PAN Blend data-reduction-frameworks packages

Fityk est un programme flexible et portable pour la régression non linéaire de fonctions analytiques (spécialement celles en forme de pic) pour des données (habituellement des données expérimentales) – en d’autres mots pour le tri et l’analyse non linéaire.

Il a été développé pour l’analyse de modèles de diffraction, mais peut être aussi utilisé dans d’autres domaines, car les opérations et les concepts particuliers à la cristallographie sont séparés du reste du programme.

Fityk propose diverses méthodes de régression non linéaire, détection d’arrière-plan, calibration de données, positionnement aisé des pics et modifications de leurs paramètres, automatisation des tâches courantes avec des scripts et bien d’autres choses encore. Le principal avantage de ce programme est sa souplesse – les paramètres des pics peuvent être de manière arbitraire reliés les uns aux autres, par exemple, la largeur d’un pic peut être une variable indépendante, la même que celle d’un autre pic ou peut être donnée par une formule compliquée commune à tous les pics.

Libjs-sphinxdoc est nécessaire pour les éléments en Javascript dans la documentation.

Gnuplot est un utilitaire de tracé de données et de fonctions en ligne de commande qui prend en charge de nombreux formats de sortie, dont les pilotes pour de nombreuses imprimantes, (La)Tex, (x)fig, Postscript, etc. La version X11 est empaquetée dans gnuplot-x11.

Les fichiers de données et les fonctions définies par l'utilisateur peuvent être manipulés avec le langage interne de gnuplot (type langage C). Gnuplot peut effectuer des lissages, des régressions linéaires ou non linéaires (par splines notamment) et peut travailler avec les nombres complexes.

Ce métapaquet permet d’installer gnuplot avec toutes ses possibilités (-qt, -x11 ou -nox).

Ce programme peut afficher, éditer, analyser, traiter, enregistrer et imprimer des images 8, 16 et 32 bits. Il peut lire de nombreux formats d'image, dont TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS et RAW. Il prend en charge les « stacks », une série d'images partageant une même fenêtre.

ImageJ peut calculer des statistiques de zones et pixels à partir de sélections de l'utilisateur. Il peut mesurer les distances et les angles. Il peut créer des histogrammes de densité et des affichages de profils linéaires. Il prend en charge les fonctions standard de traitement d'images telles que la manipulation du contraste, l'accentuation, l'adoucissement, la détection d'arêtes et le filtrage médian.

La calibration spatiale est disponible pour fournir des mesures de dimensions réelles dans des unités comme le millimètre. La calibration de la densité ou des niveaux de gris est également disponible.

ImageJ est développé par Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov) dans la Research Services Branch du National Institute of Mental Health à Bethesda, Maryland, USA.

Xylib est une bibliothèque C++ pour lire des données x-y de diffraction poudreuse, de spectroscopie et d’autres méthodes expérimentales.

Ce paquet fournit un petit programme xyconv, convertissant les fichiers pris en charge par la bibliothèque xylib en TSV (valeurs séparées par des tabulations).

Ngraph est le programme de création de graphiques scientifiques en 2D pour les chercheurs et ingénieurs. Ce programme peut créer des graphiques élaborés qui ne peuvent pas être produits par des tableurs. Ces graphiques peuvent être exportés en Postscript

Octave est un langage de haut niveau (presque entièrement compatible avec Matlab®), d'abord destiné aux calculs numériques. Il fournit une interface pratique en ligne de commande, pour résoudre de façon numérique les problèmes linéaires et non linéaires.

Octave peut être étendu à l’aide de fichiers C++.

PyMca est un ensemble d’applications et de bibliothèques de Python pour l’analyse de spectre de fluorescence des rayons X.

Les applications incluses dans ce paquet sont :

 – edfviewer : affichage et inspection de fichiers de données au
               format de données ESRF ;
 – elementsinfo : affichage de données de rayons X d’élément spécifique ;
 – mca2edf : conversion des fichiers MCA SPEC vers EDF ;
 – peakidentifier : affichage de pics de fluorescence X dans une gamme
                    d’énergie donnée ;
 – pymcabatch : ajustement par lot de spectre ;
 – pymcapostbatch : post-traitement des résultats d’ajustement par lot ;
 – pymca : analyse de données interactive ;
 – pymcaroitool : outil de zone d’intérêt (ROI) d’imagerie.

La boîte à outils PyMca peut lire les fichiers de données aux formats SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA et SupaVisio.

Il s’agit des scripts du paquet.

