Summary
Phylogeny
Debian Med phylogeny packages
This lists Debian packages related to phylogeny for use in life sciences.
The purpose of this compilation of packages is to have a handy subset of
from the med-bio metapackage which contains a lot more than only phylogeny
related software.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
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Debian Med Phylogeny packages
Official Debian packages with high relevance
altree
programma per effettuare analisi di associazioni e localizzazioni basate su filogenesi
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Versions of package altree |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.3.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.3.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.3.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.3.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.3.1-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package altree: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program, shared-lib |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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ALTree è stato progettato per rilevare associazioni e localizzare
siti di suscettibilità tramite alberi filogenetici di aplotipi: in primo
luogo, permette di riconoscere l'associazione tra un gene candidato e una
malattia, secondariamente, consente di formulare ipotesi sui loci di
suscettibilità.
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beast-mcmc
inferenza filogenetica bayesiana MCMC
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Versions of package beast-mcmc |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.8.0-1 (contrib) | all |
buster | 1.10.4+dfsg-1 | all |
bullseye | 1.10.4+dfsg-2 | all |
bookworm | 1.10.4+dfsg-5 | all |
trixie | 1.10.4+dfsg-5 | all |
sid | 1.10.4+dfsg-5 | all |
stretch | 1.8.4+dfsg.1-1 | all |
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License: DFSG free
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BEAST è un programma multipiattaforma per l'analisi bayesiana MCMC di
sequenze molecolari. È interamente orientato verso filogenie con radici,
misurate nel tempo e inferite usando modelli di orologio rigidi o rilassati.
Può essere usato come un metodo di ricostruzione di filogenie ma è anche
un'infrastruttura per testare ipotesi evolutive senza condizionamento su
una singola topologia dell'albero. BEAST usa MCMC per mediare sullo spazio
dell'albero, in modo che ogni albero sia pesato proporzionalmente alla sua
probabilità a posteriori. È incluso un programma con un'interfaccia utente
semplice da usare per impostare analisi standard e una suite di programmi
per analizzare i risultati.
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clustalw
allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
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Versions of package clustalw |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1+lgpl-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.1+lgpl-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.1+lgpl-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package clustalw: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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Questo programma effettua un allineamento di sequenze multiple di
nucleotidi o di amminoacidi. Riconosce il formato di input delle sequenze e
se le sequenze sono acidi nucleici (DNA/RNA) o amminoacidi (proteine). Il
formato di output può essere selezionato da diversi formati per
allineamenti multipli come Phylip o FASTA. Clustal W è molto ben accettato.
L'output di Clustal W può essere modificato manualmente, ma è preferibile
farlo con un editor di allineamenti come SeaView o all'interno del suo
compagno Clustal X. Quando si costruisce un modello da un allineamento,
questo può essere applicato per ricerche migliorate in database. Il
pacchetto Debian hmmer crea modelli simili nella forma di un HMM.
The package is enhanced by the following packages:
clustalw-mpi
Please cite:
M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins:
Clustal W and Clustal X version 2.0.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
23(21):2947-2948
(2007)
Topics: Sequence analysis
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clustalx
allineamento multiplo di sequenze di acidi nucleici e di proteine (interfaccia grafica)
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Versions of package clustalx |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.1+lgpl-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1+lgpl-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1+lgpl-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.1+lgpl-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1+lgpl-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1+lgpl-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1+lgpl-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package clustalx: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | motif |
use | analysing, comparing, viewing |
works-with-format | plaintext |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Questo pacchetto offre un'interfaccia grafica per il programma di
allineamento di sequenze multiple Clustal. Fornisce un ambiente integrato
per effettuare allineamenti di sequenze e profili multipli per analizzare i
risultati. L'allineamento delle sequenze è visualizzato in una finestra
sullo schermo. Uno schema di colorazione versatile è stato incorporato per
evidenziare le caratteristiche conservate nell'allineamento. Per le
presentazioni professionali occorre usare il pacchetto LaTeX texshade o
boxshade.
Il menù a tendina in alto nella finestra permette di selezionare tutte le
opzioni richieste per l'allineamento tradizionale di sequenze e profili
multipli. Possono essere copiate ed incollate le sequenze per modificare
l'ordine dell'allineamento; si può selezionare un sottoinsieme di sequenze
che devono essere allineate; si può selezionare un sottointervallo
dell'allineamento per essere riallineato e reinserito in quello originale.
Può essere fatta un'analisi qualitativa dell'allineamento e possono essere
evidenziati i segmenti con basso punteggio o i residui eccezionali.
Please cite:
M.A. Larkin, G. Blackshields, N.P. Brown, R. Chenna, P.A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J.D. Thompson, T.J. Gibson and D.G. Higgins:
Clustal W and Clustal X version 2.0.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
23(21):2947-2948
(2007)
Topics: Sequence analysis
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dialign
allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
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Versions of package dialign |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.1-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.2.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.2.1-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package dialign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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DIALIGN2 è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli
di sequenze proteiche o di DNA. Costruisce gli allineamenti a partire da
coppie di segmenti simili senza gap delle sequenze. Questo schema di
punteggio per gli allineamenti è la differenza principale tra DIALIGN e
altri metodi di allineamento locale o globale. Si noti che DIALIGN non usa
alcun tipo di penalità per i gap.
