Debian Med Project
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Summary
Cloud
applicazioni di bioinformatica per Debian Med utilizzabili nel cloud computing

Questo pacchetto installa i pacchetti Debian relativi alla biologia molecolare, alla biologia strutturale e alla bioinformatica per un uso nelle scienze della vita, che non dipendono da toolkit grafici e che quindi possono stare su immagini di sistema per un uso su computer del cloud computing dove lo spazio può essere limitato.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Cloud packages

Official Debian packages with high relevance

Abyss
assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte
Versions of package abyss
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.5-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2.5+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.5.2-1 (non-free)amd64
stretch2.0.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.4-3 (non-free)amd64
sid2.2.5+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package abyss:
roleprogram
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ABySS è un assemblatore di sequenze, parallelo, de novo che è progettato per letture corte. Può essere usato per assemblare dati di sequenza di trascrittoma o genoma. La parallelizzazione è ottenuta usando MPI, OpenMP e pthread.

Please cite: Shaun D. Jackman, Benjamin P. Vandervalk, Hamid Mohamadi, Justin Chu, Sarah Yeo, S. Austin Hammond, Golnaz Jahesh, Hamza Khan, Lauren Coombe, Rene L. Warren and İnanç Birol: "ABySS 2.0: resource-efficient assembly of large genomes using a Bloom filter". (PubMed,eprint) Genome Research 27(5):768-777 (2017)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence assembly
Acedb-other
scarica sequenze di proteine o DNA
Versions of package acedb-other
ReleaseVersionArchitectures
stretch4.9.39+dfsg.02-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.9.39+dfsg.01-5amd64,armel,armhf,i386
wheezy4.9.39+dfsg.01-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid4.9.39+dfsg.02-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.9.39+dfsg.02-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.9.39+dfsg.02-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package acedb-other:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
roleprogram
scopeutility
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto raccoglie tutte quelle piccole applicazioni riunite da acedb sotto il target "other" del suo Makefile.

efetch: presumibilmente un'abbreviazione per "entry fetch", raccoglie informazioni sulle sequenze di DNA e proteine da database pubblici.

Please cite: L. D. Stein and J. Thierry-Mieg: AceDB: a genome database management system. Computing in Science and Engineering 1(3):44-52 (1999)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Aevol
modello digitale di genetica per condurre esperimenti di evoluzione in silico
Versions of package aevol
ReleaseVersionArchitectures
sid5.0+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.0+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.4-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Aevol è un modello digitale di genetica: popolazioni di organismi digitali sono sottoposti a un processo di selezione e variazione che crea una dinamica darwiniana.

Modificando le caratteristiche della selezione (es. dimensione della popolazione, tipo di ambiente, variazioni ambientali) o della variazione (es. tassi di mutazione, tassi di riarrangiamento cromosomico, tipi di riarrangiamento, trasferimento orizzontale), si può studiare sperimentalmente l'impatto di tali parametri sulla struttura degli organismi che si sono evoluti. In particolare Aevol, dal momento che integra un modello di genoma preciso e realistico, permette di studiare le variazioni strutturali del genoma (es. numero di geni, sintenia, proporzione di sequenze codificanti).

La piattaforma di simulazione è fornita con un insieme di strumenti per analizzare filogenie e misurare molte caratteristiche di organismi e popolazioni lungo l'evoluzione.

Please cite: Dusan Misevic, Antoine Frenoy, David P. Parsons and Francois Taddei: Effects of public good properties on the evolution of cooperation. (eprint) :218-225 (2012)
Registry entries: OMICtools 
Alien-hunter
Interpolated Variable Order Motif per identificare DNA acquisito orizzontalmente
Versions of package alien-hunter
ReleaseVersionArchitectures
buster1.7-7all
squeeze1.7-1all
wheezy1.7-1all
jessie1.7-3all
stretch1.7-5all
bullseye1.7-8all
sid1.7-8all
Debtags of package alien-hunter:
fieldbiology, biology:structural
roleprogram
scopeutility
useanalysing
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Alien_hunter è un'applicazione per predire presunti eventi di trasferimento orizzontale di geni (HGT) tramite l'implementazione di IVOM (Interpolated Variable Order Motifs). L'approccio con IVOM sfrutta deviazioni nella composizione usando distribuzioni di motivi ad ordine variabile e determina in modo più affidabile la composizione locale di una sequenza rispetto ad altri metodi di ordine fissato. Le predizioni possono opzionalmente essere analizzate con un HMM (Hidden Markov Model, modello di Markov nascosto) di secondo ordine a due stati, in una infrastruttura di rilevazione di punto di cambiamento, per ottimizzare la localizzazione dei confini delle regioni predette. Le predizioni (in formato embl) possono essere automaticamente caricate nel visualizzatore di genomi Artemis, disponibile all'indirizzo: http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

Please cite: Georgios S. Vernikos and Julian Parkhill: Interpolated variable order motifs for identification of horizontally acquired DNA: revisiting the Salmonella pathogenicity islands. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(18):2196-2203 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Altree
programma per effettuare analisi di associazioni e localizzazioni basate su filogenesi
Versions of package altree
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.0.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.2.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye1.3.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.3.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.3.1-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package altree:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram, shared-lib
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ALTree è stato progettato per rilevare associazioni e localizzare siti di suscettibilità tramite alberi filogenetici di aplotipi: in primo luogo, permette di riconoscere l'associazione tra un gene candidato e una malattia, secondariamente, consente di formulare ipotesi sui loci di suscettibilità.

Please cite: Claire Bardel, Vincent Danjean and Emmanuelle Genin: ALTree: association detection and localization of susceptibility sites using haplotype phylogenetic trees. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(11):1402-1403 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Amap-align
allineamenti multipli di proteine con appaiamento di sequenze
Versions of package amap-align
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2+git20080214.600fc29+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2-4amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package amap-align:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 29 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AMAP è uno strumento a riga di comando per effettuare allineamenti multipli di sequenze peptidiche. Utilizza il metodo di decodifica a posteriori e allineamenti per appaiamenti di sequenze, invece del tradizionale metodo di allineamento progressivo. È l'unico programma di allineamento che permette di controllare il rapporto sensibilità/specificità. È basato sul codice sorgente di ProbCons, ma usa una precisione per le misurazioni degli allineamenti ed elimina le trasformazioni per coerenza.

Lo strumento di visualizzazione Java di AMAP 2.2 non è ancora disponibile come pacchetto Debian.

Please cite: Ariel S. Schwartz and Lior Pachter: Multiple alignment by sequence annealing. (eprint) Bioinformatics 23(2):e24-e29 (2007)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Ampliconnoise
rimozione di rumore da ampliconi PCR sequenziati con 454
Versions of package ampliconnoise
ReleaseVersionArchitectures
sid1.29-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.29-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.29-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.29-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.29-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.25-1amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
Debtags of package ampliconnoise:
roleprogram
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AmpliconNoise è un pacchetto di applicazioni per ripulire dati di sequenziamento ad alte prestazioni. Consiste di tre parti principali:

 Pyronoise - esegue clustering basato su flowgram per individuare letture
 errate;
 SeqNoise - rimuove mutazioni puntuali PCR;
 Perseus - rimuove chimere PCR senza la necessità di un insieme di sequenze
 di riferimento.

Precedentemente esisteva un "Pyronoise" autonomo degli stessi autori e questo pacchetto include una versione aggiornata. C'è anche un "Denoiser" in Qiime che è collegato, ma distinto.

Please cite: Christopher Quince, Anders Lanzen, Russell J Davenport and Peter J Turnbaugh: Removing Noise From Pyrosequenced Amplicons. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 12:38 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Topics: Sequencing
Anfo
strumento per allineare/mappare letture corte da MPG
Versions of package anfo
ReleaseVersionArchitectures
buster0.98-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.98-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.98-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.98-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.98-4amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Anfo è uno strumento per mappatura nello spirito di Soap/Maq/Bowtie, ma la sua implementazione assomiglia più a BLAST/BLAT. È utile soprattutto per l'allineamento di letture di sequenze in cui la sequenza di DNA è in qualche modo modificata (si pensi a DNA ancestrale o a trattamento con bisolfito) o c'è più divergenza tra il campione e il riferimento di quanta viene gestita bene dai mappatori veloci (ad esempio il genoma di riferimento è mancante e viene usata invece una specie correlata).

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Topics: Sequencing
Aragorn
rilevamento di tRNA e tmRNA in sequenze nucleotidiche
Versions of package aragorn
ReleaseVersionArchitectures
sid1.2.38-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2.36-4amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.38-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.38-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.38-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il programma utilizza algoritmi euristici per predire la struttura secondaria di tRNA sulla base dell'omologia con le sequenze di consenso tRNA riconosciute e la capacità di formare una struttura a trifoglio con coppie di basi. I geni tmRNA vengono identificati usando una versione modificata del programma BRUCE.

Please cite: Dean Laslett and Bjorn Canback: ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 32(1):11-16 (2004)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Functional, regulatory and non-coding RNA
Arden
controllo di specificità per allineamento di letture che usa un riferimento artificiale
Versions of package arden
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0-4all
stretch1.0-3all
jessie1.0-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.0-5all
bullseye1.0-5all
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ARDEN (Artificial Reference Driven Estimation of false positives in NGS data) è un innovativo test che stima i tassi di errore basati su letture sperimentali e su un genoma di riferimento artificiale generato aggiuntivamente. Permette il calcolo di tassi di errore per un insieme specifico di dati e la costruzione di una curva ROC. Perciò può essere usato per ottimizzare i parametri per i mappatori di letture, per scegliere i mappatori di letture per uno specifico problema o anche per filtrare gli allineamenti sulla base della stima della qualità.

Please cite: Sven H. Giese, Franziska Zickmann and Bernhard Y. Renard: Specificity control for read alignments using an artificial reference genome-guided false discovery rate. (PubMed,eprint) Bioinformatics 30(1):9-16 (2013)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Topics: Sequencing
Autodock
analisi dei legami dei ligandi alla struttura di una proteina
Versions of package autodock
ReleaseVersionArchitectures
buster4.2.6-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.2.3-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.2.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye4.2.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.2.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.2.6-2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.2.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package autodock:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
works-with3dmodel
Popcon: 4 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AutoDock è un rappresentante di spicco dei programmi che si occupano della simulazione dell'aggancio di ligandi chimici piuttosto piccoli a recettori proteici piuttosto grandi. Le versioni precedenti avevano tutta la flessibilità nei ligandi, mentre la proteina era mantenuta piuttosto rigida. Questa ultima versione 4 permette anche la flessibilità di catene laterali selezionate di residui superficiali, cioè tiene in considerazione i rotameri.

Il programma AutoDock esegue l'aggancio del ligando ad una serie di griglie che descrivono la proteina bersaglio. AutoGrid pre-calcola queste griglie.

The package is enhanced by the following packages: autogrid
Screenshots of package autodock
Autodock-vina
docking di molecole piccole su proteine
Versions of package autodock-vina
ReleaseVersionArchitectures
sid1.1.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.1.2-3amd64,armel,armhf,i386
stretch1.1.2-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.1.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.2-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Popcon: 15 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AutoDock Vina è un programma per supportare la scoperta di medicinali, il docking molecolare e lo screening virtuale di librerie di composti. Offre funzionalità multi-core, alte prestazioni e accuratezza migliorata e facilità d'uso.

Lo stesso istituto ha sviluppato anche autodock, che è largamente usato.

O. Trott, A. J. Olson, "AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading", Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

Please cite: Oleg Trott and Arthur J. Olson: AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. (eprint) Journal of Computational Chemistry 31(2):455-461 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Autogrid
pre-calcola il legame di legandi ai loro recettori
Versions of package autogrid
ReleaseVersionArchitectures
sid4.2.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze4.2.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.2.3-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.2.6-2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.2.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.2.6-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.2.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package autogrid:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
works-with3dmodel
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

AutoDockSuite affronta l'analisi molecolare dell'attracco di piccoli composti chimici ai loro recettori di struttura tridimensionale nota.

Il programma AutoGrid esegue pre-calcoli per l'attracco di un ligando ad un insieme di griglie che descrive l'effetto che la proteina ha sulle cariche dei punti. L'effetto di queste forze sul ligando viene quindi analizzato dal programma AutoDock.

Bamtools
toolkit per manipolare file BAM (allineamento di genoma)
Versions of package bamtools
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.5.1+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.0+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 6 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BamTools facilita l'analisi in ricerca e la gestione dei dati usando file BAM. Fa fronte all'enorme quantità di dati prodotti dalle tecnologie di sequenziamento attuali che sono tipicamente memorizzati in formati binari compressi che non sono facilmente gestiti dagli analizzatori basati su testo comunemente usati nella ricerca bioinformatica.

BamTools fornisce sia un'API C++ per gestire file BAM, sia un toolkit a riga di comando.

Questo è il toolkit bamtools a riga di comando.

Comandi bamtools disponibili:

 convert  converte tra BAM e numerosi altri formati
 count    stampa il numero di allineamenti in file BAM
 coverage stampa statistiche di copertura dal file BAM in input
 filter   filtra file BAM secondo criteri specificati dall'utente
 header   stampa informazioni dell'intestazione BAM
 index    genera l'indice per un file BAM
 merge    unisce più file BAM in un singolo file
 random   sceglie allineamenti casuali da file BAM esistenti,
          è pensato principalmente come strumento di test
 resolve  risolve letture paired-end (segnando il flag IsProperPair
          quando necessario)
 revert   rimuove marcature duplicate e ripristina le qualità originali
          delle basi
 sort     ordina il file BAM secondo certi criteri
 split    divide un file BAM in base a una proprietà specificata
          dall'utente, creando in output un nuovo file BAM per ogni
          valore trovato
 stats    stampa alcune statistiche di base dai file BAM in input
The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Derek W. Barnett, Erik K. Garrison, Aaron R. Quinlan, Michael P. Stromberg and Gabor T. Marth: BamTools: a C++ API and toolkit for analyzing and managing BAM files. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(12):1691-2 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Bedtools
suite di utilità per confrontare tratti genomici
Versions of package bedtools
ReleaseVersionArchitectures
sid2.30.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.21.0-1amd64,armhf,i386
stretch2.26.0+dfsg-3amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
wheezy2.16.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.27.1+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,mips64el,mipsel,ppc64el
bullseye2.30.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package bedtools:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopesuite
useanalysing, comparing, converting, filtering
works-withbiological-sequence
Popcon: 34 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le utilità BEDTools permettono di affrontare compiti comuni negli studi genomici, come trovare i tratti che si sovrappongono e calcolare la copertura. Le utilità sono largamente basate su quattro formati di file di largo uso: BED, GFF/GTF, VCF e SAM/BAM. Usando BEDTools si possono sviluppare pipe sofisticate che rispondono a domande di ricerca complesse mediante l'uso di svariati BEDTools in un flusso comune.

L'utilità groupBy è distribuita nel pacchetto filo.

Please cite: Aaron R. Quinlan and Ira M. Hall: BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. (PubMed,eprint) Bioinformatics 26(6):841-842 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Bioperl
strumenti Perl per biologia molecolare computazionale
Versions of package bioperl
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.6.1-2all
wheezy1.6.901-3all
sid1.7.7-2all
bullseye1.7.7-2all
buster1.7.2-3all
stretch1.7.1-2all
jessie1.6.924-1all
upstream1.7.8
Debtags of package bioperl:
devellang:perl, library
fieldbiology, biology:bioinformatics
roledevel-lib, shared-lib
Popcon: 60 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Il progetto Bioperl è uno sforzo coordinato per raccogliere metodi computazionali comunemente utilizzati in bioinformatica in un insieme di moduli Perl standard in stile CPAN ben documentati e liberamente disponibili. È ben accettato dalla comunità ed è usato da molti progetti di alto profilo, ad esempio Ensembl.

I pacchetti raccomandati sono necessari per eseguire alcuni dei binari inclusi; per una spiegazione dettagliata che include gli specifici moduli Perl inclusi, vedere README.Debian.

Il pacchetto suggerito migliora le pagine del manuale.

Please cite: Jason E Stajich, David Block, Kris Boulez, Steven E Brenner, Stephen A Chervitz, Chris Dagdigian, Georg Fuellen, James G R Gilbert, Ian Korf, Hilmar Lapp, Heikki Lehvaslaiho, Chad Matsalla, Chris J Mungall, Brian I Osborne, Matthew R Pocock, Peter Schattner, Martin Senger, Lincoln D Stein, Elia Stupka, Mark D Wilkinson and Ewan Birney: The Bioperl toolkit: Perl modules for the life sciences. (PubMed,eprint) Genome Res. 12(10):1611-1618 (2002)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Bioperl-run
wrapper BioPerl: script
Versions of package bioperl-run
ReleaseVersionArchitectures
sid1.7.3-6all
squeeze1.6.1-1all
wheezy1.6.9-1all
bullseye1.7.3-6all
buster1.7.2-4all
stretch1.7.1-3all
jessie1.6.9-2all
Debtags of package bioperl-run:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 25 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Contiene script dal pacchetto BioPerl-Run. Questo pacchetto installa anche tutte le applicazioni pacchettizzate in Debian per cui possono essere creati wrapper; quelle che non sono Libere sono "Consigliate" da questo pacchetto.

The package is enhanced by the following packages: clustalw exonerate kalign mcl phyml
Biosquid
utilità per l'analisi di sequenze biologiche
Versions of package biosquid
ReleaseVersionArchitectures
buster1.9g+cvs20050121-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.9g+cvs20050121-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.9g+cvs20050121-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.9g+cvs20050121-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1.9g+cvs20050121-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.9g+cvs20050121-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.9g+cvs20050121-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package biosquid:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing, converting, editing
Popcon: 24 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SQUID è una libreria di funzioni in C per l'analisi delle sequenze. Include molti piccoli programmi di utilità per convertire, mostrare statistiche, manipolare e fare altre operazioni sui file di sequenza.

Il nome originale del pacchetto è "squid" ma, visto che già era presente un pacchetto squid nell'archivio (il server proxy), è stato rinominato in "biosquid".

Questo pacchetto contiene alcuni strumenti per dimostrare le funzionalità della libreria SQUID.

Registry entries: OMICtools 
Blast2
pacchetto fittizio di transizione per ncbi-blast+-legacy
Versions of package blast2
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.26.20120620-8amd64,armel,armhf,i386
sid2.9.0-2all
wheezy2.2.26.20120620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.6.0-1all
squeeze2.2.21.20090809-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster2.8.1-1+deb10u1all
Debtags of package blast2:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopeutility
usesearching
works-withbiological-sequence
Popcon: 5 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo è un pacchetto fittizio di transizione per ncbi-blast+-legacy. Può essere rimosso senza problemi.

The package is enhanced by the following packages: mcl
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Bowtie
allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria
Versions of package bowtie
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3.0+dfsg1-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
wheezy0.12.7-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.1.2-6amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
bullseye1.3.0+dfsg1-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
jessie1.1.1-2amd64
buster1.2.2+dfsg-4amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package bowtie:
biologynuceleic-acids
fieldbiology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopeutility
useanalysing, comparing
works-withbiological-sequence
Popcon: 15 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto affronta il problema di interpretare i risultati delle più recenti (2010) tecnologie di sequenziamento del DNA. Esse restituiscono pezzi piuttosto corti che non possono essere interpretate direttamente. La sfida per gli strumenti come Bowtie è quella di fornire una posizione nei cromosomi per i brevi frammenti di DNA sequenziati in ogni corsa.

Bowtie allinea sequenze (letture) brevi di DNA al genoma umano a una velocità di oltre 25 milioni di 35 bp all'ora. Bowtie indicizza il genoma con un indice Burrows-Wheeler per mantenere piccola la propria impronta di memoria: tipicamente circa 2,2 GB per il genoma umano (2,9 GB per le estremità accoppiate).

The package is enhanced by the following packages: bowtie-examples multiqc
Please cite: Ben Langmead, Cole Trapnell, Mihai Pop and Steven L Salzberg: Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome. (eprint) Genome Biology 10:R25 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Genomics
Bowtie2
allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente
Versions of package bowtie2
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3.0-2amd64
sid2.4.2-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el
jessie2.2.4-1amd64
wheezy2.0.0-beta6-3amd64,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
experimental2.4.2-3~0exp0simdeamd64,arm64,mips64el,ppc64el
buster2.3.4.3-1amd64
bullseye2.4.2-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el
Popcon: 18 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Uno strumento ultraveloce che usa la memoria in maniera efficiente per allineare letture di sequenziamento a sequenze lunghe di riferimento. È particolarmente adatto per allineare letture da circa 50 fino a centinaia o migliaia di caratteri e particolarmente adatto per allineare a genomi relativamente lunghi (es. mammiferi).

