Summary
Cloud
Debian Med - Bioinformatikanwendungen für Cloud Computing
Dieses Metapaket wird Debian-Pakete mit Bezug zu Molekularbiologie,
Strukturbiologie und Bioinformatik für den Einsatz in den Biowissenschaften
installieren, die nicht von grafischen Werkzeugsätzen abhängen. Dadurch
können diese Pakete in Cloud-Computing-Clustern verwendet werden, auf denen
der Speicherplatz limitiert sein kann.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
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Debian Med Cloud packages
Official Debian packages with high relevance
abyss
Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«
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Versions of package abyss |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.0.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.2.5+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch-backports | 2.1.5-7~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.3.9-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2.3.9-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.1.5-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.5.2-1 (non-free) | amd64 |
bookworm | 2.3.5+dfsg-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package abyss: |
role | program |
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License: DFSG free
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ABySS ist ein paralleler De-novo-Sequenzassembler, der für short
reads ausgelegt ist. Er kann verwendet werden, um Genom- oder
Transkriptomsequenzdaten zusammenzustellen. Die Parallelisierung
erfolgt über MPI, OpenMP und pthread.
Please cite:
Shaun D. Jackman, Benjamin P. Vandervalk, Hamid Mohamadi, Justin Chu, Sarah Yeo, S. Austin Hammond, Golnaz Jahesh, Hamza Khan, Lauren Coombe, Rene L. Warren and İnanç Birol:
"ABySS 2.0: resource-efficient assembly of large genomes using a Bloom filter".
(PubMed,eprint)
Genome Research
27(5):768-777
(2017)
Topics: Sequence assembly
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acedb-other
Abrufen von DNA- oder Proteinsequenzen
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Versions of package acedb-other |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.9.39+dfsg.02-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.9.39+dfsg.02-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.9.39+dfsg.02-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.9.39+dfsg.02-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.9.39+dfsg.02-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.9.39+dfsg.01-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package acedb-other: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
scope | utility |
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License: DFSG free
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Dieses Paket vereint alle kleinen Anwendungen die acedb unter dem Ziel
»other« seines Makefiles sammelt.
Efetch: vermutlich kurz für: »entry fetch« (Eintrag abrufen), sammelt
Sequenzinformationen von bekannten DNA- und Proteindatenbanken.
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aevol
Digitales genetisches Modell zur Durchführung von Evolutionsexperimenten in silico
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Versions of package aevol |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.0+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 5.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.0+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.0+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.0+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Aevol ist ein digitales genetisches Modell: Populationen digitaler
Organismen werden einem Prozess von Selektion und Variation ausgesetzt,
wodurch eine darwinsche Dynamik entsteht.
Durch Modifikation der Selektionsfaktoren (z.B. Populationsgröße, Art
der Umgebung, Variation der Umwelt) oder der Variationsfaktoren (z.B.
Mutationsraten, Chromosomenveränderungsraten, Arten der Veränderung,
horizontale Transfers) kann experimentell der Einfluss dieser Parameter
auf die Struktur der sich entwickelnden Organismen untersucht werden.
Insbesondere, da Aevol ein präzises und realistisches Modell des Erbgutes
(Genom) enthält, ermöglicht es die Untersuchung struktureller Variationen
des Genoms (z.B. Anzahl der Gene, Syntenie, Anteil codierender Sequenzen).
Die Simulationsplattform beinhaltet eine Sammlung von Werkzeugen zur
Analyse der Phylogenien und zur Erfassung unterschiedlicher Eigenschaften
der Organismen und Populationen während der Evolution.
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alien-hunter
Interpolated Variable Order Motifs zur Identifizierung horizontal erhaltener DNA
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Versions of package alien-hunter |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.7-8 | all |
sid | 1.7-10 | all |
trixie | 1.7-10 | all |
jessie | 1.7-3 | all |
stretch | 1.7-5 | all |
buster | 1.7-7 | all |
bookworm | 1.7-10 | all |
Debtags of package alien-hunter: |
field | biology, biology:structural |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
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Die Anwendung alien_hunter sagt vermutlichen Horizontalen Gentransfer
(HGT)
mit der Implementierung der Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs)
voraus. Ein IVOM-Ansatz nutzt ergänzende Tendenzen mittels variablen
Anordnungen von Sequenzmotiv-Verteilungen und entdeckt verlässlicher die
lokale Zusammenstellung einer Sequenz verglichen mit Methoden mit fester
Anordnung. Optional können Voraussagen überführt werden in ein Hidden
Markov Model (HMM) zweiter Ordnung mit zwei Zuständen, um die
Lokalisierung der Grenzen
der vorausgesagten Regionen zu optimieren. Die Voraussagen (embl-Format)
können automatisch in den Genombetrachter Artemis geladen werden. Er ist
frei
unter http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/ verfügbar.
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altree
Programm zur Phylogenie-basierten Assoziations- und Lokalisierungsanalyse
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Versions of package altree |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.3.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.3.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.3.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.3.1-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package altree: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program, shared-lib |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
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License: DFSG free
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ALTree wurde für entworfen, um Assoziationen zu entdecken und
Suszeptibilitäts-Lokuse (susceptibility loci) mittels phylogenetischen
Bäumen aus Haplotypen zu lokalisieren. Zum Einen ermöglicht sie die
Entdeckung einer Assoziation zwischen einem untersuchten Gen und einer
Krankheit, zum Anderen wird eine Hypothese über Suszeptibilitäts-Lokuse
möglich.
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amap-align
Protein multiple alignment by sequence annealing
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Versions of package amap-align |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.2-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package amap-align: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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AMAP is a command line tool to perform multiple alignment of peptidic
sequences. It utilizes posterior decoding, and a sequence-annealing
alignment, instead of the traditional progressive alignment method. It is
the only alignment program that allows one to control the sensitivity /
specificity tradeoff. It is based on the ProbCons source code, but
uses alignment metric accuracy and eliminates the consistency
transformation.
The Java visualisation tool of AMAP 2.2 is not yet packaged in Debian.
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ampliconnoise
removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons
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Versions of package ampliconnoise |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.29-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.29-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.29-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.29-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.29-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.29-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package ampliconnoise: |
role | program |
|
License: DFSG free
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AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput
sequence data. It consists of three main parts:
Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads
SeqNoise - removes PCR point mutations
Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference
sequences
Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and
this package includes an updated version. There is also a "Denoiser"
in Qiime which is related but distinct.
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anfo
Alignments/Abbildungen kurzer DNA-Sequenzen, von MPG
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Versions of package anfo |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.98-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.98-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
buster | 0.98-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.98-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.98-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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Anfo ist ein Mapper in der Art von Soap/Maq/Bowtie, aber die
Implementierung ähnelt eher BLAST/BLAT. Anful ist für Alignments
sequenzierter Reads (kurze DNA-Sequenzen) am nützlichsten, wenn die
DNA-Sequenz irgendwie verändert wurde (etwa sehr alte DNA oder
Bisulfit-Behandlung) und/oder wenn es zwischen Probe und Referenz mehr
Abweichungen gibt, als schnelle Mapper problemlos vertragen (etwa wenn das
Referenzgenom fehlt und stattdessen eine verwandte Spezies benutzt wird).
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aragorn
tRNA- und tmRNA-Nachweis in Nukleotidsequenzen
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Versions of package aragorn |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.2.38-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.36-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.2.41-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2.41-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.38-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.2.38-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.38-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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Das Programm verwendet heuristische Algorithmen zur Vorhersage von
tRNA-Sekundärstruktur, basierend auf der Homologie mit erkannten
tRNA-Konsensus-Sequenzen und der Fähigkeit zur Bildung einer basengepaarten
Kleeblattstruktur. tmRNA-Gene werden mittels einer modifizierten Version des
BRUCE-Programms identifiziert.
Topics: Functional, regulatory and non-coding RNA
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arden
Genaue Kontrolle für das Lesen von Alignierungen unter Verwendung einer künstlichen Intelligenz
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Versions of package arden |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0-5 | all |
bookworm | 1.0-5 | all |
bullseye | 1.0-5 | all |
buster | 1.0-4 | all |
stretch | 1.0-3 | all |
jessie | 1.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.0-5 | all |
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License: DFSG free
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ARDEN (Artificial Reference Driven Estimation of false positives in NGS
data) ist für DNA-Sequenzierung der nächsten Generation ein neuartiges
Bewertungsprogramm zum Abschätzen von Fehlerraten
basierend auf experimentell gewonnenen DNA-Fragmenten (reads) und einem
zusätzlich generierten künstlichem Genom. Es ermöglicht die Berechnung von
Fehlerraten von einem spezifizierten Datensatz und die Konstruktion einer
ROC-Kurve. Nebenbei kann es für die Optimierung von Parametern für read
mappers, zur Auswahl von read mappers für ein spezifisches Problem
oder zum Filtern von Alignierungen basierend auf Qualitätsabschätzungen
genutzt werden.
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autodock
Analyse der Ligandenbindung von Proteinstrukturen
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Versions of package autodock |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.2.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 4.2.6-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.2.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.2.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package autodock: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
works-with | 3dmodel |
|
License: DFSG free
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AutoDock ist ein erstklassiger Vertreter von Programmen zur Simulation
einer Bindung relativ kleiner Liganden an verhältnismäßig große
Rezeptor-Proteine. In vorhergehenden Versionen waren die Liganden sehr
flexibel, während das Protein dagegen sehr starr behandelt wurde. Die
aktuelle Version 4 erweitert die Flexibilität auf ausgewählte Seitenketten
an der Oberfläche des Proteins, berücksichtigt also auch Rotamere.
AutoDock vollzieht die Bindung des Liganden an einer Auswahl von Gittern,
die das Zielprotein beschreiben. AutoGrid berechnet diese Gitter vorab.
The package is enhanced by the following packages:
autogrid
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autodock-vina
Docking kleiner Moleküle an Proteine
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Versions of package autodock-vina |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.1.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.1.2-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.2.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2.5-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.2-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.1.2-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
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Das Programm AutoDock Vina unterstützt die Pharmaforschung, molekulares
Docking
und virtuelles Screening von Molekülbibliotheken. Es bietet
Mehrkernunterstützung, hohe Leistung, verbesserte Genauigkeit und einfache
Benutzung.
Dasselbe Institut hat das weitverbreitete autodock entwickelt.
O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy
of docking with a new scoring function, efficient optimization and
multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461
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autogrid
Vorberechnung der Bindung von Liganden an ihren Rezeptor
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Versions of package autogrid |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.2.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.2.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.2.6-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.2.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.2.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package autogrid: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
works-with | 3dmodel |
|
License: DFSG free
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Die AutoDockSuite dient der molekularen Analyse der Anheftung von kleinen,
chemischen Komponenten an ihre Rezeptoren mit bekannter, dreidimensionaler
Struktur.
Das AutoGrid-Programm führt Vorberechnungen zur Anheftung eines Liganden an
einen Gittersatz durch, welche den Effekt von Punktladungen an
Proteinen beschreiben. Der Effekt dieser Kräfte auf den Liganden wird dann
durch das AutoDock-Programm analysiert.
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bamtools
toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
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Versions of package bamtools |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.5.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.3.0+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 2.5.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.5.2+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.5.2+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.4.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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BamTools facilitates research analysis and data management using BAM
files. It copes with the enormous amount of data produced by current
sequencing technologies that is typically stored in compressed, binary
formats that are not easily handled by the text-based parsers commonly
used in bioinformatics research.
BamTools provides both a C++ API for BAM file support as well as a
command-line toolkit.
This is the bamtools command-line toolkit.
Available bamtools commands:
convert Converts between BAM and a number of other formats
count Prints number of alignments in BAM file(s)
coverage Prints coverage statistics from the input BAM file
filter Filters BAM file(s) by user-specified criteria
header Prints BAM header information
index Generates index for BAM file
merge Merge multiple BAM files into single file
random Select random alignments from existing BAM file(s), intended more
as a testing tool.
resolve Resolves paired-end reads (marking the IsProperPair flag as needed)
revert Removes duplicate marks and restores original base qualities
sort Sorts the BAM file according to some criteria
split Splits a BAM file on user-specified property, creating a new BAM
output file for each value found
stats Prints some basic statistics from input BAM file(s)
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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bedtools
Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale
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Versions of package bedtools |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.26.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 2.21.0-1 | amd64,armhf,i386 |
bullseye | 2.30.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.30.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.27.1+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 2.31.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package bedtools: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
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Mit den Hilfswerkzeugen BEDTools können gewöhnliche genomische Aufgaben
erledigt werden, etwa überlappende Merkmale und Berechnung der Abdeckung.
Die Hilfswerkzeuge basieren großteils auf vier weit verbreiteten
Dateiformaten: BED, GFF/GTF, VCF und SAM/BAM. Mit den BEDTools können
ausgeklügelte Pipelines entwickelt werden, die komplizierte
Forschungsfragen beantworten, indem verschiedene BEDTools zusammenarbeiten.
Das Dienstprogramm groupBy wird im Paket filo verteilt.
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bioperl
Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen
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Versions of package bioperl |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.7.1-2 | all |
buster | 1.7.2-3 | all |
trixie | 1.7.8-1 | all |
jessie | 1.6.924-1 | all |
bookworm | 1.7.8-1 | all |
bullseye | 1.7.7-2 | all |
sid | 1.7.8-1 | all |
Debtags of package bioperl: |
devel | lang:perl, library |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | devel-lib, shared-lib |
|
License: DFSG free
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Das Bioperl-Projekt ist eine Gemeinschaftsarbeit von Bioinformatikern aus
vielen Ländern, um etablierte bioinformatische Verfahren als
standardisierte, an CPAN angepasste, gut dokumentierte und frei verfügbare
Perl-Module zusammenzutragen. Bioperl hat eine sehr hohe Akzeptanz in der
wissenschaftlichen Gemeinschaft und wird in vielen sehr bekannten Projekten
genutzt, etwa bei Ensembl.
Die empfohlenen Pakete werden benötigt, um einige der enthaltenen
Binärprogramme auszuführen. Eine ausführliche Erklärung einschließlich
der spezifischen Perl-Module finden Sie in README.Debian.
Die vorgeschlagene Paket erweitert die Handbuchseiten.
Please cite:
Jason E Stajich, David Block, Kris Boulez, Steven E Brenner, Stephen A Chervitz, Chris Dagdigian, Georg Fuellen, James G R Gilbert, Ian Korf, Hilmar Lapp, Heikki Lehvaslaiho, Chad Matsalla, Chris J Mungall, Brian I Osborne, Matthew R Pocock, Peter Schattner, Martin Senger, Lincoln D Stein, Elia Stupka, Mark D Wilkinson and Ewan Birney:
The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences.
(PubMed,eprint)
Genome Res.
12(10):1611-1618
(2002)
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bioperl-run
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Versions of package bioperl-run |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.7.3-9 | all |
sid | 1.7.3-11 | all |
bullseye | 1.7.3-6 | all |
jessie | 1.6.9-2 | all |
stretch | 1.7.1-3 | all |
buster | 1.7.2-4 | all |
Debtags of package bioperl-run: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
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License: DFSG free
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Enthält Skripte aus dem Paket BioPerl-Run. Dieses Paket installiert auch
alle einhüllbaren Anwendungen, für die es Debian-Pakete gibt. Die
nicht-freien Pakete werden von diesem Paket vorgeschlagen.
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biosquid
Hilfsprogramme für die biologische Sequenzanalyse
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Versions of package biosquid |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.9g+cvs20050121-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.9g+cvs20050121-15.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.9g+cvs20050121-15.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.9g+cvs20050121-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.9g+cvs20050121-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9g+cvs20050121-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch-backports | 1.9g+cvs20050121-11~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.9g+cvs20050121-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package biosquid: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, converting, editing |
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License: DFSG free
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SQUID ist eine Bibliothek von C-Code-Funktionen für die Sequenzanalyse.
Sie enthält auch eine Reihe von kleinen Hilfswerkzeugen, um Sequenzdateien
zu konvertieren, Statistiken anzuzeigen, diese zu manipulieren und andere
Funktionen auf sie anzuwenden.
Ursprünglich war der Paketname »squid«, da jedoch bereits ein Paket
namens »squid« im Archiv vorhanden war (ein Proxy-Cache), wurde es
auf »biosquid« umbenannt.
Dieses Paket enthält einige Werkzeuge, welche die Möglichkeiten der
Bibliothek demonstrieren.
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blast2
transitional dummy package to ncbi-blast+-legacy
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Versions of package blast2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.8.1-1+deb10u1 | all |
jessie | 2.2.26.20120620-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.6.0-1 | all |
Debtags of package blast2: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | searching |
works-with | biological-sequence |
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License: DFSG free
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This is a transitional dummy package for ncbi-blast+-legacy.
It can safely be removed.
The package is enhanced by the following packages:
mcl
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bowtie
Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
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Versions of package bowtie |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.1-2 | amd64 |
buster | 1.2.2+dfsg-4 | amd64,arm64 |
stretch | 1.1.2-6 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.3.1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.3.0+dfsg1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package bowtie: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
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License: DFSG free
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Dieses Paket beschäftigt sich mit dem Problem die Resultate der neuesten
(2010) DNA-Sequenziertechniken zu interpretieren. Diese Techniken ergeben
ziemlich kurze Sequenzen, die nicht direkt interpretiert werden können. Es
ist die Aufgabe für Werkzeuge wie Bowtie den chromosomalen Ort (Locus) der
kurzen DNA-Sequenzen festzustellen.
