Tasks page

This is a list of the Tasks Debian Med is made of:

Table of contents

• Biology
• Biology development
• Next generation sequencing
• Phylogeny
• Cloud
• Content management
• Covid-19
• Medical data
• Dental
• Epidemiology
• Hospital information systems
• Imaging
• Imaging development
• Laboratory
• Oncology
• Pharmacology
• Physics
• Practice
• Psychology
• Rehabilitation
• Research
• Statistics
• Tools
• Typesetting

Biology - paquets de bio-informatique de Debian Med

Ce métapaquet installera des paquets Debian utiles en biologie moléculaire, biologie structurale et d’autres sciences biologiques.

Official Debian packages with high relevance

Abacas

fermeture d'espaces dans des alignements génomiques depuis des lectures courtes

Abpoa

adaptive banded Partial Order Alignment

Abyss

assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

Acedb-other

Récupération d'ADN ou de séquences de protéines

Adapterremoval

découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes

Adun-core

simulateur moléculaire

Aegean

boîte d’amalgame d’outils d'analyse de génome

Aevol

modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico

Alien-hunter

Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal

Alter-sequence-alignment

environnement de transformation d'alignements de séquences génomiques

Altree

programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation

Amap-align

alignement multiple de séquences protéiques par appariement

Ampliconnoise

suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

Andi

estimation efficace de distances d'évolution

Anfo

aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG

Any2fasta

conversion de divers formats de séquences en FASTA

Aragorn

détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

Arden

contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

Ariba

identification de résistance antibiotique par assemblage

Art-nextgen-simulation-tools

outils de simulation pour créer des lectures de séquençage synthétiques de nouvelle génération

Artemis

navigateur de génome et outil d'annotation

Artfastqgenerator

création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence

Assembly-stats

obtention des statistiques d'assemblage à partir de fichiers FASTA et FASTQ

Assemblytics

détection et analyse de variantes structurelles à partir d’un assemblage de génome

Atac

comparaison de génomes d'assemblage en assemblage

Ataqv

contrôle de qualité et visualisation pour ATAC-seq

Atropos

Outil de taille de lecture NGS spécifique, sensible et rapide

Augur

composants pipeline pour l'analyse de virus en temps réel

Augustus

prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

Autodock

Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

Autodock-vina

chargement de petites molécules jusqu'aux protéines

Autogrid

Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

Avogadro

système de modélisation et d'imagerie moléculaire

Axe-demultiplexer

démultiplexeur de lecture de séquence ADN basé sur les arbres préfixes

Baitfisher

paquet logiciel de conception de sondes d'enrichissement hybrides

Bali-phy

inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

Ballview

modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire

Bamclipper

Remove gene-specific primer sequences from SAM/BAM alignments

Bamkit

tools for common BAM file manipulations

Bamtools

boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

Bandage

application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo

Barrnap

prédiction ribosomale rapide d'ARN

Bbmap

BBTools genomic aligner and other tools for short sequences

Bcalm

de Bruijn compaction in low memory

Bcftools

appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

Beads

détection par électrophorèse bidimensionnelle de tache d’images de gel

Beagle

appel de génotype, phasage de génotype et attribution de marqueurs non génotypés

Beast-mcmc

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

Beast2-mcmc

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

Bedops

opérations génomiques à haute performance

Bedtools

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

Belvu

visualisateur d’alignements de séquences multiples et outil phylogénétique

Berkeley-express

quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

Bifrost

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bio-eagle

phasage d'haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence

Bio-rainbow

partitionnement et assemblage de séquences courtes pour la bio-informatique

Bio-tradis

analyse des sorties d'analyses TraDIS de séquences de génomes

Bio-vcf

domain specific language (DSL) for processing the VCF format

Bioawk

extension d’awk pour l’analyse de séquences biologiques

Biobambam2

tools for early stage alignment file processing

Biosyntax

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – métapaquet

Bitseq

inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

Blasr

correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

Blixem

navigateur interactif d’alignements de séquences

Bolt-lmm

test efficace d’association de modèles mixtes bayésiens sur tout le génome de grandes cohortes

Bowtie

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Bowtie2

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Boxshade

Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

Bppphyview

afficheur phylogénétique pour Bio++

Bppsuite

suite de programmes Bio++

Brig

générateur d'images circulaires BLAST

Btllib-tools

??? missing short description for package btllib-tools :-(

Busco

benchmarking sets of universal single-copy orthologs

Bustools

manipulation de fichiers BUS pour des ensembles de données de séquençage d’ADN de cellule unique

Bwa

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

Canu

assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes

Cassiopee

outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques

Cat-bat

taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)

Cct

comparaison visuelle de séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou mitochondriales

Cd-hit

suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

Cdbfasta

indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

Centrifuge

système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

Cgview

visionneuse de génome circulaire

Changeo

boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

Chimeraslayer

détecte les simili-chimères dans les ADN amplifiés via réaction en chaîne par polymérase

Chromhmm

découverte et caractérisation d’état de chromatine

Chromimpute

attribution d’épigénome systématique à grande échelle

Cif-tools

Suite of tools to manipulate, validate and query mmCIF files

Circlator

circularisation d'assemblages de génomes

Circos

outil de dessin pour visualiser des données

Clearcut

reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace

Clonalframe

inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

Clonalframeml

inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

Clonalorigin

inférence de recombinaison homologue dans les bactéries grâce à des séquences de génomes entiers

Clustalo

programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

Clustalw

alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

Clustalx

alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique

Cnvkit

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

Codonw

analyse de correspondance d'utilisation de codon

Comet-ms

moteur de recherche de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS)

Concavity

prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation

Conservation-code

outil de notation de la conservation des séquences de protéines

Coot

model building program for macromolecular crystallography

Covtobed

conversion de « track » de couverture d’un fichier BAM dans un fichier BED

Crac

integrated RNA-Seq read analysis

Csb

Computational Structural Biology Toolbox (CSB)

Ctffind

fast and accurate defocus estimation from electron micrographs

Cutadapt

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

Cutesv

comprehensive discovery of structural variations of genomic sequences

Daligner

alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide

Damapper

long read to reference genome mapping tool

Datamash

outil de statistiques pour interface en ligne de commande

Dawg

simulate the evolution of recombinant DNA sequences

Dazzdb

manage nucleotide sequencing read data

Deblur

deconvolution for Illumina amplicon sequencing

Deepnano

alternative basecaller for MinION reads of genomic sequences

Delly

découverte de variantes structurelles par analyse des lectures

Density-fitness

Calculates per-residue electron density scores

Dextractor

(d)extractor and compression command library

Dialign

alignement de plusieurs séquences par segments

Dialign-tx

alignement séquentiel multiple basé sur les segments

Diamond-aligner

aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

Discosnp

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

Disulfinder

prédiction de pont disulfure et de leur connectivité

Dnaclust

outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN

Dnarrange

méthode pour trouver des réarrangements de lectures longues d’ADN relatives à une séquence génomique

Dotter

comparaison détaillée de deux séquences génétiques

Drop-seq-tools

analyzing Drop-seq data

Dssp

assignation de la structure secondaire de la protéine basée sur la structure en 3D

Dwgsim

simulateur de lectures courtes de séquençage

E-mem

calcul efficace des MEM pour de très grands génomes

Ea-utils

command-line tools for processing biological sequencing data

Ecopcr

estimate PCR barcode primers quality

Edtsurf

surfaces de maillage triangulaire pour les structures de protéines

Eigensoft

reduction of population bias for genetic analyses

Elph

DNA/protein sequence motif finder

Embassy-domainatrix

commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines

Embassy-domalign

commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines

Embassy-domsearch

commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine

Emboss

ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

Emmax

cartographie génétique en fonction de la structure de la population

Estscan

détecteur indépendant du cadre de lecture ouvert pour les séquences codantes d’ADN

Examl

code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

Exonerate

outil générique pour la comparaison de deux séquences

Fasta3

tools for searching collections of biological sequences

Fastahack

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

Fastani

Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity

Fastaq

outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ

Fastdnaml

outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN

Fastlink

version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage

Fastml

reconstruction d’ancestrales séquences d’acide aminé par maximum de vraisemblance

Fastp

Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

Fastq-pair

réécriture des appairages fastq pour que toutes les lectures aient une partenaire et éviter les singletons

Fastqc

contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

Fastqtl

mappage de LCQ (locus de caractères quantitatifs) dans cis pour les phénotypes moléculaires

Fasttree

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

Ffindex

index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers

Figtree

visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

Filtlong

quality filtering tool for long reads of genome sequences

Fitgcp

fitting genome coverage distributions with mixture models

Flash

Fast Length Adjustment of SHort reads

Flexbar

code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

Flye

assembleur de novo pour les lectures de séquençage de molécule unique utilisant un graphe de répétitions

Fml-asm

outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions

Freebayes

détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage

Freecontact

prédicteur rapide de contact de protéine

Fsa

Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences

Fsm-lite

frequency-based string mining (lite)

Gamgi

interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)

Garli

phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood

Garlic

logiciel de visualisation de biomolécules

Gasic

genome abundance similarity correction

Gatb-core

Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

Gbrowse

navigateur de génome générique GMOD

Gdpc

Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire

Gemma

Genome-wide Efficient Mixed Model Association

Genometester

boîte à outils pour réaliser des opérations d’ensembles sur des listes de k-mères

Genomethreader

outil logiciel pour le calcul de prédictions de structure de gène

Genometools

boîte à outils polyvalente d'analyse du génome

Genomicsdb-tools

sparse array storage library for genomics (tools)

Gentle

??? missing short description for package gentle :-(

Gff2aplot

tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

Gff2ps

Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF

Gffread

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

Ggd-utils

programs for use in ggd

Ghemical

environnement de modélisation moléculaire sous GNOME

Ghmm

General Hidden-Markov-Model library - tools

Glam2

motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées

Gmap

alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

Grabix

wee tool for random access into BGZF files

Graphlan

circular representations of taxonomic and phylogenetic trees

Grinder

simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques

Gromacs

Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

Gsort

sort genomic data

Gubbins

phylogenetic analysis of genome sequences

Gwama

Genome-Wide Association Meta Analysis

Harvest-tools

archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »

Hhsuite

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

Hilive

alignement en temps réel des lectures Illumina

Hisat2

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

Hmmer

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

Hmmer2

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

Hyphy-mpi

Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)

Hyphy-pt

Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)

Idba

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

Igblast

Immunoglobulin and T cell receptor variable domain sequence analysis

Igor

infers V(D)J recombination processes from sequencing data

Igv

visualiseur génomique intégratif

Indelible

powerful and flexible simulator of biological evolution

Infernal

inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

Insilicoseq

simulateur de séquençage produisant des lectures Illumina réalistes

Ipig

intégration de PSM dans des visualisations de navigateur de génome

Iqtree

logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

Iva

assemblage itératif de séquences virales

Jaligner

algorithme de Smith-Waterman avec l'amélioration de Gotoh

Jalview

éditeur d'alignement multiple

Jellyfish

count k-mers in DNA sequences

Jellyfish1

count k-mers in DNA sequences

Jmodeltest

sélection par calculs intensifs de modèle de substitution de nucléotide

Jmol

visualisateur moléculaire

Kalign

Alignement séquentiel multiple global et progressif

Kallisto

quantification RNA-seq presque optimale

Kaptive

obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

Khmer

comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive

Kineticstools

détection de modification d’ADN

King-probe

évaluation et visualisation de compacité interatomique de protéines

Kissplice

détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

Kleborate

tool to screen Klebsiella genome assemblies

Kma

mapping genomic sequences to raw reads directly against redundant databases

Kmc

décompte de k-mers dans des séquences de génome

Kmer

suite of tools for DNA sequence analysis

Kmerresistance

correlates mapped genes with the predicted species of WGS samples

Kraken

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

Kraken2

taxonomic classification system using exact k-mer matches

Lagan

alignement global de séquences génomiques par paire, hautement paramétrable

Lamarc

analyse de vraisemblance avec l’algorythme de Metropolis en utilisant la théorie de la coalescence

Lamassemble

fusion de lectures « longues » d’ADN chevauchantes en séquences consensus

Lambda-align

Local Aligner for Massive Biological DatA

Lambda-align2

Local Aligner for Massive Biological DatA - v2

Last-align

comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

Lastz

pairwise aligning DNA sequences

Leaff

biological sequence library utilities and applications

Lefse

determine features of organisms, clades, taxonomic units, genes

Libpwiz-tools

ProteoWizard command line tools

Librg-utils-perl

analyseurs syntaxiques et les utilitaires de conversion de format, utilisés par profphd

Libvcflib-tools

C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)

Lighter

fast and memory-efficient sequencing error corrector

Loki

analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov

Ltrsift

post-traitement et classification de rétrotransposons LTR

Lucy

DNA sequence quality and vector trimming tool

Lumpy-sv

general probabilistic framework for structural variant discovery

Macs

analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

Macsyfinder

detection of macromolecular systems in protein datasets

Maffilter

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

Mafft

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

Malt

sequence alignment and analysis tool to process sequencing data

Mapdamage

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

Mapsembler2

bioinformatics targeted assembly software

Maq

correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

Maqview

graphical read alignment viewer for short gene sequences

Mash

estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

Massxpert

paquet de transition pour massxpert -> massxpert2

Mauve-aligner

multiple genome alignment

Mcaller

recherche de méthylation dans les lectures de nanopore

Mecat2

ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads

Megadepth

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

Megahit

ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler

Megan-ce

interactive tool to explore and analyse microbiome sequencing data

Melting

calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique

Meryl

in- and out-of-core kmer counting and utilities

Metabat

robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data

Metaeuk

sensitive, high-throughput gene discovery and annotation for metagenomics

Metaphlan

Metagenomic Phylogenetic Analysis

Metastudent

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence

Mhap

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

Microbegps

outil d’investigation pour le profilage taxonomique de données métagénomiques

Microbiomeutil

utilitaires d'analyse de microbiome

Mindthegap

détection et assemblage de variantes d’insertion d’ADN dans les ensembles de lectures NGS

Minexpert2

visualisation et fouille de données de spectrométrie de masse MS^n – exécutable

Minia

assembleur de lectures courtes de séquences biologiques

Miniasm

assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées

Minimac4

Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM

Minimap

correspondances approximatives de longues séquences biologiques telles que les lectures d’ADN

Minimap2

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Mipe

Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR

Mira-assembler

assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

Mirtop

annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming

Mlv-smile

Find statistically significant patterns in sequences

Mmb

model the structure and dynamics of macromolecules

Mmseqs2

recherche et partitionnement de protéines ultra rapide et sensible

Mosdepth

calcul de couverture BAM/CRAM de séquençage biologique

Mothur

ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

Mptp

single-locus species delimitation

Mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny

Multiqc

output integration for RNA sequencing across tools and samples

Mummer

Alignement de séquence efficace de génomes complets

Murasaki

homology detection tool across multiple large genomes

Murasaki-mpi

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Muscle

programme d'alignements multiples de séquences de protéine

Muscle3

multiple alignment program of protein sequences

Mustang

alignement structurel multiple de protéines

Nanofilt

filtrage et ajustement de données de séquençage de longues lectures

Nanolyse

remove lambda phage reads from a fastq file

Nanook

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data

Nanopolish

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Nanostat

statistics on long biological sequences

Nanosv

structural variant caller for nanopore data

Nast-ier

NAST-based DNA alignment tool

Ncbi-acc-download

download genome files from NCBI by accession

Ncbi-blast+

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

Ncbi-blast+-legacy

script d’appel de legacy de BLAST du NCBI

Ncbi-entrez-direct

NCBI Entrez utilities on the command line

Ncbi-epcr

outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN

Ncbi-seg

tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences

Ncbi-tools-bin

bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

Ncbi-tools-x11

bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires⋅X

Ncl-tools

outil pour traiter avec les fichiers NEXUS

Ncoils

prédiction de structure secondaire de superhélice

Neobio

calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides

Ngmlr

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Njplot

programme de dessin d’arbre phylogénétique

Norsnet

tool to identify unstructured loops in proteins

Norsp

predictor of non-regular secondary structure

Ntcard

Streaming algorithm to estimate cardinality in genomics datasets

Nxtrim

Optimized trimming of Illumina mate pair reads

Obitools

programmes d’analyse de données NGS dans un contexte de barcoding moléculaire

Openms

package for LC/MS data management and analysis

Optimir

Integrating genetic variations in miRNA alignment

Pal2nal

converts proteins to genomic DNA alignment

Paleomix

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

Paml

PAML – analyse de phylogenèse par maximum de vraisemblance

Paraclu

Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

Parasail

Aligner based on libparasail

Parsinsert

Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

Parsnp

rapid core genome multi-alignment

Patman

rapid alignment of short sequences to large databases

Pbdagcon

sequence consensus using directed acyclic graphs

Pbhoney

genomic structural variation discovery

Pbjelly

genome assembly upgrading tool

Pbsim

simulateur pour les lectures de séquences de PacBio

Pbsuite

software for Pacific Biosciences sequencing data

Pdb2pqr

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

Perlprimer

Conception graphique d'amorce de PCR

Perm

efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

Pftools

construction et recherche de profils généralisés de protéine et d’ADN

Phast

phylogenetic analysis with space/time models

Phipack

PHI test and other tests of recombination

Phybin

binning/clustering newick trees by topology

Phylip

paquet de programmes pour déduire les phylogénies

Phylonium

Fast and Accurate Estimation of Evolutionary Distances

Phyml

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

Physamp

sample sequence alignment corresponding to phylogeny

Phyutility

simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

Phyx

UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences

Picard-tools

outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

Picopore

lossless compression of Nanopore files

Pigx-rnaseq

pipeline pour des analyses de séquençage d’ARN distribuées et avec des points de contrôle