Scilab est paquet logiciel scientifique basé sur le calcul matriciel. Scilab fournit en interne des centaines de fonctions mathématiques, des structures puissantes (incluant les polynômes, les fonctions rationnelles, les systèmes linéaires, les listes…), ainsi qu’un certain nombre de boîtes à outils spécifiques au contrôle, traitement de signal…

Ce paquet fournit aussi Xcos, un éditeur graphique pour concevoir des modèles de système dynamique hybride. Ces modèles peuvent être conçus, chargés, enregistrés, compilés ou simulés. Solution stable et efficiente pour les besoins industriels et académiques, Xcos fournit des fonctions pour la modélisation de système mécanique (automobile, aéronautique…), de circuit hydraulique (modélisation de barrage, canalisation…), etc. Des fonctions Modelica sont aussi fournies.

Pour une version minimale de scilab, le paquet « scilab-cli » est à installer.

Le projet silx vise à fournir une collection de paquets en Python pour prendre en charge le développement d’applications d’évaluation, de réduction et d’analyse de données dans des installations de rayonnement de synchrotron. Il a pour objectif de fournir la lecture et l’écriture de différents formats de fichier, des routines de réduction de données et un ensemble de composants graphiques en Qt pour explorer et visualiser les données.

La version actuelle fournit :

 – la lecture du format de fichier HDF5 (avec prise en charge du format
   de fichier SPEC) ;
 – les histogrammes ;
 – le lissage ;
 – la visualisation en 1D et 2D en utilisant plusieurs dorsaux
   (matplotlib ou OpenGL) ;
 – un composant graphique de tracé d’image avec un ensemble d’outils
   associés (consulter le journal des modifications) ;
 – un navigateur uniformisé pour les formats HDF5, SPEC et de fichiers
   d’image, gérant l’inspection et la visualisation d’ensembles de données
   multidimensionnels ;
 – un visualisateur uniformisé (nom de fichier de vues, silx) pour HDF5,
   SPEC et les formats de fichier d’image ;
 – un composant graphique basé sur OpenGL pour afficher des champs
   scalaires en 3D avec isosurfaces et plans sécants.

Ce paquet utilise la version Python 3 du paquet.

Spyder (previously known as Pydee) is a free open-source Python development environment providing MATLAB-like features in a simple and light-weighted software

This is a transitional package depending on the spyder package (which provides the application for Python 3). It can be removed after installation.

VisTrails est un système, à source ouvert, de gestion de provenance et de flux de travail scientifique développé à l’université d’Utah, fournissant une prise en charge de l’exploration et de la visualisation de données. Tandis que les flux de travail ont été traditionnellement utilisés pour automatiser les tâches répétitives, pour les applications exploratoires par nature, telles les simulations, l’analyse de données et leur visualisation, il y a peu de répétitions – le changement est la norme. De la manière dont un ingénieur ou un scientifique font et évaluent des hypothèses sur des données d’étude, une série de différents, quoique liés, flux de travail est créée pendant l’ajustement d’un flux lors d’un processus interactif. VisTrails a été conçu pour gérer ces flux évoluant rapidement.

Maxima est un programme de calcul symbolique. Il dispose de toutes les fonctionnalités pour le calcul formel de polynômes, matrices et fonctions rationnelles, l'intégration, les méthodes de Todd-coxeter d'analyse de groupes finis, les graphiques, le calcul sur flottants à précision arbitraire. Il possède un débogueur symbolique au niveau source pour le code maxima. Maxima est basé sur le programme Macsyma originel développé au MIT dans les années 1970. Il est assez fiable, possède un bon ramasse-miettes et n'a pas de fuite de mémoire. Il est livré avec des centaines de tests.

Ce paquet fournit l’interface X Window en utilisant les bibliothèques Tcl/Tk.

provides metadata and data access for scientific datasets, using OPeNDAP, OGC WMS and WCS, HTTP, and other remote data access protocols.

This R package provides functions that simulate the operation of a CCD area detector of the type commonly used in macromolecular X-ray crystallography. In addition to the simulation, functions allowing display, integration and statistical analysis of diffraction spot images are also included.

DISP was written to investigate possible improvements to error estimation for diffraction spot integration of data recorded on CCD detectors. That work was published in Waterman & Evans. Estimation of errors in diffraction data measured by CCD area detectors. Journal of Applied Crystallography 43(6), 2010.

NeXpy is designed to provide an intuitive interactive toolbox allowing users both to access existing NeXus files and to create new NeXus-conforming data structures without expert knowledge of the file format.