Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Cloud
Debian Med-bioinformatikprogrammer der kan benyttes i skyberegninger

Denne metapakke vil installere Debianpakker relateret til molekylær biologi, strukturel biologi og bioinformatik for brug i biovidenskab, som ikke afhænger af grafiske værktøjssæt og derfor kan være på systemaftryk for brug i skyberegningsklynger, hvor plads kan være begrænset.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Cloud packages

Official Debian packages with high relevance

Abyss
De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger
Versions of package abyss
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.5-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2.5+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.5.2-1 (non-free)amd64
stretch2.0.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.4-3 (non-free)amd64
sid2.2.5+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package abyss:
roleprogram
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ABySS er en de nove, parallel, sekvensassembler, som er designet for korte læsninger. Den kan bruges til at samle genom eller transkriptome sekvensdata. Parallelisering opnås via MPI, OpenMP og pthread.

Please cite: Shaun D. Jackman, Benjamin P. Vandervalk, Hamid Mohamadi, Justin Chu, Sarah Yeo, S. Austin Hammond, Golnaz Jahesh, Hamza Khan, Lauren Coombe, Rene L. Warren and İnanç Birol: "ABySS 2.0: resource-efficient assembly of large genomes using a Bloom filter". (PubMed,eprint) Genome Research 27(5):768-777 (2017)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence assembly
Acedb-other
Indhentelse af DNA- eller proteinsekvenser
Versions of package acedb-other
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.9.39+dfsg.02-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.9.39+dfsg.01-5amd64,armel,armhf,i386
wheezy4.9.39+dfsg.01-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid4.9.39+dfsg.02-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.9.39+dfsg.02-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.9.39+dfsg.02-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package acedb-other:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
roleprogram
scopeutility
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke samler alle de små programmer, som acedb samler under sin »other« (andre) mål for sin Makefile.

efetch: sikker kort for »entry fetch« indsamler sekvensinformation fra gængse DNA- og proteindatabaser.

Please cite: L. D. Stein and J. Thierry-Mieg: AceDB: a genome database management system. Computing in Science and Engineering 1(3):44-52 (1999)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Aevol
Digital genetisk model til at udføre evolutionseksperimenter i silico
Versions of package aevol
ReleaseVersionArchitectures
sid5.0+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.0+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.4-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Aevol er en digital genetisk model: grupper af digitale organismer udsættes for en proces med udvælgelse og variation, hvilket opretter en darwinistisk dynamik.

Ved at ændre karakteristika for udvælgelse (f.eks. befolkningsstørrelse, miljøtype, miljøvariationer) eller variation (f.eks. mutationshastighed, hastigheder for ændring af kromosomer, typer af ændringer, vandret overførelse) kan man eksperimentelt studere indvirkningen af disse parametre på strukturen hos den udviklet organisme. Da Aevol integrerer en præcis og realistisk model af arvemassen giver det mulighed for at studere strukturelle variationer for arvemassen (f.eks. antallet af gener, synteny, andele af kodesekvenser).

Simuleringsplatformen har et sæt af værktøjer til analyse og måling af mange karakteristika for organismerne og befolkningsgrupperne under udvikling.

Please cite: Dusan Misevic, Antoine Frenoy, David P. Parsons and Francois Taddei: Effects of public good properties on the evolution of cooperation. (eprint) :218-225 (2012)
Registry entries: OMICtools 
Alien-hunter
Interpolated Variable Order Motifs til identificering af vandret indsamlede DNA
Versions of package alien-hunter
ReleaseVersionArchitectures
buster1.7-7all
squeeze1.7-1all
wheezy1.7-1all
jessie1.7-3all
stretch1.7-5all
bullseye1.7-8all
sid1.7-8all
Debtags of package alien-hunter:
fieldbiology, biology:structural
roleprogram
scopeutility
useanalysing
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Alien_hunter er et program til forudsigelse af begivenheder af formodede Horisontal Gentransfer (HGT) med implementeringen af Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). En IVOM-tilgang udnytter kompositionelle tilbøjelighed med brug af variable »order motif«-distributioner og indfanger mere pålideligt den lokale komposition af en sekvens, sammenlignet med »fixed-order«-metoder. Alternativt kan forudsigelserne fortolkes til 2. tilstands, 2. orden Hidden Markov Model (HMM), i et change-point detekteringsrammeværk, for at optimiere lokaliseringen af grænserne for de forudsagte regioner. Forudsigelserne (embl-format) kan indlæses i Artemis genom-viser automatisk, der er frit tilgængelig på: http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

Please cite: Georgios S. Vernikos and Julian Parkhill: Interpolated variable order motifs for identification of horizontally acquired DNA: revisiting the Salmonella pathogenicity islands. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(18):2196-2203 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Altree
Program til at udføre fylogeni-baserede forenings- og lokaliseringsanalyse
Versions of package altree
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.2.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye1.3.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.1-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package altree:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram, shared-lib
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ALTree var designet til at udføre associationsdetektering og lokalisering af modtagelighedssider ved hjælp af haplotype-fylogenetiske træer: for det første så giver det mulighed for detektering af en association mellem et kandidatgen og en sygdom, og for det andet gør det muligt at lave en hypotese om modtagelighedsloci.

Please cite: Claire Bardel, Vincent Danjean and Emmanuelle Genin: ALTree: association detection and localization of susceptibility sites using haplotype phylogenetic trees. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(11):1402-1403 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Amap-align
Proteinflerjustering af sekvensudglødning
Versions of package amap-align
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2+git20080214.600fc29+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2-4amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package amap-align:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 29 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AMAP er en kommandolinjeværktøj til at udføre flere justeringer af peptid-sekvenser. Det udnytter posterior afkodning og en tilpasning af sekvensudglødning, i stedet for den traditionelle gradvise tilpasningsmetode. Det er det eneste tilpasningsprogram, der tillader en at styre følsomhed/specificitet tradeoff. Den er baseret på ProbCons kildekode, men bruger tilpasning metrisk nøjagtighed og eliminerer konsistenstransformation.

Java-visualiseringsværktøjet AMAP 2.2 er endnu ikke pakket i Debian.

Please cite: Ariel S. Schwartz and Lior Pachter: Multiple alignment by sequence annealing. (eprint) Bioinformatics 23(2):e24-e29 (2007)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Ampliconnoise
Fjernelse af støj fra 454-sekvenserede PCR-amplicons
Versions of package ampliconnoise
ReleaseVersionArchitectures
sid1.29-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.29-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.29-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.29-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.29-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.25-1amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
Debtags of package ampliconnoise:
roleprogram
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AmpliconNoise er en pakke af programmer til at rydde op i sekvensdata med høj gennemløb. Den består af tre hoveddele:

Pyronoise - udfører flowgram-baseret klyngedannelse for at finde

            fejllæsninger
SeqNoise - fjerner PCR-punktmutationer

Perseus - fjerner PCR-chimeras uden behov for at et sæt af

          referencesekvenser

Tidligere var der en uafhængig »Pyronoise« af de samme forfattere og denne pakke inkluderer en opdateret version. Der er også en »Denoiser« i Qiime, som er relateret men distinkt.

Please cite: Christopher Quince, Anders Lanzen, Russell J Davenport and Peter J Turnbaugh: Removing Noise From Pyrosequenced Amplicons. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 12:38 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Topics: Sequencing
Anfo
Short Read Aligner/Mapper fra MPG
Versions of package anfo
ReleaseVersionArchitectures
buster0.98-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.98-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.98-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.98-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.98-4amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Anfo er en mapper i stil med Soap/Maq/Bowtie, men dets implementering har arvet mere fra BLAST/BLAT. Det er mest nyttig for sammenligning af sekvenslæsninger hvor DNA-sekvensen er ændret en smule (tænk ældre DNA eller bisulfit behandling) og/eller der er større forskel mellem prøve og reference end hvad hurtige mappere vil håndtere pænt (lad os sige at referencearvemassen mangler og en tæt forbundet art bruges i stedet for).

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Topics: Sequencing
Aragorn
tRNA- og tmRNA-detektion i nukleotide sekvenser
Versions of package aragorn
ReleaseVersionArchitectures
sid1.2.38-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2.36-4amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.38-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.38-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.38-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Programmet anvender heuristiske algoritmer til at forudsige tRNA-sekundære struktur, baseret på homologi med genkendte tRNA-konsensussekvenser og mulighed for at danne en base-parret cloverleaf. tmRNA-gener identificeres med brug af en ændret version af BRUCE-programmet.

Please cite: Dean Laslett and Bjorn Canback: ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 32(1):11-16 (2004)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Functional, regulatory and non-coding RNA
Arden
Specificitetskontrol for læse sammenligninger ved anvendelse af en kunstig reference
Versions of package arden
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0-4all
stretch1.0-3all
jessie1.0-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.0-5all
bullseye1.0-5all
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ARDEN (Artificial Reference Driven Estimation of false positives in NGS data) er en begyndende sammenligning (benchmark), der estimerer fejlprocenter baseret på virkelige eksperimentelle læsninger og en yderligere genereret kunstig referencearvemasse. Det giver mulighed for beregning af fejlprocenter specifikke for et datasæt og konstruktion af en ROC-kurve. Derved kan det bruges til at optimere parametre for læste kortlæggere, til at vælge læsningsoversættere for et specifikt problem eller også til at filtrere sammenligninger baseret på kvalitetsskøn.

Please cite: Sven H. Giese, Franziska Zickmann and Bernhard Y. Renard: Specificity control for read alignments using an artificial reference genome-guided false discovery rate. (PubMed,eprint) Bioinformatics 30(1):9-16 (2013)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Topics: Sequencing
Autodock
analyse af ligand-binding til proteinstruktur
Versions of package autodock
ReleaseVersionArchitectures
buster4.2.6-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.2.3-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.2.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye4.2.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.2.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.2.6-2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.2.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package autodock:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
works-with3dmodel
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AutoDock er en iøjnefaldende repræsentation for programmer der adresserer simuleringen af dokningen af ret små kemiske ligander til ret så store proteinreceptorer. Tidligere versioner havde hele fleksibiliteten i liganderne mens proteinet blev holdt ret så rigidt. Denne seneste version 4 tillader også fleksibilitet for valgte sidekæder for overfladeefterladenskaber, dvs., tage rotamerne i betragtning.

Programmet AutoDock udfører dokning af liganden til et gittersæt der beskriver målproteinet. AutoGrid forhåndsberegner disse gitre.

The package is enhanced by the following packages: autogrid
Screenshots of package autodock
Autodock-vina
Dokning af små molekyler til proteiner
Versions of package autodock-vina
ReleaseVersionArchitectures
sid1.1.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.1.2-3amd64,armel,armhf,i386
stretch1.1.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.1.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Popcon: 15 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AutoDock Vina er et program til at understøtte medicinopdagelse, molekylær dokning og virtuel screening af kompoundbiblioteker. Det tilbyder kapaciteter for flere kerner, høj ydelse og forbedret præcision samt nem brug.

Det samme institut udviklede også autodock, som er bredt udbredt.

O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

Please cite: Oleg Trott and Arthur J. Olson: AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. (eprint) Journal of Computational Chemistry 31(2):455-461 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Autogrid
Beregn på forhånd liganders binding til deres receptor
Versions of package autogrid
ReleaseVersionArchitectures
sid4.2.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.2.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.2.3-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.2.6-2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.2.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.2.6-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.2.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package autogrid:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
works-with3dmodel
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AutoDockSuite adresserer den molekylære analyse af sammenkoblingen mellem mindre kemiske sammensætninger og deres receptorer for en kendt tredimensional struktur.

Programmet AutoGrid udfører på forhånd beregninger af sammenkoblingen af en ligand til et sæt af gitre, der beskriver effekten som proteinet har ved punktændringer. Effekten af disse kræfter på ligandet analyseres dernæst af programmet AutoDock.

Bamtools
Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser
Versions of package bamtools
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.0+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 6 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BamTools faciliterer forskningsanalyse og datahåndtering med brug af BAM-filer. Værktøjet håndterer de enorme datamængder lavet af nuværende sekvensteknologier, som typisk lagres i komprimerede, binære formater, som ikke nemt håndteres af tekstbaserede fortolkere ofte brugt i forskning indenfor bioinformatik.

BamTools tilbyder både en C++-API for BAM-filunderstøttelse samt et værktøjssæt for kommandolinjen.

Dette er værktøjssættet til kommandolinjen for bamtools.

Tilgængelige kommandoer for bamtools:

 convert  Konverterer mellem BAM og et antal andre formater
 count    Udskriver antallet af sammenligninger i BAM-filer
 coverage Udskriver dækningsstatistik fra inddata-BAM-filen
 filter   Filtrerer BAM-filer efter kriterier angivet af brugeren
 header   Udskriver BAM-teksthovedinformation
 index    Opretter indeks for BAM-fil
 merge    Sammenføj flere BAM-filer til en enkel fil
 random   Vælg vilkårlige sammenligninger fra eksisterende BAM-filer,
          lavet mere som et testværktøj.
 resolve  Slår parret ende-læsninger op (markerer IsProperPair-flaget
          efter behov)
 revert   Fjerner duplikerede mærker og gendanner originale
          basiskvaliteter
 sort     Sorterer BAM-filen jævnfør nogle kriterier
 split    Deler en BAM-fil på brugerangivne egenskab, opretter en ny
          BAM-uddatafil for hver fundet værdi
 stats    Udskriver lidt grundlæggende statistik fra inddata-BAM-filer
The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Derek W. Barnett, Erik K. Garrison, Aaron R. Quinlan, Michael P. Stromberg and Gabor T. Marth: BamTools: a C++ API and toolkit for analyzing and managing BAM files. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(12):1691-2 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Bedtools
Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
Versions of package bedtools
ReleaseVersionArchitectures
sid2.30.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.21.0-1amd64,armhf,i386
stretch2.26.0+dfsg-3amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
wheezy2.16.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.27.1+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el
bullseye2.30.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package bedtools:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopesuite
useanalysing, comparing, converting, filtering
works-withbiological-sequence
Popcon: 34 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BEDTools-redskaber giver mulighed for at adressere gængse arvemasseopgaver såsom at finde funktionsoverlap og beregne dækning. Redskaberne er hovedsagelig baseret på fire meget udbredte filformater: BED, GFF/GTF, VCF og SAM/BAM. Med brug af BEDTools kan du udvikle sofistikerede datakanaler, som besvarer komplicerede forskningsspørgsmål ved at udsende flere BEDTools sammen.

Redskabet groupBy er distribueret i pakken filo.

Please cite: Aaron R. Quinlan and Ira M. Hall: BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. (PubMed,eprint) Bioinformatics 26(6):841-842 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Bioperl
Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi
Versions of package bioperl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6.1-2all
wheezy1.6.901-3all
sid1.7.7-2all
bullseye1.7.7-2all
buster1.7.2-3all
stretch1.7.1-2all
jessie1.6.924-1all
upstream1.7.8
Debtags of package bioperl:
devellang:perl, library
fieldbiology, biology:bioinformatics
roledevel-lib, shared-lib
Popcon: 60 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Projektet Bioperl er et koordineret forsøg på at samle modelmetoder, der rutinemæssigt benyttes i bioinformatik til et sæt veldokumenterede, frit tilgængelige Perlmoduler i CPAN-stil. Det er velanset i fællesskabet og bruges i mange højtprofilerede projekter, f.eks. Ensembl.

De anbefalede pakker er krævet for at køre nogle af de inkluderede binære filer, for en detaljeret forklaring, inklusive de specifikke Perlmoduler, se venligst README.Debian.

Den foreslået pakke forbedrer manualsiderne.

Please cite: Jason E Stajich, David Block, Kris Boulez, Steven E Brenner, Stephen A Chervitz, Chris Dagdigian, Georg Fuellen, James G R Gilbert, Ian Korf, Hilmar Lapp, Heikki Lehvaslaiho, Chad Matsalla, Chris J Mungall, Brian I Osborne, Matthew R Pocock, Peter Schattner, Martin Senger, Lincoln D Stein, Elia Stupka, Mark D Wilkinson and Ewan Birney: The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences. (PubMed,eprint) Genome Res. 12(10):1611-1618 (2002)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Bioperl-run
BioPerl-omslag: skripter
Versions of package bioperl-run
ReleaseVersionArchitectures
sid1.7.3-6all
squeeze1.6.1-1all
wheezy1.6.9-1all
bullseye1.7.3-6all
buster1.7.2-4all
stretch1.7.1-3all
jessie1.6.9-2all
Debtags of package bioperl-run:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 25 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Indeholder skripter fra pakken BioPerl-Run. Denne pakke vil også installere alle programmer pakket i Debian som kan have omslag. Dem som ikke er frie »foreslås« af denne pakke.

The package is enhanced by the following packages: clustalw exonerate kalign mcl phyml
Biosquid
Redskaber for biologisk sekvensanalyse
Versions of package biosquid
ReleaseVersionArchitectures
buster1.9g+cvs20050121-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.9g+cvs20050121-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.9g+cvs20050121-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.9g+cvs20050121-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1.9g+cvs20050121-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.9g+cvs20050121-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.9g+cvs20050121-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package biosquid:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing, converting, editing
Popcon: 24 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SQUID er et bibliotek af C-kodefunktioner for sekvensanalyse. Programmet inkluderer også en antal små redskabsprogrammer til at konvertere, vise statistik, manipulere og udføre andre funktioner på sekvensfiler.

Det oprindelige navn på pakken er »squid«, men da der allerede er en squid i arkivet (en proxy-cache), blev den omdøbt til »biosquid«.

Denne pakke indeholder nogle værktøjer til at demonstrere funktionerne i SQUID-biblioteket.

Registry entries: OMICtools 
Blast2
Tom overgangspakke for ncbi-blast+-legacy
Versions of package blast2
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.26.20120620-8amd64,armel,armhf,i386
sid2.9.0-2all
wheezy2.2.26.20120620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.6.0-1all
squeeze2.2.21.20090809-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster2.8.1-1+deb10u1all
Debtags of package blast2:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopeutility
usesearching
works-withbiological-sequence
Popcon: 5 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dette er en tom overgangspakke for ncbi-blast+-legacy. Den kan fjernes igen.

The package is enhanced by the following packages: mcl
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Bowtie
Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
Versions of package bowtie
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3.0+dfsg1-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
wheezy0.12.7-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.1.2-6amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
bullseye1.3.0+dfsg1-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
jessie1.1.1-2amd64
buster1.2.2+dfsg-4amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package bowtie:
biologynuceleic-acids
fieldbiology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopeutility
useanalysing, comparing
works-withbiological-sequence
Popcon: 15 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke adresserer problemet med at fortolke resultaterne fra de seneste (2010) DNA-sekvensteknologier. Disse vil resultere i ret så korte stræk og disse kan ikke fortolkes direkte. Det er udfordringen for værktøjer såsom Bowtie at give en kromosonplacering til korte stræk af DNA sekventeret per kørsel.

Bowtie sammenligner korte DNA-sekvenser (læsninger) for den menneskelige arvemasse med en hastighed på mere end 25 millioner 35-bp læsninger per time. Bowtie indekserer arvemassen med et Burrows-Wheeler-indeks for at holde hukommelsesaftrykket lavt: Typisk omkring 2,2 GB for den menneskelige arvemasse (2,9 GB for paired-end).

The package is enhanced by the following packages: bowtie-examples multiqc
Please cite: Ben Langmead, Cole Trapnell, Mihai Pop and Steven L Salzberg: Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome. (eprint) Genome Biology 10:R25 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Genomics
Bowtie2
Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
Versions of package bowtie2
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3.0-2amd64
sid2.4.2-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el
jessie2.2.4-1amd64
wheezy2.0.0-beta6-3amd64,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
experimental2.4.2-3~0exp0simdeamd64,arm64,mips64el,ppc64el
buster2.3.4.3-1amd64
bullseye2.4.2-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el
Popcon: 18 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bowtie 2 er et ultrahurtigt og hukommelseseffektivt værktøj til sammenligning af sekventeringslæsninger til lange referencesekvenser. Det er især velegnet til at justere læsninger fra omkring 50'erne op til 100'erne eller tusindvis af tegn, og særligt velegnet til at tilpasse til relativt lange (f.eks pattedyrs) arvemasser.