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dialign-tx
allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
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Versions of package dialign-tx |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0.2-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.2-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package dialign-tx: |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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DIALIGN-TX è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli
di sequenze proteiche o di DNA. È una completa reimplementazione
dell'approccio basato su segmenti che include diverse nuove migliorie e
modelli euristici che migliorano significativamente la qualità degli
allineamenti in output rispetto a DIALIGN 2.2 e DIALIGN-T. Per
l'allineamento di coppie, DIALIGN-TX usa un algoritmo di concatenazione
dei frammenti che favorisce catene di allineamenti locali a basso
punteggio rispetto a frammenti isolati ad alto punteggio. Per gli
allineamenti multipli, DIALIGN-TX usa una procedura migliorata che è
meno sensibile a somiglianze spurie tra sequenze locali.
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exonerate
strumento generico per il confronto di sequenze di coppie
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Versions of package exonerate |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.0-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package exonerate: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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Exonerate permette l'allineamento di sequenze tramite molti modelli di
allineamento, usando una programmazione dinamica esaustiva o una varietà di
euristiche. Molte delle funzionalità della suite di programmazione dinamica
Wise sono state reimplementate in C per una migliore efficienza. Exonerate
è un componente intrinseco della struttura dei database genomici Ensembl,
che fornisce punteggi di somiglianza tra sequenze di RNA e di DNA e così
determinando varianti di splicing e sequenze di codifica generali.
Un sistema di simulazione per esperimenti PCR In-silico (vedere la pagina
man di ipcress) è fornito con exonerate.
Questo pacchetto contiene una selezione di utilità per effettuare
velocemente semplici
manipolazioni su file fasta oltre i 2 Gb.
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fastdnaml
strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA
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Versions of package fastdnaml |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.2-14 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.2.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.2-10 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package fastdnaml: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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fastDNAml è un programma derivato dalla versione 3.3 di DNAML di Joseph
Felsenstein (parte del suo pacchetto PHYLIP). Sarebbe meglio leggere la
documentazione di DNAML prima di usare questo programma.
fastDNAml è un tentativo di risolvere gli stessi problemi di DNAML, ma
facendolo più in fretta e usando meno memoria, per rendere trattabili
alberi più grandi e più ricampionamenti con reimmissione. Gran parte di
fastDNAml è una mera riscrittura del programma DNAML di PHYLIP 3.3 dal
PASCAL al C.
Si noti che la pagina web di questo programma non è più disponibile, quindi
probabilmente questo programma non avrà ulteriori aggiornamenti.
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fasttree
phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
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Versions of package fasttree |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1.10-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.1.7-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from
alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments
with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and
memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than
PhyML 3.0 or RAxML 7.
FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much
more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally
used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized
time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT
(Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account
for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single
rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the
reliability of each split in the tree, FastTree computes local support
values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's
"SH-like local supports").
This package contains a single threaded version (fasttree) and a
parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).
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figtree
visualizzatore grafico di alberi filogenetici
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Versions of package figtree |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.4-2 | all |
sid | 1.4.4-6 | all |
buster | 1.4.4-3 | all |
stretch | 1.4.2+dfsg-2 | all |
bullseye | 1.4.4-5 | all |
bookworm | 1.4.4-5 | all |
trixie | 1.4.4-6 | all |
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License: DFSG free
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FigTree è progettato come visualizzatore grafico di alberi filogenetici e
come programma per produrre immagini pronte per la pubblicazione. In
particolare, è pensato per visualizzare gli alberi riassuntivi e annotati
prodotti da BEAST.
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gmap
allineamento tollerante agli SNP e con splicing per mRNA e letture corte
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Versions of package gmap |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2024-11-20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 2014-10-22-1 (non-free) | amd64 |
stretch | 2017-01-14-1 (non-free) | amd64 |
buster | 2019-01-24-1 (non-free) | amd64 |
bullseye | 2021-02-22+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
bookworm | 2021-12-17+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
sid | 2024-11-20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
Debtags of package gmap: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:structural |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
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Questo pacchetto contiene i programmi GMAP e GSNAP, oltre ad utilità per
gestire database di genomi in formato GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and
Alignment Program) è uno strumento per allineare sequenze di EST, mRNA e
cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) è uno
strumento per allineare letture di trascrittoma a terminali singoli e
appaiati. Entrambi gli strumenti possono usare un database di:
- siti di splicing noti e identificare nuovi siti di splice;
- polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) noti.
GSNAP può allineare DNA trattato con bisolfito.
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hmmer
profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
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Versions of package hmmer |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
buster | 3.2.1+dfsg-1 | amd64,i386 |
trixie | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
sid | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
jessie | 3.1b1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.1b2+dfsg-5 | amd64,i386 |
Debtags of package hmmer: |
biology | format:aln, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with | db |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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HMMER è un'implementazione di metodi per creazione di profili di modelli di
Markov nascosti per effettuare ricerche accurate in database di sequenze
biologiche, usando allineamenti multipli di sequenza come base per le
interrogazioni.
Dato in input un allineamento multiplo di sequenza, HMMER crea un modello
statistico chiamato "modello di Markov nascosto" che può essere usato come
criterio per l'interrogazione di un database di sequenze allo scopo di
trovare (o allineare) omologhi addizionali della famiglia di sequenze.
