PAN Blend data-reduction-frameworks packages

Fityk is a flexible and portable program for nonlinear fitting of analytical functions (especially peak-shaped) to data (usually experimental data). In other words, for nonlinear peak separation and analysis.

It was developed for analyzing diffraction patterns, but can be also used in other fields, since concepts and operations specific for crystallography are separated from the rest of the program.

Fityk offers various nonlinear fitting methods, subtracting background, calibrating data, easy placement of peaks and changing peak parameters, automation of common tasks with scripts, and much more. The main advantage of the program is flexibility - parameters of peaks can be arbitrarily bound to each other, eg. the width of a peak can be an independent variable, can be the same as the width of another peak or can be given by a complicated - common to all peaks - formula.

libjs-sphinxdoc is necessary for the Javascript stuff in the documentation.

Gnuplot ist ein portables, interaktives, kommandozeilengesteuertes Plot-Programm für Daten und Funktionen, das viele Ausgabeformate unterstützt. Es enthält Treiber für eine Vielzahl von Druckern, (La)TeX, (x)fig, PostScript und so weiter. Die X11-Ausgabe befindet sich im Paket gnuplot-x11.

Die interne C-ähnliche Sprache kann Dateien mit Daten und selbstdefinierten Funktionen handhaben. Das Programm kann komplexe Zahlen verarbeiten und unterstützt Glättung sowie die Parameterbestimmung für nichtlineare und Spline-Näherungsfunktionen.

Dieses Paket soll ein voll funktionsfähiges Gnuplot installieren (-qt, -x11 oderr -nox).

It can display, edit, analyze, process, save and print 8-bit, 16-bit and 32-bit images. It can read many image formats including TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS and "raw". It supports "stacks", a series of images that share a single window.

It can calculate area and pixel value statistics of user-defined selections. It can measure distances and angles. It can create density histograms and line profile plots. It supports standard image processing functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge detection and median filtering.

Spatial calibration is available to provide real world dimensional measurements in units such as millimeters. Density or gray scale calibration is also available.

ImageJ is developed by Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), is at the Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

xylib is a C++ library for reading files that contain x-y data from powder diffraction, spectroscopy and other experimental methods.

This package contains a small program xyconv that converts files supported by the xylib library to TSV (tab-separated values).

Ngraph ist das Programm zur Erstellung wissenschaftlicher zweidimensionaler Graphen für Forscher und Ingenieure. Dieses Programm kann anspruchsvolle Graphen erstellen, die nicht durch Tabellenkalkulationen erstellt werden können. Die Graphen können als PostScript exportiert werden.

Octave ist eine (zum größten Teil zu MATLAB® kompatible) höhere Programmiersprache, die hauptsächlich für numerische Berechnungen gedacht ist. Sie stellt eine komfortable Kommandozeilenschnittstelle zur numerischen Lösung linearer und nichtlinearer Probleme bereit.

Octave kann dynamisch mittels vom Anwender bereitgestellter C++-Dateien erweitert werden.

PyMca is set of applications and Python libraries for analysis of X-ray fluorescence spectra.

The applications included in this package are:

• edfviewer - Display and inspection of data files in ESRF Data Format
• elementsinfo - Displays element specific X-ray data
• mca2edf - Converts files from SPEC MCA format to EDF
• peakidentifier - Displays X-ray fluorescence peaks in a given energy range
• pymcabatch - Batch fitting of spectra
• pymcapostbatch - Post-processing of batch fitting results
• pymca - Interactive data-analysis
• pymcaroitool - Region-of-interest (ROI) imaging tool

The PyMca toolkit can read data files in SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA and SupaVisio formats.

This are the scripts of the package.

Scilab ist ein matrixorientiertes, wissenschaftliches Softwarepaket. Es enthält hunderte integrierte mathematische Funktionen und reichhaltige Datenstrukturen (einschließlich Polynome, Brüche, lineare Systeme, Listen usw.). Beigelegt sind auch diverse spezifische Werkzeugsätze für Steuerung, Signalverarbeitung, …

Dieses Paket enthält außerdem Xcos, einen grafischen Editor zur Erstellung von Modellen für dynamische Hybridsysteme. Modelle können erstellt, geladen, abgespeichert, kompiliert und simuliert werden. Als stabile und effiziente Lösung für industrielle und akademische Anforderungen stellt Xcos Funktionalitäten zum Modellieren von mechanischen Systemen (Fahrzeug-, Flugtechnik, …), Hydraulikkreisläufen (Damm-, Rohrmodelle, …), Steuerungssystemen usw. bereit. Die Verwendung von Modelica ist möglich.

Das Paket »scilab-cli« installiert eine Minimalversion von Scilab.

The silx project aims at providing a collection of Python packages to support the development of data assessment, reduction and analysis applications at synchrotron radiation facilities. It aims at providing reading/writing different file formats, data reduction routines and a set of Qt widgets to browse and visualize data.

The current version provides :

• reading HDF5 file format (with support of SPEC file format)
• histogramming
• fitting
• 1D and 2D visualization using multiple backends (matplotlib or OpenGL)
• image plot widget with a set of associated tools (See changelog file).
• Unified browser for HDF5, SPEC and image file formats supporting inspection and visualization of n-dimensional datasets.
• Unified viewer (silx view filename) for HDF5, SPEC and image file formats
• OpenGL-based widget to display 3D scalar field with isosurface and cutting plane.

This uses the Python 3 version of the package.

Spyder (früher bekannt als Pydee) ist eine freie, quelloffene Python-Entwicklungsumgebung. Sie stellt Merkmale im Stil von MATLAB in einer einfachen und leichtgewichtigen Software bereit.

Dieses Übergangspaket hängt vom Paket spyder ab (das die Anwendung für Python 3 bereitstellt). Es kann nach der Installation entfernt werden.

VisTrails ist ein an der University of Utah entwickeltes Open-Source-System zur Verwaltung von Datenherkunft und wissenschaftlichen Arbeitsabläufen. Es unterstützt die Untersuchung und Visualisierung von Daten. Während Arbeitsabläufe traditionell zur Automatisierung sich wiederholender Aufgaben verwendet werden, wird bei Forschungsaufgaben (wie zum Beispiel Simulationen, Datenanalyse und Visualisierung) nur sehr wenig wiederholt - Veränderung ist die Norm. Während ein Ingenieur oder Wissenschaftler Hypothesen über die zu untersuchenden Daten erstellt und bewertet, wird eine Reihe von verschiedenen, wenn auch verwandten Arbeitsabläufen erstellt, während ein Arbeitsablauf in einem interaktiven Prozess entwickelt wird. VisTrails wurde entwickelt, um diese sich rasch entwickelnden Arbeitsabläufe zu verwalten.

Maxima ist ein Programm für Symbolisches Rechnen. Es bietet alle Möglichkeiten der symbolischen Manipulation von Polynomen, Matrizen, rationalen Funktionen, Integration, Todd-Coxeter-Methoden zur Analyse von finiten Gruppen, Zeichnen von Graphen und Berechnung von Fließkommazahlen mehrfacher Genauigkeit. Es enthält einen symbolischen Debugger auf Quellcode-Ebene für Maxima-Programmcode. Maxima beruht auf dem in den 1970ern am MIT entwickelten Macsyma. Es ist weitgehend verlässlich, verfügt über eine gute Speicherbereinigung und ist frei von Speicherlecks. Es ist mit Hunderten von Selbsttests ausgestattet.

Dieses Paket enthält eine X-Windows-Oberfläche für X unter Verwendung der Tcl/Tk-Bibliotheken.

provides metadata and data access for scientific datasets, using OPeNDAP, OGC WMS and WCS, HTTP, and other remote data access protocols.

This R package provides functions that simulate the operation of a CCD area detector of the type commonly used in macromolecular X-ray crystallography. In addition to the simulation, functions allowing display, integration and statistical analysis of diffraction spot images are also included.

DISP was written to investigate possible improvements to error estimation for diffraction spot integration of data recorded on CCD detectors. That work was published in Waterman & Evans. Estimation of errors in diffraction data measured by CCD area detectors. Journal of Applied Crystallography 43(6), 2010.

NeXpy is designed to provide an intuitive interactive toolbox allowing users both to access existing NeXus files and to create new NeXus-conforming data structures without expert knowledge of the file format.