Bowtie 2 indekserer arvemassen med et FM-indeks til at holde sin hukommelsesaftryk lavt: for den menneskelige arvemasse er dets hukommelsesaftryk typisk omkring 3,2 GB. Bowtie 2 understøtter tilpasningstilstande for gapped, lokale og parret ende (paired-end).

The package is enhanced by the following packages: bowtie2-examples multiqc
Please cite: Ben Langmead and Steven L Salzberg: Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. (PubMed) Nature Methods 9:357–359 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Genomics
Boxshade
Pæn udskrift af flere sekvensersammenstillinger
Versions of package boxshade
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.3.1-8amd64,armel,armhf,i386
sid3.3.1-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3.1-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.3.1-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.3.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.3.1-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.3.1-7+wheezy1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package boxshade:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usetypesetting
works-with-formathtml, plaintext, postscript, tex
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Boxshade er et program til at lave flotte udskrifter fra flere protein- eller DNA-sekvensersammenstillinger. Programmet udfører ikke selv sammenstillingerne og kræver som inddata en fil, som er oprettet af et program til sekvenssammenstilling eller manuelt redigeret med respektive værktøjer.

Boxshade læser flere sekvenssammenstillinger fra PILEUP-MSF, CLUSTAL- ALN, MALIGNED-data og ESEE-save filer (begrænset til et maksimum af 150 sekvenser med op til 10000 elementer i hver). Adskillige slags skygger kan påføres på identitiske/lignende restkoncentrationer. Uddata skrives til skærm eller til en fil i følgende formater: ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Bwa
Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
Versions of package bwa
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.6.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye0.7.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.7.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.7.10-1amd64
buster0.7.17-3amd64
stretch0.7.15-2+deb9u1amd64
squeeze0.5.8c-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package bwa:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
useanalysing, comparing
Popcon: 20 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Burrows-Wheeler Aligner (BWA) er en programpakke, for oversættelse af lavafvigende sekvenser mod en stor referencearvemasse, såsom den menneskelige arvemasse. Den består af tre algoritmer: BWA-backtrack, BWA-SW og BWA-MEM. Den første algoritme er designet for Illunina-sekvenslæsninger op til 100 bp, mens de sidste to er for længere sekvenser fra 70 bp til 1 Mbp. BWA-MEM og BWA-SW deler funktioner såsom understøttelse af long-read og opdelingssammenligning, men BWA-MEM, som er den seneste, anbefales generelt for højkvalitets forespørgsler, da den er hurtigere og mere præcis. BWA-MEM har også bedre ydelse end BWA-backtrack for 70-100 bp Illumina-læsninger.

Please cite: Heng Li and Richard Durbin: Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(14):1754-1760 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Cassiopee
Indeks- og søgeværktøj i arvemassesekvenser
Versions of package cassiopee
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0.9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
buster1.0.9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Cassiopee indeks- og søgebiblioteks C-implementering. Dette er en fuldstændig omskrivning af Rubys Cassiopee. Den skanner en arvemassesekvens (dns/rna/protein) og søger efter en undersekvens med en præcis match eller tillader udskiftninger (Hamming-distance) og/eller indsættelse/sletning.

Denne pakke indeholder værktøjerne cassiopee og cassiopeeknife.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Cd-hit
Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser
Versions of package cd-hit
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.6.1-2012-08-27-2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.6.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.6-2012-04-25-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid4.8.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.8.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.6.8-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Cd-hit indeholder et antal programmer designet til hurtigt at gruppere sekvenser. Cd-hit grupperer proteiner i klynger, som når en brugerdefineret lighedstærskel. Cd-hit-est svarer til cd-hit, men er designet til at gruppere nukleotidsekvenser (uden introner). Cd-hit-est-2d ligner cd-hit-2d men er designet til at sammenligne to nukleotide datasæt. Et antal andre relaterede programmer er også inkluderet i pakken. Se venligst manualen for cd-hit, også en del af denne pakke, for yderligere information.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Genomics
Cdbfasta
Constant DataBase-indekserings- og indhentelsesværktøj for multi-FASTA-filer
Versions of package cdbfasta
ReleaseVersionArchitectures
sid1.00+git20181005.014498c+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.99-20100722-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.99-20100722-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.99-20100722-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.00+git20181005.014498c+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CDB (Constant DataBase) kan bruges for oprettelse af indekser for hurtig indhentelse af alle bestemte sekvenser fra store multi-FASTA-filer. Det har mulighed for at komprimere dataposter for at spare på pladsen.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Circos
Plotprogram for visualisering af data
Versions of package circos
ReleaseVersionArchitectures
buster0.69.6+dfsg-2all
stretch0.69.4+dfsg-1all
wheezy0.61-3all
bullseye0.69.9+dfsg-2all
sid0.69.9+dfsg-2all
jessie0.66-1all
Debtags of package circos:
fieldbiology:bioinformatics
roleprogram
useviewing
Popcon: 9 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Circos visualiserer data i et cirkulært layout - ideelt for udforskning af relationer mellem objekter eller positioner og oprette stærkt informativ grafik i udgivelseskvalitet.

Denne pakke tilbyder plotmotoren Circos, som afvikles via kommandolinjen (ligesom gnuplot) og er fuldt skriptbar.

Please cite: Martin I Krzywinski, Jacqueline E Schein, Inanc Birol, Joseph Connors, Randy Gascoyne, Doug Horsman, Steven J Jones and Marco A Marra: Circos: An information aesthetic for comparative genomics. (PubMed,eprint) Genome Research 19(9):1639-45 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Clearcut
Ekstrem effektiv fylogenetisk trærekonstruktion
Versions of package clearcut
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.9-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.0.9-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.9-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Clearcut er referenceimplementeringen for Relaxed Neighbor Joining-algoritmen (RNJ) af J. Evans, L. Sheneman og J. Foster fra Initiative for Bioinformatics and Evolutionary Studies (IBEST) på University of Idaho.

Please cite: Jason Evans, Luke Sheneman and James A. Foster: Relaxed Neighbor-Joining: A Fast Distance-Based Phylogenetic Tree Construction Method. (PubMed) J. Mol. Evol. 62(6):785-792 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Clonalframe
Udledning af bakterisk mikroevolution med multilocus sekvensdata
Versions of package clonalframe
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye1.2-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package clonalframe:
roleprogram
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ClonalFrame identificerer de klonale relationer mellem medlemmer i en prøve, mens programmet også estimerer den kromosome position for begivenheder fra homolog rekombination, som har forstyrret den klonale arv.

ClonalFrame kan anvendes på alle slags sekvensdata, fra et enkelt fragment af DNA til hele arvemasser. Programmet er velegnet for analyse af MLST-data, hvor 7 genfragmenter er bleve sekventeret, men bliver progressivt mere funktionsrig efterhånden som de sekventerede regioner øges i længde og antal op til hele arvemasser. Dog kræver det at sekvenserne er justeret. Hvis du har arvemassedata som ikke er justeret, så anbefales det at bruge Mauve, som laver justering af hele bakterielle arvemasser med præcis det format som kræves for analyse med ClonalFrame.

Please cite: Xavier Didelot and Daniel Falush: Inference of Bacterial Microevolution Using Multilocus Sequence Data. (PubMed,eprint) Genetics Advance 175:1251-1266 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Clustalo
Alment sekvenssammenligningsprogram for proteiner
Versions of package clustalo
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.2.4-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.4-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.1.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.2.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 17 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Clustal-Omega er et alment sekvenssammenligningsprogram (MSA), primært for amino-syre sekvenser. Det fremstiller MSA'er i høj kvalitet og kan håndtere datasæt med hundreder eller tusinder af sekvenser indenfor en fornuftig tid samt bruge flere processorer, når det er tilgængeligt.

Please cite: Fabian Sievers, Andreas Wilm, David Dineen, Toby J Gibson, Kevin Karplus, Weizhong Li, Rodrigo Lopez, Hamish McWilliam, Michael Remmert, Johannes Söding, Julie D Thompson and Desmond G Higgins: Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. (PubMed,eprint) Molecular Systems Biology 7:539 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
Clustalw
Global nukleotid eller peptid sekvensjustering
Versions of package clustalw
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1+lgpl-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1+lgpl-4amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.1+lgpl-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.0.12-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.1+lgpl-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1+lgpl-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1+lgpl-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package clustalw:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 35 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dette program udfører en sammenligning af flere nukleotid- eller aminosyresekvenser. Det genkender formatet for inddatasekvenser, og om sekvenser er nukleinsyre (DNA / RNA) eller aminosyre (proteiner). Uddataformatet kan vælges i forskellige formater for flere sammenligninger såsom Phylip eller FASTA. Clustal W er velaccepteret.

Produktionen af ​​Clustal W kan redigeres manuelt, men helst med et justeringssredigeringsprogram som SeaView eller indenfor dens følgesvend Clustal X. Når man bygger en model fra din sammenligning, kan denne anvendes til forbedrede databasesøgninger. Debianpakken HMMER skaber en sådan i form af en HMM.

The package is enhanced by the following packages: clustalw-mpi
Please cite: M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins: Clustal W and Clustal X version 2.0. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(21):2947-2948 (2007)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
Concavity
Forudsigelse af proteinligandbindingssteder fra struktur og bevaring
Versions of package concavity
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.1+dfsg.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.1+dfsg.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1+dfsg.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1-2amd64,armel,armhf,i386
sid0.1+dfsg.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ConCavity forudser proteinligandbindingssteder ved at kombinere evolutionær sekvensbevaring og 3D-struktur.

ConCavity bruger en PDB-formateret proteinstruktur og ekstra filer, som karakteriserer bevarelsen af kæderne for den evolutionære sekvens i strukturfilen.

De følgende resultatfiler laves som standard:

  • Restligandbindende forudsigelser for hver kæde (*.scores).
  • Restligandbindende forudsigelser i en PDB-formatfil (restbedømmelser placeres i temp.-faktorfeltet, *_residue.pdb).
  • Pocket-forudsigelsesplaceringer i en DX-formatfil (*.dx).
  • PyMOL-skript til at visualisere forudsigelserne (*.pml).
The package is enhanced by the following packages: conservation-code
Please cite: John A. Capra, Roman A. Laskowski, Janet M. Thornton, Mona Singh and Thomas A. Funkhouser: Predicting Protein Ligand Binding Sites by Combining Evolutionary Sequence Conservation and 3D Structure. (PubMed) PLoS Computational Biology 5(12):e1000585 (2009)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Conservation-code
Værktøj til bedømmelse af bevaring af proteinsekvens
Versions of package conservation-code
ReleaseVersionArchitectures
stretch20110309.0-5all
sid20110309.0-8all
bullseye20110309.0-8all
buster20110309.0-7all
jessie20110309.0-3all
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke indeholder score_conservation(1), et værktøj til at bedømme bevaring af proteinsekvenser.

Følgende metoder til at bedømme bevaring er implementeret:

  • sum af par
  • vægtet sum af par
  • Shannon-entropi
  • Shannon-entropi med egenskabsgruppering (Mirny and Shakhnovich 1995, Valdar and Thornton 2001)
  • relativ entropi med egenskabsgruppering (Williamson 1995)
  • von Neumann-entropi (Caffrey et al 2004)
  • relativ entropi (Samudrala and Wang 2006)
  • Jensen-Shannon divergens (Capra and Singh 2007)

En vinduesbaseret udvidelse, som inkorporerer den estimerede bevarelse af tilstødende aminosyrerester i scoren for hver søjle, er også inkluderet. Den vinduesbaseret tilgang kan anvendes på alle metoder til bedømmelse af bevaring.

Programmet accepterer sammenligninger i CLUSTAL- og FASTA-formaterne.

Det sekvensspecifikke resultat kan bruges som input til pakken concavity.

Bevaring er yderst prædiktiv i identifikation af katalytiske sites og aminosyrerester i nærheden af bundne ​​ligander.

Please cite: John A. Capra and Mona Singh: Predicting functionally important residues from sequence conservation. (PubMed) Bioinformatics 23(15):1875-82 (2007)
Registry entries: OMICtools 
Datamash
Statistisk værktøj for kommandolinjegrænseflader
Versions of package datamash
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.0.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.6-2amd64,armel,armhf,i386
sid1.7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 37 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNU Datamash er et program for kommandolinjen, som udfører grundlæggende numeriske, tekstbaserede og statistiske operationer på tekstdatafiler. Det er designet, så det er troværdigt og kan flyttes omkring samt hjælpe forskere med nemt at automatisere analyse af datakanaler, uden at skrive kode eller endda korte skripter.

Registry entries: SciCrunch 
Dialign
Segmentbaseret flersekvensjustering
Versions of package dialign
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.2.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.2.1-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2.1-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.2.1-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.2.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.1-7amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package dialign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 27 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DIALIGN2 er et kommandolinjeværktøj som kan gennemføre justering af flere protein- eller DNA-sekvenser. Det konstruerer justeringer med gabsfrie par af modsvarende segmenter fra sekvenserne. Dette rangeringsskema for justeringer er den grundlæggende forskel mellem DIALIGN og andre globale eller lokale justeringsmetoder. Bemærk at DIALIGN ikke gør brug af nogen sanktioner over for gab.

Please cite: Burkhard Morgenstern: DIALIGN 2: improvement of the segment-to-segment approach to multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Bioinformatics 15(3):211-218 (1999)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Dialign-tx
Segmentbaseret flersekvensjustering
Versions of package dialign-tx
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0.2-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.2-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.2-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.0.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1.0.2-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package dialign-tx:
fieldbiology, biology:bioinformatics
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 10 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DIALIGN-TX er et kommandolinjeværktøj til udførsel af flerjustering af protein- eller DNA-sekvenser. Det er en fuldstændig reimplementering af den segmentbaserede fremgangsmåde inklusiv flere nye forbedringer og heuristik som forbedrer kvaliteten af uddatajusteringer væsentligt sammenlignet med DIALIGN 2.2 og DIALIGN-T. For parvis justering bruger DIALIGN-TX en algoritme til fragmentkædning som favoriserer kæder med lave resultater for lokale justeringer over isolerede fragmenter med høje resultater. For flerjustering bruger DIALIGN-TX en forbedret grådig procedure som er mindre følsom for falske lokale sekvensensheder.

The package is enhanced by the following packages: dialign-tx-data
Please cite: Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann and Burkhard Morgenstern: DIALIGN-TX: greedy and progressive approaches for segment-based multiple sequence alignment. (PubMed) Algorithms for Molecular Biology 3(1):6 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Discosnp
Find enkel nukleotidpolymorfisme fra rå læsning af sæt
Versions of package discosnp
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.4.4-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
jessie1.2.5-1amd64,armel,armhf,i386
sid4.4.4-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster2.3.0-2amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Software discoSnp er designet til at opdage Single Nukleotid Polymorfi (SNP) fra rå læsning af sæt indhentet med Next Generation Sequencers (NGS).

Bemærk at antallet af læsesæt ikke er begrænset, det kan være en, to, eller mere. Bemærk også, at ingen andre oplysninger som reference arvemasse eller anmærkninger er nødvendige.

Programmet består af to moduler. Første modul, kissnp2, detekterer SNP'er fra læst sæt. Et andet modul, kissreads, forbedrer kissnp2- resultater ved at beregne per læst sæt og for hvert fundet SNP:

 1) dets middel læsedækning
 2) (Phred) kvaliteten af læsninger oprettet af polymorfismen.

Dette program efterfølges af DiscoSnp++.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Disulfinder
Cysteines disulfidbindingtilstand og forbindelsesprædiktor
Versions of package disulfinder
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.11-4amd64,armel,armhf,i386
sid1.2.11-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.11-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.11-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.11-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.11-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package disulfinder:
roleprogram
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

»Disulfinder« er lavet til at forudsige disulfidbindingstilstand for cysteiner og deres disulfid-forbindelse startende fra sekvens alene. Disulfidebroer spiller en stor rolle i stabiliseringen af ​​foldeprocessen for adskillige proteiner. Forudsigelse af disulfidbroer fra sekvens alene er derfor nyttig til undersøgelse af de strukturelle og funktionelle egenskaber hos specifikke proteiner. Desuden kan viden om disulfidbindingstilstand for cysteiner hjælpe den eksperimentelle strukturbestemmelsesproces og kan være nyttige i andre annotationsopgaver vedrørende arvemasse.

»Disulfinder« forudsiger disulfide mønstre i to beregningsmæssige faser: (1) disulfidbindingstilstanden for hver cysteine forudsiges af en BRNN-SVM-binær klassificering; (2) cysteiner, der vides at deltage i dannelsen af ​​broer parres med en Recursive Neural Network for at opnå et forbindelsesmønster.

Please cite: Alessio Ceroni, Andrea Passerini, Alessandro Vullo and Paolo Frasconi: DISULFIND: a disulfide bonding state and cysteine connectivity prediction server. (PubMed) Nucleic Acids Res 34(Web Server issue):W177-181 (2006)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Dnaclust
Værktøj til klyngedannelse af korte DNA-sekvenser
Versions of package dnaclust
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3-2amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dnaclust er et værktøj til klyngedannelse af et stort antal korte DNA-sekvenser. Klyngerne oprettes på en måde så »radiussen« for hver klynge ikke er større end den angivne tærskel.

Inddatasekvenserne der skal indgå i klyngedannelsen skal være i formatet Fasta. Id'en for hver sekvens er baseret på det første ord i sekvensen i formatet Fasta. Det første ord er præfikset for teksthovedet til den første forekomst af mellemrum i teksthovedet.

Please cite: Mohammadreza Ghodsi, Bo Liu and Mihai Pop: DNACLUST: accurate and efficient clustering of phylogenetic marker genes. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 12:271 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Dssp
Sekundære proteinstruktur-opgave baseret på 3D-struktur
Versions of package dssp
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.2.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.0.4-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye4.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.1-2amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 12 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DSSP er et program, du bruger til at tildele den sekundære struktur af et protein baseret på dens løste tredimensionelle (3D) struktur.

Denne version (4.0) af DSSP er en omskrivning, der skriver mmCIF-filer, men kan stadig fremstille det ældre format dssp. Nyt er også understøttelsen af PP helices.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Embassy-domainatrix
Ekstra EMBOSS-kommandoer til håndtering af domæneklassifikationsfil
Versions of package embassy-domainatrix
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.660-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.660-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.1.0+20110714-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.1.660-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.650-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package embassy-domainatrix:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, converting, editing, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DOMAINATRIX-programmerne blev udviklet af Jon Ison og kollegaer ved MRC HGMP til deres proteindomæne-forskning. De er inkluderet som en EMBASSY- pakke, der fortsat arbejdes på.

Programmerne i den aktuelle domainatrix-udgivelse er cathparse (danner DCF-fil fra rå CATH-filer), domainnr (fjerner redundante domæner fra en DCF-fil), domainreso (fjerner lavopløsningsdomæner fra en DCF-fil), domainseqs (føjer sekvensposter til en DCF-fil), domainsse (føjer sekundære struktur-poster til en DCF-fil), scopparse (danner DCF-fil fra rå SCOP-filer) og ssematch (søger en DCF-fil for sekundære, matchende strukturer).

Embassy-domalign
Ekstra EMBOSS-kommandoer til proteindomæne-justering
Versions of package embassy-domalign
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.660-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.650-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye0.1.660-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.1.0+20110714-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch0.1.660-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package embassy-domalign:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing, editing
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DOMALIGN-programmerne blev udviklet af Jon Ison og kollegaer ved MRC HGMP til deres proteindomæne-forskning. De er inkluderet som en EMBASSY-pakke, der fortsat arbejdes på.

Programmer i den aktuelle domalign-udgivelse er allversusall(sekvenslighedsdata fra alle-mod-alle sammenligning), domainalign (danner justering (DAF-fil) af noder i en DCF-fil), domainrep (ændrer rækkefølge for DCF-fil for at identificere repræsentative strukturer) og seqalign (udvider justeringer (DAF-fil) med sekvenser (DHF- fil)).