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iqtree
efficiente software filogenetico per massima verosimiglianza
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Versions of package iqtree |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.0.7+dfsg-1 | amd64,i386 |
stretch | 1.5.3+dfsg-2 | amd64,i386 |
buster | 1.6.9+dfsg-1 | amd64,i386 |
bullseye | 1.6.12+dfsg-1 | amd64,i386 |
bookworm | 2.0.7+dfsg-1 | amd64,i386 |
trixie | 2.0.7+dfsg-1 | amd64,i386 |
|
License: DFSG free
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IQ-TREE è un software filogenetico molto efficiente per massima
verosimiglianza con le seguenti funzionalità chiave, tra le altre:
- un innovativo algoritmo stocastico veloce ed efficace per stimare
alberi di massima verosimiglianza; IQ-TREE supera in prestazioni sia
RAxML sia PhyML in termini di verosimiglianza richiedendo al contempo
una simile quantità di tempo di calcolo (vedere Nguyen et al., 2015);
- un'approssimazione bootstrap ultraveloce per determinare i supporti
dei rami (vedere Minh et al., 2013).
- un'ampia gamma di modelli di sostituzione per allineamenti per binari,
DNA, proteine, codoni e morfologici;
- selezione ultraveloce del modello per tutti i tipi di dati, da 10 a 100
volte più veloce di jModelTest e ProtTest;
- ricerca del miglior schema di partizione come PartitionFinder;
- modelli partizionati con tipi misti di dati per allineamenti
filogenomici (multi-gene), permettendo lunghezze dei rami tra i geni
separate, proporzionali o unite;
- compatibile con PLL (Phylogenetic Likelihod Library) (vedere Flouri et
al., 2014).
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jmodeltest
selezione HPC di modelli di sostituzione di nucleotide
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Versions of package jmodeltest |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.1.10+dfsg-5 | all |
sid | 2.1.10+dfsg-12 | all |
trixie | 2.1.10+dfsg-12 | all |
bullseye | 2.1.10+dfsg-10 | all |
bookworm | 2.1.10+dfsg-12 | all |
buster | 2.1.10+dfsg-7 | all |
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License: DFSG free
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jModelTest è uno strumento per eseguire la selezione statistica di modelli
best-fit di sostituzione di nucleotide. Implementa cinque differenti
strategie di selezione dei modelli: test di tasso di probabilità dinamica e
gerarchica (dLRT e hLRT), criteri di informazione bayesiana e Akaike (BIC e
AIC) e un metodo della teoria della decisione (DT). Fornisce anche stima
dell'incertezza della selezione del modello, importanze dei parametri e
stime dei parametri mediate sul modello, incluse topologie dell'albero
mediate sul modello. jModelTest 2 include funzionalità per High Performance
Computing (HPC) e funzionalità aggiuntive come nuove strategie per
l'ottimizzazione dell'albero, alberi filogenetici mediati sul modello (sia
topologia sia lunghezza del ramo), filtraggio euristico e registrazione
automatica dell'attività dell'utente.
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kalign
allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
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Versions of package kalign |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.3.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.03+20110620-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.03+20110620-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.03+20110620-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package kalign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Kalign è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli
di sequenze biologiche. Usa l'algoritmo per corrispondenze di stringhe
Muth-Manber per migliorare sia l'accuratezza che la velocità
dell'allineamento. Usa un approccio globale, progressivo per
l'allineamento, arricchito dall'uso di un algoritmo per corrispondenze
approssimate di stringhe per calcolare le distanze tra le sequenze e
incorporando corrispondenze locali nell'allineamento globale.
|
|
mrbayes
inferenza bayesiana per filogenetica
|
Versions of package mrbayes |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.2.6+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster | 3.2.6+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.2.7a-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.2.7a-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.2.3+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
L'inferenza bayesiana per filogenetica è basata su una quantità chiamata la
distribuzione di probabilità a posteriori degli alberi, che è la
probabilità di un albero condizionata dalle osservazioni. Il
condizionamento è realizzato usando il teorema di Bayes. Non è possibile
calcolare analiticamente la distribuzione della probabilità a posteriori
degli alberi; invece, MrBayes utilizza una tecnica di simulazione chiamata
MCMC (Markov Chain Monte Carlo) per approssimare le probabilità a
posteriori degli alberi.
The package is enhanced by the following packages:
mrbayes-doc
|
|
muscle
programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
|
Versions of package muscle |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.8.31-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.8.31+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 5.3 |
Debtags of package muscle: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE è un programma di allineamenti multipli di sequenze proteiche; il
nome sta per MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation, confronto di
sequenze multiple tramite log-expectation. Nei test fatti dagli autori,
MUSCLE ha ottenuto i punteggi più alti tra tutti i programmi sottoposti a
diversi benchmark per l'accuratezza degli allineamenti ed è anche uno dei
programmi più veloci tra quelli disponibili.
Muscle v5 è una riscrittura con grandi modifiche di MUSCLE, basata su nuovi
algoritmi.
Gli utenti dovrebbero considerare che gli argomenti della riga di comando
sono cambiati rispetto alla versione 3.x di MUSCLE.
Maggiore accuratezza, scalabile a migliaia di sequenze
In confronto alle versioni precedenti, Muscle v5 è più accurato, è spesso
più veloce e scalabile a insiemi di dati molto più grandi. Al momento della
stesura di questo testo (fine 2021), Muscle v5 ha il più alto punteggio nei
benchmark per allineamenti multipli, inclusi Balibase, Bralibase, Prefab e
Balifam. Può allineare decine di migliaia di sequenze con alta accuratezza
su un computer comune a basso costo (ad esempio una CPU Intel a 8 core con
32 GB di RAM). Su insiemi di dati più grandi, Muscle v5 è più accurato del
20-30% rispetto a MAFFT e Clustal-Omega.