Piler

genomic repeat analysis

Pilercr

software for finding CRISPR repeats

Pilon

automated genome assembly improvement and variant detection tool

Pinfish

outils pour l’annotation de génomes en utilisant des données transcriptomiques de lectures longues

Pique

software pipeline for performing genome wide association studies

Pirs

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

Pizzly

identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

Placnet

Plasmid Constellation Network project

Plasmidid

mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool

Plasmidomics

dessin de plasmides et de vecteurs avec export de graphiques en PostScript

Plasmidseeker

identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads

Plast

Parallel Local Sequence Alignment Search Tool

Plink

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

Plink1.9

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

Plink2

whole-genome association analysis toolset

Plip

fully automated protein-ligand interaction profiler

Poa

alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

Populations

logiciel de génétique de populations

Porechop

adapter trimmer for Oxford Nanopore reads

Poretools

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

Pplacer

phylogenetic placement and downstream analysis

Prank

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

Predictnls

prédiction et analyse de signaux de localisation nucléaire de protéines

Presto

toolkit for processing B and T cell sequences

Prime-phylo

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

Primer3

outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

Prinseq-lite

PReprocessing and INformation of SEQuence data (lite version)

Proalign

logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes

Probabel

Toolset for Genome-Wide Association Analysis

Probalign

alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

Probcons

alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

Proda

Alignement multiple de séquences protéiques

Prodigal

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

Profbval

prédicteur des résidus de protéine flexibles/rigides à partir d'une séquence

Profisis

prédiction des sites d'interaction protéine-protéine à partir d'une séquence

Profnet-bval

architecture de réseaux de neurones pour profbval

Profnet-chop

architecture de réseaux de neurones pour profchop

Profnet-con

architecture de réseaux de neurones pour profcon

Profnet-isis

architecture de réseaux de neurones pour profisis

Profnet-md

architecture de réseaux de neurones pour le paquet metadisorder

Profnet-norsnet

neural network architecture for norsnet

Profnet-prof

architecture de réseau neuronal pour profacc

Profnet-snapfun

neural network architecture for snapfun

Profphd

secondary structure and solvent accessibility predictor

Profphd-net

architecture de réseaux de neurones pour le paquet profphd

Profphd-utils

utilitaires d’assistance de profphd, convert_seq et filter_hssp

Proftmb

per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels

Progressivemauve

multiple genome alignment algorithms

Prokka

rapid annotation of prokaryotic genomes

Proteinortho

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Prottest

selection of best-fit models of protein evolution

Provean

Protein Variation Effect Analyzer

Pscan-chip

ChIP-based identifcation of TF binding sites

Pscan-tfbs

search for transcription factor binding sites

Psortb

outil de prédiction de localisation bactérienne

Pullseq

Extract sequence from a fasta or fastq

Pycoqc

calcul de métriques et génération de tracés interactifs de chimie quantique

Pycorrfit

outil pour l’ajustement de courbes de corrélation sur un tracé logarithmique

Pyensembl

installs data from the Ensembl genome database

Pyfastx

fast random access to sequences from FASTA/Q file - command

Pymol

système de graphismes moléculaires

Pyscanfcs

scientific tool for perpendicular line scanning FCS

Python3-biomaj3-daemon

BioMAJ daemon library

Python3-bioxtasraw

traitement de données biologiques de diffusion des rayons X aux petits angles

Python3-cogent3

framework pour la biologie du génome

Python3-emperor

visualizing high-throughput microbial community data

Python3-geneimpacts

wraps command line tools to assess variants in gene sequences

Python3-gffutils

Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

Python3-pairtools

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Python3-pybedtools

enveloppe de Python 3 pour BEDTools pour des tâches de bio-informatique

Python3-sqt

SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data

Python3-treetime

inférence de phylogénies marquées temporellement et reconstruction ancestrale – Python 3

Pyvcf

helper scripts for Variant Call Format (VCF) parser

Qcat

demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files

Qcumber

quality control of genomic sequences

Qiime

QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

Qtltools

Tool set for molecular QTL discovery and analysis

Quicktree

algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies

Quorum

QUality Optimized Reads of genomic sequences

Qutemol

visualisation interactive de macromolécules

R-bioc-annotate

annotations de BioConductor pour les puces à ADN

R-bioc-biostrings

GNU R string objects representing biological sequences

R-bioc-bitseq

inférence de transcription d’expression et analyse pour des données de RNA-seq

R-bioc-cner

CNE Detection and Visualization

R-bioc-cummerbund

tool for analysis of Cufflinks RNA-Seq output

R-bioc-deseq2

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

R-bioc-ebseq

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

R-bioc-edger

analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

R-bioc-genefilter

methods for filtering genes from microarray experiments

R-bioc-geoquery

Get data from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)

R-bioc-hilbertvis

paquet de GNU R pour visualiser de grands vecteurs de données

R-bioc-htsfilter

GNU R filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data

R-bioc-impute

Imputation for microarray data

R-bioc-limma

modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

R-bioc-megadepth

BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

R-bioc-mergeomics

Integrative network analysis of omics data

R-bioc-metagenomeseq

GNU R statistical analysis for sparse high-throughput sequencing

R-bioc-mofa

MOFA (Multi-Omics Factor Analysis)

R-bioc-mofa2

??? missing short description for package r-bioc-mofa2 :-(

R-bioc-multiassayexperiment

Software for integrating multi-omics experiments in BioConductor

R-bioc-mutationalpatterns

GNU R comprehensive genome-wide analysis of mutational processes

R-bioc-phyloseq

GNU R handling and analysis of high-throughput microbiome census data

R-bioc-rtracklayer

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

R-bioc-scater

Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R

R-bioc-tfbstools

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

R-cran-adegenet

GNU R exploratory analysis of genetic and genomic data

R-cran-adephylo

GNU R exploratory analyses for the phylogenetic comparative method

R-cran-alakazam

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

R-cran-ape

paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

R-cran-bio3d

paquet GNU R pour l'analyse de structures biologiques

R-cran-distory

GNU R distance between phylogenetic histories

R-cran-genabel

??? missing short description for package r-cran-genabel :-(

R-cran-kaos

encodage de séquence basé sur le Chaos de matrice de fréquence

R-cran-phangorn

GNU R package for phylogenetic analysis

R-cran-phytools

GNU R phylogenetic tools for comparative biology

R-cran-pscbs

R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers

R-cran-qtl

paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques

R-cran-rotl

GNU R interface to the 'Open Tree of Life' API

R-cran-samr

GNU R significance analysis of microarrays

R-cran-sdmtools

Species Distribution Modelling Tools

R-cran-seqinr

GNU R biological sequences retrieval and analysis

R-cran-seurat

Tools for Single Cell Genomics

R-cran-shazam

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

R-cran-spp

GNU R ChIP-seq processing pipeline

R-cran-tcr

Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires

R-cran-tigger

Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data

R-cran-treespace

Statistical Exploration of Landscapes of Phylogenetic Trees

R-cran-tsne

t-distributed stochastic neighbor embedding for R (t-SNE)

R-cran-vegan

Community Ecology Package for R

R-cran-webgestaltr

find over-represented properties in gene lists

R-cran-wgcna

Weighted Correlation Network Analysis

R-other-ascat

Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumours

R-other-mott-happy.hbrem

GNU R package for fine-mapping complex diseases

R-other-rajewsky-dropbead

Basic Exploration and Analysis of Drop-seq Data

Racon

consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

Radiant

explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts

Ragout

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Rambo-k

Read Assignment Method Based On K-mers

Rampler

module for sampling genomic sequences

Rapmap

rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping

Rasmol

visualisation de macromolécules biologiques

Raster3d

outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules

Rate4site

detector of conserved amino-acid sites

Raxml

ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

Ray

de novo genome assemblies of next-gen sequencing data

Rdp-alignment

paquet d’outils d’alignement de RDP (Ribosomal Database Project)

Rdp-classifier

extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

Rdp-readseq

Ribosomal Database Project (RDP) sequence reading and writing

Readseq

conversion entre formats de séquences

Readucks

Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)

Reapr

outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes

Recan

tracé de distances génétiques l’analyse de recombinaison d’évènements

Relion

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

Relion-gui

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)

Repeatmasker-recon

finds repeat families from biological sequences

Reprof

prédicteur de structure secondaire de protéines et d'accessibilité

Resfinder

identify acquired antimicrobial resistance genes

Rna-star

aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

Rnahybrid

prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible

Roary

pipeline de pangénome autonome et très rapide

Rockhopper

system for analyzing bacterial RNA-seq data

Roguenarok

versatile and scalable algorithm for rogue taxon identification

Rsem

RNA-Seq by Expectation-Maximization

Rtax

classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

Runcircos-gui

outil graphique pour exécuter circos

Saint

Significance Analysis of INTeractome

Salmid

rapid Kmer based Salmonella identifier from sequence data

Salmon

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

Sambamba

tools for working with SAM/BAM data

Samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads

Samclip

filter SAM file for soft and hard clipped alignments

Samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Savvy-util

conversion tool for SAV file format

Scoary

pangenome-wide association studies

Scrappie

basecaller for Nanopore sequencer

Scrm

simulator of evolution of genetic sequences

Scythe

élagage bayésien d’adaptateurs pour des lectures de séquence

Seaview

interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

Seer

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Segemehl

associations de lectures courtes avec des trous

Sepp

phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models

Seqan-apps

C++ library for the analysis of biological sequences

Seqan-needle

pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences

Seqan-raptor

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Seqkit

cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation

Seqmagick

imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

Seqprep

stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap

Seqsero

Salmonella serotyping from genome sequencing data

Seqtk

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

Sga

de novo genome assembler that uses string graphs

Shasta

nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)

Shovill

assemblage de génomes d’isolats bactériens à partir de lectures paired-end Illumina

Sibelia

comparative genomics tool

Sibsim4

Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN

Sickle

outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité

Sigma-align

alignement de multiples séquences d'ADN non codant

Sim4

Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique

Sim4db

alignement par lot d’épissages de séquences de cDNA pour un génome cible

Simka

comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

Simkamin

approximate comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

Ska

Split Kmer Analysis

Skesa

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

Skewer

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

Smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool

Smithwaterman

determination de régions similaires entre deux chaines de séquences génomiques

Smrtanalysis

software suite for single molecule, real-time sequencing

Snap

location of genes from DNA sequence with hidden markov model

Snap-aligner

Scalable Nucleotide Alignment Program

Sniffles

structural variation caller using third-generation sequencing

Snippy

rapid haploid variant calling and core genome alignment

Snp-sites

code binaire pour le paquet snp-sites

Snpeff

genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool

Snpomatic

logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

Snpsift

outil d’annotation et de manipulation de variations génomiques – outil

Soapaligner

aligner of short reads of next generation sequencers

Soapdenovo

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo

Soapdenovo2

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo

Soapsnp

resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes

Sortmerna

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

Sourmash

??? missing short description for package sourmash :-(

Spaced

alignment-free sequence comparison using spaced words

Spades

assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

Spaln

alignement de transcriptions selon les épissures pour l’ADN génomique

Spoa

SIMD partial order alignment tool

Sprai

single-pass sequencing read accuracy improver

Spread-phy

analyze and visualize phylogeographic reconstructions

Sra-toolkit

utilities for the NCBI Sequence Read Archive

Srst2

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

Ssake

application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

Sspace

scaffolding pre-assembled contigs after extension

Ssw-align

aligneur Smith-Waterman basé sur libssw

Stacks

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Staden

DNA sequence assembly (Gap4/Gap5), editing and analysis tools

Staden-io-lib-utils

programs for manipulating DNA sequencing files

Stringtie

assemble short RNAseq reads to transcripts

Subread

boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération

Suitename

categorize each suite in an RNA backbone

Sumaclust

fast and exact clustering of genomic sequences

Sumatra

fast and exact comparison and clustering of sequences

Sumtrees

Phylogenetic Tree Summarization and Annotation

Surankco

Supervised Ranking of Contigs in de novo Assemblies

Surpyvor

modification of VCF files with SURVIVOR

Survivor

tool set for simulating/evaluating SVs

Svim

Structural variant caller for long sequencing reads

Swarm

méthode de regroupement robuste et rapide pour des études basées sur les amplicons

Sweed

estimation des SNP pour leur apport évolutionnaire

T-coffee

alignement multiple de séquences

Tabix

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

Tantan

masqueur de répétitions en tandem peu complexes pour bioséquences

Terraphast

enumerate terraces in phylogenetic tree space

Theseus

superimpose macromolecules using maximum likelihood

Thesias

Testing Haplotype Effects In Association Studies

Tiddit

structural variant calling

Tigr-glimmer

Gene detection in archea and bacteria

Tipp

tool for Taxonomic Identification and Phylogenetic Profiling

Tm-align

structural alignment of proteins

Tnseq-transit

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

Toil

cross-platform workflow engine

Tombo

identification of modified nucleotides from raw nanopore sequencing data

Tophat

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

Tophat-recondition

post-processor for TopHat unmapped reads

Topp

set of programs implementing The OpenMS Proteomic Pipeline

Toppred

transmembrane topology prediction

Tortoize

Application to calculate ramachandran z-scores

Trace2dbest

bulk submission of chromatogram data to dbEST

Tracetuner

interpretation of DNA Sanger sequencing data

Transdecoder

find coding regions within RNA transcript sequences

Transrate-tools

helper for transrate

Transtermhp

find rho-independent transcription terminators in bacterial genomes

Tree-ppuzzle

Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

Tree-puzzle

Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

Treeview

Java re-implementation of Michael Eisen's TreeView

Treeviewx

Displays and prints phylogenetic trees

Trf

locate and display tandem repeats in DNA sequences

Trim-galore

automate quality and adapter trimming for DNA sequencing

Trimmomatic

flexible read trimming tool for Illumina NGS data

Trinityrnaseq

RNA-Seq De novo Assembly

Tvc

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

Twopaco

build the compacted de Bruijn graph from many complete genomes

Uc-echo

error correction algorithm designed for short-reads from NGS

Ugene

integrated bioinformatics toolkit

Umap-learn

Uniform Manifold Approximation and Projection

Umis

tools for processing UMI RNA-tag data

Uncalled

Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA

Unicycler

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

Unikmer

Toolkit for nucleic acid k-mer analysis

Varna

Visualization Applet for RNA

Vcfanno

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcftools

Collection of tools to work with VCF files

Velvet

Nucleic acid sequence assembler for very short reads

Velvet-long

Nucleic acid sequence assembler for very short reads, long version

Velvetoptimiser

automatically optimise Velvet do novo assembly parameters

Veryfasttree

Speeding up the estimation of phylogenetic trees from sequences

Vg

tools for working with genome variation graphs

Viewmol

interface graphique pour les programmes de calculs de chimie

Virulencefinder

identify virulence genes in total or partial sequenced isolates of bacteria

Vmatch

large scale sequence analysis software

Vsearch

tool for processing metagenomic sequences

Vt

toolset for short variant discovery in genetic sequence data

Wham-align

Wisconsin's High-Throughput Alignment Method

Wigeon

reimplementation of the Pintail 16S DNA anomaly detection utility

Wise

comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

Xpore

Nanopore analysis of differential RNA modifications

Yaha

find split-read mappings on single-end queries

Yanagiba

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore

Yanosim

read simulator nanopore DRS datasets

Official Debian packages with lower relevance

Adun.app

simulateur moléculaire pour GNUstep − interface graphique

Catfishq

concatenates fastq files

Conda-package-handling

création et extraction de paquets conda de différents formats

Dascrubber

alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

Dnapi

prédiction d’adaptateur pour de petits séquençages d’ARN – outils

Emboss-explorer

interface web graphique pour EMBOSS

Getdata

management of external databases

Hts-nim-tools

tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check

Idseq-bench

Benchmark generator for the IDseq Portal

Illustrate

cartoonish representations of large biological molecules

Libhdf5-dev

HDF5 - development files - serial version

Libhnswlib-dev

fast approximate nearest neighbor search

Maude

cadriciel logique de haute performance

Metastudent-data

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data files

Metastudent-data-2

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data #2

Mrs

système de recherche d'information pour les banques de données

Python3-alignlib

edit and Hamming distances for biological sequences

Python3-anndata

annotated gene by sample numpy matrix

Python3-cgecore

Python3 module for the Center for Genomic Epidemiology

Python3-cyvcf2

VCF parser based on htslib (Python 3)

Python3-deeptools

platform for exploring biological deep-sequencing data

Python3-deeptoolsintervals

gestion de style GTF de séquences, intervalles associés, annotations

Python3-htseq

Python3 high-throughput genome sequencing read analysis utilities

Python3-intake

lightweight package for finding and investigating data

Python3-loompy

access loom formatted files for bioinformatics

Python3-nanoget

extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments

Python3-nanomath

simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts

Python3-ncls

datastructure for interval overlap queries

Python3-py2bit

access to 2bit files

Python3-pybel

Biological Expression Language

Python3-pychopper

identify, orient and trim full-length Nanopore cDNA reads

Python3-pyfaidx

efficient random access to fasta subsequences for Python 3

Python3-pyflow

??? missing short description for package python3-pyflow :-(

Python3-pyranges

2D representation of genomic intervals and their annotations

Python3-pyrle

run length arithmetic in Python

Python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Python3-tinyalign

numerical representation of differences between strings

Q2-alignment

QIIME 2 plugin for generating and manipulating alignments

Q2-cutadapt

greffon de QIIME 2 pour travailler avec des adaptateurs dans des données de séquence