Bowtie 2 indicizza il genoma con un indice FM per mantenere bassa l'impronta di memoria: per il genoma umano, la sua impronta di memoria è tipicamente intorno a 3,2 GB. Bowtie 2 gestisce le modalità di allineamento con gap, locali e a estremità accoppiate.

The package is enhanced by the following packages: bowtie2-examples multiqc
Please cite: Ben Langmead and Steven L Salzberg: Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. (PubMed) Nature Methods 9:357–359 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Genomics
Boxshade
belle stampe di allineamenti multisequenza
Versions of package boxshade
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.3.1-8amd64,armel,armhf,i386
sid3.3.1-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3.1-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.3.1-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.3.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.3.1-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.3.1-7+wheezy1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package boxshade:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usetypesetting
works-with-formathtml, plaintext, postscript, tex
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Boxshade è un programma per creare stampe di bell'aspetto a partire da sequenze proteiche o di DNA multi-allineate. Il programma non fa il reale allineamento e necessita di un file input creato da un programma per allineamenti multipli o creato a mano con strumenti adatti.

Boxshade legge sequenze multiallineate da file PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data e ESEE-save, (limitatamente ad un massimo di 150 sequenze con fino a 10.000 elementi ciascuna). Vari tipi di ombreggiatura possono essere applicati a residui identici/simili. L'output è scritto a schermo o in un file nei seguenti formati: ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Bwa
Burrows-Wheeler Aligner
Versions of package bwa
ReleaseVersionArchitectures
wheezy0.6.2-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye0.7.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.7.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.7.10-1amd64
buster0.7.17-3amd64
stretch0.7.15-2+deb9u1amd64
squeeze0.5.8c-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package bwa:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
useanalysing, comparing
Popcon: 20 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BWA è un pacchetto software per mappare sequenze con bassa divergenza rispetto a vasti genomi di riferimento, come il genoma umano. Consiste di tre algoritmi: BWA-backtrack, BWA-SW e BWA-MEM. Il primo è progettato per sequenze Illumina fino a 100pb, mentre gli altri due per sequenze più lunghe da 70pb a 1Mpb. BWA-MEM e BWA-SH condividono funzionalità simili, come gestione per lunghe sequenze e allineamenti spezzati, ma BWA-MEM, che è il più recente, è generalmente quello raccomandato per interrogazioni di alta qualità perché più veloce e più accurato. BWA-MEM ha prestazioni migliori anche rispetto a BWA-backtrack per sequenze Illumina 70-100pb.

Please cite: Heng Li and Richard Durbin: Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(14):1754-1760 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Cassiopee
strumento per indici e ricerche in sequenze genomiche
Versions of package cassiopee
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.0.9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
buster1.0.9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Implementazione in C della libreria per indicizzazione e ricerca Cassiopee. È una riscrittura completa della gemma Ruby Cassiopee. Analizza una sequenza genomica (DNA/RNA/proteina) di input e cerca una sottosequenza con corrispondenza esatta o permettendo sostituzioni (distanza di Hamming) o inserzioni/delezioni.

Questo pacchetto contiene gli strumenti cassiopee e cassiopeeknife.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Cd-hit
suite di programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze
Versions of package cd-hit
ReleaseVersionArchitectures
jessie4.6.1-2012-08-27-2amd64,armel,armhf,i386
stretch4.6.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.6-2012-04-25-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid4.8.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.8.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.6.8-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

cd-hit contiene svariati programmi progettati per raggruppare velocemente sequenze. cd-hit raggruppa in cluster le proteine che soddisfano una soglia di similarità definita dall'utente. cd-hit-est è simile a cd-hit, ma progettato per raggruppare sequenze di nucleotidi (senza introni). cd-hit-est-2d è simile a cd-hit-2d, ma progettato per confrontare due insiemi di dati di nucleotidi. In questo pacchetto sono contenuti anche diversi altri programmi correlati. Per maggiori informazione vedere il manuale utente di cd-hit, anch'esso parte di questo pacchetto.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Genomics
Cdbfasta
strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA
Versions of package cdbfasta
ReleaseVersionArchitectures
sid1.00+git20181005.014498c+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.99-20100722-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.99-20100722-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.99-20100722-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.00+git20181005.014498c+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CDB (Constant DataBase) può essere usato per creare indici per un recupero veloce di qualsiasi sequenza particolare da grandi file multi-FASTA. Ha l'opzione di comprimere i record dei dati per salvare spazio.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Circos
disegnatore per visualizzare i dati
Versions of package circos
ReleaseVersionArchitectures
buster0.69.6+dfsg-2all
stretch0.69.4+dfsg-1all
wheezy0.61-3all
bullseye0.69.9+dfsg-2all
sid0.69.9+dfsg-2all
jessie0.66-1all
Debtags of package circos:
fieldbiology:bioinformatics
roleprogram
useviewing
Popcon: 9 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Circos visualizza i dati in una disposizione circolare: è ideale per esplorare le relazioni tra oggetti o posizioni e per creare, con una qualità tipografica, grafici altamente informativi.

Questo pacchetto fornisce il motore di disegno di Circos, che è guidato dalla riga di comando (come gnuplot) ed è completamente utilizzabile negli script.

Please cite: Martin I Krzywinski, Jacqueline E Schein, Inanc Birol, Joseph Connors, Randy Gascoyne, Doug Horsman, Steven J Jones and Marco A Marra: Circos: An information aesthetic for comparative genomics. (PubMed,eprint) Genome Research 19(9):1639-45 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Clearcut
ricostruzione estremamente efficiente di alberi filogenetici
Versions of package clearcut
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.9-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.0.9-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.9-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Clearcut è l'implementazione di riferimento per l'algoritmo RNJ (Relaxed Neighbor Joining (RNJ) di J. Evans, L. Sheneman e J. Foster dell'IBEST (Initiative for Bioinformatics and Evolutionary Studies) dell'Università dell'Idaho.

Please cite: Jason Evans, Luke Sheneman and James A. Foster: Relaxed Neighbor-Joining: A Fast Distance-Based Phylogenetic Tree Construction Method. (PubMed) J. Mol. Evol. 62(6):785-792 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Clonalframe
inferenza della microevoluzione batterica usando dati di sequenze multi-loci
Versions of package clonalframe
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.2-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye1.2-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package clonalframe:
roleprogram
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ClonalFrame identifica le relazioni clonali tra i membri di un campione, stimando al contempo la posizione nei cromosomi di eventi di ricombinazione omologa che hanno perturbato l'eredità clonale.

ClonalFrame può essere applicato a qualsiasi tipo di dati di sequenza, da un singolo frammento di DNA a genomi interi. È ben adatto per l'analisi di dati MLST, in cui sono stati sequenziati 7 frammenti genetici, ma diventa progressivamente più potente mano a mano che le regioni sequenziate aumentano di lunghezza fino a diventare interi genomi. Tuttavia, richiede che le sequenze siano allineate. Se si hanno dati genomici non allineati, è raccomandato l'uso di Mauve che produce allineamenti di interi genomi batterici nell'esatto formato richiesto per le analisi con ClonalFrame.

Please cite: Xavier Didelot and Daniel Falush: Inference of Bacterial Microevolution Using Multilocus Sequence Data. (PubMed,eprint) Genetics Advance 175:1251-1266 (2006)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Clustalo
programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine
Versions of package clustalo
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.2.4-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.4-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.1.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.2.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 17 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Clustal Omega è un programma generico per allineamento di sequenze multiple (MSA), principalmente per sequenze di aminoacidi. Produce MSA di alta qualità ed è in grado di gestire in un tempo ragionevole insiemi di dati di centinaia di migliaia di sequenze usando, dove disponibili, più processori.

Please cite: Fabian Sievers, Andreas Wilm, David Dineen, Toby J Gibson, Kevin Karplus, Weizhong Li, Rodrigo Lopez, Hamish McWilliam, Michael Remmert, Johannes Söding, Julie D Thompson and Desmond G Higgins: Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. (PubMed,eprint) Molecular Systems Biology 7:539 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
Clustalw
allineamento globale per sequenze multiple di nucleotidi o peptidi
Versions of package clustalw
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1+lgpl-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1+lgpl-4amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.1+lgpl-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.0.12-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.1+lgpl-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1+lgpl-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1+lgpl-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package clustalw:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline, text-mode
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 35 users (12 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo programma effettua un allineamento di sequenze multiple di nucleotidi o di amminoacidi. Riconosce il formato di input delle sequenze e se le sequenze sono acidi nucleici (DNA/RNA) o amminoacidi (proteine). Il formato di output può essere selezionato da diversi formati per allineamenti multipli come Phylip o FASTA. Clustal W è molto ben accettato.

L'output di Clustal W può essere modificato manualmente, ma è preferibile farlo con un editor di allineamenti come SeaView o all'interno del suo compagno Clustal X. Quando si costruisce un modello da un allineamento, questo può essere applicato per ricerche migliorate in database. Il pacchetto Debian hmmer crea modelli simili nella forma di un HMM.

The package is enhanced by the following packages: clustalw-mpi
Please cite: M. A. Larkin, G. Blackshields, N. P. Brown, R. Chenna, P. A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins: Clustal W and Clustal X version 2.0. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(21):2947-2948 (2007)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
Concavity
predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation
Versions of package concavity
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.1+dfsg.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.1+dfsg.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1+dfsg.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1-2amd64,armel,armhf,i386
sid0.1+dfsg.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

  • Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
  • Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
  • Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
  • PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).
The package is enhanced by the following packages: conservation-code
Please cite: John A. Capra, Roman A. Laskowski, Janet M. Thornton, Mona Singh and Thomas A. Funkhouser: Predicting Protein Ligand Binding Sites by Combining Evolutionary Sequence Conservation and 3D Structure. (PubMed) PLoS Computational Biology 5(12):e1000585 (2009)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Conservation-code
protein sequence conservation scoring tool
Versions of package conservation-code
ReleaseVersionArchitectures
stretch20110309.0-5all
sid20110309.0-8all
bullseye20110309.0-8all
buster20110309.0-7all
jessie20110309.0-3all
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides score_conservation(1), a tool to score protein sequence conservation.

The following conservation scoring methods are implemented:

  • sum of pairs
  • weighted sum of pairs
  • Shannon entropy
  • Shannon entropy with property groupings (Mirny and Shakhnovich 1995, Valdar and Thornton 2001)
  • relative entropy with property groupings (Williamson 1995)
  • von Neumann entropy (Caffrey et al 2004)
  • relative entropy (Samudrala and Wang 2006)
  • Jensen-Shannon divergence (Capra and Singh 2007)

A window-based extension that incorporates the estimated conservation of sequentially adjacent residues into the score for each column is also given. This window approach can be applied to any of the conservation scoring methods.

The program accepts alignments in the CLUSTAL and FASTA formats.

The sequence-specific output can be used as the conservation input for concavity.

Conservation is highly predictive in identifying catalytic sites and residues near bound ligands.

Please cite: John A. Capra and Mona Singh: Predicting functionally important residues from sequence conservation. (PubMed) Bioinformatics 23(15):1875-82 (2007)
Registry entries: OMICtools 
Datamash
strumento per statistiche con interfaccia a riga di comando
Versions of package datamash
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.0.7-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.6-2amd64,armel,armhf,i386
sid1.7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 37 users (15 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GNU Datamash è un programma a riga di comando che effettua operazioni di base numeriche, testuali e statistiche sui file di dati testuali in input. È progettato per essere portabile e affidabile e aiutare i ricercatori a automatizzare facilmente catene di analisi senza scrivere codice e nemmeno script corti.

Registry entries: SciCrunch 
Dialign
allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Versions of package dialign
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.2.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.2.1-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2.1-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.2.1-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.2.1-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.1-7amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package dialign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 27 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DIALIGN2 è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli di sequenze proteiche o di DNA. Costruisce gli allineamenti a partire da coppie di segmenti simili senza gap delle sequenze. Questo schema di punteggio per gli allineamenti è la differenza principale tra DIALIGN e altri metodi di allineamento locale o globale. Si noti che DIALIGN non usa alcun tipo di penalità per i gap.

Please cite: Burkhard Morgenstern: DIALIGN 2: improvement of the segment-to-segment approach to multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Bioinformatics 15(3):211-218 (1999)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Dialign-tx
allineamenti multipli di sequenze basati su segmenti
Versions of package dialign-tx
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0.2-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.2-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.2-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.0.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1.0.2-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package dialign-tx:
fieldbiology, biology:bioinformatics
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 10 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DIALIGN-TX è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli di sequenze proteiche o di DNA. È una completa reimplementazione dell'approccio basato su segmenti che include diverse nuove migliorie e modelli euristici che migliorano significativamente la qualità degli allineamenti in output rispetto a DIALIGN 2.2 e DIALIGN-T. Per l'allineamento di coppie, DIALIGN-TX usa un algoritmo di concatenazione dei frammenti che favorisce catene di allineamenti locali a basso punteggio rispetto a frammenti isolati ad alto punteggio. Per gli allineamenti multipli, DIALIGN-TX usa una procedura migliorata che è meno sensibile a somiglianze spurie tra sequenze locali.

The package is enhanced by the following packages: dialign-tx-data
Please cite: Amarendran R. Subramanian, Michael Kaufmann and Burkhard Morgenstern: DIALIGN-TX: greedy and progressive approaches for segment-based multiple sequence alignment. (PubMed) Algorithms for Molecular Biology 3(1):6 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Discosnp
scopre Single Nucleotide Polymorphism da uno o più insiemi di letture grezze
Versions of package discosnp
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.4.4-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
jessie1.2.5-1amd64,armel,armhf,i386
sid4.4.4-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster2.3.0-2amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Il software discoSnp è progettato per scoprire SNP (Single Nucleotide Polymorphism - polimorfismo di nucleotide singolo) da uno o più insiemi di letture grezze ottenute tramite NGS (Next Generation Sequencers - sequenziatori di prossima generazione).

Notare che il numero di insiemi di letture in input non è vincolato, può essere uno, due o più. Notare anche che non sono necessari ulteriori dati come annotazioni o genoma di riferimento.

Il software è composto da due moduli. Il primo modulo, kissnp2, rileva gli SNP dagli insiemi di letture. Un secondo modulo, kissreads, potenzia i risultati di kissnp2 calcolando, per ogni insieme di letture e per ogni SNP trovato:

 1) la sua copertura di letture media,
 2) la qualità (phred) di letture che generano il polimorfismo.

Questo pacchetto è stato sorpassato da DiscoSnp++.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Disulfinder
predittore della connettività e stato di legame del ponte disulfuro di cisteine
Versions of package disulfinder
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.11-4amd64,armel,armhf,i386
sid1.2.11-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.11-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.11-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.11-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.11-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package disulfinder:
roleprogram
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

"disulfinder" serve a predire, a partire dalla sola sequenza, lo stato di legame con ponti disolfuro di cisteine e la loro connettività con ponte disolfuro. I ponti disolfuro hanno un ruolo importante nella stabilizzazione del processo di ripiegamento per molte proteine. La predizione di ponti disolfuro dalla sola sequenza è perciò utile per lo studio delle proprietà strutturali e funzionali di specifiche proteine. In aggiunta, la conoscenza dello stato di legame dei ponti disolfuro delle cisteine può aiutare il processo di determinazione sperimentale della struttura e può essere utile in altre attività di annotazione genomica.

"disulfinder" predice i modelli di ponti disolfuro in due passi di calcolo: (1) viene predetto lo stato di legame con ponte disolfuro di ciascuna cisteina usando un classificatore binario BRNN-SVM; (2) le cisteine di cui si sa che partecipano a formare ponti vengono accoppiate da una rete neurale ricorsiva per ottenere un modello di connettività.

Please cite: Alessio Ceroni, Andrea Passerini, Alessandro Vullo and Paolo Frasconi: DISULFIND: a disulfide bonding state and cysteine connectivity prediction server. (PubMed) Nucleic Acids Res 34(Web Server issue):W177-181 (2006)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Dnaclust
strumento per raggruppare in cluster milioni di corte sequenze di DNA
Versions of package dnaclust
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3-2amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

dnaclust è uno strumento per raggruppare in cluster un vasto numero di corte sequenze di DNA. I cluster vengono creati in un modo tale che il "raggio" di ogni cluster è più piccolo di una soglia specificata.

Le sequenze di input da raggruppare in cluster devono essere in formato Fasta. L'ID di ogni sequenza è basato sulla prima parola della sequenza nel formato Fasta. La prima parola è il prefisso dell'intestazione fino alla prima occorrenza di caratteri vuoti di spazio nell'intestazione.

Please cite: Mohammadreza Ghodsi, Bo Liu and Mihai Pop: DNACLUST: accurate and efficient clustering of phylogenetic marker genes. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 12:271 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Dssp
assegnazione della struttura secondaria di una proteina in base alla struttura 3D
Versions of package dssp
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.2.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.0.4-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye4.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.1-2amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 12 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DSSP è un'applicazione per assegnare la struttura secondaria di una proteina in base alla sua struttura tridimensionale (3D) definita.

Questa versione (4.0) di DSSP è una riscrittura che scrive in modo predefinito file mmCIF annotati, ma può ancora produrre il vecchio formato ddsp. È nuova anche la gestione delle eliche PP.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Embassy-domainatrix
comandi EMBOSS extra per gestire file di classificazione di domini
Versions of package embassy-domainatrix
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.660-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.660-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.1.0+20110714-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.1.660-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.650-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package embassy-domainatrix:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, converting, editing, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

I programmi DOMAINATRIX sono stati sviluppati da Jon Ison e dai suoi colleghi al MRC HGMP per la ricerca relativa ai domini delle proteine. Sono inclusi come pacchetto EMBASSY in qualità di lavoro in fase di sviluppo.

Le applicazioni nella distribuzione attuale di domainatrix sono cathparse (genera file DCF da file grezzi CATH), domainnr (rimuove domini ridondanti da un file DCF), domainreso (rimuove domini a bassa risoluzione da un file DCF), domainseqs (aggiunge voci di sequenza ad un file DCF), scopparse (genera un file DCF da file grezzi SCOP) e ssematch (cerca corrispondenze con strutture secondarie in un file DCF).

Embassy-domalign
comandi EMBOSS extra per allineamento di domini di proteine
Versions of package embassy-domalign
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.660-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.650-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye0.1.660-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.1.0+20110714-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch0.1.660-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package embassy-domalign:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing, editing
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
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I programmi DOMALIGN sono stati sviluppati da Jon Ison e colleghi al MRC HGMP per le loro ricerche nel campo dei domini proteici. Sono inclusi nel pacchetto EMBASSY come lavoro in corso.

Le applicazioni nell'attuale rilascio di domalign sono allversusall (dati sulla somiglianza di sequenza da una comparazione tutti verso tutti), domainalign (genera allineamenti (file DAF) per i nodi in un file DCF), domainrep (riordina i file DCF per identificare strutture rappresentative) e sequalign (allineamenti estesi (file DAF) con sequenze (file DHF)).

Embassy-domsearch
comandi EMBOSS extra per cercare domini proteici
Versions of package embassy-domsearch
ReleaseVersionArchitectures
buster0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.650-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.1.660-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.1.0+20110714-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.1.660-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package embassy-domsearch:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
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License: DFSG free
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I programmi DOMSEARCH sono stati sviluppati da Jon Ison e i suoi colleghi del MRC HGMP per le loro ricerche su domini proteici. Sono inclusi nel pacchetto EMBASSY come lavoro in via di sviluppo.

Le applicazioni in questo rilascio di DOMSEARCH sono seqfraggle (rimuove sequenze di frammenti da file DHF), seqnr (rimuove ridondanze da file DHF), seqsearch (genera corrispondenze PSI-BLAST (file DHF) da un file DAF), seqsort (rimuove sequenze classificate ambigue da file DHF) e seqwords (genera file DHF per ricerche con parole chiave di UniProt).

Emboss
suite software open source europea per la biologia molecolare
Versions of package emboss
ReleaseVersionArchitectures
wheezy6.4.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch6.6.0+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.6.0+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze6.1.0-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie6.6.0+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye6.6.0+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid6.6.0+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package emboss:
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:molecular
interfacecommandline
roleprogram
scopesuite
useanalysing, comparing, converting, editing, organizing, searching, text-formatting, typesetting, viewing
works-withdb
works-with-formatplaintext
Popcon: 56 users (10 upd.)*
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License: DFSG free
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EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) è una raccolta di software libero e open source di analisi sviluppato in base alle necessità della comunità di utenti di biologia molecolare (come EMBnet). È in grado di gestire dati in diversi formati e consente perfino di recuperare dati di sequenze dal web in modo trasparente. Inoltre, dato che il pacchetto fornisce librerie complete, è una piattaforma che consente ad altri scienziati di sviluppare e rilasciare software conforme alla vera filosofia open source. EMBOSS è dotata anche di strumenti e pacchetti integrati per l'analisi di sequenze. EMBOSS rappresenta un'inversione della tendenza storica a preferire prodotti commerciali.