Insiemi di allineamenti
Muscle v5 può generare insiemi di allineamenti alternativi ad alta
accuratezza. Tutti i replicati hanno uguale accuratezza media nei test
benchmark, incluso l'MSA fatto con i parametri predefiniti. Confrontando i
risultati delle analisi successive (alberi, predizione di struttura, ...)
su replicati diversi, si possono valutare gli effetti degli errori di
allineamento sui propri studi.
Topics: Sequence analysis
|
|
muscle3
programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
|
Versions of package muscle3 |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE è un programma di allineamenti multipli di sequenze proteiche; il
nome sta per MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation, confronto di
sequenze multiple tramite log-expectation. Nei test fatti dagli autori,
MUSCLE ha ottenuto i punteggi più alti tra tutti i programmi sottoposti a
diversi benchmark per l'accuratezza degli allineamenti ed è anche uno dei
programmi più veloci tra quelli disponibili.
Questa è la versione 3 del programma MUSCLE. È un programma diverso da
MUSCLE versione 5 che è pacchettizzato in Debian come muscle.
Topics: Sequence analysis
|
|
mustang
allineamento strutturale multiplo di proteine
|
Versions of package mustang |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.2.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.2.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.2.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.2.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mustang: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Mustang è un algoritmo per allineare strutture multiple di proteine. Dato
un insieme di file PDB, il programma usa le informazioni spaziali negli
atomi C-alfa dell'insieme per produrre un allineamento di sequenze.
Basandosi su un metodo euristico progressivo basato su coppie, l'algoritmo
compie in seguito un numero di passaggi di raffinamento. Mustang riporta
l'allineamento di sequenze multiple e la corrispondente sovrapposizione di
strutture.
|
|
njplot
programma per disegnare alberi filogenetici
|
Versions of package njplot |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.4-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.4-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.4-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.4-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package njplot: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | motif |
use | analysing, editing, organizing, printing, viewing |
works-with | biological-sequence |
works-with-format | plaintext |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
NJplot è in grado di disegnare qualsiasi dendrogramma espresso nel formato
standard dell'albero filogenetico di Newick, ad esempio il formato usato
dal pacchetto Phylip. È particolarmente adatto per radicare gli alberi
senza radici ottenuti con i metodi basati su parsimonia, distanza o la
massima verosimiglianza.
|
|
phylip
pacchetto di programmi per inferire alberi filogenetici
|
Versions of package phylip |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.697+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.697+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.697+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.696+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.696+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.697+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.697+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package phylip: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Il PHYLogeny Inference Package è un pacchetto di programmi per inferire
alberi filogenetici (alberi evolutivi) da sequenze.
I metodi disponibili nel pacchetto includono la parsimonia, la matrice di
distanze e metodi di verosimiglianza, inclusi bootstrap e alberi di
consenso. I tipi di dati che possono essere gestiti includono sequenze
molecolari, frequenze geniche, siti di restrizione, matrici di distanze e
caratteri discreti 0/1.
|
|
phyml
stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza
|
Versions of package phyml |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.2.0+dfsg-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.3.20220408-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.3.20220408-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.3.20220408-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.3.20200621-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.3.20180621-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 20120412-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package phyml: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
PhyML è un software che stima alberi filogenetici con il metodo della
massima verosimiglianza a partire da allineamenti nucleotidici o di
sequenze aminoacidiche. Fornisce una vasta gamma di opzioni che sono state
progettate per facilitare le analisi filogenetiche standard. Il punto di
forza di PhyML è nel gran numero di modelli di sostituzione associati a
varie opzioni per cercare nello spazio delle topologie degli alberi
filogenetici, a partire da metodi molto veloci ed efficienti, fino ad
arrivare ad approcci più lenti ma generalmente più accurati. Implementa
anche due metodi per valutare la forza dei rami in una solida
infrastruttura statistica (il metodo bootstrap non parametrico e il test di
verosimiglianza approssimata).
PhyML è stato progettato per elaborare insiemi di dati di dimensioni medie
* grandi. In teoria, possono essere analizzati allineamenti con fino a
4.000 sequenze di 2.000.000 di caratteri. In pratica, tuttavia, la quantità
di memoria necessaria per elaborare un insieme di dati è proporzionale al
numero delle sequenze moltiplicato per la loro lunghezza. Perciò si possono
elaborare un gran numero di sequenze solo se esse sono corte. Inoltre PhyML
può gestire lunghe sequenze a patto che non siano numerose. Con la maggior
parte dei personal computer standard, si può stare tranquilli con circa da
3 a 500 sequenze più corte di 2.000 caratteri.