Q2-dada2

greffon de QIIME 2 pour travailler avec des adaptateurs dans des données de séquence

Q2-demux

QIIME 2 plugin for demultiplexing of sequence reads

Q2-emperor

QIIME2 plugin for display of ordination plots

Q2-feature-classifier

classification taxinomique gérant le greffon QIIME 2

Q2-feature-table

QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables

Q2-fragment-insertion

QIIME 2 plugin for fragment insertion

Q2-metadata

QIIME 2 plugin for working with and visualizing Metadata

Q2-phylogeny

QIIME 2 plugin for phylogeny

Q2-quality-control

QIIME 2 plugin for quality assurance of feature and sequence data

Q2-quality-filter

QIIME2 plugin for PHRED-based filtering and trimming

Q2-sample-classifier

QIIME 2 plugin for machine learning prediction of sample data

Q2-taxa

QIIME 2 plugin for working with feature taxonomy annotations

Q2-types

QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis

Q2cli

Click-based command line interface for QIIME 2

Q2templates

Design template package for QIIME 2 Plugins

R-bioc-annotationhub

client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

R-bioc-aroma.light

méthodes de BioConductor de normalisation et de visualisation de données de puces à ADN

R-bioc-beachmat

E/S pour plusieurs formats de stockage de données de matrice

R-bioc-biocneighbors

Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages

R-bioc-biocsingular

décomposition en valeurs singulières pour les paquets de Bioconductor

R-bioc-ctc

conversion d’arbre et de regroupement

R-bioc-dnacopy

paquet de R : analyse des données de nombre de copies d'ADN

R-bioc-ensembldb

GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database

R-bioc-experimenthub

client BioConductor pour accéder aux ressources d’ExperimentHub

R-bioc-geneplotter

paquet de R de fonctions de tracé de données génomiques

R-bioc-genomicalignments

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

R-bioc-genomicfiles

Distributed computing by file or by range

R-bioc-genomicranges

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

R-bioc-go.db

annotation maps describing the entire Gene Ontology

R-bioc-grohmm

GRO-seq Analysis Pipeline

R-bioc-gviz

Plotting data and annotation information along genomic coordinates

R-bioc-isoformswitchanalyzer

Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and

R-bioc-org.hs.eg.db

genome-wide annotation for Human

R-bioc-qusage

qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression

R-bioc-savr

GNU R parse and analyze Illumina SAV files

R-bioc-singlecellexperiment

S4 Classes for Single Cell Data

R-bioc-structuralvariantannotation

Variant annotations for structural variants

R-bioc-tximport

estimations au niveau transcription de séquences biologiques

R-cran-amap

Another Multidimensional Analysis Package

R-cran-biwt

biweight mean vector and covariance and correlation

R-cran-boolnet

assembling, analyzing and visualizing Boolean networks

R-cran-corrplot

visualisation d’une matrice de corrélation

R-cran-dynamictreecut

méthodes pour la détection de regroupements pour le regroupement hiérarchique

R-cran-epir

fonctions de GNU R pour l’analyse de données épidémiologiques

R-cran-fitdistrplus

support fit of parametric distribution

R-cran-forecast

GNU R forecasting functions for time series and linear models

R-cran-gprofiler2

Interface to the 'g:Profiler' Toolset

R-cran-minerva

Maximal Information-Based Nonparametric Exploration

R-cran-optimalcutpoints

calcul des points de coupure optimaux dans des tests de diagnostic

R-cran-parmigene

information mutuelle en parrallèle pour établir des réseaux géniques

R-cran-pheatmap

GNU R package to create pretty heatmaps

R-cran-qqman

R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots

R-cran-rcpphnsw

R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors

R-cran-rentrez

interface GNU R pour l’API EUtils du NCBI

R-cran-sctransform

Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data

Resfinder-db

ResFinder database is a curated database of acquired resistance genes

Science-workflow

workflow management systems useful for scientific research

Debian packages in contrib or non-free

Arb

phylogenetic sequence analysis suite - main program

Bcbio

toolkit for analysing high-throughput sequencing data

Blimps-utils

blocks database improved searcher

Caftools

maintenance of DNA sequence assemblies

Cluster3

??? missing short description for package cluster3 :-(

Cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Embassy-phylip

EMBOSS conversions of the programs in the phylip package

Relion-cuda

parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

Relion-gui-cuda

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)

Seq-gen

simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences

Seqcluster

analysis of small RNA in NGS data

Sift

predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect

Solvate

arranges water molecules around protein structures

Trnascan-se

detection of transfer RNA genes in genomic sequence

Varscan

variant detection in next-generation sequencing data

Vdjtools

framework for post-analysis of B/T cell repertoires

Vienna-rna

RNA sequence analysis

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Acacia

Error-corrector for pyrosequenced amplicon reads.

Agat

another GFF analysis toolkit

Amos-assembler

modular whole genome assembler

Apollo

genome annotation viewer and editor

Arvados

managing and analyzing biomedical big data

Axparafit

optimized statistical analysis of host-parasite coevolution

Axpcoords

highly optimized and parallelized porting of pcoords

Bagpipe

genomewide LD mapping

Bax2bam

Convert legacy PacBio Bax.H5, Bas.H5, and Ccs.H5 files to the new PacBio BAM format

Biceps

error-tolerant peptide identification

Bigsdb

Bacterial Isolate Genome Sequence Database

Bismark

bisulfite read mapper and methylation caller

Blat

BLAST-Like Alignment Tool

Blobology

tool set for the visualisation of genome assemblies

Braker

annotating protein coding genes in genomes.

Card-rgi

analysis of genome sequences using the Resistance Gene Identifier

Cellprofiler

quantitatively measure phenotypes from images automatically

Cinema

multi-sequence alignment editor and viewer

Condetri

straight-forward trimming of FASTQ sequences

Contrafold

CONditional TRAining for RNA Secondary Structure Prediction

Covpipe

pipeline to generate consensus sequences from NGS reads

Crossbow

Genotyping from short reads using cloud computing

Crux-toolkit

toolkit for tandem mass spectrometry analysis

Cytoscape

visualizing molecular interaction networks

Dazzle

Java-based DAS server

Deepbinner

demultiplexing barcoded Oxford Nanopore sequencing reads

Dendroscope

analyzing and visualizing rooted phylogenetic trees and networks

Diann

data-independent acquisition (DIA) proteomics data processing

Ecell

Concept and environment for constructing virtual cells on computers

Ensembl

basic Ensembl genome browser

Ensembl-vep

Variant Effect Predictor predicting the functional effects of genomic variants

Euler-sr

correcting errors in short gene sequence reads and assembling them

Euler2

de novo repeat classification and fragment assembly

Exabayes

bayesian phylogenetic tree inference for large-scale analyses

Ffp

Feature Frequency Profile Phylogeny

Fieldbioinformatics

pipeline with virus identification with Nanopore sequencer

Flappie

flip-flop basecaller for Oxford Nanopore reads

Forester

Graphical vizualiation tool Archaeopteryx

Galaxy

scientific workflow and data integration platform for computational biology

Gatk

The Genome Analysis Toolkit

Gerp++

identifies constrained elements in multiple alignments

Gramalign

multiple alignment of biological sequences

Graphbin

refined binning of metagenomic contigs using assembly graphs

Graphmap2

highly sensitive and accurate mapper for long, error-prone reads

Haploview

Analysis and visualization of LD and haplotype maps

Hawkeye

Interactive Visual Analytics Tool for Genome Assemblies

Htqc

Quality control and filtration for illumina sequencing data

Idefix

index checking for improved demultiplexing of NGS data

Inspect

mass-spectrometry database search tool

Jbrowse

genome browser with an AJAX-based interface

Kempbasu

significance tests for comparing digital gene expression profiles

Mach-haplotyper

Markov Chain based SNP haplotyper

Mage2tab

MAGE-MLv1 converter and visualiser

Manta

structural variant and indel caller for mapped sequencing data

Marginphase

simultaneous haplotyping and genotyping

Martj

distributed data integration system for biological data

Medaka

sequence correction provided by ONT Research

Meme

search for common motifs in DNA or protein sequences

Mesquite

modular system for evolutionary analysis

Metabit

analysing microbial profiles from high-throughput sequencing shotgun data

Modeller

Protein structure modeling by satisfaction of spatial restraints

Molekel

Advanced Interactive 3D-Graphics for Molecular Sciences

Mosaik-aligner

reference-guided aligner for next-generation sequencing

Mpsqed

alignment editor and multiplex pyrosequencing assay designer

Mugsy

multiple whole genome alignment tool

Mview

biological sequence alignment conversion

Nano-snakemake

detection of structural variants in genome sequencing data

Nanocall

Basecaller for Oxford Nanopore Sequencing Data

Nanocomp

compare multiple runs of long biological sequences

Nanoplot

plotting scripts for long read sequencing data

Ncbi-magicblast

RNA-seq mapping tool

Nextsv

automated structural variation detection for long-read sequencing

Ngila

global pairwise alignments with logarithmic and affine gap costs

Ngsqctoolkit

toolkit for the quality control of next generation sequencing data

Nw-align

global protein sequence alignment

Oases

de novo transcriptome assembler for very short reads

Omegamap

describing selection and recombination in sequences

Oncofuse

predicting oncogenic potential of gene fusions

Optitype

precision HLA typing from next-generation sequencing data

Paipline

Pipeline for the Automatic Identification of Pathogens

Pangolin

Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages

Partitionfinder

choses partitioning schemes and models of molecular evolution for sequence data

Patristic

Calculate patristic distances and comparing the components of genetic change

Pcma

fast and accurate multiple sequence alignment based on profile consistency

Phylophlan

microbial Tree of Life using 400 universal proteins

Phyloviz-core

phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods

Pigx-scrnaseq

pipeline for checkpointed and distributed scRNA-seq analyses

Pipasic

Protein Abundance Correction in Metaproteomic Data

Plato

Analysis, translation, and organization of large-scale genetic data

Pomoxis

analysis components from Oxford Nanopore Research

Profit

Protein structure alignment

Psipred

protein secondary structure prediction

Pssh2

set of scripts for mapping protein sequence to structure

Pufferfish

Efficient index for the colored, compacted, de Bruijn graph

Purple

Picking Unique Relevant Peptides for viraL Experiments

Q2-composition

QIIME2 plugin for Compositional statistics

Q2-deblur

QIIME2 plugin to wrap the Deblur software for sequence quality control

Q2-diversity

QIIME2 plugin for core diversity analysis

Q2-gneiss

QIIME2 plugin for Compositional Data Analysis and Visualization

Q2-longitudinal

QIIME2 plugin for longitudinal studies and paired comparisons

Q2-vsearch

QIIME 2 plugin for clustering and dereplicating with vsearch

Qtlreaper

QTL analysis for expression data

Qualimap

evaluating next generation sequencing alignment data

Quast

Quality Assessment Tool for Genome Assemblies

R-bioc-org.mm.eg.db

genome wide annotation for Mouse

R-cran-drinsight

drug repurposing on transcriptome sequencing data

R-other-apmswapp

GNU R Pre- and Postprocessing For Affinity Purification Mass Spectrometry

R-other-fastbaps

A fast genetic clustering algorithm that approximates a Dirichlet Process Mixture model

Raxml-ng

phylogenetic tree inference tool which uses maximum-likelihood

Repeatmasker

screen DNA sequences for interspersed repeats

Roadtrips

case-control association testing with unknown population and pedigree structure

Rosa

Removal of Spurious Antisense in biological RNA sequences

Rsat

Regulatory Sequence Analysis Tools

Sailfish

RNA-seq expression estimation

Sap

Pairwise protein structure alignment via double dynamic programming

Seq-seq-pan

workflow for the SEQuential alignment of SEQuences

Seqwish

alignment to variation graph inducer

Signalalign

HMM-HDP models for MinION signal alignments

Sina

reference based multiple sequence alignment

Sistr

Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR)

Situs

Modeling of atomic resolution structures into low-resolution density maps

Sparta

automated reference-based bacterial RNA-seq Transcriptome Analysis

Ssaha

Sequence Search and Alignment by Hashing Algorithm

Strap

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Strap-base

essential files for the interactive alignment viewer and editor Strap

Strelka

strelka2 germline and somatic small variant caller

Tab2mage

submitting large microarray experiment datasets to public repository database

Tacg

command line program for finding patterns in nucleic acids

Tandem-genotypes

compare lengths of duplications in DNA sequences

Tide

SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra

Tigr-glimmer-mg

finding genes in environmental shotgun DNA sequences

Tn-seqexplorer

explore and analyze Tn-seq data for prokaryotic genomes

Ufasta

utility to manipulate fasta files

Umap

quantify genome and methylome mappability

Unc-fish

Fast Identification of Segmental Homology

Varmatch

robust matching of small genomic variant datasets

Vmd

presentation of traces of molecular dynamics runs

Zodiac-zeden

ZODIAC - Zeden's Organise DIsplay And Compute

Unofficial packages built by somebody else

Big-blast

Helper tool to run blast on large sequences

Estferret

processes, clusters and annotates EST data

Maxd

data warehouse and visualisation environment for genomic expression data

Migrate

estimation of population sizes and gene flow using the coalescent

Msatfinder

identification and characterization of microsatellites in a comparative genomic context

Oligoarrayaux

Prediction of Melting Profiles for Nucleic Acids

Partigene

generating partial gemomes

Pfaat

Protein Family Alignment Annotation Tool

Prot4est

EST protein translation suite

Python3-orange

Data mining framework

Qtlcart

map quantitative traits using a map of molecular markers

Rbs-finder

find ribosome binding sites(RBS)

Roche454ace2caf

convert GS20 or FLX assemblies into CAF format

Splitstree

Analyzing and Visualizing Evolutionary Data

Taverna

designing and executing myGrid workflows for bioinformatics

Taxinspector

browser for entries in the NCBI taxonomy

Tetra

tetranucleotide frequency calculator

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Btk-core

biomolecule Toolkit C++ library

Mirbase

The microRNA sequence database

Phylowin

Graphical interface for molecular phylogenetic inference

No known packages available

Amoscmp

comparative genome assembly package

Annovar

annotate genetic variants detected from diverse genomes

Arachne

toolkit for Whole Genome Shotgun Assembly

Asap

organize the data associated with a genome

Bambus

hierarchical approach to building contig scaffolds

Cactus

Cdna-db

quality-control checking of finished cDNA clone sequences

Cmap

view comparisons of genetic and physical maps

Contralign

parameter learning framework for protein pairwise sequence alignment

Copycat

fast access to cophylogenetic analyses

E-hive

distributed processing system based on 'autonomous agents'

Exalt

phylogenetic generalized hidden Markov model for predicting alternatively spliced exons

Excavator

gene expression data clustering

Figaro

novel vector trimming software

Forge

genome assembler for mixed read types

Gbrowse-syn

Generic Synteny Browser

Genemark

family of gene prediction programs

Genesplicer

computational method for splice site prediction

Genetrack

genomic data storage and visualization framework

Genezilla

eukaryotic gene finder

Genographer

read data and reconstruct them into a gel image

Glimmerhmm

Eukaryotic Gene-Finding System

Gmv

comparative genome browser for Murasaki

Jigsaw

gene prediction using multiple sources of evidence

Maker2

annotate genomes and create genome databases

Metarep

JCVI Metagenomics Reports

Minimus

AMOS lightweight assembler

Mummergpu

High-throughput sequence alignment using Graphics Processing Units

Obo-edit

editor for biological ontologies

Operondb

detect and analyze conserved gene pairs

Phagefinder

heuristic computer program to identify prophage regions within bacterial genomes

Phpphylotree

draw phylogenetic trees

Phylographer

Graph Visualization Tool

Pyrophosphate-tools

for assembling and searching pyrophosphate sequence data

Rose

Region-Of-Synteny Extractor

Treebuilder3d

viewer of SAGE and other types of gene expression data

Tripal

collection of Drupal modules for genomic research

Twain

syntenic genefinder employing a Generalized Pair Hidden Markov Model

Uniprime

workflow-based platform for universal primer design

X-tandem-pipeline

peptide/protein identification from MS/MS mass spectra

Biology development - paquets de Debian Med pour le développement d’applications bio-informatiques

Ce métapaquet installera des paquets Debian utiles pour le développement d’applications de recherche biologiques.

Official Debian packages with high relevance

Bio-tradis

analyse des sorties d'analyses TraDIS de séquences de génomes

Biobambam2

tools for early stage alignment file processing

Bioperl

outils en Perl pour la bio-informatique

Bioperl-run

scripts d'enveloppe BioPerl

Biosquid

utilitaire d'analyse de séquences biologiques

Cwltool

implémentation de la référence du langage Common Workflow

Gffread

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

Goby-java

next-generation sequencing data and results analysis tool

Libace-perl

accès orienté objet aux bases de données AceDB

Libai-fann-perl

enveloppe Perl pour la bibliothèque FANN

Libbambamc-dev

fichiers de développement pour la lecture et l'écriture de fichiers BAM (alignement de génomes)

Libbamtools-dev

API C++ de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

Libbigwig-dev

C library for handling bigWig files - header files

Libbio-alignio-stockholm-perl

stockholm sequence input/output stream

Libbio-asn1-entrezgene-perl

analyseur d'enregistrements Entrez Gene et Sequence du NCBI.

