PAN Blend data-reduction-frameworks packages

Fityk è un programma flessibile e portabile per l'interpolazione non lineare di funzioni analitiche (in particolare per funzioni con picchi) e l'analisi dati (solitamente dati sperimentali). In altre parole, per l'analisi e la separazione di picchi non lineari.

È stato sviluppato per l'analisi di pattern di diffrazione, ma può anche essere usato in altri campi, poiché il concetto e le operazioni specifiche per la cristallografia sono separati dal resto del programma.

Fityk offre vari metodi di interpolazione non lineare, sottrazione di fondo, calibrazione di dati, posizionamento facilitato di picchi e variazione dei parametri del picco, automazione tramite script e molto altro. Il principale vantaggio del programma è la flessibilità: i parametri dei picchi possono essere arbitrariamente collegati con altri parametri, ad esempio la larghezza del picco può essere una variabile indipendente, può essere la stessa larghezza di un altro picco o un'espressione complicata relativa a tutti i picchi.

Per il materiale JavaScript nella documentazione è necessario libjs-sphinxdoc.

Gnuplot è una utilità portabile da riga di comando per tracciare interattivamente grafici a partire da dati e funzioni che supporta differenti formati di uscita, includendo driver per molte stampanti, (La)TeX, (x)fig, PostScript e altri. L'output per X11 è fornito dal pacchetto gnuplot-x11.

I file di dati e le funzioni auto-definite possono essere manipolati attraverso un linguaggio interno simile al C. È in grado di effettuare smussamenti, interpolazioni di spline o interpolazioni non lineari. È in grado di lavorare con numeri complessi.

Questo metapacchetto serve per installare un gnuplot completo di funzionalità (-qt, -x11 o -nox).

Può visualizzare, modificare, analizzare, processare, salvare e stampare immagini a 8, 16 e 32 bit. Può leggere molti formati immagine inclusi TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS e "raw". Gestisce "stack": una serie di immagini che condividono un'unica finestra.

Può calcolare statistiche su valori di area e pixel di selezioni definite dall'utente. Può misurare distanze ed angoli. Può creare istogrammi di densità e grafici con linee di contorno. Gestisce le funzioni standard di elaborazione delle immagini come manipolazione del contrasto, sharpening, sfumatura, rilevamento dei bordi e filtri mediani.

La calibrazione spaziale è disponibile per fornire misure dimensionali nel mondo reale in unità quali i millimetri. È anche disponibile la calibrazione della densità o della scala di grigi.

ImageJ è sviluppato da Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov) al Research Services Branch del National Institute of Mental Health di Bethesda nel Maryland, USA.

xylib è una libreria C++ per leggere file che contengono dati x-y relativi alla diffrazione da polveri, alla spettroscopia e ad altri metodi sperimentali.

Questo pacchetto contiene un piccolo programma, xyconv, che converte i file gestiti dalla libreria xylib in TSV (tab-separated value, valori separati da tabulazioni).

Ngraph è il programma per creare grafici scientifici in 2 dimensioni per ricercatori e ingegneri. Questo programma crea grafici avanzati che non possono essere creati dai fogli di calcolo. I grafici possono essere esportati in PostScript.

Octave è un linguaggio di alto livello (per la maggior parte compatibile con Matlab®) orientato principalmente al calcolo numerico. Fornisce una comoda interfaccia a riga di comando per risolvere numericamente problemi lineari e non.

Octave può essere esteso dinamicamente con file C++ forniti dall'utente.

PyMca è un insieme di applicazioni e librerie Python per l'analisi di spettri di fluorescenza a raggi X.

Le applicazioni incluse in questo pacchetto sono:

• edfviewer - visualizzazione e ispezione di file di dati in ESRF Data Format;
• elementsinfo - visualizza dati di raggi X specifici di un elemento;
• mca2edf - converte un file dal formato SPEC MCA a EDF;
• peakidentifier - visualizza picchi di fluorescenza a raggi X in un dato intervallo di energia;
• pymcabatch - fitting non interattivo di spettri;
• pymcapostbatch - post-elaborazione dei risultati del fitting non interattivo;
• pymca - analisi interattiva dei dati;
• pymcaroitool - strumento per immagini Region-of-interest (ROI).

Il toolkit PyMca può leggere file di dati nei formati SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA e SupaVisio.

Questi sono gli script del pacchetto.

