épreuve incluse pour plus d'informations.

T-Coffee dispose d'une variante appelée M-Coffee qui permet la combinaison de sorties de nombreux paquets d'alignement de séquences. Dans sa version publiée, il utilise MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA et T-Coffee. Une version spéciale, DM-Coffee, a été faite pour Debian. Cette version n'utilise que des logiciels libres grâce au remplacement de Clustal W par Kalign. L'utilisation des huit méthodes proposées par M-Coffee peut parfois s'avérer lourde. Il est néanmoins possible de n'en utiliser qu'un sous-ensemble de son choix.

The package is enhanced by the following packages: clustalw dialign-tx kalign mafft muscle muscle3 ncbi-blast+ poa prank probcons tm-align
Please cite: Cédric Notredame, Desmond G. Higgins and Jaap Heringa: T-coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. (PubMed) Journal of Molecular Biology 302(1):205-217 (2000)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
tm-align
structural alignment of proteins
Versions of package tm-align
ReleaseVersionArchitectures
sid20190822+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie20140601+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch20160521+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster20170708+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
bullseye20190822+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm20190822+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie20190822+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package tm-align:
roleprogram
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TM-align is a computer algorithm for protein structure alignment using dynamic programming. The scoring is performed by the TM-score rotation matrix. This is similar to the RMSD in that unaligned portions of the structure influence the scoring less than the more structurally conserved regions.

Please cite: Yang Zhang and Jeffrey Skolnick: TM-align: A protein structure alignment algorithm based on TM-score. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 33(7):2302-2309 (2005)
Screenshots of package tm-align
tree-ppuzzle
Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood
Versions of package tree-ppuzzle
ReleaseVersionArchitectures
bullseye5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armhf,i386
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
bookworm5.3~rc16+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie5.3~rc16+dfsg-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid5.3~rc16+dfsg-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package tree-ppuzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 1 users (3 upd.)*
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Git

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

This is the parallelized version of tree-puzzle.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.tools 
tree-puzzle
Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood
Versions of package tree-puzzle
ReleaseVersionArchitectures
bullseye5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm5.3~rc16+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie5.3~rc16+dfsg-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid5.3~rc16+dfsg-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package tree-puzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.tools 
treeview
Java re-implementation of Michael Eisen's TreeView
Versions of package treeview
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.1.6.4+dfsg-1 (contrib)all
sid1.2.0+dfsg-2all
trixie1.2.0+dfsg-2all
buster1.1.6.4+dfsg1-4all
bullseye1.2.0+dfsg-1all
stretch1.1.6.4+dfsg1-2all
bookworm1.2.0+dfsg-1all
upstream1.2.1
Popcon: 3 users (10 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

TreeView creates a matrix-like display of expression data, known as Eisen clustering. The original implementation was a Windows program named TreeView by Michael Eisen. This TreeView package, sometimes also referred to as jTreeView, was rewritten in Java under a free license.

Java TreeView is an extensible viewer for microarray data in PCL or CDT format.

Please cite: Alok J. Saldanha: Java Treeview -- extensible visualization of microarray data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 20(17):3246-3248 (2004)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
treeviewx
Displays and prints phylogenetic trees
Versions of package treeviewx
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.5.1+20100823-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.5.1+20100823-3amd64,armel,armhf,i386
sid0.5.1+git20100823.7e4d0e9-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.5.1+git20100823.7e4d0e9-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.5.1+git20100823.7e4d0e9-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.5.1+git20100823.7e4d0e9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.5.1+git20100823.7e4d0e9-1amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package treeviewx:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitwxwidgets
useviewing
works-with-formatpdf, plaintext, postscript, svg
x11application
Popcon: 4 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TreeView X is an open source and multi-platform program to display phylogenetic trees. It can read and display NEXUS and Newick format tree files (such as those output by PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE, and other programs). It allows one to order the branches of the trees, and to export the trees in SVG format.

Please cite: Page, Roderic D. M.: TreeView: an application to display phylogenetic trees on personal computers. (PubMed) Comput. Appl. Biosci. 12(4):357-8 (1996)
Registry entries: Bio.tools 
Screenshots of package treeviewx
veryfasttree
Speeding up the estimation of phylogenetic trees from sequences
Versions of package veryfasttree
ReleaseVersionArchitectures
sid4.0.4+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie4.0.4+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

VeryFastTree is a highly efficient implementation inspired by the FastTree-2 tool, designed to expedite the inference of approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from nucleotide or protein sequence alignments. It is an optimized implementation designed to accelerate the estimation of phylogenies for large alignments. By leveraging parallelization and vectorization strategies, VeryFastTree significantly improves the performance and scalability of phylogenetic analysis, allowing it to construct phylogenetic trees in a fraction of the time previously required.

Maintaining the integrity of FastTree-2, VeryFastTree retains the same phases, methods, and heuristics used for estimating phylogenetic trees. This ensures that the topological accuracy of the trees produced by VeryFastTree remains equivalent to that of FastTree-2. Moreover, unlike the parallel version of FastTree-2, VeryFastTree guarantees deterministic results, eliminating any potential variations in the output.

To facilitate a seamless transition for users, VeryFastTree adopts the exact same command line arguments as FastTree-2. This means that by simply substituting FastTree-2 with VeryFastTree, and using the same set of options, users can significantly enhance the overall performance of their phylogenetic analyses.

