Debian Med Project
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Summary
Phylogeny
Debian Med phylogeny packages

This lists Debian packages related to phylogeny for use in life sciences. The purpose of this compilation of packages is to have a handy subset of from the med-bio metapackage which contains a lot more than only phylogeny related software.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Phylogeny packages

Official Debian packages with high relevance

Altree
programma per effettuare analisi di associazioni e localizzazioni basate su filogenesi
Versions of package altree
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.2.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.3.1-2amd64,armel,armhf,i386
stretch1.3.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.3.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package altree:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram, shared-lib
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 5 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ALTree è stato progettato per rilevare associazioni e localizzare siti di suscettibilità tramite alberi filogenetici di aplotipi: in primo luogo, permette di riconoscere l'associazione tra un gene candidato e una malattia, secondariamente, consente di formulare ipotesi sui loci di suscettibilità.

Please cite: Claire Bardel, Vincent Danjean and Emmanuelle Genin: ALTree: association detection and localization of susceptibility sites using haplotype phylogenetic trees. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(11):1402-1403 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Beast-mcmc
inferenza filogenetica bayesiana MCMC
Versions of package beast-mcmc
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.8.4+dfsg.1-1all
buster1.10.4+dfsg-1all
bullseye1.10.4+dfsg-1all
sid1.10.4+dfsg-1all
jessie1.8.0-1 (contrib)all
Popcon: 1 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BEAST è un programma multipiattaforma per l'analisi bayesiana MCMC di sequenze molecolari. È interamente orientato verso filogenie con radici, misurate nel tempo e inferite usando modelli di orologio rigidi o rilassati. Può essere usato come un metodo di ricostruzione di filogenie ma è anche un'infrastruttura per testare ipotesi evolutive senza condizionamento su una singola topologia dell'albero. BEAST usa MCMC per mediare sullo spazio dell'albero, in modo che ogni albero sia pesato proporzionalmente alla sua probabilità a posteriori. È incluso un programma con un'interfaccia utente semplice da usare per impostare analisi standard e una suite di programmi per analizzare i risultati.

The package is enhanced by the following packages: beast-mcmc-doc beast-mcmc-examples
Please cite: Alexei J Drummond and Andrew Rambaut: BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees. (PubMed,eprint) BMC Evol Biol 8(7):214 (2007)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Clustalw
allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
Versions of package clustalw
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.1+lgpl-4amd64,armel,armhf,i386
bullseye2.1+lgpl-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1+lgpl-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1+lgpl-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0.12-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.1+lgpl-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.1+lgpl-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package clustalw:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 27 users (280 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo programma effettua un allineamento di sequenze multiple di nucleotidi o di amminoacidi. Riconosce il formato di input delle sequenze e se le sequenze sono acidi nucleici (DNA/RNA) o amminoacidi (proteine). Il formato di output può essere selezionato da diversi formati per allineamenti multipli come Phylip o FASTA. Clustal W è molto ben accettato.

L'output di Clustal W può essere modificato manualmente, ma è preferibile farlo con un editor di allineamenti come SeaView o all'interno del suo compagno Clustal X. Quando si costruisce un modello da un allineamento, questo può essere applicato per ricerche migliorate in database. Il pacchetto Debian hmmer crea modelli simili nella forma di un HMM.

The package is enhanced by the following packages: clustalw-mpi
Please cite: M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins: Clustal W and Clustal X version 2.0. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(21):2947-2948 (2007)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Clustalx
allineamento multiplo di sequenze di acidi nucleici e di proteine (interfaccia grafica)
Versions of package clustalx
ReleaseVersionArchitectures
sid2.1+lgpl-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1+lgpl-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1+lgpl-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1+lgpl-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.1+lgpl-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.83-4 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.1+lgpl-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package clustalx:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useanalysing, comparing, viewing
works-with-formatplaintext
x11application
Popcon: 75 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto offre un'interfaccia grafica per il programma di allineamento di sequenze multiple Clustal. Fornisce un ambiente integrato per effettuare allineamenti di sequenze e profili multipli per analizzare i risultati. L'allineamento delle sequenze è visualizzato in una finestra sullo schermo. Uno schema di colorazione versatile è stato incorporato per evidenziare le caratteristiche conservate nell'allineamento. Per le presentazioni professionali occorre usare il pacchetto LaTeX texshade o boxshade.

Il menù a tendina in alto nella finestra permette di selezionare tutte le opzioni richieste per l'allineamento tradizionale di sequenze e profili multipli. Possono essere copiate ed incollate le sequenze per modificare l'ordine dell'allineamento; si può selezionare un sottoinsieme di sequenze che devono essere allineate; si può selezionare un sottointervallo dell'allineamento per essere riallineato e reinserito in quello originale.

Può essere fatta un'analisi qualitativa dell'allineamento e possono essere evidenziati i segmenti con basso punteggio o i residui eccezionali.

Please cite: M.A. Larkin, G. Blackshields, N.P. Brown, R. Chenna, P.A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J.D. Thompson, T.J. Gibson and D.G. Higgins: Clustal W and Clustal X version 2.0. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(21):2947-2948 (2007)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Dialign
allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Versions of package dialign
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.1-7amd64,armel,armhf,i386
sid2.2.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.2.1-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.2.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package dialign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 21 users (284 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DIALIGN2 è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli di sequenze proteiche o di DNA. Costruisce gli allineamenti a partire da coppie di segmenti simili senza gap delle sequenze. Questo schema di punteggio per gli allineamenti è la differenza principale tra DIALIGN e altri metodi di allineamento locale o globale. Si noti che DIALIGN non usa alcun tipo di penalità per i gap.