Questo pacchetto include anche PhyTime.
|
|
poa
Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
|
Versions of package poa |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.0+20060928-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.0+20060928-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0+20060928-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package poa: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
POA è Partial Order Alignment, un programma veloce per MSA (allineamenti
multipli di sequenza) in campo bioinformatico. I suoi vantaggi sono
velocità, scalabilità, sensibilità e una capacità superiore di gestire
ramificazioni e inserzioni/delezioni nell'allineamento. POA è un approccio
a MSA che può essere combinato con metodi esistenti come l'allineamento
progressivo. POA allinea in maniera ottimale una coppia di MSA e ciò può
essere successivamente applicato direttamente a metodi di allineamento
progressivo come CLUSTAL. Per allineamenti grandi, Progressive POA è 10-30
volte più veloce di CLUSTALW.
|
|
populations
software di genetica delle popolazioni
|
Versions of package populations |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.2.33+svn0120106-2.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.33+svn0120106+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.2.33+svn0120106-2.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.2.33+svn0120106+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.33+svn0120106+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.33+svn0120106+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.2.33+svn0120106+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package populations: |
role | program |
uitoolkit | qt |
|
License: DFSG free
|
Populations è un software di genetica delle popolazioni. Calcola distanze
genetiche tra popolazioni o individui. Crea alberi filogenetici (NJ o
UPGMA) con valori bootstrap.
|
|
pplacer
phylogenetic placement and downstream analysis
|
Versions of package pplacer |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.1~alpha19-8 | amd64,arm64,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.1~alpha19-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Pplacer places reads on a phylogenetic tree. guppy (Grand Unified
Phylogenetic Placement Yanalyzer) yanalyzes them. rppr is a helpful tool
for working with reference packages.
Pplacer places query sequences on a fixed reference phylogenetic tree to
maximize phylogenetic likelihood or posterior probability according to a
reference alignment. Pplacer is designed to be fast, to give useful
information about uncertainty, and to offer advanced visualization and
downstream analysis.
|
|
proalign
programma per allineamenti multipli probabilistici
|
Versions of package proalign |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.603-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.603-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.603-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.603-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.603-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.603-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.603-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
ProAlign effettua allineamenti multipli probabilistici usando modelli di
Markov nascosti (HMM). Include un'interfaccia grafica (GUI) che permette
di: (i) effettuare allineamenti di sequenze di nucleotidi o di aminoacidi,
(ii) visualizzare la qualità delle soluzioni, (iii) filtrare le regioni con
allineamenti non affidabili e (iv) esportare gli allineamenti per altro
software.
ProAlign usa un metodo progressivo, in modo che l'allineamento multiplo
viene creato passo a passo, effettuando allineamenti a coppie nei nodi di
un albero guida. Le sequenze sono descritte con vettori di probabilità dei
caratteri, e ogni allineamento a coppie ricostruisce la sequenza ancestrale
(genitrice) calcolando le probabilità di diversi caratteri sulla base di un
modello evolutivo.
|
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probalign
allineamento di sequenze multiple usando le probabilità a posteriori della funzione di ripartizione
|
Versions of package probalign |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.4-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.4-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.4-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Probalign usa stime della probabilità a posteriori della funzione di
ripartizione per calcolare allineamenti di sequenze multiple con la massima
accuratezza attesa. Funziona in modo migliore rispetto ai programmi di
allineamento più usati Probcons v1.1, MAFFT v5.851 e MUSCLE v3.6 nei test
di prestazione BAliBASE 3.0, HOMSTRAD e OXBENCH, e tale miglioramento è
statisticamente significativo. I miglioramenti di Probalign sono maggiori
negli insiemi di dati che contengono estensioni terminali N/C e in quelli
con sequenze di lunghezze elevate ed eterogenee. Negli insiemi di dati con
lunghezze eterogenee contenenti ripetizioni, l'accuratezza degli
allineamenti di Probalign è del 10% e il 15% maggiore rispetto agli altri
tre metodi, quando la deviazione standard della lunghezza è almeno 300 e 400.
|
|
probcons
allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
|
Versions of package probcons |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.12-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.12-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.12-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.12-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package probcons: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Strumento per generare allineamenti multipli di sequenze proteiche che usa
una combinazione di modelli probabilistici e di tecniche di allineamento
basate sulla coerenza. PROBCONS ha ottenuto dei livelli di accuratezza più
alti di tutti i metodi di allineamento usati fino ad oggi. Nei test con il
database degli allineamenti di riferimento BAliBASE, gli allineamenti
prodotti con PROBCONS mostrano un significativo miglioramento rispetto ai
programmi attuali poiché contengono in media il 7% in più di colonne
correttamente allineate rispetto a T-Coffee, l'11% in più rispetto a
CLUSTAL W ed il 14% in più rispetto a DIALIGN.
|
|
proda
allineamento multiplo di sequenze proteiche
|
Versions of package proda |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package proda: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
ProDA è un sistema per il rilevamento automatico e l'allineamento di
regioni omologhe in insiemi di proteine con architetture di dominio
arbitrarie. Dato un insieme di sequenze non allineate, ProDA identifica
tutte le regioni omologhe che appaiono in una o più sequenze, e restituisce
un insieme di allineamenti multipli locali per queste regioni.
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prottest
selezione di modelli di best-fit per evoluzione di proteine
|
Versions of package prottest |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.4.2+dfsg-8 | all |
sid | 3.4.2+dfsg-8 | all |
stretch | 3.4.2+dfsg-2 | all |
bookworm | 3.4.2+dfsg-8 | all |
bullseye | 3.4.2+dfsg-5 | all |
buster | 3.4.2+dfsg-3 | all |
|
License: DFSG free
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PROTTEST (parente di ModelTest) è un programma per selezionare il modello
di evoluzione di una proteina che meglio si adatta a un dato insieme di
sequenze (allineamento). Questo programma in Java è basato sul programma
Phyml (per calcoli col metodo della massima verosimiglianza e
ottimizzazione dei parametri) e usa anche la libreria PAL. I modelli
inclusi sono matrici empiriche di sostituzione (come WAG, LG, mtREV,
Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb e HIVw)
che indicano i tassi relativi di sostituzione di aminoacidi e specifici
miglioramenti (+I: siti invarianti, +G: tasso di eterogeneità tra siti, +F:
frequenze osservate di aminoacidi) per tenere conto di vincoli evolutivi
imposti dalla conservazione della struttura e della funzione delle
proteine. ProtTest usa l'Akaike Information Criterion (AIC) e altre
statistiche (AICc e BIC) per trovare quale dei modelli candidati si adatta
meglio ai dati a disposizione.