Embassy-domsearch
Ekstra EMBOSS-kommandoer til søgning i proteindomæner
Versions of package embassy-domsearch
ReleaseVersionArchitectures
buster0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.650-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.1.660-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.1.0+20110714-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package embassy-domsearch:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Programmet DOMSEARCH er udviklet af Jon Ison og kollegaer ved MRC HGMP til deres proteindomæne-forskning. De er inkluderet som en EMBASSY-pakke, der fortsat arbejdes på.

Programmer i denne DOMSEARCH-udgivelse er seqfraggle (fjerner fragmentsekvenser fra DHF-filer), seqnr (fjerner redundans fra DHF-filer), seqsearch (danner PSI-BLAST hit (DHF-fil) fra en DAF-fil), seqsort (fjerner tvetydige, klassificerede sekvenser fra DHF-filer) og seqwords (danner DHF- filer gennem nøgleordssøgninger fra UniProt).

Emboss
Programpakke til europæisk molekylærbiologi
Versions of package emboss
ReleaseVersionArchitectures
wheezy6.4.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch6.6.0+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.6.0+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze6.1.0-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie6.6.0+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye6.6.0+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.6.0+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package emboss:
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:molecular
interfacecommandline
roleprogram
scopesuite
useanalysing, comparing, converting, editing, organizing, searching, text-formatting, typesetting, viewing
works-withdb
works-with-formatplaintext
Popcon: 56 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

EMBOSS er en fri åben kildekode-programpakke specielt udviklet for kravene i brugerfællesskabet for molekylærbiologi (f.eks. EMBnet). Programmet håndterer automatisk data i en række formater og giver også mulighed for gennemsigtig indhentelse af sekvensdata fra nettet. Der tilbydes også omfattende biblioteker med pakken, der gør det til en platform hvor andre videnskabsmænd kan udvikle og udgive programmer i ånden for åben kildekode. EMBOSS integrerer også en vifte af tilgængelige pakker og værktøjer for sekvensanalyse til en samlet helhed. EMBOSS bryder den historiske trend mod kommercielle programpakker.

The package is enhanced by the following packages: clustalw primer3
Please cite: Peter Rice, Ian Longden and Alan Bleasby: EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite. (PubMed) Trends in Genetics 16(6):276 - 277 (2000)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package emboss
Exonerate
generisk værktøj til parvis sekvenssammenligning
Versions of package exonerate
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.2.0-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.2.0-6amd64,armel,armhf,i386
sid2.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package exonerate:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-with-formatplaintext
Popcon: 40 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Exonerate tillader justering af sekvenser via en model med flere justeringer, der bruger enten udførlig dynamisk programmering eller en variation af heuristiker. De meste af funktionaliteten i den dynamsike Wiseprogrammeringspakke blev erstattet med C for bedre effektivitet. Exonerate er en tilhørende komponent i opbygningen af databaserne Ensembl genome, der tilbyder sammenligningsoversigter mellem RNA- og DNA-sekvenser og dermed afgør opdelingsvariationer og kodesekvenser generelt.

Et simulationssystem In-silico PCR Experiment (se manualsiden for ipcress) pakkes med exonerate.

Denne pakke kommer også med et udvalg af redskaber til udførelse af enkle og hurtige manipulationer på fasta-filer over 2 Gb.

Please cite: Guy C. Slater and Ewan Birney: Automated generation of heuristics for biological sequence comparison. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 6(1):31 (2005)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Fastdnaml
Værktøj for konstruktion af fylogentiske træer for DNA-sekvenser
Versions of package fastdnaml
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.2.2-10amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.2.2-10amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.2-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.2-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.2-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.2.2-9amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fastdnaml:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 5 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

fastDNAml er et program afledt fra Joseph Felsensteins version 3.3 DNAML (del af hans PHYLIP-pakke). Bruger bør konsultere dokumentationen for DNAML før de bruger dette program.

fastDNAml er et forsøg på at løse det samme problem som DNAML, men at gøre dette hurtigere og med mindre brug af hukommelse, så at større træer og/eller flere bootstrap-replikater kan håndteres. Meget af fastDNAml er bare en genindspilning af PHYLIP 3.3 DNAML-programmet fra PASCAL til C.

Bemærk at dette programs hjemmeside ikke længere er tilgængeligt og at dette program derfor nok ikke vil se yderligere opdateringer.

Please cite: Gary J. Olsen, Hideo Matsuda, Ray Hagstrom and Ross Overbeek: fastDNAml: a tool for construction of phylogenetic trees of DNA sequences using maximum likelihood. (PubMed,eprint) Comput Appl Biosci 10(1):41-48 (1994)
Registry entries: OMICtools 
Fastlink
Hurtigere version af pedigree-programmer for Linkage
Versions of package fastlink
ReleaseVersionArchitectures
sid4.1P-fix100+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.1P-fix100+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.1P-fix100+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.1P-fix100+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.1P-fix95-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy4.1P-fix95-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.1P-fix95-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fastlink:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Genetisk forbindelsesanalyse er en statistisk teknik brugt til at oversætte gener og finde den omtrentlige placering af sygdomsgener. Der var en programpakke for genetisk forbindelse som blev brugt som standard og blev kaldt LINKAGE. FASTLINK er en signifikant ændret og forbedret version af hovedprogrammerne i LINKAGE som kører meget hurtigere sekventielt, kan køre parallelt, tillader brugeren at gendanne yndefuldt fra et computernedbrud, og tilbyder omfattende ny dokumentation. FASTLINK er blevet brugt i mere end 1.000 udgivne studier for genetiske forbindelser.

Denne pakke indeholder de følgende programmer:

 ilink:    GEMINI-optimiseringsprocedure til at finde en lokal
           optimeret værdi for theta-vektoren for
           omkombinationsfraktioner
 linkmap:  beregner placeringspoint for et locus mod et fast kort
           af andre loci
 lodscore: sammenligner sandsynligheder på lokal optimeret theta
 mlink:    beregner lod-point og risiko med to af mere loci
 unknown:  identificer mulige genotyper for ukendte
Please cite: R. W. Cottingham Jr., R. M. Idury and A. A. Schaffer: Faster Sequential Genetic Linkage Computations. (PubMed,eprint) American Journal of Human Genetics 53(1):252-263 (1993)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Fastqc
Kvalitetskontrol for høj gennemløb af sekvensdata
Versions of package fastqc
ReleaseVersionArchitectures
buster0.11.8+dfsg-2all
stretch0.11.5+dfsg-6all
jessie0.11.2+dfsg-3all
bullseye0.11.9+dfsg-4all
sid0.11.9+dfsg-4all
Popcon: 24 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FastQC forsøger at tilbyde en simpel måde at udføre lidt kvalitetskontrol på rå sekvensdata, der kommer fra sekvensdatakanaler med høj gennemløb. Programmet tilbyder et modulsæt af analyser, som du kan bruge til et hurtigt indtryk af om dine data har nogle problemer, som du skal være opmærksom på før du udfører yderligere analyse.

Hovedfunktionerne i FastQc er

  • Import af data fra BAM-, SAM- eller FastQ-filer (alle varianter)
  • Tilbyder et hurtigt overblik som fortæller dig i hvilke områder, der kan være problemer
  • Referatgrafer og tabeller til hurtigt at tilgå dine data
  • Eksport af resultater til en HTML-baseret permanent rapport
  • Operation uden internet til automatiseret oprettelse af rapporter uden at køre det interaktive program
The package is enhanced by the following packages: multiqc
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequencing
Fasttree
Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser
Versions of package fasttree
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.1.7-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.1.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.10-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FastTree udleder cirka-maksimum-likelihood fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser. Den håndterer opstillinger med op til en million sekvenser på rimelig tid og brug af hukommelse. For store justeringer er FastTree 100-1000 gange hurtigere end PhyML 3.0 eller RAxML 7.

FastTree er mere præcis end PhyML 3 med standardindstillinger, og meget mere præcis end afstands-matrix metoder, der traditionelt anvendes til store justeringer. FastTree bruger Jukes-Cantor eller generaliseret tid-reversible (GTR) modeller af nukleotid-evolution og JTT (Jones- Taylor-Thornton 1992) modelaminosyreevolution. For at tage højde for de varierende satser evolution på tværs af steder, bruger FastTree en enkelt sats for hvert sted (»CAT«-tilnærmelsen). Hvis du hurtigt vil estimere pålideligheden af hver splittelse i træet, FastTree beregner lokal støtteværdier med Shimodaira-Hasegawa-test (disse er de samme som PhyML 3s »SH-lignende lokale understøtninger«).

Denne pakke indeholder en enkelt gevindudførelse (fasttree) og en parallel udgave, som bruger OpenMP (fasttreMP).

Please cite: Morgan N. Price, Paramvir S. Dehal and Adam P. Arkin: FastTree 2 -- Approximately Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments.. (PubMed,eprint) PLoS ONE 5(3):e9490 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Fitgcp
Tilpasning af arvemasse-dækningsdistributioner med blandingsmodeller
Versions of package fitgcp
ReleaseVersionArchitectures
sid0.0.20150429-4all
stretch0.0.20150429-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el
buster0.0.20150429-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el
bullseye0.0.20150429-4all
jessie0.0.20130418-2amd64,i386
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Arvemassedækning, antallet af sekventeringslæsninger oversat til en position i et genom, er en indsigtsfuld indikator for uregelmæssigheder i sekventeringsforsøg. Mens den gennemsnitlige genomdækning ofte anvendes inden for algoritmer i beregningsmæssig genomik, er de fuldstændige oplysninger til rådighed i dækningsprofiler (d.v.s. histogrammer over alle dækningsområder) i øjeblikket ikke udnyttet fuldt ud. Bias såsom fragmenteret eller fejlagtigt henviste genomer bliver derfor ikke indregnet. At gøre denne oplysning tilgængelig kan forbedre kvaliteten af sekventeringseksperimenter og kvantitative analyser.

fitGCP er en ramme for montering af blandinger af sandsynlighedsfordelinger for genom-dækningsprofiler. Udover almindeligt anvendte distributioner, bruger fitGCP distributioner skræddersyet til at redegøre for de fælles artefakter. Blandingsmodeller er iterativt tilpasset baseret på Expectation-Maximization-algoritmen.

Please cite: Martin S. Lindner, Maximilian Kollock, Franziska Zickmann and Bernhard Y. Renard: Analyzing genome coverage profiles with applications to quality control in metagenomics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 29(10):1260-1267 (2013)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Flexbar
Fleksibel stregkode og adapterfjernelse for sekvensplatforme
Versions of package flexbar
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.50-1amd64,armhf,i386
sid3.5.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.5.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.50-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Flexbar forbehandler high-throughput sekventeringsdata effektivt. Programmet demultiplekser stregkodede kørsler og fjerner adaptersekvenser. Endvidere tilbydes trimnings- og filtreringsfunktioner. Flexbar øger oversættelseshastigheder og forbedrer arvemasse- og transskriptome-samlinger. Programmet understøtter næstegeneration sekventeringsdata i fasta/q- og csfasta/q-format fra Illumina, Roche 454 og SOLID-platformen.

Parameternavne ændret i FLEXBAR. Gennemse venligst skripter. De seneste måneder, standardindstillinger blev optimeret, blev flere fejl fastsat og forskellige forbedringer blev foretaget, f.eks blev grænsefladen for kommandolinjen moderniseret, nye trimningstilstande samt lavere tids- og hukommelseskrav.

The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Matthias Dodt, Johannes T. Roehr, Rina Ahmed and Christoph Dieterich: FLEXBAR — Flexible Barcode and Adapter Processing for Next-Generation Sequencing Platforms. (eprint) Biology 1(3):895-905 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Freecontact
Hurtig protein-kontaktprædiktor
Versions of package freecontact
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0.21-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.21-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.21-3amd64,armel,armhf,i386
sid1.0.21-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.21-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).

Please cite: László Kaján, Thomas A. Hopf, Matúš Kalaš, Debora S. Marks and Burkhard Rost: FreeContact: fast and free software for protein contact prediction from residue co-evolution. BMC Bioinformatics (2014)
Registry entries: OMICtools 
Topics: Structure prediction; Sequence analysis
Gasic
Lighedskorrektion for arvemasseoverflod
Versions of package gasic
ReleaseVersionArchitectures
buster0.0.r19-4amd64
bullseye0.0.r19-7all
sid0.0.r19-7all
jessie0.0.r18-2amd64
stretch0.0.r19-1amd64
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Et mål for sekvensbaseret metagenomisk analyse er den kvantitative taksonomiske vurdering af mikrobielle miljøsammensætninger. Imidlertid er flertallet af indgangsvinklerne enten kvantificer ved lav opløsning (f.eks. på rækkeniveau) eller de har alvorlige problemer angående meget lignende arter. Alligevel er nøjagtig kvantificering på artsniveau ønskelig i anvendelser såsom metagenomisk diagnostik eller fællesskabssammenligning. GASiC er en metode til at korrigere læste justeringsresultater for de uklarheder, der indførtes ved ligheder i arvemasser. Metoden har overlegen ydelse i forhold til eksisterende metoder.

The package is enhanced by the following packages: gasic-examples
Please cite: Martin S. Lindner and Bernhard Y. Renard: Metagenomic abundance estimation and diagnostic testing on species level. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 41(1):e10 (2013)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Genometools
Alsidigt værktøjs til arvemasseanalyse
Versions of package genometools
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.9+ds-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.5.3-2amd64,armel,armhf,i386
bullseye1.6.1+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.6.1+ds-5~exp1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6.1+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.5.10+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package genometools:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
uitoolkitncurses
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GenomeTools indeholder en samling af nyttige værktøjer for biologisk sekvensanalyse og præsentation kombineret i en enkel binær fil.

Værktøjssættet indeholder binære filer for sekvens- og annotationhåndtering, sekvenskomprimering, oprettelse og adgang for indeksstruktur, annotationsvisualisering og meget mere.

Please cite: Gordon Gremme, Sascha Steinbiss and Stefan Kurtz: GenomeTools: a comprehensive software library for efficient processing of structured genome annotations.. (PubMed) IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 10(3):645-656 (2013)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Gff2aplot
Parvise justeringsplot for arvemassesekvenser i PostScript
Versions of package gff2aplot
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.0-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0-7amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.0-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.0-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gff2aplot:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline, shell
roleprogram
scopeutility
useconverting, viewing
works-withimage:vector
works-with-formatplaintext, postscript
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Et program til at visualisere tilpasningen af to arvemassesekvenser sammen med deres anmærkninger. Fra GFF-formaterede inddatafiler fremstilles PostScript-figurer for den opstilling. Den følgende menu viser mange af funktionerne i gff2aplot:

  • Omfattende tilpasningsplot for alle GFF-funktioner. Attributter defineres separat, så du kan kun ændre overordnede attributter for en given fil eller dele samme tilpasning på tværs af forskellige datasæt.
  • Alle parametre er som standard indstillet i programmet, men det kan også være fuldt konfigureret via gff2ps-lignende fleksible tilpasningsfiler. Programmet kan håndtere flere af disse filer, der sammenfatter alle indstillinger, før de fremstiller det tilsvarende tal. Desuden kan alle tilpasningsparametre indstilles via kommandolinjeparametre, som giver brugerne mulighed for at lege med de parametre, før du tilføjer noget til en tilpasset fil.
  • Kilderækkefølgen er taget fra inddatafiler, hvis du bytter filrækkefølge, kan du visualisere tilpasning og dens annotation med det nye inddataarrangement.
  • Alle justeringsbedømmelserne kan visualiseres i en PiP-boks nedenfor gff2aplot-området, via en grå-farve-skala, brugerdefineret farveskala eller bedømmelsesafhængige farveovergange.
  • Skalerbare skrifttyper, som også kan vælges blandt de grundlæggende PostScript-standardskrifter. Funktion- og gruppeetiketter kan drejes for at forbedre læsbarheden i begge annotationsakser.
  • Programmet er stadig defineret som et Unix-filter, så det kan håndtere data fra filer, omadresseringer og datakanaler, skrive resultatet til standardud og advarsler til standardfejl.
  • Gff2aplot er i stand til at håndtere mange fysiske sideformater (fra A0 til A10, og flere -see tilgængelige sidestørrelser i sin manual-), inklusive brugerdefinerede. Dette giver mulighed for at oprette arvemassekort i plakatstørrelse, enten i portræt eller landskab.
  • Du kan tegne forskellige justeringer på samme tilpasningsplot og skelne dem ved hjælp af forskellige farver for hver.
  • Formordbogen er blevet udvidet, således at yderligere formfigurer er til rådighed (se vejledning).
  • Annotation af fremskrivninger gennem tilpasningsplot (såkaldte bånd) emulerer gennemsigtighed via komplementære farveudfyldningsmønstre. Denne funktion gør det muligt at vise farvede pseudo-blandinger, når vandrette og lodrette bånd overlapper hinanden.
Please cite: J. F. Abril, R. Guigó and T. Wiehe: gff2aplot: Plotting sequence comparisons. (PubMed,eprint) Bioinformatics 19(18):2477-2479 (2003)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Gff2ps
laver PostScript-grafisk uddata fra GFF-filer
Versions of package gff2ps
ReleaseVersionArchitectures
buster0.98l-2all
bullseye0.98l-4all
squeeze0.98d-3all
sid0.98l-4all
wheezy0.98d-4all
jessie0.98d-4all
stretch0.98d-5all
Debtags of package gff2ps:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting, viewing
works-withimage:vector
works-with-formatpostscript
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gff2ps er et skriptprogram udviklet med det formål at konvertere gff- formateret poster til højkvalitets en-dimensionelle plotninger i PostScript. Sådanne plotninger er brugbare for sammenligning af genomiske strukturer og til at visualisere uddata fra genom-annotationsprogrammer. Programmet kan bruges på en meget simpel måde, da det antager at GFF-filen selv indeholder nok formatinformation, men at den også tillader gennemløb af en antal indstillinger og/eller en konfigurationsfil. Alt sammen for høj grad af tilpasning.

Please cite: J. F. Abril and R. Guigó: gff2ps: visualizing genomic annotations.. (PubMed,eprint) Bioinformatics 16(8):743-744 (2000)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Giira
RNA-Seq-drevet gen-registrering der indarbejder tvetydige læsninger
Versions of package giira
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.0.20140625-1amd64
buster0.0.20140625-2amd64
jessie0.0.20140210-2amd64
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GIIRA er en gen-forudsigelsesmetode, der identificerer potentielle kodningsregioner udelukkende baseret på kortlægning af læsninger fra et RNA-Seq-eksperiment. Det blev hovedsagelig konstrueret til prokaryotisk gen-forudsigelse og er i stand til at vise gener inden i den viste region for et operon. Det kan også bruges til eukaryoter og forudsiger exon-intron- strukturer samt alternative isoformer.

Please cite: Franziska Zickmann, Martin S. Lindner and Bernhard Y. Renard: GIIRA—RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads. (PubMed,eprint) Bioinformatics (2013)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Glam2
Proteinmotiver med afstand fra ikke-justerede sekvenser
Versions of package glam2
ReleaseVersionArchitectures
stretch1064-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1064-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1064-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1064-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1064-3amd64,armel,armhf,i386
buster1064-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1064-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package glam2:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GLAM2 er en programpakke til at finde motiver i sekvenser, typisk amino- syre eller nukleotidsekvenser. Et motiv er et tilbagevendende sekvensmønster: typiske eksempler er TAT-boksen og CAAX prenylation- motivet. Den primære nyskabelse i GLAM2 er, at den tillader at indsætte og slette i motiver.

Denne pakke inkluderer programmer for registrering af motiver delt af et sæt af sekvenser og finde match til disse motiver i en sekvensdatabase samt redskaber for konvertering af galm2-motiver til standardjusteringsformater, maskerende glam2-motiver ud af sekvensen, så svagere motiver kan findes, og fjerne meget ens medlemmer i et sæt af sekvenser.