The package is enhanced by the following packages: clustalw primer3
Please cite: Peter Rice, Ian Longden and Alan Bleasby: EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite. (PubMed) Trends in Genetics 16(6):276 - 277 (2000)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package emboss
Exonerate
strumento generico per il confronto di sequenze di coppie
Versions of package exonerate
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.2.0-6amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2.2.0-6amd64,armel,armhf,i386
sid2.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.2.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package exonerate:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-with-formatplaintext
Popcon: 40 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Exonerate permette l'allineamento di sequenze tramite molti modelli di allineamento, usando una programmazione dinamica esaustiva o una varietà di euristiche. Molte delle funzionalità della suite di programmazione dinamica Wise sono state reimplementate in C per una migliore efficienza. Exonerate è un componente intrinseco della struttura dei database genomici Ensembl, che fornisce punteggi di somiglianza tra sequenze di RNA e di DNA e così determinando varianti di splicing e sequenze di codifica generali.

Un sistema di simulazione per esperimenti PCR In-silico (vedere la pagina man di ipcress) è fornito con exonerate.

Questo pacchetto contiene una selezione di utilità per effettuare velocemente semplici manipolazioni su file fasta oltre i 2 Gb.

Please cite: Guy C. Slater and Ewan Birney: Automated generation of heuristics for biological sequence comparison. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 6(1):31 (2005)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Fastdnaml
strumento di costruzione di alberi filogenetici di sequenze di DNA
Versions of package fastdnaml
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.2.2-10amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.2.2-10amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.2-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.2-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.2-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.2.2-9amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fastdnaml:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 5 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

fastDNAml è un programma derivato dalla versione 3.3 di DNAML di Joseph Felsenstein (parte del suo pacchetto PHYLIP). Sarebbe meglio leggere la documentazione di DNAML prima di usare questo programma.

fastDNAml è un tentativo di risolvere gli stessi problemi di DNAML, ma farlo più in fretta e usando meno memoria, per rendere trattabili alberi più grandi e/o più sottocampionamenti casuali. Gran parte di fastDNAml è una mera riscrittura del programma DNAML di PHYLIP 3.3 dal PASCAL al C.

Si noti che la pagina web di questo programma non è più disponibile, quindi probabilmente questo programma non avrà ulteriori aggiornamenti.

Please cite: Gary J. Olsen, Hideo Matsuda, Ray Hagstrom and Ross Overbeek: fastDNAml: a tool for construction of phylogenetic trees of DNA sequences using maximum likelihood. (PubMed,eprint) Comput Appl Biosci 10(1):41-48 (1994)
Registry entries: OMICtools 
Fastlink
versione più veloce dei programmi di Linkage per pedigree
Versions of package fastlink
ReleaseVersionArchitectures
sid4.1P-fix100+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.1P-fix100+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster4.1P-fix100+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.1P-fix100+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.1P-fix95-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy4.1P-fix95-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze4.1P-fix95-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package fastlink:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

L'analisi di linkage è una tecnica statistica usata per mappare geni e trovare la posizione approssimata di geni responsabili di malattie. Per le analisi di linkage esisteva un pacchetto software standard chiamato LINKAGE. FASTLINK è una versione fortemente modificata e migliorata del programma principale di LINKAGE che gira molto più velocemente in modo sequenziale, può essere eseguita in parallelo, permette all'utente di ripartire facilmente se il computer va in crash e fornisce abbondante documentazione nuova. FASTLINK è stato usato in più di 1000 studi genetici di linkage pubblicati.

Questo pacchetto contiene i seguenti programmi:

 ilink:    procedura di ottimizzazione GEMINI per trovare un valore locale
           ottimale per il vettore theta delle frazioni di ricombinazione;
 linkmap:  calcola i punteggi delle posizioni di un locus rispetto a una
           mappa fissata di altri loci;
 lodscore: compara la verosimiglianza corrispondente al theta locale
           ottimale;
 mlink:    calcola i punteggi LOD e il rischio con due o più loci;
 unknown:  identifica possibili genotipi per sconosciuti.
Please cite: R. W. Cottingham Jr., R. M. Idury and A. A. Schaffer: Faster Sequential Genetic Linkage Computations. (PubMed,eprint) American Journal of Human Genetics 53(1):252-263 (1993)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Fastqc
controllo di qualità per elevati flussi di dati di sequenze
Versions of package fastqc
ReleaseVersionArchitectures
buster0.11.8+dfsg-2all
stretch0.11.5+dfsg-6all
jessie0.11.2+dfsg-3all
bullseye0.11.9+dfsg-4all
sid0.11.9+dfsg-4all
Popcon: 24 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FastQC mira a fornire un metodo rapido per effettuare alcuni controlli di qualità su elevati flussi attraverso pipe di dati di sequenze grezzi. Fornisce un insieme modulare di analisi che consentono di avere una veloce panoramica sui dati per individuare eventuali presenze di errori o problemi che bisogna tenere in considerazione prima di utilizzarli in analisi successive.

Le funzioni principali di FastQC sono:

  • importazione di dati da file BAM, SAM o FastQ (qualsiasi variante);
  • rapida panoramica per identificare in quali aree potrebbero esserci problemi;
  • grafici e tabelle riepilogative per una valutazione rapida dei dati;
  • esportazione dei risultati in un report permanente in formato HTML;
  • modalità offline che consente la generazione di report automatici senza eseguire l'applicazione interattiva.
The package is enhanced by the following packages: multiqc
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequencing
Fasttree
phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
Versions of package fasttree
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.1.7-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.1.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.10-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.11-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.

FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").

This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).

Please cite: Morgan N. Price, Paramvir S. Dehal and Adam P. Arkin: FastTree 2 -- Approximately Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments.. (PubMed,eprint) PLoS ONE 5(3):e9490 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Fitgcp
fit di distribuzioni di copertura del genoma con modelli di mistura
Versions of package fitgcp
ReleaseVersionArchitectures
sid0.0.20150429-4all
stretch0.0.20150429-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el
buster0.0.20150429-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el
bullseye0.0.20150429-4all
jessie0.0.20130418-2amd64,i386
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

La copertura del genoma, il numero di letture di sequenziamento mappate in una posizione del genoma, è un indicatore importante delle irregolarità in esperimenti di sequenziamento. Sebbene la copertura media del genoma sia spesso usata all'interno di algoritmi in genomica computazionale, le informazioni complete disponibili nei profili di copertura (cioè istogrammi per tutte le coperture) non sono attualmente sfruttate a pieno. Perciò errori come genomi frammentati o con riferimenti sbagliati spesso rimangono non considerati. Rendere queste informazioni accessibili può migliorare la qualità degli esperimenti di sequenziamento e le analisi quantitative.

fitGCP è un'infrastruttura per fare il fit di misture di distribuzioni di probabilità su profili di copertura del genoma. Oltre alle distribuzioni di uso comune, fitGCP usa distribuzioni fatte apposta per tener conto di artefatti comuni. Il fit dei modelli di mistura viene fatto in modo iterativo sulla base dell'algoritmo Expectation-Maximization.

Please cite: Martin S. Lindner, Maximilian Kollock, Franziska Zickmann and Bernhard Y. Renard: Analyzing genome coverage profiles with applications to quality control in metagenomics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 29(10):1260-1267 (2013)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Flexbar
rimozione flessibile di codice a barre e adattatore per piattaforme di sequenziamento
Versions of package flexbar
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.50-1amd64,armhf,i386
sid3.5.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.5.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.50-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Flexbar pre-elabora in modo efficiente grosse moli di dati di sequenziamento. Fa il demultiplexing di corse con codici a barre e rimuove sequenze adattatore. Inoltre sono fornite funzionalità di taglio e filtraggio. Flexbar aumenta i tassi di mappatura e migliora gli assemblati di genomi e trascrittomi. Gestisce dati di sequenziamento di nuova generazione in formato fasta/q e csfasta/q dalla piattaforma SOLiD, Illumina e Roche 454.

I nomi dei parametri in Flexbar sono cambiati. Rivedere i propri script. Negli ultimi mesi, le impostazioni predefinite sono state ottimizzate, sono stati risolti diversi bug e sono stati fatti vari miglioramenti, ad esempio un'interfaccia a riga di comando rimessa a nuovo, nuove modalità di taglio così come una quantità richiesta minore di tempo e memoria.

The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Matthias Dodt, Johannes T. Roehr, Rina Ahmed and Christoph Dieterich: FLEXBAR — Flexible Barcode and Adapter Processing for Next-Generation Sequencing Platforms. (eprint) Biology 1(3):895-905 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Freecontact
fast protein contact predictor
Versions of package freecontact
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0.21-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.0.21-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.21-3amd64,armel,armhf,i386
sid1.0.21-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.21-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the command line tool freecontact(1).

Please cite: László Kaján, Thomas A. Hopf, Matúš Kalaš, Debora S. Marks and Burkhard Rost: FreeContact: fast and free software for protein contact prediction from residue co-evolution. BMC Bioinformatics (2014)
Registry entries: OMICtools 
Topics: Structure prediction; Sequence analysis
Gasic
correzione della similarità dell'abbondanza del genoma
Versions of package gasic
ReleaseVersionArchitectures
buster0.0.r19-4amd64
bullseye0.0.r19-7all
sid0.0.r19-7all
jessie0.0.r18-2amd64
stretch0.0.r19-1amd64
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Un obiettivo dell'analisi metagenomica basata sul sequenziamento è la valutazione tassonomica quantitativa delle composizioni delle comunità microbiche. Tuttavia, la maggioranza degli approcci o quantifica a bassa risoluzione (es. a livello di phylum) o ha gravi problemi nel distinguere specie estremamente simili. Ciononostante, un'accurata quantificazione a livello di specie è desiderabile in applicazioni come diagnostica metagenomica o confronto di comunità. GASiC è un metodo per correggere i risultati dell'allineamento delle letture per le ambiguità imposte dalle similarità dei genomi. Ha prestazioni superiori rispetto ai metodi esistenti.

The package is enhanced by the following packages: gasic-examples
Please cite: Martin S. Lindner and Bernhard Y. Renard: Metagenomic abundance estimation and diagnostic testing on species level. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 41(1):e10 (2013)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Genometools
toolkit versatile per analisi genomiche
Versions of package genometools
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.9+ds-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.5.3-2amd64,armel,armhf,i386
bullseye1.6.1+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental1.6.1+ds-5~exp1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6.1+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.5.10+ds-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package genometools:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
uitoolkitncurses
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GenomeTools contiene una raccolta di strumenti utili per analisi e presentazione di sequenze biologiche combinati in un unico binario.

Il toolkit contiene binari per gestione di sequenze e annotazioni, compressione di sequenze, generazione e accesso a strutture indice, visualizzazione di annotazioni e molto altro.

Please cite: Gordon Gremme, Sascha Steinbiss and Stefan Kurtz: GenomeTools: a comprehensive software library for efficient processing of structured genome annotations.. (PubMed) IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 10(3):645-656 (2013)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Gff2aplot
grafici di allineamento di coppie per sequenze genomiche in PostScript
Versions of package gff2aplot
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.0-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.0-7amd64,armel,armhf,i386
stretch2.0-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.0-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.0-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package gff2aplot:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline, shell
roleprogram
scopeutility
useconverting, viewing
works-withimage:vector
works-with-formatplaintext, postscript
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Un programma per visualizzare l'allineamento di due sequenze genomiche insieme con le loro annotazioni. A partire da file di input in formato GFF produce immagini PostScript per tali allineamenti. La seguente lista elenca molte delle funzionalità di gff2aplot.

  • Grafici di allineamento esaurienti per qualsiasi funzionalità di GFF. Gli attributi sono definiti separatamente in modo da poter modificare qualsiasi attributo per un dato file o condividere la stessa configurazione tra diversi insiemi di dati.
  • Tutti i parametri sono impostati in modo predefinito all'interno del programma, ma può anche essere completamente configurato attraverso file di personalizzazione flessibili in stile gff2ps. Il programma può gestire diversi di questi file, riassumendo tutte le impostazioni prima di produrre l'immagine corrispondente. In più tutti i parametri di configurazione possono essere impostati attraverso opzioni da riga di comando; ciò permette agli utenti di provare i parametri prima di aggiungerli ad un file di personalizzazione.
  • L'ordine dei sorgenti è preso dai file in input; se si inverte l'ordine dei file si può visualizzare l'allineamento con le sue annotazioni per la nuova disposizione in input.
  • Tutti i punteggi di allineamento possono essere visualizzati in un riquadro PiP sotto all'area gff2aplot, in gradazione di grigi, in toni di un colore definito dall'utente o in gradienti dipendenti dal punteggio.
  • Può usare caratteri scalabili, che possono anche essere scelti tra i caratteri di base predefiniti di PostScript. Le etichette di elementi e gruppi possono essere ruotate per migliorare le leggibilità su entrambi gli assi.
  • Il programma è ancora definito come filtro Unix perciò può gestire dati da file, ridirezioni e pipe, può scrivere l'output sullo standard output e avvertimenti sullo standard error.
  • gff2aplot può gestire molti formati fisici di pagina (da A0 a A10 e altri ancora: vedere il manuale per le dimensioni di pagina disponibili), inclusi quelli definiti dall'utente. Ciò permette, ad esempio, la creazione di mappe genomiche su poster o l'uso di un dispositivo di disegno che supporta carta in modulo continuo, sia in formato orizzontale sia verticale.
  • Si possono tracciare allineamenti diversi sullo stesso grafico di allineamento e distinguerli usando un colore differente per ognuno.
  • Il dizionario delle forme è stato espanso perciò ulteriori forme degli elementi sono ora disponibili (vedere il manuale).
  • Le proiezioni delle annotazioni nei grafici di allineamento (i "nastri") emulano la trasparenza usando colori di riempimento complementari. Questa funzione permette di mostrare pseudo-sfumature dei colori quando nastri orizzontali e verticali si sovrappongono.
Please cite: J. F. Abril, R. Guigó and T. Wiehe: gff2aplot: Plotting sequence comparisons. (PubMed,eprint) Bioinformatics 19(18):2477-2479 (2003)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Gff2ps
produce PostScript grafico da file GFF
Versions of package gff2ps
ReleaseVersionArchitectures
buster0.98l-2all
bullseye0.98l-4all
squeeze0.98d-3all
sid0.98l-4all
wheezy0.98d-4all
jessie0.98d-4all
stretch0.98d-5all
Debtags of package gff2ps:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting, viewing
works-withimage:vector
works-with-formatpostscript
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gff2ps è un programma script sviluppato con l'obiettivo di convertire da record in formato gff a grafici mono-dimensionali in PostScript di alta qualità. Questi grafici possono essere utili per confrontare strutture genomiche e visualizzare il prodotto di programmi di annotazione genomica. Può essere usato in modo molto semplice, perché assume che il file GFF contenga esso stesso abbastanza informazioni di formato, ma permette anche, grazie a parecchie opzioni o al file di configurazione, un elevato grado di personalizzazione.

Please cite: J. F. Abril and R. Guigó: gff2ps: visualizing genomic annotations.. (PubMed,eprint) Bioinformatics 16(8):743-744 (2000)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Giira
ricerca di geni che incorpora letture ambigue guidata da RNA-Seq
Versions of package giira
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.0.20140625-1amd64
buster0.0.20140625-2amd64
jessie0.0.20140210-2amd64
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GIIRA è un metodo di predizione dei geni che identifica potenziali regioni codificanti esclusivamente sulla base della mappatura di letture da un esperimento RNA-Seq. È stato progettato principalmente per la predizione dei geni dei procarioti ed è in grado di risolvere geni all'interno della regione espressa di un operone. Tuttavia, è applicabile anche agli eucarioti e predice sia strutture esone introne, sia isoforme alternative.

Please cite: Franziska Zickmann, Martin S. Lindner and Bernhard Y. Renard: GIIRA—RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads. (PubMed,eprint) Bioinformatics (2013)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Glam2
motivi proteici con interruzioni da sequenze non allineate
Versions of package glam2
ReleaseVersionArchitectures
stretch1064-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1064-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye1064-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1064-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1064-3amd64,armel,armhf,i386
buster1064-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1064-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package glam2:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GLAM2 è un pacchetto software per trovare motivi all'interno di sequenze, tipicamente sequenze amminoacidiche o nucleotidiche. Un motivo è un modello di sequenze che si ripete: esempi tipici sono i TATA box o il motivo di prenilazione CAAX. La maggiore innovazione portata da GLAM2 è che permette di avere inserzioni e delezioni all'interno dei motivi.

Questo pacchetto include programmi per scoprire motivi condivisi da un insieme di sequenze e trovare le corrispondenze a questi motivi in un database di sequenze, così come utilità per convertire motivi glam2 in formati standard per allineamenti, fare maschere di motivi glam2 in sequenze in modo da poter trovare motivi più deboli e rimuovere membri altamente simili da un insieme di sequenze.

Questo pacchetto include i seguenti programmi:

 glam2:       scopre motivi condivisi da un insieme di sequenze;
 glam2scan:   trova corrispondenze, all'interno di un database di
              sequenze, con un motivo scoperto da glam2;
 glam2format: converte motivi glam2 in formati di allineamento standard;
 glam2mask:   maschera motivi glam2 dalle sequenze, così che possano
              essere trovati motivi più deboli;
 glam2-purge: rimuove elementi altamente simili da un insieme di sequenze.

In questo pacchetto binario è stato abilitato l'algoritmo FFT (Fast Fourier Transform) per glam2.

Please cite: Martin C. Frith, Neil F. W. Saunders, Bostjan Kobe and Timothy L. Bailey: Discovering Sequence Motifs with Arbitrary Insertions and Deletions. (PubMed) PLoS Computational Biology 4(5):e1000071 (2008)
Registry entries: OMICtools 
Screenshots of package glam2
Gmap
spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads
Versions of package gmap
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2010-07-21-1 (non-free)i386
sid2021-02-22+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
bullseye2021-02-22+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
buster2019-01-24-1 (non-free)amd64
stretch2017-01-14-1 (non-free)amd64
jessie2014-10-22-1 (non-free)amd64
wheezy2012-06-12-1 (non-free)amd64
upstream2021-05-27
Debtags of package gmap:
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:structural
roleprogram
useanalysing
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

  • known splice sites and identify novel splice sites.
  • known single-nucleotide polymorphisms (SNPs). GSNAP can align bisulfite-treated DNA.
Please cite: Thomas D. Wu and Serban Nacu: Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads. (PubMed,eprint) Bioinformatics 26(7):873-81 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Grinder
versatile simulatore di letture di sequenziamento "omiche" shotgun e di ampliconi
Versions of package grinder
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.5.3-3all
sid0.5.4-6all
bullseye0.5.4-6all
buster0.5.4-5all
wheezy0.4.5-1all
stretch0.5.4-1all
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License: DFSG free
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Grinder è un versatile programma per creare librerie di sequenze casuali shotgun e di ampliconi basate su sequenze di riferimento proteiche, di RNA * di DNA, fornite in un file FASTA.

Grinder può produrre insiemi di dati shotgun e di ampliconi genomici, metagenomici, trascrittomici, metatrascrittomici, proteomici, metaproteomici da tecnologie di sequenziamento attuali come Sanger, 454 e Illumina. Questi insiemi di dati simulati possono essere usati per testare l'accuratezza di strumenti bioinformatici sotto ipotesi specifiche, ad esempio con o senza errori di sequenziamento o con bassa o alta diversità della comunità. Grinder può anche essere usato per aiutare a decidere tra metodi alternativi di sequenziamento per un progetto basato su sequenze, ad esempio se la libreria debba essere o meno con terminali accoppiati, quante letture debbano essere sequenziate.

Please cite: Florent E. Angly, Dana Willner, Forest Rohwer, Philip Hugenholtz and Gene W. Tyson: Grinder: a versatile amplicon and shotgun sequence simulator. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research Epub ahead of print (2012)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Gromacs
simulatore di dinamica molecolare, con strumenti di costruzione e di analisi
Versions of package gromacs
ReleaseVersionArchitectures
experimental2021-2mips64el,mipsel
squeeze4.0.7-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
experimental2021.1-1amd64,arm64,armel,armhf,ppc64el,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy4.5.5-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2019.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2021.2
Debtags of package gromacs:
fieldbiology, biology:structural, chemistry
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkitxlib
x11application
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Newer upstream!
License: DFSG free
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GROMACS è un pacchetto versatile per l'esecuzione di dinamiche molecolari, ovvero simulazioni delle equazioni newtoniane del moto per sistemi con un numero di particelle tra le centinaia e i milioni.