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quicktree
algoritmo di unione dei vicini per filogenie
|
Versions of package quicktree |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
QuickTree è un'implementazione efficiente dell'algoritmo Neighbor-Joining
(PMID: 3447015), capace di ricostruire filogenie da enormi allineamenti in
un tempo inferiore all'età dell'universo.
QuickTree accetta come input sia una matrice di distanze, sia un
allineamento di sequenze multiple. Il primo deve essere in formato PHYLIP.
L'ultimo in formato Stockholm, che è il formato di allineamento nativo del
database Pfam. Allineamenti in vari formati possono essere convertiti nel
formato Stockholm con il programma sreformat, che fa parte del pacchetto
HMMer (hmmer.org).
Gli alberi sono scritti su stdout nel formato Newick/New-Hampshire usato da
PHYLIP e molti altri programmi.
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seaview
interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
|
Versions of package seaview |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.7-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.6.1.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.5.3.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 5.0.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.0.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.0.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 5.0.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package seaview: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | x11 |
network | client |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | fltk |
use | comparing, editing, printing, viewing |
works-with | biological-sequence |
works-with-format | plaintext |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
SeaView è un visualizzatore ed editor per allineamenti multipli di sequenze,
cioè sequenze di DNA o proteine sono posizionate ciascuna nella propria
riga separata, in modo che il nucleotide/aminoacido in una particolare
posizione (colonna) sia considerato avere la stessa proprietà biochimica.
SeaView legge e scrive vari formati di file (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA,
PHYLIP, MASE, Newick) di sequenze di DNA e proteiche e di alberi
filogenetici. Gli allineamenti possono essere modificati a mano. È il
motore dei programmi Muscle o Clustal Omega per l'allineamento multiplo di
sequenze e permette anche di utilizzare qualsiasi algoritmo esterno di
allineamento in grado di leggere e scrivere file in formato FASTA. Calcola
gli alberi filogenetici in base alla parsimonia usando l'algoritmo
dnapars/protpars di PHYLIP, in base alla distanza su una varietà di
distanze evolutive con l'algoritmo NJ o BioNJ oppure in base alla massima
verosimiglianza usando il programma PhyML 3.0.
SeaView disegna alberi filogenetici sullo schermo o in file PostScript e
permette di scaricare sequenze da EMBL/GenBank/UniProt usando Internet.
The package is enhanced by the following packages:
muscle
muscle3
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sigma-align
semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
|
Versions of package sigma-align |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.1.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.3-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package sigma-align: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Sigma ("Simple greedy multiple alignment") è un programma per allineamenti.
Il suo algoritmo e lo schema dei punteggi sono progettati specificatamente
per le sequenze non codificanti di DNA.
Usa una strategia di ricerca del miglior allineamento locale possibile
senza gap. Questo succede ad ogni passo creando il miglior allineamento
possibile che sia coerente con gli allineamenti esistenti. Assegna un
punteggio alla significatività dell'allineamento in base alla lunghezza dei
frammenti allineati e ad un modello di fondo. Questi possono essere forniti
* stimati da un file ausiliario di DNA intergenico.
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spread-phy
analizza e visualizza ricostruzioni filogeografiche
|
Versions of package spread-phy |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0.7+dfsg-1 | all |
jessie | 1.0.5+dfsg-1 (contrib) | all |
buster | 1.0.7+dfsg-2 | all |
bullseye | 1.0.7+dfsg-3 | all |
bookworm | 1.0.7+dfsg-5 | all |
trixie | 1.0.7+dfsg-5 | all |
sid | 1.0.7+dfsg-5 | all |
|
License: DFSG free
|
SPREAD è un'applicazione facile da usare per analizzare e visualizzare
ricostruzioni filogeografiche risultanti da inferenza bayesiana di
diffusione spazio-temporale.
C'è un tutorial per SPREAD in linea all'indirizzo
http://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/tutorial/spread_tutorial.html
Originalmente questo programma è chiamato "spread". Tuttavia, c'è proprio
un pacchetto con quel nome in Debian e perciò è stato aggiunto "phy" per
phylogeny.
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t-coffee
allineamento di sequenze multiple
|
Versions of package t-coffee |
Release | Version | Architectures |
jessie | 11.00.8cbe486-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 13.41.0.28bdc39+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 12.00.7fb08c2-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 11.00.8cbe486-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package t-coffee: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
T-Coffee è un pacchetto per allineamenti di sequenze multiple. Dato un
insieme di sequenze (proteiche o di DNA), T-Coffee genera un allineamento
di sequenze multiple. La versione 2.00 e le successive possono mescolare
sequenze e strutture.
T-Coffee permette di combinare una raccolta di allineamenti multipli/di
coppie, globali o locali, in un singolo modello. Permette anche di stimare
il livello di coerenza di ogni posizione all'interno del nuovo allineamento
rispetto agli altri allineamenti. Si veda pre-print per maggiori informazioni.