Bowtie führt Alignments kurzer DNA-Sequenzen (Reads) mit dem menschlichen
Genom durch, mit einer Rate von über 25 Millionen Reads (mit einer Länge
von 35 Basenpaaren) pro Stunde. Bowtie indiziert das Genom mit einer
Burrows-Wheeler-Transformation, um den Speicherverbrauch gering zu halten;
normalerweise etwa 2,2 GB für das menschliche Genom (2,9 GB für »paired-
end«).
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bowtie2
Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
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Versions of package bowtie2 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.3.0-2 | amd64 |
jessie | 2.2.4-1 | amd64 |
sid | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.5.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 2.3.4.3-1 | amd64 |
bookworm | 2.5.0-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.4.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
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License: DFSG free
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Bowtie 2 ist ein ultraschnelles und speichersparendes Werkzeug für
Alignment zwischen kurzen DNA-Sequenzen (Reads) zu langen
Referenzsequenzen. Es ist besonders gut beim Ausrichten von Reads von etwa
50 bis Hunderte oder Tausende Zeichen und besonders gut beim Ausrichten an
relativ großen Genomen (z.B. von Säugetieren).
Bowtie 2 indiziert das Genom mit einem FM-Index, um den Speicherbedarf
gering zu halten; für das menschliche Genom beträgt der Speicherbedarf etwa
3,2 GB. Bowtie 2 unterstützt Modi für Gaps sowie lokale und
»Paired-End«-Alignments.
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boxshade
Pretty-printing von multiplen Sequenzalignments
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Versions of package boxshade |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.3.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.3.1-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.3.1-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.3.1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package boxshade: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | typesetting |
works-with-format | html, plaintext, postscript, tex |
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License: DFSG free
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Boxshade erstellt gut aussehende Darstellungen von Alignments von
Protein- oder DNA-Sequenzen. Das Programm alignt die Sequenzen nicht
selbst, sondern benötigt als Eingabe eine Datei, die automatisch von
einem Programm für Multiple Alignments oder manuell mit einem
Alignment-Editor erstellt wurde.
Boxshade liest Alignments in den Formaten PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN,
MALIGNED-data und ESEE-save (bis zu 150 Sequenzen von maximal je 10000
Elementen). Verschiedene Regeln für die Schattierung und Färbung werden
angeboten, um biochemische Ähnlichkeiten der Seitenketten in den Spalten
zu reflektieren. Die Ausgabe erfolgt auf den Bildschirm oder in eine
Datei. Angeboten werden die Formate ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS,
LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT und HTML.
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bwa
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Versions of package bwa |
Release | Version | Architectures |
stretch-backports | 0.7.17-1~bpo9+1 | amd64 |
jessie | 0.7.10-1 | amd64 |
stretch | 0.7.15-2+deb9u1 | amd64 |
buster | 0.7.17-3 | amd64 |
bullseye | 0.7.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.7.17-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.7.18-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package bwa: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
use | analysing, comparing |
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License: DFSG free
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BWA (Burrows-Wheeler Aligner) ist ein Softwarepaket für das Abbilden gering
abweichender Sequenzen auf eine große Referenzsequenz, etwa das
menschliche Genom. Es besteht aus drei Algorithmen: BWA-backtrack, BWA-SW
und BWA-MEM. BWA-backtrack ist für Illumina-Sequenz-Reads bis zu 100
Basenpaaren (bp) geeignet, während die anderen zwei Algorithmen für längere
Sequenzen zwischen 70 bp und 1 Megabasenpaaren (Mbp) geeignet sind. BWA-MEM
und BWA-SW teilen ähnliche Merkmale wie Unterstützung für lange Reads und
Split-Alignments. BWA-MEM ist jedoch neuer und wird für hochqualitative
Anfragen empfohlen, da es schneller und genauer ist. BWA-MEM ist zudem für
Illumina-Reads mit einer Länge von 70 bis 100 bp leistungsfähiger als
BWA-backtrack.
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cassiopee
index and search tool in genomic sequences
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Versions of package cassiopee |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.0.9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.9-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Cassiopee index and search library C implementation.
It is a complete rewrite of the ruby Cassiopee gem. It scans an input
genomic sequence (dna/rna/protein) and search for a subsequence with
exact match or allowing substitutions (Hamming distance) and/or
insertion/deletions.
This package contains the cassiopee and cassiopeeknife tools.
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cd-hit
Programme zur schnellen Gruppierung von Sequenzen
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Versions of package cd-hit |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.8.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.6.8-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.6.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.6.1-2012-08-27-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 4.8.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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cd-hit enthält eine Anzahl an Programmen, um Sequenzen zu gruppieren.
cd-hit gruppiert Proteine zu Clustern, die eine benutzerdefinierte
Ähnlichkeitsschwelle einhalten. cd-hit-est ähnelt cd-hit, gruppiert
allerdings Nukleotidsequenzen (ohne Introns). cd-hit-est2 ähnelt
cd-hit-est, vergleicht jedoch zwei Nukleotid-Datensätze. Eine Anzahl an
weiteren zugehörigen Programmen sind ebenfalls in diesem Paket enthalten.
Weitere Informationen finden Sie im Benutzerhandbuch von cd-hit, das auch
Teil dieses Pakets ist.
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cdbfasta
CDB-Werkzeuge zur Indizierung und Abfrage für multi-FASTA-Dateien
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Versions of package cdbfasta |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.00+git20181005.014498c+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.99-20100722-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.99-20100722-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.00+git20230710.da8f5ba+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.00+git20181005.014498c+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.00+git20230710.da8f5ba+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.99-20100722-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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CDB (Constant DataBase) kann zur Index-Erstellung verwendet werden, damit
jede bestimmte Sequenz in großen multi-FASTA-Dateien schnell gefunden
werden kann. Um Platz zu sparen, besitzt es die Option Dateneinträge zu
komprimieren.
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circos
Kurvenzeichner (Plotter) zur Datenvisualisierung
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Versions of package circos |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.69.6+dfsg-2 | all |
jessie | 0.66-1 | all |
sid | 0.69.9+dfsg-2 | all |
trixie | 0.69.9+dfsg-2 | all |
bullseye | 0.69.9+dfsg-2 | all |
bookworm | 0.69.9+dfsg-2 | all |
stretch | 0.69.4+dfsg-1 | all |
Debtags of package circos: |
field | biology:bioinformatics |
role | program |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Circos visualisiert Daten in einem kreisförmigen Layout – ideal,
um Beziehungen zwischen Objekten oder Positionen zu untersuchen
und hochinformative Grafiken in Publikationsqualität zu erstellen.
Dieses Paket stellt die Plot-Engine von Circos bereit. Sie ist
befehlszeilengesteuert (wie gnuplot) und vollständig skriptfähig.
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clearcut
extremely efficient phylogenetic tree reconstruction
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Versions of package clearcut |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.0.9-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.9+git20211013.b799afe-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.0.9-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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Clearcut is the reference implementation for the Relaxed Neighbor Joining (RNJ)
algorithm by J. Evans, L. Sheneman, and J. Foster from the Initiative
for Bioinformatics and Evolutionary Studies (IBEST) at the University of
Idaho.
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clonalframe
inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data
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Versions of package clonalframe |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.2-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.2-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.2-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package clonalframe: |
role | program |
|
License: DFSG free
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ClonalFrame identifies the clonal relationships between the members of
a sample, while also estimating the chromosomal position of homologous
recombination events that have disrupted the clonal inheritance.
ClonalFrame can be applied to any kind of sequence data, from a single
fragment of DNA to whole genomes. It is well suited for the analysis of
MLST data, where 7 gene fragments have been sequenced, but becomes
progressively more powerful as the sequenced regions increase in length
and number up to whole genomes. However, it requires the sequences to be
aligned. If you have genomic data that is not aligned, it is recommend to
use Mauve which produces alignment of whole bacterial genomes in
exactly the format required for analysis with ClonalFrame.
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clustalo
General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
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Versions of package clustalo |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.2.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.4-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.4-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.4-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.2.4-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
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Clustal Omega is a general-purpose multiple sequence alignment (MSA)
program, primarily for amino-acid sequences. It produces high quality MSAs
and is capable of handling data sets of hundreds of thousands of sequences
in reasonable time, using multiple processors where available.
Please cite:
Fabian Sievers, Andreas Wilm, David Dineen, Toby J Gibson, Kevin Karplus, Weizhong Li, Rodrigo Lopez, Hamish McWilliam, Michael Remmert, Johannes Söding, Julie D Thompson and Desmond G Higgins:
Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega.
(PubMed,eprint)
Molecular Systems Biology
7:539
(2011)
Topics: Sequence analysis
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clustalw
Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen
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Versions of package clustalw |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1+lgpl-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.1+lgpl-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1+lgpl-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.1+lgpl-7 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package clustalw: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, text-mode |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Clustal W führt ein Alignment mehrerer Nukleotid- oder
Aminosäurensequenzen
aus. Das Programm erkennt das Format der Eingabesequenzen und ob die
Sequenzen aus Nuklein- (DNA/RNA) oder Aminosäuren (Proteine) bestehen. Das
Ausgabeformat kann aus verschiedenen Formaten für multiple Alignments
ausgewählt werden, etwa Phylip oder FASTA. Clustal W ist allgemein
anerkannt.
Die Ausgabe von Clustal W kann händisch editiert werden, jedoch wird ein
Alignment-Editor wie SeaView oder Clustal X empfohlen. Bei der Erstellung
eines Modells aus Ihrem Alignment, kann die Ausgabe für verbesserte
Datenbanksuchen verwendet werden. Das Debian-Paket hmmer erstellt dies
mittels eines Hidden-Markov-Modells (HMM).
The package is enhanced by the following packages:
clustalw-mpi
Please cite:
M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins:
Clustal W and Clustal X version 2.0.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
23(21):2947-2948
(2007)
Topics: Sequence analysis
|
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concavity
Vorhersage von Proteinliganden-Bindungsstellen mittels Struktur und Konservierung
|
Versions of package concavity |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.1+dfsg.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1+dfsg.1-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.1+dfsg.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
ConCavity sagt Bindungsstellen von Proteinliganden voraus, indem die
evolutionäre Sequenzkonservierung und dreidimensionale Struktur verbunden
werden.
ConCavity akzeptiert als Eingabe das Proteinstrukturformat PDB und optional
Dateien, die die evolutionäre Sequenzkonservierung der Ketten in der
Strukturdatei charakterisieren.
Die folgenden Resultatdateien werden standardmäßig erstellt:
- Vorhersagen von Rest-Ligandenbindung für jede Kette (*.scores).
- Vorhersagen von Rest-Ligandenbindung in einer Datei des Formats PDB
(Rest-Scores sind im temorären »factor«-Feld platziert, *_residue.pdb).
- Vorhersage von Bindungstaschen in einer Datei des Formats DX (*.dx).
- PyMOL-Skript um die Vorhersagen zu visualisieren (*.pml).
|
|
conservation-code
Werkzeug zur Bewertung von Proteinsequenz-Konservierung
|
Versions of package conservation-code |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 20110309.0-8 | all |
bookworm | 20110309.0-8 | all |
buster | 20110309.0-7 | all |
trixie | 20110309.0-8 | all |
sid | 20110309.0-8 | all |
stretch | 20110309.0-5 | all |
jessie | 20110309.0-3 | all |
|
License: DFSG free
|
Das Paket stellt das Werkzeug score_conservation(1) bereit, das die
Konservierung bei Proteinsequenzen bewertet.
Die folgenden Bewertungsmethoden für Konservierungen sind implementiert:
- Summe aller Paare
- gewichtete Summe aller Paare
- Shannon-Entropie
- Shannon-Entropie nach Eigenschaften gruppiert (Mirny und Shakhnovich
1995, Valdar und Thornton 2001)
- relative Entropie nach Eigenschaften gruppiert (Williamson 1995)
- von-Neumann-Entropie (Caffrey et al 2004)
- relative Entropie (Samudrala und Wang 2006)
- Jensen–Shannon-Divergenz (Capra und Singh 2007)
Ebenso enthalten ist eine fensterbasierte Erweiterung, die die geschätzte
Konservierung von sequenziell ähnlichen Resten in den Score für jede Spalte
einarbeitet. Diese Fensterfunktion kann auf jede der genannten
Bewertungsmethoden angewandt werden.
Das Programm akzeptiert Alignments in den Formaten CLUSTAL und FASTA.
Die sequenzspezifische Ausgabe kann auch als Eingabe der Konservierung für
ConCavitiy verwendet werden.
Konservierung trifft beim Identifizieren von aktiven Zentren und Resten in
der Nähe von gebundenen Liganden gute Voraussagen.
|
|
datamash
statistics tool for command-line interface
|
Versions of package datamash |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0.7-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.6-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.4-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
GNU Datamash is a command-line program which performs basic numeric,
textual and statistical operations on input textual data files. It is
designed to be portable and reliable, and aid researchers to easily
automate analysis pipelines, without writing code or even short scripts.
|
|
dialign
Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment
|
Versions of package dialign |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.2.1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.2.1-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2.1-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.2.1-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package dialign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Das Kommandozeilenwerkzeug DIALIGN2 führt ein multiples Alignment von
Protein- oder DNA-Sequenzen aus. Es erstellt Alignments aus gap-freien
Paaren von ähnlichen Sequenzsegmenten. Dieses Bewertungsverfahren ist der
grundlegende Unterschied zwischen DIALIGN und anderen globalen oder lokalen
Methoden für Sequenzalignments. Beachten Sie, dass DIALIGN bei Gaps das
Ergebnis nicht schlechter bewertet.
|
|
dialign-tx
Segmentbasiertes multiples Sequenzalignment
|
Versions of package dialign-tx |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.0.2-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.2-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.2-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.0.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package dialign-tx: |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
DIALIGN-TX ist ein Kommandozeilenwerkzeug, um mehrere Protein- oder
DNA-Sequenzen aneinander auszurichten (»zu alignen«). Es handelt sich um
eine vollständige Reimplementation des segmentbasierten Ansatzes,
einschließlich einiger neuer Verbesserungen und Heuristiken und anderer
Verbesserungen, die im Vergleich mit DIALIGN 2.2 oder DIALIGN-T deutlich
die Qualität der ermittelten Alignments erhöht. Für paarweise Alignments
nutzt DIALIGN-TX einen Algorithmus zur Verkettung von Fragmenten, der
Ketten niedrig bewerteter lokaler Alignments den isolierten höher
bewerteten Fragmenten vorzieht. Für multiple Alignments nutzt DIALIGN-TX
eine verbesserte, erfolgshungrige Prozedur, die nicht auf falsche lokale
Sequenzähnlichkeiten hereinfällt.
|
|
discosnp
discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
|
Versions of package discosnp |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 4.4.4-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
stretch | 1.2.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.0-2 | amd64,arm64,i386 |
jessie | 1.2.5-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.6.2-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.6.2-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
|
License: DFSG free
|
Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide
Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation
Sequencers (NGS).
Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two,
or more. Note also that no other data as reference genome or annotations
are needed.
The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs
from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by
computing per read set and for each found SNP:
1) its mean read coverage
2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.
This program is superseded by DiscoSnp++.
|
|
disulfinder
Vorhersage der Disulfidbindungen von Cysteinen und deren Verbindungsfähigkeit
|
Versions of package disulfinder |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.2.11-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.11-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.2.11-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.11-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.2.11-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package disulfinder: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
»disulfinder« soll die Disulfidbindungen von Cysteinen und deren
Disulfid-Verbindungsfähigkeit aus der Sequenz allein voraussagen.
Disulfidbrücken spielen eine große Rolle in der Stabilisierung des
Faltungsprozesses von verschiedenen Proteinen. Die Voraussage von
Disulfidbrücken aus der Sequenz allein ist daher für das Studium der
strukturellen und funktionalen Eigenschaften von bestimmten Proteinen
nützlich. Zusätzlich kann Wissen über die Disulfidbindungen von Cysteinen
bei der experimentellen Strukturbestimmung helfen und in anderen
genomischen Annotationsaufgaben nützlich sein.
»disulfinder« sagt Disulfidmuster in zwei Berechnungsschritten voraus: (1)
die Disulfidbindungen jedes Cysteins werden von einem binären Klassifikator
(BRNN-SVM) vorausgesagt; (2) Cysteine, bei denen man weiß, dass sie an der
Brückenbildung teilhaben, werden von einem rekurrenten neuronalen Netz
gepaart, um ein Muster der Verbindungsfähigkeit zu erhalten.
|
|
dnaclust
tool for clustering millions of short DNA sequences
|
Versions of package dnaclust |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
dnaclust is a tool for clustering large number of short DNA sequences.
The clusters are created in such a way that the "radius" of each
clusters is no more than the specified threshold.
The input sequences to be clustered should be in Fasta format. The id
of each sequence is based on the first word of the seqeunce in the Fasta
format. The first word is the prefix of the header up to the first
occurrence of white space characters in the header.
|
|
dssp
protein secondary structure assignment based on 3D structure
|
Versions of package dssp |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.2.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.2.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.2.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.2.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 4.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.4.8 |
|
License: DFSG free
|
DSSP is an application you use to assign the secondary structure of a protein
based on its solved three dimensional (3D) structure.
This version (4.2) of DSSP is a rewrite that writes annotated mmCIF files
by default but can still produce the older dssp format. New is also the
support of PP helices.
|
|
embassy-domainatrix
Zusätzliche EMBOSS-Kommandos zur Arbeit mit Domänen-Klassendateien
|
Versions of package embassy-domainatrix |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package embassy-domainatrix: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, converting, editing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Die DOMAINATRIX-Programme wurden von Jon Ison und Kollegen am MRC HGMP für
ihre Forschung im Bereich der Proteine entwickelt. Diese sind in einem
Paket nammens EMBASSY enthalten, welches z.Z. in Arbeit ist.