Progettato principalmente per biomolecole come proteine e lipidi con molte complesse interazioni di legame, GROMACS, essendo estremamente veloce nei calcoli per le interazioni di non-legame (che solitamente dominano le simulazioni) è anche utilizzato da molti gruppi per ricerche su sistemi non biologici, come ad esempio polimeri.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Hhsuite
sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
Versions of package hhsuite
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0.16-5amd64
bullseye3.3.0+ds-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
stretch3.0~beta2+dfsg-3amd64
sid3.3.0+ds-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
wheezy2.0.15-1amd64
buster3.0~beta3+dfsg-3amd64
Popcon: 4 users (0 upd.)*
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HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).

This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.

HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise alignments for homology modeling.

HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST, HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate alignments.

Please cite: Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser and Johannes Söding: HHblits: Lightning-fast iterative protein sequence searching by HMM-HMM alignment.. (PubMed) Nat. Methods 9(2):173-175 (2011)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Hisat2
allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi
Versions of package hisat2
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0.5-1amd64
sid2.2.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.0-2amd64
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HISAT2 è un programma di allineamento veloce e sensibile per mappare le letture di sequenziamento della prossima generazione (sia DNA che RNA) su una popolazione di genomi umani (e anche su un singolo genoma di riferimento). Sulla base di un'estensione di BWT per i grafi, è stato progettato e implementato un indice GFM (graph FM). Oltre a usare un indice GFM globale che rappresenta una popolazione di genomi umani, HISAT2 usa un grande insieme di piccoli indici GFM che collettivamente coprono l'intero genoma (ciascun indice rappresenta una regione genomica di 56 kbp, con 55000 indici necessari per coprire la popolazione umana). Questi piccoli indici (chiamati indici locali), combinati con diverse strategie di allineamento, permettono un allineamento rapido e accurato delle letture di sequenziamento. Questo nuovo schema di indicizzazione è chiamato indice HGFM (Hierarchical Graph FM).

The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Daehwan Kim, Joseph M. Paggi, Chanhee Park, Christopher Bennett and Steven L. Salzberg: Graph-based genome alignment and genotyping with HISAT2 and HISAT-genotype. Nature Biotechnology 37(8):907-915 (2019)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Hmmer
profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche
Versions of package hmmer
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.1b1-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.0-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.3.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid3.3.2+dfsg-1amd64,i386
bullseye3.3.2+dfsg-1amd64,i386
stretch3.1b2+dfsg-5amd64,i386
buster3.2.1+dfsg-1amd64,i386
Debtags of package hmmer:
biologyformat:aln, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-withdb
works-with-formatplaintext
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HMMER è un'implementazione di metodi per creazione di profili di modelli di Markov nascosti per effettuare ricerche accurate in database di sequenze biologiche, usando allineamenti multipli di sequenza come base per le interrogazioni.

Dato in input un allineamento multiplo di sequenza, HMMER crea un modello statistico chiamato "modello di Markov nascosto" che può essere usato come criterio per l'interrogazione di un database di sequenze allo scopo di trovare (o allineare) omologhi addizionali della famiglia di sequenze.

Please cite: S. R. Eddy: Profile hidden Markov models. (PubMed,eprint) Bioinformatics 14(9):755-763 (1998)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package hmmer
Idba
assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di letture corte
Versions of package idba
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.1.2-1amd64,armel,armhf,i386
buster1.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.1.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.1.2-1amd64,armel,armhf,i386
buster1.1.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.1.3-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.1.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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IDBA sta per "Iterative De Bruijn graph Assembler" (assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn). Nella biologia computazionale di sequenze, un assemblatore risolve il puzzle proveniente da macchine per grandi sequenziamenti che hanno molti gigabyte di letture corte da un grande genoma.

Questo pacchetto fornisce diverse versioni dell'assemblatore IDBA, dato che tutte condividono lo stesso albero sorgente ma assolvono scopi diversi e si sono evolute nel tempo.

IDBA è l'assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn di base per letture di sequenze di seconda generazione. IDBA-UD, un'estensione di IDBA, è progettato per utilizzare letture ad estremità accoppiate per assemblare regioni a bassa profondità e usare profondità progressiva nei contig per ridurre gli errori nelle regioni ad alta profondità. È un assemblatore di uso generico ed è specialmente adatto per dati di sequenziamento di cellule singole e di metagenomica. IDBA-Hybrid è un'altra versione aggiornata di IDBA-UD che può utilizzare un genoma simile di riferimento per migliorare i risultati dell'assemblaggio. IDBA-Tran è un assemblatore iterativo con grafo di de Bruijn per dati RNA-Seq.

Please cite: Yu Peng, Henry C. M. Leung, S. M. Yiu and Francis Y. L. Chin: IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth. (PubMed,eprint) Bioinformatics 28(11):1420-1428 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Infernal
inferenza degli allineamenti strutturali secondari dell'RNA
Versions of package infernal
ReleaseVersionArchitectures
sid1.1.4-1amd64,i386
bullseye1.1.4-1amd64,i386
buster1.1.2-2amd64,i386
stretch1.1.2-1amd64,i386
jessie1.1.1-2amd64,i386
wheezy1.0.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.0.2-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package infernal:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing
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Infernal ("INFERence of RNA ALignment", "inferenza per l'allineamento dell'RNA") cerca in un database di sequenze DNA somiglianze tra strutture e sequenze di RNA. Fornisce un'implementazione di un caso speciale delle grammatiche senza contesto con profilo stocastico chiamate modelli covarianti (CM). Un CM è come un profilo di sequenza, ma dà una valutazione combinando il consenso della sequenza e il consenso sulla struttura secondaria dell'RNA, così in molti casi è più efficace nell'identificare omologhi RNA che conservano la loro struttura secondaria più che la loro sequenza primaria.

Questo strumento è una parte integrante del database Rfam.

Please cite: Eric P. Nawrocki, Diana L. Kolbe and Sean R. Eddy: Infernal 1.0: inference of RNA alignments. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(10):1335-1337 (2009)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Jellyfish
conta i k-meri in sequenze di DNA
Versions of package jellyfish
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.1.4-1amd64
bullseye2.3.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el
wheezy1.1.5-1amd64,kfreebsd-amd64
sid2.3.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el
stretch2.2.6-1amd64
buster2.2.10-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el
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JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Guillaume Marcais and Carl Kingsford: A fast, lock-free approach for efficient parallel counting of occurrences of k-mers. Bioinformatics 27(6):764-770 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Kalign
allineamenti multipli di sequenza globali e progressivi
Versions of package kalign
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.03+20110620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.04-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.03+20110620-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.03+20110620-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.03+20110620-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental3.3-2~0exp0simdeamd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package kalign:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
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Kalign è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli di sequenze biologiche. Usa l'algoritmo per corrispondenze di stringhe Muth-Manber per migliorare sia l'accuratezza che la velocità dell'allineamento. Usa un approccio globale, progressivo per l'allineamento, arricchito dall'uso di un algoritmo per corrispondenze approssimate di stringhe per calcolare le distanze tra le sequenze e incorporando corrispondenze locali nell'allineamento globale.

Please cite: Lassmann, Timo.: Kalign 3: multiple sequence alignment of large datasets. (eprint) Bioinformatics 36(6):1928-1929 (2020)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Kissplice
rilevamento di vari tipi di polimorfismi in dati RNA-Seq
Versions of package kissplice
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.1-3amd64
stretch2.4.0-p1-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el
sid2.5.3-3amd64,arm64,mips64el,ppc64el
bullseye2.5.3-3amd64,arm64,mips64el,ppc64el
buster2.4.0-p1-4amd64,arm64,mips64el,ppc64el
upstream2.5.4
Debtags of package kissplice:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing
works-withbiological-sequence
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KisSplice è un software che permette l'analisi di dati RNA-Seq con o senza un genoma di riferimento. È un assemblatore esatto di trascrittoma che permette di identificare SNP, indel e eventi di splicing alternativo. Può lavorare con un numero arbitrario di condizioni biologiche e quantifica ciascuna variante in ogni condizione. È stato provato su insiemi di dati Illumina con fino a 1G di letture. Il suo consumo di memoria è di circa 5Gb per 100M letture.

Please cite: Gustavo AT Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo and Vincent Lacroix: KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 13((Suppl 6)):S5 (2012)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: RNA-seq; RNA splicing; Gene structure
Last-align
confronto di sequenze biologiche su scala genomica
Versions of package last-align
ReleaseVersionArchitectures
jessie490-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze128-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1179-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1179-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster963-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch830-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy199-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package last-align:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
roleprogram
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LAST è un software per confrontare ed allineare sequenze, tipicamente DNA o sequenze proteiche. LAST è simile a BLAST, ma gestisce meglio quantità molto grandi di dati di sequenza. Ci sono due cose che LAST fa molto bene:

  • confrontare grandi genomi (ad esempio di mammiferi);
  • mappare molte etichette di sequenza su un genoma.

La principale innovazione tecnica è che LAST trova le corrispondenze iniziali in base alla loro molteplicità, invece di usare una dimensione fissa (BLAST ad esempio usa 10-meri). Ciò permette di mappare etichette su genomi senza fare la mascheratura delle ripetizioni e senza essere sopraffatti dalle corrispondenze ripetitive. Per trovare queste corrispondenze di dimensione variabile usa un array di suffissi (ispirato a Vmatch). Per ottenere un'alta sensibilità usa un array di suffissi non contigui, analogo a seed non consecutivi.

Please cite: Martin C. Frith, Raymond Wan and Paul Horton: Incorporating sequence quality data into alignment improves DNA read mapping. (PubMed,eprint) Nucl. Acids Res. 38(7):e100 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Loki
analisi MCMC di linkage in generici alberi genealogici
Versions of package loki
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.4.7.4-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.7.4-5amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.7.4-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.7.4-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.4.7.4-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.4.7.4-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze2.4.7.4-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package loki:
fieldbiology
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
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Git

Esegue l'analisi multi-punto di linkage, con il metodo delle catene di Markov Montecarlo, su alberi genealogici grandi e complessi. Il pacchetto attuale permette unicamente l'analisi di caratteri quantitativi, sebbene questa limitazione sarà eliminata nelle versioni successive. La stima congiunta del numero QTL, della posizione e degli effetti usa Reversible Jump MCMC. Si possono anche effettuare analisi di condivisione di IBD di individui affetti.

The package is enhanced by the following packages: loki-doc
Please cite: Simon C. Heath: Markov chain Monte Carlo segregation and linkage analysis for oligogenic models. (PubMed,eprint) American Journal of Human Genetics 61(3):748-60 (1997)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Macs
analisi basata su modelli di ChIP-Seq su sequenziatori di letture corte
Versions of package macs
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0.9.1-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye2.2.7.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x
sid2.2.7.1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x
stretch2.1.1.20160309-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.2.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 21 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
Git

MACS modella in modo empirico la lunghezza dei frammenti ChIP sequenziati, che tende ad essere più corta delle stime di dimensione per sonicazione o costruzione di biblioteche genomiche, e la usa per migliorare la risoluzione spaziale dei siti di legame predetti. MACS usa anche una distribuzione di Poisson dinamica per catturare in modo efficace i bias locali nella sequenza del genoma, permettendo una predizione più sensibile e robusta. MACS si comporta bene al confronto degli algoritmi esistenti ChIP-Seq di ricerca di picchi, è disponibile pubblicamente come open source e può essere usato per ChIP-Seq con o senza campioni di controllo.

Please cite: Yong Zhang, Tao Liu, Clifford A Meyer, Jérôme Eeckhoute, David S. Johnson, Bradley E. Bernstein, Chad Nussbaum, Richard M. Myers, Myles Brown, Wei Li and X Shirley Liu: Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS). (PubMed,eprint) Genome Biol. 9(9):R137 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Mafft
programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche
Versions of package mafft
ReleaseVersionArchitectures
squeeze6.815-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster7.407-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye7.475-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid7.475-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch7.307-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy6.864-1amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie7.205-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package mafft:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 25 users (10 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MAFFT è un programma per l'allineamento di sequenze multiple che offre tre metodi orientati all'accuratezza:

  • L-INS-i (probabilmente il più accurato; raccomandato per meno di 200 sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che incorpora informazioni sull'allineamento locale di coppie);
  • G-INS-i (adatto per sequenze di lunghezza simile; raccomandato per meno di 200 sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che incorpora informazioni sull'allineamento globale di coppie);
  • E-INS-i (adatto per sequenze contenenti grandi regioni non allineabili; raccomandato per meno di 200 sequenze); e cinque metodi orientati alla velocità:

  • FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; solo due cicli);

  • FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; massimo 1000 iterazioni);
  • FFT-NS-2 (veloce; metodo progressivo);
  • FFT-NS-1 (molto veloce; raccomandato per più di 2000 sequenze; metodo progressivo con un albero guida grezzo);
  • NW-NS-PartTree-1 (raccomandato per ~50.000 sequenze; metodo progressivo con l'algoritmo PartTree).
Please cite: Kazutaka Katoh and Hiroyuki Toh: Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program. (PubMed) Brief Bioinform 9(4):286-298 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Mapsembler2
software per assemblaggio pensato per la bioinformatica
Versions of package mapsembler2
ReleaseVersionArchitectures
sid2.2.4+dfsg1-3amd64,arm64,ppc64el,s390x
stretch2.2.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x
bullseye2.2.4+dfsg1-3amd64,arm64,ppc64el,s390x
buster2.2.4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,s390x
jessie2.1.6+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
Popcon: 1 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Mapsembler2 è un software di assemblaggio pensato per la bioinformatica. Accetta in input un insieme di letture grezze NGS (fasta o fastQ, compresse con gzip o meno) e un insieme di sequenze di input (starter).

Come prima cosa determina se ogni starter è coerente a livello di letture, ad esempio se le letture confermano la presenza di ciascun starter nella sequenza originale. Poi, per ogni starter coerente con le letture, Mapsembler2 produce in output le sue sequenze vicine come sequenza lineare o come grafo, a seconda della scelta dell'utente.

Mapsempler2 può essere usato per (ma non è limitato a questo):

  • validare una sequenza assemblata (data in input come starter), per esempio da un assemblato con grafo di de Bruijn in cui non è stata imposta la coerenza con le letture;
  • controlla se un gene (dato in input come starter) ha un omologo in un insieme di letture;
  • controlla se un enzima conosciuto è presente in un insieme di letture NGS metagenomico;
  • arricchisce letture non mappabili estendendole, rendendole eventualmente mappabili;
  • controlla cosa accade alle estremità di un contig;
  • rimuove contaminanti o letture simbionti da un insieme di letture.
Please cite: Pierre Peterlongo and Rayan Chikhi: Mapsembler, targeted and micro assembly of large NGS datasets on a desktop computer. (PubMed) BMC Bioinformatics 13:48 (2012)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Maq
mappatura di corte sequenze di lunghezza fissa di DNA polimorfo su sequenze di riferimento
Versions of package maq
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.7.1-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster0.7.1-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.7.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.7.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.7.1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.7.1-5amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.7.1-5amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package maq:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 9 users (5 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Maq (abbreviazione di Mappatura e Assemblaggio con Qualità) costruisce assemblaggi per mappatura a partire da corte letture generate dalle apparecchiature di sequenziamento di seconda generazione. È pensato principalmente per l'analizzatore Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer ed ha una preliminare capacità di gestire dati ABI SOLiD. Maq si chiamava prima mapass2.

Lo sviluppo di Maq si è fermato nel 2008. I suoi successori sono BWA e SAMtools.

Please cite: Heng Li, Jue Ruan and Richard Durbin: Mapping short DNA sequencing reads and calling variants using mapping quality scores. (PubMed,eprint) Genome Research 18(11):1851-1858 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Melting
calcola la temperatura di fusione di doppie eliche di acidi nucleici
Versions of package melting
ReleaseVersionArchitectures
squeeze4.3c-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy4.3c-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.3.1+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch4.3.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2.0-1all
bullseye5.2.0-2all
sid5.2.0-2all
Debtags of package melting:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:molecular
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
suitegnu
useanalysing
works-with-formatplaintext
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License: DFSG free
Git

Questo programma calcola, per una doppia elica di acido nucleico, l'entalpia, l'entropia e la temperatura di fusione della transizione dell'elica. Sono possibili tre tipi di ibridazione: DNA/DNA, DNA/RNA e RNA/RNA. Il programma prima calcola l'entalpia e l'entropia di ibridazione a partire dai parametri elementari di ciascuna coppia di Crick con il metodo del prossimo più vicino. Poi viene calcolata la temperatura di fusione. L'insieme dei parametri termodinamici può essere facilmente modificato, per esempio a seguito di una scoperta sperimentale.

Please cite: Le Novère, Nicolas: MELTING, computing the melting temperature of nucleic acid duplex. (PubMed,eprint) Bioinformatics 17(12):1226-1227 (2001)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package melting
Minia
assemblatore di sequenze biologiche
Versions of package minia
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.6906-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6088-1amd64,armel,armhf,i386
buster1.6906-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.2.1+git20200522.4960a99-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid3.2.1+git20200522.4960a99-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
upstream3.2.1+git20210526.594d6e3
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
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Assemblatore di sequenze di DNA da letture corte basato su un grafo di de Bruijn, in grado di assemblare un genoma umano in un computer desktop in un giorno.

L'output di Minia è un insieme di sequenze contigue. Minia produce risultati con contiguità e accuratezza simili ad altri assemblatori di de Bruijn (es. Velvet).

Please cite: Rayan Chikhi and Guillaume Rizk: Space-Efficient and Exact de Bruijn Graph Representation Based on a Bloom Filter.. (PubMed,eprint) Algorithms for Molecular Biology 8(1):22 (2013)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence assembly
Mipe
strumenti per archiviare dati derivanti da PCR
Versions of package mipe
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.1-4all
squeeze1.1-3all
sid1.1-9all
bullseye1.1-9all
buster1.1-7all
stretch1.1-5all
jessie1.1-4all
Debtags of package mipe:
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:molecular
interfacecommandline
roledocumentation, program
scopeutility
useorganizing
works-with-formatxml
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License: DFSG free
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MIPE fornisce un formato standard per scambiare o archiviare, usando un file di testo semplice, tutte le informazioni associate ad esperimenti con PCR. Può:

  • permettere lo scambio di dati PCR tra ricercatori e laboratori,
  • rendere possibile la tracciabilità dei dati,
  • prevenire problemi in fase di invio dei dati a dbSTS o dbSNP,
  • rendere possibile la scrittura di script standard per estrarre dati (per esempio un elenco di primer per PCR, posizioni SNP o aplotipi per animali diversi).

Questo strumento, anche se può essere usato per l'archiviazione dei dati, è pensato principalmente per lo scambio dei dati. Per quantità di dati più grandi, i database relazionali sono più adatti alla archiviazione di questi dati. Il formato MIPE dovrebbe quindi essere usato come formato standard per importare dati in questi database o esportare da essi.

Please cite: Jan Aerts and T. Veenendaal: MIPE - a XML-format to facilitate the storage and exchange of PCR-related data. Online Journal of Bioinformatics 6(2):114-120 (2005)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Mira-assembler
assemblatore di sequenze di genomi interi con metodo shotgun e di EST
Versions of package mira-assembler
ReleaseVersionArchitectures
buster4.9.6-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.4.0.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie4.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid4.9.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye4.9.6-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch4.9.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mira-assembler:
roleprogram
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License: DFSG free
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L'assemblatore di frammenti di genoma mira è un assemblatore specializzato per progetti di sequenziamento considerati "difficili" a causa di un alto numero di ripetizioni simili. Per i trascritti di EST (expressed sequence tag, etichette di sequenze espresse), miraEst è specializzato nel ricostruire trascritti originali di mRNA, al contempo rilevando e classificando polimorfismi di singoli nucleotidi (SNP) che vi appaiono in diverse variazioni.

L'assemblatore viene normalmente utilizzato per compiti vari quali la rilevazione di mutazioni in diversi tipi di cellule, analisi di somiglianza di trascritti tra organismi diversi e l'assemblaggio originale di sequenze da varie fonti per la progettazione di oligonucleotidi in esperimenti clinici con microarray.