T-Coffee ha una versione speciale, che si chiama M-Coffee, che rende
possibile combinare l'output di molti pacchetti di allineamento di sequenze
multiple. Nella sua versione pubblicata, usa MUSCLE, PROBCONS, POA,
DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA e T-Coffee. Per Debian è stata creata
una versione speciale, DM-Coffee, che usa solo software libero rimpiazzando
Clustal W con Kalign. Usare gli 8 metodi forniti da M-Coffee può a volte
essere un po' pesante; se si preferisce si può usare un sottoinsieme con i
propri metodi preferiti.
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tm-align
allineamento strutturale di proteine
|
Versions of package tm-align |
Release | Version | Architectures |
sid | 20190822+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 20140601+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 20160521+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 20170708+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 20190822+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 20190822+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 20190822+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package tm-align: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
TM-align è un algoritmo informatico per allineamento di strutture proteiche
che usa la programmazione dinamica. Il punteggio viene assegnato con la
matrice di rotazione TM-score. Ciò è simile a RMSD per il fatto che le
porzioni non allineate della struttura influenzano il punteggio meno delle
regioni più strutturalmente conservate.
|
|
tree-ppuzzle
ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
|
Versions of package tree-ppuzzle |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package tree-ppuzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (nuovo nome di PUZZLE) è un programma interattivo per console
che implementa un veloce algoritmo di ricerca di alberi chiamato "quartet
puzzling" che permette l'analisi di grandi insiemi di dati e che assegna
automaticamente stime di verosimiglianza per ciascun ramo interno.
TREE-PUZZLE calcola anche la massima distanza verosimile per coppie di
elementi, nonché la lunghezza di rami per alberi specificati dall'utente.
Le lunghezze dei rami possono anche essere calcolate in base all'ipotesi
dell'orologio molecolare. In aggiunta, TREE-PUZZLE offre un metodo nuovo,
la mappatura di verosimiglianza, per studiare la verosimiglianza di un ramo
interno ipotizzato senza calcolare un albero totale e per visualizzare il
contenuto filogenetico di un allineamento di sequenze.
Questa è la versione in parallelo di tree-puzzle.
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tree-puzzle
ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
|
Versions of package tree-puzzle |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.3~rc16+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package tree-puzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (nuovo nome di PUZZLE) è un programma interattivo per console
che implementa un veloce algoritmo di ricerca di alberi chiamato "quartet
puzzling" che permette l'analisi di grandi insiemi di dati e che assegna
automaticamente stime di verosimiglianza per ciascun ramo interno.
TREE-PUZZLE calcola anche la massima distanza verosimile per coppie di
elementi, nonché la lunghezza di rami per alberi specificati dall'utente.
Le lunghezze dei rami possono anche essere calcolate in base all'ipotesi
dell'orologio molecolare. In aggiunta, TREE-PUZZLE offre un metodo nuovo,
la mappatura di verosimiglianza, per studiare la verosimiglianza di un ramo
interno ipotizzato senza calcolare un albero totale e per visualizzare il
contenuto filogenetico di un allineamento di sequenze.
|
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treeview
re-implementazione in Java di TreeView di Michael Eisen
|
Versions of package treeview |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.1.6.4+dfsg-1 (contrib) | all |
sid | 1.2.0+dfsg-2 | all |
trixie | 1.2.0+dfsg-2 | all |
buster | 1.1.6.4+dfsg1-4 | all |
bullseye | 1.2.0+dfsg-1 | all |
stretch | 1.1.6.4+dfsg1-2 | all |
bookworm | 1.2.0+dfsg-1 | all |
upstream | 1.2.1 |
|
License: DFSG free
|
TreeView crea una visualizzazione simile a una matrice di dati di
espressione, conosciuta come raggruppamento di Eisen. L'implementazione
originale era un programma per Windows chiamato TreeView creato da Michael
Eisen. Questo pacchetto TreeView, talvolta chiamato jTreeView, è stato
riscritto in Java sotto una licenza libera.
Java TreeView è un visualizzatore estensibile dati di microarray in formato
CDT o PCL.
|
|
treeviewx
visualizza e stampa alberi filogenetici
|
Versions of package treeviewx |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.5.1+20100823-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.5.1+20100823-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.5.1+git20100823.7e4d0e9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.5.1+git20100823.7e4d0e9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.5.1+git20100823.7e4d0e9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.5.1+git20100823.7e4d0e9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.5.1+git20100823.7e4d0e9-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package treeviewx: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | wxwidgets |
use | viewing |
works-with-format | pdf, plaintext, postscript, svg |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
TreeView X è un programma open source e multipiattaforma per visualizzare
alberi filogenetici. Può leggere e mostrare file di alberi in formato NEXUS
e Newick (come quelli prodotti da PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE e altri
programmi). Può permettere l'ordinamento dei rami degli alberi e
l'esportazione degli alberi in formato SVG.
|
|
veryfasttree
velocizzazione della stima di alberi filogenetici da sequenze
|
Versions of package veryfasttree |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.0.4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
VeryFastTree è un'implementazione altamente efficiente, ispirata allo
strumento FastTree-2, progettata per velocizzare l'inferenza di alberi
filogenetici approssimatamente per massima verosimiglianza a partire da
allineamenti di sequenze nucleotidiche o di proteine. È un'implementazione
ottimizzata progettata per accelerare la stima di filogenie per
allineamenti vasti. Sfruttando strategie di parallelizzazione e
vettorizzazione, VeryFastTree migliora significativamente le prestazioni e
la scalabilità di analisi filogenetiche, permettendo di costruire alberi
filogenetici in una frazione del tempo richiesto in precedenza.