Pakken inkluderer disse programmer:

 glam2:       finder motiver som deles af et sæt af sekvenser;
 glam2scan:   finder match - fra en sekvensdatabase - for motiver opdaget
              af glam2;
 glam2format: konverterer glam2-motiver til standardjusterede formater;
 glam2mask:   maskerer glam2-motiver ud af sekvenser, så svagere motiver
              kan findes;
 glam2-purge: fjerner medlemmer med stor lighed fra et sæt af sekvenser.

I denne binære pakke blev den hurtige Fourier-algoritme (FFT) aktiveret for glam2.

Please cite: Martin C. Frith, Neil F. W. Saunders, Bostjan Kobe and Timothy L. Bailey: Discovering Sequence Motifs with Arbitrary Insertions and Deletions. (PubMed) PLoS Computational Biology 4(5):e1000071 (2008)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package glam2
Gmap
Opdelt og SNP-overholdende justering for mRNA og korte læsninger
Versions of package gmap
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2010-07-21-1 (non-free)i386
sid2021-02-22+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
bullseye2021-02-22+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
buster2019-01-24-1 (non-free)amd64
stretch2017-01-14-1 (non-free)amd64
jessie2014-10-22-1 (non-free)amd64
wheezy2012-06-12-1 (non-free)amd64
upstream2021-05-27
Debtags of package gmap:
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:structural
roleprogram
useanalysing
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Denne pakke indeholder programmerne GMAP og GSNAP samt redskaber til at håndtere genomdatabaser i GMAP/GSNAP-formatet. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) er et værktøj til at sammenligne EST-, mRNA- og cDNA-sekvenser. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) er et værktøj til at sammenligne single-end og paired-end transkriptom-læsninger. Begge værktøjer kan bruge en database med

  • kendte splice-sider og identify novel splice-sider
  • kendte single-nucleotide polymorphisms (SNPs) GSNAP kan sammenligne bisulfit-behandlet DNA.
Please cite: Thomas D. Wu and Serban Nacu: Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads. (PubMed,eprint) Bioinformatics 26(7):873-81 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Grinder
Alsidige omics shotgun og amplikon sekventeringslæsningssimulator
Versions of package grinder
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.5.3-3all
sid0.5.4-6all
bullseye0.5.4-6all
buster0.5.4-5all
wheezy0.4.5-1all
stretch0.5.4-1all
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Grinder er et alsidigt program til at skabe tilfældige shotgun og amplikon sekvensbiblioteker baseret på DNA, RNA eller proteinreferencesekvenser tilvejebragt i en FASTA-fil.

Grinder kan producere genomisk, metagenomisk, transkriptom, metatranscriptomic, proteomiske, metaproteomic shotgun og amplicon datasæt fra nuværende sekventeringsteknologier som Sanger, 454, Illumina. Disse simulerede datasæt kan bruges til at teste nøjagtigheden af bioinformatiske værktøjer under specifik hypotese, f.eks med eller uden sekventeringsfejl eller med lav eller høj samfundsmangfoldighed. Grinder kan også bruges til at hjælpe vælge mellem alternative sekventeringsmetoder til et sekvensbaseret projekt, f.eks skal biblioteket paired-end eller ej, hvor mange læsninger skal sekventeres.

Please cite: Florent E. Angly, Dana Willner, Forest Rohwer, Philip Hugenholtz and Gene W. Tyson: Grinder: a versatile amplicon and shotgun sequence simulator. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research Epub ahead of print (2012)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Gromacs
Simulator af molekyldynamik med bygge- og analyseværktøjer
Versions of package gromacs
ReleaseVersionArchitectures
experimental2021-2mips64el,mipsel
squeeze4.0.7-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
experimental2021.1-1amd64,arm64,armel,armhf,ppc64el,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2021.2
Debtags of package gromacs:
fieldbiology, biology:structural, chemistry
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkitxlib
x11application
Popcon: 20 users (22 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs. simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til millioner partikler.

GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger (som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Hhsuite
Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning
Versions of package hhsuite
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0.16-5amd64
bullseye3.3.0+ds-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
stretch3.0~beta2+dfsg-3amd64
sid3.3.0+ds-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
wheezy2.0.15-1amd64
buster3.0~beta3+dfsg-3amd64
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HH-suite er en programpakke, udviklet i åben kildekode, for sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på parvis sammenligning af skjulte Markov-modeller (HMM'er).

Denne pakke indeholder HHsearch og HHblits blandt andre programmer og redskaber.

HHsearch bruger som inddata flere sekvenssammenligninger (MSA) eller profil-HMM og søger i en database med HMM'er (f.eks. PDB, Pfam eller InterPro) for homologe proteriner. HHserarch bruges ofte for proteinstrukturforudsigelse til at detektere homologe skabeloner og til at bygge meget præcise forespørgsels-skabelon parvise sammenligninger for homolog modellering.

HHblits kan bygge højkvalitets MSA'er der starter fra enkelte sekvenser eller fra MSA'er. Den transformerer disse til en forspørgsels-HMM og via en iterativ søgningsstrategi tilføjes signifikant lignende sekvenser fra den forrige søgning til den opdaterede forespørgsels-HMM for den næste søgeiteration. Sammenlignet med PSI-BLAST er HHblits hurtigere, op til dobbelt så sensitiv og programmet laver mere præcise sammenligninger.

Please cite: Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser and Johannes Söding: HHblits: Lightning-fast iterative protein sequence searching by HMM-HMM alignment.. (PubMed) Nat. Methods 9(2):173-175 (2011)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Hisat2
Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer
Versions of package hisat2
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.5-1amd64
sid2.2.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.0-2amd64
Popcon: 4 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HISAT2 er et hurtigt og sensitivt sammenligningsprogram for oversættelse af sekvenslæsning i næste generation (både DNA og RNA) til en population af genomer fra mennesker (samt mod et enkelt referencegenom). Baseret på en udvidelse af BWT for grafer blev et graf FM-indeks designet og implementeret. Udover at bruge et globalt GFM-indeks, som repræsenterer en population af genomer for mennesker, så bruger HISAT2 et stort sæt af små GFM-indeks, som kollektivt dækker hele genomet (hvert indeks repræsenterer et genomområde på 56 Kbp, med 55.000 indeks krævet for at dække menneskepopulationen). Disse små indeks (kaldt lokale indeks), kombineret med flere sammenligningsstrategier muliggør hurtig og præcis sammenligning af sekvenslæsninger. Dette nye indeksskema kaldes et Hierarchical Graph FM-indeks (HGFM).

The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Daehwan Kim, Joseph M. Paggi, Chanhee Park, Christopher Bennett and Steven L. Salzberg: Graph-based genome alignment and genotyping with HISAT2 and HISAT-genotype. Nature Biotechnology 37(8):907-915 (2019)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Hmmer
Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse
Versions of package hmmer
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.1b1-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.3.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.3.2+dfsg-1amd64,i386
bullseye3.3.2+dfsg-1amd64,i386
stretch3.1b2+dfsg-5amd64,i386
buster3.2.1+dfsg-1amd64,i386
Debtags of package hmmer:
biologyformat:aln, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-withdb
works-with-formatplaintext
Popcon: 36 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

HMMER er en implementering af profilskjulte Markov-modelmetoder for sensitive søgninger i biologiske sekvensdatabaser med brug af flersekvensjusteringer som forespørgsler.

Givet en flersekvensjustering som input, bygger HMMER en statistisk model kaldt »skjult Markovmodel«, som kan bruges som en forespørgsel ind i en sekvensdatabase for at finde (og/eller justere) yderligere homologier for sekvensfamilien.

Please cite: S. R. Eddy: Profile hidden Markov models. (PubMed,eprint) Bioinformatics 14(9):755-763 (1998)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package hmmer
Idba
Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere
Versions of package idba
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.1.2-1amd64,armel,armhf,i386
buster1.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.1.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.1.2-1amd64,armel,armhf,i386
buster1.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.1.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

IDBA står for iterative de Bruijn-grafassembler. I beregningssekvensbiologi så løser en assembler puslespillet fra store sekvensmaskiner, som har mange gigabyte med korte læsninger fra et stort genom.

Denne pakke tilbyder flere varianter af IDBA-assembleren, da de alle deler det samme kildetræ men har forskellige formål og udvikler sig over tid.

IDBA er den grundlæggende iterativ de Bruijn-grafassembler for anden generations sekvenslæsninger. IDBA-UD, en udvidelse af IDBA, er designet til at udnytte parret-slut-læsninger til at samle regioner på lav dybde og bruge progressiv dybde på config'er til at reducere fejl i regioner med høj dybde. Det er en generisk formålsassembler og specielt god til enkel-celle og metagenomiske sekvensdata. IDBA-Hybrid er en anden opdateret version af IDBA-UD, som kan gør brug af et lignende referencegenmom til at forbedre assembly-resultat. IDBA-Tran er en iterativ de Bruijn-grafassembler for RNA-seq-data.

Please cite: Yu Peng, Henry C. M. Leung, S. M. Yiu and Francis Y. L. Chin: IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth. (PubMed,eprint) Bioinformatics 28(11):1420-1428 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Infernal
Logisk slutning for RNA-sekundære struktursammenligninger
Versions of package infernal
ReleaseVersionArchitectures
sid1.1.4-1amd64,i386
bullseye1.1.4-1amd64,i386
buster1.1.2-2amd64,i386
stretch1.1.2-1amd64,i386
jessie1.1.1-2amd64,i386
wheezy1.0.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package infernal:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing
Popcon: 11 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Infernal (»INFERence of RNA Alignment«) søger i DNA-sekvensdatabaser efter RNA-strukturer og sekvensligheder. Programmet tilbyder en implementering af et specielt tilfælde af profilstokastisk kontekstfri grammatik kaldt covariansmodeller (CM'er). En CM er som en sekvensprofil, men den scorer en kombination af sekvenskonsensus og RNA sekundær strukturkoncensus, så i mange tilfælde, er den bedre til at identificere RNA-homologer som bevarer deres sekundære struktur bedre end deres primære sekvens.

Værktøjet er en integreret komponent i Rfam-databasen.

Please cite: Eric P. Nawrocki, Diana L. Kolbe and Sean R. Eddy: Infernal 1.0: inference of RNA alignments. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(10):1335-1337 (2009)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Jellyfish
Tæl k-mers i DNA-sekvenser
Versions of package jellyfish
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.1.4-1amd64
bullseye2.3.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el
wheezy1.1.5-1amd64,kfreebsd-amd64
sid2.3.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el
stretch2.2.6-1amd64
buster2.2.10-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el
Popcon: 7 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.

JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.

The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Guillaume Marcais and Carl Kingsford: A fast, lock-free approach for efficient parallel counting of occurrences of k-mers. Bioinformatics 27(6):764-770 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Kalign
Global og progressiv flersekvensjustering
Versions of package kalign
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.03+20110620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.04-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.03+20110620-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.03+20110620-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.03+20110620-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental3.3-2~0exp0simdeamd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package kalign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 10 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Kalign er et kommandolinjeværktøj til at udføre flerjustering af biologiske sekvenser. Den bruger Muth-Manbers algoritme til strengmatchning, både til at forbedre præcisionen og hastigheden for justeringen. Den bruger global, progressiv justeringsfremgangsmåde, forbedret ved at bruge en omtrentlig strengmatchende algoritme til at beregne sekvensafstande og ved at indarbejde lokale matchninger i den ellers globale justering.

Please cite: Lassmann, Timo.: Kalign 3: multiple sequence alignment of large datasets. (eprint) Bioinformatics 36(6):1928-1929 (2020)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Kissplice
Detektion af diverse slags polymorfismer i RNA-sekvensdata
Versions of package kissplice
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.1-3amd64
stretch2.4.0-p1-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el
sid2.5.3-3amd64,arm64,mips64el,ppc64el
bullseye2.5.3-3amd64,arm64,mips64el,ppc64el
buster2.4.0-p1-4amd64,arm64,mips64el,ppc64el
upstream2.5.4
Debtags of package kissplice:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing
works-withbiological-sequence
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

KisSplice er et program, som gør det muligt at analysere RNA-sekvensdata med eller uden en referencearvemasse. Det er en præcis lokal transcriptome assembler hvor du kan identificere SNP'er, indels og alternative splicing-hændelser. Programmet kan håndtere et arbitrært antal biologiske betingelser og vil kvantificere hver variant i hver betingelse. Programmet er blevet testet på Illumina-datasæt på op til 1G-læsninger. Dets hukommelsesforbrug er omkring 5 Gb for 100 millioner læsninger.

Please cite: Gustavo AT Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo and Vincent Lacroix: KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 13((Suppl 6)):S5 (2012)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: RNA-seq; RNA splicing; Gene structure
Last-align
sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala
Versions of package last-align
ReleaseVersionArchitectures
jessie490-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze128-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1179-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1179-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster963-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch830-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy199-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package last-align:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
roleprogram
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

LAST er programmel til sammenligning og justering af sekvenser, typisk DNA- eller protein-sekvenser. LAST ligner BLAST, men det er bedre til at håndtere meget store mængder af sekvensdata. Her er to ting som LAST er god til:

  • Sammenligning af store (eksempelvis pattedyrs) genomer.
  • Kortlægge masser af sekvens-mærker oven på et genom.

Den primære, tekniske innovation er at LAST finder indledende samstemmende forekomster, baseret på deres mangfoldighed, i stedet for at benytte en fast størrelse (BLAST bruger eksempelvis 10-mers). Dette gør, at man kan kortlægge mærker til genomer, uden gentagelsesmaskering (eng. »repeat- masking«), uden at blive overvældet af gentagne forekomster. For at finde disse forekomster som har forskellige størrelser, så bruger den en suffiks- række (inspireret af Vmatch). For at opnå høj følsomhed, så bruger den en usammenhængende suffiks-række, der er en analog til frø som placeres med mellemrum.

Please cite: Martin C. Frith, Raymond Wan and Paul Horton: Incorporating sequence quality data into alignment improves DNA read mapping. (PubMed,eprint) Nucl. Acids Res. 38(7):e100 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Loki
MCMC-koblingsanalyse vedrørende generelle stamtavler
Versions of package loki
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.4.7.4-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.7.4-5amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.7.4-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.7.4-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.4.7.4-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.4.7.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.4.7.4-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package loki:
fieldbiology
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Udfører Markov chain Monte Carlo flerpunkts koblingsanalyse på store komplekse stamtavler. Den nuværende pakke understøtter kun analyse på kvantitative egenskaber, selvom denne begrænsning vil blive løftet i senere versioner. Fælles vurdering af QTL-antal, placering og effekter bruger Reversible Jump MCMC. Det er også muligt kun at udføre påvirkede IBD-delingsanalyser.

The package is enhanced by the following packages: loki-doc
Please cite: Simon C. Heath: Markov chain Monte Carlo segregation and linkage analysis for oligogenic models. (PubMed,eprint) American Journal of Human Genetics 61(3):748-60 (1997)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Macs
Modelbaseret analyse af ChIP-Seq på korte læsesekvenser
Versions of package macs
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0.9.1-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye2.2.7.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x
sid2.2.7.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x
stretch2.1.1.20160309-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.2.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 21 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MACS opbygger empirisk længden af de sekventerede ChIP-fragmenter, som tenderer til at være kortere end lydbehandling eller størrelsesestimater for bibliotekskonstruktion og bruger den til at forbedre den rumlige opløsning af forudsagte bindingssteder. MACS bruger også en dynamisk Poisson-fordeling til effektivt at fange lokale skævheder i arvemassesekvensen, hvilket giver mulighed for mere følsom og robust forudsigelse. MACS sammenligner positivt til eksisterende ChIP-Seq peak-finding-algoritmer, er offentligt tilgængelig åben kildekode og kan bruges til ChIP-Seq med eller uden kontrolprøver.

Please cite: Yong Zhang, Tao Liu, Clifford A Meyer, Jérôme Eeckhoute, David S. Johnson, Bradley E. Bernstein, Chad Nussbaum, Richard M. Myers, Myles Brown, Wei Li and X Shirley Liu: Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS). (PubMed,eprint) Genome Biol. 9(9):R137 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Mafft
Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser
Versions of package mafft
ReleaseVersionArchitectures
squeeze6.815-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster7.407-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye7.475-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid7.475-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch7.307-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy6.864-1amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie7.205-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package mafft:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 25 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MAFFT er et program til justering af flere sekvenser, der tilbyder tre præcisionsorienterede metoder:

  • L-INS-i (nok mest præcis, anbefales for <200 sekvenser; iterativ raffineringsmetode som indarbejder information om lokal parvis justering),
  • G-INS-i (egnet til sekvenser af samme længder; anbefales til <200 sekvenser; iterativ raffineringsmetode til at indarbejde information om den globalt parvise justering),
  • E-INS-i (egnet til sekvenser, der indeholder store regioner som ikke kan justeres; anbefales til <200 sekvenser), og fem hastigheds-orienterede metoder:

  • FFT-NS-i (iterativ raffineringsmetode; blot to cyklusser),

  • FFT-NS-i (iterativ raffineringmetode; maks. 1000 gentagelser),
  • FFT-NS-2 (hurtig; progressiv metode),
  • FFT-NS-1 (meget hurtig; anbefales til >2000 sekvenser; progressiv metode med en groft vejledende træ),
  • NW-NS-PartTree-1 (anbefales til ~50.000 sekvenser; progressiv metoden med PartTree-algoritmen).
Please cite: Kazutaka Katoh and Hiroyuki Toh: Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program. (PubMed) Brief Bioinform 9(4):286-298 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Mapsembler2
Bioinformatik målrettet programmer til samling
Versions of package mapsembler2
ReleaseVersionArchitectures
sid2.2.4+dfsg1-3amd64,arm64,ppc64el,s390x
stretch2.2.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x
bullseye2.2.4+dfsg1-3amd64,arm64,ppc64el,s390x
buster2.2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x
jessie2.1.6+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Mapsembler2 er et målrettet program til samling. Det bruger et datasæt af rå NGS-læsninger (fasta eller fastq, gzippet eller ej) og et datasæt af sekvenser (startere).

Det bestemmer først om hver starter er read-coherent, f.eks. om læsninger bekræfter tilstedeværelsen af hver starter i den oprindelige sekvens. For hver read-coherent-starter laver Mapsembler2 dens sekvensnaboskab som en lineær sekvens eller som en graf, afhængig af brugervalget.

Mapsembler2 kan bruges for (men ikke begrænset til):

  • Valider en samlet sekvens (inddata som starter), f.eks. fra en de Bruijn-grafsamling hvor read-coherence ikke blev påtvunget
  • Kontrollere om et gen (inddata som starter) har en homolog i et sæt af læsninger
  • Kontrollere om et kendt enzym er til stede i en metagenomisk NGS- læst sæt
  • Berige læsninger der ikke kan kortlægges ved at udvide dem, eventuelt gøre dem egnet for kortlægning
  • Kontrollere hvad der sker i ekstremiteterne af en contig
  • Fjerne forureninger eller symbiont-læsninger fra et læst sæt
Please cite: Pierre Peterlongo and Rayan Chikhi: Mapsembler, targeted and micro assembly of large NGS datasets on a desktop computer. (PubMed) BMC Bioinformatics 13:48 (2012)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Maq
kortlægger korte, fast-længde, polymorfiske DNA-sekvenslæsninger til reference-sekvenser
Versions of package maq
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.7.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster0.7.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.7.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.7.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.7.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.7.1-5amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.7.1-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package maq:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 9 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Maq (forkortelse af »Mapping and Assembly with Quality«) bygger kortlagte montager fra korte læsninger genereret af næste generation inden for maskiner til sekvensering. Det blev særligt designet til »Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer«, og har indledende funktionalitet til at håndtere ABI SOLid-data. Maq var tidligere kendt som mapass2.

Udvikling af Maq stoppede i 2008. Dets efterfølger er BWA og SAMtools.