Anwendungen der aktuellen Veröffentlichung von domainatrix sind cathparse
(generiert DCF-Dateien von »raw«-CATH-Dateien), domainnr (entfernt
redundante Bereiche aus einer DCF-Datei), domainreso (entfernt Bereiche
niedriger Auflösung einer DCF-Datei), domainseqs (fügt Sequenzeinträge zu
einer DCF-Datei hinzu), domainsse (fügt weitere Struktureinträge zu
einer DCF-Datei hinzu), scopparse (generiert eine DCF-Datei aus
»raw«-SCOP-Dateien) und ssematch (sucht in einer DCF-Datei nach weiteren
Strukturübereinstimmungen).
|
|
embassy-domalign
Zusätzliche EMBOSS-Befehle für Alignments mit Proteindomänen
|
Versions of package embassy-domalign |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.1.660-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.1.660-5 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
Debtags of package embassy-domalign: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, editing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Die DOMALIGN-Programme wurden von Jon Ison et al. am MRC HGMP für deren
Forschung im Bereich der Proteindomänen entwickelt. Diese Programme sind
als ein EMBASSY-Paket enthalten, die Entwicklung ist jedoch noch nicht
abgeschlossen.
Anwendungen der aktuellen domalign-Veröffentlichung sind allversusall
(Daten von Sequenzähnlichkeiten von einem Alle-gegen-Alle-Vergleich),
domalign (erstellt Alignments (DAF-Datei) für Knoten in einer DCF-Datei),
domainrep (sortiert DCF-Dateien neu, um repräsentative Strukturen zu
identifizieren) und seqalign (erweitert Alignments (DAF-Datei) mit
Sequenzen (DHF-Datei)).
|
|
embassy-domsearch
Zusätzliche EMBOSS-Befehle zur Suche von Proteindomänen
|
Versions of package embassy-domsearch |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.650-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.1.660-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.1.660-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 0.1.660-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 0.1.660-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package embassy-domsearch: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Die DOMSEARCH-Programme wurden von Jon Ison und Kollegen am MRC HGMP für
ihre Forschung an Proteindomänen entwickelt. Sie sind im EMBASSY-Paket als
Programme in Entwicklung enthalten.
Anwendungen in dieser Veröffentlichung von DOMSEARCH sind seqfraggle
(entfernt Fragmentsequenzen aus DHF-Dateien), seqnr (entfernt Redundanzen
aus DHF-Dateien), seqsearch (erstellt PSI-BLAST-Treffer (DHF-Datei) aus
einer DAF-Datei), seqsort (entfernt mehrdeutig klassifizierte Sequenzen aus
DHF-Dateien) und seqwords (erstellt DHF-Dateien aus einer Schlagwort-Suche
bei UniProt).
|
|
emboss
Europäische, quelloffene Software-Suite für Molekularbiologie
|
Versions of package emboss |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 6.6.0+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.6.0+dfsg-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 6.6.0+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 6.6.0+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 6.6.0+dfsg-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 6.6.0+dfsg-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 6.6.0+dfsg-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package emboss: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:molecular |
interface | commandline |
role | program |
scope | suite |
use | analysing, comparing, converting, editing, organizing, searching, text-formatting, typesetting, viewing |
works-with | db |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
EMBOSS ist freie, quelloffene Software und ein Analysepaket, das speziell
für die Bedürfnisse der Molekularbiologie-Anwendergemeinschaft (z.B.
EMBnet)
entwickelt wurde. Die Software unterstützt die Bearbeitung einer Vielzahl
von Datenformaten und erlaubt sogar transparente Abfragen von Sequenzdaten
aus dem Internet. Durch die umfassenden Bibliotheken, die das
Paket bereitstellt, ist es auch eine Plattform, die andere Wissenschaftler
darin unterstützt, Software im echten Open-Source-Geist zu entwickeln und
zu veröffentlichen. EMBOSS integriert zudem eine Reihe von aktuellen
Paketen und Werkzeugen zur Sequenzanalyse in ein nahtloses Ganzes. EMBOSS
bricht den historischen Trend zu kommerziellen Softwarepaketen.
|
|
exonerate
Generisches Werkzeug zum paarweisen Sequenzvergleich
|
Versions of package exonerate |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.0-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.4.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package exonerate: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Mit Exonerate können Sie Sequenzen ab- und vergleichen. Das Programm
bietet Ihnen viele Alignment-Modelle, welche entweder vollständig
dynamische Programmierung oder eine Reihe von heuristischen Methoden
verwenden. Ein Großteil der Funktionalität der »Wise dynamic programming
suite« wurde zur Erhöhung der Effizienz in C neu geschrieben. Exonerate
ist eine wesentliche Komponente bei der Erstellung der »Ensembl
Genome«-Datenbanken, die Ähnlichkeitsmaße für RNA- und DNA-Sequenzen
bestimmt und so allgemein »splice variants« und Codesequenzen bestimmt.
Ein »In-silico PCR«-System zur Simulation von Experimenten (Siehe auch das
Handbuch von »ipcress«) wird zusammen mit »exonerate« verteilt.
Dieses Paket beinhaltet auch eine Auswahl an Werkzeugen zur Erstellung
einfacher, schneller Änderungen an »fasta«-Dateien mit über 2GB
Dateigröße.
|
|
fastdnaml
Werkzeug zum Aufbau phylogenetischer Bäume von DNA-Sequenzen
|
Versions of package fastdnaml |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.2.2-10 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.2.2-14 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.2-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.2.2-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.2-17 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package fastdnaml: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
FastDNAml ist abgeleitet von Joseph Felsensteins DNAML Version 3.3 (Teil
seines Pakets PHYLIP). Bevor Sie fastDNAml verwenden, sollten Sie die
Dokumentation für DNAML heranziehen.
FastDNAml ist der Versuch, das gleiche Problem wie DNAML effektiver zu
lösen, damit größere Bäume und/oder »bootstrap«-Replikate behandelt
werden können. Bei großen Teilen von fastDNAml handelt es sich lediglich
um
eine Neuprogrammierung der in Pascal geschriebenen PHYLIP DNAML Version
3.3
in der Sprache C.
Beachten Sie, dass die Webseite dieses Programms nicht mehr verfügbar ist
und dieses Programm daher wahrscheinlich nicht mehr aktualisiert wird.
|
|
fastlink
Schnellere Version der Stammbaum-Programme von Linkage
|
Versions of package fastlink |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.1P-fix100+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.1P-fix100+dfsg-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 4.1P-fix100+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 4.1P-fix100+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 4.1P-fix100+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 4.1P-fix100+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.1P-fix95-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package fastlink: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
|
License: DFSG free
|
Genkopplungsanalyse ist ein statistisches Verfahren, das zum Abbilden von
Genen und zum Auffinden wahrscheinlicher Positionen von Erbfehlern
verwendet wird. Es gab ein Standard-Softwarepaket zur Genkopplung namens
LINKAGE. FASTLINK ist eine deutlich veränderte und verbesserte Variante der
Hauptprogramme von LINKAGE. Diese laufen sequenziell deutlich schneller,
können parallelisiert werden, lassen sich nach einem Computerabsturz
elegant wiederherstellen und enthalten reichlich neue Dokumentationen.
FASTLINK wurde in über 1000 veröffentlichten Genkopplungsstudien
verwendet.
Dieses Paket enthält die folgenden Programme:
ilink: Optimierungsprozedur GEMINI, um einen lokal optimalen Wert
des Theta-Vektors von Rekombinationsanteilen zu bestimmen.
linkmap: berechnet die Positionswertung eines Locus gegenüber einer
Sammlung von anderen Loci.
lodscore: vergleicht Wahrscheinlichkeiten auf lokal optimalen Theta.
mlink: berechnet die LOD-Scores und Risiken mit zwei oder mehreren
Loci.
unknown: identifiziert mögliche Genotypen für unbekannte Personen.
|
|
fastqc
quality control for high throughput sequence data
|
Versions of package fastqc |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.12.1+dfsg-4 | all |
sid | 0.12.1+dfsg-4 | all |
jessie | 0.11.2+dfsg-3 | all |
stretch | 0.11.5+dfsg-6 | all |
buster | 0.11.8+dfsg-2 | all |
bullseye | 0.11.9+dfsg-4 | all |
bookworm | 0.11.9+dfsg-6 | all |
|
License: DFSG free
|
FastQC aims to provide a simple way to do some quality control checks on
raw sequence data coming from high throughput sequencing pipelines. It
provides a modular set of analyses which you can use to give a quick
impression of whether your data has any problems of which you should
be aware before doing any further analysis.
The main functions of FastQC are
- Import of data from BAM, SAM or FastQ files (any variant)
- Providing a quick overview to tell you in which areas there may
be problems
- Summary graphs and tables to quickly assess your data
- Export of results to an HTML based permanent report
- Offline operation to allow automated generation of reports without
running the interactive application
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
|
|
fasttree
phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
|
Versions of package fasttree |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1.7-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.10-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1.11-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from
alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments
with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and
memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than
PhyML 3.0 or RAxML 7.
FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much
more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally
used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized
time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT
(Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account
for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single
rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the
reliability of each split in the tree, FastTree computes local support
values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's
"SH-like local supports").
This package contains a single threaded version (fasttree) and a
parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).
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fitgcp
fitting genome coverage distributions with mixture models
|
Versions of package fitgcp |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0.20150429-2 | amd64,arm64 |
jessie | 0.0.20130418-2 | amd64,i386 |
sid | 0.0.20150429-5 | all |
trixie | 0.0.20150429-5 | all |
bookworm | 0.0.20150429-5 | all |
bullseye | 0.0.20150429-4 | all |
stretch | 0.0.20150429-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
Genome coverage, the number of sequencing reads mapped to a position in
a genome, is an insightful indicator of irregularities within sequencing
experiments. While the average genome coverage is frequently used within
algorithms in computational genomics, the complete information available
in coverage profiles (i.e. histograms over all coverages) is currently
not exploited to its full extent. Thus, biases such as fragmented or
erroneous reference genomes often remain unaccounted for. Making this
information accessible can improve the quality of sequencing experiments
and quantitative analyses.
fitGCP is a framework for fitting mixtures of probability distributions
to genome coverage profiles. Besides commonly used distributions, fitGCP
uses distributions tailored to account for common artifacts. The mixture
models are iteratively fitted based on the Expectation-Maximization
algorithm.
|
|
flexbar
flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms
|
Versions of package flexbar |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.50-1 | amd64,armhf,i386 |
bullseye | 3.5.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.4.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.50-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
Flexbar preprocesses high-throughput sequencing data efficiently. It
demultiplexes barcoded runs and removes adapter sequences. Moreover,
trimming and filtering features are provided. Flexbar increases mapping
rates and improves genome and transcriptome assemblies. It supports
next-generation sequencing data in fasta/q and csfasta/q format from
Illumina, Roche 454, and the SOLiD platform.
Parameter names changed in Flexbar. Please review scripts. The recent
months, default settings were optimised, several bugs were fixed and
various improvements were made, e.g. revamped command-line interface,
new trimming modes as well as lower time and memory requirements.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
|
|
freecontact
fast protein contact predictor
|
Versions of package freecontact |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0.21-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0.21-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.21-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.21-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0.21-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.21-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.0.21-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed.
Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an
accelerated drop-in for the published contact predictors
EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and
PSICOV of D. Jones (2011).
FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple
threads, and faster implementation of key parts.
Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.
A sufficiently large alignment is required for meaningful results.
As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count
bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with
tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.
jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite
can be used to generate the alignments, for example.
This package contains the command line tool freecontact(1).
Topics: Structure prediction; Sequence analysis
|
|
gasic
genome abundance similarity correction
|
Versions of package gasic |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.0.r19-8 | all |
bookworm | 0.0.r19-8 | all |
bullseye | 0.0.r19-7 | all |
sid | 0.0.r19-8 | all |
stretch | 0.0.r19-1 | amd64 |
buster | 0.0.r19-4 | amd64 |
jessie | 0.0.r18-2 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
One goal of sequencing based metagenomic analysis is the quantitative
taxonomic assessment of microbial community compositions. However, the
majority of approaches either quantify at low resolution (e.g. at phylum
level) or have severe problems discerning highly similar species. Yet,
accurate quantification on species level is desirable in applications
such as metagenomic diagnostics or community comparison. GASiC is a
method to correct read alignment results for the ambiguities imposed by
similarities of genomes. It has superior performance over existing
methods.
|
|
genometools
Vielseitiger Werkzeugsatz für Genomanalysen
|
Versions of package genometools |
Release | Version | Architectures |
bookworm-backports | 1.6.5+ds-2~bpo12+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.5.9+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.10+ds-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster-backports | 1.6.1+ds-3~bpo10+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.6.1+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6.2+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.6.5+ds-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.6.5+ds-2.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye-backports-sloppy | 1.6.5+ds-2~bpo11+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package genometools: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
uitoolkit | ncurses |
|
License: DFSG free
|
GenomeTools enthält eine nützliche Werkzeugsammlung für biologische
Sequenzanalysen und -darstellungen in einem einzigen Binärprogramm.
Der Werkzeugsatz beinhaltet Binärprogramme für die Bearbeitung von
Sequenzen und Annotationen, Sequenzkomprimierung, Erstellung von und Zugriff
auf Indexstrukturen, Darstellung von Annotationen und vieles mehr.
|
|
gff2aplot
pair-wise alignment-plots for genomic sequences in PostScript
|
Versions of package gff2aplot |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gff2aplot: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline, shell |
role | program |
scope | utility |
use | converting, viewing |
works-with | image:vector |
works-with-format | plaintext, postscript |
|
License: DFSG free
|
A program to visualize the alignment of two genomic sequences together with
their annotations. From GFF-format input files it produces PostScript figures
for that alignment.
The following menu lists many features of gff2aplot:
- Comprehensive alignment plots for any GFF-feature. Attributes are defined
separately so you can modify only whatsoever attributes for a given file or
share same customization across different data-sets.
- All parameters are set by default within the program, but it can be also
fully configured via gff2ps-like flexible customization files. Program can
handle several of such files, summarizing all the settings before producing
the corresponding figure. Moreover, all customization parameters can be set
via command-line switches, which allows users to play with those parameters
before adding any to a customization file.
- Source order is taken from input files, if you swap file order you can
visualize alignment and its annotation with the new input arrangement.
- All alignment scores can be visualized in a PiP box below gff2aplot area,
using grey-color scale, user-defined color scale or score-dependent
gradients.
- Scalable fonts, which can also be chosen among the basic PostScript default
fonts. Feature and group labels can be rotated to improve readability in
both annotation axes.
- The program is still defined as a Unix filter so it can handle data from
files, redirections and pipes, writing output to standard-output and
warnings to standard error.
- gff2aplot is able to manage many physical page formats (from A0 to A10, and
more -see available page sizes in its manual-), including user-defined ones.
This allows, for instance, the generation of poster size genomic maps, or
the use of a continuous-paper supporting plotting device, either in portrait
or landscape.
- You can draw different alignments on same alignment plot and distinguish
them by using different colors for each.
- Shape dictionary has been expanded, so that further feature shapes are now
available (see manual).
- Annotation projections through alignment plots (so called ribbons) emulate
transparencies via complementary color fill patterns. This feature allows
one to show color pseudo-blending when horizontal and vertical ribbons
overlap.
|
|
gff2ps
Erstellt PostScript-Grafiken aus GFF-Dateien
|
Versions of package gff2ps |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.98l-6 | all |
buster | 0.98l-2 | all |
sid | 0.98l-6 | all |
stretch | 0.98d-5 | all |
jessie | 0.98d-4 | all |
bullseye | 0.98l-4 | all |
trixie | 0.98l-6 | all |
Debtags of package gff2ps: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting, viewing |
works-with | image:vector |
works-with-format | postscript |
|
License: DFSG free
|
gff2ps ist ein Skript zur Umwandlung von GFF-formatierten Datensätzen in
qualitativ hochwertige eindimensionale PostScript-Plots. Diese Plots
können verwendet werden, um Genomstrukturen zu vergleichen und die
Ausgaben von Programmen zur Annotation von Genomen zu visualisieren.
gff2ps kann sehr einfach verwendet werden, weil es davon ausgeht, dass
die GFF-Datei bereits genügend Formatierungsinformationen enthält. Die
Ausgabe kann aber ebenso über zusätzliche Optionen und/oder eine
Konfigurationsdatei den Wünschen entsprechend angepasst werden.
|
|
giira
RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads
|
Versions of package giira |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0.20140625-2 | amd64 |
jessie | 0.0.20140210-2 | amd64 |
stretch | 0.0.20140625-1 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
GIIRA is a gene prediction method that identifies potential coding
regions exclusively based on the mapping of reads from an RNA-Seq
experiment. It was foremost designed for prokaryotic gene prediction
and is able to resolve genes within the expressed region of an operon.
However, it is also applicable to eukaryotes and predicts exon intron
structures as well as alternative isoforms.
|
|
glam2
Unterbrochene Protein-Motive aus ungeordneten Sequenzen
|
Versions of package glam2 |
Release | Version | Architectures |
sid | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1064-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1064-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1064-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1064-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package glam2: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
GLAM2 ist ein Softwarepaket für das Finden von Motiven in Sequenzen, meist
Aminosäuren- oder Nukleotidsequenzen. Ein Motiv ist ein wiederkehrendes
Sequenzmuster: typische Beispiele sind die TATA-Box und das
CAAX-Prenylierungs-Motiv. Die wichtigste Neuerung von GLAM2 ist, dass es
das Einfügen und Löschen in Motiven erlaubt.
