PAN Blend data-reduction-frameworks packages

Fityk er et fleksibelt og portabelt program til ikkelineær tilpasning af analytiske funktioner (særligt spidsformede) af data (som regel eksperimentelle data). Med andre ord til ikkelineær spidsadskillelse og analyse.

Det blev udviklet til at analysere diffraktionsmønstre, men kan også anvendes på andre felter, da begreber og operationer som er specifikke for krystallografi er adskilt fra resten af programmet.

Fityk tilbyder forskellige ikkelineære tilpasningsmetoder, baggrundssubtraktion, datakalibrering, nem placering af spidser og ændring af spidsparametre, automatisering af rutineopgaver med skripter, og meget mere. Den største fordel i programmet er fleksibilitet - parametre fra spidser kan vilkårligt bindes til hinanden, dvs. bredden på en spids kan være en uafhængig variabel, kan være den samme som bredden på en anden spids eller kan være givet af en kompliceret - fælles for alle spidser - formel.

Libjs-sphinxdoc er nødvendig for Javascript-tingene i dokumentationen.

Gnuplot er et portabelt kommandolinjedrevet, interaktivt data- og funktions-plotningsredskab, der understøtter en masse uddata-formater, heriblandt drivere til mange printere, (La)TeX, (x)fig og PostScript, og så videre. X11-uddata er blevet pakket i gnuplot-x11.

Datafiler og selvdefinerede funktioner kan manipuleres med et internt, C-lignende sprog. Du kan udføre udjævning, kurvetilpasning eller ikke-lineære fits (Flexible Image Transport System), samt arbejde med komplekse tal.

Denne pakke er til at installere en gnuplot med alle funktioner (-qt, x11 eller -nox).

Det kan vise, redigere, analysere, behandle, gemme og udskrive 8-bit, 16- bit og 32-bit billeder. Det kan læse mange billedformater inklusive TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS og »raw«. Det understøtter »stakke«, en serie af billeder som deler et enkelt vinude.

Den kan udarbejde værdistatistikker for områder og billedepunkter fra brugerdefinerede markeringer. Det kan måle afstande og vinkler. Det kan oprette histogrammer over tæthed og plotte linjeprofiler. Det understøtter standardfunktioner til billedbehandling såsom manipulation af kontrast, øget skarphed, udjævning, kantdetektering og median-filtrering.

Rumlig kalibrering er tilgængelig for at tilbyde målinger af dimensioner fra den virkelige verden i enheder som milimeter. Tætheds- eller gråskala- kalibrering er også tilgængelig.

ImageJ er udviklet af Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), der er ved: the Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

Xylib er et C++-bibliotek for læsning af filer, som indeholde x-y data fra pulverdiffraktion, spektroskopi og andre eksperimentelle metoder.

Denne pakke indeholder et lille program xyconv, der konverterer filer understøttet af xylib-biblioteket til TSV (værdier adskilt af indryk).

Ngraph er programmet til at oprette videnskabelige 2-dimensionelle grafer for forskere og ingeniører. Dette program kan oprette avancerede grafer, som ikke kan oprettes af regneark. Grafer kan eksporteres til postscript.

Octave er et (for det meste Matlab®-kompatibelt) sprog på højt niveau, primært beregnet til numeriske beregninger. Programmet tilbyder en nem brugerflade fra kommandolinjen til løsning af lineære og ikkelineære problemer numerisk.

Octave kan udvides dynamisk med filer i C++ som leveres af brugeren.

PyMca er et sæt af programmer og Pythonbiblioteker for analyse af røntgenfluorescens spektre.

Programmerne inkluderet i denne pakke er:

• edfviewer - vis og inspicer datafiler i ESRF-dataformatet
• elementsinfo - viser elementspecifikke røntgendata
• mca2edf - konverterer filer fra SPEC MCA-formatet til EDF
• peakidentifier - Viser røntgenfluorescens toppe i et givent energiinterval
• pymcabatch - jobtilpasning af spektra
• pymcapostbatch - efterbehandling af jobtilpasningsresultater
• pymca - interaktiv dataanalyse
• pymcaroitool - billedværktøj til Region-of-interest (ROI)

PyMca-værktøjssættet kan læse datafiler i formaterne SPEC, ESRF-datafil (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA og SupaVisio.