Il pacchetto fornisce gli eseguibili elencati in seguito. Binari forniti:

  • mira: per assemblare sequenze genomiche;
  • miramem: stima la memoria necessaria per assemblare progetti;
  • mirabait: uno strumento in stile "grep" per selezionare letture con k-meri fino a 256 basi;
  • miraconvert: uno strumento per convertire, estrarre e, a volte, ricalcolare tutte i tipi di dati relativi ai file di assemblaggio di sequenze.
Please cite: Bastien Chevreux, Thomas Pfisterer, Bernd Drescher, Albert J. Driesel, Werner E. G. Müller, Thomas Wetter and Sándor Suhai: Using the miraEST Assembler for Reliable and Automated mRNA Transcript Assembly and SNP Detection in Sequenced ESTs. (PubMed,eprint) Genome Research 14(6):1147-1159 (2004)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Mlv-smile
trova schemi statisticamente significativi in sequenze
Versions of package mlv-smile
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.47-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.47-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.47-3amd64,armel,armhf,i386
stretch1.47-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.47-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.47-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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Smile determina motivi di sequenze sulla base di un insieme di sequenze di DNA, RNA o proteiche.

  • Nessun limite prefissato sul numero di combinazioni dei motivi per descrivere sottoinsiemi di sequenze.
  • L'alfabeto delle sequenze può essere specificato.
  • È gestito l'uso di caratteri jolly.
  • Migliore determinazione della significatività dei motivi grazie a simulazione.
  • Introduzione di un insieme di sequenze con controlli negativi che dovrebbero non corrispondere automaticamente a determinati motivi.
Registry entries: OMICtools 
Mothur
suite di analisi di sequenze per ricerche su microrganismi
Versions of package mothur
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.44.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.44.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.24.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.38.1.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.33.3+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
buster1.41.21-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.45.3
Debtags of package mothur:
roleprogram
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Mothur cerca di sviluppare un unico software open source, estensibile per soddisfare le necessità dei bioinformatici nel campo dell'ecologia microbica. Ha incorporate le funzionalità di dotur, sons, treeclimber, s-libshuff, unifrac e molto altro. In aggiunta a migliorare la flessibilità di questi algoritmi, sono state aggiunte svariate altre funzionalità inclusi strumenti di calcolo e visualizzazione.

Please cite: Patrick D Schloss, Sarah L Westcott, Thomas Ryabin, Justine R Hall, Martin Hartmann, Emily B Hollister, Ryan A Lesniewski, Brian B Oakley, Donovan H Parks, Courtney J Robinson, Jason W Sahl, Blaz Stres, Gerhard G Thallinger, David J Van Horn and Carolyn F Weber: Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities. (PubMed) Appl Environ Microbiol 75(23):7537-7541 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Microbial ecology
Mrbayes
inferenza bayesiana per filogenetica
Versions of package mrbayes
ReleaseVersionArchitectures
buster3.2.6+dfsg-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch3.2.6+dfsg-1amd64,arm64,armhf,i386
jessie3.2.3+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.2.1+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid3.2.7a-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.2.7a-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 7 users (0 upd.)*
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L'inferenza bayesiana per filogenetica è basata su una quantità chiamata la distribuzione di probabilità a posteriori degli alberi, che è la probabilità di un albero condizionata dalle osservazioni. Il condizionamento è realizzato usando il teorema di Bayes. Non è possibile calcolare analiticamente la distribuzione della probabilità a posteriori degli alberi; invece, MrBayes utilizza una tecnica di simulazione chiamata MCMC (Markov Chain Monte Carlo) per approssimare le probabilità a posteriori degli alberi.

The package is enhanced by the following packages: mrbayes-doc
Please cite: Fredrik Ronquist, Maxim Teslenko, Paul van der Mark, Daniel L. Ayres, Aaron Darling, Sebastian Höhna, Bret Larget, Liang Liu, Marc A. Suchard and John P. Huelsenbeck: MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and Model Choice across a Large Model Space. (PubMed,eprint) Systematic Biology (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package mrbayes
Mummer
Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
Versions of package mummer
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.22~dfsg-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster3.23+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.23+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.23+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.23+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.23~dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.23~dfsg-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream4.0.0.~beta5
Debtags of package mummer:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
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License: DFSG free
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MUMmer è un sistema per allineare rapidamente interi genomi, sia in forma completa o in forma di bozza. Per esempio, MUMmer 3.0 può trovare tutte le corrispondenze esatte di 20 o più coppie di basi in un genoma di 5 milioni di basi in 13.7 secondi, usando 78MB di memoria su una macchina Linux desktop a 2.4 GHz. MUMmer può anche allineare genomi incompleti; gestisce con facilità le centinaia o migliaia di tratti contigui di un progetto di sequenziamento shotgun e li allinea con un altro insieme di contigui o con un genoma usando il programma NUCmer incluso nel sistema. Se le specie sono troppo divergenti per trovare una somiglianza nell'allineamento delle sequenze di DNA, allora il programma PROmer può generare allineamenti basati sulla traduzione dei sei moduli di lettura di entrambe le sequenze di input.

The package is enhanced by the following packages: e-mem
Please cite: Stefan Kurtz, Adam Phillippy, Arthur L. Delcher, Michael Smoot, Martin Shumway, Corina Antonescu and Steven L. Salzberg: Versatile and open software for comparing large genomes. (PubMed) Genome Biology 5(2):R12 (2004)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
Screenshots of package mummer
Muscle
programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
Versions of package muscle
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.8.31-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.8.1551-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.8.31+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.8.31-1amd64,armel,armhf,i386
squeeze3.70+fix1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package muscle:
biologyformat:aln, nuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
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Popcon: 17 users (9 upd.)*
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License: DFSG free
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MUSCLE è un programma di allineamenti multipli di sequenze proteiche; il nome sta per MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation, confronto di sequenze multiple tramite log-expectation. Nei test fatti dagli autori, MUSCLE ha ottenuto i punteggi più alti tra tutti i programmi sottoposti a diversi benchmark per l'accuratezza degli allineamenti ed è anche uno dei programmi più veloci tra quelli disponibili.

Please cite: Robert C. Edgar: MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 32(5):1792-1797 (2004)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence analysis
Screenshots of package muscle
Mustang
allineamento strutturale multiplo di proteine
Versions of package mustang
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.2.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.2.1-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy3.2.1-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.2.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.2.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.2.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.2.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mustang:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
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useanalysing, comparing
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Popcon: 14 users (9 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Mustang è un algoritmo per allineare strutture multiple di proteine. Dato un insieme di file PDB, il programma usa le informazioni spaziali negli atomi C-alfa dell'insieme per produrre un allineamento di sequenze. Basandosi su un metodo euristico progressivo basato su coppie, l'algoritmo compie in seguito un numero di passaggi di raffinamento. Mustang riporta l'allineamento di sequenze multiple e la corrispondente sovrapposizione di strutture.

The package is enhanced by the following packages: mustang-testdata
Please cite: Arun S. Konagurthu, James C. Whisstock, Peter J. Stuckey and Arthur M. Lesk: MUSTANG: A multiple structural alignment algorithm. (PubMed) Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 64(3):559-574 (2006)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package mustang
Ncbi-epcr
strumento per testare la presenza di STS in sequenze di DNA
Versions of package ncbi-epcr
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.3.12-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.3.12-1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.12-1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.3.12-1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.3.12-1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.12-1-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.3.12-1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package ncbi-epcr:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usechecking, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 4 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
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La PCR elettronica (e-PCR) è una procedura computazionale usata per identificare STS (sequence tagged site) all'interno di sequenze di DNA. e-PCR cerca STS potenziali nel DNA ricercando sottosequenze che corrispondano da vicino ai primer PCR e che abbiano ordine, orientamento e spaziatura corretti tali da poter rappresentare i primer PCR usati per generare STS noti.

La nuova versione di e-PCR implementa una strategia di corrispondenza approssimata. Per ridurre la probabilità che una STS esatta possa essere non vista a causa di corrispondenze inesatte, si possono usare parole non contigue invece di una singola parola esatta. Ognuna di queste parole ha gruppi di posizioni significative separate da posizioni "jolly" che non è necessario corrispondano. In aggiunta è anche possibile permettere dei salti negli allineamenti dei primer.

La principale motivazione per implementare la ricerca inversa (chiamata Reverse e-PCR) fu quella di rendere possibile fare ricerche nella sequenza del genoma umano o in altri genomi grandi. La nuova versione di e-PCR fornisce una modalità di ricerca che confronta una sequenza di interrogazione e un database di sequenze.

Questo programma è stato ritirato dall'autore originale e si suggerisce di usare Primer-Blast https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ al suo posto.

Please cite: Gregory D. Schuler: Sequence Mapping by Electronic PCR. (PubMed,eprint) Genome Research 7(5):541-550 (1997)
Registry entries: OMICtools  Bioconda 
Ncbi-tools-bin
librerie NCBI per applicazioni biologiche (utilità testuali)
Versions of package ncbi-tools-bin
ReleaseVersionArchitectures
jessie6.1.20120620-8amd64,armel,armhf,i386
sid6.1.20170106+dfsg1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye6.1.20170106+dfsg1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.1.20170106+dfsg1-0+deb10u2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze6.1.20090809-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy6.1.20120620-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch6.1.20170106+dfsg1-0+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ncbi-tools-bin:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
networkclient
roleprogram
sciencecalculation
scopeutility
useanalysing, calculating, converting, searching
works-withbiological-sequence
works-with-formatplaintext, xml
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License: DFSG free
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Questo pacchetto include varie utilità distribuite con l'SDK C NCBI, inclusi gli strumenti di sviluppo asntool e errhdr (prima in libncbi6-dev). Nessuno dei programmi in questo pacchetto richiede X, si possono trovare le utilità basate su X nel pacchetto ncbi-tools-x11. BLAST e gli strumenti correlati provengono ora da codice sorgente separato, corrispondente ai pacchetti ncbi-blast+ e ncbi-blast+-legacy.

The package is enhanced by the following packages: mcl
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Ncoils
predizione della struttura secondaria di una spirale superavvolta
Versions of package ncoils
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2002-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy2002-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie2002-4amd64,armel,armhf,i386
stretch2002-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2002-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2002-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2002-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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Il programma predice la struttura secondaria di una spirale superavvolta da sequenze proteiche. L'algoritmo è stato pubblicato in Lupas, van Dyke & Stock, Predicting coiled coils from protein sequences, Science, 252, 1162-1164, 1991.

Please cite: Andrei Lupas, Marc Van Dyke and Jeff Stock: Predicting coiled coils from protein sequences. (PubMed) Science 252:1162-1164 (1991)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Neobio
calcola allineamenti di sequenze di nucleotidi e aminoacidi
Versions of package neobio
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.0.20030929-6all
wheezy0.0.20030929-1all
wheezy-security0.0.20030929-1+deb7u2all
jessie0.0.20030929-1.1all
stretch0.0.20030929-2all
buster0.0.20030929-4all
sid0.0.20030929-6all
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Liberia e interfaccia utente grafica per allineamenti di coppie di sequenze. Implementazione dei metodi di programmazione dinamica di Needleman & Wunsch (allineamento globale) e Smith & Waterman (allineamento locale).

Please cite: Maxime Crochemore, Gad M. Landau and Michal Ziv-Ukelson: A sub-quadratic sequence alignment algorithm for unrestricted cost matrices. :679-688 (2002)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package neobio
Paraclu
raggruppamento in cluster parametrico di caratteristiche genomiche e transcrittomiche
Versions of package paraclu
ReleaseVersionArchitectures
sid9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster9-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie9-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye9-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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paraclu trova i cluster in dati associati a sequenze. È stato per la prima volta applicato ai conteggi degli inizi di trascrizione in sequenze genomiche, ma può essere applicato anche ad altre cose.

paraclu è pensato per esplorare i dati, imporre assunti a priori minimi e permettere ai dati di parlare da soli.

Una conseguenza di tutto ciò è che paraclu può trovare cluster all'interno di cluster. I dati reali a volte mostrano raggruppamenti in cluster a più livelli: possono esserci grandi cluster poco addensati e all'interno di ognuno di essi possono esserci piccoli cluster molto addensati.

Please cite: Martin C. Frith, Eivind Valen, Anders Krogh, Yoshihide Hayashizaki, Piero Carninci and Albin Sandelin: A code for transcription initiation in mammalian genomes. (eprint) Genome Research 18(1):1-12 (2008)
Registry entries: OMICtools 
Parsinsert
INSERimenTo PARSimonioso di sequenze non classificate in alberi filogenetici
Versions of package parsinsert
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.04-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.04-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.04-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.04-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.04-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 1 users (1 upd.)*
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ParsInsert produce in modo efficiente tanto un albero filogenetico quanto una classificazione tassonomica di sequenze nell'analisi di sequenze di comunità microbiche. È un'implementazione C++ dell'algoritmo "Parsimonious Insertion".

The package is enhanced by the following packages: parsinsert-testdata
Registry entries: OMICtools 
Pdb2pqr
preparazione di strutture di proteine per calcoli elettrostatici
Versions of package pdb2pqr
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.9.0+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.8-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch2.1.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.1.1+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.1+dfsg-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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PDB2PQR è un pacchetto software Python che automatizza molti dei compiti comuni nella preparazione di strutture per calcoli elettrostatici in continuo. Per questo fornisce un'utilità indipendente dalla piattaforma per convertire file di proteine in formato PDB al formato PQR. Questi compiti includono:

  • aggiungere un numero limitato di atomi pesanti mancanti a strutture biomolecolari;
  • determinare i pKa di catene laterali;
  • posizionare idrogeni mancanti;
  • ottimizzare la proteina per legami idrogeno favorevoli;
  • assegnare parametri di carica e raggio da una varietà di campi di forza.

Questo pacchetto include anche PropKa, uno strumento per modificare lo stato di protonazione di strutture proteiche nel formato PDB (Protein Data Bank) per corrispondere ad un determinato valore di pKa. Può anche essere usato per rifinire strutture NMR che spesso hanno valori di pKa inaccurati per alcuni residui.

Please cite: Todd J Dolinsky, Paul Czodrowski, Hui Li, Jens E Nielsen, Jan H Jensen, Gerhard Klebe and Nathan A Baker: PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 35:W522-5 (2007)
Registry entries: OMICtools 
Perm
mappatura efficiente di letture brevi con semi spaziati periodicamente
Versions of package perm
ReleaseVersionArchitectures
buster0.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4.0-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.4.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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PerM è un pacchetto software che è stato progettato per eseguire allineamenti a livello di genoma estremamente efficienti per centinaia di milioni di letture brevi prodotte da piattaforme di sequenziamento ABI SOLiD e Illumina. Attualmente PerM è in grado di fornire sensibilità totale per allineamenti con fino a 4 non corrispondenze per letture SOLiD di 50 pb e 9 non corrispondenze per letture Illumina di 100 pb.

Please cite: Yangho Chen, Tade Souaiaia and Ting Chen: PerM: efficient mapping of short sequencing reads with periodic full sensitive spaced seeds. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(19):2514-21 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Phyml
stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza
Versions of package phyml
ReleaseVersionArchitectures
wheezy20110919-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze20100123-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie20120412-2amd64,armel,armhf,i386
stretch3.2.0+dfsg-7amd64,arm64,armhf,i386
sid3.3.20200621-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.3.20200621-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.3.20180621-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package phyml:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-withbiological-sequence
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PhyML è un software che stima alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza a partire da allineamenti nucleotidici o di sequenze aminoacidiche. Fornisce una vasta gamma di opzioni che sono state progettate per facilitare le analisi filogenetiche standard. Il punto di forza di PhyML è nel gran numero di modelli di sostituzione associati a varie opzioni per cercare nello spazio delle topologie degli alberi filogenetici, a partire da metodi molto veloci ed efficienti, fino ad arrivare ad approcci più lenti ma generalmente più accurati. Implementa anche due metodi per valutare la forza dei rami in una solida infrastruttura statistica (il metodo bootstrap non parametrico e il test di verosimiglianza approssimata).

PhyML è stato progettato per elaborare insiemi di dati di dimensioni medie * grandi. In teoria, possono essere analizzati allineamenti con fino a 4.000 sequenze di 2.000.000 di caratteri. In pratica, tuttavia, la quantità di memoria necessaria per elaborare un insieme di dati è proporzionale al numero delle sequenze moltiplicato per la loro lunghezza. Perciò si possono elaborare un gran numero di sequenze solo se esse sono corte. Inoltre PhyML può gestire lunghe sequenze a patto che non siano numerose. Con la maggior parte dei personal computer standard, si può stare tranquilli con circa da 3 a 500 sequenze più corte di 2.000 caratteri.

Questo pacchetto include anche PhyTime.

Please cite: Stéphane Guindon: Bayesian estimation of divergence times from large sequence alignments. (PubMed,eprint) Molecular Biology and Evolution 27(8):1768-81 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package phyml
Phyutility
semplici analisi o modifica di alberi filogenetici e matrici di dati
Versions of package phyutility
ReleaseVersionArchitectures
sid2.7.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.7.3-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.7.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.7.3+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.7.3+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Phyutility (pronuncia faiutiliti) è un programma a riga di comando che effettua semplici analisi o modifiche sia su alberi sia su matrici di dati.

Attualmente effettua le seguenti funzioni (per suggerire un'altra funzionalità segnalare un problema ("Issue") e usare l'etichetta "Type-Enhancement"):

Alberi

  • cambiamento della radice
  • potatura
  • conversione di tipo
  • consenso
  • stabilità delle foglie
  • movimento del lineage
  • gestione di alberi

Matrici di dati

  • allineamenti concatenati
  • analisi di banche genomiche
  • allineamenti di trimming
  • ricerche NCBI
  • recupero di NCBI
Please cite: Stephen A. Smith and Casey W. Dunn: Phyutility: a phyloinformatics utility for trees, alignments, and molecular data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 24(5):715-716 (2008)
Registry entries: OMICtools 
Picard-tools
strumenti a riga di comando per manipolare file SAM e BAM
Versions of package picard-tools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.24.1+dfsg-1all
sid2.24.1+dfsg-1all
stretch2.8.1+dfsg-1all
wheezy1.46-1all
jessie1.113-1all
buster2.18.25+dfsg-2amd64
squeeze1.27-1all
upstream2.25.5
Popcon: 9 users (2 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
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Il formato SAM (Sequence Alignment/Map, allineamento/mappa di sequenza) è un formato generico per memorizzare grandi allineamenti di sequenze nucleotidiche. In Picard Tools sono incluse le seguenti utilità per manipolare file SAM e BAM:

 AddCommentsToBam                  FifoBuffer
 AddOrReplaceReadGroups            FilterSamReads
 BaitDesigner                      FilterVcf
 BamIndexStats                     FixMateInformation
 BamToBfq                          GatherBamFiles
 BedToIntervalList                 GatherVcfs
 BuildBamIndex                     GenotypeConcordance
 CalculateHsMetrics                IlluminaBasecallsToFastq
 CalculateReadGroupChecksum        IlluminaBasecallsToSam
 CheckIlluminaDirectory            LiftOverIntervalList
 CheckTerminatorBlock              LiftoverVcf
 CleanSam                          MakeSitesOnlyVcf
 CollectAlignmentSummaryMetrics    MarkDuplicates
 CollectBaseDistributionByCycle    MarkDuplicatesWithMateCigar
 CollectGcBiasMetrics              MarkIlluminaAdapters
 CollectHiSeqXPfFailMetrics        MeanQualityByCycle
 CollectIlluminaBasecallingMetrics MergeBamAlignment
 CollectIlluminaLaneMetrics        MergeSamFiles
 CollectInsertSizeMetrics          MergeVcfs
 CollectJumpingLibraryMetrics      NormalizeFasta
 CollectMultipleMetrics            PositionBasedDownsampleSam
 CollectOxoGMetrics                QualityScoreDistribution
 CollectQualityYieldMetrics        RenameSampleInVcf
 CollectRawWgsMetrics              ReorderSam
 CollectRnaSeqMetrics              ReplaceSamHeader
 CollectRrbsMetrics                RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar
 CollectSequencingArtifactMetrics  RevertSam
 CollectTargetedPcrMetrics         SamFormatConverter
 CollectVariantCallingMetrics      SamToFastq
 CollectWgsMetrics                 ScatterIntervalsByNs
 CompareMetrics                    SortSam
 CompareSAMs                       SortVcf
 ConvertSequencingArtifactToOxoG   SplitSamByLibrary
 CreateSequenceDictionary          SplitVcfs
 DownsampleSam                     UpdateVcfSequenceDictionary
 EstimateLibraryComplexity         ValidateSamFile
 ExtractIlluminaBarcodes           VcfFormatConverter
 ExtractSequences                  VcfToIntervalList
 FastqToSam                        ViewSam
The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Picard toolkit. Broad Institute, GitHub repository (2019)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequencing; Document, record and content management
Plink
insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Versions of package plink
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.07-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.07+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.07+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.07+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.07-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.07-3amd64,armel,armhf,i386
squeeze1.07-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package plink:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
Popcon: 9 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

plink si aspetta in input i dati da chip SNP (polimorfismi a singolo nucleotide) di molti individui e la loro descrizione fenotipica di una malattia. Trova associazioni tra una variazione singola o una coppia di variazioni nel DNA con un fenotipo e può recuperare le annotazioni SNP da una fonte in linea.