Mantenendo l'integrità di FastTree-2, VeryFastTree mantiene le stesse fasi,
metodi ed euristiche utilizzati per la stima di alberi filogenetici. Ciò
assicura che l'accuratezza topologica degli alberi prodotti da VeryFastTree
rimanga equivalente a quella di FastTree-2. Inoltre, a differenza della
versione parallela di FastTree-2, VeryFastTree garantisce risultati
deterministici, eliminando ogni potenziale variazione nell'output.
Per facilitare una transizione senza problemi per gli utenti, VeryFastTree
adotta esattamente gli stessi argomenti per la riga di comando di
FastTree-2. Ciò significa che, semplicemente sostituendo FastTree-2 con
VeryFastTree e usando lo stesso insieme di opzioni, gli utenti possono
migliorare significativamente le prestazioni globali delle loro analisi
filogenetiche.
|
|
Official Debian packages with lower relevance
python3-treetime
inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
|
Versions of package python3-treetime |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.11.4-1 | all |
buster | 0.5.3-1 | all |
bullseye | 0.8.1-1 | all |
bookworm | 0.9.4-1 | all |
trixie | 0.11.4-1 | all |
|
License: DFSG free
|
TreeTime provides routines for ancestral sequence reconstruction and the
maximum likelihoo inference of molecular-clock phylogenies, i.e., a tree
where all branches are scaled such that the locations of terminal nodes
correspond to their sampling times and internal nodes are placed at the
most likely time of divergence.
TreeTime aims at striking a compromise between sophisticated
probabilistic models of evolution and fast heuristics. It implements GTR
models of ancestral inference and branch length optimization, but takes
the tree topology as given. To optimize the likelihood of time-scaled
phylogenies, treetime uses an iterative approach that first infers
ancestral sequences given the branch length of the tree, then optimizes
the positions of unconstraine d nodes on the time axis, and then repeats
this cycle. The only topology optimization are (optional) resolution of
polytomies in a way that is most (approximately) consistent with the
sampling time constraints on the tree. The package is designed to be
used as a stand-alone tool or as a library used in larger phylogenetic
analysis workflows.
Features
- ancestral sequence reconstruction (marginal and joint maximum
likelihood)
- molecular clock tree inference (marginal and joint maximum
likelihood)
- inference of GTR models
- rerooting to obtain best root-to-tip regression
- auto-correlated relaxed molecular clock (with normal prior)
This package provides the Python 3 module.
|
|
Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
forester
Graphical vizualiation tool Archaeopteryx
|
Versions of package forester |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.0+20180205-1 | all |
|
License: LGPL 2.1+
Debian package not available
Version: 0.0+20180205-1
|
Archaeopteryx is a software tool for the visualization, analysis,
and editing of potentially large and highly annotated phylogenetic trees.
It can be used both as applet (ArchaeopteryxA and ArchaeopteryxE) and
as a standalone application.
|
patristic
Calculate patristic distances and comparing the components of genetic change
|
Versions of package patristic |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.0.20100817-2 | all |
|
License: free
Debian package not available
Version: 0.0.20100817-2
|
Patristic overcomes some logistic barriers to analysing signals in
sequences. In additional to calculating patristic distances, it provides
plots for any combination of matrices, calculates commonly used
statistics, allows data such as isolation dates to be entered and
reorders matrices with matching species or gene labels. It will be used
to analyse rates of mutation and substitutional saturation and the
evolution of viruses.
|
No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
Graphical interface for molecular phylogenetic inference
|
|
License: unknown
Debian package not available
|
Phylo_win is a graphical colour interface for molecular phylogenetic
inference. It performs neighbor-joining, parsimony and maximum
likelihood methods and bootstrap with any of them. Many distances can be
used including Jukes & Cantor, Kimura, Tajima & Nei, HKY, Galtier & Gouy
(1995), LogDet for nucleotidic sequences, Poisson correction for protein
sequences, Ka and Ks for codon sequences. Species and sites to include
in the analysis are selected by mouse. Reconstructed trees can be drawn,
edited, printed, stored and evaluated according to numerous criteria.
This program uses sources files from the Phylip program, which forbids
its use for profit. Therfore, Phylo_win will unfortunately have to be
distributed in contrib or non-free.
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No known packages available
gbioseq
DNA sequence editor for Linux
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License: GPL
Debian package not available
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gBioSeq is in an early stage of development, but it is already running.
The goal is to provide an easy to use software to edit DNA sequences under
Linux, Windows, MacOsX, using GTK C# (Mono).
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jstreeview
Editor for Phylogenetic Trees
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License: MIT/X11
Debian package not available
Language: JavaScript
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A concise viewer/editor for phylogenetic trees in the Newick format.
The core functions are written in JavaScript, using the canvas tag
proposed by HTML 5. No server side support is needed for rendering the
picture and therefore you can grab this page together with knhx.js and
canvastext.js to locally view your trees in a supported web browser.
The source can be downloaded at
http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/download/jstreeview.zip
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phpphylotree
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License: GPL
Debian package not available
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PhpPhylotree is a web application that is able to draw phylogenetic trees.
It produces an SVG (Scalable Vector Graphic) file from phylip/newick tree files.
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treetime
Bayesian sampling of phylogenetic trees from molecular data
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License: GPL
Debian package not available
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TreeTime is controlled by input files in nexus format and does
bayesian sampling of phylogenetic trees from these data.
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