Official Debian packages with lower relevance

python3-treetime
inférence de phylogénies marquées temporellement et reconstruction ancestrale – Python 3
Versions of package python3-treetime
ReleaseVersionArchitectures
sid0.11.4-1all
buster0.5.3-1all
bullseye0.8.1-1all
bookworm0.9.4-1all
trixie0.11.4-1all
Popcon: 1 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TreeTime fournit des routines pour la reconstruction de séquences ancestrales (ASR) et l’inférence du maximum de vraisemblance de phylogénies selon l’horloge moléculaire, c’est-à-dire un arbre où toutes les branches sont échelonnées de façon que leurs emplacements de nœuds terminaux correspondent à leurs temps d’échantillonnage et les nœuds internes sont placés selon le moment de divergence le plus probable.

TreeTime essaie de trouver un compromis entre les modèles probabilistes sophistiqués de l’évolution et les heuristiques rapides. IL met en œuvre les modèles GTR (Generalised time reversible) d’inférence ancestrale et d’optimisation de longueur de branche, mais prend la topologie de l’arbre telle que donnée. Pour optimiser la vraisemblance de phylogénies échelonnées selon le temps, treetime utilise une approche itérative qui d’abord infère les séquences ancestrales selon la longueur de branche de l’arbre, puis optimise la position des nœuds non contraints sur l’axe de temps, et puis répète ce cycle. La seule optimisation de topologie est la résolution (facultative) des polytomies de façon que cela soit le plus (approximativement) cohérent avec les contraintes d’échantillonnage de temps de l’arbre. Ce paquet est conçu pour être utilisé comme un outil autonome ou comme une bibliothèque utilisée dans une suite d’analyse plus large de phylogénie.

Caractéristiques :

 – reconstruction de séquences ancestrale (maximum de vraisemblance marginale et jointe) ;
 – inférence d’arbre selon l’horloge moléculaire (maximum de vraisemblance marginale et jointe) ;
 – inférence de modèles GTR ;
 – changement de racine pour obtenir la meilleure régression racine-extrémité ;
 – horloge moléculaire auto-corrélée souple.

Ce paquet fournit le module avec Python 3.

Registry entries: Bioconda 

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

forester
Graphical vizualiation tool Archaeopteryx
Versions of package forester
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0+20180205-1all
Versions and Archs
License: LGPL 2.1+
Debian package not available
Git
Version: 0.0+20180205-1

Archaeopteryx is a software tool for the visualization, analysis, and editing of potentially large and highly annotated phylogenetic trees. It can be used both as applet (ArchaeopteryxA and ArchaeopteryxE) and as a standalone application.

patristic
Calculate patristic distances and comparing the components of genetic change
Versions of package patristic
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20100817-2all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 0.0.20100817-2

Patristic overcomes some logistic barriers to analysing signals in sequences. In additional to calculating patristic distances, it provides plots for any combination of matrices, calculates commonly used statistics, allows data such as isolation dates to be entered and reorders matrices with matching species or gene labels. It will be used to analyse rates of mutation and substitutional saturation and the evolution of viruses.

Please cite: Mathieu Fourment and Mark J Gibbs: PATRISTIC: a program for calculating patristic distances and graphically comparing the components of genetic change. (PubMed,eprint) BMC Evolutionary Biology 6:1 (2006)

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

phylowin - wnpp
Graphical interface for molecular phylogenetic inference
License: unknown
Debian package not available

Phylo_win is a graphical colour interface for molecular phylogenetic inference. It performs neighbor-joining, parsimony and maximum likelihood methods and bootstrap with any of them. Many distances can be used including Jukes & Cantor, Kimura, Tajima & Nei, HKY, Galtier & Gouy (1995), LogDet for nucleotidic sequences, Poisson correction for protein sequences, Ka and Ks for codon sequences. Species and sites to include in the analysis are selected by mouse. Reconstructed trees can be drawn, edited, printed, stored and evaluated according to numerous criteria.

This program uses sources files from the Phylip program, which forbids its use for profit. Therfore, Phylo_win will unfortunately have to be distributed in contrib or non-free.

Remark of Debian Med team: Issuer of previous ITP said:

Because I could never figure out the license of Phylo_win, and because the upstream authors released SeaView 4, which provides similar functionalities, I will not package Phylo_win.

Probably it makes sense to remove this project from the prospective packages list.

No known packages available

gbioseq
DNA sequence editor for Linux
License: GPL
Debian package not available

gBioSeq is in an early stage of development, but it is already running. The goal is to provide an easy to use software to edit DNA sequences under Linux, Windows, MacOsX, using GTK C# (Mono).

jstreeview
Editor for Phylogenetic Trees
License: MIT/X11
Debian package not available
Language: JavaScript

A concise viewer/editor for phylogenetic trees in the Newick format. The core functions are written in JavaScript, using the canvas tag proposed by HTML 5. No server side support is needed for rendering the picture and therefore you can grab this page together with knhx.js and canvastext.js to locally view your trees in a supported web browser.

The source can be downloaded at http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/download/jstreeview.zip

phpphylotree
draw phylogenetic trees
License: GPL
Debian package not available

PhpPhylotree is a web application that is able to draw phylogenetic trees. It produces an SVG (Scalable Vector Graphic) file from phylip/newick tree files.

treetime
Bayesian sampling of phylogenetic trees from molecular data
License: GPL
Debian package not available

TreeTime is controlled by input files in nexus format and does bayesian sampling of phylogenetic trees from these data.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 247490