Dette er skripterne for pakken.

Scilab er en matricebaseret videnskabelig softwarepakke. Scilab indeholder hundreder af indbyggede matematiske funktioner, rige datastrukturer (inklusive polynomier, rationelle lineære systemer, lister etc...) og der medfølger et antal videnskabelige værktøjsbokse for kontrol, signalprocessering...

Denne pakke tilbyder også Xcos, et grafisk redigeringsprogram til at designe hybride dynamiske systemmodeller. Modeller kan designes, indlæses, gemmes, kompileres og simuleres. Stabil og effektiv løsning for industribehov og akademiske behov, Xcos tilbyder funktionaliteter for modellering af mekaniske systemer (bilproduktion, flyproduktion...), hydrauliske kredsløb (dæmning, datakanalmodeller...), kontrolsystemer etc. Mulighed for Modelica tilbydes også.

Installer pakken »scilab-cli« for en minimal version af scilab.

Projektet silx forsøger at tilbyde en samling af Pythonpakker til at understøtte udviklingen af datavurdering, reduktion og analyseprogrammet på synchrotron-strålefaciliteter. Projektet forsøger at tilbyde læs/skriv for forskellige filformater, datareduktionsrutioner og et sæt af Qt-kontroller til at gennemse og visualisere data.

Den nuværende version tilbyder:

• læsning af HDF5-filformatet (med understøttelse af SPEC-filformatet)
• histogrammer
• tilpasning
• 1D- og 2D-visualisering via flere motorer (maplotlib eller OpenGL)
• ensartet browser for HDF5-, SPEC- og billedfilformater der understøtter inspektion og visualisering af n-dimensionelle datasæt
• ensartet fremviser (silx viser filnavn) for filformaterne HDF5, SPEC og billeder
• OpenGl-baseret kontrol til at vise 3D scalar-felt med isooverflade og skæreplan

Denne pakke bruger Python 3-versionen af pakken.

Spyder (tidligere kendt som Pydee) er et frit udviklingsmiljø for Python, der tilbyder MATLAB-lignende funktioner i et simpelt program.

Dette er en overgangspakke, der afhænger af pakken spyder (som indeholder programmet for Python 3). Den kan fjernes efter installation.

VisTrails is an open-source scientific workflow and provenance management system developed at the University of Utah that provides support for data exploration and visualization. Whereas workflows have been traditionally used to automate repetitive tasks, for applications that are exploratory in nature, such as simulations, data analysis and visualization, very little is repeated---change is the norm. As an engineer or scientist generates and evaluates hypotheses about data under study, a series of different, albeit related, workflows are created while a workflow is adjusted in an interactive process. VisTrails was designed to manage these rapidly-evolving workflows.

Maxima er et fuldt ud symbolsk computerprogram. Det er fuldt udrustet til symbolsk manipulation af polynomier, matricer, rationelle funktioner, integration, Todd-coxeter-metoder til analyse af begrænsede grupper, at danne graf, foretage beregninger med flere præcise flydepunkter. Det kan fejlsøge maxima-kode på et symbolsk kildeniveau. Maxima er baseret på det oprindelige Macsyma, som blev udviklet ved MIT i 1970'erne. Det er ganske pålideligt, indeholder en god spilopsamler og ingen hukommelseslæk. Der medfølger hundreder af selvtest.

Denne pakke indeholder en X Windows-grænseflade som anvender bibliotekerne tcl/tk.

provides metadata and data access for scientific datasets, using OPeNDAP, OGC WMS and WCS, HTTP, and other remote data access protocols.

This R package provides functions that simulate the operation of a CCD area detector of the type commonly used in macromolecular X-ray crystallography. In addition to the simulation, functions allowing display, integration and statistical analysis of diffraction spot images are also included.

DISP was written to investigate possible improvements to error estimation for diffraction spot integration of data recorded on CCD detectors. That work was published in Waterman & Evans. Estimation of errors in diffraction data measured by CCD area detectors. Journal of Applied Crystallography 43(6), 2010.

NeXpy is designed to provide an intuitive interactive toolbox allowing users both to access existing NeXus files and to create new NeXus-conforming data structures without expert knowledge of the file format.