Dieses Paket enthält Programme für das Auffinden von Motiven durch einen
Satz von gemeinsamen Sequenzen und den Abgleich dieser Motive mit einer
Sequenzdatenbank, ebenso wie Dienste für die Konvertierung von
glam2-Motiven in übliche Alignment-Formate, die Ausblendung von
glam2-Motiven aus Sequenzen zur Auffindung schwächerer Motive und das
Entfernen stark ähnlicher Elemente aus einem Satz von Sequenzen.
Das Paket enthält folgende Programme:
glam2: Auffinden von Motiven durch einen Satz von gemeinsamen
Sequenzen;
glam2scan: Abgleich dieser Motive mit einer Sequenzdatenbank;
glam2format: Konvertierung von glam2-Motiven in übliche
Alignment-Formate;
glam2mask: Ausblendung von glam2-Motiven aus Sequenzen zur Auffindung
schwächerer Motive;
glam2-purge: Entfernen stark ähnlicher Elemente aus einem Satz von
Sequenzen.
In diesem Binärpaket wurde die schnelle Fourier-Transformation (FFT-Fast
Fourier Transformation) für das Programm glam2 integriert.
|
|
gmap
spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads
|
Versions of package gmap |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2017-01-14-1 (non-free) | amd64 |
trixie | 2024-09-18+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2024-09-18+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 2021-02-22+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
buster | 2019-01-24-1 (non-free) | amd64 |
jessie | 2014-10-22-1 (non-free) | amd64 |
bookworm | 2021-12-17+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
Debtags of package gmap: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:structural |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as
utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format.
GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning
EST, mRNA and cDNA sequences.
GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for
aligning single-end and paired-end transcriptome reads.
Both tools can use a database of
- known splice sites and identify novel splice sites.
- known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).
GSNAP can align bisulfite-treated DNA.
|
|
grinder
Vielseitige Simulation von -omik-Shotgun und -Amplikonsquenzierungen
|
Versions of package grinder |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.5.3-3 | all |
trixie | 0.5.4-6 | all |
sid | 0.5.4-6 | all |
bookworm | 0.5.4-6 | all |
stretch | 0.5.4-1 | all |
buster | 0.5.4-5 | all |
bullseye | 0.5.4-6 | all |
|
License: DFSG free
|
Das vielseitige Programm Grinder erstellt zufällige Bibliotheken aus
Shotgun- und Amplikonsequenzen, die auf DNA-, RNA- oder
Protein-Referenzsequenzen aus einer FASTA-Datei basieren.
Grinder kann Shotgun- und Amplikon-Datensätze der Genomik, Metagenomik,
Transkriptomik, Metatranskriptomik, Proteomik und Metaproteomik aus
aktuellen Sequenziertechniken wie Sanger, 454, Illumina erstellen. Diese
simulierten Datensätze können die Genauigkeit von bioinformatischen
Werkzeugen unter spezifischen Hypothesen testen, z.B. mit oder ohne
Sequenzierfehler oder mit niedriger oder hoher Diversität. Grinder kann
außerdem bei der Auswahl der Sequenziermethode für ein sequenzbasiertes
Projekt helfen, etwa wie viele kurze Sequenzen sequenziert werden sollen
und ob es eine Paired-End-Bibliothek sein soll oder nicht.
|
|
gromacs
Molecular dynamics simulator, with building and analysis tools
|
Versions of package gromacs |
Release | Version | Architectures |
sid | 2024.3-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 5.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2016.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2019.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2020.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2022.5-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 2024.3-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gromacs: |
field | biology, biology:structural, chemistry |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | xlib |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate
the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of
particles.
It is primarily designed for biochemical molecules like proteins and lipids
that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is
extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually
dominate simulations) many groups are also using it for research on non-
biological systems, e.g. polymers.
This package contains variants both for execution on a single machine, and
using the MPI interface across multiple machines.
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hhsuite
Sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf HMM-HMM-Alignment
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Versions of package hhsuite |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.0~beta2+dfsg-3 | amd64 |
bullseye | 3.3.0+ds-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 2.0.16-5 | amd64 |
sid | 3.3.0+ds-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 3.3.0+ds-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
buster | 3.0~beta3+dfsg-3 | amd64 |
bookworm | 3.3.0+ds-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
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License: DFSG free
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HH-suite ist ein quelloffenes Softwarepaket für sensible
Proteinsequenzsuchen, basierend auf paarweisen Alignments von
Hidden-Markov-Modellen (HMMe).
Dieses Paket enthält HHsearch, HHblits sowie weitere Programme und
Hilfswerkzeuge.
HHsearch akzeptiert als Eingabe ein multiples Sequenzalignment (MSA) oder
Profil-HMM und durchsucht eine HMM-Datenbank (z.B. PDB, Pfam oder InterPRo)
nach homologen Proteinen. HHsearch wird oft bei Proteinstrukturvorhersagen
verwendet, um homologe Matrizen (Templates) zu erkennen und hochakkurate
paarweise Alignments mit Abfrage-Matrizen für Homology Modelling zu
erstellen.
HHblits kann hochqualitative MSAs aus einzelnen Sequenzen oder aus MSAs
erstellen. Es transformiert diese in ein Abfrage-HMM und fügt der
aktualisierten Abfrage-HMM - mittels iterativer Suche - signifikant
ähnliche Sequenzen der vorherigen Suche hinzu, um diese bei der nächsten
Suchiteration zu verwenden. HHblits ist verglichen mit PSI-BLAST schneller,
bis zu doppelt so sensibel und erstellt genauere Alignments.
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hisat2
graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
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Versions of package hisat2 |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1.0-2 | amd64 |
bullseye | 2.2.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.0.5-1 | amd64 |
trixie | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.2.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.2.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation
sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well
as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs
a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using
one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2
uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome
(each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes
needed to cover the human population). These small indexes (called local
indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and
accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a
Hierarchical Graph FM index (HGFM).
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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hmmer
Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse
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Versions of package hmmer |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.1b1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
bullseye | 3.3.2+dfsg-1 | amd64,i386 |
buster | 3.2.1+dfsg-1 | amd64,i386 |
stretch | 3.1b2+dfsg-5 | amd64,i386 |
sid | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
trixie | 3.4+dfsg-2 | amd64,arm64,i386 |
Debtags of package hmmer: |
biology | format:aln, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with | db |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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HMMER ist eine Implementierung der Profile-Hidden-Markov-Modelle für eine
sensitive Suche in biologischen Sequenzdatenbanken mit multiplen
Sequenzalignments als Anfragen.
Mit einem multiplen Sequenzalignment als Eingabe baut HMMER ein
statistisches Modell, genannt »Hidden-Markov-Modell«. Mit diesem kann in
Sequenzdatenbanken nach homologen Sequenzen gesucht werden. Dabei können
gleichzeitig, der gesuchten Proteinfamilie zugehörige, Sequenzen alignt werden.
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idba
iterative De Bruijn Graph short read assemblers
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Versions of package idba |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.1.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.1.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.1.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.1.3-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational
sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large
sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a
large genome.
This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all
share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.
IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for
second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA,
is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions
and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth
regions. It is a generic purpose assembler and especially good for
single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another
update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference
genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn
graph assembler for RNA-Seq data.
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infernal
Rückschluss auf Alignments der RNA-Sekundärstruktur
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Versions of package infernal |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.1.5-2 | amd64,arm64,i386 |
sid | 1.1.5-2 | amd64,arm64,i386 |
jessie | 1.1.1-2 | amd64,i386 |
stretch | 1.1.2-1 | amd64,i386 |
buster | 1.1.2-2 | amd64,i386 |
bullseye | 1.1.4-1 | amd64,i386 |
bookworm | 1.1.4-1 | amd64,i386 |
Debtags of package infernal: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
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License: DFSG free
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Infernal ("INFERence of RNA ALignment") durchsucht DNA-Sequenzdatenbanken
nach RNA-Struktur- und Sequenzähnlichkeiten. Es stellt eine Implementierung
eines Spezialfalls der stochastisch kontextfreien Grammatiken, den sogenannten
Kovarianzmodellen (CMs), bereit. Ein CM ist wie ein Sequenzprofil, bewertet
jedoch eine Kombination aus Sequenzübereinstimmung und Übereinstimmung
sekundärer RNA-Strukturen. Daher kann ein CM in vielen Fällen eher RNA-
Homologe erkennen, deren Sekundärstruktur besser konserviert ist als deren
primäre Sequenz.
Dieses Werkzeug ist eine integrale Komponente der Datenbank Rfam.
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jellyfish
Zählt k-mere in DNA-Sequenzen
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Versions of package jellyfish |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 2.3.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
jessie | 2.1.4-1 | amd64 |
buster | 2.2.10-2 | amd64,arm64 |
stretch | 2.2.6-1 | amd64 |
sid | 2.3.1-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.3.0-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el |
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License: DFSG free
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JELLYFISH ist ein Werkzeug für schnelles, speichereffizientes Zählen von
k-meren in DNA. Ein k-mer ist ein Substring der Länge k. Die Vorkommen
aller solcher Substrings zu zählen ist ein zentraler Schritt in vielen
Analysen von DNA-Sequenzen. JELLYFISH kann k-mere mit einer Größenordnung
weniger Speicher und einer Größenordnung schneller als andere Pakete
zählen. Dies ist durch eine effiziente Kodierung einer Hashtabelle und
durch Ausnutzung der CPU-Anweisung »Compare-and-Swap« für eine erhöhte
Parallelisierung möglich.
JELLYFISH ist ein Befehlszeilenprogramm, das FASTA- und multi-FASTA-Dateien
bestehend aus DNA-Sequenzen liest. Die Zählung der k-mere wird in einem
Binärformat ausgegeben, das mit dem Befehl »jellyfish dump« in ein
menschenlesbares Textformat übersetzt werden kann.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
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kalign
Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment
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Versions of package kalign |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.03+20110620-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.03+20110620-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.3.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.03+20110620-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package kalign: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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Das Befehlszeilenwerkzeug Kalign gleicht mehrere biologische Sequenzen ab.
Für die Erhöhung von Präzision und Geschwindigkeit nutzt es den
Muth-Manber-Algorithmus, der in großen Datenmengen sich wiederholende
Muster ermittelt. Das Programm verwendet einen globalen, fortschreitenden
Alignment-Ansatz, ergänzt durch den Einsatz eines annähernden
Musterabgleich-Algorithmus zur Berechnung von Sequenzabständen und durch
die Einbeziehung lokaler Übereinstimmungen in ein ansonsten globales
Alignment.
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kissplice
Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data
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Versions of package kissplice |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.5.3-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 2.4.0-p1-4 | amd64,arm64 |
stretch | 2.4.0-p1-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bookworm | 2.6.2-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
trixie | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
sid | 2.6.7-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 2.2.1-3 | amd64 |
Debtags of package kissplice: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
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KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data
with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome
assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing
events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and
will quantify each variant in each condition.
It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads.
Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.
Topics: RNA-seq; RNA splicing; Gene structure
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last-align
Vergleich biologischer Sequenzen für Genome
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Versions of package last-align |
Release | Version | Architectures |
buster | 963-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 830-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1179-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1542-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1447-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 490-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package last-align: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
role | program |
|
License: DFSG free
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LAST ist eine Software für den Vergleich und die Alignierung von Sequenzen,
in der Regel DNA- oder Protein-Sequenzen. LAST ähnelt BLAST, kommt jedoch
besser mit sehr großen Mengen an Sequenzdaten zurecht. Hier sind zwei
Dinge, die LAST gut beherrscht:
- Vergleich großer Genome (z.B. von Säugetieren).
- Kartierung viele Sequenz-Markierungen auf einem Genom.
Die wichtigste technische Neuerung ist, dass LAST erste Übereinstimmungen
auf der Grundlage ihrer Vielfachheit findet, anstatt eine feste Größe zu
verwenden (z.B. verwendet BLAST 10-mere). Dies ermöglicht es, Markierungen
(Tags) ohne wiederholte Maskierung (repeat-masking) auf Genome anzuwenden,
ohne durch wiederholte Treffer überschüttet zu werden. Um diese
Übereinstimmungen variabler Größe zu finden, verwendet es ein von Vmatch
inspiriertes Suffix-Array. Um eine hohe Empfindlichkeit zu erreichen,
verwendet LAST ein nicht zusammenhängendes Suffix-Array, analog zu »spaced
seeds«.
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loki
MCMC Linkage-Analyse auf allgemeine Stammbäume
|
Versions of package loki |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.4.7.4-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.7.4-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.4.7.4-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 2.4.7.4-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package loki: |
field | biology |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
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Führt eine »multipoint linkage«-Analyse im
Markov-Kette-Monte-Carlo-Verfahren für große, komplexe Stammbäume durch.
Das aktuelle Paket unterstützt nur Analysen von quantitativen Merkmalen,
allerdings wird diese Beschränkung in späteren Versionen aufgehoben
werden. Die zusammengeführte Abschätzung der QTL-Anzahl, -Position und
-Effekte nutzt »Reversible Jump«-MCMC. Es ist auch möglich, eine »affected
only IBD sharing«-Analyse durchzuführen.
The package is enhanced by the following packages:
loki-doc
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macs
Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers
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Versions of package macs |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.2.7.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.0.9.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.1.1.20160309-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.2.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.7.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
MACS empirically models the length of the sequenced ChIP fragments, which
tends to be shorter than sonication or library construction size estimates,
and uses it to improve the spatial resolution of predicted binding sites.
MACS also uses a dynamic Poisson distribution to effectively capture local
biases in the genome sequence, allowing for more sensitive and robust
prediction. MACS compares favorably to existing ChIP-Seq peak-finding
algorithms, is publicly available open source, and can be used for ChIP-Seq
with or without control samples.
Please cite:
Yong Zhang, Tao Liu, Clifford A Meyer, Jérôme Eeckhoute, David S. Johnson, Bradley E. Bernstein, Chad Nussbaum, Richard M. Myers, Myles Brown, Wei Li and X Shirley Liu:
Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS).
(PubMed,eprint)
Genome Biol.
9(9):R137
(2008)
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mafft
Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen
|
Versions of package mafft |
Release | Version | Architectures |
sid | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 7.205-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 7.307-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 7.407-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 7.475-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 7.505-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 7.525 |
Debtags of package mafft: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MAFFT ist ein Programm für multiples Alignment, das drei auf Genauigkeit
ausgerichtete Methoden bietet:
- L-INS-i (wahrscheinlich am genauesten; empfohlen für < 200 Sequenzen;
iterative Verfeinerung unter Verwendung lokaler paarweiser Alignments),
- G-INS-i (geeignet für Sequenzen ähnlicher Längen; empfohlen für < 200
Sequenzen; iterative Verfeinerung unter Verwendung globaler paarweiser
Alignments),
-
E-INS-i (geeignet für Sequenzen mit großen, nicht abgleichbaren
Regionen; empfohlen für < 200 Sequenzen).
Auch fünf geschwindigkeitsoptimierte Methoden sind enthalten:
-
FFT-NS-i (iterative Verfeinerung,nur zwei Zyklen),
- FFT-NS-i (iterative Verfeinerung, max. 1000 Iterationen),
- FFT-NS-2 (schnelle, progressive Methode),
- FFT-NS-1 (sehr schnell; empfohlen für > 2000 Sequenzen; progressive
Methode mit einem groben Führungsbaum),
- NW-NS-PartTree-1 (empfohlen für ~ 50.000 Sequenzen; progressive
Methode unter Verwendung des PartTree-Algorithmus).
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mapsembler2
bioinformatics targeted assembly software
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Versions of package mapsembler2 |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.2.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x |
jessie | 2.1.6+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
trixie | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.2.4+dfsg1-4 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.2.4+dfsg1-3 | amd64,arm64,ppc64el,s390x |
buster | 2.2.4+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
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Mapsembler2 is a targeted assembly software.
It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not)
and a set of input sequences (starters).
It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads
confirm the presence of each starter in the original sequence.
Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence
neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice.
Mapsembler2 may be used for (not limited to):
- Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de
Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced.
- Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads
- Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set.
- Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable
- Checks what happens at the extremities of a contig
- Remove contaminants or symbiont reads from a read set
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maq
Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen
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Versions of package maq |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.7.1-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.7.1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.7.1-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.7.1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.7.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package maq: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
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Maq (kurz für Mapping and Assembly with Quality) erstellt kartierende
Anordnungen von kurzen DNA-Sequenzen, wie sie von Sequenziergeräten der
nächsten Generation erzeugt werden. Das Programm wurde speziell für den
Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer entwickelt und hat eine erste
Implementierung für den Umgang mit mit ABI-SOLiD-Daten. Maq war zuvor
bekannt als mapass2.
Die Entwicklung von Maq wurde im Jahr 2008 eingestellt. Seine Nachfolger sind
BWA und SAMtools.