Libbio-chado-schema-perl

couche DBIx::Class pour le schéma de base de données Chado

Libbio-cluster-perl

BioPerl cluster modules

Libbio-coordinate-perl

modules BioPerl pour travailler avec les coordonnées biologiques

Libbio-das-lite-perl

implémentation du protocole BioDas

Libbio-db-biofetch-perl

Database object interface to BioFetch retrieval

Libbio-db-embl-perl

Database object interface for EMBL entry retrieval

Libbio-db-hts-perl

Perl interface to the HTS library

Libbio-db-ncbihelper-perl

collection of routines useful for queries to NCBI databases

Libbio-db-seqfeature-perl

Normalized feature for use with Bio::DB::SeqFeature::Store

Libbio-eutilities-perl

interface BioPerl pour les Entrez Programming Utilities (E-utilities)

Libbio-featureio-perl

Modules for reading, writing, and manipulating sequence features

Libbio-graphics-perl

création d'images GD d'objets Bio::Seq

Libbio-mage-perl

module conteneur pour les classes du paquet MAGE

Libbio-mage-utils-perl

modules supplémentaires pour les classes du paquet MAGE

Libbio-primerdesigner-perl

module Perl pour la conception d'amorce de PCR avec primer3 et epcr

Libbio-samtools-perl

interface Perl à la bibliothèque SamTools pour le séquençage ADN

Libbio-scf-perl

extension Perl de lecture et d'écriture de fichiers de séquence SCF

Libbio-tools-phylo-paml-perl

Bioperl interface to the PAML suite

Libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl

Bioperl interface to Clustal W

Libbio-tools-run-alignment-tcoffee-perl

Bioperl interface to T-Coffee

Libbio-tools-run-remoteblast-perl

Object for remote execution of the NCBI Blast via HTTP

Libbio-variation-perl

BioPerl variation-related functionality

Libbiojava-java

Java API to biological data and applications (default version)

Libbiojava6-java

Java API to biological data and applications (version 6)

Libbioparser-dev

library for parsing several formats in bioinformatics

Libblasr-dev

outils pour l'alignement de lectures PacBio sur des séquences cibles –⋅fichiers de développement

Libbpp-core-dev

fichiers de développement de la bibliothèque principale de Bio++

Libbpp-phyl-dev

fichiers de développement de la bibliothèque de phylogénétique de Bio++

Libbpp-phyl-omics-dev

bibliothèque de phylogénétique de Bio++ –⋅composants génomiques (fichiers de développement)

Libbpp-popgen-dev

fichiers de développement de la bibliothèque de génétique des populations de Bio++

Libbpp-qt-dev

fichiers de développement de la bibliothèque des classes graphiques⋅Qt de Bio++

Libbpp-raa-dev

fichiers de développement de la bibliothèque d'accès distant ACNUC de Bio++

Libbpp-seq-dev

fichiers de développement de la bibliothèque de séquences pour Bio++

Libbpp-seq-omics-dev

bibliothèque de séquences pour Bio++ – composants génomiques (fichiers de développement)

Libcdk-java

Chemistry Development Kit (CDK) Java libraries

Libchado-perl

database schema and tools for genomic data

Libcifpp-dev

??? missing short description for package libcifpp-dev :-(

Libconsensuscore-dev

algorithms for PacBio multiple sequence consensus -- development files

Libdivsufsort-dev

libdivsufsort header files

Libedlib-dev

library for sequence alignment using edit distance (devel)

Libfast5-dev

library for reading Oxford Nanopore Fast5 files -- headers

Libfastahack-dev

library for indexing and sequence extraction from FASTA files (devel)

Libffindex0-dev

index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers — développement

Libfml-dev

development headers for libfml

Libgatbcore-dev

development library of the Genome Analysis Toolbox

Libgclib-dev

header files for Genome Code Lib (GCLib)

Libgenome-dev

toolkit for developing bioinformatic related software (devel)

Libgenome-model-tools-music-perl

module for finding mutations of significance in cancer

Libgenome-perl

pipelines, tools, and data management for genomics

Libgenometools0-dev

development files for GenomeTools

Libgff-dev

GFF/GTF parsing from cufflinks as a library

Libgkarrays-dev

library to query large collection of NGS sequences (development)

Libgo-perl

perl modules for GO and other OBO ontologies

Libhdf5-dev

HDF5 - development files - serial version

Libhmsbeagle-dev

High-performance lib for Bayesian and Maximum Likelihood phylogenetics (devel)

Libhts-dev

development files for the HTSlib

Libhtscodecs-dev

Development headers for custom compression for CRAM and others

Libhtsjdk-java

Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

Libjebl2-java

Java Evolutionary Biology Library

Libjloda-java

Java library of data structures and algorithms for bioinformatics

Libkmer-dev

suite of tools for DNA sequence analysis (development lib)

Libmems-dev

development library to support DNA string matching and comparative genomics

Libminimap2-dev

development headers for libminimap

Libmmblib-dev

development files of MacroMoleculeBuilder

Libmuscle-dev

multiple alignment development library for protein sequences

Libncbi-vdb-dev

libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives (devel)

Libncbi6-dev

bibliothèques du NCBI pour les applications de biologie –⋅fichiers de développement

Libncl-dev

NEXUS Class Library (static lib and header files)

Libngs-java

liaisons du langage de séquençage de nouvelle génération –⋅liaisons Java

Libngs-sdk-dev

liaisons du langage de séquençage de nouvelle génération –⋅fichiers de développement

Libnhgri-blastall-perl

Perl extension for running and parsing NCBI's BLAST 2.x

Libopenmm-dev

C++ header files for the OpenMM library

Libopenms-dev

library for LC/MS data management and analysis - dev files

Libpal-java

Phylogenetic Analysis Library

Libparasail-dev

Development heaaders and static libraries for parasail

Libpbbam-dev

Pacific Biosciences binary alignment/map (BAM) library (headers)

Libpbdata-dev

tools for handling PacBio sequences (development files)

Libpbihdf-dev

tools for handling PacBio hdf5 files (development files)

Libpbseq-dev

library for analyzing PacBio sequencing data (development files)

Libpdb-redo-dev

Development files for libpdb-redo

Libpll-dev

Phylogenetic Likelihood Library (development)

Libpwiz-dev

library to perform proteomics data analyses (devel files)

Libqes-dev

DNA sequence parsing library -- development

Librcsb-core-wrapper0-dev

development files for librcsb-core-wrapper0t64

Librdp-taxonomy-tree-java

taxonomy tree library from Ribosomal Database Project (RDP)

Librelion-dev

C++ API for RELION (3D reconstructions in cryo-electron microscopy)

Librg-blast-parser-perl

very fast NCBI BLAST parser - binding for Perl

Librg-reprof-bundle-perl

protein secondary structure and accessibility predictor (perl module)

Librostlab-blast0-dev

very fast C++ library for parsing the output of NCBI BLAST programs (devel)

Librostlab3-dev

C++ library for computational biology (development)

Libsbml5-dev

System Biology Markup Language library - development files

Libseqan2-dev

C++ library for the analysis of biological sequences (development)

Libseqan3-dev

C++ library for the analysis of biological sequences v3 (development)

Libseqlib-dev

C++ htslib/bwa-mem/fermi interface for interrogating sequence data (dev)

Libslow5-dev

header and static library for reading & writing SLOW5 files

Libsmithwaterman-dev

determine similar regions between two strings or genomic sequences (devel)

Libsnp-sites1-dev

bibliothèques statiques et fichiers d'en-tête pour le paquet snp-sites

Libsort-key-top-perl

Perl module to select and sort top n elements of a list

Libspoa-dev

SIMD partial order alignment library (development files)

Libsrf-dev

C++ implementation of the SRF format for DNA sequence data

Libssm-dev

macromolecular superposition library - development files

Libssu-dev

high-performance phylogenetic diversity calculations (dev)

Libssw-dev

Development headers and static libraries for libssw

Libssw-java

Java bindings for libssw

Libstaden-read-dev

development files for libstaden-read

Libstatgen-dev

development files for the libStatGen

Libswiss-perl

Perl API to the UniProt database

Libtabixpp-dev

C++ wrapper to tabix indexer (development files)

Libthread-pool-dev

C++ header-only thread pool library (devel)

Libvcflib-dev

C++ library for parsing and manipulating VCF files (development)

Libvibrant6-dev

bibliothèques du NCBI pour applications graphiques de biologie –⋅fichiers de développement

Libwfa2-dev

exact gap-affine algorithm (development)

Libzerg-perl

fast perl module for parsing the output of NCBI BLAST programs

Libzerg0-dev

development libraries and header files for libzerg

Mcl

algorithme de Markov pour les grappes

Nim-hts-dev

wrapper for hts C library

Nim-kexpr-dev

kexpr math expressions for nim

Nim-lapper-dev

simple, fast interval searches for nim

Ont-fast5-api

simple interface to HDF5 files of the Oxford Nanopore .fast5 file format

Pyfai

Fast Azimuthal Integration scripts

Python3-airr

Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences

Python3-anndata

annotated gene by sample numpy matrix

Python3-bcbio-gff

Python3 library to read and write Generic Feature Format

Python3-bioframe

library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

Python3-biom-format

format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

Python3-biomaj3

BioMAJ workflow management library

Python3-biopython

bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

Python3-biotools

??? missing short description for package python3-biotools :-(

Python3-bx

library to manage genomic data and its alignment

Python3-cgecore

Python3 module for the Center for Genomic Epidemiology

Python3-cigar

manipulate SAM cigar strings

Python3-cobra

modélisation basée sur les contraintes de réseaux biologiques avec Python 3

Python3-cogent3

framework pour la biologie du génome

Python3-cooler

library for a sparse, compressed, binary persistent storage

Python3-corepywrap

library that exports C++ mmCIF accessors to Python3

Python3-csb

Python framework for structural bioinformatics (Python3 version)

Python3-cutadapt

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads (Python 3)

Python3-cyvcf2

VCF parser based on htslib (Python 3)

Python3-deeptools

platform for exploring biological deep-sequencing data

Python3-deeptoolsintervals

gestion de style GTF de séquences, intervalles associés, annotations

Python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Python3-dnaio

Python 3 library for fast parsing of FASTQ and FASTA files

Python3-ete3

Python Environment for (phylogenetic) Tree Exploration - Python 3.X

Python3-fast5

library for reading Oxford Nanopore Fast5 files -- Python 3

Python3-freecontact

fast protein contact predictor - binding for Python3

Python3-gfapy

flexible and extensible software library for handling sequence graphs

Python3-gffutils

Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

Python3-gtfparse

parser for gene transfer format (aka GFF2)

Python3-htseq

Python3 high-throughput genome sequencing read analysis utilities

Python3-intervaltree-bio

Interval tree convenience classes for genomic data -- Python 3 library

Python3-kineticstools

detection of DNA modifications (Python 3 library)

Python3-loompy

access loom formatted files for bioinformatics

Python3-mirtop

annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming (Python 3)

Python3-nanoget

extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments

Python3-ngs

liaisons du langage de séquençage de nouvelle génération –⋅liaisons Python⋅3

Python3-pairix

1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates

Python3-pangolearn

store of the trained model for pangolin to access

Python3-parasail

Python3 bindings for the parasail C library

Python3-pbcommand

common command-line interface for Pacific Biosciences analysis modules

Python3-pbconsensuscore

algorithms for PacBio multiple sequence consensus -- Python 3

Python3-pbcore

bibliothèque de Python 3 pour traiter les fichiers de données de PacBio

Python3-peptidebuilder

generate atomic oligopeptide 3D structure from sequence

Python3-presto

toolkit for processing B and T cell sequences (Python3 module)

Python3-propka

heuristic pKa calculations with ligands (Python 3)

Python3-py2bit

access to 2bit files

Python3-pyabpoa

adaptive banded Partial Order Alignment - python3 module

Python3-pyani

module de Python 3 pour les analyses de l’identité moyenne des nucléotides

Python3-pybedtools

enveloppe de Python 3 pour BEDTools pour des tâches de bio-informatique

Python3-pybel

Biological Expression Language

Python3-pybigwig

Python 3 module for quick access to bigBed and bigWig files

Python3-pyfaidx

efficient random access to fasta subsequences for Python 3

Python3-pyfastx

fast random access to sequences from FASTA/Q file - python3 module

Python3-pymummer

Python 3 interface to MUMmer

Python3-pyranges

2D representation of genomic intervals and their annotations

Python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Python3-pyspoa

Python bindings to spoa

Python3-pyvcf

Variant Call Format (VCF) parser for Python 3

Python3-rdkit

Collection of cheminformatics and machine-learning software

Python3-ruffus

Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics

Python3-screed

short nucleotide read sequence utils in Python 3

Python3-shasta

nanopore whole genome assembly (dynamic library)

Python3-skbio

Python3 data structures, algorithms, educational resources for bioinformatic

Python3-slow5

module de Python 3 pour lire et écrire des fichiers SLOW5

Python3-sqt

SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data

Python3-streamz

construction de pipelines pour gérer des flux ininterrompus de données

Python3-tinyalign

numerical representation of differences between strings

Python3-torch

Tensors and Dynamic neural networks in Python (Python Interface)

Python3-treetime

inférence de phylogénies marquées temporellement et reconstruction ancestrale – Python 3

Python3-unifrac

calcul de haute performance de diversité phylogénétique

Python3-wdlparse

Workflow Description Language (WDL) parser for Python

R-bioc-biobase

fonctions de base pour Bioconductor

R-cran-boolnet

assembling, analyzing and visualizing Boolean networks

R-cran-corrplot

visualisation d’une matrice de corrélation

R-cran-distory

GNU R distance between phylogenetic histories

R-cran-fitdistrplus

support fit of parametric distribution

R-cran-forecast

GNU R forecasting functions for time series and linear models

R-cran-genetics

paquet de GNU R pour la génétique des populations

R-cran-gprofiler2

Interface to the 'g:Profiler' Toolset

R-cran-haplo.stats

paquet de GNU R pour l’analyse d’haplotypes

R-cran-phangorn

GNU R package for phylogenetic analysis

R-cran-pheatmap

GNU R package to create pretty heatmaps

R-cran-phylobase

GNU R base package for phylogenetic structures and comparative data

R-cran-pscbs

R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers

R-cran-qqman

R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots

R-cran-rentrez

interface GNU R pour l’API EUtils du NCBI

R-cran-rncl

GNU R interface to the Nexus Class Library

R-cran-rnexml

GNU R package for semantically rich I/O for the 'NeXML' format

R-cran-rotl

GNU R interface to the 'Open Tree of Life' API

R-cran-samr

GNU R significance analysis of microarrays

R-cran-sctransform

Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data

R-cran-seqinr

GNU R biological sequences retrieval and analysis

R-cran-seurat

Tools for Single Cell Genomics

R-cran-tsne

t-distributed stochastic neighbor embedding for R (t-SNE)

R-cran-vegan

Community Ecology Package for R

R-cran-webgestaltr

find over-represented properties in gene lists

Ruby-bio

Ruby tools for computational molecular biology

Ruby-crb-blast

Run conditional reciprocal best blast

Sbmltoolbox

libsbml toolbox for octave and matlab

Snakemake

pythonic workflow management system

Toil

cross-platform workflow engine

Official Debian packages with lower relevance

Capsule-nextflow

outil d’empaquetage et de déploiement pour des applications en Java

Conda-package-handling

création et extraction de paquets conda de différents formats

Ctdconverter

Convert CTD files into Galaxy tool and CWL CommandLineTool files

Cthreadpool-dev

minimal ANSI C thread pool - development files

Cwlformat

code formatter for Common Workflow Language

Cwltest

cadriciel de test pour le Common Workflow Language

Libargs-dev

simple header-only C++ argument parser library

Libbam-dev

manipulation d'alignements de séquences de nucléotides au format BAM ou SAM

Libbbhash-dev

bloom-filter based minimal perfect hash function library

Libbifrost-dev

static library and header files for libbifrost

Libbiojava4-java

API Java pour des applications et des données biologiques –⋅version⋅par défaut

Libbiosoup-dev

C++ header-only support library for bioinformatics tools

Libbtllib-dev

Bioinformatics Technology Lab common code library

Libcapsule-maven-nextflow-java

packaging tool for Java applications with Maven coordinates

Libconcurrentqueue-dev

industrial-strength lock-free queue for C++

Libdisorder-dev

library for entropy measurement of byte streams (devel)

Libfreecontact-dev

fast protein contact predictor library - development files

Libfreecontact-doc

documentation for libfreecontact

Libfreecontact-perl

fast protein contact predictor - binding for Perl

Libgatk-bwamem-java

interface to call Heng Li's bwa mem aligner from Java code

Libgatk-bwamem-jni

interface to call Heng Li's bwa mem aligner from Java code (jni)

Libgatk-fermilite-java

interface to call Heng Li's fermi-lite assembler from Java code

Libgatk-fermilite-jni

interface to call Heng Li's fermi-lite assembler from Java code (jni)

Libgatk-native-bindings-java

library of native bindings for gatk and picard-tools

Libgenomicsdb-dev

sparse array storage library for genomics (development files)

Libgenomicsdb-java

sparse array storage library for genomics (Java library)

Libicb-utils-java

Java library of utilities to manage files and compute statistics

Libmaus2-dev

collection of data structures and algorithms for biobambam (devel)