Please cite: Burkhard Morgenstern: DIALIGN 2: improvement of the segment-to-segment approach to multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Bioinformatics 15(3):211-218 (1999)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Dialign-tx
allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Versions of package dialign-tx
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.0.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.2-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.0.2-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.2-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.2-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package dialign-tx:
fieldbiology, biology:bioinformatics
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 18 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DIALIGN-TX è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli di sequenze proteiche o di DNA. È una completa reimplementazione dell'approccio basato su segmenti che include diverse nuove migliorie e modelli euristici che migliorano significativamente la qualità degli allineamenti in output rispetto a DIALIGN 2.2 e DIALIGN-T. Per l'allineamento di coppie, DIALIGN-TX usa un algoritmo di concatenazione dei frammenti che favorisce catene di allineamenti locali a basso punteggio rispetto a frammenti isolati ad alto punteggio. Per gli allineamenti multipli, DIALIGN-TX usa una procedura migliorata che è meno sensibile a somiglianze spurie tra sequenze locali.

The package is enhanced by the following packages: dialign-tx-data
Please cite: Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann and Burkhard Morgenstern: DIALIGN-TX: greedy and progressive approaches for segment-based multiple sequence alignment. (PubMed) Algorithms for Molecular Biology 3(1):6 (2008)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Exonerate
strumento generico per il confronto di sequenze di coppie
Versions of package exonerate
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.0-6amd64,armel,armhf,i386
buster2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.2.0-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package exonerate:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-with-formatplaintext
Popcon: 27 users (277 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Exonerate permette l'allineamento di sequenze tramite molti modelli di allineamento, usando una programmazione dinamica esaustiva o una varietà di euristiche. Molte delle funzionalità della suite di programmazione dinamica Wise sono state reimplementate in C per una migliore efficienza. Exonerate è un componente intrinseco della struttura dei database genomici Ensembl, che fornisce punteggi di somiglianza tra sequenze di RNA e di DNA e così determinando varianti di splicing e sequenze di codifica generali.

Un sistema di simulazione per esperimenti PCR In-silico (vedere la pagina man di ipcress) è fornito con exonerate.

Questo pacchetto contiene una selezione di utilità per effettuare velocemente semplici manipolazioni su file fasta oltre i 2 Gb.

Please cite: Guy C. Slater and Ewan Birney: Automated generation of heuristics for biological sequence comparison. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 6(1):31 (2005)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Fastdnaml
strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA
Versions of package fastdnaml
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.2.2-9amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.2.2-10amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.2.2-10amd64,armel,armhf,i386
buster1.2.2-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.2-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.2-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package fastdnaml:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 8 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

fastDNAml è un programma derivato dalla versione 3.3 di DNAML di Joseph Felsenstein (parte del suo pacchetto PHYLIP). Sarebbe meglio leggere la documentazione di DNAML prima di usare questo programma.

fastDNAml è un tentativo di risolvere gli stessi problemi di DNAML, ma farlo più in fretta e usando meno memoria, per rendere trattabili alberi più grandi e/o più sottocampionamenti casuali. Gran parte di fastDNAml è una mera riscrittura del programma DNAML di PHYLIP 3.3 dal PASCAL al C.

Si noti che la pagina web di questo programma non è più disponibile, quindi probabilmente questo programma non avrà ulteriori aggiornamenti.

Please cite: Gary J. Olsen, Hideo Matsuda, Ray Hagstrom and Ross Overbeek: fastDNAml: a tool for construction of phylogenetic trees of DNA sequences using maximum likelihood. (PubMed,eprint) Comput Appl Biosci 10(1):41-48 (1994)
Registry entries: OMICtools 
Figtree
visualizzatore grafico di alberi filogenetici
Versions of package figtree
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.3.1-1all
buster1.4.4-3all
stretch1.4.2+dfsg-2all
jessie1.4-2all
bullseye1.4.4-3all
sid1.4.4-3all
Popcon: 10 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FigTree è progettato come visualizzatore grafico di alberi filogenetici e come programma per produrre immagini pronte per la pubblicazione. In particolare, è pensato per visualizzare gli alberi riassuntivi e annotati prodotti da BEAST.

Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Hmmer
profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
Versions of package hmmer
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.1b1-3amd64,armel,armhf,i386
squeeze2.3.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.2.1+dfsg-1amd64,i386
sid3.2.1+dfsg-1amd64,i386
buster3.2.1+dfsg-1amd64,i386
wheezy3.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.1b2+dfsg-5amd64,i386
Debtags of package hmmer:
biologyformat:aln, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-withdb
works-with-formatplaintext
Popcon: 26 users (280 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HMMER è un'implementazione di metodi per creazione di profili di modelli di Markov nascosti per effettuare ricerche accurate in database di sequenze biologiche, usando allineamenti multipli di sequenza come base per le interrogazioni.

Dato in input un allineamento multiplo di sequenza, HMMER crea un modello statistico chiamato "modello di Markov nascosto" che può essere usato come criterio per l'interrogazione di un database di sequenze allo scopo di trovare (o allineare) omologhi addizionali della famiglia di sequenze.