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melting
Berechnet die Schmelztemperatur eines Nukleinsäure-Doppelhelix
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Versions of package melting |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 5.2.0-2 | all |
stretch | 4.3.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.2.0-2 | all |
buster | 5.2.0-1 | all |
sid | 5.2.0-2 | all |
trixie | 5.2.0-2 | all |
jessie | 4.3.1+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package melting: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:molecular |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
suite | gnu |
use | analysing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Dieses Programm berechnet für einen Nukleinsäure-Doppelhelix die
Enthalpie, die Entropie und die Schmelztemperatur der
Helix-Coil-Übergange. Drei Arten von Hybridisierungen sind möglich:
DNA/DNA, DNA/RNA und RNA/RNA. Das
Programm berechnet zuerst die Hybridisierungsenthalpie und -entropie aus den
elementaren Parametern eines jeden Basenpaares durch die
Nearest-Neighbor-Methode. Danach wird die Schmelztemperatur berechnet. Der
Satz an thermodynamischen Parametern kann leicht geändert werden, etwa nach
einem experimentellen Durchbruch.
|
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minia
short-read biological sequence assembler
|
Versions of package minia |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.2.6-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bullseye | 3.2.1+git20200522.4960a99-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
stretch | 1.6906-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6906-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.2.6-4 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 1.6088-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 3.2.6-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
|
License: DFSG free
|
What was referred to as "next-generation" DNA sequencing up to
the year 2020 delivered only "short" reads up to ~600 base pairs
in length that would then have to be puzzled by random overlaps
in their sequence towards a complete genome. This is the genome
assembly. And there are many biological pitfalls on long stretches
of low complexity regions and copy number variations and other
sorts of redundancies that render this difficult.
This package provides a short-read DNA sequence assembler based on a
de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop
computer in a day.
The output of Minia is a set of contigs, i.e. stretches of gap-free
linear overlaps of short reads. In the best possible case this is
a whole chromosome.
Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other
de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).
Topics: Sequence assembly
|
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mipe
Werkzeuge zum Speichern von PCR-abgeleiteten Daten
|
Versions of package mipe |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.1-9 | all |
sid | 1.1-9 | all |
trixie | 1.1-9 | all |
jessie | 1.1-4 | all |
stretch | 1.1-5 | all |
buster | 1.1-7 | all |
bullseye | 1.1-9 | all |
Debtags of package mipe: |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:molecular |
interface | commandline |
role | documentation, program |
scope | utility |
use | organizing |
works-with-format | xml |
|
License: DFSG free
|
MIPE bietet ein Standardformat zum Austausch und/oder Speichern aller
Daten, die mit PCR-Experimenten zusammenhängen, wobei eine einfache
Textdatei verwendet wird. Dies erlaubt:
- den Austausch von PCR-Daten zwischen Forschern/Laboren
- eine Rückverfolgbarkeit von Daten
- Vermeidung von Problemen beim Veröffentlichen der Daten zum dbSTS
oder dbSNP
- das Schreiben von Standardskripten, um Daten zu extrahieren (z.B. eine
Liste aller PCR-Primer, SNP-Positionen oder Haplotypen
unterschiedlicher Tiere)
Obwohl dieses Werkzeug für die Datenspeicherung verwendet werden kann,
liegt der primäre Fokus auf dem Datenaustausch. Für die Speicherung
größerer Datenmengen sind relationale Datenbanken geeigneter. Das
MIPE-Format könnte in dem Fall als Standardformat zum Im- und/oder Export
in/aus diesen Datenbanken dienen.
|
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mira-assembler
Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler
|
Versions of package mira-assembler |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.9.6-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 4.9.6-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.9.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.9.6-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 4.9.6-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package mira-assembler: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for
sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar
repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is
specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while
detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP)
occurring in different variations thereof.
The assembler is routinely used for such various tasks as mutation
detection in different cell types, similarity analysis of transcripts
between organisms, and pristine assembly of sequences from various
sources for oligo design in clinical microarray experiments.
The package provides the following executables:
Binaries provided:
- mira: for assembly of genome sequences
- miramem: estimating memory needed to assemble projects.
- mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases.
- miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all
kinds of data related to sequence assembly files.
|
|
mlv-smile
Findet statistisch signifikante Sequenzmuster
|
Versions of package mlv-smile |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.47-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.47-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.47-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.47-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Smile ermittelt Sequenzmotive aufgrund eines Satzes an DNA-, RNA- oder
Proteinsequenzen.
- Keine feste Grenze bei der Anzahl der Motivkombinationen, um
Untergruppen von Sequenzen zu beschreiben.
- Das Sequenzalphabet kann angegeben werden.
- Wildcards werden unterstützt.
- Bessere Bestimmung der Motivsignifikanz durch Simulation.
- Einführung eines Sequenzsatzes mit negativen Kontrollen, die mit
automatisch ermittelten Motiven nicht übereinstimmen sollen.
|
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mothur
Sequenzanalysen-Suite zur Forschung an Mikrobiota
|
Versions of package mothur |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.44.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.33.3+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.38.1.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.48.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.48.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.41.21-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package mothur: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Mothur versucht eine quelloffene, erweiterbare Software zu entwickeln, die
den bioinformatischen Anforderungen der Forscher der mikrobiellen Ökologie
genügt. Es vereinigt die Funktionalität von DOTUR, SONS, TreeClimber,
s-libshuff, UniFrac und vielen weiteren. Mothur hat nicht nur die
Flexibilität dieser Algorithmen verbessert, sondern auch eine Anzahl an
neuen Fähigkeiten hinzugefügt, etwa Berechnungs- und Visualisierungswerkzeuge.
Please cite:
Patrick D Schloss, Sarah L Westcott, Thomas Ryabin, Justine R Hall, Martin Hartmann, Emily B Hollister, Ryan A Lesniewski, Brian B Oakley, Donovan H Parks, Courtney J Robinson, Jason W Sahl, Blaz Stres, Gerhard G Thallinger, David J Van Horn and Carolyn F Weber:
Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities.
(PubMed)
Appl Environ Microbiol
75(23):7537-7541
(2009)
Topics: Microbial ecology
|
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mrbayes
Bayessche Inferenz der Phylogenie
|
Versions of package mrbayes |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.2.7a-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.2.3+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.2.6+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
buster | 3.2.6+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.2.7a-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.2.7a-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Die Bayessche Inferenz der Phylogenie basiert auf einer Quantität -
A-posteriori-Wahrscheinlichkeitsverteilung von Bäumen genannt - die
die Wahrscheinlichkeit eines Baumes bedingt durch die Beobachtungen
ist. Die Bedingung entsteht durch Verwendung des Bayestheorems. Die
A-posteriori-Wahrscheinlichkeitsverteilung von Bäumen kann unmöglich
analytisch berechnet werden. Stattdessen verwendet MrBayes eine
Simulation, das Markov-Chain-Monte-Carlo-Verfahren (kurz MCMC),
um die A-posteriori-Wahrscheinlichkeiten der Bäume zu schätzen.
The package is enhanced by the following packages:
mrbayes-doc
|
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mummer
Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome
|
Versions of package mummer |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.23+dfsg-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.23~dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.23+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.23+dfsg-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.23+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4.0.0.~beta5 |
Debtags of package mummer: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MUMmer ist eine Umgebung für ein schnelles Alignment ganzer Genome, ob in
endgültiger Form oder als noch unvollständiges Assembly. MUMmer 3.0 etwa
findet alle exakten Übereinstimmungen von einer Länge von wenigstens 20
Basenpaaren zwischen einem Paar von 5 Megabyte Genomen in 13,7 Sekunden,
mit einem Speicherbedarf von 78 MB auf einem 2,4GHz Linux Desktop-Computer.
MUMmer kann auch unvollständige Genome alignen, es kann mit hunderten oder
tausenden von sequenzierten Bereichen leicht umgehen, wie sie im
Shotgun-Sequencing-Verfahren anfallen. Über das mitgelieferte Programm
NUCmer sind Vergleiche zwischen zwei solcher Mengen von Sequenzen
unterstützt. Sind die Spezies zu divergierend, dann kann das Programm
PROCmer Alignments bestimmen, die auf den six-frame-Translationen beider
Input-Sequenzen basieren.
The package is enhanced by the following packages:
e-mem
Topics: Sequence analysis
|
|
muscle
Multiple alignment program of protein sequences
|
Versions of package muscle |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.8.31-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.8.31+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.1.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 5.2 |
Debtags of package muscle: |
biology | format:aln, nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE
stands for multiple sequence comparison by log-expectation. In the
authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested
programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of
the fastest programs out there.
Muscle v5 is a major re-write of MUSCLE based on new algorithms.
Users should be aware that command line arguments compared to version
3.x of MUSCLE have changed!
Highest accuracy, scalable to thousands of sequences
Compared to previous versions, Muscle v5 is much more accurate, is often
faster, and scales to much larger datasets. At the time of writing (late
2021), Muscle v5 has the highest scores on multiple alignment benchmarks
including Balibase, Bralibase, Prefab and Balifam. It can align tens of
thousands of sequences with high accuracy on a low-cost commodity computer
(say, an 8-core Intel CPU with 32 Gb RAM). On large datasets, Muscle v5
is 20-30% more accurate than MAFFT and Clustal-Omega.
Alignment ensembles
Muscle v5 can generate ensembles of high-accuracy alternative alignments.
All replicates have equal average accuracy on benchmark test, including
the MSA made with default parameters. By comparing results of downstream
analysis (trees, structure prediction...) on different replicates, you can
assess the effects of alignment errors on your study.
Topics: Sequence analysis
|
|
muscle3
multiple alignment program of protein sequences
|
Versions of package muscle3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.8.1551-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.8.1551-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE
stands for multiple sequence comparison by log-expectation. In the
authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested
programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of
the fastest programs out there.
This is version 3 of the muscle program. It is a different program
than muscle version 5 which is packaged as muscle in Debian.
Topics: Sequence analysis
|
|
mustang
Struktur-Alignment mehrerer Proteine
|
Versions of package mustang |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.2.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.2.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.2.3-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.2.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package mustang: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Mustang ist ein Algorithmus, um mehrere Protein-Strukturen miteinander
abzugleichen. Aus einem Satz von PDB-Dateien (Protein Data Bank, PDB)
bestimmt das Programm unter Ausnutzung der räumlichen Informationen in den
Calpha-Atomen die einander zuzuordnenden Aminosäuren. Dies ist für
verschiedene Bereiche des Proteins auch unterschiedlich gut möglich.
Anschließend werden die Proteine paarweise miteinander verglichen, und so
in mehreren Durchgängen mit einer Heuristik das Ergebnis zunehmend
verfeinert. Schließlich gibt Mustang die Zuordnung der Protein-Sequenzen
(das Alignment) und auch die entsprechende räumliche Überlagerung von
Strukturen aus.
|
|
ncbi-epcr
Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites
|
Versions of package ncbi-epcr |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.3.12-1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.3.12-1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.3.12-1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.3.12-1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.12-1-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.3.12-1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.12-1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package ncbi-epcr: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | checking, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Electronic PCR (e-PCR) is computational procedure that is used to identify
sequence tagged sites(STSs), within DNA sequences. e-PCR looks for potential
STSs in DNA sequences by searching for subsequences that closely match the
PCR primers and have the correct order, orientation, and spacing that could
represent the PCR primers used to generate known STSs.
The new version of e-PCR implements a fuzzy matching strategy. To reduce
likelihood that a true STS will be missed due to mismatches, multiple
discontiguous words may be used instead of a single exact word. Each of this
word has groups of significant positions separated by 'wildcard' positions
that are not required to match. In addition, it is also possible to allow
gaps in the primer alignments.
The main motivation for implementing reverse searching (called Reverse e-PCR)
was to make it feasible to search the human genome sequence and other large
genomes. The new version of e-PCR provides a search mode using a query
sequence against a sequence database.
This program is retired upstream and it is suggested to use Primer-Blast
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
instead.
|
|
ncbi-tools-bin
NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)
|
Versions of package ncbi-tools-bin |
Release | Version | Architectures |
buster | 6.1.20170106+dfsg1-0+deb10u2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 6.1.20170106+dfsg2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 6.1.20170106+dfsg2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 6.1.20170106+dfsg1-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.1.20170106+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 6.1.20170106+dfsg1-0+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 6.1.20120620-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package ncbi-tools-bin: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
science | calculation |
scope | utility |
use | analysing, calculating, converting, searching |
works-with | biological-sequence |
works-with-format | plaintext, xml |
|
License: DFSG free
|
This package includes various utilities distributed with the NCBI C SDK,
including the development tools asntool and errhdr (formerly of
libncbi6-dev). None of the programs in this package require X; you can
find the X-based utilities in the ncbi-tools-x11 package. BLAST and
related tools now come from a separate source base, corresponding to the
ncbi-blast+ and ncbi-blast+-legacy packages.
The package is enhanced by the following packages:
mcl
|
|
ncoils
coiled coil secondary structure prediction
|
Versions of package ncoils |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2002-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2002-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2002-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2002-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2002-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
The program predicts the coiled coil secondary structure predictions
from protein sequences. The algorithm was published in
Lupas, van Dyke & Stock, Predicting coiled coils from
protein sequences Science, 252, 1162-1164, 1991.
|
|
neobio
computes alignments of amino acid and nucleotide sequences
|
Versions of package neobio |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0.20030929-4 | all |
jessie | 0.0.20030929-1.1 | all |
stretch | 0.0.20030929-2 | all |
bookworm | 0.0.20030929-6 | all |
bullseye | 0.0.20030929-6 | all |
sid | 0.0.20030929-6 | all |
trixie | 0.0.20030929-6 | all |
|
License: DFSG free
|
Library and graphical user interface for pairwise sequence alignments.
Implementation of the dynamic programming methods of Needleman & Wunsch
(global alignment) and Smith & Waterman (local alignment).
|
|
paraclu
Parametric clustering of genomic and transcriptomic features
|
Versions of package paraclu |
Release | Version | Architectures |
buster | 9-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 9-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 10-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Paraclu finds clusters in data attached to sequences. It was first
applied to transcription start counts in genome sequences, but it
could be applied to other things too.
Paraclu is intended to explore the data, imposing minimal prior
assumptions, and letting the data speak for itself.
One consequence of this is that paraclu can find clusters within
clusters. Real data sometimes exhibits clustering at multiple scales:
there may be large, rarefied clusters; and within each large cluster
there may be several small, dense clusters.
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parsinsert
Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees
|
Versions of package parsinsert |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.04-15 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.04-15 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.04-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.04-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.04-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.04-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.04-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
ParsInsert efficiently produces both a phylogenetic tree and taxonomic
classification for sequences for microbial community sequence analysis. This
is a C++ implementation of the Parsimonious Insertion algorithm.
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|
pdb2pqr
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
|
Versions of package pdb2pqr |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.1.1+dfsg-7+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.1.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.5.2+dfsg-3 | all |
trixie | 3.6.1+dfsg-1 | all |
sid | 3.6.1+dfsg-1 | all |
buster | 2.1.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.9.0+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 3.6.2 |
|
License: DFSG free
|
PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common
tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations.
It thus provides a platform-independent utility for converting protein files
in PDB format to PQR format. These tasks include:
- Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
- Determining side-chain pKas
- Placing missing hydrogens
- Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
- Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields
|
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perm
efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds
|
Versions of package perm |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.4.0-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.4.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.4.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.4.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.4.0-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PerM is a software package which was designed to perform highly efficient
genome scale alignments for hundreds of millions of short reads produced by
the ABI SOLiD and Illumina sequencing platforms. Today PerM is capable of
providing full sensitivity for alignments within 4 mismatches for 50bp SOLID
reads and 9 mismatches for 100bp Illumina reads.
|
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phyml
Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
|
Versions of package phyml |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.3.20180621-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 20120412-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3.3.20220408-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 3.2.0+dfsg-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 3.3.20220408-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.3.20220408-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.3.20200621-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package phyml: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
PhyML is a software that estimates maximum likelihood phylogenies from
alignments of nucleotide or amino acid sequences. It provides a wide
range of options that were designed to facilitate standard phylogenetic
analyses. The main strengths of PhyML lies in the large number of
substitution models coupled to various options to search the space of
phylogenetic tree topologies, going from very fast and efficient methods
to slower but generally more accurate approaches. It also implements
two methods to evaluate branch supports in a sound statistical framework
(the non-parametric bootstrap and the approximate likelihood ratio test).
PhyML was designed to process moderate to large data sets. In theory,
alignments with up to 4,000 sequences 2,000,000 character-long can
be analyzed. In practice however, the amount of memory required to process
a data set is proportional of the product of the number of sequences by their
length. Hence, a large number of sequences can only be processed provided
that they are short. Also, PhyML can handle long sequences provided that
they are not numerous. With most standard personal computers, the “comfort
zone” for PhyML generally lies around 3 to 500 sequences less than 2,000
character long.
This package also includes PhyTime.
|
|
phyutility
simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
|
Versions of package phyutility |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.7.3+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.7.3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.7.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.7.3+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.7.3+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Phyutility (fyoo-til-i-te) is a command line program that performs
simple analyses or modifications on both trees and data matrices.