Libmilib-java

library for Next Generation Sequencing (NGS) data processing

Libminimap-dev

development headers for libminimap

Libmodhmm-dev

library for constructing, training and scoring hidden Markov models (dev)

Libpbcopper-dev

data structures, algorithms, and utilities for C++ applications -- header files

Librostlab-blast-doc

very fast C++ library for parsing the output of NCBI BLAST programs (doc)

Librostlab-doc

C++ library for computational biology (documentation)

Libsavvy-dev

C++ interface for the SAV file format

Libsuma-dev

headers and static library for sumatra and sumaclust

Libsvmloc-dev

PSORTb adapted library for svm machine-learning library (dev)

Libterraces-dev

enumerate terraces in phylogenetic tree space (development lib)

Libtfbs-perl

scanning DNA sequence with a position weight matrix

Libvbz-hdf-plugin-dev

VBZ compression plugin for nanopore signal data (devel)

Libxxsds-dynamic-dev

succinct and compressed fully-dynamic data structures library

Python-biopython-doc

documentation pour la bibliothèque Biopython

Python3-alignlib

edit and Hamming distances for biological sequences

Python3-bel-resources

Python3 utilities for BEL resource files

Python3-bioblend

CloudMan and Galaxy API library (Python 3)

Python3-biopython-sql

prise en charge par Biopython de la base de données BioSQL –⋅Python⋅3

Python3-cgelib

Python3 code to be utilized across the CGE tools

Python3-conda-package-streaming

fetch conda metadata

Python3-ctdopts

Gives your Python tools a CTD-compatible interface

Python3-intake

lightweight package for finding and investigating data

Python3-joypy

ridgeline-/joyplots plotting routine

Python3-ncls

datastructure for interval overlap queries

Python3-networkx

tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

Python3-pycosat

Python bindings to picosat

Python3-pyflow

??? missing short description for package python3-pyflow :-(

Q2-alignment

QIIME 2 plugin for generating and manipulating alignments

Q2-cutadapt

greffon de QIIME 2 pour travailler avec des adaptateurs dans des données de séquence

Q2-dada2

greffon de QIIME 2 pour travailler avec des adaptateurs dans des données de séquence

Q2-demux

QIIME 2 plugin for demultiplexing of sequence reads

Q2-emperor

QIIME2 plugin for display of ordination plots

Q2-feature-classifier

classification taxinomique gérant le greffon QIIME 2

Q2-feature-table

QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables

Q2-fragment-insertion

QIIME 2 plugin for fragment insertion

Q2-metadata

QIIME 2 plugin for working with and visualizing Metadata

Q2-phylogeny

QIIME 2 plugin for phylogeny

Q2-quality-control

QIIME 2 plugin for quality assurance of feature and sequence data

Q2-quality-filter

QIIME2 plugin for PHRED-based filtering and trimming

Q2-sample-classifier

QIIME 2 plugin for machine learning prediction of sample data

Q2-taxa

QIIME 2 plugin for working with feature taxonomy annotations

Q2-types

QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis

Q2cli

Click-based command line interface for QIIME 2

Q2templates

Design template package for QIIME 2 Plugins

Qiime

QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

R-bioc-affxparser

kit de développement logiciel d'analyse de fichiers Affymetrix

R-bioc-affy

méthodes de BioConductor pour les matrices d'oligonucléotides d'Affymetrix

R-bioc-affyio

outils BioConductor pour l'analyse de fichiers de données d'Affymetrix

R-bioc-altcdfenvs

environnements CDF alternatifs pour BioConductor

R-bioc-annotate

annotations de BioConductor pour les puces à ADN

R-bioc-annotationdbi

GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

R-bioc-annotationhub

client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

R-bioc-aroma.light

méthodes de BioConductor de normalisation et de visualisation de données de puces à ADN

R-bioc-arrayexpress

accès à la base de données de puces à ADN ArrayExpress de l'EBI

R-bioc-biocgenerics

generic functions for Bioconductor

R-bioc-biocneighbors

Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages

R-bioc-biomart

interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)

R-bioc-biomformat

GNU R interface package for the BIOM file format

R-bioc-biostrings

GNU R string objects representing biological sequences

R-bioc-biovizbase

GNU R basic graphic utilities for visualization of genomic data

R-bioc-bitseq

inférence de transcription d’expression et analyse pour des données de RNA-seq

R-bioc-bsgenome

BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages

R-bioc-cner

CNE Detection and Visualization

R-bioc-complexheatmap

make complex heatmaps using GNU R

R-bioc-ctc

conversion d’arbre et de regroupement

R-bioc-cummerbund

tool for analysis of Cufflinks RNA-Seq output

R-bioc-dada2

sample inference from amplicon sequencing data

R-bioc-deseq2

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

R-bioc-dnacopy

paquet de R : analyse des données de nombre de copies d'ADN

R-bioc-ebseq

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

R-bioc-ensembldb

GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database

R-bioc-genefilter

methods for filtering genes from microarray experiments

R-bioc-geneplotter

paquet de R de fonctions de tracé de données génomiques

R-bioc-genomeinfodb

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

R-bioc-genomicalignments

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

R-bioc-genomicfeatures

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

R-bioc-genomicranges

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

R-bioc-geoquery

Get data from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)

R-bioc-go.db

annotation maps describing the entire Gene Ontology

R-bioc-graph

handle graph data structures for BioConductor

R-bioc-gseabase

Gene set enrichment data structures and methods

R-bioc-gsva

Gene Set Variation Analysis for microarray and RNA-seq data

R-bioc-gviz

Plotting data and annotation information along genomic coordinates

R-bioc-hypergraph

BioConductor hypergraph data structures

R-bioc-impute

Imputation for microarray data

R-bioc-iranges

conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

R-bioc-limma

modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

R-bioc-makecdfenv

création d’environnement CDF de Bioconductor

R-bioc-mergeomics

Integrative network analysis of omics data

R-bioc-metagenomeseq

GNU R statistical analysis for sparse high-throughput sequencing

R-bioc-mofa

MOFA (Multi-Omics Factor Analysis)

R-bioc-multiassayexperiment

Software for integrating multi-omics experiments in BioConductor

R-bioc-nanostringqcpro

??? missing short description for package r-bioc-nanostringqcpro :-(

R-bioc-oligo

Preprocessing tools for oligonucleotide arrays

R-bioc-oligoclasses

classes pour des tableaux de grande capacité gérés par oligo et crlmm

R-bioc-org.hs.eg.db

genome-wide annotation for Human

R-bioc-pcamethods

BioConductor collection of PCA methods

R-bioc-phyloseq

GNU R handling and analysis of high-throughput microbiome census data

R-bioc-preprocesscore

collection de fonctions de prétraitement de BioConductor

R-bioc-purecn

copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing

R-bioc-qusage

qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression

R-bioc-rbgl

R interface to the graph algorithms contained in the BOOST library

R-bioc-rsamtools

importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

R-bioc-rtracklayer

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

R-bioc-s4vectors

BioConductor S4 implementation of vectors and lists

R-bioc-savr

GNU R parse and analyze Illumina SAV files

R-bioc-shortread

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

R-bioc-snpstats

méthodes et les classes de SnpMatrix et XSnpMatrix de BioConductor

R-bioc-structuralvariantannotation

Variant annotations for structural variants

R-bioc-tfbstools

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

R-bioc-titancna

Subclonal copy number and LOH prediction from whole genome sequencing

R-bioc-tximport

estimations au niveau transcription de séquences biologiques

R-bioc-variantannotation

BioConductor annotation of genetic variants

R-bioc-xvector

BioConductor representation and manpulation of external sequences

R-cran-adegenet

GNU R exploratory analysis of genetic and genomic data

R-cran-adephylo

GNU R exploratory analyses for the phylogenetic comparative method

R-cran-amap

Another Multidimensional Analysis Package

R-cran-biwt

biweight mean vector and covariance and correlation

R-cran-dt

GNU R wrapper of the JavaScript library 'DataTables'

R-cran-dynamictreecut

méthodes pour la détection de regroupements pour le regroupement hiérarchique

R-cran-fastcluster

Fast hierarchical clustering routines for GNU R

R-cran-future.apply

apply function to elements in parallel using futures

R-cran-future.batchtools

Future API for Parallel and Distributed Processing

R-cran-ica

Independent Component Analysis

R-cran-itertools

outils pour itérateurs

R-cran-kaos

encodage de séquence basé sur le Chaos de matrice de fréquence

R-cran-metap

méta-analyse de valeurs de significativité

R-cran-minerva

Maximal Information-Based Nonparametric Exploration

R-cran-natserv

interface de GNU R pour « NatureServe »

R-cran-nmf

GNU R framework to perform non-negative matrix factorization

R-cran-optimalcutpoints

calcul des points de coupure optimaux dans des tests de diagnostic

R-cran-parmigene

information mutuelle en parrallèle pour établir des réseaux géniques

R-cran-pcapp

Robust PCA by Projection Pursuit

R-cran-proc

Display and Analyze ROC Curves

R-cran-rann

Fast Nearest Neighbour Search Using L2 Metric

R-cran-rcpphnsw

R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors

R-cran-robustrankaggreg

Methods for robust rank aggregation

R-cran-rocr

paquet de GNU R pour préparer et afficher des courbes ROC

R-cran-rook

web server interface for R

R-cran-rsvd

Randomized Singular Value Decomposition

R-cran-shazam

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

R-cran-sitmo

GNU R parallel pseudo random number generator 'sitmo' header files

R-cran-venndiagram

Generate High-Resolution Venn and Euler Plots

Ruby-rgfa

parse, edit and write GFA format graphs in Ruby

Debian packages in contrib or non-free

Python3-bcbio

library for analysing high-throughput sequencing data

Python3-seqcluster

analysis of small RNA in NGS data

Vdjtools

framework for post-analysis of B/T cell repertoires

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Libatomicqueue-dev

devel files for C++ atomic_queue library

Libfast-perl

FAST Analysis of Sequences Toolbox

Libforester-java

Libraries for evolutionary biology and comparative genomics research

Libnexml-java

Java API for NeXML

Python3-compclust

explore and quantify relationships between clustering results

Python3-consensuscore2

generate consensus sequences for PacBio data -- Python 3

Python3-galaxy-lib

Subset of Galaxy core code base designed to be used

Python3-misopy

Mixture of Isoforms model for RNA-Seq isoform quantitation (Python 3)

Python3-scanpy

Single-Cell Analysis in Python

Q2-composition

QIIME2 plugin for Compositional statistics

Q2-deblur

QIIME2 plugin to wrap the Deblur software for sequence quality control

Q2-diversity

QIIME2 plugin for core diversity analysis

Q2-gneiss

QIIME2 plugin for Compositional Data Analysis and Visualization

Q2-longitudinal

QIIME2 plugin for longitudinal studies and paired comparisons

Q2-vsearch

QIIME 2 plugin for clustering and dereplicating with vsearch

R-bioc-bridgedbr

identifier mapping between biological databases

R-cran-drinsight

drug repurposing on transcriptome sequencing data

R-other-apmswapp

GNU R Pre- and Postprocessing For Affinity Purification Mass Spectrometry

No known packages available

Bioclipse

platform for chemo- and bioinformatics based on Eclipse

Octace-bioinfo

Bioinformatics manipulation for Octave

Next generation sequencing - Debian Med bioinformatics applications usable in Next Generation Sequencing

It aims at gettting packages which specialize in the processing or interpretation of data generated with next- (and later-) generation high-thoughput sequencing technologies.

Official Debian packages with high relevance

Anfo

aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG

Arden

contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

Art-nextgen-simulation-tools

outils de simulation pour créer des lectures de séquençage synthétiques de nouvelle génération

Artfastqgenerator

création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence

Bamtools

boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

Bcftools

appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

Bedtools

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

Berkeley-express

quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

Bio-rainbow

partitionnement et assemblage de séquences courtes pour la bio-informatique

Blasr

correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

Bowtie

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Bowtie2

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Bwa

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

Canu

assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes

Changeo

boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

Crac

integrated RNA-Seq read analysis

Cutadapt

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

Daligner

alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide

Deepnano

alternative basecaller for MinION reads of genomic sequences

Discosnp

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

Dnaclust

outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN

Dwgsim

simulateur de lectures courtes de séquençage

Ea-utils

command-line tools for processing biological sequencing data

Fastaq

outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ

Fastp

Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

Fastqc

contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

Flexbar

code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

Fml-asm

outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions

Fsm-lite

frequency-based string mining (lite)

Giira

RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads

Grinder

simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques

Hilive

alignement en temps réel des lectures Illumina

Hinge

assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »

Hisat2

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

Idba

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

Igor

infers V(D)J recombination processes from sequencing data

Igv

visualiseur génomique intégratif

Iva

assemblage itératif de séquences virales

Khmer

comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive

Kissplice

détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

Kraken

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

Kraken2

taxonomic classification system using exact k-mer matches

Last-align

comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

Libvcflib-tools

C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)

Macs

analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

Mapdamage

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

Mapsembler2

bioinformatics targeted assembly software

Maq

correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

Maqview

graphical read alignment viewer for short gene sequences

Mhap

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

Microbiomeutil

utilitaires d'analyse de microbiome

Mira-assembler

assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

Mothur

ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

Nanopolish

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Paleomix

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

Pbhoney

genomic structural variation discovery

Pbjelly

genome assembly upgrading tool

Pbsuite

software for Pacific Biosciences sequencing data

Picard-tools

outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

Pirs

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

Pizzly

identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

Placnet

Plasmid Constellation Network project

Poretools

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

Python3-airr

Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences

Python3-gffutils

Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

Python3-presto

toolkit for processing B and T cell sequences (Python3 module)

Python3-pybedtools

enveloppe de Python 3 pour BEDTools pour des tâches de bio-informatique

Python3-sqt

SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data

Q2cli

Click-based command line interface for QIIME 2

Qcumber

quality control of genomic sequences

Qiime

QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

Quorum

QUality Optimized Reads of genomic sequences

R-bioc-deseq2

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

R-bioc-edger

analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

R-bioc-hilbertvis

paquet de GNU R pour visualiser de grands vecteurs de données

R-bioc-metagenomeseq

GNU R statistical analysis for sparse high-throughput sequencing

R-bioc-rsubread

Subread Sequence Alignment and Counting for R

R-cran-alakazam

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

R-cran-shazam

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

R-cran-tcr

Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires

R-cran-tigger

Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data

Rna-star

aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

Rtax

classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

Salmon

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

Sambamba

tools for working with SAM/BAM data

Samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads

Samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Scoary

pangenome-wide association studies

Scythe

élagage bayésien d’adaptateurs pour des lectures de séquence

Seqprep

stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap

Seqtk

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

Sga

de novo genome assembler that uses string graphs

Sickle

outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité

Smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool

Smrtanalysis

software suite for single molecule, real-time sequencing

Snap-aligner

Scalable Nucleotide Alignment Program

Sniffles

structural variation caller using third-generation sequencing

Snp-sites

code binaire pour le paquet snp-sites

Snpomatic

logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

Soapdenovo

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo

Soapdenovo2

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo

Sortmerna

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

Spades

assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

Sprai

single-pass sequencing read accuracy improver

Sra-toolkit

utilities for the NCBI Sequence Read Archive

Srst2

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

Ssake

application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

Stacks

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stringtie

assemble short RNAseq reads to transcripts

Subread

boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération

Sumaclust

fast and exact clustering of genomic sequences

Sumatra

fast and exact comparison and clustering of sequences

Tabix

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

Transrate-tools

helper for transrate

Trimmomatic

flexible read trimming tool for Illumina NGS data

Trinityrnaseq

RNA-Seq De novo Assembly

Uc-echo

error correction algorithm designed for short-reads from NGS

Vcftools

Collection of tools to work with VCF files

Velvet

Nucleic acid sequence assembler for very short reads

Velvet-long

Nucleic acid sequence assembler for very short reads, long version

Velvetoptimiser

automatically optimise Velvet do novo assembly parameters

Vsearch

tool for processing metagenomic sequences

Wham-align

Wisconsin's High-Throughput Alignment Method

Wigeon

reimplementation of the Pintail 16S DNA anomaly detection utility

Official Debian packages with lower relevance

Nanolyse

remove lambda phage reads from a fastq file

Python3-anndata

annotated gene by sample numpy matrix

R-bioc-isoformswitchanalyzer

Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and

R-bioc-mofa2

??? missing short description for package r-bioc-mofa2 :-(

Debian packages in contrib or non-free

Bcbio

toolkit for analysing high-throughput sequencing data

Cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Vdjtools

framework for post-analysis of B/T cell repertoires

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Graphmap2

highly sensitive and accurate mapper for long, error-prone reads

Mosaik-aligner

reference-guided aligner for next-generation sequencing

Nanoplot

plotting scripts for long read sequencing data

Umap

quantify genome and methylome mappability

No known packages available

Annovar

annotate genetic variants detected from diverse genomes

Forge

genome assembler for mixed read types

Phylogeny - Debian Med phylogeny packages

This lists Debian packages related to phylogeny for use in life sciences. The purpose of this compilation of packages is to have a handy subset of from the med-bio metapackage which contains a lot more than only phylogeny related software.