Gli SNP possono essere analizzati individualmente o a coppie per valutare la loro associazione con fenotipi di malattie. È possibile ricercare congiuntamente variazioni nel numero di copie. Sono stati implementati svariati test statistici.

Notare che l'eseguibile è stato rinominato in plink1 per una collisione di nomi. Ulteriori informazioni su questo possono essere lette in /usr/share/doc/plink/README.Debian .

Please cite: Shaun Purcell, Benjamin Neale, Kathe Todd-Brown, Lori Thomas, Manuel A. R. Ferreira, David Bender, Julian Maller, Pamela Sklar, Paul I. W. de Bakker, Mark J. Daly and Pak C. Sham: PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis. (PubMed) American Journal of Human Genetics 81(3):559-75 (2007)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Plink1.9
insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Versions of package plink1.9
ReleaseVersionArchitectures
buster1.90~b6.6-181012-1amd64,armel,armhf,i386,mipsel
stretch1.90~b3.45-170113-1amd64,armel,armhf,i386,mipsel
sid1.90~b6.21-201019-1amd64,armel,armhf,i386,mipsel
bullseye1.90~b6.21-201019-1amd64,armel,armhf,i386,mipsel
Popcon: 4 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

plink si aspetta in input i dati da chip SNP (polimorfismi a singolo nucleotide) di molti individui e la loro descrizione fenotipica di una malattia. Trova associazioni tra una variazione singola o una coppia di variazioni nel DNA con un fenotipo e può recuperare le annotazioni SNP da una fonte in linea.

Gli SNP possono essere analizzati individualmente o a coppie per valutare la loro associazione con fenotipi di malattie. È possibile ricercare congiuntamente variazioni nel numero di copie. Sono stati implementati svariati test statistici.

plink1.9 è un esteso aggiornamento di plink con nuovi algoritmi e nuovi metodi, più veloce e con meno consumo di memoria rispetto al primo plink.

Notare che l'eseguibile è stato rinominato in plink1.9 per una collisione di nomi. Ulteriori informazioni su questo possono essere lette in /usr/share/doc/plink1.9/README.Debian.

Please cite: Christopher C. Chang, Carson C. Chow, Laurent C.A.M. Tellier, Shashaank Vattikuti, Shaun M. Purcell and James J. Lee: Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets. (eprint) GigaScience 4(1):7 (2015)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Plink2
insieme di strumenti di analisi per associazione dell'intero genoma
Versions of package plink2
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.00~a3-210203+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.00~a3-210203+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2.00~a3-210525
Popcon: 0 users (2 upd.)*
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License: DFSG free
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plink si aspetta in input i dati da chip SNP (polimorfismi a singolo nucleotide) di molti individui e la loro descrizione fenotipica di una malattia. Trova associazioni tra una variazione singola o una coppia di variazioni nel DNA con un fenotipo e può recuperare le annotazioni SNP da una fonte in linea.

Gli SNP possono essere analizzati individualmente o a coppie per valutare la loro associazione con fenotipi di malattie. È possibile ricercare congiuntamente variazioni nel numero di copie. Sono stati implementati svariati test statistici.

plink2 è un aggiornamento esaustivo di plink e plink1.9 con nuovi algoritmi e nuovi metodi, più veloce e con meno consumo di memoria rispetto al primo plink.

Please cite: Christopher C. Chang, Carson C. Chow, Laurent C.A.M. Tellier, Shashaank Vattikuti, Shaun M. Purcell and James J. Lee: Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets. (eprint) GigaScience 4(1):7 (2015)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
Poa
Partial Order Alignment per allineamenti multipli di sequenza
Versions of package poa
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.0+20060928-3amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0+20060928-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.0+20060928-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye2.0+20060928-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.0+20060928-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.0+20060928-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.0+20060928-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package poa:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
works-with-formatplaintext
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License: DFSG free
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POA è Partial Order Alignment, un programma veloce per MSA (allineamenti multipli di sequenza) in campo bioinformatico. I suoi vantaggi sono velocità, scalabilità, sensibilità e una capacità superiore di gestire ramificazioni e inserzioni/delezioni nell'allineamento. POA è un approccio a MSA che può essere combinato con metodi esistenti come l'allineamento progressivo. POA allinea in maniera ottimale una coppia di MSA e ciò può essere successivamente applicato direttamente a metodi di allineamento progressivo come CLUSTAL. Per allineamenti grandi, Progressive POA è 10-30 volte più veloce di CLUSTALW.

Registry entries: OMICtools  Bioconda 
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Prank
kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
Versions of package prank
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.0.170427+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.0.140110-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.0.170427+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.0.170427+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.0.150803-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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PRANK è un programma per allineamenti multipli probabilistici per sequenze di DNA, codoni e amminoacidi. È basato su un algoritmo innovativo che tratta le inserzioni correttamente e evita di sovrastimare il numero degli eventi di delezione. In aggiunta PRANK prende a prestito idee dai metodi di massima verosimiglianza usati in filogenetica e prende in considerazione correttamente le distanze evolutive tra le sequenze. Da ultimo, PRANK permette di definire una struttura potenziale per le sequenze da allineare e poi, contemporaneamente all'allineamento, predice le posizioni delle unità strutturali nelle sequenze.

PRANK è un programma a riga di comando per ambienti in stile UNIX, ma lo stesso motore di allineamento delle sequenze è implementato nel programma grafico PRANKSTER. In aggiunta a fornire un'interfaccia facile da usare per coloro che non hanno familiarità con i sistemi Unix, PRANKSTER è un navigatore di allineamenti per gli allineamenti salvati in formato HSAML. Il nuovo formato permette di memorizzare tutte le informazioni generate dallo strumento di allineamento e il navigatore di allineamenti è un modo comodo per analizzare e manipolare i dati.

PRANK mira ad un allineamento di sequenze corretto dal punto di vista evolutivo e spesso il risultato è diverso da quelli generati con altri metodi di allineamento. Ci sono, tuttavia, casi in cui l'aspetto diverso è causato da violazioni degli assunti del metodo. Per capire perché le cose possono andare storto e come evitarlo, leggere la spiegazione delle differenze tra PRANK e i metodi tradizionali di allineamento progressivo.

Please cite: Ari Löztznoja: Phylogeny-aware alignment with PRANK. (PubMed) Methods Mol. Biol. 1079:155-170 (2014)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package prank
Prime-phylo
stima bayesiana di alberi genetici che tiene in considerazione l'albero delle specie
Versions of package prime-phylo
ReleaseVersionArchitectures
buster1.0.11-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.11-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0.11-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.11-2amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0.11-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) è un pacchetto che permette l'inferenza di parametri evoluzionistici in un'infrastruttura bayesiana usando simulazioni con catene di Markov Monte Carlo. Una caratteristica distintiva di PrIME è che l'albero delle specie viene tenuto in considerazione quando vengono analizzati gli alberi genetici.

I dati di input di PrIME è un allineamento di sequenze multiple in formato FASTA e i dati di output contengono alberi in formato Newick.

Please cite: Ö. Åkerborg, B. Sennblad, L. Arvestad and J. Lagergren: Simultaneous Bayesian gene tree reconstruction and reconciliation analysis. (PubMed,eprint) Proceedings of the National Academy of Sciences 106(14):5714-5719 (2009)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Primer3
strumento per progettare oligonucleotidi fiancheggianti per amplificazione di DNA
Versions of package primer3
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.2.3-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze1.1.4-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.3.6-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.3.7-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package primer3:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
works-with-formatplaintext
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Primer3 sceglie primer per PCR (Polymerase Chain Reaction, reazione a catena della polimerasi), valutando come criteri la temperatura di fusione, la dimensione, il contenuto in GC e le possibilità di formazione di primer-dimer dell'oligonucleotide, la dimensione del prodotto della PCR, limiti posizionali all'interno della sequenza sorgente e vari altri fattori limitanti. Tutti questi criteri sono specificabili dall'utente come limitazioni ed alcuni sono specificabili come termini in una funzione obiettivo che caratterizzi una coppia di primer ottimale.

Please cite: Steve Rozen and Helen J. Skaletsky: Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. (PubMed,eprint) Methods Mol Biol. 132(3):365-86 (2000)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package primer3
Probabel
insieme di strumenti per analisi di associazione a livello di genoma
Versions of package probabel
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.4.3-2amd64,armel,armhf,i386
buster0.5.0+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.5.0+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.5.0+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.4.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
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Il pacchetto ProbABEL fa parte del progetto GenABEL per l'analisi di dati a livello di genoma. ProbABEL viene usato per eseguire GWAS. Usando file in formato filevector/DatABEL è anche possibile eseguire GWAS su computer con solo pochi GB di RAM.

The package is enhanced by the following packages: probabel-examples
Please cite: Yurii S Aulchenko, Maksim V Struchalin and Cornelia M van Duijn: ProbABEL package for genome-wide association analysis of imputed data.. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 11:134 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Probcons
allineamenti multipli di sequenze probabilistici basati sulla coerenza
Versions of package probcons
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.12-4amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.12-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.12-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.12-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.12-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.12-9amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.12-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package probcons:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
works-with-formatplaintext
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Strumento per generare allineamenti multipli di sequenze proteiche che usa una combinazione di modelli probabilistici e di tecniche di allineamento basate sulla coerenza. PROBCONS ha ottenuto dei livelli di accuratezza più alti di tutti i metodi di allineamento usati fino ad oggi. Nei test con il database degli allineamenti di riferimento BAliBASE, gli allineamenti prodotti con PROBCONS mostrano un significativo miglioramento rispetto ai programmi attuali poiché contengono in media il 7% in più di colonne correttamente allineate rispetto a T-Coffee, l'11% in più rispetto a CLUSTAL W ed il 14% in più rispetto a DIALIGN.

Please cite: Chuong B. Do, Mahathi S.P. Mahabhashyam, Michael Brudno and Serafim Batzoglou: ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment. (PubMed,eprint) Genome Research 15(2):330-340 (2005)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package probcons
Proda
allineamento multiplo di sequenze proteiche
Versions of package proda
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.0-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0-7amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.0-8amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.0-8amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster1.0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package proda:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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ProDA è un sistema per il rilevamento automatico e l'allineamento di regioni omologhe in insiemi di proteine con architetture di dominio arbitrarie. Dato un insieme di sequenze non allineate, ProDA identifica tutte le regioni omologhe che appaiono in una o più sequenze, e restituisce un insieme di allineamenti multipli locali per queste regioni.

Please cite: Tu Minh Phuong, Chuong B. Do, Robert C. Edgar and Serafim Batzoglou: Multiple alignment of protein sequences with repeats and rearrangements. (PubMed,eprint) Nucl. Acids Res. 34(20):5932-5942 (2006)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package proda
Prodigal
programma per trovare geni microbici (di batteri e archeobatteri)
Versions of package prodigal
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.6.1-1amd64,armel,i386
stretch2.6.3-1amd64,arm64,armel,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.6.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.6.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.6.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 3 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
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Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) è un programma per trovare geni microbici (di batteri e archeobatteri) sviluppato all'Oak Ridge National Laboratory dell'University of Tennessee. Le funzionalità principali di Prodigal includono:

Velocità: Prodigal è uno strumento estremamente veloce per il riconoscimento di geni (scritto in C molto standard). Può analizzare un intero genoma microbico in 30 secondi o meno.

Accuratezza: Prodigal trova geni in modo altamente accurato. Localizza correttamente il terminale 3' di ogni gene nell'insieme dei dati Ecogene sperimentalmente verificato (tranne quelli che contengono introni). Possiede un sistema molto sofisticato di punteggi per i siti di legame con ribosomi che gli permette di localizzare il sito di inizio della traduzione con grande accuratezza (il 96% dei terminali 5' nell'insieme di dati Ecogene è correttamente localizzato).

Specificità: Il confronto di Prodigal con altri programmi di identificazione di geni è buono per ciò che riguarda il tasso di falsi positivi di Prodigal che di solito è inferiore al 5%.

Insensibile al contenuto di GC: Prodigal dà buoni risultati anche in genomi con alto contenuto di GC, con più del 90% di corrispondenza perfetta (5'+3') rispetto alle annotazioni riviste di Pseudomonas aeruginosa.

Versione metagenomica: Prodigal può essere eseguito in modalità metagenomica e analizzare sequenze anche quando l'organismo è sconosciuto.

Facilità d'uso: Progigal può essere eseguito in un unico passaggio su un'unica sequenza genomica oppure su una bozza di genoma contenente molte sequenze. Non è necessario fornirgli alcuna conoscenza sull'organismo dato che apprende da solo tutte le proprietà di cui ha bisogno.

Please cite: Doug Hyatt, Gwo-Liang Chen, Philip F. Locascio, Miriam L. Land, Frank W. Larimer and Loren J. Hauser: Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 11:119 (2010)
Registry entries: SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Python3-biomaj3-cli
client BioMAJ
Versions of package python3-biomaj3-cli
ReleaseVersionArchitectures
sid3.1.11-1all
buster3.1.10-1all
bullseye3.1.11-1all
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BioMAJ scarica banche dati remote, controlla il loro stato e applica i flussi di lavoro di trasformazione, con stato coerente, per fornire dati pronti all'uso ai biologi e bioinformatici. Per esempio, può trasformare file FASTA in indici BLAST. È molto flessibile e le sue funzionalità di post-elaborazione possono essere estese molto facilmente.

BioMAJ3 è una riscrittura della versione 1.x di BioMAJ; si veda la documentazione online per la migrazione.

Questo pacchetto contiene il client per eseguire BioMAJ3 o comunicare con il processo demone di BioMAJ (python3-biomaj3-daemon) in caso di configurazione per microservizio.

Python3-biopython
libreria Python 3 per bioinformatica
Versions of package python3-biopython
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.78+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.64+dfsg-5amd64,armel,armhf,i386
stretch1.68+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.73+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.78+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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License: DFSG free
Git

Il progetto Biopython è un'associazione internazionale di sviluppatori di strumenti Python disponibili liberamente per i calcoli biologici molecolari.

È uno sforzo collaborativo distribuito per sviluppare librerie e applicazioni Python 3 che si rivolgono verso i bisogni dei lavori in bioinformatica attuali e futuri. Il codice sorgente è reso disponibile sotto la licenza Biopython, che è estremamente liberale e compatibile con pressoché qualsiasi licenza esistente. Il progetto lavora accanto alla Open Bioinformatics Foundation, che generosamente fornisce lo spazio web e CVS per il progetto.

Please cite: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski and Michiel J. L. de Hoon: Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(11):1422-1423 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Python3-cogent3
infrastruttura per biologia genomica
Versions of package python3-cogent3
ReleaseVersionArchitectures
sid2020.12.21a+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.12.21a+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyCogent è una libreria software per la biologia genomica. È un'infrastruttura completamente integrata e accuratamente testata per:

  • controllare applicazioni di terze parti;
  • ideare flussi di lavoro; interrogare database;
  • condurre analisi probabilistiche innovative dell'evoluzione di sequenze biologiche;
  • generare grafici di qualità adatta per la pubblicazione. Si distingue per le molte funzionalità interne uniche (come un vero allineamento dei codoni) e l'aggiunta frequente di metodi completamente nuovi per l'analisi di dati genomici.
Please cite: Rob Knight, Peter Maxwell, Amanda Birmingham, Jason Carnes, J Gregory Caporaso, Brett C Easton, Michael Eaton, Micah Hamady, Helen Lindsay, Zongzhi Liu, Catherine Lozupone, Daniel McDonald, Michael Robeson, Raymond Sammut, Sandra Smit, Matthew J Wakefield, Jeremy Widmann, Shandy Wikman, Stephanie Wilson, Hua Ying and Gavin A Huttley: PyCogent: a toolkit for making sense from sequence. (PubMed,eprint) Genome Biology 8(8):R171 (2007)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Qiime
Quantitative Insights Into Microbial Ecology
Versions of package qiime
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.4.0-2amd64,armel,armhf,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye2020.11.1-1all
sid2020.11.1-1all
jessie1.8.0+dfsg-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package qiime:
roleprogram
Popcon: 1 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

QIIME 2 è un pacchetto per analisi del microbioma potente, estensibile e decentralizzato con attenzione a trasparenza di analisi e dati. QIIME2 permette ai ricercatori di iniziare un'analisi con dati di sequenze di DNA grezze e finire con figure di qualità di pubblicazione e risultati statistici. Caratteristiche principali:

  • tracciamento integrato e automatico della provenienza dei dati;
  • sistema di tipi semantici;
  • sistema a plugin per estendere le funzionalità di analisi del microbioma;
  • gestione per più tipi di interfacce utente (es. API, riga di comando, grafica).

QIIME 2 è un completo rifacimento e riscrittura della catena di analisi di microbioma QIIME 1. QIIME 2 risolve molte delle limitazioni di QIIME 1 mantenendo al contempo le funzionalità che fanno di QIIME 1 una catena di analisi potente e ampiamente utilizzata.

QIIME 2 attualmente gestisce una catena di elaborazione iniziale end-to-end per analisi del microbioma. Nuove funzionalità diventeranno regolarmente disponibili attraverso plugin per QIIME 2. Si può vedere un elenco dei plugin attualmente disponibili sulla pagina dei plugin disponibili di QIIME 2. La pagina dei plugin futuri elenca i plugin che sono in fase di sviluppo.

Please cite: Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R Dillon, Nicholas A Bokulich, Christian Abnet, Gabriel A Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J Brislawn, C Titus Brown, Benjamin J Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily Cope, Ricardo Da Silva, Pieter C Dorrestein, Gavin M Douglas, Daniel M Durall, Claire Duvallet, Christian F Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M Gauglitz, Deanna L Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin Huttley, Stefan Janssen, Alan K Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R Keefe, Paul Keim, Scott T Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan GI Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D Martin, Daniel McDonald, Lauren J McIver, Alexey V Melnik, Jessica L Metcalf, Sydney C Morgan, Jamie Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B Orchanian, Talima Pearson, Samuel L Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R Spear, Austin D Swafford, Luke R Thompson, Pedro J Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin JJ van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C Weber, Chase HD Williamson, Amy D Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight and J Gregory Caporaso: Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. (PubMed,eprint) Nature Biotechnology 37:852 - 857 (2019)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Topics: Microbial ecology
R-bioc-edger
analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R
Versions of package r-bioc-edger
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.14.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.6.1~dfsg-1all
bullseye3.32.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.32.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.8.2+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
upstream3.34.0
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Il pacchetto bioconductor per analisi dell'espressione differenziale di sequenziamenti di trascrittoma completo (sequenziamento di RNA) e profili digitali di espressione genica con replicazione biologica. Usa stimatori bayesiani empirici e test esatti basati sulla distribuzione binomiale negativa. È anche utile per analisi di segnali differenziali con altri tipi di dati di conteggio a livello di genoma.

Please cite: Mark D. Robinson, Davis J. McCarthy and Gordon K. Smyth: edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. (PubMed,eprint) Bioinformatics 26,:139-140 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
R-bioc-hilbertvis
pacchetto GNU R per visualizzare dati vettoriali lunghi
Versions of package r-bioc-hilbertvis
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.14.0-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.32.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.48.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.48.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.5.0-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie1.24.0-1amd64,armel,armhf,i386
buster1.40.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.50.0
Debtags of package r-bioc-hilbertvis:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
useanalysing
Popcon: 11 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo strumento permette la visualizzazione di vettori di dati molto lunghi in una maniera efficiente dal punto di vista dello spazio occupato, organizzandoli su una curva di Hilbert in due dimensioni. In seguito l'utente può giudicare visivamente la struttura e la distribuzione generali delle caratteristiche contemporaneamente alla forma e intensità approssimate delle singole caratteristiche.

In bioinformatica un caso d'uso tipico è ChIP-Chip e ChIP-Seq o praticamente tutti i generi di dati genomici, che sono convenzionalmente visualizzati come tracciato quantitativo ("wiggle data") in navigatori per genoma come quelli forniti da Ensembl o UCSC.