Currently it performs the following functions (to suggest another
feature, submit an Issue and use the label Type-Enhancement) :
Trees
- rerooting
- pruning
- type conversion
- consensus
- leaf stability
- lineage movement
- tree support
Data Matrices
- concatenate alignments
- genbank parsing
- trimming alignments
- search NCBI
- fetch NCBI
|
|
picard-tools
Command line tools to manipulate SAM and BAM files
|
Versions of package picard-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.27.5+dfsg-2 | all |
sid | 3.1.1+dfsg-1 | all |
trixie | 3.1.1+dfsg-1 | all |
stretch | 2.8.1+dfsg-1 | all |
buster | 2.18.25+dfsg-2 | amd64 |
bullseye | 2.24.1+dfsg-1 | all |
jessie | 1.113-1 | all |
upstream | 3.2.0 |
|
License: DFSG free
|
SAM (Sequence Alignment/Map) format is a generic format for storing
large nucleotide sequence alignments. Picard Tools includes these
utilities to manipulate SAM and BAM files:
AddCommentsToBam FifoBuffer
AddOrReplaceReadGroups FilterSamReads
BaitDesigner FilterVcf
BamIndexStats FixMateInformation
GatherBamFiles
BedToIntervalList GatherVcfs
BuildBamIndex GenotypeConcordance
CalculateHsMetrics IlluminaBasecallsToFastq
CalculateReadGroupChecksum IlluminaBasecallsToSam
CheckIlluminaDirectory LiftOverIntervalList
CheckTerminatorBlock LiftoverVcf
CleanSam MakeSitesOnlyVcf
CollectAlignmentSummaryMetrics MarkDuplicates
CollectBaseDistributionByCycle MarkDuplicatesWithMateCigar
CollectGcBiasMetrics MarkIlluminaAdapters
CollectHiSeqXPfFailMetrics MeanQualityByCycle
CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment
CollectIlluminaLaneMetrics MergeSamFiles
CollectInsertSizeMetrics MergeVcfs
CollectJumpingLibraryMetrics NormalizeFasta
CollectMultipleMetrics PositionBasedDownsampleSam
CollectOxoGMetrics QualityScoreDistribution
CollectQualityYieldMetrics RenameSampleInVcf
CollectRawWgsMetrics ReorderSam
CollectRnaSeqMetrics ReplaceSamHeader
CollectRrbsMetrics RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar
CollectSequencingArtifactMetrics RevertSam
CollectTargetedPcrMetrics SamFormatConverter
CollectVariantCallingMetrics SamToFastq
CollectWgsMetrics ScatterIntervalsByNs
CompareMetrics SortSam
CompareSAMs SortVcf
ConvertSequencingArtifactToOxoG SplitSamByLibrary
CreateSequenceDictionary SplitVcfs
DownsampleSam UpdateVcfSequenceDictionary
EstimateLibraryComplexity ValidateSamFile
ExtractIlluminaBarcodes VcfFormatConverter
ExtractSequences VcfToIntervalList
FastqToSam ViewSam
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Broad Institute:
Picard toolkit.
Broad Institute, GitHub repository
(2019)
Topics: Sequencing; Document, record and content management
|
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plink
Werkzeugsatz für die Analyse von Zusammenhängen im gesamten Genom
|
Versions of package plink |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.07-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.07+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.07-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.07+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.07+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package plink: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Plink erwartet als Eingabe die Daten aus SNP-Chips (Single Nucleotide
Polymorphismus) von vielen einzelnen Individuen und deren phänotypische
Beschreibung einer Krankheit. Das Programm findet Verbindungen von
einzelnen oder Paaren von DNA-Varianten mit einem Phänotyp. Es kann
SNP-Erläuterungen aus einer Online-Quelle abrufen.
SNPs können einzeln oder als Paar auf ihren Zusammenhang mit
Krankheitsphänotypen bewertet werden. Die gemeinsame Untersuchung
von Varianten von Genkopien wird unterstützt. Eine Vielzahl von
statistischen Tests wurde implementiert.
Bitte beachten Sie: Die ausführbare Anwendung wurde wegen
eines Namenskonflikts zu plink1 umbenannt. Mehr dazu unter
/usr/share/doc/plink/README.Debian.
|
|
plink1.9
Werkzeugsatz für die Analyse von Zusammenhängen im gesamten Genom
|
Versions of package plink1.9 |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.90~b6.6-181012-1 | amd64,armhf,i386 |
bookworm | 1.90~b6.26-220402-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
trixie | 1.90~b7.2-231211-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.90~b7.2-231211-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.90~b3.45-170113-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
bullseye | 1.90~b6.21-201019-1 | amd64,armel,armhf,i386,mipsel |
|
License: DFSG free
|
Plink erwartet als Eingabe die Daten aus SNP-Chips (Single Nucleotide
Polymorphismus) von vielen einzelnen Individuen und deren phänotypische
Beschreibung einer Krankheit. Das Programm findet Verbindungen von
einzelnen oder Paaren von DNA-Varianten mit einem Phänotyp. Es kann
SNP-Erläuterungen aus einer Online-Quelle abrufen.
SNPs können einzeln oder als Paar auf ihren Zusammenhang mit
Krankheitsphänotypen bewertet werden. Die gemeinsame Untersuchung
von Varianten von Genkopien wird unterstützt. Eine Vielzahl von
statistischen Tests wurde implementiert.
Plink1.9 ist eine umfassende Aktualisierung von plink mit neuen
Algorithmen und neuen Methoden, schneller und sparsamer im
Speicherverbrauch als das erste plink.
Bitte beachten Sie: Die ausführbare Anwendung wurde wegen
eines Namenskonflikts zu plink1.9 umbenannt. Mehr dazu unter
/usr/share/doc/plink1.9/README.Debian.
|
|
plink2
whole-genome association analysis toolset
|
Versions of package plink2 |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.00~a5.8-231123+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.00~a5.8-231123+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.00~a3.5-220809+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.00~a3-210203+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
plink expects as input the data from SNP (single nucleotide polymorphism)
chips of many individuals and their phenotypical description of a disease.
It finds associations of single or pairs of DNA variations with a phenotype
and can retrieve SNP annotation from an online source.
SNPs can evaluated individually or as pairs for their association with the
disease phenotypes. The joint investigation of copy number variations is
supported. A variety of statistical tests have been implemented.
plink2 is a comprehensive update of plink and plink1.9 with new algorithms
and new methods, faster and less memory consumer than the first plink.
|
|
poa
Partial Order Alignment for multiple sequence alignment
|
Versions of package poa |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.0+20060928-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.0+20060928-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.0+20060928-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0+20060928-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 2.0+20060928-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package poa: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
POA is Partial Order Alignment, a fast program for multiple sequence
alignment (MSA) in bioinformatics. Its advantages are speed,
scalability, sensitivity, and the superior ability to handle branching
/ indels in the alignment. Partial order alignment is an approach to
MSA, which can be combined with existing methods such as progressive
alignment. POA optimally aligns a pair of MSAs and which therefore can
be applied directly to progressive alignment methods such as CLUSTAL.
For large alignments, Progressive POA is 10-30 times faster than
CLUSTALW.
|
|
prank
Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
|
Versions of package prank |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.0.150803-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.0.140110-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 0.0.170427+dfsg-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.0.170427+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PRANK is a probabilistic multiple alignment program for DNA, codon
and amino-acid sequences. It's based on a novel algorithm that treats
insertions correctly and avoids over-estimation of the number of
deletion events. In addition, PRANK borrows ideas from maximum
likelihood methods used in phylogenetics and correctly takes into
account the evolutionary distances between sequences. Lastly, PRANK
allows for defining a potential structure for sequences to be aligned
and then, simultaneously with the alignment, predicts the locations
of structural units in the sequences.
PRANK is a command-line program for UNIX-style environments but the
same sequence alignment engine is implemented in the graphical
program PRANKSTER. In addition to providing a user-friendly interface
to those not familiar with Unix systems, PRANKSTER is an alignment
browser for alignments saved in the HSAML format. The novel format
allows for storing all the information generated by the aligner and
the alignment browser is a convenient way to analyse and manipulate
the data.
PRANK aims at an evolutionarily correct sequence alignment and often
the result looks different from ones generated with other alignment
methods. There are, however, cases where the different look is caused
by violations of the method's assumptions. To understand why things
may go wrong and how to avoid that, read this explanation of
differences between PRANK and traditional progressive alignment
methods.
|
|
prime-phylo
bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
|
Versions of package prime-phylo |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0.11-7 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.0.11-12 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0.11-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0.11-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0.11-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0.11-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0.11-12 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package
supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework
using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of
PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene
trees.
The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format
and the output data contains trees in Newick format.
|
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primer3
tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
|
Versions of package primer3 |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.4.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.6.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.6.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.4.0-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.3.6-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3.7-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.6.1-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package primer3: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Primer3 picks primers for Polymerase Chain Reactions (PCRs), considering as
criteria oligonucleotide melting temperature, size, GC content and
primer-dimer possibilities, PCR product size, positional constraints within
the source sequence, and miscellaneous other constraints. All of these
criteria are user-specifiable as constraints, and some are specifiable as
terms in an objective function that characterizes an optimal primer pair.
|
|
probabel
Werkzeugsatz für genomweite Assoziationsanalyse
|
Versions of package probabel |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.5.0+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
jessie | 0.4.3-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
sid | 0.5.0+dfsg-6 | amd64,i386 |
stretch | 0.4.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
bullseye | 0.5.0+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Das Paket ProbABEL ist ein Teil des Projekts GenABEL zur Analyse
genomweiter Daten. ProbABEL wird verwendet, um GWAS zu nutzen. Die
Nutzung von Dateien im DatABEL-Format (filevector) ermöglicht sogar
die Ausführung von GWAS auf Computern mit nur wenigen Gigabyte RAM.
|
|
probcons
PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
|
Versions of package probcons |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.12-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.12-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.12-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.12-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.12-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package probcons: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Tool for generating multiple alignments of protein sequences. Using a
combination of probabilistic modeling and consistency-based alignment
techniques, PROBCONS has achieved the highest accuracies of all alignment
methods to date. On the BAliBASE benchmark alignment database, alignments
produced by PROBCONS show statistically significant improvement over current
programs, containing an average of 7% more correctly aligned columns than
those of T-Coffee, 11% more correctly aligned columns than those of CLUSTAL W,
and 14% more correctly aligned columns than those of DIALIGN.
|
|
proda
Mulitple Alignments von Proteinsequenzen
|
Versions of package proda |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 1.0-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.0-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package proda: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
ProDA ist ein System zur automatischen Erkennung und Anordnung von
homologen Regionen in Proteinsammlungen mit beliebigen
Domain-Architekturen. Bei gegebenem Eingangssatz von nicht-angeordneten
Sequenzen identifiziert ProDA eine homologe Region, die in einer oder
mehrere Sequenzen auftaucht und liefert eine Sammlung von lokalen
multiplen Anordnungen für diese Regionen zurück.
|
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prodigal
Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
|
Versions of package prodigal |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.6.3-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.6.1-1 | amd64,armel,i386 |
stretch | 2.6.3-1 | amd64,arm64,armel,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.6.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) is a
microbial (bacterial and archaeal) gene finding program developed at
Oak Ridge National Laboratory and the University of Tennessee.
Key features of Prodigal include:
Speed: Prodigal is an extremely fast gene recognition tool
(written in very vanilla C). It can analyze an entire microbial genome
in 30 seconds or less.
Accuracy: Prodigal is a highly accurate gene finder.
It correctly locates the 3' end of every gene in the experimentally verified
Ecogene data set (except those containing introns).
It possesses a very sophisticated ribosomal binding site scoring system that
enables it to locate the translation initiation site with great accuracy
(96% of the 5' ends in the Ecogene data set are located correctly).
Specificity: Prodigal's false positive rate compares favorably with other
gene identification programs, and usually falls under 5%.
GC-Content Indifferent: Prodigal performs well even in high GC genomes,
with over a 90% perfect match (5'+3') to the Pseudomonas aeruginosa curated
annotations.
Metagenomic Version: Prodigal can run in metagenomic mode and analyze
sequences even when the organism is unknown.
Ease of Use: Prodigal can be run in one step on a single genomic sequence
or on a draft genome containing many sequences. It does not need to be
supplied with any knowledge of the organism, as it learns all the properties
it needs to on its own.
|
|
python3-biomaj3-cli
|
Versions of package python3-biomaj3-cli |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.1.11-4 | all |
bullseye | 3.1.11-1 | all |
buster | 3.1.10-1 | all |
sid | 3.1.11-5 | all |
trixie | 3.1.11-5 | all |
|
License: DFSG free
|
BioMAJ downloads remote data banks, checks their status and applies
transformation workflows, with consistent state, to provide ready-to-use
data for biologists and bioinformaticians. For example, it can transform
original FASTA files into BLAST indexes. It is very flexible and its
post-processing facilities can be extended very easily.
BioMAJ3 is a rewrite of BioMAJ v1.x, see online documentation for migration.
This package contains the client to execute BioMAJ3 or communicate with the
BioMAJ daemon process (python3-biomaj3-daemon) in case of microservice config.
|
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python3-biopython
Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik
|
Versions of package python3-biopython |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.80+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.64+dfsg-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.78+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.68+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.73+dfsg-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.84+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.83+dfsg1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.84+dfsg-1 | mips64el |
|
License: DFSG free
|
Das Projekt Biopython ist eine internationale Vereinigung von Entwicklern
frei verfügbarer Python-Werkzeuge für rechnergestützte Molekularbiologie.
Es ist eine verteilte, gemeinsame Anstrengung zur Entwicklung von
Python-3-Bibliotheken und -Applikationen, die auf die Anforderungen der
aktuellen und zukünftigen Arbeit in der Bioinformatik zugeschnitten sind.
Der Quelltext ist unter der »Biopython License« verfügbar, welche sehr
liberal ist und kompatibel mit fast jeder Lizenz auf der Welt. Das Projekt
arbeitet zusammen mit der Open Bioinformatics Foundation, die für das
Projekt Speicherplatz für CVS und für die Webseiten bereitstellt.
Please cite:
Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon:
Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
25(11):1422-1423
(2009)
|
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python3-cogent3
Rahmenwerk für genomische Biologie
|
Versions of package python3-cogent3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2023.2.12a1+dfsg-2+deb12u1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 2023.12.15a1+dfsg-1 | s390x |
sid | 2024.5.7a1+dfsg-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2020.12.21a+dfsg-4+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 2024.7.19a6 |
|
License: DFSG free
|
PyCogent ist eine Softwarebibliothek für genomische Biologie. Es ist ein
vollständig integriertes und ausführlich getestetes Rahmenwerk für:
- Kontrolle von Drittanwendungen
- Entwickeln von Arbeitsabläufen; Abfragen von Datenbanken
- Durchführen neuartiger probabilistischer Analysen biologischer
Sequenzevolution, und
- Erstellen von Grafiken in Publikationsqualität
Es hebt sich durch viele einzigartige eingebaute Fähigkeiten hervor (wie
z.B. »true codon alignment«) und eine häufige Ergänzung komplett neuer
Methoden für die Analyse genomischer Daten.
Please cite:
Rob Knight, Peter Maxwell, Amanda Birmingham, Jason Carnes, J Gregory Caporaso, Brett C Easton, Michael Eaton, Micah Hamady, Helen Lindsay, Zongzhi Liu, Catherine Lozupone, Daniel McDonald, Michael Robeson, Raymond Sammut, Sandra Smit, Matthew J Wakefield, Jeremy Widmann, Shandy Wikman, Stephanie Wilson, Hua Ying and Gavin A Huttley:
PyCogent: a toolkit for making sense from sequence.
(PubMed,eprint)
Genome Biology
8(8):R171
(2007)
|
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qiime
Quantitative Insights Into Microbial Ecology
|
Versions of package qiime |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2020.11.1-1 | all |
sid | 2024.5.0-1 | all |
bookworm | 2022.11.1-2 | all |
jessie | 1.8.0+dfsg-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 2024.5.1 |
Debtags of package qiime: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
Microbes are surrounding us, animals, plants and all their parasites with
strong effect on these and the environment these live in. Soil quality comes
to mind but also the effect that bacteria have on each other. Humans are
influencing the absolute and relative abundance of bacteria by antibiotics,
food, fertilizers - you name it - and these changes affect us.
QIIME 2 is a powerful, extensible, and decentralized microbiome analysis
package with a focus on data and analysis transparency. QIIME 2 enables
researchers to start an analysis with raw DNA sequence data and finish with
publication-quality figures and statistical results.
Key features:
- Integrated and automatic tracking of data provenance
- Semantic type system
- Plugin system for extending microbiome analysis functionality
- Support for multiple types of user interfaces (e.g. API, command line,
graphical)
QIIME 2 is a complete redesign and rewrite of the QIIME 1 microbiome analysis
pipeline. QIIME 2 will address many of the limitations of QIIME 1, while
retaining the features that makes QIIME 1 a powerful and widely-used analysis
pipeline.
QIIME 2 currently supports an initial end-to-end microbiome analysis pipeline.
New functionality will regularly become available through QIIME 2 plugins. You
can view a list of plugins that are currently available on the QIIME 2 plugin
availability page. The future plugins page lists plugins that are being
developed.
Please cite:
Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R Dillon, Nicholas A Bokulich, Christian Abnet, Gabriel A Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J Brislawn, C Titus Brown, Benjamin J Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily Cope, Ricardo Da Silva, Pieter C Dorrestein, Gavin M Douglas, Daniel M Durall, Claire Duvallet, Christian F Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M Gauglitz, Deanna L Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin Huttley, Stefan Janssen, Alan K Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R Keefe, Paul Keim, Scott T Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan GI Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D Martin, Daniel McDonald, Lauren J McIver, Alexey V Melnik, Jessica L Metcalf, Sydney C Morgan, Jamie Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B Orchanian, Talima Pearson, Samuel L Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R Spear, Austin D Swafford, Luke R Thompson, Pedro J Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin JJ van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C Weber, Chase HD Williamson, Amy D Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight and J Gregory Caporaso:
Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2.