Official Debian packages with high relevance

Altree

programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation

Beast-mcmc

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

Clustalw

alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

Clustalx

alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique

Dialign

alignement de plusieurs séquences par segments

Dialign-tx

alignement séquentiel multiple basé sur les segments

Exonerate

outil générique pour la comparaison de deux séquences

Fastdnaml

outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN

Fasttree

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

Figtree

visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

Gmap

alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

Hmmer

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

Iqtree

logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

Jmodeltest

sélection par calculs intensifs de modèle de substitution de nucléotide

Kalign

Alignement séquentiel multiple global et progressif

Mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny

Muscle

programme d'alignements multiples de séquences de protéine

Muscle3

multiple alignment program of protein sequences

Mustang

alignement structurel multiple de protéines

Njplot

programme de dessin d’arbre phylogénétique

Phylip

paquet de programmes pour déduire les phylogénies

Phyml

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

Poa

alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

Populations

logiciel de génétique de populations

Pplacer

phylogenetic placement and downstream analysis

Proalign

logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes

Probalign

alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

Probcons

alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

Proda

Alignement multiple de séquences protéiques

Prottest

selection of best-fit models of protein evolution

Quicktree

algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies

Seaview

interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

Sigma-align

alignement de multiples séquences d'ADN non codant

Spread-phy

analyze and visualize phylogeographic reconstructions

T-coffee

alignement multiple de séquences

Tm-align

structural alignment of proteins

Tree-ppuzzle

Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

Tree-puzzle

Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

Treeview

Java re-implementation of Michael Eisen's TreeView

Treeviewx

Displays and prints phylogenetic trees

Veryfasttree

Speeding up the estimation of phylogenetic trees from sequences

Official Debian packages with lower relevance

Python3-treetime

inférence de phylogénies marquées temporellement et reconstruction ancestrale – Python 3

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Forester

Graphical vizualiation tool Archaeopteryx

Patristic

Calculate patristic distances and comparing the components of genetic change

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Phylowin

Graphical interface for molecular phylogenetic inference

No known packages available

Gbioseq

DNA sequence editor for Linux

Jstreeview

Editor for Phylogenetic Trees

Phpphylotree

draw phylogenetic trees

Treetime

Bayesian sampling of phylogenetic trees from molecular data

Cloud - applications bio-informatiques de Debian Med utilisables dans les nuages

Ce méta-paquet installera des paquets Debian liés à biologie moléculaire, à la biologie structurale et à la bio-informatique utilisable dans les sciences de la vie, qui ne dépendent pas de ressources graphiques et qui ne peuvent donc pas s'adapter sur des images système pour l'utilisation dans les grappes de nuages, où l'espace peut être limité.

Official Debian packages with high relevance

Abyss

assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

Acedb-other

Récupération d'ADN ou de séquences de protéines

Aevol

modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico

Alien-hunter

Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal

Altree

programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation

Amap-align

alignement multiple de séquences protéiques par appariement

Ampliconnoise

suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

Anfo

aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG

Aragorn

détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

Arden

contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

Autodock

Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

Autodock-vina

chargement de petites molécules jusqu'aux protéines

Autogrid

Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

Bamtools

boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

Bedtools

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

Bioperl

outils en Perl pour la bio-informatique

Bioperl-run

scripts d'enveloppe BioPerl

Biosquid

utilitaire d'analyse de séquences biologiques

Blast2

paquet factice de transition vers ncbi-blast+-legacy

Bowtie

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Bowtie2

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Boxshade

Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

Bwa

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

Cassiopee

outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques

Cd-hit

suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

Cdbfasta

indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

Circos

outil de dessin pour visualiser des données

Clearcut

reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace

Clonalframe

inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

Clustalo

programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

Clustalw

alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

Concavity

prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation

Conservation-code

outil de notation de la conservation des séquences de protéines

Datamash

outil de statistiques pour interface en ligne de commande

Dialign

alignement de plusieurs séquences par segments

Dialign-tx

alignement séquentiel multiple basé sur les segments

Discosnp

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

Disulfinder

prédiction de pont disulfure et de leur connectivité

Dnaclust

outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN

Dssp

assignation de la structure secondaire de la protéine basée sur la structure en 3D

Embassy-domainatrix

commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines

Embassy-domalign

commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines

Embassy-domsearch

commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine

Emboss

ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

Exonerate

outil générique pour la comparaison de deux séquences

Fastdnaml

outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN

Fastlink

version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage

Fastqc

contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

Fasttree

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

Fitgcp

fitting genome coverage distributions with mixture models

Flexbar

code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

Freecontact

prédicteur rapide de contact de protéine

Gasic

genome abundance similarity correction

Genometools

boîte à outils polyvalente d'analyse du génome

Gff2aplot

tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

Gff2ps

Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF

Giira

RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads

Glam2

motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées

Gmap

alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

Grinder

simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques

Gromacs

Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

Hhsuite

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

Hisat2

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

Hmmer

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

Idba

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

Infernal

inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

Jellyfish

count k-mers in DNA sequences

Kalign

Alignement séquentiel multiple global et progressif

Kissplice

détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

Last-align

comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

Loki

analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov

Macs

analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

Mafft

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

Mapsembler2

bioinformatics targeted assembly software

Maq

correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

Melting

calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique

Minia

assembleur de lectures courtes de séquences biologiques

Mipe

Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR

Mira-assembler

assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

Mlv-smile

Find statistically significant patterns in sequences

Mothur

ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

Mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny

Mummer

Alignement de séquence efficace de génomes complets

Muscle

programme d'alignements multiples de séquences de protéine

Muscle3

multiple alignment program of protein sequences

Mustang

alignement structurel multiple de protéines

Ncbi-epcr

outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN

Ncbi-tools-bin

bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

Ncoils

prédiction de structure secondaire de superhélice

Neobio

calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides

Paraclu

Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

Parsinsert

Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

Pdb2pqr

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

Perm

efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

Phyml

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

Phyutility

simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

Picard-tools

outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

Plink

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

Plink1.9

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

Plink2

whole-genome association analysis toolset

Poa

alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

Prank

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

Prime-phylo

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

Primer3

outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

Probabel

Toolset for Genome-Wide Association Analysis

Probcons

alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

Proda

Alignement multiple de séquences protéiques

Prodigal

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

Python3-biomaj3-cli

BioMAJ client

Python3-biopython

bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

Python3-cogent3

framework pour la biologie du génome

Qiime

QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

R-bioc-edger

analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

R-bioc-hilbertvis

paquet de GNU R pour visualiser de grands vecteurs de données

R-cran-pvclust

regroupement hiérarchique avec valeurs-p par la méthode du bootstrap multi-échelle

R-cran-qtl

paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques

R-cran-vegan

Community Ecology Package for R

R-other-mott-happy.hbrem

GNU R package for fine-mapping complex diseases

Raster3d

outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules

Readseq

conversion entre formats de séquences

Rnahybrid

prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible

Rtax

classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

Samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Seqan-apps

C++ library for the analysis of biological sequences

Sibsim4

Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN

Sigma-align

alignement de multiples séquences d'ADN non codant

Sim4

Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique

Smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool

Snap

location of genes from DNA sequence with hidden markov model

Soapdenovo

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo

Soapdenovo2

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo

Sra-toolkit

utilities for the NCBI Sequence Read Archive

Ssake

application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

Staden-io-lib-utils

programs for manipulating DNA sequencing files

T-coffee

alignement multiple de séquences

Tabix

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

Theseus

superimpose macromolecules using maximum likelihood

Tigr-glimmer

Gene detection in archea and bacteria

Tree-ppuzzle

Parallelized reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

Tree-puzzle

Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

Vcftools

Collection of tools to work with VCF files

Velvet

Nucleic acid sequence assembler for very short reads

Veryfasttree

Speeding up the estimation of phylogenetic trees from sequences

Wise

comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

Debian packages in contrib or non-free

Cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Embassy-phylip

EMBOSS conversions of the programs in the phylip package

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Bagpipe

genomewide LD mapping

Content management - Debian Med content management systems

Here you can find software that is useful to build a content management system for medical care.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Xnat

platform for data management and productivity tasks in neuroimaging

Zope-zms

Content management for science, technology and medicine

No known packages available

Hid

database management system for clinical imaging

Covid-19 - This task exists only for tagging COVID-19 relevant cases

The Debian Med team intends to take part at the

 COVID-19 Biohackathon (April 5-11, 2020)
This task was created only for the purpose to list relevant packages.

Official Debian packages with high relevance

Abacas

fermeture d'espaces dans des alignements génomiques depuis des lectures courtes

Abyss

assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

Allelecount

algorithmes pour le compte de copies NGS

Assembly-stats

obtention des statistiques d'assemblage à partir de fichiers FASTA et FASTQ

Augur

composants pipeline pour l'analyse de virus en temps réel

Bamclipper

Remove gene-specific primer sequences from SAM/BAM alignments

Bamkit

tools for common BAM file manipulations

Bbmap

BBTools genomic aligner and other tools for short sequences

Bcalm

de Bruijn compaction in low memory

Bcftools

appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

Bedtools

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

Biobambam2

tools for early stage alignment file processing

Bowtie2

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Busco

benchmarking sets of universal single-copy orthologs

Bustools

manipulation de fichiers BUS pour des ensembles de données de séquençage d’ADN de cellule unique

Bwa

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

Cat-bat

taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)

Centrifuge

système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

Changeo

boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

Chip-seq

outils pour des tâches d’analyse des données ordinaires de ChIP-Seq

Clonalframeml

inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

Cutadapt

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

Cwltool

implémentation de la référence du langage Common Workflow

Dcmtk

utilitaires en ligne de commande de la boîte à outils OFFIS DICOM

Delly

découverte de variantes structurelles par analyse des lectures

Dextractor

(d)extractor and compression command library

Diamond-aligner

aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

Discosnp

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

Drop-seq-tools

analyzing Drop-seq data

Fasta3

tools for searching collections of biological sequences

Fastani

Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity

Fastp

Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

Fastqc

contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

Filtlong

quality filtering tool for long reads of genome sequences

Flash

Fast Length Adjustment of SHort reads

Flye

assembleur de novo pour les lectures de séquençage de molécule unique utilisant un graphe de répétitions

Freebayes

détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage

Genometools

boîte à outils polyvalente d'analyse du génome

Gffread

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

Ginkgocadx

logiciel d’imagerie médicale et visualisateur DICOM complet

Gnumed-client

gestion de cabinet médical – client

Gnumed-server

gestion de cabinet médical – serveur

Gromacs

Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

Gubbins

phylogenetic analysis of genome sequences

Imagej

programme de traitement d’image ciblant les images de microscopie

Ivar

fonctions largement utiles pour le séquençage de virus basé sur les amplicons

Kalign

Alignement séquentiel multiple global et progressif

Kallisto

quantification RNA-seq presque optimale

Kraken2

taxonomic classification system using exact k-mer matches

Lastz

pairwise aligning DNA sequences

Libbbhash-dev

bloom-filter based minimal perfect hash function library

Libchipcard-dev

API pour lecteurs de cartes à puce

Libgclib-dev

header files for Genome Code Lib (GCLib)

Libgdcm-tools

Grassroots DICOM tools and utilities

Libhtscodecs-dev

Development headers for custom compression for CRAM and others

Libics-dev

Image Cytometry Standard file reading and writing (devel)

Libmaus2-dev

collection of data structures and algorithms for biobambam (devel)

Libmilib-java

library for Next Generation Sequencing (NGS) data processing

Libseqan3-dev

C++ library for the analysis of biological sequences v3 (development)

Lighter

fast and memory-efficient sequencing error corrector

Lumpy-sv

general probabilistic framework for structural variant discovery

Mecat2

ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads

Megahit

ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler

Metabat

robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data

Minia

assembleur de lectures courtes de séquences biologiques

Minimap2

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Mmb

model the structure and dynamics of macromolecules

Mmseqs2

recherche et partitionnement de protéines ultra rapide et sensible

Multiqc

output integration for RNA sequencing across tools and samples

Muscle

programme d'alignements multiples de séquences de protéine

Muscle3

multiple alignment program of protein sequences

Nanofilt

filtrage et ajustement de données de séquençage de longues lectures

Nanolyse

remove lambda phage reads from a fastq file

Nanook

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data

Nanopolish

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Nanosv

structural variant caller for nanopore data

Ncbi-blast+

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

Ngmlr

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Nthash

Methods to evaluate runtime and uniformity tests for hashing methods

Odil

C++11 library for the DICOM standard (application)

Orthanc

Lightweight, RESTful DICOM server for medical imaging

Orthanc-dicomweb

greffon d’extension d’Orthanc avec prise en charge de WADO et DICOMweb

Orthanc-python

Develop plugins for Orthanc using the Python programming language

Orthanc-wsi

Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

Paleomix

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

Parallel-fastq-dump

parallel fastq-dump wrapper

Parasail

Aligner based on libparasail

Picard-tools

outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

Picopore

lossless compression of Nanopore files

Pigx-rnaseq

pipeline pour des analyses de séquençage d’ARN distribuées et avec des points de contrôle

Pinfish

outils pour l’annotation de génomes en utilisant des données transcriptomiques de lectures longues

Plasmidid

mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool

Plink1.9

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

Plink2

whole-genome association analysis toolset

Plip

fully automated protein-ligand interaction profiler

Porechop

adapter trimmer for Oxford Nanopore reads

Poretools

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

Pplacer

phylogenetic placement and downstream analysis

Presto

toolkit for processing B and T cell sequences

Prinseq-lite

PReprocessing and INformation of SEQuence data (lite version)

Prokka

rapid annotation of prokaryotic genomes

Proteinortho

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Pybedtools-bin

Scripts produced for pybedtools

Pycoqc

calcul de métriques et génération de tracés interactifs de chimie quantique

Python3-biom-format

format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

Python3-biopython

bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

Python3-bx

library to manage genomic data and its alignment

Python3-cgecore

Python3 module for the Center for Genomic Epidemiology

Python3-cogent3

framework pour la biologie du génome

Python3-cooler

library for a sparse, compressed, binary persistent storage

Python3-cyvcf2

VCF parser based on htslib (Python 3)

Python3-depinfo

retrieve and print Python 3 package dependencies

Python3-drmaa

interface pour des systèmes de gestion de ressources distribuées conformes au DRMAA

Python3-etelemetry

lightweight Python3 client to communicate with the etelemetry server

Python3-gffutils

Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

Python3-htseq

Python3 high-throughput genome sequencing read analysis utilities

Python3-nanoget

extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments

Python3-nanomath

simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts

Python3-pairix

1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates

Python3-pairtools

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Python3-pauvre

QC and genome browser plotting Oxford Nanopore and PacBio long reads

Python3-pbcommand

common command-line interface for Pacific Biosciences analysis modules

Python3-pbcore

bibliothèque de Python 3 pour traiter les fichiers de données de PacBio

Python3-pyani

module de Python 3 pour les analyses de l’identité moyenne des nucléotides

Python3-pychopper

identify, orient and trim full-length Nanopore cDNA reads

Python3-pydicom

DICOM medical file reading and writing (Python 3)

Python3-pyfaidx

efficient random access to fasta subsequences for Python 3

Python3-pynn

simulator-independent specification of neuronal network models

Python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Python3-questplus

QUEST+ implementation in Python3

Python3-scitrack

Python3 library to track scientific data

Python3-screed

short nucleotide read sequence utils in Python 3

Python3-seirsplus

Models of SEIRS epidemic dynamics with extensions

Python3-streamz

construction de pipelines pour gérer des flux ininterrompus de données

Python3-tinyalign

numerical representation of differences between strings

Python3-toolz

??? missing short description for package python3-toolz :-(

Python3-torch

Tensors and Dynamic neural networks in Python (Python Interface)

Python3-tornado

outils et serveur web non bloquants dimensionnables – paquet en Python 3

Python3-treetime

inférence de phylogénies marquées temporellement et reconstruction ancestrale – Python 3

Python3-vcf

Variant Call Format (VCF) parser for Python 3

Q2-cutadapt

greffon de QIIME 2 pour travailler avec des adaptateurs dans des données de séquence

Q2-feature-table

QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables

Q2-quality-filter

QIIME2 plugin for PHRED-based filtering and trimming

Qcat

demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files

Quicktree

algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies

R-bioc-htsfilter

GNU R filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data

R-bioc-limma

modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

R-bioc-mutationalpatterns

GNU R comprehensive genome-wide analysis of mutational processes

R-bioc-pwmenrich

PWM enrichment analysis

R-bioc-rcpi

molecular informatics toolkit for compound-protein interaction

R-bioc-rgsepd

GNU R gene set enrichment / projection displays

R-bioc-rsamtools

importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

R-bioc-tcgabiolinks

paquet de GNU R/Bioconductor pour l’analyse intégrative avec des données du GDC

R-cran-alakazam

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

R-cran-covid19us

cases of COVID-19 in the United States prepared for GNU R

R-cran-diagnosismed

ensemble d'outils pour diagnostic médical et tests de santé

R-cran-epi

analyse épidémiologique GNU R

R-cran-epibasix

fonctions élémentaires d’épidémiologie de GNU R

R-cran-epicalc

calculs épidémiologiques avec GNU R

R-cran-epiestim

GNU R estimate time varying reproduction numbers from rpidemic curves

R-cran-epir

fonctions de GNU R pour l’analyse de données épidémiologiques

R-cran-epitools

outils GNU R d’épidémiologie pour les données et graphiques

R-cran-hms

GNU R pretty time of day

R-cran-incidence

GNU R compute, handle, plot and model incidence of dated events

R-cran-kernelheaping

GNU R kernel density estimation for heaped and rounded data

R-cran-lexrankr

résumé de texte extractif avec l’algorithme LexRank

R-cran-mediana

clinical trial simulations

R-cran-msm

modèles de Markov multi-état et caché en temps continu

R-cran-qtl

paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques

R-cran-seroincidence

calculatrice de séroincidence pour GNU R

R-cran-sf

Simple Features for R

R-cran-shazam

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

R-cran-sjplot

GNU R data visualization for statistics in social science

R-cran-spp

GNU R ChIP-seq processing pipeline

R-cran-stringi

utilitaires de traitement de chaines de caractères pour GNU R

R-cran-surveillance

paquet de GNU R pour la modélisation et la surveillance de phénomènes épidémiques