Please cite: Simon Anders: Visualization of genomic data with the Hilbert curve. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(10):1231-1235 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
R-cran-pvclust
cluster gerarchici con p-value attraverso metodo bootstrap multiscala
Versions of package r-cran-pvclust
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.2-2-1all
jessie1.3-0-1all
bullseye2.2-0-2all
buster2.0-0-4all
stretch2.0-0-1all
sid2.2-0-2all
Popcon: 19 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

pvclust è un pacchetto per valutare il grado di incertezza in analisi di cluster gerarchici. Fornisce p-value AU (Approximately Unbiased), oltre a valori BP (probabilità bootstrap) calcolati mediante ricampionamento bootstrap multiscala.

Please cite: Ryota Suzuki and Hidetoshi Shimodaira: Pvclust: an R package for assessing the uncertainty in hierarchical clustering. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(12):1540-1542 (2006)
Registry entries: OMICtools 
R-cran-qtl
pacchetto GNU R per analisi di linkage dei marcatori genetici
Versions of package r-cran-qtl
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.23-16-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.33-7-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.40-8-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.44-9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.47-9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.47-9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.16-6-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
upstream1.48-1
Debtags of package r-cran-qtl:
devellang:r, library
fieldbiology, statistics
roleapp-data
suitegnu
Popcon: 23 users (6 upd.)*
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License: DFSG free
Git

R/qtl è un ambiente estensibile e interattivo per mappare loci per tratti quantitativi (QTL) in incroci sperimentali. È implementato come un pacchetto aggiuntivo per il linguaggio/software statistico R che è liberamente disponibile e largamente usato (vedere http://www.r-project.org).

Lo sviluppo di questo software come componente aggiuntivo per R permette di sfruttare le funzioni matematiche e statistiche di base e le potenti capacità di creazione di grafici che sono fornite con R. Inoltre l'utente trae beneficio dall'integrazione perfetta del software di mappatura QTL in un programma di analisi statistica generica. Lo scopo è di rendere i complessi metodi di mappatura QTL disponibili ad una vasta utenza e di permettere agli utenti di concentrarsi sulla creazione dei modelli piuttosto che sul calcolo.

Un componente chiave dei metodi di calcolo per la mappatura QTL è la tecnologia dei modelli di Markov nascosti (HMM) per gestire dati genotipici mancanti. Sono stati implementati i principali algoritmi HMM con gestione della presenza di errori nel genotipo, per reincroci, interincroci e incroci a quattro vie con fase nota.

La versione attuale di R/qtl include funzionalità per stimare mappe genetiche, identificare errori nel genotipo ed effettuare scansioni del genoma per QTL singoli e scansioni del genoma bidimensionali per due QTL, usando mappature di intervalli (con l'algoritmo EM), regressione di Haley-Knott e imputazione multipla. Tutto questo può essere fatto in presenza di covariate (come sesso, età o trattamento). È anche possibile adattare modelli QTL di ordine più alto usando l'imputazione multipla.

Please cite: Karl W. Broman, Hao Wu, Saunak Sen and Gary A. Churchill: R/qtl: QTL mapping in experimental crosses. (PubMed,eprint) Bioinformatics 19:889-890 (2003)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
R-cran-vegan
pacchetto per ecologia delle comunità per R
Versions of package r-cran-vegan
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4-2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0-10-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.0-3-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
buster2.5-4+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5-7+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5-7+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 32 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pacchetto R per i ricercatori nel campo dell'ecologia delle comunità. Contiene la maggior parte delle analisi multivariate necessarie per analizzare comunità ecologiche, e strumenti per analisi della diversità. La maggior parte dei metodi delle diversità hanno come assunto che i dati siano conteggi di individui.

Questi strumenti sono a volte usati al di fuori del campo dell'ecologia, ad esempio per studiare popolazioni di globuli bianchi o di molecole di RNA.

Registry entries: SciCrunch  OMICtools 
R-other-mott-happy.hbrem
pacchetto GNU R per mappatura fine di malattie complesse
Versions of package r-other-mott-happy.hbrem
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.4-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 9 users (3 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Happy è un'interfaccia R al pacchetto C HAPPY per la mappatura fine di QTL (Quantitative Trait Loci) in HS (Heterogenous Stocks). Un HS è un incrocio avanzato all'interno di (solitamente otto) ceppi inbred fondatori di topi. Gli HS sono adatti per la mappatura fine di QTL. Usa un'analisi multipunto che offre miglioramenti significativi della potenza statistica nel rilevamento di QTL rispetto a quello ottenuto da associazioni a singolo marker.

Il pacchetto happy è un'estensione del programma C happy originale; usa il codice C per calcolare la probabilità di discendenza da ciascuno dei fondatori per ogni posizione di locus, ma il pacchetto happy permette una gamma molto più ricca di modelli con cui fare il fit dei dati.

Per una spiegazione più dettagliata leggere /usr/share/doc/r-other-mott-happy/README.Debian

Please cite: Richard Mott, Christopher J. Talbot, Maria G. Turri, Allan C. Collins and Jonathan Flint: A method for fine mapping quantitative trait loci in outbred animal stocks. (PubMed,eprint) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97(23):12649-12654 (2000)
Registry entries: SciCrunch 
Raster3d
strumenti per generare immagini di proteine o di altre molecole
Versions of package raster3d
ReleaseVersionArchitectures
squeeze2.9-1-1 (non-free)amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.0-7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0-3-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0-3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.0-3-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy3.0-2-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid3.0-7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package raster3d:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeapplication
useconverting, viewing
works-with3dmodel, image, image:raster
works-with-formatjpg, png
Popcon: 11 users (15 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Raster3D è un insieme di strumenti per generare immagini raster di alta qualità di proteine o di altre molecole. Il programma principale fa il rendering di superfici di sfere, triangoli, cilindri e quadriche con punti luce riflessi, Phong shading e ombreggiature. Usa un algoritmo Z-buffer software efficiente che è indipendente da ogni hardware grafico. Programmi ausiliari elaborano coordinate atomiche da file PDB in descrizioni di rendering per immagini composte da nastri, atomi che riempono lo spazio, legami, sfere e stecche, ecc. Raster3D può anche essere usato per fare il rendering di immagini composte in altri programmi come Molscript in glorioso 3D con effetto luci, ombreggiatura, ecc. L'output è composto da file di immagini di pixel con 24 bit di informazioni sul colore per pixel.

Please cite: E.A. Merritt and D.J. Bacon: Raster3D Photorealistic Molecular Graphics. (PubMed) Methods in Enzymology 277:505-524 (1997)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Readseq
conversione tra formati di sequenze
Versions of package readseq
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1-9amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1-11amd64,armel,armhf,i386
stretch1-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package readseq:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
works-with-formatplaintext
Popcon: 5 users (2 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Legge e scrive sequenze nucleiche/proteiche in vari formati. I file dati possono avere sequenze multiple. Readseq è particolarmente utile dato che rileva automaticamente e fa conversioni tra molti formati di sequenza.

Please cite: Don Gilbert: Sequence file format conversion with command-line readseq. (PubMed,eprint) Current Protocols in Bioinformatics Appendix 1:E (2003)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Rnahybrid
predizione veloce ed efficace di doppiette microRNA/obiettivo
Versions of package rnahybrid
ReleaseVersionArchitectures
buster2.1.2-5amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.1.2-1amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1.1-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy2.1.1-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.1-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.1.2-6amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-6amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package rnahybrid:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
Popcon: 2 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
Git

RNAhybrid è uno strumento per trovare l'ibridizzazione con minore energia libera di un lungo filamento di RNA con uno corto. L'ibridizzazione viene fatta in una sorta di modalità a domini, cioè la sequenza corta viene ibridizzata con la parte che meglio corrisponde nella sequenza lunga. Lo strumento è pensato principalmente come mezzo per predire le sequenze obiettivo di microRNA.

Please cite: Marc Rehmsmeier, Peter Steffen, Matthias Höchsmann and Robert Giegerich: Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes. (PubMed,eprint) RNA 10(10):1507-1517 (2004)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Rtax
classificazione di letture di sequenze di geni per RNA ribosomiale 16S
Versions of package rtax
ReleaseVersionArchitectures
sid0.984-7all
bullseye0.984-7all
jessie0.984-2all
buster0.984-6all
stretch0.984-5all
Popcon: 1 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Le tecnologie a letture corte per la profilazione di comunità microbiche sono sempre più popolari, eppure le tecniche passate per assegnazioni tassonomiche a letture paired-end hanno prestazioni non buone. RTAX fornisce assegnazioni tassonomiche rapide di letture paired-end che usano un algoritmo di consenso.

Please cite: David A. W. Soergel, Neelendu Dey, Rob Knight and Steven E. Brenner: Selection of primers for optimal taxonomic classification of environmental 16S rRNA gene sequences. (PubMed,eprint) The ISME Journal 6:1440–1444 (2012)
Registry entries: OMICtools 
Samtools
elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
Versions of package samtools
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.1.8-1amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390
buster1.9-4amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.1-3amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
sid1.11-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.11-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.19-1amd64,armhf,i386
wheezy0.1.18-1amd64,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390
upstream1.12
Debtags of package samtools:
fieldbiology
interfacecommandline
networkclient
roleprogram
scopeutility
uitoolkitncurses
useanalysing, calculating, filtering
works-withbiological-sequence
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License: DFSG free
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Samtools è un insieme di utilità che manipolano allineamenti di sequenze di nucleotidi nel formato binario BAM. Importa ed esporta nei formati SAM (Sequence Alignment/Map - allineamento/mappa di sequenze) e CRAM ASCII, effettua ordinamenti, unioni e indicizzazioni e permette di rintracciare letture in qualsiasi regione in modo veloce. È stato progettato per funzionare su flussi di dati ed è in grado di aprire un file BAM o CRAM (non SAM) su un server FTP o HTTP remoto.

The package is enhanced by the following packages: libbio-samtools-perl multiqc
Please cite: Heng Li, Bob Handsaker, Alec Wysoker, Tim Fennell, Jue Ruan, Nils Homer, Gabor Marth, Goncalo Abecasis, Richard Durbin and 1000 Genome Project Data Processing Subgroup: The Sequence Alignment/Map (SAM) Format and SAMtools. (PubMed,eprint) Bioinformatics 25(16):2078-2079 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package samtools
Seqan-apps
libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche
Versions of package seqan-apps
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3.1+dfsg-4amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,s390x
squeeze1.2-1amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.4.0+dfsg-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.0+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.4.1+dfsg-2amd64,armhf,i386
wheezy1.3.1-1amd64,armhf,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x
bullseye2.4.0+dfsg-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package seqan-apps:
devellibrary
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License: DFSG free
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SeqAn è una libreria di template C++ di algoritmi e strutture dati efficienti per l'analisi di sequenze, pensata principalmente per i dati biologici. Questa libreria applica un modello progettuale generico unico che garantisce alte prestazioni, generalità, estensibilità e integrazione con le altre librerie. SeqAn è facile da usare e semplifica lo sviluppo di nuovi strumenti software con minime perdite in termini di prestazioni. Questo pacchetto contiene le applicazioni dfi, pair_align, micro_razers, seqan_tcoffee, seqcons, razers e tree_recon.

Please cite: Andreas Doring, David Weese, Tobias Rausch and Knut Reinert: SeqAn An efficient, generic C++ library for sequence analysis. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 9(1):11 (2008)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Sibsim4
allinea sequenze RNA espresse su un modello DNA
Versions of package sibsim4
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.20-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.20-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.20-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.20-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.20-2amd64,armel,armhf,i386
wheezy0.20-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze0.20-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package sibsim4:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing, searching
works-with-formatplaintext
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Il progetto SIBsim4 si basa su sim4, che è un programma progettato per allineare una sequenza DNA espressa con una sequenza genomica, permettendo la presenza di introni. SIBsim4 è una riscrittura piuttosto estesa del codice originale con in mente i seguenti obiettivi:

  • miglioramento della velocità;
  • possibilità di usare grandi, dell'ordine di cromosomi, sequenze di DNA;
  • output più dettagliato sui tipi di splicing;
  • output più dettagliato sui siti polyA;
  • varie correzioni e ripuliture del codice.
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Sigma-align
semplici allineamenti multipli "greedy" di sequenze di DNA non codificante
Versions of package sigma-align
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1.3-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.1.3-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid1.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.1.3-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.1.3-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch1.1.3-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.1.3-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package sigma-align:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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License: DFSG free
Git

Sigma ("Simple greedy multiple alignment") è un programma per allineamenti. Il suo algoritmo e lo schema dei punteggi sono progettati specificatamente per le sequenze non codificanti di DNA.

Usa una strategia di ricerca del miglior allineamento locale possibile senza gap. Questo succede ad ogni passo creando il miglior allineamento possibile che sia coerente con gli allineamenti esistenti. Assegna un punteggio alla significatività dell'allineamento in base alla lunghezza dei frammenti allineati e ad un modello di fondo. Questi possono essere forniti * stimati da un file ausiliario di DNA intergenico.

Please cite: Siddharthan, Rahul: Sigma: multiple alignment of weakly-conserved non-coding DNA sequence. (PubMed) BMC Bioinformatics 7(1):143 (2006)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Sim4
strumento per allineare cDNA e DNA genomico
Versions of package sim4
ReleaseVersionArchitectures
sid0.0.20121010-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.0.20121010-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.0.20121010-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.0.20121010-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.0.20030921-3amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye0.0.20121010-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.0.20030921-3amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package sim4:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing, searching
works-with-formatplaintext
Popcon: 27 users (9 upd.)*
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License: DFSG free
Git

sim4 è uno strumento che si basa su criteri di somiglianza per allineare sequenze di DNA espresse (EST, cDNA, mRNA) con sequenze genomiche per un gene. Rileva anche le sequenze di fine quando due sequenze si sovrappongono ad una estremità (cioè l'inizio di una sequenza si sovrappone alla fine di un'altra).

sim4 utilizza una tecnica basata su "blast" per determinare dapprima i blocchi di corrispondenza di base che rappresentano i nuclei centrali degli esoni. In questa prima fase, rileva tutte le possibili corrispondenze esatte di N-meri (cioè parole di DNA di dimensione N) tra le due sequenze e le estende a segmenti ininterrotti con il punteggio massimo. Nella seconda fase, i nuclei degli esoni vengono estesi nei frammenti adiacenti ancora senza corrispondenze usando algoritmi di allineamento "greedy" e vengono utilizzati metodi euristici per favorire le configurazioni che sono conformi ai segnali di riconoscimento dei siti di splicing (GT-AG, CT-AC). Se necessario il processo viene ripetuto sui frammenti senza corrispondenze, con parametri meno stringenti.

Please cite: Liliana Florea, George Hartzell, Zheng Zhang, Gerald M. Rubin and Webb Miller: A Computer Program for Aligning a cDNA Sequence with a Genomic DNA Sequence. (PubMed,eprint) Genome Research 8:967-974 (1998)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Smalt
strumento per mappatura e allineamento di sequenze
Versions of package smalt
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.7.6-6amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
buster0.7.6-8amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.7.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.7.6-4amd64,armhf,i386
sid0.7.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SMALT allinea in modo efficiente letture di sequenziamenti di DNA con un genoma di riferimento. Le letture da una vasta gamma di piattaforme di sequenziamento, per esempio Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio o ABI-Sanger, possono essere elaborate incluse letture accoppiate.

Il software utilizza un indice di hash perfetto di brevi parole (lunghezza < 20 nucleotidi), campionate a intervalli equidistanti lungo le sequenze genomiche di riferimento.

Per ogni lettura, i segmenti nel riferimento che potenzialmente corrispondono vengono identificati a partire da corrispondenze con "seed" nell'indice e successivamente vengono allineati con la lettura usando un algoritmo Smith-Waterman a bande.

Vengono riportati i migliori allineamenti con gap di ciascuna lettura, incluso un punteggio per l'affidabilità dell'allineamento migliore. L'utente può regolare il compromesso tra sensibilità e velocità, regolando la lunghezza e la spaziatura fra le parole di cui viene fatto l'hash.

È fornita una modalità per l'identificazione delle letture divise (chimere). È gestita l'esecuzione del programma in modalità multi-thread.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Snap
posizione di geni da sequenze di DNA con modelli di Markov nascosti
Versions of package snap
ReleaseVersionArchitectures
buster2013-11-29-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2013-11-29-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2013-11-29-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye2013-11-29-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2013-11-29-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 251 users (174 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SNAP è un programma generico per trovare geni, per i genomi sia di eucarioti sia di procarioti. SNAP è un acronimo di Semi-HMM-based Nucleic Acid Parser (analizzatore di acidi nucleici semi-basato su modelli semi-markoviani nascosti).

Please cite: Ian Korf: Gene finding in novel Genomes. (PubMed,eprint) BMC Bioinformatics 5:59 (2004)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Screenshots of package snap
Soapdenovo
metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
Versions of package soapdenovo
ReleaseVersionArchitectures
sid1.05-6amd64
buster1.05-5amd64
bullseye1.05-6amd64
stretch1.05-3amd64
jessie1.05-2amd64
Popcon: 1 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
Git

SOAPdenovo è un nuovo metodo per assemblaggio di sequenze corte che può creare una bozza di assemblaggio de novo per genomi di dimensioni come quelle umane. Il programma è specificamente progettato per assemblare sequenze corte Illumina GA.

Crea nuove opportunità per creare sequenze di riferimento ed effettuare analisi accurate di genomi inesplorati in un modo efficiente dal punto di vista dei costi.

Questa versione non è più mantenuta, considerare l'utilizzo di soapdenovo2.

Please cite: Ruiqiang Li, Hongmei Zhu, Jue Ruan, Wubin Qian, Xiaodong Fang, Zhongbin Shi, Yingrui Li, Shengting Li, Gao Shan, Karsten Kristiansen, Songgang Li, Huanming Yang, Jian Wang and Jun Wang: De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing. (PubMed,eprint) Genome Research 20(2):265-72 (2009)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools 
Soapdenovo2
metodo per assemblaggio di letture corte per costruire assemblati bozza de novo
Versions of package soapdenovo2
ReleaseVersionArchitectures
jessie240+dfsg-2amd64
bullseye242+dfsg-1amd64
stretch240+dfsg1-2amd64
buster241+dfsg-3amd64
sid242+dfsg-1amd64
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

SOAPdenovo è un nuovo metodo per assemblaggio di sequenze corte che può creare una bozza di assemblaggio de novo per genomi di dimensioni come quelle umane. Il programma è specificamente progettato per assemblare sequenze corte Illumina GA.

Crea nuove opportunità per creare sequenze di riferimento ed effettuare analisi accurate di genomi inesplorati in un modo efficiente dal punto di vista dei costi.

Please cite: Ruibang Luo, Binghang Liu, Yinlong Xie, Zhenyu Li, Weihua Huang, Jianying Yuan, Guangzhu He, Yanxiang Chen, Qi Pan, Yunjie Liu, Jingbo Tang, Gengxiong Wu, Hao Zhang, Yujian Shi, Yong Liu, Chang Yu, Bo Wang, Yao Lu, Changlei Han, David W Cheung, Siu-Ming Yiu, Shaoliang Peng, Zhu Xiaoqian, Guangming Liu, Xiangke Liao, Yingrui Li, Huanming Yang, Jian Wang, Tak-Wah Lam and Jun Wang: SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler. Giga Science 1(1):18 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Squizz
convertitore per sequenze e allineamenti generici
Versions of package squizz
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.99b+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
sid0.99d+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.99c+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.99d+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.99d+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.99a-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package squizz:
fieldbiology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 2 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Squizz è un verificatore di formato per sequenze o allineamenti, ma ha anche alcune capacità di conversione. È gestita la maggior parte dei formati comuni per sequenze e allineamenti:

  • EMBL, FASTA, GCG, GDE, GENBANK, IG, NBRF, PIR (codata), RAW e SWISSPROT;
  • CLUSTAL, FASTA, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP (interlacciato e sequenziale) e STOCKHOLM.
Registry entries: OMICtools  Bioconda 
Sra-toolkit
utilità per Sequence Read Archive di NCBI
Versions of package sra-toolkit
ReleaseVersionArchitectures
buster2.9.3+dfsg-1amd64
jessie2.3.5-2+dfsg-1amd64,i386
wheezy2.1.7a-1amd64,i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
stretch2.8.1-2+dfsg-2amd64,i386
bullseye2.10.9+dfsg-2amd64
sid2.10.9+dfsg-2amd64
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License: DFSG free
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Strumenti per leggere l'archivio SRA, generalmente convertendo singole corse in alcuni formati comunemente usati come fastq.