Scilab è un pacchetto software scientifico basato su matrici. Scilab contiene centinaia di funzioni matematiche incorporate, ricche strutture di dati (inclusi polinomi, razionali, sistemi lineari, elenchi, ecc.) e viene fornito con diversi toolbox specifici per controlli, elaborazione di segnali, ...

Questo pacchetto fornisce anche Xcos, un editor grafico per progettare modelli di sistemi ibrido-dinamici. I modelli possono essere progettati, caricati, salvati, compilati e simulati. Soluzione stabile ed efficiente per necessità industriali e accademiche, Xcos fornisce funzionalità per la modellazione di sistemi meccanici (automobilistici, aeronautici, ...), circuiti idraulici (dighe, modelli di tubazioni, ...), sistemi di controllo, ecc. Sono anche fornite funzionalità di Modelica.

Installare il pacchetto "scilab-cli" per avere una versione minima di scilab.

Il progetto silx ha lo scopo di fornire una raccolta di pacchetti Python per supportare lo sviluppo di applicazioni di raccolta, riduzione e analisi di dati in impianti di radiazioni di sincrotrone. Ha lo scopo di fornire lettura/scrittura per differenti formati di file, procedure di riduzione dei dati e un insieme di widget Qt per navigare tra i dati e visualizzarli.

La versione attuale fornisce:

• lettura del formato di file HDF5 (con gestione del formato di file SPEC);
• istogrammi;
• fitting;
• visualizzazione 1D e 2D usando backend multipli (matplotlib o OpenGL);
• widget per disegno di immagini con un insieme di strumenti associati (vedere il file changelog);
• navigatore unificato per formati di file HDF5, SPEC e immagini che gestisce ispezione e visualizzazione di insiemi di dati n-dimensionali);
• visualizzatore unificato (silx view NOMEFILE) per formati di file HDF5, SPEC e immagini;
• widget basato su OpenGL per visualizzare campi scalari 3D con isosuperfici e piani di taglio.

Usa la versione Python 3 del pacchetto.

Spyder (precedentemente noto come Pydee) è un ambiente di sviluppo per Python, libero e open source, che fornisce funzionalità simili a MATLAB in un software semplice e leggero.

Questo è un pacchetto di transizione che dipende dal pacchetto spyder (che fornisce l'applicazione per Python 3). Può essere rimosso dopo l'installazione.

VisTrails è un flusso di lavoro scientifico e un sistema di gestione della provenienza sviluppato alla University of Utah che fornisce la gestione per la visualizzazione e l'esplorazione dei dati. Sebbene i flussi di lavoro siano stati tradizionalmente usati per automatizzare compiti ripetitivi, per applicazioni che sono esplorative per loro natura, come le simulazioni, la visualizzazione e l'analisi dei dati, poco viene ripetuto e i cambiamenti sono la norma. Mentre un ingegnere o uno scienziato genera e valuta le ipotesi sui dati oggetto di studio, una serie flussi lavoro differenti, sebbene correlati, viene creata mentre un flusso di lavoro viene messo a punto in un processo interattivo. VisTrails è stato progettato per gestire tali flussi di lavoro che evolvono rapidamente.

Maxima è un programma di calcolo totalmente simbolico. È completo di funzionalità poiché gestisce manipolazione simbolica di polinomi, matrici, funzioni razionali, integrali, metodi Todd-Coxeter per l'analisi dei gruppi finiti, grafici, calcoli in virgola mobile a precisione arbitraria. Comprende un debugger simbolico a livello di sorgente per il codice di maxima. Maxima è basato sull'originale Macsyma sviluppato al MIT negli anni Settanta. È piuttosto affidabile, è dotato di un buon garbage collector e non ha perdite di memoria. È fornito con centinaia di auto-test.

Questo pacchetto contiene un'interfaccia X Window basata sulle librerie Tcl/tk.

provides metadata and data access for scientific datasets, using OPeNDAP, OGC WMS and WCS, HTTP, and other remote data access protocols.

This R package provides functions that simulate the operation of a CCD area detector of the type commonly used in macromolecular X-ray crystallography. In addition to the simulation, functions allowing display, integration and statistical analysis of diffraction spot images are also included.

DISP was written to investigate possible improvements to error estimation for diffraction spot integration of data recorded on CCD detectors. That work was published in Waterman & Evans. Estimation of errors in diffraction data measured by CCD area detectors. Journal of Applied Crystallography 43(6), 2010.

NeXpy is designed to provide an intuitive interactive toolbox allowing users both to access existing NeXus files and to create new NeXus-conforming data structures without expert knowledge of the file format.