(PubMed,eprint)
Nature Biotechnology
37:852 - 857
(2019)
Topics: Microbial ecology
|
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r-bioc-edger
Empirische Analyse von digitalen Genexpressionsdaten mit R
|
Versions of package r-bioc-edger |
Release | Version | Architectures |
trixie | 4.2.1+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 4.2.1+dfsg-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.40.2+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 3.8.2+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 3.32.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.14.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Bioconductor-Paket zur Differentialexpressionsanalyse eines vollkommen
sequenzierten Transkriptom (RNA-seq) und digitalen Genexpressionsprofilen
mit biologischer Replikation. Es verwendet empirische Bayes-Methoden und
exakte Tests, die auf der negativen Binomialverteilung basieren. Es ist auch
für die Differentialsignalanalyse mit anderen Typen von Zähldaten in der
Größenordnung von Genomen verwendbar.
|
|
r-bioc-hilbertvis
GNU-R-Paket zur Visualisierung langer Datenvektoren
|
Versions of package r-bioc-hilbertvis |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.24.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 1.48.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.56.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.40.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.32.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.62.0-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package r-bioc-hilbertvis: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Dieses Werkzeug ermöglicht die Anzeige sehr langer Datenvektoren auf
platzsparende Weise, indem die Daten entlang einer 2D-Hilbert-Kurve
angeordnet werden. Der Benutzer kann dann gleichzeitig visuell sowohl die
großräumige Struktur und die Verteilung der Merkmale als auch die ungefähre
Form und die Intensität der einzelnen Merkmale beurteilen.
In der Bioinformatik ist ein typischer Anwendungsfall ChIP-Chip und
ChIP-Seq, oder grundsätzlich alle Arten von genomischen Daten, die
konventionell als quantitative Spur (»wiggle-Daten«) von Genom-Browsern
angezeigt werden, wie sie von Ensembl oder UCSC bereitgestellt werden.
|
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r-cran-pvclust
Hierarchical Clustering with P-Values via Multiscale Bootstrap
|
Versions of package r-cran-pvclust |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.3-0-1 | all |
bookworm | 2.2-0-2 | all |
stretch | 2.0-0-1 | all |
buster | 2.0-0-4 | all |
bullseye | 2.2-0-2 | all |
sid | 2.2-0-2 | all |
trixie | 2.2-0-2 | all |
|
License: DFSG free
|
pvclust is a package for assessing the uncertainty in
hierarchical cluster analysis. It provides AU (approximately
unbiased) p-values as well as BP (boostrap probability) values
computed via multiscale bootstrap resampling.
|
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r-cran-qtl
GNU R package for genetic marker linkage analysis
|
Versions of package r-cran-qtl |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.70-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.47-9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.44-9-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.40-8-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.33-7-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.70-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.58-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package r-cran-qtl: |
devel | lang:r, library |
field | biology, statistics |
role | app-data |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
R/qtl is an extensible, interactive environment for mapping quantitative
trait loci (QTLs) in experimental crosses. It is implemented as an
add-on-package for the freely available and widely used statistical
language/software R (see http://www.r-project.org).
The development of this software as an add-on to R allows one to take
advantage of the basic mathematical and statistical functions, and
powerful graphics capabilities, that are provided with R. Further,
the user will benefit by the seamless integration of the QTL mapping
software into a general statistical analysis program. The goal is to
make complex QTL mapping methods widely accessible and allow users to
focus on modeling rather than computing.
A key component of computational methods for QTL mapping is the hidden
Markov model (HMM) technology for dealing with missing genotype data. The
main HMM algorithms, with allowance for the presence of genotyping errors,
for backcrosses, intercrosses, and phase-known four-way crosses
were implemented.
The current version of R/qtl includes facilities for estimating
genetic maps, identifying genotyping errors, and performing single-QTL
genome scans and two-QTL, two-dimensional genome scans, by interval
mapping (with the EM algorithm), Haley-Knott regression, and multiple
imputation. All of this may be done in the presence of covariates (such
as sex, age or treatment). One may also fit higher-order QTL models by
multiple imputation.
|
|
r-cran-vegan
Community Ecology Package for R
|
Versions of package r-cran-vegan |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.0-10-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.6-8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.6-8+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.6-4+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.5-4+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.5-7+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.4-2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
R package for community ecologists. It contains most multivariate analysis
needed in analysing ecological communities, and tools for diversity analysis.
Most diversity methods assume that data are counts of individuals.
These tools are sometimes used outside the field of ecology, for instance to
study populations of white blood cells or RNA molecules.
|
|
r-other-mott-happy.hbrem
GNU R package for fine-mapping complex diseases
|
Versions of package r-other-mott-happy.hbrem |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.4-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
Happy is an R interface into the HAPPY C package for fine-mapping
Quantitative Trait Loci (QTL) in Heterogenous Stocks (HS). An HS is
an advanced intercross between (usually eight) founder inbred strains
of mice. HS are suitable for fine-mapping QTL. It uses a multipoint
analysis which offers significant improvements in statistical power to
detect QTLs over that achieved by single-marker association.
The happy package is
an extension of the original C program happy; it uses the C code to
compute the probability of descent from each of the founders, at each
locus position, but the happy packager allows a much richer range of
models to be fit to the data.
Read /usr/share/doc/r-other-mott-happy/README.Debian for a more
detailed explanation.
|
|
raster3d
Werkzeuge zum Erstellen von hochqualitativen Rasterbildern von Proteinen oder anderen Molekülen
|
Versions of package raster3d |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.0-3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.0-3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0-3-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package raster3d: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | application |
use | converting, viewing |
works-with | 3dmodel, image, image:raster |
works-with-format | jpg, png |
|
License: DFSG free
|
Raster3D ist eine Sammlung von Werkzeugen zum Erstellen von
hochqualitativen Rasterbildern von Proteinen oder anderen Molekülen. Das
Kernprogramm kann Kugeln, Dreiecke, Zylinder und Quadrik-Flächen mit
Spiegelglanzlicht, Phong Shading und Schatten rendern. Es wird ein
effizienter Z-Puffer-Algorithmus verwendet, der unabhängig von sämtlicher
Grafikhardware ist. Zusatzprogramme verarbeiten anhand von PDB-Dateien die
Koordinaten der einzelnen Atome und geben Renderingangaben für Bilder aus,
die aus Schleifen, raumfüllenden Atomen, Atombindungen, »ball+stick«
(Kugel+Stab) etc. zusammengestellt sein können. Raster3D kann auch dazu
verwendet werden, Bilder, die mit anderen Programmen wie Molscript
zusammengestellt wurden, in wunderbarem 3D mit Glanzlicht und Schatten usw.
zu rendern. Die Ausgabe erfolgt in Pixelbilddateien mit 24 Bit
Farbinformation per Pixel.
|
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readseq
Umwandlung von Sequenzformaten
|
Versions of package readseq |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1-13 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1-11 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package readseq: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Liest und schreibt Zellkern-/Protein-Sequenzen in diversen Formaten.
Datendateien können mehrere Sequenzen enthalten. Readseq ist besonders
nützlich, weil es automatisch viele Sequenzformate erkennt und zwischen
diesen umwandelt.
|
|
rnahybrid
Schnelle und effektive Vorhersage von microRNA/Vergleichsmuster-Duplexen
|
Versions of package rnahybrid |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.1.1-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.1.2-7 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.1.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.1.2-8 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.1.2-6 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.2-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.1.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package rnahybrid: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
RNAhybrid ist ein Werkzeug für die Suche nach der Hybridisierung einer
langen und einer kurzen RNA mit minimaler freier Energie. Die
Hybridisierung wird in einer Art von Domain-Modus durchgeführt, d.h. die
kurze Sequenz wird so hybridisiert, dass sie sich am möglichst
komplementären Bereich der Langen anlagert. Das Werkzeug ist in erster
Linie als Mittel zur »microRNA target«-Vorhersage gedacht.
|
|
rtax
Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene
|
Versions of package rtax |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.984-8 | all |
jessie | 0.984-2 | all |
stretch | 0.984-5 | all |
buster | 0.984-6 | all |
bullseye | 0.984-7 | all |
bookworm | 0.984-8 | all |
trixie | 0.984-8 | all |
|
License: DFSG free
|
Short-read technologies for microbial community profiling are increasingly
popular, yet previous techniques for assigning taxonomy to paired-end reads
perform poorly. RTAX provides rapid taxonomic assignments of paired-end
reads using a consensus algorithm.
|
|
samtools
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
|
Versions of package samtools |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.16.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.1.19-1 | amd64,armhf,i386 |
bullseye | 1.11-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.3.1-3 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
buster | 1.9-4 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 1.20-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.21 |
Debtags of package samtools: |
field | biology |
interface | commandline |
network | client |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | ncurses |
use | analysing, calculating, filtering |
works-with | biological-sequence |
|
License: DFSG free
|
Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments
in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM
(Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing,
and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work
on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP
or HTTP server.
|
|
seqan-apps
C++ library for the analysis of biological sequences
|
Versions of package seqan-apps |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.4.0+dfsg-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.4.0+dfsg-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.4.0+dfsg-16 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.4.0+dfsg-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 2.5.0~rc2+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64 |
jessie | 1.4.1+dfsg-2 | amd64,armhf,i386 |
stretch | 2.3.1+dfsg-4 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.0+dfsg-16 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch-backports | 2.4.0+dfsg-11~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package seqan-apps: |
devel | library |
|
License: DFSG free
|
SeqAn is a C++ template library of efficient algorithms and data
structures for the analysis of sequences with the focus on
biological data. This library applies a unique generic design that
guarantees high performance, generality, extensibility, and
integration with other libraries. SeqAn is easy to use and
simplifies the development of new software tools with a minimal loss
of performance. This package contains the applications dfi, pair_align,
micro_razers, seqan_tcoffee, seqcons, razers and tree_recon.
|
|
sibsim4
Richtet exprimierte RNA-Sequenzen an einer DNA-Vorlage aus
|
Versions of package sibsim4 |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.20-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.20-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.20-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.20-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package sibsim4: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Das SIBsim4-Projekt basiert auf sim4, einem Programm, das entwickelt
wurde, um eine exprimierte DNA-Sequenz mit einer genomischen Sequenz
abzustimmen um Intronen zu erlauben. SIBsim4 ist eine recht
umfangreiche Neuerstellung des ursprünglichen Codes mit den folgenden
Zielen:
- Geschwindigkeitsverbesserung;
- Einsetzbarkeit auf großen (Größenordnung von Chromosomen)
DNA-Sequenzen;
- detailliertere Ausgabe über Spleiß-Typen;
- detailliertere Ausgabe über Poly(A)-Schwänze;
- verschiedene Aufräumarbeiten und Verbesserungen des Codes.
|
|
sigma-align
Einfache multiple Alignments nicht-kodierender DNA-Sequenzen
|
Versions of package sigma-align |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.1.3-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.1.3-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.1.3-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 1.1.3-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.1.3-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package sigma-align: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Sigma (»Simple greedy multiple alignment«) ist ein Alignment-Programm.
Der Algorithmus und das Scoring-Schema sind speziell für nicht-kodierende
DNA-Sequenzen entworfen.
Das Programm verwendet die Strategie des Suchens der bestmöglichen
lückenlosen lokalen Alignments. Dies passiert bei jedem Schritt indem
ein bestmögliches Alignment passend zu existierenden Alignments
ermittelt wird. Sigma bewertet die Signifikanz der Alignments basierend
auf den Längen der alignierten Fragmente und eines Hintergrundmodells.
Diese können über eine Hilfsdatei intergenischer DNA zur Verfügung
gestellt oder geschätzt werden.
|
|
sim4
Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA
|
Versions of package sim4 |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.0.20121010-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.0.20121010-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.0.20121010-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.0.20121010-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package sim4: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing, searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
sim4 ist ein ähnlichkeits-basiertes Werkzeug und erstellt Alignments von
exprimierten DNA-Sequenzen (EST, cDNA, mRNA) mit den genomischen Sequenzen
des jeweiligen Gens. Das Programm entdeckt und paart Sequenzen, wenn die
zwei Eingabesequenzen an einem Ende überlappen (z.B. wenn der Anfang der
einen Sequenz mit dem Ende der Anderen überlappt).
sim4 setzt eine auf »Blast« basierende Technik ein, um die passenden
Blöcke, die die »exon cores« darstellen, zu ermitteln. In der ersten Phase
werden alle möglichen exakten Paare von W-meren (z.B. DNA-Wörter der Länge
W) zwischen den zwei Sequenzen ermittelt und diese zu maximalen Gap-freien
Segmenten erweitert. In der zweiten Phase werden die »exon cores« zu
benachbarten, noch ungepaarten Fragmenten erweitert. Dabei werden auf der
Suche nach der besten Übereinstimmung verschiedene
»greedy«-Näherungsalgorithmen und Heuristiken genutzt, um Strukturen an die
splice-site-Erkennungssignale (GT-AG, CT-AC) anzupassen. Falls notwendig,
wird der Prozess mit weniger strengen Parametern für die ungepaarten
Fragmente wiederholt.
|
|
smalt
Sequence Mapping and Alignment Tool
|
Versions of package smalt |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.7.6-8 | amd64,arm64,armhf |
sid | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.7.6-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.7.6-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.7.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.7.6-6 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 0.7.6-4 | amd64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
SMALT efficiently aligns DNA sequencing reads with a reference genome.
Reads from a wide range of sequencing platforms, for example Illumina,
Roche-454, Ion Torrent, PacBio or ABI-Sanger, can be processed including
paired reads.
The software employs a perfect hash index of short words (< 20
nucleotides long), sampled at equidistant steps along the genomic
reference sequences.
For each read, potentially matching segments in the reference are
identified from seed matches in the index and subsequently aligned with
the read using a banded Smith-Waterman algorithm.
The best gapped alignments of each read is reported including a score
for the reliability of the best mapping. The user can adjust the
trade-off between sensitivity and speed by tuning the length and spacing
of the hashed words.
A mode for the detection of split (chimeric) reads is provided.
Multi-threaded program execution is supported.
|
|
snap
location of genes from DNA sequence with hidden markov model
|
Versions of package snap |
Release | Version | Architectures |
sid | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2013-11-29-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2013-11-29-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2013-11-29-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2013-11-29-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
SNAP is a general purpose gene finding program suitable for both eukaryotic
and prokaryotic genomes. SNAP is an acroynm for Semi-HMM-based Nucleic Acid
Parser.
|
|
soapdenovo
short-read assembly method to build de novo draft assembly
|
Versions of package soapdenovo |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.05-6 | amd64 |
bullseye | 1.05-6 | amd64 |
buster | 1.05-5 | amd64 |
jessie | 1.05-2 | amd64 |
stretch | 1.05-3 | amd64 |
sid | 1.05-6 | amd64 |
trixie | 1.05-6 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
SOAPdenovo is a novel short-read assembly method that can build a de novo draft
assembly for the human-sized genomes. The program is specially designed to
assemble Illumina GA short reads.
It creates new opportunities for building reference
sequences and carrying out accurate analyses of unexplored genomes in a cost
effective way.
This version is not maintained anymore, consider using soapdenovo2.
Please cite:
Ruiqiang Li, Hongmei Zhu, Jue Ruan, Wubin Qian, Xiaodong Fang, Zhongbin Shi, Yingrui Li, Shengting Li, Gao Shan, Karsten Kristiansen, Songgang Li, Huanming Yang, Jian Wang and Jun Wang:
De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing.
(PubMed,eprint)
Genome Research
20(2):265-72
(2009)
|
|
soapdenovo2
Assembler, der Reads zu einem de-novo-Entwurf zusammenfügt
|
Versions of package soapdenovo2 |
Release | Version | Architectures |
trixie | 242+dfsg-4 | amd64 |
bookworm | 242+dfsg-3 | amd64 |
bullseye | 242+dfsg-1 | amd64 |
buster | 241+dfsg-3 | amd64 |
stretch | 240+dfsg1-2 | amd64 |
jessie | 240+dfsg-2 | amd64 |
sid | 242+dfsg-4 | amd64 |
|
License: DFSG free
|
SOAPdenovo ist eine neuartige Methode zum Zusammenfügen kurzer Reads
(Sequenzfragmente), mit der ein de-novo-Entwurf für Genome in der
Größenordnung des menschlichen Genoms erstellt werden kann. Das Programm
wurde speziell für das Zusammenfügen kurzer Sequenzfragmente von Illumina GA
entwickelt.
SOAPdenovo schafft neue Möglichkeiten Referenzsequenzen zu bauen und
genaue Analysen von nicht erforschten Genomen in einer kosteneffizienten
Weise durchzuführen.
Please cite:
Ruibang Luo, Binghang Liu, Yinlong Xie, Zhenyu Li, Weihua Huang, Jianying Yuan, Guangzhu He, Yanxiang Chen, Qi Pan, Yunjie Liu, Jingbo Tang, Gengxiong Wu, Hao Zhang, Yujian Shi, Yong Liu, Chang Yu, Bo Wang, Yao Lu, Changlei Han, David W Cheung, Siu-Ming Yiu, Shaoliang Peng, Zhu Xiaoqian, Guangming Liu, Xiangke Liao, Yingrui Li, Huanming Yang, Jian Wang, Tak-Wah Lam and Jun Wang:
SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler.
Giga Science
1(1):18
(2012)
|
|
sra-toolkit
utilities for the NCBI Sequence Read Archive
|
Versions of package sra-toolkit |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.8.1-2+dfsg-2 | amd64,i386 |
buster | 2.9.3+dfsg-1 | amd64 |
jessie | 2.3.5-2+dfsg-1 | amd64,i386 |
bullseye | 2.10.9+dfsg-2 | amd64 |
trixie | 3.0.3+dfsg-9 | amd64,arm64 |
bookworm | 3.0.3+dfsg-6~deb12u1 | amd64,arm64 |
sid | 3.0.3+dfsg-9 | amd64,arm64 |
experimental | 3.0.9+dfsg-6 | amd64,arm64 |
upstream | 3.1.1 |
|
License: DFSG free
|
Tools for reading the SRA archive, generally by converting individual runs
into some commonly used format such as fastq.