Please cite: S. R. Eddy: Profile hidden Markov models. (PubMed,eprint) Bioinformatics 14(9):755-763 (1998)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package hmmer
Iqtree
efficiente software filogenetico per massima verosimiglianza
Versions of package iqtree
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6.11+dfsg-1amd64,i386
stretch1.5.3+dfsg-2amd64,i386
buster1.6.9+dfsg-1amd64,i386
bullseye1.6.11+dfsg-1amd64,i386
upstream1.6.12
Popcon: 3 users (10 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

IQ-TREE è un software filogenetico molto efficiente per massima verosimiglianza con le seguenti funzionalità chiave, tra le altre:

  • un innovativo algoritmo stocastico veloce ed efficace per stimare alberi di massima verosimiglianza; IQ-TREE supera in prestazioni sia RAxML sia PhyML in termini di verosimiglianza richiedendo al contempo una simile quantità di tempo di calcolo (vedere Nguyen et al., 2015);
  • un'approssimazione bootstrap ultraveloce per determinare i supporti dei rami (vedere Minh et al., 2013).
  • un'ampia gamma di modelli di sostituzione per allineamenti per binari, DNA, proteine, codoni e morfologici;
  • selezione ultraveloce del modello per tutti i tipi di dati, da 10 a 100 volte più veloce di jModelTest e ProtTest;
  • ricerca del miglior schema di partizione come PartitionFinder;
  • modelli partizionati con tipi misti di dati per allineamenti filogenomici (multi-gene), permettendo lunghezze dei rami tra i geni separate, proporzionali o unite;
  • compatibile con PLL (Phylogenetic Likelihod Library) (vedere Flouri et al., 2014).
Please cite: Lam Tung Nguyen, Heiko A. Schmidt, Arndt von Haeseler and Bui Quang Minh: IQ-TREE: A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies. (PubMed,eprint) Mol. Biol. Evol. 32(1):268-274 (2015)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Jmodeltest
HPC selection of models of nucleotide substitution
Versions of package jmodeltest
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.1.10+dfsg-5all
buster2.1.10+dfsg-7all
bullseye2.1.10+dfsg-7all
sid2.1.10+dfsg-7all
Popcon: 1 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

jModelTest is a tool to carry out statistical selection of best-fit models of nucleotide substitution. It implements five different model selection strategies: hierarchical and dynamical likelihood ratio tests (hLRT and dLRT), Akaike and Bayesian information criteria (AIC and BIC), and a decision theory method (DT). It also provides estimates of model selection uncertainty, parameter importances and model-averaged parameter estimates, including model-averaged tree topologies. jModelTest 2 includes High Performance Computing (HPC) capabilities and additional features like new strategies for tree optimization, model- averaged phylogenetic trees (both topology and branch length), heuristic filtering and automatic logging of user activity.

Please cite: Diego Darriba, Guillermo L Taboada, Ramón Doallo and David Posada: jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing. (PubMed) Nature Methods 9(8):772 (2012)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Kalign
allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
Versions of package kalign
ReleaseVersionArchitectures
sid2.03+20110620-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.04-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.03+20110620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.03+20110620-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.03+20110620-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.03+20110620-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.03+20110620-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package kalign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 18 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Kalign è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli di sequenze biologiche. Usa l'algoritmo per corrispondenze di stringhe Muth-Manber per migliorare sia l'accuratezza che la velocità dell'allineamento. Usa un approccio globale, progressivo per l'allineamento, arricchito dall'uso di un algoritmo per corrispondenze approssimate di stringhe per calcolare le distanze tra le sequenze e incorporando corrispondenze locali nell'allineamento globale.

Please cite: Timo Lassmann, Oliver Frings and Erik L. L. Sonnhammer: Kalign2: high-performance multiple alignment of protein and nucleotide sequences allowing external features. (PubMed,eprint) Nucl. Acids Res. 37(3):858-865 (2009)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Mrbayes
inferenza bayesiana per filogenetica
Versions of package mrbayes
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.2.6+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
wheezy3.2.1+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch3.2.6+dfsg-1amd64,arm64,armhf,i386
jessie3.2.3+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
sid3.2.6+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
buster3.2.6+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
Popcon: 7 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

L'inferenza bayesiana per filogenetica è basata su una quantità chiamata la distribuzione di probabilità a posteriori degli alberi, che è la probabilità di un albero condizionata dalle osservazioni. Il condizionamento è realizzato usando il teorema di Bayes. Non è possibile calcolare analiticamente la distribuzione della probabilità a posteriori degli alberi; invece, MrBayes utilizza una tecnica di simulazione chiamata MCMC (Markov Chain Monte Carlo) per approssimare le probabilità a posteriori degli alberi.

The package is enhanced by the following packages: mrbayes-doc
Please cite: Fredrik Ronquist, Maxim Teslenko, Paul van der Mark, Daniel L. Ayres, Aaron Darling, Sebastian Höhna, Bret Larget, Liang Liu, Marc A. Suchard and John P. Huelsenbeck: MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and Model Choice across a Large Model Space. (PubMed,eprint) Systematic Biology (2012)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package mrbayes
Muscle
programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Versions of package muscle
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.8.31-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.8.31-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.8.31+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.70+fix1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package muscle:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
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License: DFSG free
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MUSCLE è un programma di allineamenti multipli di sequenze proteiche; il nome sta per MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation, confronto di sequenze multiple tramite log-expectation. Nei test fatti dagli autori, MUSCLE ha ottenuto i punteggi più alti tra tutti i programmi sottoposti a diversi benchmark per l'accuratezza degli allineamenti ed è anche uno dei programmi più veloci tra quelli disponibili.

Please cite: Robert C. Edgar: MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 32(5):1792-1797 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Topics: Sequence analysis
Screenshots of package muscle
Mustang
allineamento strutturale multiplo di proteine
Versions of package mustang
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.2.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.2.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.2.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.2.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid3.2.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.2.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package mustang:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 21 users (20 upd.)*
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License: DFSG free
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Mustang è un algoritmo per allineare strutture multiple di proteine. Dato un insieme di file PDB, il programma usa le informazioni spaziali negli atomi C-alfa dell'insieme per produrre un allineamento di sequenze. Basandosi su un metodo euristico progressivo basato su coppie, l'algoritmo compie in seguito un numero di passaggi di raffinamento. Mustang riporta l'allineamento di sequenze multiple e la corrispondente sovrapposizione di strutture.

The package is enhanced by the following packages: mustang-testdata
Please cite: Arun S. Konagurthu, James C. Whisstock, Peter J. Stuckey and Arthur M. Lesk: MUSTANG: A multiple structural alignment algorithm. (PubMed) Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 64(3):559-574 (2006)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package mustang
Njplot
programma per disegnare alberi filogenetici
Versions of package njplot
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4-2amd64,armel,armhf,i386
sid2.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.3-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye2.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package njplot:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useanalysing, editing, organizing, printing, viewing
works-withbiological-sequence
works-with-formatplaintext
x11application
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NJplot è in grado di disegnare qualsiasi dendrogramma espresso nel formato standard dell'albero filogenetico di Newick, ad esempio il formato usato dal pacchetto Phylip. È particolarmente adatto per radicare gli alberi senza radici ottenuti con i metodi basati su parsimonia, distanza o la massima verosimiglianza.

Please cite: G. Perrière and M. Gouy: WWW-query: An on-line retrieval system for biological sequence banks. (PubMed) Biochimie 78(5):364–369 (1996)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package njplot
Phylip
pacchetto di programmi per inferire alberi filogenetici
Versions of package phylip
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.697+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.69-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.69-1 (non-free)amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.696+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.696+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.697+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.697+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package phylip:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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Il PHYLogeny Inference Package è un pacchetto di programmi per inferire alberi filogenetici (alberi evolutivi) da sequenze. I metodi disponibili nel pacchetto includono la parsimonia, la matrice di distanze e metodi di verosimiglianza, inclusi bootstrap e alberi di consenso. I tipi di dati che possono essere gestiti includono sequenze molecolari, frequenze geniche, siti di restrizione, matrici di distanze e caratteri discreti 0/1.

Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Phyml
stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza
Versions of package phyml
ReleaseVersionArchitectures
wheezy20110919-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze20100123-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie20120412-2amd64,armel,armhf,i386
sid3.3.20190321-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3.20180621-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.3.20180621-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.2.0+dfsg-7amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package phyml:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-withbiological-sequence
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PhyML è un software che stima alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza a partire da allineamenti nucleotidici o di sequenze aminoacidiche. Fornisce una vasta gamma di opzioni che sono state progettate per facilitare le analisi filogenetiche standard. Il punto di forza di PhyML è nel gran numero di modelli di sostituzione associati a varie opzioni per cercare nello spazio delle topologie degli alberi filogenetici, a partire da metodi molto veloci ed efficienti, fino ad arrivare ad approcci più lenti ma generalmente più accurati. Implementa anche due metodi per valutare la forza dei rami in una solida infrastruttura statistica (il metodo bootstrap non parametrico e il test di verosimiglianza approssimata).

PhyML è stato progettato per elaborare insiemi di dati di dimensioni medie * grandi. In teoria, possono essere analizzati allineamenti con fino a 4.000 sequenze di 2.000.000 di caratteri. In pratica, tuttavia, la quantità di memoria necessaria per elaborare un insieme di dati è proporzionale al numero delle sequenze moltiplicato per la loro lunghezza. Perciò si possono elaborare un gran numero di sequenze solo se esse sono corte. Inoltre PhyML può gestire lunghe sequenze a patto che non siano numerose. Con la maggior parte dei personal computer standard, si può stare tranquilli con circa da 3 a 500 sequenze più corte di 2.000 caratteri.

Questo pacchetto include anche PhyTime.

Please cite: Stéphane Guindon: Bayesian estimation of divergence times from large sequence alignments. (PubMed,eprint) Molecular Biology and Evolution 27(8):1768-81 (2010)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package phyml
Poa
Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
Versions of package poa
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0+20060928-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0+20060928-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid2.0+20060928-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.0+20060928-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.0+20060928-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.0+20060928-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch2.0+20060928-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package poa:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
works-with-formatplaintext
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POA è Partial Order Alignment, un programma veloce per MSA (allineamenti multipli di sequenza) in campo bioinformatico. I suoi vantaggi sono velocità, scalabilità, sensibilità e una capacità superiore di gestire ramificazioni e inserzioni/delezioni nell'allineamento. POA è un approccio a MSA che può essere combinato con metodi esistenti come l'allineamento progressivo. POA allinea in maniera ottimale una coppia di MSA e ciò può essere successivamente applicato direttamente a metodi di allineamento progressivo come CLUSTAL. Per allineamenti grandi, Progressive POA è 10-30 volte più veloce di CLUSTALW.

Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package poa
Populations
software di genetica delle popolazioni
Versions of package populations
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.33+svn0120106+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.33+svn0120106-2.1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.2.33+svn0120106-2.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.33+svn0120106-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.33+svn0120106+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.33+svn0120106+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package populations:
roleprogram
uitoolkitqt
Popcon: 4 users (5 upd.)*
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Populations è un software di genetica delle popolazioni. Calcola distanze genetiche tra popolazioni o individui. Crea alberi filogenetici (NJ o UPGMA) con valori bootstrap.

Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package populations
Proalign
programma per allineamenti multipli probabilistici
Versions of package proalign
ReleaseVersionArchitectures
buster0.603-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.603-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.603-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.603-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.603-1amd64,armel,armhf,i386
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ProAlign effettua allineamenti multipli probabilistici usando modelli di Markov nascosti (HMM). Include un'interfaccia grafica (GUI) che permette di: (i) effettuare allineamenti di sequenze di nucleotidi o di aminoacidi, (ii) visualizzare la qualità delle soluzioni, (iii) filtrare le regioni con allineamenti non affidabili e (iv) esportare gli allineamenti per altro software.

ProAlign usa un metodo progressivo, in modo che l'allineamento multiplo viene creato passo a passo, effettuando allineamenti a coppie nei nodi di un albero guida. Le sequenze sono descritte con vettori di probabilità dei caratteri, e ogni allineamento a coppie ricostruisce la sequenza ancestrale (genitrice) calcolando le probabilità di diversi caratteri sulla base di un modello evolutivo.

Please cite: Ari Löytynoja and Michel C Milinkovitch: A hidden Markov model for progressive multiple alignment. (PubMed,eprint) Bioinformatics 19(12):1505-13 (2003)
Registry entries: OMICtools 
Probalign
allineamento di sequenze multiple usando le probabilità a posteriori della funzione di ripartizione
Versions of package probalign
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.4-3amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.4-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 15 users (13 upd.)*
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Probalign usa stime della probabilità a posteriori della funzione di ripartizione per calcolare allineamenti di sequenze multiple con la massima accuratezza attesa. Funziona in modo migliore rispetto ai programmi di allineamento più usati Probcons v1.1, MAFFT v5.851 e MUSCLE v3.6 nei test di prestazione BAliBASE 3.0, HOMSTRAD e OXBENCH, e tale miglioramento è statisticamente significativo. I miglioramenti di Probalign sono maggiori negli insiemi di dati che contengono estensioni terminali N/C e in quelli con sequenze di lunghezze elevate ed eterogenee. Negli insiemi di dati con lunghezze eterogenee contenenti ripetizioni, l'accuratezza degli allineamenti di Probalign è del 10% e il 15% maggiore rispetto agli altri tre metodi, quando la deviazione standard della lunghezza è almeno 300 e 400.

Please cite: Usman Roshan and Dennis R. Livesay: Probalign: multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(22):2715-21 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Probcons
allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
Versions of package probcons
ReleaseVersionArchitectures
buster1.12-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.12-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.12-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.12-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.12-9amd64,armel,armhf,i386
stretch1.12-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.12-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package probcons:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 21 users (12 upd.)*
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Strumento per generare allineamenti multipli di sequenze proteiche che usa una combinazione di modelli probabilistici e di tecniche di allineamento basate sulla coerenza. PROBCONS ha ottenuto dei livelli di accuratezza più alti di tutti i metodi di allineamento usati fino ad oggi. Nei test con il database degli allineamenti di riferimento BAliBASE, gli allineamenti prodotti con PROBCONS mostrano un significativo miglioramento rispetto ai programmi attuali poiché contengono in media il 7% in più di colonne correttamente allineate rispetto a T-Coffee, l'11% in più rispetto a CLUSTAL W ed il 14% in più rispetto a DIALIGN.

Please cite: Chuong B. Do, Mahathi S.P. Mahabhashyam, Michael Brudno and Serafim Batzoglou: ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Genome Research 15(2):330-340 (2005)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Screenshots of package probcons
Proda
allineamento multiplo di sequenze proteiche
Versions of package proda
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0-8amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.0-7amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package proda:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 20 users (13 upd.)*
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ProDA è un sistema per il rilevamento automatico e l'allineamento di regioni omologhe in insiemi di proteine con architetture di dominio arbitrarie. Dato un insieme di sequenze non allineate, ProDA identifica tutte le regioni omologhe che appaiono in una o più sequenze, e restituisce un insieme di allineamenti multipli locali per queste regioni.

Please cite: Tu Minh Phuong, Chuong B. Do, Robert C. Edgar and Serafim Batzoglou: Multiple alignment of protein sequences with repeats and rearrangements. (PubMed,eprint) Nucl. Acids Res. 34(20):5932-5942 (2006)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package proda
Prottest
selezione di modelli di best-fit per evoluzione di proteine
Versions of package prottest
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.4.2+dfsg-2all
buster3.4.2+dfsg-3all
bullseye3.4.2+dfsg-3all
sid3.4.2+dfsg-3all
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PROTTEST (parente di ModelTest) è un programma per selezionare il modello di evoluzione di una proteina che meglio si adatta a un dato insieme di sequenze (allineamento). Questo programma in Java è basato sul programma Phyml (per calcoli col metodo della massima verosimiglianza e ottimizzazione dei parametri) e usa anche la libreria PAL. I modelli inclusi sono matrici empiriche di sostituzione (come WAG, LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb e HIVw) che indicano i tassi relativi di sostituzione di aminoacidi e specifici miglioramenti (+I: siti invarianti, +G: tasso di eterogeneità tra siti, +F: frequenze osservate di aminoacidi) per tenere conto di vincoli evolutivi imposti dalla conservazione della struttura e della funzione delle proteine. ProtTest usa l'Akaike Information Criterion (AIC) e altre statistiche (AICc e BIC) per trovare quale dei modelli candidati si adatta meglio ai dati a disposizione.

Please cite: Diego Darriba, Guillermo L. Taboada, Ramón Doallo and David Posada: ProtTest 3: fast selection of best-fit models of protein evolution. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(8):1164-5 (2011)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Seaview
interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
Versions of package seaview
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.6.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.2.5-1 (non-free)amd64,i386
wheezy4.3.3-3 (non-free)amd64,armel,i386
buster4.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.5.3.1-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package seaview:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
networkclient
roleprogram
scopeutility
uitoolkitfltk
usecomparing, editing, printing, viewing
works-withbiological-sequence
works-with-formatplaintext
x11application
Popcon: 12 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SeaView legge e scrive vari formati di file (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) di sequenze di DNA e proteiche e di alberi filogenetici. Gli allineamenti possono essere modificati a mano. È il motore dei programmi Muscle o Clustal Omega per l'allineamento multiplo di sequenze e permette anche di utilizzare qualsiasi algoritmo esterno di allineamento in grado di leggere e scrivere file in formato FASTA. Calcola gli alberi filogenetici in base alla parsimonia usando l'algoritmo dnapars/protpars di PHYLIP, in base alla distanza su una varietà di distanze evolutive con l'algoritmo NJ o BioNJ oppure in base alla massima verosimiglianza usando il programma PhyML 3.0. SeaView disegna alberi filogenetici sullo schermo o in file PostScript e permette di scaricare sequenze da EMBL/GenBank/UniProt usando Internet.

The package is enhanced by the following packages: muscle
Please cite: Manolo Gouy, Stephane Guindon and Olivier Gascuel: SeaView version 4: a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building. (PubMed,eprint) Mol Biol Evol 27(2):221-224 (2010)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Sigma-align
semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
Versions of package sigma-align
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.1.3-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.1.3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.1.3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.1.3-3amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.1.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package sigma-align:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Sigma ("Simple greedy multiple alignment") è un programma per allineamenti. Il suo algoritmo e lo schema dei punteggi sono progettati specificatamente per le sequenze non codificanti di DNA.

Usa una strategia di ricerca del miglior allineamento locale possibile senza gap. Questo succede ad ogni passo creando il miglior allineamento possibile che sia coerente con gli allineamenti esistenti. Assegna un punteggio alla significatività dell'allineamento in base alla lunghezza dei frammenti allineati e ad un modello di fondo. Questi possono essere forniti * stimati da un file ausiliario di DNA intergenico.

Please cite: Siddharthan, Rahul: Sigma: multiple alignment of weakly-conserved non-coding DNA sequence. (PubMed) BMC Bioinformatics 7(1):143 (2006)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Spread-phy
analizza e visualizza ricostruzioni filogeografiche
Versions of package spread-phy
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.5+dfsg-1 (contrib)all
sid1.0.7+dfsg-2all
bullseye1.0.7+dfsg-2all
buster1.0.7+dfsg-2all
stretch1.0.7+dfsg-1all
Popcon: 2 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SPREAD è un'applicazione facile da usare per analizzare e visualizzare ricostruzioni filogeografiche risultanti da inferenza bayesiana di diffusione spazio-temporale.

C'è un tutorial per SPREAD in linea all'indirizzo http://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/tutorial/spread_tutorial.html

Originalmente questo programma è chiamato "spread". Tuttavia, c'è proprio un pacchetto con quel nome in Debian e perciò è stato aggiunto "phy" per phylogeny.

Please cite: Filip Bielejec, Andrew Rambaut, Marc A. Suchard and Philippe Lemey: SPREAD: spatial phylogenetic reconstruction of evolutionary dynamics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(20):2910-2912 (2011)
Registry entries: OMICtools 
T-coffee
allineamento di sequenze multiple
Versions of package t-coffee
ReleaseVersionArchitectures
squeeze8.84-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid12.00.7fb08c2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye12.00.7fb08c2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster12.00.7fb08c2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch11.00.8cbe486-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie11.00.8cbe486-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy9.02.r1228-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream13.39.0.d675aed
Debtags of package t-coffee:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 21 users (277 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
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T-Coffee è un pacchetto per allineamenti di sequenze multiple. Dato un insieme di sequenze (proteiche o di DNA), T-Coffee genera un allineamento di sequenze multiple. La versione 2.00 e le successive possono mescolare sequenze e strutture.

T-Coffee permette di combinare una raccolta di allineamenti multipli/di coppie, globali o locali, in un singolo modello. Permette anche di stimare il livello di coerenza di ogni posizione all'interno del nuovo allineamento rispetto agli altri allineamenti. Si veda pre-print per maggiori informazioni.

T-Coffee ha una versione speciale, che si chiama M-Coffee, che rende possibile combinare l'output di molti pacchetti di allineamento di sequenze multiple. Nella sua versione pubblicata, usa MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA e T-Coffee. Per Debian è stata creata una versione speciale, DM-Coffee, che usa solo software libero rimpiazzando Clustal W con Kalign. Usare gli 8 metodi forniti da M-Coffee può a volte essere un po' pesante; se si preferisce si può usare un sottoinsieme con i propri metodi preferiti.

The package is enhanced by the following packages: clustalw dialign-tx kalign mafft muscle ncbi-blast+ poa prank probcons tm-align
Please cite: Cédric Notredame, Desmond G. Higgins and Jaap Heringa: T-coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. (PubMed) Journal of Molecular Biology 302(1):205-217 (2000)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Tm-align
allineamento strutturale di proteine
Versions of package tm-align
ReleaseVersionArchitectures
sid20190708+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
wheezy20120507-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie20140601+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch20160521+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster20170708+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye20170708+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid20170708+dfsg-2mipsel
upstream20190818
Debtags of package tm-align:
roleprogram
Popcon: 18 users (17 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

TM-align è un algoritmo informatico per allineamento di strutture proteiche che usa la programmazione dinamica. Il punteggio viene assegnato con la matrice di rotazione TM-score. Ciò è simile a RMSD per il fatto che le porzioni non allineate della struttura influenzano il punteggio meno delle regioni più strutturalmente conservate.

Please cite: Yang Zhang and Jeffrey Skolnick: TM-align: A protein structure alignment algorithm based on TM-score. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 33(7):2302-2309 (2005)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package tm-align
Tree-ppuzzle
ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Versions of package tree-ppuzzle
ReleaseVersionArchitectures
squeeze5.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.2-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
sid5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package tree-ppuzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TREE-PUZZLE (nuovo nome di PUZZLE) è un programma interattivo per console che implementa un veloce algoritmo di ricerca di alberi chiamato "quartet puzzling" che permette l'analisi di grandi insiemi di dati e che assegna automaticamente stime di verosimiglianza per ciascun ramo interno. TREE-PUZZLE calcola anche la massima distanza verosimile per coppie di elementi, nonché la lunghezza di rami per alberi specificati dall'utente. Le lunghezze dei rami possono anche essere calcolate in base all'ipotesi dell'orologio molecolare. In aggiunta, TREE-PUZZLE offre un metodo nuovo, la mappatura di verosimiglianza, per studiare la verosimiglianza di un ramo interno ipotizzato senza calcolare un albero totale e per visualizzare il contenuto filogenetico di un allineamento di sequenze.

Questa è la versione in parallelo di tree-puzzle.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Tree-puzzle
ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Versions of package tree-puzzle
ReleaseVersionArchitectures
sid5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.2-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
squeeze5.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package tree-puzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 8 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TREE-PUZZLE (nuovo nome di PUZZLE) è un programma interattivo per console che implementa un veloce algoritmo di ricerca di alberi chiamato "quartet puzzling" che permette l'analisi di grandi insiemi di dati e che assegna automaticamente stime di verosimiglianza per ciascun ramo interno. TREE-PUZZLE calcola anche la massima distanza verosimile per coppie di elementi, nonché la lunghezza di rami per alberi specificati dall'utente. Le lunghezze dei rami possono anche essere calcolate in base all'ipotesi dell'orologio molecolare. In aggiunta, TREE-PUZZLE offre un metodo nuovo, la mappatura di verosimiglianza, per studiare la verosimiglianza di un ramo interno ipotizzato senza calcolare un albero totale e per visualizzare il contenuto filogenetico di un allineamento di sequenze.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Treeview
re-implementazione in Java di TreeView di Michael Eisen
Versions of package treeview
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.1.6.4+dfsg1-4all
stretch1.1.6.4+dfsg1-2all
sid1.1.6.4+dfsg1-4all
jessie1.1.6.4+dfsg-1 (contrib)all
buster1.1.6.4+dfsg1-4all
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TreeView crea una visualizzazione simile a una matrice di dati di espressione, conosciuta come raggruppamento di Eisen. L'implementazione originale era un programma per Windows chiamato TreeView creato da Michael Eisen. Questo pacchetto TreeView, talvolta chiamato jTreeView, è stato riscritto in Java sotto una licenza libera.

Java TreeView è un visualizzatore estensibile dati di microarray in formato CDT o PCL.

Please cite: Alok J. Saldanha: Java Treeview -- extensible visualization of microarray data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 20(17):3246-3248 (2004)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 
Treeviewx
visualizza e stampa alberi filogenetici
Versions of package treeviewx
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.5.1-7amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye0.5.1+git20100823.7e4d0e9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.5.1+git20100823.7e4d0e9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.5.1+git20100823.7e4d0e9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.5.1+20100823-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.5.1+20100823-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.5.1+20100823-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package treeviewx:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitwxwidgets
useviewing
works-with-formatpdf, plaintext, postscript, svg
x11application
Popcon: 8 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TreeView X è un programma open source e multipiattaforma per visualizzare alberi filogenetici. Può leggere e mostrare file di alberi in formato NEXUS e Newick (come quelli prodotti da PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE e altri programmi). Può permettere l'ordinamento dei rami degli alberi e l'esportazione degli alberi in formato SVG.

Please cite: Page, Roderic D. M.: TreeView: an application to display phylogenetic trees on personal computers. (PubMed) Comput. Appl. Biosci. 12(4):357-8 (1996)
Registry entries: Bio.Tools  OMICtools 
Screenshots of package treeviewx

Official Debian packages with lower relevance

Python3-treetime
inference of time stamped phylogenies and ancestral reconstruction (Python 3)
Versions of package python3-treetime
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.6.2-1all
buster0.5.3-1all
sid0.6.2-1all
upstream0.6.3
Popcon: 0 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

TreeTime provides routines for ancestral sequence reconstruction and the maximum likelihoo inference of molecular-clock phylogenies, i.e., a tree where all branches are scaled such that the locations of terminal nodes correspond to their sampling times and internal nodes are placed at the most likely time of divergence.