R-cran-tigger

Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data

R-other-ascat

Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumours

Ragout

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Readucks

Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)

Recan

tracé de distances génétiques l’analyse de recombinaison d’évènements

Rna-star

aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

Rsem

RNA-Seq by Expectation-Maximization

Ruby-bio

Ruby tools for computational molecular biology

Salmon

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

Samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads

Samclip

filter SAM file for soft and hard clipped alignments

Samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Scrappie

basecaller for Nanopore sequencer

Sepp

phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models

Seqkit

cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation

Seqmagick

imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

Shapeit4

fast and accurate method for estimation of haplotypes (phasing)

Shiny-server

put Shiny web apps online

Shovill

assemblage de génomes d’isolats bactériens à partir de lectures paired-end Illumina

Smrtanalysis

software suite for single molecule, real-time sequencing

Snakemake

pythonic workflow management system

Snpeff

genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool

Snpsift

outil d’annotation et de manipulation de variations génomiques – outil

Spades

assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

Spaln

alignement de transcriptions selon les épissures pour l’ADN génomique

Staden-io-lib-utils

programs for manipulating DNA sequencing files

Stringtie

assemble short RNAseq reads to transcripts

Sumaclust

fast and exact clustering of genomic sequences

Texlive-science

??? missing short description for package texlive-science :-(

Thesias

Testing Haplotype Effects In Association Studies

Tiddit

structural variant calling

Tipp

tool for Taxonomic Identification and Phylogenetic Profiling

Tnseq-transit

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

Toil

cross-platform workflow engine

Tombo

identification of modified nucleotides from raw nanopore sequencing data

Tophat-recondition

post-processor for TopHat unmapped reads

Trinculo

toolkit to carry out genetic association for multi-category phenotypes

Umap-learn

Uniform Manifold Approximation and Projection

Umis

tools for processing UMI RNA-tag data

Uncalled

Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA

Unicycler

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

Vg

tools for working with genome variation graphs

Vsearch

tool for processing metagenomic sequences

Vt

toolset for short variant discovery in genetic sequence data

Workrave

Repetitive Strain Injury prevention tool

Wtdbg2

de novo sequence assembler for long noisy reads

Yanagiba

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore

Yanosim

read simulator nanopore DRS datasets

Official Debian packages with lower relevance

Libsimde-dev

Implementations of SIMD instructions for all systems

Python3-anndata

annotated gene by sample numpy matrix

Python3-mmtf

encodage binaire de structures biologiques – Python 3

R-bioc-rsubread

Subread Sequence Alignment and Counting for R

Debian packages in contrib or non-free

Bcbio

toolkit for analysing high-throughput sequencing data

Python3-seqcluster

analysis of small RNA in NGS data

Varscan

variant detection in next-generation sequencing data

Vienna-rna

RNA sequence analysis

Debian packages in experimental

Libtensorflow-framework2

Computation using data flow graphs for scalable machine learning

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Arvados

managing and analyzing biomedical big data

Auspice

web app for visualizing pathogen evolution

Blat

BLAST-Like Alignment Tool

Chime

COVID-19 Hospital Impact Model for Epidemics

Covpipe

pipeline to generate consensus sequences from NGS reads

Ensembl-vep

Variant Effect Predictor predicting the functional effects of genomic variants

Fieldbioinformatics

pipeline with virus identification with Nanopore sequencer

Flappie

flip-flop basecaller for Oxford Nanopore reads

Graphmap2

highly sensitive and accurate mapper for long, error-prone reads

Manta

structural variant and indel caller for mapped sequencing data

Medaka

sequence correction provided by ONT Research

Nanoplot

plotting scripts for long read sequencing data

Ncbi-magicblast

RNA-seq mapping tool

Nextflow

DSL for data-driven computational pipelines

Nextstrain-ncov

Nextstrain build for novel coronavirus (nCoV)

Nf-core-artic

nf-core ARTIC field bioinformatics viral genome pipeline

Oncofuse

predicting oncogenic potential of gene fusions

Optitype

precision HLA typing from next-generation sequencing data

Pangolin

Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages

Pomoxis

analysis components from Oxford Nanopore Research

Python3-idseq-dag

Pipeline engine for IDseq (Python 3)

Python3-scanpy

Single-Cell Analysis in Python

Qualimap

evaluating next generation sequencing alignment data

Quast

Quality Assessment Tool for Genome Assemblies

R-cran-covid19

GNU R Coronavirus COVID-19 data acquisition and visualization

R-other-fastbaps

A fast genetic clustering algorithm that approximates a Dirichlet Process Mixture model

Rosa

Removal of Spurious Antisense in biological RNA sequences

Sailfish

RNA-seq expression estimation

Seqwish

alignment to variation graph inducer

Signalalign

HMM-HDP models for MinION signal alignments

Streamlit

fast way to build custom ML tools

Strelka

strelka2 germline and somatic small variant caller

Ufasta

utility to manipulate fasta files

Vadr

classification and annotation of viral sequences

Medical data - bases de données thérapeutiques pour Debian Med

Ce métapaquet installe une base de données libre de médicaments et les applications afférentes. L’accès à la base de données peut être réalisé par n’importe quel EMR (Electronic Medical Record) en utilisant cette application.

Official Debian packages with high relevance

Freediams

assistant de prescription et gestionnaire d'interactions médicamenteuses

Freemedforms-freedata

données libres du projet FreeMedForms

Python3-hl7

Python3 library for parsing HL7 messages

Official Debian packages with lower relevance

Oscar

outil d’analyse du trouble du sommeil – OSCAR

No known packages available

Drugref.org

pharmaceutical reference database

Dental - paquets Debian Med relatifs à la chirurgie dentaire

Ce méta-paquet dépend d'une collection de logiciels qui peuvent être utiles à la pratique que la chirurgie dentaire.

Official Debian packages with high relevance

Entangle

contrôle et captures d’appareils photo numériques connectés

Imagetooth

bibliothèque de génération d’images de dents pour des odontogrammes

Epidemiology - paquet relatif à Debian Med épidémiologie

Ce métapaquet dépend d'outils utiles pour la recherche épidémiologique. Plusieurs paquets utilisent le langage de donnée GNU R pour des investigations statistiques. Il peut être intéressant de lire le papier « Une introduction rapide à R pour l'épidémiologie », disponible à l'adresse suivante (en anglais) : http://staff.pubhealth.ku.dk/%7Ebxc/Epi/R-intro.pdf

Official Debian packages with high relevance

Python3-seirsplus

Models of SEIRS epidemic dynamics with extensions

Python3-torch

Tensors and Dynamic neural networks in Python (Python Interface)

Python3-treetime

inférence de phylogénies marquées temporellement et reconstruction ancestrale – Python 3

R-cran-covid19us

cases of COVID-19 in the United States prepared for GNU R

R-cran-diagnosismed

ensemble d'outils pour diagnostic médical et tests de santé

R-cran-epi

analyse épidémiologique GNU R

R-cran-epibasix

fonctions élémentaires d’épidémiologie de GNU R

R-cran-epicalc

calculs épidémiologiques avec GNU R

R-cran-epiestim

GNU R estimate time varying reproduction numbers from rpidemic curves

R-cran-epir

fonctions de GNU R pour l’analyse de données épidémiologiques

R-cran-epitools

outils GNU R d’épidémiologie pour les données et graphiques

R-cran-incidence

GNU R compute, handle, plot and model incidence of dated events

R-cran-kernelheaping

GNU R kernel density estimation for heaped and rounded data

R-cran-lexrankr

résumé de texte extractif avec l’algorithme LexRank

R-cran-prevalence

GNU R tools for prevalence assessment studies

R-cran-seroincidence

calculatrice de séroincidence pour GNU R

R-cran-sf

Simple Features for R

R-cran-sjplot

GNU R data visualization for statistics in social science

R-cran-surveillance

paquet de GNU R pour la modélisation et la surveillance de phénomènes épidémiques

Official Debian packages with lower relevance

Python3-epimodels

simple interface to simulate mathematical epidemic models in Python3

R-cran-cmprsk

GNU R subdistribution analysis of competing risks

R-cran-msm

modèles de Markov multi-état et caché en temps continu

Shiny-server

put Shiny web apps online

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Chime

COVID-19 Hospital Impact Model for Epidemics

Epifire

model the spread of an infectious disease in a population

Netepi-analysis

network-enabled tools for epidemiology and public health practice

Netepi-collection

network-enabled tools for epidemiology and public health practice

R-cran-covid19

GNU R Coronavirus COVID-19 data acquisition and visualization

Ushahidi

web platform for information collection

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Repast

framework for creating agent based simulations

Hospital information systems - Debian Med suggestions for Hospital Information Systems

This metapackage contains dependencies for software and that could be useful ro run a Hospital Information System. While there is continuous work going on to package a ready to install system currently only preconditions are finished but hopefully helpful in hospitals anyway.

Official Debian packages with high relevance

Fis-gtm

metapackage for the latest version of FIS-GT.M database

Orthanc-wsi

Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Care2x

integrated hospital information system

Openmrs

enterprise electronic medical record system framework

Tryton-modules-health

Tryton Application Platform (Health Module)

Vista-foia

metapackage for the latest version of vista-foia.

Unofficial packages built by somebody else

Oscar-mcmaster

Oscar (Web) A medical web application for electronic medical records

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

World-vista

repackage and extended version of VistA produced by WorldVistA

No known packages available

Hkma-cms

clinic management system

Ipath

telemedicine platform

Openeyes

ophthalmology electronic patient record system

Openmaxims

patient administration system and electronic patient record

Patientos

Healthcare Information System (HIS) for small hospitals and clinics

Imaging - paquets Debian Med de traitement et visualisation d'images

Ce métapaquet installera les paquets Debian qui peuvent être utiles dans le cadre du traitement et de la visualisation d'images médicales.

D’une part, il installe plusieurs paquets prenant en charge divers formats de fichier d’image, comme DICOM (« Digital Imaging and Communications in Medecine ») qui est le standard de facto pour la gestion d'images médicales, ou NIFTI. D’autre part, il fournit divers paquets logiciels pouvant être utilisés pour la visualisation et le traitement d’images, soit à partir d’une interface graphique, de la ligne de commande ou implantées dans un flux de travail.

Official Debian packages with high relevance

Amide

programme pour l'imagerie médicale

Ants

outils de normalisation élaborés pour l'analyse d'images du cerveau

Bart

outils pour l'imagerie par résonance magnétique computationnelle

Bart-view

visualisateur de données multidimensionnelles et de valeur complexe

Biosig-tools

outils de conversion entre différents formats de données médicales

Camitk-imp

banc de test pour la bibliothèque CamiTK

Caret

??? missing short description for package caret :-(

Ctn

Nœud de Test Central, une implémentation de DICOM pour l'imagerie médicale

Ctsim

Simulateur de tomographie calculée

Dcm2niix

convertisseur de dernière génération DICOM vers NIfTI

Dcmtk

utilitaires en ligne de commande de la boîte à outils OFFIS DICOM

Dicom3tools

outils de conversion et de manipulation de fichiers d'imagerie médicale DICOM

Dicomscope

visualisateur DICOM d’OFFIS

Fslview

??? missing short description for package fslview :-(

Gdf-tools

bibliothèque d’E/S pour les signaux biomédicaux – assistants

Ginkgocadx

logiciel d’imagerie médicale et visualisateur DICOM complet

Gwyddion

outil d'analyse et de visualisation de données SPM (« Scanning Probe Microscopy »)

Heudiconv

DICOM converter with support for structure heuristics

Imagej

programme de traitement d’image ciblant les images de microscopie

Imagevis3d

application de bureau pour le rendu volumique direct de grands volumes de données

Invesalius

logiciel de reconstruction d’images médicales en 3D

Ismrmrd-tools

command-line tools for ISMRMRD

Itksnap

segmentation semi-automatique de structures pour les images en 3D

King

système interactif pour des graphismes vectoriels 3D

Libgdcm-tools

Grassroots DICOM tools and utilities

Medcon

Outil de conversion d'images médicales (DICOM, ECAT, etc.)

Mia-tools

outils en ligne de commande pour le traitement d’images en échelle de gris

Mia-viewit

programme de visualisation pour des ensembles de données en 3D créés avec MIA

Mialmpick

outils pour le choix de points de repère dans des ensembles de données de volumes en 3D

Minc-tools

Outils pour le format MNI d'imagerie médicale

Mricron

conversion, visualisation et analyse d’images de résonance magnétique

Mrtrix3

tractographie de la substance blanche par IRM pondérée en diffusion

Nifti-bin

outils livrés avec la bibliothèque NIfTI

Odil

C++11 library for the DICOM standard (application)

Odin

développement, simulation et exécution de séquences de résonance magnétique

Openslide-tools

outils de manipulation et conversion pour OpenSlide

Orthanc

Lightweight, RESTful DICOM server for medical imaging

Orthanc-wsi

Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

Pixelmed-apps

DICOM implementation containing Image Viewer and a ECG Viewer - cli

Plastimatch

reconstruction d’images médicales et recalage

Python3-dipy

Python library for the analysis of diffusion MRI datasets

Python3-nibabel

liaisons de Python 3 vers divers formats de données d’image cérébrale

Python3-nipy

analyse de données d’imagerie cérébrale structurelle ou fonctionnelle

Python3-nipype

Neuroimaging data analysis pipelines in Python3

Python3-nitime

timeseries analysis for neuroscience data (nitime)

Python3-pydicom

DICOM medical file reading and writing (Python 3)

Python3-pyxid

interface for Cedrus XID and StimTracker devices

Python3-surfer

visualize Freesurfer's data in Python3

Sightcalibrator

Camera calibration software

Sightviewer

DICOM viewer

Sigviewer

visionneur graphique pour biosignaux tels que EEG, EMG et ECG

Sofa-apps

Interface graphique à SOFA (« Simulation Open Framework Architecture »)

Teem-apps

Tools to process and visualize scientific data and images - command line tools

Tifffile

Read and write image data from and to TIFF files

Voxbo

traitement, analyse statistique et affichage de données d’imagerie cérébrale

Vrrender

DICOM viewer

Vtk-dicom-tools

DICOM for VTK - tools

Xmedcon

Medical Image (DICOM, ECAT, ...) conversion tool (GUI)

Official Debian packages with lower relevance

Cmtk

boîte à outils de morphométrie computationnelle

Connectomeviewer

analyse interactive et visualisation pour la connectomique MR

Elastix

Boîte à outils pour le recalage rigide et non-rigide d'images

Illustrate

cartoonish representations of large biological molecules

Imagemagick

??? missing short description for package imagemagick :-(

Imview

Application de visualisation et d'analyse d'images

Orthanc-dicomweb

greffon d’extension d’Orthanc avec prise en charge de WADO et DICOMweb

Orthanc-gdcm

DICOM transcoder/decoder for Orthanc using GDCM (notably for JPEG2k)

Orthanc-imagej

ImageJ plugin to import images from Orthanc

Orthanc-mysql

Plugins to use MySQL or MariaDB as a database back-end to Orthanc

Orthanc-neuro

Neuroimaging plugin for Orthanc

Orthanc-postgresql

Plugins to use PostgreSQL as a database back-end to Orthanc

Orthanc-webviewer

Web viewer of medical images for Orthanc

Paraview

application parallèle de visualisation

Pngquant

Utilitaire d'optimisation d'images PNG (Portable Network Graphics)

Science-workflow

workflow management systems useful for scientific research

Trimage

GUI and command-line interface to optimize image files

Debian packages in contrib or non-free

Bart-cuda

tools for computational magnetic resonance imaging

Fsl

transitional dummy package

Vmtk

the Vascular Modeling Toolkit

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Bioimagesuite

integrated image analysis software suite

Bioimagexd

Analyzing, processing and visualizing of multi dimensional microscopy images

Cellprofiler

quantitatively measure phenotypes from images automatically

Crea

base library of the creaTools medical image processing suite

Dicoogle

Java Advanced Imaging API reference implementation

Fiji

"batteries-included" distribution of ImageJ

Freesurfer

analysis and visualization of functional brain imaging data

Incf-nidash-oneclick-clients

utility for pushing DICOM data to the INCF datasharing server

Insightapplications

InsightToolKit (ITK) based medical imaging applications

Jist

Java Image Science Toolkit

Kradview

medical image viewer for DICOM images

Libdcm4che-java

Clinical Image and Object Management

Mayam

Cross-platform DICOM Viewer

Micromanager

Microscopy Software

Mipav

quantitative analysis and visualization of medical images

Mni-colin27-nifti

Talairach stereotaxic space template

Openelectrophy

data analysis GUI for intra- and extra-cellular recordings

Openmeeg-tools

openmeeg library -- command line tools

Slicer

software package for visualization and image analysis - main application

Stabilitycalc

evaluate fMRI scanner stability

Via-bin

tools for volumetric image analysis

Visit

interactive parallel visualization and graphical analysis tool

Xnat

platform for data management and productivity tasks in neuroimaging

Unofficial packages built by somebody else

Cdmedicpacs

web interface to PACS to access DICOM study images

Mni-autoreg

MNI average brain (305 MRI) stereotaxic registration model

Mni-n3

MNI Non-parametric Non-uniformity Normalization

Opendicom.net

API to DICOM in C# for Mono

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Devide

Delft Visualization and Image processing Development Environment

Dtitk

DTI spatial normalization and atlas construction toolkit

Eeglab

toolbox for processing and visualization of electrophysiological data

Isis

I/O framework for neuroimaging data

Jemris

high performance computing MRI simulator

Opensourcepacs

medical image referral, archiving, routing and viewing system

No known packages available

Blox

medical imaging and visualization program

Brainvisa

image processing factory for MR images

Dcm4chee

Clinical Image and Object Management (enterprise)

Dicom4j

Java framework for Dicom

Drjekyll

interactive voxel editor for viewing and editing three-dimensional images

Dti-query

dynamic queries of the white matter brain pathways

Ecg2png

convert scanned electrocardiograms into PNG format

Gimias

Graphical Interface for Medical Image Analysis and Simulation

Hid

database management system for clinical imaging

Maris

package suite for Radiological Workflow

Medisnap

photograph, manage, view, compare, document and archive medical photos

Mesa-test-tools

IHE Test Software for Radiology

Miview

Medical Images viewer and converter

Mni-icbm152-nlin-2009

MNI stereotaxic space human brain template

Mrisim

simulator for magnetic resonance imaging data

Omero

coming standard LIMS for microscopy images

Piano

medical image processing library for surgical planning

Pymeg

suite for analysis of magnetoencephalography (MEG) data

Stir

Software for Tomographic Image Reconstruction

Tempo

3D visualization of brain electrical activity

Imaging development - paquets Debian Med de traitement et visualisation d'images —⋅développement

Ce métapaquet installera les paquets Debian qui peuvent être utiles pour développer des applications pour le traitement et la visualisation d'images médicales.