Please cite: Heng Li, Jue Ruan and Richard Durbin: Mapping short DNA sequencing reads and calling variants using mapping quality scores. (PubMed,eprint) Genome Research 18(11):1851-1858 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Melting
beregn smeltepunktet for nukleinsyre-duplekser
Versions of package melting
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.3c-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.3c-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.3.1+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch4.3.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2.0-1all
bullseye5.2.0-2all
sid5.2.0-2all
Debtags of package melting:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:molecular
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
suitegnu
useanalysing
works-with-formatplaintext
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dette program beregner - for nukleinsyre-duplekser - entalpien, entropien og smeltepunktet for skruelinjespolers overgange (helix-coil transitions). Tre slags hybridiseringer er mulige: DNA/DNA, DNA/RNA og RNA/RNA. Programmet beregner først entalpi- og entropi-hybridiseringen fra de elementære parametre fra hvert Crick-par med nærmeste-nabo-metoden. Efterfølgende beregnes smeltetemperaturen. Sættet af termodynamiske parametre kan let ændres, eksempelvis i kølvandet på et eksperimentelt gennembrud.

Please cite: Le Novère, Nicolas: MELTING, computing the melting temperature of nucleic acid duplex. (PubMed,eprint) Bioinformatics 17(12):1226-1227 (2001)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package melting
Minia
Kort-læst biologisk sekvensamler
Versions of package minia
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.6906-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6088-1amd64,armel,armhf,i386
buster1.6906-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.2.1+git20200522.4960a99-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid3.2.1+git20200522.4960a99-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
upstream3.2.1+git20210526.594d6e3
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Kort-læst DNA-sekvenssamler baseret på en de Bruijn-graf, der kan samle et menneskegenom på en skrivebordscomputer på en dag.

Resultatet af Minia er et sæt af contig'er. Minia laver resultater med samme sammenhæng og præcision som andre de Bruijn-samlere (f.eks. Velvet).

Please cite: Rayan Chikhi and Guillaume Rizk: Space-Efficient and Exact de Bruijn Graph Representation Based on a Bloom Filter.. (PubMed,eprint) Algorithms for Molecular Biology 8(1):22 (2013)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence assembly
Mipe
Værktøjer til at gemme PCR-afledte data
Versions of package mipe
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.1-4all
squeeze1.1-3all
sid1.1-9all
bullseye1.1-9all
buster1.1-7all
stretch1.1-5all
jessie1.1-4all
Debtags of package mipe:
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:molecular
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useorganizing
works-with-formatxml
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MIPE tilbyder et standardformat til at udveksle og/eller gemme al information forbundet med PCR-eksperimenter via brug af en flad tekstfil. Dette vil:

  • tillade udveksling af PCR-data mellem forskere/laboratorier
  • aktivere sporbarhed for data
  • forhindre problemer når der indsendes data til dbSTS eller dbSNP
  • aktivere skrivning af standardskripter til at udtrække data (f.eks. en liste af PCR-primere, SNP-positioner eller haplotyper for forskellige dyr)

Selvom dette værktøj kan bruges til datalagring er dets primære fokus dataudveksling. For større arkiver er relationelle databaser et bedre valg for lagring af disse data. MIPE-formatet kan så bruges som et standardformat at importere til og/eller eksportere fra disse databaser.

Please cite: Jan Aerts and T. Veenendaal: MIPE - a XML-format to facilitate the storage and exchange of PCR-related data. Online Journal of Bioinformatics 6(2):114-120 (2005)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Mira-assembler
Hel Genome Shotgun og EST Sequence Assembler
Versions of package mira-assembler
ReleaseVersionArchitectures
buster4.9.6-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.0.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid4.9.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.9.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.9.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mira-assembler:
roleprogram
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Mira er en specialiseret gensekvenssamler for sekvensprojekter regnet som »svære« på grund af et stort antal ensformige gentagelser. For expressed sequence tags-transskriptioner (EST'er) er miraEST specialiseret på rekonstruktion af urørte mRNA-transskriptioner mens det detekterer og klassificerer enlige nukleotidpolymorfismer (SNP), der opstår i forskellige variationer herudfra.

Sekvenssamleren bruges rutinemæssigt til forskellige opgaver såsom mutationsdetektering i forskellige celletyper, analyser af ligheder i transskriptioner mellem organismer og samling af urørte sekvenser fra forskellige kilder for oligodesign i kliniske mikroarrayeksperimenter.

Pakken tilbyder følgende kørbare filer:

  • mira: for samling af genomsekvenser
  • miramem: estimerer hukommelsen krævet af et projekt. Fungerer ved at lænke til mira.
  • mirabait: et »grep«-lignende værktøj til at vælge læsninger med kmerer op til 256 baser.
  • miraconvert: er et værktøj til at konvertere, udtrække og nogle gange genberegne alle slags data relateret til sekvenssamlingsfiler.
Please cite: Bastien Chevreux, Thomas Pfisterer, Bernd Drescher, Albert J. Driesel, Werner E. G. Müller, Thomas Wetter and Sándor Suhai: Using the miraEST Assembler for Reliable and Automated mRNA Transcript Assembly and SNP Detection in Sequenced ESTs. (PubMed,eprint) Genome Research 14(6):1147-1159 (2004)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Mlv-smile
Find statistisk signifikante mønstre i sekvenser
Versions of package mlv-smile
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.47-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.47-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.47-3amd64,armel,armhf,i386
stretch1.47-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.47-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.47-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Smile bestemmer sekvensmotif'er på grundlag af et sæt af DNA-, RNA- eller proteinsekvenser.

  • Ingen hård begrænsning i antallet af kombinationer af motif'er til at beskrive undersæt af sekvenser
  • Sekvensalfabetet kan angives
  • Brugen af jokertegn er understøttet
  • Bedre bestemmelse af signifikans af motif'er ved simulering
  • Introduktion af et sæt af sekvenser med negative kontroller der ikke automatisk matcher bestemte motif'er
Registry entries: OMICtools 
Mothur
Programpakke for sekvensanalyse til forskning i mikrobiota
Versions of package mothur
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.44.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.44.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.24.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.38.1.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.33.3+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
buster1.41.21-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.45.3
Debtags of package mothur:
roleprogram
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Mothur søger at udvikle et enkelt stykke open source program, der kan udvides til at fylde bioinformatikbehov i mikrobiel økologisamfund. Den har indbygget funktionalitet for dotur, sons, treeclimber, s-libshuff, unifrac og meget mere. Ud over at forbedre fleksibiliteten af disse algoritmer er en række andre funktioner, herunder regnemaskiner og visualiseringsværktøjer, blevet tilføjet.

Please cite: Patrick D Schloss, Sarah L Westcott, Thomas Ryabin, Justine R Hall, Martin Hartmann, Emily B Hollister, Ryan A Lesniewski, Brian B Oakley, Donovan H Parks, Courtney J Robinson, Jason W Sahl, Blaz Stres, Gerhard G Thallinger, David J Van Horn and Carolyn F Weber: Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities. (PubMed) Appl Environ Microbiol 75(23):7537-7541 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Microbial ecology
Mrbayes
Bayesiansk inferens for fylogeni
Versions of package mrbayes
ReleaseVersionArchitectures
buster3.2.6+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch3.2.6+dfsg-1amd64,arm64,armhf,i386
jessie3.2.3+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.2.1+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid3.2.7a-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.2.7a-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 7 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bayesiansk inferens for fylogeni er baseret på en kvantitet kaldt den posterior sandsynlighedsfordeling for træer, som er sandsynligheden for et træ betinget af observationerne. Den betingelse opnås ved hjælp af Bayes sætning. Den posterior sandsynlighedsfordeling for træer er umuligt at beregne analytisk; i stedet, bruger MrBayes en simuleringsteknik kaldet Markov chain Monte Carlo (eller MCMC) at tilnærme posteriore sandsynligheder af træer.

The package is enhanced by the following packages: mrbayes-doc
Please cite: Fredrik Ronquist, Maxim Teslenko, Paul van der Mark, Daniel L. Ayres, Aaron Darling, Sebastian Höhna, Bret Larget, Liang Liu, Marc A. Suchard and John P. Huelsenbeck: MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and Model Choice across a Large Model Space. (PubMed,eprint) Systematic Biology (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package mrbayes
Mummer
Effektiv sekvensjustering for hele genomer
Versions of package mummer
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.22~dfsg-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.23+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.23+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.23+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.23+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.23~dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.23~dfsg-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream4.0.0.~beta5
Debtags of package mummer:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 23 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

MUMmer er et system til hurtig justering af hele genomer, uanset om det er i komplet eller udkastform. For eksempel kan MUMmer 3.0 finde alle eksakte sammenfald for 20-basepar eller længere mellem et par af 5-megabase genomer på 13,7 sekunder, med brug af 78MB hukommelse, på en stationær 2,4GHz Linux-maskine. MUMmer kan også justere genomer som ikke er komplette; den håndterer de hundrede- eller tusindevis af »contig'er« fra et »shotgun«- sekventeringsprojekt med lethed, og vil justere dem til et andet sæt af »contig'er« eller et genom med brug af NUCmer-programmet som er inkluderet i systemet. Hvis arterne er for divergerende til registrering af lighed gennem DNA-sekvensjustering, så kan PROmer-programmet danne justeringer baseret på »six-frame«-oversættelser af begge input-sekvenser.

The package is enhanced by the following packages: e-mem
Please cite: Stefan Kurtz, Adam Phillippy, Arthur L. Delcher, Michael Smoot, Martin Shumway, Corina Antonescu and Steven L. Salzberg: Versatile and open software for comparing large genomes. (PubMed) Genome Biology 5(2):R12 (2004)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
Screenshots of package mummer
Muscle
Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser
Versions of package muscle
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.8.31-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.8.31+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.8.31-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze3.70+fix1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package muscle:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 17 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MUSCLE er et flerjusteringsprogram for proteinsekvenseer. MUSCLE står for flersekvenssammenligning efter log-forventning. I forfatternes test opnåede MUSCLE den højeste pointgivning af alle testede programmer i flere målinger for forskellige justeringspræcisioner, og programmet er også et af de hurtigste programmer på markedet.

Please cite: Robert C. Edgar: MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 32(5):1792-1797 (2004)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
Screenshots of package muscle
Mustang
strukturel justering på flere måder af proteiner
Versions of package mustang
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.2.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.2.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.2.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.2.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.2.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.2.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mustang:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 14 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Mustang er en algoritme til justering af flere proteinstrukturer. Givet et sæt af PDB-filer, bruger programmet den rumlige information i Calpha-atomer hos sættet til at producere en sekvensjustering. Baseret på en progressiv parvis heuristik fortsætter algoritmen så igennem et antal raffineringsgennemløb. Mustang rapporterer den flertydige sekvensjustering og den tilsvarende superplacering af strukturer.

The package is enhanced by the following packages: mustang-testdata
Please cite: Arun S. Konagurthu, James C. Whisstock, Peter J. Stuckey and Arthur M. Lesk: MUSTANG: A multiple structural alignment algorithm. (PubMed) Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 64(3):559-574 (2006)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package mustang
Ncbi-epcr
Værktøj til at teste en DNA-sekvens for tilstedeværelsen af sekvensmærkede steder
Versions of package ncbi-epcr
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.3.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.12-1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.12-1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.12-1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.12-1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.12-1-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.3.12-1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package ncbi-epcr:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usechecking, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Electronic PCR (e-PCR) er en beregningsmæssig procedure, som bruges til at identificere mærkede sider (STS'er) inden i DNA-sekvenser. e-PCR kigger efter potentielle STS'er i DNA-sekvenser ved at søge efter undersekvenser som tæt matcher PCR-primerne og har den korrekte rækkefølge, orientering, og plads, som kan repræsentere PCR-primerne brugt til at oprette kendte STS'er.

Den nye version af e-PCR implementerer en uafklaret (»fuzzy«) matchstrategi. For at reducere sandsynligheden for at en sand STS vil blive overset på grund af forkerte match, så kan flere adskilte ord blive brugt i stedet for et enkelt præcist ord. Hver af disse ord har grupper af signifikante positioner adskilt af »jokertegnspositioner« som ikke har krav om at matche. Derudover er det også muligt at tillade huller i primerjusteringerne.

Hovedmotivationen for at implementering af omvendt søgning (kaldt Reverse e-PCR) var at gøre det muligt at søge i den menneskelige gensekvens og andre store gensamlinger. Den nye version af e-PCR tilbyder en søgetilstand der bruger en forespørgselssekvens mod en sekvensdatabase.

Dette program er stoppet opstrøm og det foreslås at bruge Primer-Blast

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
i stedet for.
Please cite: Gregory D. Schuler: Sequence Mapping by Electronic PCR. (PubMed,eprint) Genome Research 7(5):541-550 (1997)
Registry entries: OMICtools  Bioconda 
Ncbi-tools-bin
NCBI-biblioteker for biologiprogrammer - tekstbaserede redskaber
Versions of package ncbi-tools-bin
ReleaseVersionArchitectures
jessie6.1.20120620-8amd64,armel,armhf,i386
sid6.1.20170106+dfsg1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.1.20170106+dfsg1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.1.20170106+dfsg1-0+deb10u2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze6.1.20090809-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy6.1.20120620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch6.1.20170106+dfsg1-0+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ncbi-tools-bin:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
networkclient
roleprogram
sciencecalculation
scopeutility
useanalysing, calculating, converting, searching
works-withbiological-sequence
works-with-formatplaintext, xml
Popcon: 8 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke inkluderer forskellige redskaber distribueret med NCBI C SDK, inklusive udviklingsværktøjerne asntool og errhdr (tidligere i libncbi6-dev). Ingen af programmerne i denne pakke kræver X; du kan finde de X-baserede redskaber i pakken cbi-tools-x11. BLAST og relaterede værktøjer er nu i en separat kildebase, svarende til pakkerne ncbi-blast+ og ncbi-blast+-legacy.

The package is enhanced by the following packages: mcl
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Ncoils
Coiled coil - sekundær strukturforudsigelse
Versions of package ncoils
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2002-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2002-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2002-4amd64,armel,armhf,i386
stretch2002-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2002-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2002-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2002-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 7 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Programmet forudser sekundære strukturforudsigelser for coiled coil for proteinsekvenser. Algoritmen blev udgivet i Lupas, van Dyke & Stock, Predicting coiled coils fra protein sequences Science, 252, 1162-1164, 1991.

Please cite: Andrei Lupas, Marc Van Dyke and Jeff Stock: Predicting coiled coils from protein sequences. (PubMed) Science 252:1162-1164 (1991)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Neobio
Beregner opstillinger af aminosyre- og nukleotidsekvenser
Versions of package neobio
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.0.20030929-6all
wheezy0.0.20030929-1all
wheezy-security0.0.20030929-1+deb7u2all
jessie0.0.20030929-1.1all
stretch0.0.20030929-2all
buster0.0.20030929-4all
sid0.0.20030929-6all
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bibliotek og grafisk brugergrænseflade for parvise sekvensjusteringer. Implementering af de dynamiske programmeringsmetoder for Needleman & Wunsch (global justering) og Smith & Waterman (lokal justering).

Please cite: Maxime Crochemore, Gad M. Landau and Michal Ziv-Ukelson: A sub-quadratic sequence alignment algorithm for unrestricted cost matrices. :679-688 (2002)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package neobio
Paraclu
Parametrisk klyngedannelse af genomiske og transkriptomfunktioner
Versions of package paraclu
ReleaseVersionArchitectures
sid9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie9-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Paraclu finder klynger i data knyttet til sekvenser. Det blev først påført transkriptionsstartantal i genomsekvenser, men det kunne også anvendes til andre ting.

Paraclu er beregnet til at udforske dataene, pålægge minimal forudgående antagelser og lade dataene tale for sig selv.

En konsekvens af dette er, at paraclu kan finde klynger inden i klynger. Reelle data udviser sommetider klyngedannelse på flere skalaer: Der kan være store, forfinede klynger; og inden for hver stor klynge kan der være flere små, tætte klynger.

Please cite: Martin C. Frith, Eivind Valen, Anders Krogh, Yoshihide Hayashizaki, Piero Carninci and Albin Sandelin: A code for transcription initiation in mammalian genomes. (eprint) Genome Research 18(1):1-12 (2008)
Registry entries: OMICtools 
Parsinsert
Påholdende Indsættelse af uklassificerede sekvenser i fylogenetiske træer
Versions of package parsinsert
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.04-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.04-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.04-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.04-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.04-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ParsInsert fremstiller effektivt både et fylogenetisk træ og taksonomisk klassifikation for sekvenser for mikrobielle samfundssekvensanalyse. Dette er en C++-gennemførelse af påholdende indsættelsesalgoritme.

The package is enhanced by the following packages: parsinsert-testdata
Registry entries: OMICtools 
Pdb2pqr
Præparation af proteinstrukturer for elektrostatiske beregninger
Versions of package pdb2pqr
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.9.0+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.1.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.1+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.1+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 12 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PDB2PQR er en Pythonprogrampakke, som automatiserer mange af de fælles opgaver med at forberede strukturer for kontinuum elektrostatik beregninger. Det giver således et af platformen uafhængigt værktøj til konvertering af proteinfiler i PDB-format til PQR-format. Disse opgaver omfatter:

  • Tilføjelse af et begrænset antal manglende tunge atomer til biomolekylære strukturer
  • Bestemmelse af sidekæde pKas
  • Placering af manglende hydrogener
  • Optimering af proteinet til gunstig hydrogenbinding
  • Tildele ladnings- og radiusparametre fra en række kraftfelter

Denne pakke indeholder også PropKa, et værktøj til at ændre protonationstilstanden hos proteinstrukturer i Protein Data Bank-formatet (PDB) for at matche en given pKa-værdi. Det kan også bruges til at præcisere NMR-strukturer, som ofte giver unøjagtige pKa-værdier for nogle rester.

Please cite: Todd J Dolinsky, Paul Czodrowski, Hui Li, Jens E Nielsen, Jan H Jensen, Gerhard Klebe and Nathan A Baker: PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 35:W522-5 (2007)
Registry entries: OMICtools 
Perm
efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds
Versions of package perm
ReleaseVersionArchitectures
buster0.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4.0-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PerM is a software package which was designed to perform highly efficient genome scale alignments for hundreds of millions of short reads produced by the ABI SOLiD and Illumina sequencing platforms. Today PerM is capable of providing full sensitivity for alignments within 4 mismatches for 50bp SOLID reads and 9 mismatches for 100bp Illumina reads.

Please cite: Yangho Chen, Tade Souaiaia and Ting Chen: PerM: efficient mapping of short sequencing reads with periodic full sensitive spaced seeds. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(19):2514-21 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Phyml
Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood
Versions of package phyml
ReleaseVersionArchitectures
wheezy20110919-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze20100123-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie20120412-2amd64,armel,armhf,i386
stretch3.2.0+dfsg-7amd64,arm64,armhf,i386
sid3.3.20200621-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3.20200621-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.3.20180621-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package phyml:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-withbiological-sequence
Popcon: 12 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PhyML er et program, som estimerer maksimum likelihood-fylogenier baseret på sammenligninger af nukleotid- eller aminosyresekvenser. Programmet tilbyder en bred vifte af indstillinger, som blev designet til at lette fylogentiske standardanalyser. PhyML's største styrke ligger i det store antal erstatningsmodeller koblet til diverse indstillinger for søgning i rummet med fylogenetiske trætopologier, der går fra meget hurtige og effektive metoder til langsommere, men mere præcise fremgangsmåder. Programmet implementerer også to metoder til at evaluere grenunderstøttelser i en god statistisk ramme (den ikkeparametriske bootstrap og den tilnærmede likelihood-forholdstest).

PhyMl blev designet til at behandle moderate til store datasæt. I teorien kan sammenligninger med op til 4.000 sekvenser og længde op til 2.000.000 tegn analyseres. I praksis er mængden af hukommelse til at behandle et datasæt proportional med produktet af antallet af sekvenser og deres længde. Et stort antal sekvenser kan derfor kun behandles, såfremt de er korte. PhyMl kan også håndtere lange sekvenser, så længe der ikke er mange. Med de fleste standardcomputere er komfortzonen for PhyML generelt omkring 3 til 500 sekvenser, som er mindre end 2.000 tegn lange.