TreeTime aims at striking a compromise between sophisticated probabilistic models of evolution and fast heuristics. It implements GTR models of ancestral inference and branch length optimization, but takes the tree topology as given. To optimize the likelihood of time-scaled phylogenies, treetime uses an iterative approach that first infers ancestral sequences given the branch length of the tree, then optimizes the positions of unconstraine d nodes on the time axis, and then repeats this cycle. The only topology optimization are (optional) resolution of polytomies in a way that is most (approximately) consistent with the sampling time constraints on the tree. The package is designed to be used as a stand-alone tool or as a library used in larger phylogenetic analysis workflows.

Features

  • ancestral sequence reconstruction (marginal and joint maximum likelihood)
  • molecular clock tree inference (marginal and joint maximum likelihood)
  • inference of GTR models
  • rerooting to obtain best root-to-tip regression
  • auto-correlated relaxed molecular clock (with normal prior)

This package provides the Python 3 module.

Registry entries: OMICtools 

Debian packages in contrib or non-free

Gmap
spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads
Versions of package gmap
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2010-07-21-1 (non-free)i386
bullseye2019-05-12-1 (non-free)amd64
sid2019-05-12-1 (non-free)amd64
buster2019-01-24-1 (non-free)amd64
stretch2017-01-14-1 (non-free)amd64
jessie2014-10-22-1 (non-free)amd64
wheezy2012-06-12-1 (non-free)amd64
upstream2019-06-10
Debtags of package gmap:
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:structural
roleprogram
useanalysing
Popcon: 1 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: non-free
Git

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

  • known splice sites and identify novel splice sites.
  • known single-nucleotide polymorphisms (SNPs). GSNAP can align bisulfite-treated DNA.
Please cite: Thomas D. Wu and Colin K. Watanabe: GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences. (eprint) Bioinformatics 21(9):1859-1875 (2005)
Registry entries: Bio.Tools  SciCrunch  OMICtools 

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Forester
Graphical vizualiation tool Archaeopteryx
Versions of package forester
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0+20180205-1all
Versions and Archs
License: LGPL 2.1+
Debian package not available
Git
Version: 0.0+20180205-1

Archaeopteryx is a software tool for the visualization, analysis, and editing of potentially large and highly annotated phylogenetic trees. It can be used both as applet (ArchaeopteryxA and ArchaeopteryxE) and as a standalone application.

Patristic
Calculate patristic distances and comparing the components of genetic change
Versions of package patristic
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20100817-2all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 0.0.20100817-2

Patristic overcomes some logistic barriers to analysing signals in sequences. In additional to calculating patristic distances, it provides plots for any combination of matrices, calculates commonly used statistics, allows data such as isolation dates to be entered and reorders matrices with matching species or gene labels. It will be used to analyse rates of mutation and substitutional saturation and the evolution of viruses.

Please cite: Mathieu Fourment and Mark J Gibbs: PATRISTIC: a program for calculating patristic distances and graphically comparing the components of genetic change. (PubMed,eprint) BMC Evolutionary Biology 6:1 (2006)

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Phylowin - wnpp
Graphical interface for molecular phylogenetic inference
License: unknown
Debian package not available

Phylo_win is a graphical colour interface for molecular phylogenetic inference. It performs neighbor-joining, parsimony and maximum likelihood methods and bootstrap with any of them. Many distances can be used including Jukes & Cantor, Kimura, Tajima & Nei, HKY, Galtier & Gouy (1995), LogDet for nucleotidic sequences, Poisson correction for protein sequences, Ka and Ks for codon sequences. Species and sites to include in the analysis are selected by mouse. Reconstructed trees can be drawn, edited, printed, stored and evaluated according to numerous criteria.

This program uses sources files from the Phylip program, which forbids its use for profit. Therfore, Phylo_win will unfortunately have to be distributed in contrib or non-free.

Remark of Debian Med team: Issuer of previous ITP said:

Because I could never figure out the license of Phylo_win, and because the upstream authors released SeaView 4, which provides similar functionalities, I will not package Phylo_win.

Probably it makes sense to remove this project from the prospective packages list.

No known packages available

Gbioseq
DNA sequence editor for Linux
License: GPL
Debian package not available

gBioSeq is in an early stage of development, but it is already running. The goal is to provide an easy to use software to edit DNA sequences under Linux, Windows, MacOsX, using GTK C# (Mono).

Jstreeview
Editor for Phylogenetic Trees
License: MIT/X11
Debian package not available
Language: JavaScript

A concise viewer/editor for phylogenetic trees in the Newick format. The core functions are written in JavaScript, using the canvas tag proposed by HTML 5. No server side support is needed for rendering the picture and therefore you can grab this page together with knhx.js and canvastext.js to locally view your trees in a supported web browser.

The source can be downloaded at http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/download/jstreeview.zip

Phpphylotree
draw phylogenetic trees
License: GPL
Debian package not available

PhpPhylotree is a web application that is able to draw phylogenetic trees. It produces an SVG (Scalable Vector Graphic) file from phylip/newick tree files.

Treetime
Bayesian sampling of phylogenetic trees from molecular data
License: GPL
Debian package not available

TreeTime is controlled by input files in nexus format and does bayesian sampling of phylogenetic trees from these data.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 196475