Official Debian packages with high relevance

Cimg-dev

bibliothèque puissante de calcul d'images

Ctn-dev

Fichiers de développement pour CTN, une implémentation de DICOM

Gmic

Manipulation générique d’image « Magic for Image Computing » de GREYC

Libbart-dev

fichiers de développement pour BART

Libbiosig-dev

bibliothèque d'entrées sorties de données biomédicales –⋅fichiers de développement

Libcamitk-dev

boîte à outils d'intervention médicale assistée par ordinateur – fichiers de développement

Libcifti-dev

development files for CiftiLib

Libedf-dev

European Data Format library - devel

Libgdcm2-dev

bibliothèques de développement et fichiers d'en-tête pour Grassroots DICOM

Libgdf-dev

IO library for the GDF -- development library

Libgiftiio-dev

IO library for the GIFTI cortical surface data format - headers

Libinsighttoolkit5-dev

boîte à outils de traitement d'image pour le recalage et la segmentation - développement

Libismrmrd-dev

development files for ISMRMRD

Libmaxflow-dev

Development files for the maxflow-mincut algorithm

Libmdc2-dev

??? missing short description for package libmdc2-dev :-(

Libmia-2.4-dev

library for 2D and 3D gray scale image processing, development files

Libmialm-dev

Development files for the MIA landmark library

Libminc-dev

environnement de développement pour le format d'images médicales MNI

Libnifti2-dev

IO libraries for the NIfTI-1 data format (development)

Libodil-dev

C++11 library for the DICOM standard (development files)

Libopencv-dev

fichiers de développement pour opencv

Libopenigtlink-dev

Open IGT Link is a simple network protocol - development

Libopenslide-dev

fichiers de développement pour la bibliothèque OpenSlide

Libpapyrus3-dev

DICOM compatible file format library

Libsight-dev

Sight header files

Libteem-dev

Tools to process and visualize scientific data and images - development

Libvigraimpex-dev

development files for the C++ computer vision library

Libvistaio-dev

Development files for the libvistaio library

Libvolpack1-dev

fast volume rendering library (development package)

Libvtk-dicom-dev

DICOM for VTK - dev

Libvtk9-dev

VTK header files

Libxdf-dev

C++ library for loading XDF files (headers and static lib)

Octave-bart

liaisons Octave pour BART

Octave-dicom

manipulate DICOM files in Octave

Octave-gdf

bibliothèque IO pour GDF – interface pour Octave

Odin

développement, simulation et exécution de séquences de résonance magnétique

Python3-biosig

liaisons Python⋅3 à la bibliothèque BioSig

Python3-bioxtasraw

traitement de données biologiques de diffusion des rayons X aux petits angles

Python3-brian

simulator for spiking neural networks

Python3-dcmstack

DICOM to NIfTI conversion - python3 package

Python3-dipy

Python library for the analysis of diffusion MRI datasets

Python3-gdcm

Grassroots DICOM Python bindings

Python3-imageio

library for reading and writing image data (Python 3)

Python3-mia

Python-3 bindings for the MIA image processing library

Python3-mne

Python modules for MEG and EEG data analysis

Python3-nibabel

liaisons de Python 3 vers divers formats de données d’image cérébrale

Python3-nipy

analyse de données d’imagerie cérébrale structurelle ou fonctionnelle

Python3-nipype

Neuroimaging data analysis pipelines in Python3

Python3-nitime

timeseries analysis for neuroscience data (nitime)

Python3-openslide

enveloppe Python 3 de lecture des fichiers d'images « Whole-slide »

Python3-pydicom

DICOM medical file reading and writing (Python 3)

Python3-pyxnat

Interface to access neuroimaging data on XNAT servers

Python3-torchvision

Datasets, Transforms and Models specific to Computer Vision

Python3-vigra

??? missing short description for package python3-vigra :-(

Official Debian packages with lower relevance

Libcamp-dev

bibliothèque C++ généraliste de réflexion –⋅fichiers de développement

Libeegdev-dev

Biosignal acquisition device library (Development files)

Libfreeimage-dev

Support library for graphics image formats (development files)

Libics-dev

Image Cytometry Standard file reading and writing (devel)

Liblimereg-dev

Library for lightweight image registration [development files]

Libnifti-doc

Documentaion pour la bibliothèque API NIfTI

Libxdffileio-dev

Library to read/write EEG data file formats (development files)

Tifffile

Read and write image data from and to TIFF files

Debian packages in contrib or non-free

Libvmtk-dev

shared links and header files for vmtk

Python-vmtk

Python interface for vmtk

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Emokit

Emotiv EPOC headset Python interface

Libbio-formats-java

reading and writing proprietary microscopy image data and metadata

Libctk-dev

toolkit for medical imaging application development - devel

Libopenmeeg-dev

openmeeg library -- development files

Libopenslide-java

java wrapper for reading whole slide image files

Libvia-dev

library for volumetric image analysis

Unofficial packages built by somebody else

Libmni-perllib-perl

The MNI Perl Library

Laboratory - suggestions de Debian Med pour un laboratoire médical

Ce métapaquet fournit des dépendances de logiciel pouvant être utiles pour un laboratoire médical.

Official Debian packages with high relevance

Opencfu

comptage de colonies de cellules (CFU) dans des géloses par traitement d’images numériques

Orthanc-wsi

Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Openfreezer

Laboratory analysis, research and investigation software application

No known packages available

Catissuesuite

tool for biospecimen inventory management

Openelis

Enterprise Laboratory Information System

Oncology - paquet Debian Med pour l'oncologie

Ce méta-paquet installera des outils qui peuvent être utiles pour la radiothérapie anticancéreuse.

Official Debian packages with high relevance

Orthanc-wsi

Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

Simrisc

simulation model for breast/lung cancer risk

Official Debian packages with lower relevance

Python3-dicompylercore

core radiation therapy modules for DICOM / DICOM RT used by dicompyler

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Uw-prism

software tools for radiation therapy planning

No known packages available

Planunc

tools for radiotherapy treatment planning

Pharmacology - paquet de Debian Med pour la recherche en pharmacologie

Ce métapaquet contient les dépendances pour une collection de logiciels et de documentations utiles pour la recherche en pharmacologie.

Official Debian packages with high relevance

Chemtool

programme de dessin de structures chimiques

R-cran-dosefinding

Planning and Analyzing Dose Finding experiments

R-cran-rpact

Confirmatory Adaptive Clinical Trial Design and Analysis

Physics - paquets Debian Med pour les physiciens du domaine médical

Ce méta paquet dépend d'une collection de logiciels et de documentation utiles pour les physiciens du domaine médical en radiothérapie, imagerie de diagnostics et domaines associés.

Official Debian packages with high relevance

Biosig-tools

outils de conversion entre différents formats de données médicales

Gdf-tools

bibliothèque d’E/S pour les signaux biomédicaux – assistants

Octave

langage GNU Octave pour calculs numériques

Paw

Physics Analysis Workstation (Station d'analyse pour la physique) - programme d'analyse graphique

Paw++

Outils d'analyse physique (version améliorée avec Lesstif)

R-base

système de calcul statistique et de graphique GNU R

Official Debian packages with lower relevance

Libbiosig-dev

bibliothèque d'entrées sorties de données biomédicales –⋅fichiers de développement

Octave-biosig

liaisons Octave à la bibliothèque BioSig

Paw-demos

Exemples et tests pour PAW

Python3-biosig

liaisons Python⋅3 à la bibliothèque BioSig

Python3-multipletau

algorithme multiple-tau pour Python3/NumPy

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Gate

Geant4 Application for Emission Tomography

Openvibe

platform for the design, test and use of BCI

Practice - paquet Debian Med pour la gestion d'un cabinet

Ce méta-paquet dépend d'une collection de logiciels qui peuvent être utile pour gérer un cabinet médical.

Official Debian packages with high relevance

Entangle

contrôle et captures d’appareils photo numériques connectés

Freediams

assistant de prescription et gestionnaire d'interactions médicamenteuses

Freemedforms-emr

gestionnaire de dossiers patients

Ginkgocadx

logiciel d’imagerie médicale et visualisateur DICOM complet

Gnumed-client

gestion de cabinet médical – client

Gnumed-server

gestion de cabinet médical – serveur

Libchipcard-tools

outils pour accéder aux cartes à puce

Orthanc

Lightweight, RESTful DICOM server for medical imaging

Orthanc-wsi

Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

Oscar

outil d’analyse du trouble du sommeil – OSCAR

Qrisk2

calculateur de risque de maladies cardiovasculaires

R-cran-medadherence

adhésion à la médication de GNU R : définitions couramment utilisées

Official Debian packages with lower relevance

Libctapimkt1

Read German Krankenversichertenkarte and eGK

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Freeshim

opensource electronic medical device interface

Openemr

Comprehensive medical practice management

Thera-pi

organization and management of outpatient clinics and rehabilitation-medicine companies

Unofficial packages built by somebody else

Elementalclinic

Electronical Medical Health record system for mental health

Freemed

Electronic Medical Record and Practice Management system

Tinyheb

billing system for midwives

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Elexis

medical practice managemant system for use in Switzerland

Openrep

software for homeopathic repertorization and viewing materia medicae

No known packages available

Clearhealth

Medical practice management system

Freeb

Medical Bill formating module

Medintux

Medical practice management system

Mirrormed

EHR and practice management system

Mirth

HL7 integration engine

Openpms

medical billing, scheduling, and account management system

Proteus

clinical decision support guidelines model

Remitt

preparing and submitting medical billing data

Resmedicinae

comprising software solution for use in medicine

Sqlclinic

intranet solution for Saint Vincents Catholic Medical Centers of New York

Psychology - paquets Debian Med pour la psychologie

Ce méta-paquet dépend d'une collection de logiciels qui peuvent être utiles pour la recherche en psychologie.

Official Debian packages with high relevance

Orthanc-neuro

Neuroimaging plugin for Orthanc

Praat

programme pour l'analyse et la synthèse de la parole

Psignifit

ajuster et essayer des hypothèses sur les fonctions psychométriques

Psychopy

environnement pour créer des stimuli psychologiques en Python

Python3-bioxtasraw

traitement de données biologiques de diffusion des rayons X aux petits angles

R-cran-foreign

paquet GNU R pour lire/écrire des données issues d'autres systèmes de stats

R-cran-psy

procédures GNU R pour la mesure psychique

R-cran-psych

GNU R procedures for psychological, psychometric, and personality research

R-cran-psychometric

théorie psychométrique appliquée avec GNU R

R-cran-psychotree

GNU R recursive partitioning based on psychometric models

R-cran-psyphy

functions for analyzing psychophysical data in GNU R

Official Debian packages with lower relevance

Python-pyepl

module pour coder des expériences psychologiques en Python

Python3-bids-validator

validator for the Brain Imaging Data Structure (BIDS) datasets

Python3-bmtk

paquet de développement pour construire, simuler et analyser des réseaux de grande étendue

Python3-pynwb

Python library for working with Neurodata in the NWB format

Science-psychophysics

paquets pour la psychophysique de Debian Science

Rehabilitation - Debian Med packages for rehabilitation technologies

This metapackage will install tools that are useful for rehabilitation and therapy.

Official Debian packages with high relevance

Sitplus

??? missing short description for package sitplus :-(

Official Debian packages with lower relevance

Aghermann

gestionnaire d'expérimentation de recherche sur le sommeil

Research - Debian Med packages for medical research

This metapackage will install tools that are useful for medical research.

Official Debian packages with high relevance

R-cran-rpact

Confirmatory Adaptive Clinical Trial Design and Analysis

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Openclinica

electronic data capture and clinical data management

Statistics - Statistiques Debian Med

Ce méta-paquet installera les paquets qui sont utiles pour faire des statistiques avec un accent particulier sur les tâches dans les soins médicaux.

Official Debian packages with high relevance

R-bioc-edger

analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

R-bioc-limma

modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

R-bioc-multtest

test d’hypothèses multiples basé sur le ré-échantillonnage de Bioconductor

R-bioc-qvalue

paquet de GNU R pour une estimation de valeurs-q pour le contrôle FDR

R-cran-ade4

GNU R analysis of ecological data

R-cran-beeswarm

tracé de points « bee swarm », une alternative au tracé « stripchart »

R-cran-pvclust

regroupement hiérarchique avec valeurs-p par la méthode du bootstrap multi-échelle

R-cran-randomforest

paquet de GNU R mettant en œuvre le classificateur de forêts aléatoires

R-cran-rwave

analyse temps-fréquence de signaux en 1D avec GNU R

R-cran-snowfall

GNU R easier cluster computing (based on snow)

R-cran-waveslim

GNU R wavelet routines for 1-, 2- and 3-D signal processing

R-cran-wavethresh

GNU R wavelets statistics and transforms

Official Debian packages with lower relevance

Science-statistics

paquets pour les statistiques de Debian Science

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Rstudio

GNU R IDE

Tools - différents utilitaires de Debian Med

Ce méta-paquet installera des outils à des fins diverses pour la santé. Pour l'instant, il contient quelques programmes pour la santé personnelle.

Official Debian packages with high relevance

Cronometer

CRON-o-Meter – suivi d’une consommation alimentaire et d’exercise

Cycle

programme de calendrier pour femme

Edfbrowser

visualisateur pour les fichiers de stockage biomédicaux tels que BDF et EDF

Galileo

utilitaire pour synchroniser solidement un périphérique Fitbit avec le service web de Fitbit

Hunspell-de-med

dictionnaire médical allemand pour hunspell

Hunspell-en-med

dictionnaire médical anglais pour hunspell

Nut-nutrition

??? missing short description for package nut-nutrition :-(

Nutsqlite

Dietary nutrition analysis software

Pcalendar

suivi du cycle menstruel et prévision des périodes de fertilité

Pondus

gestionnaire personnel de poids en GTK+2

Python3-fitbit

implémentation de client pour l’API REST de FitBit – Python 3

Quitcount

petit outil qui peut aider à arrêter de fumer

R-cran-fitbitscraper

importer vos données Fitbit à partir du site Internet de Fitbit en R

R-cran-fitcoach

R package for analysis and retrieve data of Fitbit

Wgerman-medical

German medical dictionary words for /usr/share/dict

Workrave

Repetitive Strain Injury prevention tool

Official Debian packages with lower relevance

Entangle

contrôle et captures d’appareils photo numériques connectés

Goldencheetah

ensemble d’outils d’analyse pour les performances de cyclistes

Mencal

calendrier de menstruations

Oscar

outil d’analyse du trouble du sommeil – OSCAR

Debian packages in contrib or non-free

Mssstest

Normalisation of disease scores for patients with Multiple Sclerosis

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

Pesco

Cognitive stimulation tool for elderly or cognitively impaired

Typesetting - gestion de Debian Med pour la composition et la publication

Ce méta-paquet installera des paquets Debian qui peuvent être utiles pour la composition et la publication dans le champs de la médecine et de la biologie structurale.

Official Debian packages with high relevance

King

système interactif pour des graphismes vectoriels 3D

Texlive-latex-extra

??? missing short description for package texlive-latex-extra :-(

Texlive-science

??? missing short description for package texlive-science :-(

Official Debian packages with lower relevance

Biber

remplaçant amélioré de BibTex pour les utilisateurs de BibLaTeX

Bibus

base de données bibliographiques

Jabref-plugin-oo

??? missing short description for package jabref-plugin-oo :-(

Kbibtex

éditeur BibTeX pour KDE

R-cran-qqman

R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots