PAN Blend data-reduction-frameworks packages

Fityk jest elastycznym i przenośnym programem do dopasowywania nieliniowych funkcji analitycznych (zwłaszcza modelowanych wierzchołkami) do danych (zwykle doświadczalnych). Innymi słowy służy do oddzielenia i analizy nieliniowych wierzchołków.

Zaprojektowany został do analizy dyfraktogramów, ale może zostać użyty do innych celów, odkąd pojęcia i operacje specyficzne dla krystalografii są oddzielone od reszty programu.

Fityk oferuje różnorodne metody dopasowywania nieliniowego, odejmowanie tła, kalibrację danych, łatwe umieszczanie wierzchołków i zmianę ich parametrów, automatyzację powszechnie używanych zadań poprzez skrypty, i dużo więcej. Główną zaletą programu jest elastyczność - parametry wierzchołków mogą być dowolnie powiązane między sobą np. szerokość wierzchołka może być niezależną zmienną, może być taka sama jak szerokość innego wierzchołka lub też może być złożoną - wspólną dla wszystkich wierzchołków - formułą.

Pakiet libjs-sphinxdoc potrzebny jest do zainstalowania plików źródłowych JavaScript w dokumentacji.

Gnuplot to przenośny, sterowany z wiersza poleceń, interaktywny program do tworzenia dwu i trójwymiarowych wykresów na podstawie danych i funkcji. Obsługuje wiele formatów wyjściowych, w tym sterowniki do wielu drukarek (La)TeX, (x)fig, Postscript itd. Wersja programu do środowiska X11 znajduje się w pakiecie gnuplot-x11. Wersja programu z interfejsem Qt znajduje się w pakiecie gnuplot-qt.

Pliki danych oraz samodzielnie zdefiniowane funkcje mogą być zarządzane przy użyciu wewnętrznego języka podobnego do C. Program może wykonywać wygładzanie, dopasowania krzywymi składanymi lub dopasowania nieliniowe. Może także pracować na liczbach zespolonych.

Ten metapakiet służy do instalacji w pełni funkcjonalnego programu gnuplot (-qt, -x11 lub -nox).

It can display, edit, analyze, process, save and print 8-bit, 16-bit and 32-bit images. It can read many image formats including TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS and "raw". It supports "stacks", a series of images that share a single window.

It can calculate area and pixel value statistics of user-defined selections. It can measure distances and angles. It can create density histograms and line profile plots. It supports standard image processing functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge detection and median filtering.

Spatial calibration is available to provide real world dimensional measurements in units such as millimeters. Density or gray scale calibration is also available.

ImageJ is developed by Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), is at the Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

Biblioteka C++ xylib służy do odczytu plików zawierających dane x-y z dyfrakcji proszkowej, spektroskopii i innych metod eksperymentalnych.

Ten pakiet zawiera mały program xyconv, który konwertuje pliki obsługiwane przez bibliotekę xylib na TSV (tab-separated values - wartości-rozdzielane-tabulatorami).

Ngraph to program do tworzenia naukowych 2-wymiarowych wykresów dla naukowców i inżynierów. Potrafi on tworzyć zaawansowane wykresy, których nie można utworzyć za pomocą arkuszy kalkulacyjnych. Wykresy mogą być eksportowane do PostScript.

Octave to (głównie kompatybilny z MATLAB®) język wysokiego poziomu, przeznaczony zwłaszcza do obliczeń numerycznych. Zapewnia on wygodny interfejs wiersza poleceń do rozwiązywania liniowych oraz nieliniowych zadań metodami numerycznymi.

Octave może być dynamicznie rozszerzony o dostarczone przez użytkownika pliki C++.

PyMca is set of applications and Python libraries for analysis of X-ray fluorescence spectra.

The applications included in this package are:

• edfviewer - Display and inspection of data files in ESRF Data Format
• elementsinfo - Displays element specific X-ray data
• mca2edf - Converts files from SPEC MCA format to EDF
• peakidentifier - Displays X-ray fluorescence peaks in a given energy range
• pymcabatch - Batch fitting of spectra
• pymcapostbatch - Post-processing of batch fitting results
• pymca - Interactive data-analysis
• pymcaroitool - Region-of-interest (ROI) imaging tool

The PyMca toolkit can read data files in SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA and SupaVisio formats.

This are the scripts of the package.

Scilab to oparty na macierzach pakiet oprogramowania naukowego. Scilab zawiera setki wbudowanych funkcji matematycznych, bogate struktury danych (w tym: wielomiany, wymierne, systemy liniowe, listy itp.) oraz szereg specjalistycznych zestawów narzędzi do sterowania, przetwarzania sygnałów, itd.

Ten pakiet zawiera również Xcos, edytor graficzny do projektowania hybrydowych modeli układów dynamicznych. Modele można projektować, ładować, zapisywać, kompilować i symulować. Xcos stanowi stabilne i wydajne rozwiązanie dla potrzeb przemysłu i środowiska akademickiego. Xcos zapewnia funkcje do modelowania układów mechanicznych (motoryzacja, aeronautyka ...), obwodów hydraulicznych (modelowanie zapór, rur ...), układów sterowania itp.

Aby korzystać z minimalnej wersji scilab należy zainstalować pakiet "scilab-cli".

The silx project aims at providing a collection of Python packages to support the development of data assessment, reduction and analysis applications at synchrotron radiation facilities. It aims at providing reading/writing different file formats, data reduction routines and a set of Qt widgets to browse and visualize data.

The current version provides :

• reading HDF5 file format (with support of SPEC file format)
• histogramming
• fitting
• 1D and 2D visualization using multiple backends (matplotlib or OpenGL)
• image plot widget with a set of associated tools (See changelog file).
• Unified browser for HDF5, SPEC and image file formats supporting inspection and visualization of n-dimensional datasets.
• Unified viewer (silx view filename) for HDF5, SPEC and image file formats
• OpenGL-based widget to display 3D scalar field with isosurface and cutting plane.

This uses the Python 3 version of the package.

Spyder (previously known as Pydee) is a free open-source Python development environment providing MATLAB-like features in a simple and light-weighted software

This is a transitional package depending on the spyder package (which provides the application for Python 3). It can be removed after installation.

VisTrails is an open-source scientific workflow and provenance management system developed at the University of Utah that provides support for data exploration and visualization. Whereas workflows have been traditionally used to automate repetitive tasks, for applications that are exploratory in nature, such as simulations, data analysis and visualization, very little is repeated---change is the norm. As an engineer or scientist generates and evaluates hypotheses about data under study, a series of different, albeit related, workflows are created while a workflow is adjusted in an interactive process. VisTrails was designed to manage these rapidly-evolving workflows.

Maxima jest programem do obliczeń symbolicznych, w pełni wyposażonym do działań z symbolicznymi obliczeniami wielomianów, macierzami, funkcjami wymiernymi, całkowaniem, metodami Todd-Coxetera do analizy skończonej grupy, wykresami i dokładnymi obliczeniami zmiennoprzecinkowymi. Posiada symboliczny debugger do kodu źródłowego maxima. Maxima opiera się na oryginalnym opracowaniu Macsyma w MIT (Massachusetts Institute of Technology) z 1970 roku. Jest niezawodny, nie ma wycieków pamięci, której zapewnia doskonałe czyszczenie. Jego działanie zostało sprawdzone setkami testów kontrolnych.

Pakiet zawiera interfejs do systemu X Window, używający bibliotek tcl/tk.

provides metadata and data access for scientific datasets, using OPeNDAP, OGC WMS and WCS, HTTP, and other remote data access protocols.

This R package provides functions that simulate the operation of a CCD area detector of the type commonly used in macromolecular X-ray crystallography. In addition to the simulation, functions allowing display, integration and statistical analysis of diffraction spot images are also included.

DISP was written to investigate possible improvements to error estimation for diffraction spot integration of data recorded on CCD detectors. That work was published in Waterman & Evans. Estimation of errors in diffraction data measured by CCD area detectors. Journal of Applied Crystallography 43(6), 2010.

NeXpy is designed to provide an intuitive interactive toolbox allowing users both to access existing NeXus files and to create new NeXus-conforming data structures without expert knowledge of the file format.