In questo rilascio sono forniti gli strumenti per dump testuali "sra-dump" e "vbd-dump", per aiutare nell'ispezione a vista. È probabile che l'effettiva formattazione del loro output venga in futuro modificata in una rappresentazione più stringente e formalizzata. NON FARE AFFIDAMENTO SUL FORMATO DI OUTPUT VISTO IN QUESTO RILASCIO.

Altri strumenti distribuiti in questo pacchetto:

 abi-dump, abi-load
 align-info
 bam-load
 cache-mgr
 cg-load
 copycat
 fasterq-dump
 fastq-dump, fastq-load
 helicos-load
 illumina-dump, illumina-load
 kar
 kdbmeta
 latf-load
 pacbio-load
 prefetch
 rcexplain
 remote-fuser
 sff-dump, sff-load
 sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
 srf-load
 test-sra
 vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
 vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate

Le informazioni dell'"Aiuto" verranno migliorate nei prossimi rilasci e le opzioni per gli strumenti verranno standardizzate tra gli insiemi. Ulteriore documentazione verrà anche fornita sul sito web dell'NCBI.

Nel prossimo rilascio le opzioni per gli strumenti potrebbero essere modificate. La versione 1 delle opzioni per gli strumenti continuerà ad essere gestita ovunque sia possibile, per preservare il funzionamento degli script esistenti.

Please cite: Rasko Leinonen, Ruth Akhtar, Ewan Birney, James Bonfield, Lawrence Bower, Matt Corbett, Ying Cheng, Fehmi Demiralp, Nadeem Faruque, Neil Goodgame, Richard Gibson, Gemma Hoad, Christopher Hunter, Mikyung Jang, Steven Leonard, Quan Lin, Rodrigo Lopez, Michael Maguire, Hamish McWilliam, Sheila Plaister, Rajesh Radhakrishnan, Siamak Sobhany, Guy Slater, Petra Ten Hoopen, Franck Valentin, Robert Vaughan, Vadim Zalunin, Daniel Zerbino and Guy Cochrane: Improvements to services at the European Nucleotide Archive. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 38(Database issue):D39-45 (2010)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Ssake
applicazione genomica per assemblare milioni di cortissime sequenze di DNA
Versions of package ssake
ReleaseVersionArchitectures
squeeze3.5-1all
stretch3.8.4-1all
sid4.0-3all
bullseye4.0-3all
buster4.0-2all
wheezy3.8-2all
jessie3.8.2-1all
Debtags of package ssake:
biologynuceleic-acids
fieldbiology
interfaceshell
roleprogram
scopeutility
useanalysing
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License: DFSG free
Git

SSAKE (Short Sequence Assembly by K-mer search and 3′ read Extension, assemblaggio di sequenze corte con ricerca di K-meri ed estensione per lettura 3') è un'applicazione genomica per assemblare in modo aggressivo milioni di corte sequenze di nucleotidi cercando progressivamente k-meri all'estremità 3' perfetti usando un albero di prefissi di DNA. SSAKE è progettato per aiutare a sfruttare le informazioni provenienti dalla lettura di corte sequenze riunendole in maniera stringente in frammenti continui che possono essere usati per caratterizzare innovativi target di sequenziamento.

Please cite: Rene L. Warren, Granger G. Sutton, Steven J. M. Jones and Robert A. Holt: Assembling millions of short DNA sequences using SSAKE. (PubMed,eprint) Bioinformatics 23(4):500-501 (2007)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Topics: Sequence assembly
Staden-io-lib-utils
programmi per manipolare file di sequenziamento del DNA
Versions of package staden-io-lib-utils
ReleaseVersionArchitectures
squeeze1.12.4-1amd64,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mipsel,s390
stretch1.14.8-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.14.11-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.14.13-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.14.13-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.13.7-1amd64,armel,armhf,i386
wheezy1.12.4-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package staden-io-lib-utils:
biologynuceleic-acids, peptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing
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License: DFSG free
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io_lib dal pacchetto Staden è una libreria di codice per leggere e scrivere file allo scopo di fornire un'interfaccia per la lettura di file di tracciamento (e file esperimento) di scopo generale. È stata compilata e testata su diversi sistemi Unix, MacOS X e MS Windows.

Questo pacchetto contiene i programmi che sono distribuiti con io_lib di Staden per la manipolazione e la conversione di file di dati di sequenziamento, e in particolare di file per manipolare letture corte generate da sequenziatori di seconda e terza generazione e memorizzate in formato SRF.

Registry entries: Bioconda 
T-coffee
allineamento di sequenze multiple
Versions of package t-coffee
ReleaseVersionArchitectures
bullseye13.41.0.28bdc39+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze8.84-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy9.02.r1228-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie11.00.8cbe486-1amd64,armel,armhf,i386
stretch11.00.8cbe486-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster12.00.7fb08c2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid13.41.0.28bdc39+dfsg-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream13.45.0.4846264
Debtags of package t-coffee:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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Newer upstream!
License: DFSG free
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T-Coffee è un pacchetto per allineamenti di sequenze multiple. Dato un insieme di sequenze (proteiche o di DNA), T-Coffee genera un allineamento di sequenze multiple. La versione 2.00 e le successive possono mescolare sequenze e strutture.

T-Coffee permette di combinare una raccolta di allineamenti multipli/di coppie, globali o locali, in un singolo modello. Permette anche di stimare il livello di coerenza di ogni posizione all'interno del nuovo allineamento rispetto agli altri allineamenti. Si veda pre-print per maggiori informazioni.

T-Coffee ha una versione speciale, che si chiama M-Coffee, che rende possibile combinare l'output di molti pacchetti di allineamento di sequenze multiple. Nella sua versione pubblicata, usa MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA e T-Coffee. Per Debian è stata creata una versione speciale, DM-Coffee, che usa solo software libero rimpiazzando Clustal W con Kalign. Usare gli 8 metodi forniti da M-Coffee può a volte essere un po' pesante; se si preferisce si può usare un sottoinsieme con i propri metodi preferiti.

The package is enhanced by the following packages: clustalw dialign-tx kalign mafft muscle ncbi-blast+ poa prank probcons tm-align
Please cite: Cédric Notredame, Desmond G. Higgins and Jaap Heringa: T-coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. (PubMed) Journal of Molecular Biology 302(1):205-217 (2000)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Tabix
indicizzatore generico per file di posizioni del genoma delimitate da TAB
Versions of package tabix
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.1-1amd64,armel,i386
sid1.11-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.11-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.3.2-2amd64,arm64,armel,i386,mips64el,mipsel,ppc64el
buster1.9-11amd64,arm64,armel,armhf,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.2.6-2armhf
wheezy0.2.6-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
upstream1.12
Debtags of package tabix:
roleprogram
works-with-formathtml
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Newer upstream!
License: DFSG free
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Tabix indicizza i file in cui alcune colonne indicano coordinate di sequenze: nome (solitamente un cromosoma), inizio e fine. Il file di dati di input deve essere ordinato in base alla posizione e compresso con bgzip (fornito in questo pacchetto), che ha un'interfaccia simile a gzip. Dopo l'indicizzazione, tabix è in grado di recuperare velocemente righe di dati in base alle coordinate cromosomiche. Il veloce recupero dei dati funziona anche via rete se viene fornito un URI come nome di file.

Questo pacchetto è compilato dai sorgenti di HTSlib e fornisce gli strumenti bgzip, htsfile e tabix.

Please cite: Heng Li: Tabix: fast retrieval of sequence features from generic TAB-delimited files. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(5):718-719 (2011)
Registry entries: OMICtools  Bioconda 
Screenshots of package tabix
Theseus
sovrappone macromolecole usando la massima verosimiglianza
Versions of package theseus
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.0.0-1amd64,armel,armhf,i386
sid3.3.0-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.4.3-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy1.6.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
bullseye3.3.0-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.3.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.3.0-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package theseus:
biologypeptidic
fieldbiology, biology:bioinformatics, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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License: DFSG free
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Theseus è un programma che sovrappone simultaneamente strutture macromolecolari multiple. Trova la soluzione ottimale al problema della sovrapposizione usando il metodo della massima verosimiglianza. Dando meno peso alle regioni variabili della sovrapposizione e apportando correzioni in base alle correlazioni tra gli atomi, il metodo della massima verosimiglianza per la sovrapposizione produce allineamenti strutturali molto accurati.

Quando vengono sovrapposte macromolecole con differenti sequenze di residui, gli altri programmi ed algoritmi non tengono conto dei residui allineati con gap. Theseus, invece, usa un algoritmo di sovrapposizione innovativo che include tutti i dati.

The package is enhanced by the following packages: theseus-examples
Please cite: Douglas L. Theobald and Deborah S. Wuttke: THESEUS: maximum likelihood superpositioning and analysis of macromolecular structures. (eprint) Bioinformatics 22(17):2171-2172 (2006)
Registry entries: OMICtools 
Tigr-glimmer
rilevamento di geni in archibatteri e batteri
Versions of package tigr-glimmer
ReleaseVersionArchitectures
wheezy3.02-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie3.02-3amd64,armel,armhf,i386
stretch3.02b-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze3.02-2amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye3.02b-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.02b-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.02b-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package tigr-glimmer:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usesearching
works-with-formatplaintext
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Questo software, sviluppato dall'istituto TIGR, rileva sequenze codificanti in batteri e archibatteri.

Glimmer è un sistema per trovare geni nel DNA microbico, specialmente nel genoma di batteri e archibatteri. Glimmer (Gene Locator and Interpolated Markov Modeler) usa modelli di Markov interpolati (IMM) per identificare le regioni codificanti e per distinguerle dal DNA non codificante.

Please cite: Steven L. Salzberg, Arthur L. Delcher, S. Kasif and O. White: Microbial gene identification using interpolated Markov models. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 26(2):544-8 (1998)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Tree-ppuzzle
ricostruzione in parallelo di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Versions of package tree-ppuzzle
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy5.2-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
squeeze5.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
bullseye5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package tree-ppuzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
Popcon: 1 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
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TREE-PUZZLE (nuovo nome di PUZZLE) è un programma interattivo per console che implementa un veloce algoritmo di ricerca di alberi chiamato "quartet puzzling" che permette l'analisi di grandi insiemi di dati e che assegna automaticamente stime di verosimiglianza per ciascun ramo interno. TREE-PUZZLE calcola anche la massima distanza verosimile per coppie di elementi, nonché la lunghezza di rami per alberi specificati dall'utente. Le lunghezze dei rami possono anche essere calcolate in base all'ipotesi dell'orologio molecolare. In aggiunta, TREE-PUZZLE offre un metodo nuovo, la mappatura di verosimiglianza, per studiare la verosimiglianza di un ramo interno ipotizzato senza calcolare un albero totale e per visualizzare il contenuto filogenetico di un allineamento di sequenze.

Questa è la versione in parallelo di tree-puzzle.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Tree-puzzle
ricostruzione di alberi filogenetici con il metodo della massima verosimiglianza
Versions of package tree-puzzle
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.3~rc16+dfsg-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.2-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.2-7amd64,armel,armhf,i386
wheezy5.2-7amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,powerpc,sparc
squeeze5.2-5amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package tree-puzzle:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useanalysing, comparing
works-with-formatplaintext
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License: DFSG free
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TREE-PUZZLE (nuovo nome di PUZZLE) è un programma interattivo per console che implementa un veloce algoritmo di ricerca di alberi chiamato "quartet puzzling" che permette l'analisi di grandi insiemi di dati e che assegna automaticamente stime di verosimiglianza per ciascun ramo interno. TREE-PUZZLE calcola anche la massima distanza verosimile per coppie di elementi, nonché la lunghezza di rami per alberi specificati dall'utente. Le lunghezze dei rami possono anche essere calcolate in base all'ipotesi dell'orologio molecolare. In aggiunta, TREE-PUZZLE offre un metodo nuovo, la mappatura di verosimiglianza, per studiare la verosimiglianza di un ramo interno ipotizzato senza calcolare un albero totale e per visualizzare il contenuto filogenetico di un allineamento di sequenze.

Please cite: Heiko A. Schmidt, Korbinian Strimmer, Martin Vingron and Arndt von Haeseler: TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. (PubMed,eprint) Bioinformatics 18(3):502-504 (2002)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools 
Vcftools
raccolta di strumenti per lavorare con file VCF
Versions of package vcftools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.1.16-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.14+dfsg-4+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy0.1.9-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid0.1.16-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.1.12+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.1.16-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie-security0.1.12+dfsg-1+deb8u1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package vcftools:
roleprogram
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VCFtools è un pacchetto di programmi progettato per lavorare con file VCF, come quelli generati dal 1000 Genomes Project. Lo scopo di VCFtools è quello di fornire metodi per lavorare con file VCF: validare, unire, confrontare e calcolare alcune statistiche di base di genetica di popolazione.

The package is enhanced by the following packages: multiqc
Please cite: Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers, Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert E. Handsaker, Gerton Lunter, Gabor T. Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean and Richard Durbin: The variant call format and VCFtools. (PubMed,eprint) Bioinformatics 27(15):2156-8 (2011)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Velvet
assemblatore di sequenze di acidi nucleici da sequenze molto corte
Versions of package velvet
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.10+dfsg1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.10+dfsg1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.2.10+dfsg1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.2.10+dfsg1-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze1.0.02~nozlibcopy-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
buster1.2.10+dfsg1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.2.03~nozlibcopy-1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package velvet:
biologynuceleic-acids
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
useanalysing
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License: DFSG free
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Velvet è un assemblatore genomico de novo progettato specificatamente per le tecnologie di sequenziamento basate su sequenze corte, come Solexa o 454, sviluppato da Daniel Zerbino e Ewan Birney all'European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), vicino a Cambridge, in Gran Bretagna.

Velvet attualmente accetta sequenze molto corte, rimuove errori e poi produce frammenti contigui unici di alta qualità. Poi usa informazioni sulle paired-read, se disponibili, per recuperare le aree ripetute tra i vari frammenti contigui.

Please cite: Daniel R. Zerbino and Ewan Birney: Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. (PubMed,eprint) Genome Research 18(5):821-829 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Wise
confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche
Versions of package wise
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.4.1-17amd64,armel,armhf,i386
sid2.4.1-23amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.4.1-23amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.4.1-19amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.4.1-10amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
squeeze2.4.1-8amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
Debtags of package wise:
fieldbiology, biology:bioinformatics
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecomparing
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Wise2 è un pacchetto incentrato sul confronto tra biopolimeri, tipicamente sequenze di DNA e proteiche. Ci sono molti altri pacchetti che lo fanno, tra i quali i più noti sono probabilmente BLAST (dal NCBI) e Fasta (di Bill Pearson). Ci sono altri pacchetti, come HMMER (Sean Eddy) o SAM (UC Santa Cruz) che si incentrano su modelli di Markov nascosti (HMM) relativi a biopolimeri.

Il punto di forza caratteristico di Wise2 è il confronto tra sequenze di DNA a livello della loro traduzione in proteine. Il confronto permette la predizione simultanea di, per esempio, strutture di geni con allineamenti basati sulle omologie.

Wise2 contiene anche altri algoritmi, come il venerando Smith-Waterman oppure altri più moderni, come l'algoritmo con penalità per i gap di Stephen Altschul, fino a persino alcuni algoritmi sperimentali sviluppati all'interno del progetto come dba. Lo sviluppo di questi algoritmi è dovuto alla facilità di sviluppare algoritmi simili nell'ambiente usato da Wise2.

Wise2 è stato scritto tenendo a mente anche la facilità di riutilizzo e di gestione. Sebbene sia un pacchetto in puro C, si può accedere alle sue funzioni direttamente dal Perl. Alcune parti del pacchetto (o tutto il pacchetto) possono essere usate da altri programmi C o C++ senza conflitti nello spazio dei nomi dato che tutte le variabili con link esterno hanno nel nome il prefisso Wise2.

Please cite: Ewan Birney, Michele Clamp and Richard Durbin: GeneWise and Genomewise. (PubMed,eprint) Genome Research 14(5):988-95 (2004)
Registry entries: Bio.tools  OMICtools  Bioconda 
Zalign
allineamento locale parallelo di sequenze biologiche
Versions of package zalign
ReleaseVersionArchitectures
sid0.9.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.9.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.9.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.9.1-1amd64,armel,armhf,i386
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License: DFSG free
Git

zAlign è un allineatore di sequenze locali, specificamente pensato per l'uso con grandi sequenze biologiche di DNA, con più di 1Mbp (milioni di paia di basi). Per svolgere questo compito usa l'algoritmo esatto di Smith-Waterman con la funzione di costo affine per i gap.

zAlign può essere usato sia in ambienti distribuiti (cluster, per esempio) sia autonomi. Al momento è stato collaudato su Linux e Sun Solaris, usando entrambe le implementazioni MPICH (http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/mpich1/) e OpenMPI (http://www.open-mpi.org/). C'è un grande interesse per i port per gli altri ambienti simil-Unix.

Please cite: Rodolfo Bezerra Batista, Azzedine Boukerche and Alba Cristina Magalhaes Alves de Melo: A parallel strategy for biological sequence alignment in restricted memory space. Journal of Parallel and Distributed Computing 68(4):548-561 (2008)
Registry entries: OMICtools 

Debian packages in contrib or non-free

Cufflinks
Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
Versions of package cufflinks
ReleaseVersionArchitectures
wheezy1.3.0-2 (non-free)amd64
jessie2.2.1-1 (non-free)amd64
sid2.2.1+dfsg.1-8 (non-free)amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.2.1-3 (non-free)amd64
buster2.2.1+dfsg.1-3 (non-free)amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.2.1+dfsg.1-8 (non-free)amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
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License: non-free
Git

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Please cite: Cole Trapnell, Brian A Williams, Geo Pertea, Ali Mortazavi, Gordon Kwan, Marijke J van Baren, Steven L Salzberg, Barbara J Wold and Lior Pachter: Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation. (PubMed) Nature Biotechnology 28(5):511-515 (2010)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  OMICtools  Bioconda 
Embassy-phylip
EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
Versions of package embassy-phylip
ReleaseVersionArchitectures
jessie3.69.650-2 (non-free)amd64
buster3.69.660-3 (non-free)amd64
wheezy3.69+20110714-1 (non-free)amd64
stretch3.69.660-1 (non-free)amd64
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Versions and Archs
License: non-free
Git

This package is the adaptation of the PHYLIP package in which its programs can operate with the biological sequence formats and databases of the European Molecular Biology Open Software Suite (EMBOSS). The software packages adapted for EMBOSS are called EMBASSY.

PHYLIP (the PHYLogeny Inference Package) is a package of programs for inferring phylogenies (evolutionary trees). Methods that are available in the package include parsimony, distance matrix, and likelihood methods, including bootstrapping and consensus trees. Data types that can be handled include molecular sequences, gene frequencies, restriction sites and fragments, distance matrices, and discrete characters.

The EMBASSY PHYLIP programs all have the prefix "f" to distinguish them from the original programs and avoid namespace conflict.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Bagpipe
genomewide LD mapping
Versions of package bagpipe
ReleaseVersionArchitectures
VCS2012.02.15-1all
Versions and Archs
License: GPL3+
Debian package not available
Git
Version: 2012.02.15-1

Bagpipe is a program for performing genomewide linkage disequilibrium mapping of quantitative trait loci in populations whose genome structure can be accommodated in the HAPPY framework [Mott00]. This includes most diploid crosses where the founders of the individuals have known genotypes.

  • Bagpipe is a simplified and streamlined version of Bagphenotype that does not currently include resample model averaging (RMA) capabilities.
  • Bagpipe can help fit single locus regression models (with or without random effects) to marker intervals whose genetic ancestry is inferred using the HAPPY software.
  • Bagpipe cannot help you decide what is a sensible model to fit.
  • Bagpipe does not currently accommodate populations with significant population structure, except through the specification of simple random intercepts based on unpatterned covariance matrices.
  • Bagpipe is named after the Scottish wind instrument "the bagpipes" and after Bagphenotype, which in turn was a PIPEline for BAGging-based multiple QTL analysis of phenoTYPEs. Bagphenotype was in turn based on software written by Richard Mott and William Valdar to analyze heterogeneous stock mice in [Valdar06].
  • Bagpipe is experimental software, is provided free of charge subject to copyleft restrictions, and comes with no guarantees whatsoever.
Please cite: Richard Mott, Christopher J. Talbot, Maria G. Turri, Allan C. Collins and Jonathan Flint: A method for fine mapping quantitative trait loci in outbred animal stocks. (PubMed) Proc Natl Acad Sci U S A. 97(23):12649-54 (200)
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 203033