Denne pakke inkluderer også PhyTime.

Please cite: Stéphane Guindon: Bayesian estimation of divergence times from large sequence alignments. (PubMed,eprint) Molecular Biology and Evolution 27(8):1768-81 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package phyml
Phyutility
simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
Versions of package phyutility
ReleaseVersionArchitectures
sid2.7.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.7.3-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.7.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.7.3+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.7.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Phyutility (fyoo-til-i-te) is a command line program that performs simple analyses or modifications on both trees and data matrices.

Currently it performs the following functions (to suggest another feature, submit an Issue and use the label Type-Enhancement) :

Trees

  • rerooting
  • pruning
  • type conversion
  • consensus
  • leaf stability
  • lineage movement
  • tree support

Data Matrices

  • concatenate alignments
  • genbank parsing
  • trimming alignments
  • search NCBI
  • fetch NCBI
Please cite: Stephen A. Smith and Casey W. Dunn: Phyutility: a phyloinformatics utility for trees, alignments, and molecular data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 24(5):715-716 (2008)
Registry entries: OMICtools 
Picard-tools
Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer
Versions of package picard-tools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.24.1+dfsg-1all
sid2.24.1+dfsg-1all
stretch2.8.1+dfsg-1all
wheezy1.46-1all
jessie1.113-1all
buster2.18.25+dfsg-2amd64
squeeze1.27-1all
upstream2.25.5
Popcon: 9 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

SAM-formatet (Sequence Alignment/Map) er et generisk format til at lagre store sammenligninger af nukleotidsekvenser. Picard Tools indeholder disse redskaber til at manipulere SAM- og BAM-filer:

 AddCommentsToBam                  FifoBuffer
 AddOrReplaceReadGroups            FilterSamReads
 BaitDesigner                      FilterVcf
 BamIndexStats                     FixMateInformation
 BamToBfq                          GatherBamFiles
 BedToIntervalList                 GatherVcfs
 BuildBamIndex                     GenotypeConcordance
 CalculateHsMetrics                IlluminaBasecallsToFastq
 CalculateReadGroupChecksum        IlluminaBasecallsToSam
 CheckIlluminaDirectory            LiftOverIntervalList
 CheckTerminatorBlock              LiftoverVcf
 CleanSam                          MakeSitesOnlyVcf
 CollectAlignmentSummaryMetrics    MarkDuplicates
 CollectBaseDistributionByCycle    MarkDuplicatesWithMateCigar
 CollectGcBiasMetrics              MarkIlluminaAdapters
 CollectHiSeqXPfFailMetrics        MeanQualityByCycle
 CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment
 CollectIlluminaLaneMetrics        MergeSamFiles
 CollectInsertSizeMetrics          MergeVcfs
 CollectJumpingLibraryMetrics      NormalizeFasta
 CollectMultipleMetrics            PositionBasedDownsampleSam
 CollectOxoGMetrics                QualityScoreDistribution
 CollectQualityYieldMetrics        RenameSampleInVcf
 CollectRawWgsMetrics              ReorderSam
 CollectRnaSeqMetrics              ReplaceSamHeader
 CollectRrbsMetrics                RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar
 CollectSequencingArtifactMetrics  RevertSam
 CollectTargetedPcrMetrics         SamFormatConverter
 CollectVariantCallingMetrics      SamToFastq
 CollectWgsMetrics                 ScatterIntervalsByNs
 CompareMetrics                    SortSam
 CompareSAMs                       SortVcf
 ConvertSequencingArtifactToOxoG   SplitSamByLibrary
 CreateSequenceDictionary          SplitVcfs
 DownsampleSam                     UpdateVcfSequenceDictionary
 EstimateLibraryComplexity         ValidateSamFile
 ExtractIlluminaBarcodes           VcfFormatConverter
 ExtractSequences                  VcfToIntervalList
 FastqToSam                        ViewSam
The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Picard toolkit. Broad Institute, GitHub repository (2019)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequencing; Document, record and content management
Plink
Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer
Versions of package plink
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.07-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.07+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.07+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.07+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.07-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.07-3amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.07-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package plink:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 9 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

plink forventer inddata i form af data fra SNP (single nucleotide polymorphism) chip af mange individer og deres fænotypiske sygdomsbeskrivelse. Den finder associationer fra enkelte eller parvise DNA-variationer med en fænotype og kan indhente SNP-annotation fra en online-kilde.

SNP'er kan evalueres individuelt eller som par efter deres association med sygdommens fænotyper. Der er understøttelse af fælles undersøgelse af eksemplarnummer-variationer. Der er implementeret en variation af statistiske test.

Bemærk venligst: Den eksekverbare fil blev omdøbt til plink1 på grund af et

 sammenstød af navne. Læs venligst mere om dette i
/usr/share/doc/plink/README.Debian.
Please cite: Shaun Purcell, Benjamin Neale, Kathe Todd-Brown, Lori Thomas, Manuel A. R. Ferreira, David Bender, Julian Maller, Pamela Sklar, Paul I. W. de Bakker, Mark J. Daly and Pak C. Sham: PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis. (PubMed) American Journal of Human Genetics 81(3):559-75 (2007)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Plink1.9
Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer
Versions of package plink1.9
ReleaseVersionArchitectures
buster1.90~b6.6-181012-1amd64,armel,armhf,i386,mipsel
stretch1.90~b3.45-170113-1amd64,armel,armhf,i386,mipsel
sid1.90~b6.21-201019-1amd64,armel,armhf,i386,mipsel
bullseye1.90~b6.21-201019-1amd64,armel,armhf,i386,mipsel
Popcon: 4 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Plink forventer data fra SNP-chip (single nucleotide polymorphism) for mange individuelle og deres fænotypiske beskrivelse af en sygdom. Programmet finder associationer for enkelte eller par af DNA-variationer med en fænotype og kan hente SNP-annotation fra en netkilde.

SNP'er kan evalueres individuelt eller som par for deres association med sygdomsfænotyper. Den samlede undersøgelse af kopiantalvariationer er understøttet. En række statistiske test er blevet implementeret.

Plink1.9 er en omfattende opdatering af plink med nye algoritmer og nye metoder, hurtigere og mindre hukommelsesforbrugende end den første plink.

Bemærk venligst: Den kørbare fil blev omdøbt til plink1.9 på grund af et navnesammenfald. Læs venligst mere om dette i /usr/share/doc/plink1.9/README.Debian.

Please cite: Christopher C. Chang, Carson C. Chow, Laurent C.A.M. Tellier, Shashaank Vattikuti, Shaun M. Purcell and James J. Lee: Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets. (eprint) GigaScience 4(1):7 (2015)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Plink2
whole-genome association analysis toolset
Versions of package plink2
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.00~a3-210203+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.00~a3-210203+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.00~a3-210525
Popcon: 0 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

plink expects as input the data from SNP (single nucleotide polymorphism) chips of many individuals and their phenotypical description of a disease. It finds associations of single or pairs of DNA variations with a phenotype and can retrieve SNP annotation from an online source.

SNPs can evaluated individually or as pairs for their association with the disease phenotypes. The joint investigation of copy number variations is supported. A variety of statistical tests have been implemented.

plink2 is a comprehensive update of plink and plink1.9 with new algorithms and new methods, faster and less memory consumer than the first plink.

Please cite: Christopher C. Chang, Carson C. Chow, Laurent C.A.M. Tellier, Shashaank Vattikuti, Shaun M. Purcell and James J. Lee: Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets. (eprint) GigaScience 4(1):7 (2015)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Poa
Partial Order Alignment for flere sekvenssammenligninger
Versions of package poa
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0+20060928-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0+20060928-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.0+20060928-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.0+20060928-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.0+20060928-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.0+20060928-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0+20060928-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package poa:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
works-with-formatplaintext
Popcon: 10 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

POA er Partial Order Alignment, et hurtigt program for flere sekvenssammenligninger (MSA) i bioinformatik. Dets fordele er hastighed, skalabilitet, sensitivitet og den overlegne evne til at håndtere forgrening/indels i sammenligningen. Delvis rækkesammenligning er en tilgang til MSA, som kan kombineres med de eksisterende metoder, såsom gradvis sammenligning. POA sammenligner optimalt et par MSA'er, og kan derfor anvendes direkte til progressive sammenligningsmetoder såsom CLUSTAL. For store sammenligninger er Progressive POA 10-30 gange hurtigere end CLUSTALW.

Registry entries: OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package poa
Prank
Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
Versions of package prank
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.0.170427+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.0.140110-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.0.170427+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.0.170427+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.0.150803-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 13 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PRANK is a probabilistic multiple alignment program for DNA, codon and amino-acid sequences. It's based on a novel algorithm that treats insertions correctly and avoids over-estimation of the number of deletion events. In addition, PRANK borrows ideas from maximum likelihood methods used in phylogenetics and correctly takes into account the evolutionary distances between sequences. Lastly, PRANK allows for defining a potential structure for sequences to be aligned and then, simultaneously with the alignment, predicts the locations of structural units in the sequences.

PRANK is a command-line program for UNIX-style environments but the same sequence alignment engine is implemented in the graphical program PRANKSTER. In addition to providing a user-friendly interface to those not familiar with Unix systems, PRANKSTER is an alignment browser for alignments saved in the HSAML format. The novel format allows for storing all the information generated by the aligner and the alignment browser is a convenient way to analyse and manipulate the data.

PRANK aims at an evolutionarily correct sequence alignment and often the result looks different from ones generated with other alignment methods. There are, however, cases where the different look is caused by violations of the method's assumptions. To understand why things may go wrong and how to avoid that, read this explanation of differences between PRANK and traditional progressive alignment methods.

Please cite: Ari Löztznoja: Phylogeny-aware alignment with PRANK. (PubMed) Methods Mol. Biol. 1079:155-170 (2014)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package prank
Prime-phylo
bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
Versions of package prime-phylo
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0.11-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.11-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.11-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.11-2amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.11-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Please cite: Ö. Åkerborg, B. Sennblad, L. Arvestad and J. Lagergren: Simultaneous Bayesian gene tree reconstruction and reconciliation analysis. (PubMed,eprint) Proceedings of the National Academy of Sciences 106(14):5714-5719 (2009)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Primer3
Værktøj til at designe flankerende, oligo-nukleotider til DNA-amplifikation
Versions of package primer3
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.2.3-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.1.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.3.6-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3.7-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package primer3:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
works-with-formatplaintext
Popcon: 31 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Primer3 udvælger primere til polymerase-kædereaktioner (PCR'er), hvor kriterier for oligonukliotider betragtes ud fra smeltetemperatur, størrelse, GC-indhold og primer-dimer muligheder, PCR-produktstørrelse, positionelle begrænsninger inden for kildesekvensen, og forskellige andre begrænsninger. Alle disse kriterier kan angives af brugeren som begrænsninger, og nogle kan angives som termer i en objektiv funktion, som karakteriserer et optimalt primer-par.

Please cite: Steve Rozen and Helen J. Skaletsky: Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. (PubMed,eprint) Methods Mol Biol. 132(3):365-86 (2000)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package primer3
Probabel
Værktøjssæt for Genome-Wide Association Analysis
Versions of package probabel
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.4.3-2amd64,armel,armhf,i386
buster0.5.0+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.5.0+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.5.0+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.4.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakken ProbABEL er en del af GenABEL-projektet for analyse af genome-wide-data. ProbABEL bruges til at køre GWAS. Med brug af filer i filevector/DatABEL-formatet kan man endda køre GWAS på computere med kun nogle få GB RAM.

The package is enhanced by the following packages: probabel-examples
Please cite: Yurii S Aulchenko, Maksim V Struchalin and Cornelia M van Duijn: ProbABEL package for genome-wide association analysis of imputed data.. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 11:134 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Probcons
flersekvens-sammenstilling baseret på probabilistisk konsistens (PROBabilistic CONSistency)
Versions of package probcons
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.12-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.12-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.12-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.12-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.12-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.12-9amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.12-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package probcons:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 10 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Værktøj til at fremstille flere sammenstillinger af proteinsekvenser. Med brug af probabilistiske modelleringer og teknikker til konsistensbaserede sammenstillinger, har PROBCONS opnået den højeste nøjagtighed blandt alle sammenstillingsmetoder til dato. I BAliBASE-databasen med sammenligninger af sammenstillinger, viser sammenstillinger fremstillet af PROBCONS statistisk signifikante forbedringer i forhold til andre aktuelle programmer, indeholdende i gennemsnit 7% flere korrekt sammenstillede kolonner end de som stammer fra T-Coffee, 11% flere korrekt sammenstillede kolonner end dem fra CLUSTAL W, og 14% mere korrekt sammenstillede kolonner end dem fra DIALIGN.

Please cite: Chuong B. Do, Mahathi S.P. Mahabhashyam, Michael Brudno and Serafim Batzoglou: ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Genome Research 15(2):330-340 (2005)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package probcons
Proda
multi-sammenligning af protein-sekvenser
Versions of package proda
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0-7amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.0-8amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package proda:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 10 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ProDA er et system til automatiseret detektering og sammenligning af homologe regioner i kollektioner af proteiner med arbitrære domæne- arkitekturer. Givent et input sæt af ikke-sammenlignede sekvenser, vil ProDA identificere alle homologe regioner som fremkommer i en eller flere sekvenser, og returnerer en kollektion af lokale flerjusteringer for disse regioner.

Please cite: Tu Minh Phuong, Chuong B. Do, Robert C. Edgar and Serafim Batzoglou: Multiple alignment of protein sequences with repeats and rearrangements. (PubMed,eprint) Nucl. Acids Res. 34(20):5932-5942 (2006)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package proda
Prodigal
Mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram
Versions of package prodigal
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.6.1-1amd64,armel,i386
stretch2.6.3-1amd64,arm64,armel,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.6.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.6.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.6.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Prodigal (Prokaryotisk Dynamic Programming Genefinding Algoritme) er et mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram udviklet på Oak Ridge National Laboratory og University of Tennessee. Nøglefunktioner i Prodigal inkluderer:

Hastighed: Prodigal er et ekstremt hurtigt gengenkendelsesværktøj (skrevet i very vanilla C). Det kan analysere et helt mikrobielt genom på 30 sekunder eller mindre.

Nøjagtighed: Prodigal er en meget nøjagtig genfinder. Prodigal lokaliserer 3'-enden af hvert gen i eksperimentelt verificeret korrekte Ecogene-datasæt (undtagen dem, der indeholder introns). Prodigal besidder et meget sofistikeret ribosombindingssted-bedømmelsessystem, der gør det muligt at lokalisere translationsinitieringsstedet med stor nøjagtighed (96% af 5'-ender i Ecogene-datasættet er placeret korrekt).

Specificitet: Prodigal falske positive rate kan måle sig med andre genidentifikationsprogrammer, og falder normalt under 5 %.

GC-indhold Ligeglade: Prodigal klarer sig godt selv i høje GC-genomer, med over 90 % perfekt match (5'+3') til Pseudomonas aeruginosa kurateret annotationer.

Metagenomisk version: Prodigal kan køre i metagenomisk tilstand og analysere sekvenser, selv når organismen er ukendt.

Brugervenlighed: Prodigal kan køres i et trin på en enkelt genomisk sekvens eller på et udkastgenom der indeholder mange sekvenser. Det behøver ikke at være leveret med kendskab til organismen, da programmet lærer alle de egenskaber det skal på egen hånd.

Please cite: Doug Hyatt, Gwo-Liang Chen, Philip F. Locascio, Miriam L. Land, Frank W. Larimer and Loren J. Hauser: Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 11:119 (2010)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Python3-biomaj3-cli
BioMAJ-klient
Versions of package python3-biomaj3-cli
ReleaseVersionArchitectures
sid3.1.11-1all
buster3.1.10-1all
bullseye3.1.11-1all
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BioMAJ henter eksterne databanker, kontrollerer deres status og anvender transformationsarbejdsforløb, med konsistent tilstand, for at tilbyde parate data for biologer og bioinformatikere. For eksempel kan programmet transformere oprindelige FASTA-filer til BLAST-indeks. Programmet er meget fleksibelt og dets efterbehandlingsfunktioner kan nemt udvides.

BioMAJ3 er en omskrivning af BioMAJ v1.x, se dokumentationen på internettet for migreringen.

Denne pakke indeholder klienten til at afvikle BioMAJ3 eller kommunikere med BioMAJ-dæmonprocessen (python3-biomaj3-daemon) i tilfælde af mikrotjenestens konfiguration.

Python3-biopython
Python3 library for bioinformatics
Versions of package python3-biopython
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.78+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.64+dfsg-5amd64,armel,armhf,i386
stretch1.68+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.73+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.78+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 25 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The Biopython Project is an international association of developers of freely available Python tools for computational molecular biology.

It is a distributed collaborative effort to develop Python3 libraries and applications which address the needs of current and future work in bioinformatics. The source code is made available under the Biopython License, which is extremely liberal and compatible with almost every license in the world. The project works along with the Open Bioinformatics Foundation, who generously provide web and CVS space for the project.

Please cite: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon: Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(11):1422-1423 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Python3-cogent3
Ramme for genomisk biologi
Versions of package python3-cogent3
ReleaseVersionArchitectures
sid2020.12.21a+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.12.21a+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyCogent er et programbibliotek for genomisk biologi. Det er en fuldt integreret og gennemtestet ramme for:

  • kontrol af tredjepartsprogrammer
  • udarbejde arbejdsgange; forespørge databaser
  • gennemføre nye probabilistiske analyser af biologisk sekvensevolution og
  • oprette grafik i udgivelseskvalitet Det har mange unikke indbyggede funktioner (som ægte codonsammenligning) og den hyppige tilføjelse af helt nye metoder til analysen af genomdata.
Please cite: Rob Knight, Peter Maxwell, Amanda Birmingham, Jason Carnes, J Gregory Caporaso, Brett C Easton, Michael Eaton, Micah Hamady, Helen Lindsay, Zongzhi Liu, Catherine Lozupone, Daniel McDonald, Michael Robeson, Raymond Sammut, Sandra Smit, Matthew J Wakefield, Jeremy Widmann, Shandy Wikman, Stephanie Wilson, Hua Ying and Gavin A Huttley: PyCogent: a toolkit for making sense from sequence. (PubMed,eprint) Genome Biology 8(8):R171 (2007)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Qiime
Kvantitativ indsigt i mikrobiel økologi
Versions of package qiime
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.4.0-2amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye2020.11.1-1all
sid2020.11.1-1all
jessie1.8.0+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package qiime:
roleprogram
Popcon: 1 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

QIIME 2 er en funktionsrig og decentraliseret mikrobiome analysepakke med fokus på data og analysegennemsigtighed. QIME 2 gør det muligt for forskere at starte en analyse med rå DNA-sekvensdata og afslutte med figurer og statistiske resultater i udgivelseskvalitet. Nøglefunktioner:

  • Integreret og automatisk registrering af dataherkomst
  • Semantisk typesystem
  • Udvidelsesmodulsystem for udvidelse af mikrobiome analysefunktionalitet
  • Understøttelse for flere typer af brugerflader (f.eks. API, kommandolinjen, grafisk)

QIIME 2 er et fuldstændigt nyt design og omskrivning af QIIME 1 mikrobiome analysedatakanalen. QIIME 2 vil adressere mange af begrænsningerne i QIIME 1, men de funktioner der gør QIIME 1 til en funktionsrig og bredt anvendt analysedatakanal bevares.

QIIME 2 understøtter i øjeblikket en oprindelig start til slut-mikrobiome analysedatakanal. Ny funktionalitet vil blive tilgængelig via QIIME 2-udvidelsesmoduler. Du kan se en liste over tilgængelige udvidelsesmoduler på QIIME 2's side over udvidelsesmoduler. »future«-siden viser udvidelsesmoduler under udvikling.

Please cite: Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R Dillon, Nicholas A Bokulich, Christian Abnet, Gabriel A Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J Brislawn, C Titus Brown, Benjamin J Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily Cope, Ricardo Da Silva, Pieter C Dorrestein, Gavin M Douglas, Daniel M Durall, Claire Duvallet, Christian F Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M Gauglitz, Deanna L Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin Huttley, Stefan Janssen, Alan K Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R Keefe, Paul Keim, Scott T Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan GI Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D Martin, Daniel McDonald, Lauren J McIver, Alexey V Melnik, Jessica L Metcalf, Sydney C Morgan, Jamie Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B Orchanian, Talima Pearson, Samuel L Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R Spear, Austin D Swafford, Luke R Thompson, Pedro J Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin JJ van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C Weber, Chase HD Williamson, Amy D Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight and J Gregory Caporaso: Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. (PubMed,eprint) Nature Biotechnology 37:852 - 857 (2019)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Topics: Microbial ecology
R-bioc-edger
Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R
Versions of package r-bioc-edger
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.14.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.6.1~dfsg-1all
bullseye3.32.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.32.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.8.2+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
upstream3.34.0
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Biokonduktor-pakke til differentieret udtryksanalyse af hel transskriptom- sekventering (RNA-seq) og digitale gen-udtryksprofiler med biologisk replikation. Det bruger empirisk Bayes-estimering og præcise test baseret på den negative binomial-fordelingsdistribution. Det er også nyttigt for differentieret signal-analyse med andre typer optællinger af genom-skala.

Please cite: Mark D. Robinson, Davis J. McCarthy and Gordon K. Smyth: edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 26,:139-140 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
R-bioc-hilbertvis
GNU R-pakke til at visualisere lange vektordata
Versions of package r-bioc-hilbertvis
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.14.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.32.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.48.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.48.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.5.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.24.0-1amd64,armel,armhf,i386
buster1.40.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.50.0
Debtags of package r-bioc-hilbertvis:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
useanalysing
Popcon: 11 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Dette værktøj giver dig mulighed for at vise meget lange datavektorer på en pladseffektiv måde, ved at organisere dataene via en 2D-Hilbertkurve. Brugeren kan så visuelt bedømme den store skalastruktur og distribution af funktioner på samme tid via den rå form og intensiteten for individuelle funktioner.

I bioinformatics er et typisk brugstilfælde ChIP-Chip og ChIP-Seq, eller grundlæggende alle slags genomdata, som passende vises som kvantitative spor (»wiggle data«) i genombrowsere såsom dem tilbudt af Ensembl eller UCSC.

Please cite: Simon Anders: Visualization of genomic data with the Hilbert curve. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(10):1231-1235 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
R-cran-pvclust
Hierarkisk klyngeopbygning med P-værdier via Multiscale Bootstrap
Versions of package r-cran-pvclust
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.2-2-1all
jessie1.3-0-1all
bullseye2.2-0-2all
buster2.0-0-4all
stretch2.0-0-1all
sid2.2-0-2all
Popcon: 19 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pvclust er en pakke for vurdering af usikkerheden i hierarkisk klyngeanalyse. Pakken tilbyder AU (omtrentlig upartisk) p-værdier samt BP-værdier (bootstrap-sandsynlighed) beregnet via flerskaleret bootstrap-resampling.

Please cite: Ryota Suzuki and Hidetoshi Shimodaira: Pvclust: an R package for assessing the uncertainty in hierarchical clustering. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(12):1540-1542 (2006)
Registry entries: OMICtools 
R-cran-qtl
GNU R-pakke for genetisk markørbindingsanalyse
Versions of package r-cran-qtl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.23-16-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.33-7-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.40-8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.44-9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.47-9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.47-9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.16-6-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream1.48-1
Debtags of package r-cran-qtl:
devellang:r, library
fieldbiology, statistics
roleapp-data
suitegnu
Popcon: 23 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

R/QTL er et udvideligt, interaktivt miljø til kortlægning af kvantitativ trait loci (QTL'er) i eksperimentelle krydsninger. Det er implementeret som en udvidelsespakke til det frit tilgængelige og udbredte statistiske sprog/program R (se http://www.r-project.org).

Udviklingen af ​​dette program som en udvidelse til R giver mulighed for at udnytte de grundlæggende matematiske og statistiske funktioner, og kraftfulde grafikfunktioner, der er indeholdt i R. Derudover vil brugeren få gavn af den problemfri integration af QTL-kortlægningsprogrammet i et generelt statistisk analyseprogram. Målet er at gøre komplekse QTL-kortlægningsmetoder bredt tilgængelige og give brugerne mulighed for at fokusere på modellering snarere end beregning.

Et centralt element i beregningsmæssige metoder til QTL-oversættelse er den skjulte Markov-modelteknologi (HMM) til håndtering af manglende arvemassedata. De vigtigste HMM-algoritmer blev implementeret, med hensyn til tilstedeværelsen af arvemassefejl, for tilbagekrydsninger, krydsninger og fase-kendte fire vejs krydsninger.

Den nuværende version af R/QTL omfatter faciliteter til estimering af genetiske kort, identificering af arvemassefejl, og udførelse af single-QTL-arvemasseskanninger og to-QTL, todimensionale arvemasse skanninger, efter intervalkortlægning (med EM-algoritmen), Haley-Knott-regression og flere imputationer. Alt dette kan udføres i nærvær af kovarianter (såsom køn, alder eller behandling). Man kan også passe højere orden QTL-modeller ved flere imputationer.

Please cite: Karl W. Broman, Hao Wu, Saunak Sen and Gary A. Churchill: R/qtl: QTL mapping in experimental crosses. (PubMed,eprint) Bioinformatics 19:889-890 (2003)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
R-cran-vegan
Fællesskabsøkologi for R
Versions of package r-cran-vegan
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4-2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0-10-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0-3-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.5-4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5-7+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5-7+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 32 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

R-pakke for fællesskabsøkologer. Den indeholder flest multivariat analyse krævet i analysering af økologiske fællesskaber. Samt værktøjer til mangfoldighedsanalyse. De fleste mangfoldighedsmetoder antager at data er individantal.

Disse værktøjer bruges nogle gange uden for økologi, for eksempel til at studere populationer af hvide blodceller eller RNA-molekyler.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
R-other-mott-happy.hbrem
GNU R-pakke for finkortlægning af komplekse sygdomme
Versions of package r-other-mott-happy.hbrem
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.4-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 9 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Happy er en R-grænseflade til HAPPY C-pakken for finkortlægning af Quantitative Trait Loci (QTL) i Heterogenous Stocks (HS). En HS er en avanceret mellemkrydsning mellem (normalt otte) grundlægger indavlede strenge for mus. HS er egnet for finkortlægning af QTL. Grænsefladen bruger en flerpunktsanalyse, som tilbyder signifikante forbedringer i statistiske funktioner til at detektere QTL'er over det opnået med single- marker association.

Pakken happy er en udvidelse af det oprindelige C-program happy; den bruger C-koden til at beregne sandsynligheden for arv fra hver af grundlæggerne, på hvert locus-position, men happypakningen giver et meget større udvalg af modeller, som kan tilpasses dataene.

Læs /usr/share/doc/r-other-mott-happy/README.Debian for en yderligere detaljeret forklaring.

Please cite: Richard Mott, Christopher J. Talbot, Maria G. Turri, Allan C. Collins and Jonathan Flint: A method for fine mapping quantitative trait loci in outbred animal stocks. (PubMed,eprint) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97(23):12649-12654 (2000)
Registry entries: SciCrunch 
Raster3d
Værktøjer for oprettelse af billeder for proteiner eller andre molekyler
Versions of package raster3d
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.9-1-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.0-7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0-3-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0-3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.0-3-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.0-2-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid3.0-7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package raster3d:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeapplication
useconverting, viewing
works-with3dmodel, image, image:raster
works-with-formatjpg, png
Popcon: 11 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Raster3D er et sæt af værktøjer for oprettelse af højkvalitets rasterbilleder for proteiner eller andre molekyler. Basisprogrammet optegner sfærer, triangler, cylindere og keglesnitsflader med spejlende fremhævelse, Phong-skygge og skyggelægning. Programmet bruger en effektiv programalgoritme Z-buffer, som er uafhængig af eventuelt udstyr. Yderligere programmer behandler atomare koordinater fra PDB-filer til optegningsbeskrivelser for billeder komponeret for bånd, pladsfyldende atomer, grænser, bold+stav etc. Raster3D kan også bruges til at optegne billeder fremstillet i andre programmer såsom Molscript i strålende 3D med fremhævelser, skyggelægning etc. Resultatet gemmes i billedpunktsfiler med 24-bit farveinformation per billedpunkt.

Please cite: E.A. Merritt and D.J. Bacon: Raster3D Photorealistic Molecular Graphics. (PubMed) Methods in Enzymology 277:505-524 (1997)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Readseq
Konvertering mellem sekvensformater
Versions of package readseq
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1-11amd64,armel,armhf,i386
stretch1-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package readseq:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
works-with-formatplaintext
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Læser og skriver kerne/proteinsekvenser i forskellige formater. Datafiler kan have flere sekvenser. Readseq er specielt nyttig, fordi den automatisk finder mange sekvensformater og konverterer imellem dem.

Please cite: Don Gilbert: Sequence file format conversion with command-line readseq. (PubMed,eprint) Current Protocols in Bioinformatics Appendix 1:E (2003)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Rnahybrid
Hurtig og effektiv forudsigelse om microRNA-/mål-dubletter
Versions of package rnahybrid
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.2-5amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.2-1amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1.1-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.1.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.1.2-6amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-6amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package rnahybrid:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

RNAhybrid er et værktøj til at finde den minimale, fri energihybridisering fra en lang og en kort RNA. Hybridiseringen udføres i en form for domænetilstand. Det vil sige, den korte sekvens hybridiseres til den del som passer bedst fra den lange del. Værktøjet er primært ment som en måde at lave microRNA målforudsigelser.

Please cite: Marc Rehmsmeier, Peter Steffen, Matthias Höchsmann and Robert Giegerich: Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes. (PubMed,eprint) RNA 10(10):1507-1517 (2004)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Rtax
Klassifikation af sekvenslæsninger for 165 ribosomal RNA-gen
Versions of package rtax
ReleaseVersionArchitectures
sid0.984-7all
bullseye0.984-7all
jessie0.984-2all
buster0.984-6all
stretch0.984-5all
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Short-read-teknologier for mikrobiel fællesskabsprofilering øges i popularitet, men tidligere teknologier for tildeling af taksonomi til paried-end-læsninger performer dårligt. RTAX tilbyder hurtige taksonomiske tildelinger for paired-end-læsninger via en konsensusalgoritme.

Please cite: David A. W. Soergel, Neelendu Dey, Rob Knight and Steven E. Brenner: Selection of primers for optimal taxonomic classification of environmental 16S rRNA gene sequences. (PubMed,eprint) The ISME Journal 6:1440–1444 (2012)
Registry entries: OMICtools 
Samtools
Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
Versions of package samtools
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.1.8-1amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390
buster1.9-4amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.1-3amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
sid1.11-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.11-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.19-1amd64,armhf,i386
wheezy0.1.18-1amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390
upstream1.12
Debtags of package samtools:
fieldbiology
interfacecommandline
networkclient
roleprogram
scopeutility
uitoolkitncurses
useanalysing, calculating, filtering
works-withbiological-sequence
Popcon: 64 users (12 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Samtools er et sæt af værktøjer, der manipulerer sammenligninger af nukleotidsekvenser i det binære BAM-format. Værktøjet importerer fra og eksporterer til ascii SAM-formatet (Sequence Alignment/Map) og CRAM-formater, udfører sortering, sammenlægning og indeksering, og gør det muligt at hente læsninger i alle områder hurtigt. Det er designet til at arbejde på en strøm, og er i stand til at åbne en BAM- eller CRAM-fil (ikke SAM) på en ekstern FTP- eller HTTP-server.

The package is enhanced by the following packages: libbio-samtools-perl multiqc
Please cite: Heng Li, Bob Handsaker, Alec Wysoker, Tim Fennell, Jue Ruan, Nils Homer, Gabor Marth, Goncalo Abecasis, Richard Durbin and 1000 Genome Project Data Processing Subgroup: The Sequence Alignment/Map (SAM) Format and SAMtools. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(16):2078-2079 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package samtools
Seqan-apps
C++-bibliotek for analyse af biologiske sekvenser
Versions of package seqan-apps
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3.1+dfsg-4amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
squeeze1.2-1amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.4.0+dfsg-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.0+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.4.1+dfsg-2amd64,armhf,i386
wheezy1.3.1-1amd64,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x
bullseye2.4.0+dfsg-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package seqan-apps:
devellibrary
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SeqAn er et C++-skabelonbibliotek med effektive algoritmer og datastrukturer for analyse af sekvenser med fokus på biologiske data. Dette bibliotek anvender et unikt generisk design, som garanterer høj ydelse, almenhed, udvidelsesmuligheder og integration med andre biblioteker. SeqAn er nem at bruge og forenkler udviklingen af nye programværktøjer med et minimalt tab af ydelse. Denne pakke indeholder programmerne dfi, pair_align, micro_razers, seqan_tcoffee, seqcons, razeres og tree_recon.

Please cite: Andreas Doring, David Weese, Tobias Rausch and Knut Reinert: SeqAn An efficient, generic C++ library for sequence analysis. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 9(1):11 (2008)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Sibsim4
Sammenlign udtrykte RNA-sekvenser på en DNA-skabelon
Versions of package sibsim4
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.20-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.20-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.20-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.20-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.20-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.20-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.20-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package sibsim4:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SIBsim4-projektet er baseret på sim4, som er et program designet til at sammenligne en udtrykt DNA-sekvens med en arvemassesekvens, der tillader introner. SIBsim4 er en ret så omfattende omskrivning af den oprindelige kode med de følgende mål:

  • hastighedsforbedringer
  • tillade at store, i kromosom skala, DNA-sekvenser anvendes
  • tilbyde mere detaljeret resultat om splice-typer
  • tilbyde mere detaljeret resultat om polyA-sider
  • diverse kodeoprydninger og rettelser
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Sigma-align
Simpel grådig flerjustering af ikke-kodende DNA-sekvenser
Versions of package sigma-align
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1.3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.1.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.1.3-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.1.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.1.3-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package sigma-align:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Sigma (»Simple greedy multiple alignment«, simpel grådig flerjustering) er et justeringsprogram. Dets algoritme og scoringsskema er designet specifikt til ikke-kodende DNA-sekvenser.

Den bruger en strategi til søgning efter bedst mulige, gabsfrie, lokale justeringer. Dette sker ved hvert trin, for at gøre den bedst mulige justering konsistent med eksisterende justeringer. Den scorer signifikansen af justeringen baseret på længden af de justerede fragmenter og en baggrundsmodel. Disse kan tildeles eller estimeres fra en tillægsfil med intergenisk DNA.

Please cite: Siddharthan, Rahul: Sigma: multiple alignment of weakly-conserved non-coding DNA sequence. (PubMed) BMC Bioinformatics 7(1):143 (2006)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Sim4
Værktøj for justering af cDNA og genomisk DNA
Versions of package sim4
ReleaseVersionArchitectures
sid0.0.20121010-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.0.20121010-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.0.20121010-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.0.20121010-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.0.20030921-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye0.0.20121010-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.0.20030921-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package sim4:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 27 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Sim4 er et similaritetsbaseret værktøj til at henføre en eksplicit DNA- sekvens (EST, cDNA, mRNA) til en genomisk sekvens for genet. Programmet finder også sammenføringspunkter når to inddatasekvenser overlapper i enden (dvs. når starten af en sekvens overlapper slutningen af den anden).

Sim4 bruger en blast-baseret teknik til først at bestemme de grundlæggende matchende blokke, der repræsenterer »exon-kernerne«. I det første stadie registreres alle de mulige præcise match af W-merer (dvs. DNA-ord med størrelse W) mellem de to sekvenser, de udvides til maksimalt scorende gabsfrie segmenter. I det andet stadie udvides exon-kernerne til de nærliggende, endnu ikke matchede fragmenter med brug af grådige algoritmer, og heuristik bruges til at favorisere konfigurationer som passer med genkendelsessignalerne for splejsningsstederne (GT-AG, CT-AC). Om nødvendigt gentages processen med mindre stringente parametre på de fragmenter som ikke er blevet matchet.

Please cite: Liliana Florea, George Hartzell, Zheng Zhang, Gerald M. Rubin and Webb Miller: A Computer Program for Aligning a cDNA Sequence with a Genomic DNA Sequence. (PubMed,eprint) Genome Research 8:967-974 (1998)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Smalt
Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning
Versions of package smalt
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.7.6-6amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
buster0.7.6-8amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.7.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.7.6-4amd64,armhf,i386
sid0.7.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SMALT sammenligner effektivt DNA-sekvenslæsninger med et referencegenom. Læsninger fra en bred vifte af sekvensplatforme, for eksempel Illunina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio eller ABI-Sanger, kan behandles inklusive parrede læsninger.

Programmet anvender et perfekt hashindeks med korte ord (<20 nukleotider lang), samplet ved ækvivalente trin langs genomreferencesekvenser.

For hver læsning bliver potentielt matchende segmenter i referencen identificeret fra seed-matchninger i indekset og efterfølgende sammenlignet med læsningen via en forbundet Smith-Waterman-algoritme.

Den bedste sammenligning af hver læsning rapporteres inklusive en bedømmelse af troværdighed for bedste oversættelse. Brugeren kan justere balancen mellem sensitivitet og hastighed ved at finjustere længden og mellemrum for hashede ord.

En tilstand for registrering af split-læsninger (chimeric) tilbydes. Programkørsel med flere tråde er også understøttet.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Snap
Placering af gener fra DNA-sekvens med skjult Markovmodel
Versions of package snap
ReleaseVersionArchitectures
buster2013-11-29-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2013-11-29-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2013-11-29-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye2013-11-29-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2013-11-29-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 251 users (174 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SNAP er et alment program til at finde gener. Programmet er egnet for både eukaryote og prokaryote arvemasser. SNAP er et akronym for Semi-HMM-baseret Nucleic Acid Parser.

Please cite: Ian Korf: Gene finding in novel Genomes. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 5:59 (2004)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package snap
Soapdenovo
Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling
Versions of package soapdenovo
ReleaseVersionArchitectures
sid1.05-6amd64
buster1.05-5amd64
bullseye1.05-6amd64
stretch1.05-3amd64
jessie1.05-2amd64
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SOAPdenovo er en lille short-read samlingsmetode, som kan bygge en de novo-kladdesamling for arvemassen i menneskestørrelse. Programmet er specielt designet til at samle »Illumina GA short reads«.

Programmet skaber nye muligheder for bygning af referencesekvenser og udføre præcise analyser af ej opdaget arvemasse på en omkostningseffektiv måde.

Denne version vedligeholdes ikke længere, overvej at bruge soapdenovo2.

Please cite: Ruiqiang Li, Hongmei Zhu, Jue Ruan, Wubin Qian, Xiaodong Fang, Zhongbin Shi, Yingrui Li, Shengting Li, Gao Shan, Karsten Kristiansen, Songgang Li, Huanming Yang, Jian Wang and Jun Wang: De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing. (PubMed,eprint) Genome Research 20(2):265-72 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Soapdenovo2
Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling
Versions of package soapdenovo2
ReleaseVersionArchitectures
jessie240+dfsg-2amd64
bullseye242+dfsg-1amd64
stretch240+dfsg1-2amd64
buster241+dfsg-3amd64
sid242+dfsg-1amd64
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SOAPdenovo er en lille short-read samlingsmetode, som kan bygge en de novo-kladdesamling for arvemassen i menneskestørrelse. Programmet er specielt designet til at samle »Illumina GA short reads«.

Programmet skaber nye muligheder for bygning af referencesekvenser og udføre præcise analyser af ej opdaget arvemasse på en omkostningseffektiv måde.

Please cite: Ruibang Luo, Binghang Liu, Yinlong Xie, Zhenyu Li, Weihua Huang, Jianying Yuan, Guangzhu He, Yanxiang Chen, Qi Pan, Yunjie Liu, Jingbo Tang, Gengxiong Wu, Hao Zhang, Yujian Shi, Yong Liu, Chang Yu, Bo Wang, Yao Lu, Changlei Han, David W Cheung, Siu-Ming Yiu, Shaoliang Peng, Zhu Xiaoqian, Guangming Liu, Xiangke Liao, Yingrui Li, Huanming Yang, Jian Wang, Tak-Wah Lam and Jun Wang: SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler. Giga Science 1(1):18 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Squizz
Konverteringsprogram for gentiske sekvenser og justeringer
Versions of package squizz
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.99b+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
sid0.99d+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.99c+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.99d+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.99d+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.99a-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package squizz:
fieldbiology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Squizz er et formatkontrolprogram for sekvens/justering, men har også nogle konverteringsfunktioner. De mest gængse sekvens- og justeringsformater er understøttet:

  • EMBL, FASTA, GCG, GDE, GENBANK, IG, NBRF, PIR (codata), RAW og SWISSPROT.
  • CLUSTAL, FASTA, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP (interleaved og sequential) og STOCKHOLM.
Registry entries: OMICtools  Bioconda 
Sra-toolkit
Redskaber for NCBI Sequence Read Archive
Versions of package sra-toolkit
ReleaseVersionArchitectures
buster2.9.3+dfsg-1amd64
jessie2.3.5-2+dfsg-1amd64,i386
wheezy2.1.7a-1amd64,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
stretch2.8.1-2+dfsg-2amd64,i386
bullseye2.10.9+dfsg-2amd64
sid2.10.9+dfsg-2amd64
Popcon: 12 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Værktøjer til at læse SRA-arkivet, generelt ved at konvertere individuelle kørsler til et ofte anvendt format såsom fastq.

De tekstmæssige dumpere »sra-dump« og »vdb-dump« tilbydes i denne udgivelse som en hjælp til visuel inspektion. Det er sandsynligt, at den faktiske uddataformatering vil blive ændret i den nære fremtid for en mere stringent, mere formaliseret repræsentation. AFHÆNG IKKE AF UDDATAFORMATET I DENNE UDGIVELSE.

Andre værktøjer distribueret i denne pakke er:

 abi-dump, abi-load
 align-info
 bam-load
 cache-mgr
 cg-load
 copycat
 fasterq-dump
 fastq-dump, fastq-load
 helicos-load
 illumina-dump, illumina-load
 kar
 kdbmeta
 latf-load
 pacbio-load
 prefetch
 rcexplain
 remote-fuser
 sff-dump, sff-load
 sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
 srf-load
 test-sra
 vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
 vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate

Informationen »Help« vil blive forbedret i fremtidige udgivelser og værktøjsindstillingerne vil blive standardiseret på tværs af sættet. Yderligere dokumentation vil også blive lagt på NCBI-hjemmesiden.

Værktøjsindstillinger kan ændre sig i den næste udgivelse. Version 1- værktøjsindstillinger vil forblive understøttet hvor muligt for at bevare funktionaliteten på eksisterende skripter.

Please cite: Rasko Leinonen, Ruth Akhtar, Ewan Birney, James Bonfield, Lawrence Bower, Matt Corbett, Ying Cheng, Fehmi Demiralp, Nadeem Faruque, Neil Goodgame, Richard Gibson, Gemma Hoad, Christopher Hunter, Mikyung Jang, Steven Leonard, Quan Lin, Rodrigo Lopez, Michael Maguire, Hamish McWilliam, Sheila Plaister, Rajesh Radhakrishnan, Siamak Sobhany, Guy Slater, Petra Ten Hoopen, Franck Valentin, Robert Vaughan, Vadim Zalunin, Daniel Zerbino and Guy Cochrane: Improvements to services at the European Nucleotide Archive. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 38(Database issue):D39-45 (2010)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Ssake
Genomprogram for samling af millioner af meget korte DNA-sekvenser
Versions of package ssake
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.5-1all
stretch3.8.4-1all
sid4.0-3all
bullseye4.0-3all
buster4.0-2all
wheezy3.8-2all
jessie3.8.2-1all
Debtags of package ssake:
biologynuceleic-acids
fieldbiology
interfaceshell
roleprogram
scopeutility
useanalysing
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Short Sequence Assembly af K-mer search and 3′ read Extension (SSAKE) er et genomprogram for aggressiv samling af millioner af korte nukleotidsekvenser ved gradvis at søge efter perfekte 3'-meste k-merer ved hjælp af et DNA-præfikstræ. SSAKE er designet til at hjælpe med at udnytte oplysningerne fra korte sekvenser læst ved stringent klyngeopbygning i contig'er, der kan bruges til at karakterisere nye sekventeringsmål.

Please cite: Rene L. Warren, Granger G. Sutton, Steven J. M. Jones and Robert A. Holt: Assembling millions of short DNA sequences using SSAKE. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(4):500-501 (2007)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence assembly
Staden-io-lib-utils
Programmer til at manipulerer DNS-sekvensfiler
Versions of package staden-io-lib-utils
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.12.4-1amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mipsel,s390
stretch1.14.8-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.14.11-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.14.13-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.14.13-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.13.7-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.12.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package staden-io-lib-utils:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Io_lib fra pakken Staden er et bibliotek for fillæsning og skrivning af kode til at tilbyde en almen fillæsningsgrænseflade for formålssporing (og eksperimentfil). Den er blevet kompileret og testet på en række Unix-systemer, MacOS X og MS Windows.

Denne pakke indeholder programmerne, som distribueres med Staden io_lib for manipulering og konvertering af sekvensdatafiler, og specielt filer til at manipulere korte læsninger oprettet af anden og tredjegeneration sekvensprogrammer og lagret i SRF-format.

Registry entries: Bioconda 
T-coffee
Flersekvensjustering
Versions of package t-coffee
ReleaseVersionArchitectures
bullseye13.41.0.28bdc39+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze8.84-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy9.02.r1228-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie11.00.8cbe486-1amd64,armel,armhf,i386
stretch11.00.8cbe486-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster12.00.7fb08c2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid13.41.0.28bdc39+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream13.45.0.4846264
Debtags of package t-coffee:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 28 users (8 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

T-Coffee er en pakke for flersekvensjustering. Givet et sæt af sekvenser (proteiner eller DNA) opretter T-Coffee en flersekvensjustering. Version 2.00 og højere kan mikse sekvenser og strukturer.

T-Coffee tillader kombinationen af flere/parvise, globale eller lokale justeringer i en enkel model. Programmet kan også estimere konsistensniveauet for hver placering i den nye justering med resten af justeringen. Se pre-print for yderligere information.

T-Coffee har en variant kaldet M-Coffee som gør det muligt at kombinere uddata af mange flersekvensjusteringspakker. I sin udgivet version bruger den MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA og T-Coffee. En speciel version er blevet lavet for Debian, DM-Coffee, som kun bruger frie programmer ved at erstatte Clustal W med Kalign. Brug af 8 Methods for M-Coffee kan undertiden være ret tungt. Du kan bruge et undersæt af dine favoritmetoder, hvis du foretrækker dette.

The package is enhanced by the following packages: clustalw dialign-tx kalign mafft muscle ncbi-blast+ poa prank probcons tm-align
Please cite: Cédric Notredame, Desmond G. Higgins and Jaap Heringa: T-coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. (PubMed) Journal of Molecular Biology 302(1):205-217 (2000)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Tabix
Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler
Versions of package tabix
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.1-1amd64,armel,i386
sid1.11-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.11-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.2-2amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
buster1.9-11amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.2.6-2armhf
wheezy0.2.6-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream1.12
Debtags of package tabix:
roleprogram
works-with-formathtml
Popcon: 24 users (10 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Tabix indekserer filer hvor nogle kolonner indikerer sekvenskoordinater: navn (normalt et kromosom), start og stop. Inddatafilen skal være positionssorteret og komprimeret af bgzip (tilbudt i denne pakke), som har en grænseflade der ligner gzip. Efter indeksering er tabix i stand til hurtigt at hente datalinjer efter kromosomkoordinater. Hurtig dataindhentelse fungerer også over netværk hvis en URI angives som et filnavn.

Denne pakke er bygget fra HTSlib-kilden, og tilbyder værktøjerne for bgzip, htsfile og tabix.

Please cite: Heng Li: Tabix: fast retrieval of sequence features from generic TAB-delimited files. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(5):718-719 (2011)
Registry entries: OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package tabix
Theseus
Overlejring af makromolekyler med brug af maksimal sandsynlighed
Versions of package theseus
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386
sid3.3.0-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.4.3-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye3.3.0-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.3.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.3.0-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package theseus:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Theseus er et program, som simultant overlejrer flere makromolekylære strukturer. Theseus finder den optimale løsning til superpositionsproblemet med brug af metoden for maksimal sandsynlighed. Ved at nedvægte variable regioner af superpositionen og ved at rette for korrelationer mellem atomer, fremstiller ML-superpositionsmetoden meget præcise strukturelle sammenligninger.

Når makromolekyler med forskellige sekvenser bliver overlejret, fjerner andre programmer og algoritmer rester som er sammenlignet med huller. Theseus, derimod, bruger en ny superimpositionsalgoritme som inkluderer alle data.

The package is enhanced by the following packages: theseus-examples
Please cite: Douglas L. Theobald and Deborah S. Wuttke: THESEUS: maximum likelihood superpositioning and analysis of macromolecular structures. (eprint) Bioinformatics 22(17):2171-2172 (2006)
Registry entries: OMICtools 
Tigr-glimmer
Gen-detektion i arkæer og bakterier
Versions of package tigr-glimmer
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.02-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.02-3amd64,armel,armhf,i386
stretch3.02b-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.02-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.02b-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.02b-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.02b-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package tigr-glimmer:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-with-formatplaintext
Popcon: 9 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Udviklet af TIGR-instituttet. Programmet detekterer kodesekvenser i bakterier og arkæer.

Gimmer er et system til at finde gener i mikroorganismers DNA, specielt generne i bakterier og arkæer. Glimmer (Gene Locator and Interpolated Markov Modeler) bruger interpolerede Markovmodeller (IMM'er) til at identificere koderegionerne og skelne dem fra ikkekodet DNA.

Please cite: Steven L. Salzberg, Arthur L. Delcher, S. Kasif and O. White: Microbial gene identification using interpolated Markov models. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 26(2):544-8 (1998)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Tree-ppuzzle
Paralleliseret rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed
Versions of package tree-ppuzzle
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.2-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
squeeze5.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package tree-ppuzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TREE-PUZZLE (det nye navn for PUZZLE) er et interaktivt konsolprogram, der implementerer en hurtig algoritme for træ-søgning, kvartets-gåder (»quartet-puzzling«), der tillader analyse af større datasæt og automatisk tildeling af estimater af understøttelse for hver enkelt interne gren. TREE-PUZZLE beregner også parvist sandsynligheden for maksimale distancer, og desuden længden på grene for træer angivet af bruger. Længde på grene kan også beregnes med antagelsen af et ur (»clock-assumption«). Yderligere tilbyder TREE-PUZZLE en ny metode, ligheds-kortlægning, til at undersøge understøttelsen af hypotese-baserede interne grene uden beregning af træet i sin helhed, samt visualisering af det fylogenetistiske indhold af sekvensjusteringer.

Dette er den paralleliserede version af tree-puzzle.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Tree-puzzle
Rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed
Versions of package tree-puzzle
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.2-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
squeeze5.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package tree-puzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TREE-PUZZLE (det nye navn for PUZZLE) er et interaktivt konsolprogram, der implementerer en hurtig algoritme for træ-søgning, kvartets-gåder (»quartet-puzzling«), der tillader analyse af større datasæt og automatisk tildeling af estimater af understøttelse for hver enkelt interne gren. TREE-PUZZLE beregner også parvist sandsynligheden for maksimale distancer, og desuden længden på grene for træer angivet af bruger. Længde på grene kan også beregnes med antagelsen af et ur (»clock-assumption«). Yderligere tilbyder TREE-PUZZLE en ny metode, ligheds-kortlægning, til at undersøge understøttelsen af hypotese-baserede interne grene uden beregning af træet i sin helhed, samt visualisering af det fylogenetistiske indhold af sekvensjusteringer.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Vcftools
Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer
Versions of package vcftools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.1.16-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.14+dfsg-4+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.1.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.1.16-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.12+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.1.16-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie-security0.1.12+dfsg-1+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package vcftools:
roleprogram
Popcon: 19 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

VCFtools er en programpakke designet for arbejde med VCF-filer, såsom dem oprettet af 1000 Genomes Project. Formålet med VCFtools er at tilbyde metoder for arbejde med VCF-filer: validering, sammenføjning, sammenligning og beregning af noget grundlæggende statistik om befolkningsgenetik.

The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers, Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert E. Handsaker, Gerton Lunter, Gabor T. Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean and Richard Durbin: The variant call format and VCFtools. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(15):2156-8 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Velvet
Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger
Versions of package velvet
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.10+dfsg1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.10+dfsg1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.10+dfsg1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.10+dfsg1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.02~nozlibcopy-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.2.10+dfsg1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.03~nozlibcopy-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package velvet:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing
Popcon: 6 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Velvet er en »de novo«-genomisk assembler som er specielt designet for teknologier til kort læsning, såsom Solexa eller 454, udviklet af Daniel Zerbino og Ewan Birney ved European Bioinformatics Institue (EMBL-EBI), nær Cambridge, i Storbritannien.

Velvet kan i øjeblikket tage korte læsesekvenser, fjerner fejl og fremstiller dernæst unikke »contig'er« i høj kvalitet. Det anvender derefter parvis læseinformation, hvis tilgængelig, til at indhente de gentagne områder mellem contig'erne.

Please cite: Daniel R. Zerbino and Ewan Birney: Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. (PubMed,eprint) Genome Research 18(5):821-829 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Wise
Sammenligning af bioplymerer, såsom DNA- og protein-sekvenser
Versions of package wise
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.4.1-17amd64,armel,armhf,i386
sid2.4.1-23amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.1-23amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.4.1-10amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.4.1-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package wise:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
Popcon: 28 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Wise2 er en pakke fokuseret på sammenligninger mellem biopolymerer, fælles DNA- og protein-sekvenser. Der er mange andre pakker som gør dette, de nok bedst kendt er pakken BLAST (fra NCBI) og pakken Fasta (fra Bill Pearson). Der er andre pakker, såsom pakken HMMER (Sean Eddy) eller pakken SAM (UC Santa Cruz) som er fokuseret på skjulte Markov-modeller (HMMs) for biopolymerer.

Den særlige styrke ved Wise2 er sammenligningen af DNA-sekvens på niveau med dets protein-oversættelse. Denne sammenligning tillader den simultane forudsigelse af eksempelvis genstrukturer med homologi-baserede justeringer.

Wise2 indholder også algoritmer, såsom den hæderkronede Smith-Waterman- algoritme, eller mere moderne af slagsen såsom Stephen Altschuls »generalised gap penalties«, eller endda eksperimentelle slags som er udviklet internt, såsom dba. Udviklingen af disse algoritmer skyldes den lethed som udvikling af sådanne algoritmer opnår i det miljø som Wise2 anvender.

Wise2 er også blevet skrevet med et øje for genbrug og vedligehold. Selv om det er en pakke i ren C, så kan du tilgå dets funktionalitet direkte med Perl. Dele af pakken (eller hele pakken) kan anvendes af andre programmer i C eller C++ uden navnerum-konflikter, da alle eksternt kædede variabler har unikke identifikatorer med Wise2 angivet i starten.

Please cite: Ewan Birney, Michele Clamp and Richard Durbin: GeneWise and Genomewise. (PubMed,eprint) Genome Research 14(5):988-95 (2004)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Zalign
Parallel lokal sammenligning af biologiske sekvenser
Versions of package zalign
ReleaseVersionArchitectures
sid0.9.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.9.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.9.1-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ZAlign er en lokal sekvenssammenligner, specielt lavet for brug med store biologiske DNA-sekvenser, med mere end 1 Mbp (millioner basispar). Den bruger Smith-Watermans præcise algoritme med affine gap cost-funktion til at udføre denne opgave.

ZAlign kan bruges både i distribuerede (for eksempel klynger) eller uafhængige miljøer. I øjeblikket er programmet blevet testet både på Linux og Sun Solaris, med brug af både MPICH- (http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/mpich1/) og OpenMPI- implementeringer (http://www.open-mpi.org/). Oversættelser (ports) til andre Unix-lignende miljøer er under kraftig overvejelse.

Please cite: Rodolfo Bezerra Batista, Azzedine Boukerche and Alba Cristina Magalhaes Alves de Melo: A parallel strategy for biological sequence alignment in restricted memory space. Journal of Parallel and Distributed Computing 68(4):548-561 (2008)
Registry entries: OMICtools 

Debian packages in contrib or non-free

Cufflinks
Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
Versions of package cufflinks
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.3.0-2 (non-free)amd64
jessie2.2.1-1 (non-free)amd64
sid2.2.1+dfsg.1-8 (non-free)amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2.1-3 (non-free)amd64
buster2.2.1+dfsg.1-3 (non-free)amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2.1+dfsg.1-8 (non-free)amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: non-free
Git

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Please cite: Cole Trapnell, Brian A Williams, Geo Pertea, Ali Mortazavi, Gordon Kwan, Marijke J van Baren, Steven L Salzberg, Barbara J Wold and Lior Pachter: Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation. (PubMed) Nature Biotechnology 28(5):511-515 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Embassy-phylip
EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
Versions of package embassy-phylip
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.69.650-2 (non-free)amd64
buster3.69.660-3 (non-free)amd64
wheezy3.69+20110714-1 (non-free)amd64
stretch3.69.660-1 (non-free)amd64
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: non-free
Git

This package is the adaptation of the PHYLIP package in which its programs can operate with the biological sequence formats and databases of the European Molecular Biology Open Software Suite (EMBOSS). The software packages adapted for EMBOSS are called EMBASSY.

PHYLIP (the PHYLogeny Inference Package) is a package of programs for inferring phylogenies (evolutionary trees). Methods that are available in the package include parsimony, distance matrix, and likelihood methods, including bootstrapping and consensus trees. Data types that can be handled include molecular sequences, gene frequencies, restriction sites and fragments, distance matrices, and discrete characters.

The EMBASSY PHYLIP programs all have the prefix "f" to distinguish them from the original programs and avoid namespace conflict.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Bagpipe
genomewide LD mapping
Versions of package bagpipe
ReleaseVersionArchitectures
VCS2012.02.15-1all
Versions and Archs
License: GPL3+
Debian package not available
Git
Version: 2012.02.15-1

Bagpipe is a program for performing genomewide linkage disequilibrium mapping of quantitative trait loci in populations whose genome structure can be accommodated in the HAPPY framework [Mott00]. This includes most diploid crosses where the founders of the individuals have known genotypes.

  • Bagpipe is a simplified and streamlined version of Bagphenotype that does not currently include resample model averaging (RMA) capabilities.
  • Bagpipe can help fit single locus regression models (with or without random effects) to marker intervals whose genetic ancestry is inferred using the HAPPY software.
  • Bagpipe cannot help you decide what is a sensible model to fit.
  • Bagpipe does not currently accommodate populations with significant population structure, except through the specification of simple random intercepts based on unpatterned covariance matrices.
  • Bagpipe is named after the Scottish wind instrument "the bagpipes" and after Bagphenotype, which in turn was a PIPEline for BAGging-based multiple QTL analysis of phenoTYPEs. Bagphenotype was in turn based on software written by Richard Mott and William Valdar to analyze heterogeneous stock mice in [Valdar06].
  • Bagpipe is experimental software, is provided free of charge subject to copyleft restrictions, and comes with no guarantees whatsoever.
Please cite: Richard Mott, Christopher J. Talbot, Maria G. Turri, Allan C. Collins and Jonathan Flint: A method for fine mapping quantitative trait loci in outbred animal stocks. (PubMed) Proc Natl Acad Sci U S A. 97(23):12649-54 (200)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203033