The textual dumpers "sra-dump" and "vdb-dump" are provided in this
release as an aid in visual inspection. It is likely that their
actual output formatting will be changed in the near future to a
stricter, more formalized representation[s]. PLEASE DO NOT RELY UPON
THE OUTPUT FORMAT SEEN IN THIS RELEASE.
Other tools distributed in this package are:
abi-dump, abi-load
align-info
bam-load
cache-mgr
cg-load
copycat
fasterq-dump
fastq-dump, fastq-load
helicos-load
illumina-dump, illumina-load
kar
kdbmeta
latf-load
pacbio-load
prefetch
rcexplain
remote-fuser
sff-dump, sff-load
sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
srf-load
test-sra
vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate
The "help" information will be improved in near future releases, and
the tool options will become standardized across the set. More documentation
will also be provided documentation on the NCBI web site.
Tool options may change in the next release. Version 1 tool options
will remain supported wherever possible in order to preserve
operation of any existing scripts.
Please cite:
Rasko Leinonen, Ruth Akhtar, Ewan Birney, James Bonfield, Lawrence Bower, Matt Corbett, Ying Cheng, Fehmi Demiralp, Nadeem Faruque, Neil Goodgame, Richard Gibson, Gemma Hoad, Christopher Hunter, Mikyung Jang, Steven Leonard, Quan Lin, Rodrigo Lopez, Michael Maguire, Hamish McWilliam, Sheila Plaister, Rajesh Radhakrishnan, Siamak Sobhany, Guy Slater, Petra Ten Hoopen, Franck Valentin, Robert Vaughan, Vadim Zalunin, Daniel Zerbino and Guy Cochrane:
Improvements to services at the European Nucleotide Archive.
(PubMed,eprint)
Nucleic Acids Research
38(Database issue):D39-45
(2010)
|
|
ssake
Genomische Anwendung, die Millionen sehr kurzer DNA-Sequenzen zusammenführt
|
Versions of package ssake |
Release | Version | Architectures |
buster | 4.0-2 | all |
bookworm | 4.0.1-1 | all |
trixie | 4.0.1-2 | all |
sid | 4.0.1-2 | all |
stretch | 3.8.4-1 | all |
jessie | 3.8.2-1 | all |
bullseye | 4.0-3 | all |
Debtags of package ssake: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology |
interface | shell |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Short Sequence Assembly by K-mer search and 3′ read Extension (SSAKE) ist
eine genomische Anwendung, die Millionen kurzer Nukleotidsequenzen auf
aggressive Weise zusammenführt, indem stufenweise nach den perfekten
3'-endigen k-Meren - unter Verwendung eines DNA-Präfix-Baumes - gesucht
wird. SSAKE wurde entwickelt, um die Informationen von Reads aus kurzen
Sequenzen wirksam zu nutzen. Dies geschieht, indem diese durchgängig in
Contigs angehäuft werden, die zur Charakterisierung von neu zu
sequenzierenden Targets verwendet werden.
Topics: Sequence assembly
|
|
staden-io-lib-utils
programs for manipulating DNA sequencing files
|
Versions of package staden-io-lib-utils |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.14.15-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.14.13-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.15.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.15.0-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.14.11-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.13.7-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.14.8-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package staden-io-lib-utils: |
biology | nuceleic-acids, peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
The io_lib from the Staden package is a library of file reading and writing
code to provide a general purpose trace file (and Experiment File) reading
interface. It has been compiled and tested on a variety of unix systems,
MacOS X and MS Windows.
This package contains the programs that are distributed with the Staden io_lib
for manipulating and converting sequencing data files, and in particular files
to manipulate short reads generated by second and third generation sequencers
and stored in SRF format.
|
|
t-coffee
Multiple Sequence Alignment
|
Versions of package t-coffee |
Release | Version | Architectures |
sid | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 11.00.8cbe486-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 11.00.8cbe486-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 12.00.7fb08c2-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 13.41.0.28bdc39+dfsg-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package t-coffee: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
T-Coffee is a multiple sequence alignment package. Given a set of
sequences (Proteins or DNA), T-Coffee generates a multiple sequence
alignment. Version 2.00 and higher can mix sequences and structures.
T-Coffee allows the combination of a collection of multiple/pairwise,
global or local alignments into a single model. It can also
estimate the level of consistency of each position within the new
alignment with the rest of the alignments. See the pre-print for more
information
T-Coffee has a special called M-Coffee that makes it possible to combine the
output of many multiple sequence alignment packages. In its published version,
it uses MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA and
T-Coffee. A special version has been made for Debian, DM-Coffee, that uses
only free software by replacing Clustal W by Kalign. Using the 8 Methods of
M-Coffee can sometimes be a bit heavy. You can use a subset of your favorite
methods if you prefer.
|
|
tabix
generic indexer for TAB-delimited genome position files
|
Versions of package tabix |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.20+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.3.2-2 | amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el |
jessie | 1.1-1 | amd64,armel,i386 |
stretch-backports | 1.7-2~bpo9+1 | amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.9-12~deb10u1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.11-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.16+ds-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.2.6-2 | armhf |
upstream | 1.21 |
Debtags of package tabix: |
role | program |
works-with-format | html |
|
License: DFSG free
|
Tabix indexes files where some columns indicate sequence coordinates: name
(usually a chromosome), start and stop. The input data file must be position
sorted and compressed by bgzip (provided in this package), which has a gzip
like interface. After indexing, tabix is able to quickly retrieve data lines by
chromosomal coordinates. Fast data retrieval also works over network if an URI
is given as a file name.
This package is built from the HTSlib source, and provides the bgzip, htsfile,
and tabix tools.
|
|
theseus
Maximum-Likelihood-Überlagerung von Makromolekülen
|
Versions of package theseus |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.3.0-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.3.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
jessie | 3.0.0-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
bookworm | 3.3.0-14 | amd64,i386 |
buster | 3.3.0-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package theseus: |
biology | peptidic |
field | biology, biology:bioinformatics, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Das Programm Theseus überlagert gleichzeitig mehrere makromolekulare
Strukturen. Theseus findet die optimale Lösung für das
Überlagerungsproblems mit der Maximum-Likelihood-Methode. Mit dem
»down-weighting« variabler Regionen der Überlagerung und durch einen
Ausgleich für Korrelationen zwischen Atomen produziert die
ML-Überlagerungsmethode sehr genaue strukturelle Alignments
(Ausrichtungen).
Wenn Makromoleküle mit verschiedenen Restsequenzen überlagert werden,
verwerfen andere Programme und Algorithmen die mit Lücken ausgerichteten
Restsequenzen. Theseus verwendet jedoch einen neuartigen
Überlagerungsalgorithmus, der alle Daten verarbeitet.
|
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tigr-glimmer
Generkennung in Genomen von Bakterien und Archaebakterien
|
Versions of package tigr-glimmer |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.02b-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.02b-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.02b-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.02-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.02b-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package tigr-glimmer: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | searching |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
Diese Software wurde vom TIGR-Institut entwickelt und spürt
kodierende Sequenzen in den Genomen von Bakterien und Archaebakterien auf.
Glimmer ist ein System zum Auffinden von Genen in mikrobieller DNA,
speziell den Genomen von Bakterien und Archaebakterien. Glimmer (Gene
Locator and Interpolated Markov Modeller) benutzt interpolierte
Markov-Modelle (IMMs), um kodierende Regionen zu identifizieren und von
nicht-kodierender DNA zu unterscheiden.
|
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tree-ppuzzle
Parallelisierte Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«
|
Versions of package tree-ppuzzle |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 5.3~rc16+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package tree-ppuzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (früher PUZZLE) ist ein interaktives Konsolenprogramm, das
einen schnellen Suchalgorithmus über einen Baum, sogenanntes »Quartet
Puzzling«, implementiert. Es erlaubt die Analyse großer Datenmengen und
trifft automatisch Entscheidungen über die Anordnung der jeweiligen
Verzweigungen. Weiterhin berechnet TREE-PUZZLE mittels der paarweisen
Maximum-Likelihood-Methode Abstände und Längen von Verzweigungen für vom
Benutzer definierte Bäume. Die Längen der Verzweigungen können auch unter
der »Clock-Assumption« berechnet werden. Außerdem bietet TREE-PUZZLE eine
neue Methode, das »Likelihood Mapping«, um die Anordnung einer
hypothetischen internen Verzweigung zu untersuchen, ohne den gesamten
Baum zu berechnen und um den phylogenetischen Zusammenhang eines
Sequenzalignments anzuzeigen.
Dies ist eine parallelisierte Version von tree-puzzle.
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tree-puzzle
Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«
|
Versions of package tree-puzzle |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 5.3~rc16+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.3~rc16+dfsg-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.2-11 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.2-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 5.3~rc16+dfsg-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.3~rc16+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package tree-puzzle: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | analysing, comparing |
works-with-format | plaintext |
|
License: DFSG free
|
TREE-PUZZLE (früher PUZZLE) ist ein interaktives Konsolenprogramm, das
einen schnellen Suchalgorithmus über einen Baum, sogenanntes »Quartet
Puzzling«, implementiert. Es erlaubt die Analyse großer Datenmengen und
trifft automatisch Entscheidungen über die Anordnung der jeweiligen
Verzweigungen. Weiterhin berechnet TREE-PUZZLE mittels der paarweisen
Maximum-Likelihood-Methode Abstände und Längen von Verzweigungen für vom
Benutzer definierte Bäume. Die Längen der Verzweigungen können auch unter
der »Clock-Assumption« berechnet werden. Außerdem bietet TREE-PUZZLE eine
neue Methode, das »Likelihood Mapping«, um die Anordnung einer
hypothetischen internen Verzweigung zu untersuchen, ohne den gesamten
Baum zu berechnen und um den phylogenetischen Zusammenhang eines
Sequenzalignments anzuzeigen.
|
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vcftools
Collection of tools to work with VCF files
|
Versions of package vcftools |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.1.16-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.1.16-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.1.16-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.1.12+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
jessie-security | 0.1.12+dfsg-1+deb8u1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.1.14+dfsg-4+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package vcftools: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
VCFtools is a program package designed for working with VCF files, such as
those generated by the 1000 Genomes Project. The aim of VCFtools is to
provide methods for working with VCF files: validating, merging, comparing
and calculate some basic population genetic statistics.
The package is enhanced by the following packages:
multiqc
Please cite:
Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers, Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert E. Handsaker, Gerton Lunter, Gabor T. Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean and Richard Durbin:
The variant call format and VCFtools.
(PubMed,eprint)
Bioinformatics
27(15):2156-8
(2011)
|
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velvet
Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)
|
Versions of package velvet |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.2.10+dfsg1-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.2.10+dfsg1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.10+dfsg1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.10+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.10+dfsg1-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.2.10+dfsg1-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package velvet: |
biology | nuceleic-acids |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
use | analysing |
|
License: DFSG free
|
Velvet ist ein genomischer De-Novo-Assembler, der speziell für
Short-Read-Sequenziertechnologien, wie Solexa oder 454, erstellt wurde.
Entwickelt wurde der Assembler von Daniel Zerbino und Ewan Birney am
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), nahe Cambridge, im
Vereinigten Königreich.
Derzeit liest Velvet Short-Read-Sequenzen ein, entfernt Fehler und erstellt
hochqualitative einzigartige Contigs. Danach werden, falls vorhanden,
Paired-Read-Informationen verwendet, um die repetitiven Bereiche zwischen
Contigs zu erhalten.
|
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veryfasttree
Speeding up the estimation of phylogenetic trees from sequences
|
Versions of package veryfasttree |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 4.0.3+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 4.0.4 |
|
License: DFSG free
|
VeryFastTree is a highly efficient implementation inspired by the FastTree-2
tool, designed to expedite the inference of approximately-maximum-likelihood
phylogenetic trees from nucleotide or protein sequence alignments. It is an
optimized implementation designed to accelerate the estimation of phylogenies
for large alignments. By leveraging parallelization and vectorization
strategies, VeryFastTree significantly improves the performance and
scalability of phylogenetic analysis, allowing it to construct phylogenetic
trees in a fraction of the time previously required.
Maintaining the integrity of FastTree-2, VeryFastTree retains the same phases,
methods, and heuristics used for estimating phylogenetic trees. This ensures
that the topological accuracy of the trees produced by VeryFastTree remains
equivalent to that of FastTree-2. Moreover, unlike the parallel version of
FastTree-2, VeryFastTree guarantees deterministic results, eliminating any
potential variations in the output.
To facilitate a seamless transition for users, VeryFastTree adopts the exact
same command line arguments as FastTree-2. This means that by simply
substituting FastTree-2 with VeryFastTree, and using the same set of options,
users can significantly enhance the overall performance of their phylogenetic
analyses.
|
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wise
Vergleich biologischer Polymere, wie DNA- und Protein-Sequenzen
|
Versions of package wise |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.4.1-23 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.4.1-23 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.1-21 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-19 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.1-17 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package wise: |
field | biology, biology:bioinformatics |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | comparing |
|
License: DFSG free
|
Wise2 wurde speziell für den Vergleich biologischer Polymere entwickelt,
meist DNA- und Protein-Sequenzen. Es gibt viele andere Programme hierzu,
die bekanntesten sind sicherlich das BLAST-Paket (vom NCBI) und Fasta (von
Bill Pearson). Weitere sind HMMER (Sean Eddy) oder SAM (UC Santa Cruz),
die sich auf Hidden-Markov-Modelle (HMMs) spezialisieren.
Wise2 hat seine besondere Stärke beim Vergleich von DNA-Sequenzen mit
daraus hervorgehenden Protein-Sequenzen. Solche Vergleiche gestatten die
gleichzeitige Betrachtung etwa von der Genstruktur und dem
homologie-basierten Alignment.
Wise2 enthält auch andere Algorithmen, wie etwa den altehrwürdigen
Smith-Waterman-Algorithmus, oder modernere wie Stephen Altschuls
generalisierte gap penalties, oder sogar experimentelle, wie den selbst
entwickelten dba. Die Entwicklung dieser Algorithmen wird durch die
Einfachheit der Algorithmenentwicklung in der von Wise2 genutzten Umgebung
ermöglicht.
Wise2 wurde auch in Hinblick auf Wiederverwendbarkeit und
Programminstandhaltung entwickelt. Obwohl es ausschließlich in C
geschrieben wurde, kann seine Funktionalität durch Perl angesprochen
werden. Teile des Pakets (oder das gesamte Paket) können durch andere C-
oder C++-Programme genutzt werden ohne Konflikte mit den Namensgebungen der
Variablen, denn alle externen Variablen haben »Wise2« als Präfix.
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Debian packages in contrib or non-free
cufflinks
Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
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Versions of package cufflinks |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.2.1+dfsg.1-10 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.2.1+dfsg.1-9 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.2.1-3 (non-free) | amd64 |
buster | 2.2.1+dfsg.1-3 (non-free) | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2.1+dfsg.1-8 (non-free) | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.1-1 (non-free) | amd64 |
|
License: non-free
|
Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and
tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples.
It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a
parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the
relative abundances of these transcripts based on how many reads
support each one.
This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e.
compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and
gtf_to_sam.
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embassy-phylip
EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
|
Versions of package embassy-phylip |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.69.660-3 (non-free) | amd64 |
stretch | 3.69.660-1 (non-free) | amd64 |
jessie | 3.69.650-2 (non-free) | amd64 |
|
License: non-free
|
This package is the adaptation of the PHYLIP package in which its
programs can operate with the biological sequence formats and databases
of the European Molecular Biology Open Software Suite (EMBOSS). The
software packages adapted for EMBOSS are called EMBASSY.
PHYLIP (the PHYLogeny Inference Package) is a package of programs for
inferring phylogenies (evolutionary trees). Methods that are available
in the package include parsimony, distance matrix, and likelihood
methods, including bootstrapping and consensus trees. Data types that
can be handled include molecular sequences, gene frequencies,
restriction sites and fragments, distance matrices, and discrete
characters.
The EMBASSY PHYLIP programs all have the prefix "f" to distinguish them
from the original programs and avoid namespace conflict.
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
bagpipe
|
Versions of package bagpipe |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2012.02.15-1 | all |
|
License: GPL3+
Debian package not available
Version: 2012.02.15-1
|
Bagpipe is a program for performing genomewide linkage disequilibrium
mapping of quantitative trait loci in populations whose genome structure
can be accommodated in the HAPPY framework [Mott00]. This includes most
diploid crosses where the founders of the individuals have known genotypes.
- Bagpipe is a simplified and streamlined version of Bagphenotype that
does not currently include resample model averaging (RMA) capabilities.
- Bagpipe can help fit single locus regression models (with or without
random effects) to marker intervals whose genetic ancestry is inferred
using the HAPPY software.
- Bagpipe cannot help you decide what is a sensible model to fit.
- Bagpipe does not currently accommodate populations with significant
population structure, except through the specification of simple random
intercepts based on unpatterned covariance matrices.
- Bagpipe is named after the Scottish wind instrument "the bagpipes" and
after Bagphenotype, which in turn was a PIPEline for BAGging-based
multiple QTL analysis of phenoTYPEs. Bagphenotype was in turn based
on software written by Richard Mott and William Valdar to analyze
heterogeneous stock mice in [Valdar06].
- Bagpipe is experimental software, is provided free of charge subject to
copyleft restrictions, and comes with no guarantees whatsoever.
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