Debian Med Project
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Summary
Typesetting
Debian Med - Unterstützung for Schriftsatz und Publikation

Dieses Metapaket installiert Debian-Pakete, die hilfreich beim Schriftsatz und bei der Publikation in der Medizin und strukturellen Biologie sind.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Typesetting packages

Official Debian packages with high relevance

King
Interaktives System für dreidimensionale Vektorgrafiken
Versions of package king
ReleaseVersionArchitectures
sid2.23.161103+dfsg1-3all
jessie2.21.120420+dfsg-1all
stretch2.23.161103+dfsg1-1all
buster2.23.161103+dfsg1-3all
bullseye2.23.161103+dfsg1-3all
wheezy2.21.120420-2all
Popcon: 14 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

KiNG (Kinemage, Next Generation) ist ein interaktives System für dreidimensionale Vektorgrafiken. Es unterstützt eine Sammlung von Grafikprimitiven, welche es passend für viele Arten von Grafiken, Plots und anderen Abbildungen macht, auch wenn seine erste Anwendung die Darstellung makromolekularer Strukturen für die biophysikalische Forschung war. KiNG basiert auf Mage, JavaMage und dem »kinemage«-Konzept (kinetic image) zur Bereitstellung einer funktionsreichen Java-Anwendung mit nutzerfreundlicher Schnittstelle und integrierten Editiermöglichkeiten. Die KiNG-jar-Datei kann innerhalb einer Webseite als Java-Applet oder als Java-Objekt verwendet werden, um von einem Webbrowser aus einen einfachen Zugang zu »kinemages« oder Koordinatendateien zu ermöglichen.

Texlive-latex-extra
??? missing short description for package texlive-latex-extra :-(
Versions of package texlive-latex-extra
ReleaseVersionArchitectures
sid2019.20190824-1all
squeeze2009-10+squeeze1all
wheezy2012.20120611-2all
jessie2014.20141024-1all
stretch2016.20170123-5all
buster2018.20190227-2all
bullseye2019.20190710-1all
Debtags of package texlive-latex-extra:
made-offont, tex
roleapp-data
usetypesetting
works-withfont, text
works-with-formatpdf, tex
Popcon: 3815 users (1837 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically texshade.sty is interesting

The texlive-latex-extra package contains a lot of interesting LaTeX styles for different purposes. As a biologist you are most probably interested in

 TeXShade: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/texshade.htm

You might like to install texlive-latex-extra-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-latex-extra-doc/latex/texshade/
Texlive-science
??? missing short description for package texlive-science :-(
Versions of package texlive-science
ReleaseVersionArchitectures
stretch2016.20170123-5all
sid2019.20190824-1all
wheezy2012.20120611-2all
buster2018.20190227-2all
jessie2014.20141024-1all
squeeze2009-10+squeeze1all
bullseye2019.20190710-1all
Debtags of package texlive-science:
fieldbiology, chemistry, electronics, mathematics, physics
made-oftex
roleapp-data
sciencepublishing
usetypesetting
works-withgraphs, text
works-with-formattex
Popcon: 3454 users (885 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically biotex.sty and textopo.sty are interesting

The texlive-science package contains a lot of interesting LaTeX styles for different sciences. As a biologist you are most probably interested in

 TeXTopo: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/textopo.htm

You might like to install texlive-science-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-science-doc/latex/textopo/

Official Debian packages with lower relevance

Biber
Stark erweiterter BibTeX-Ersatz für Anwender von BibLaTeX
Versions of package biber
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.7-2all
sid2.12-3all
wheezy0.9.9+release-1all
bullseye2.12-3all
buster2.12-2all
jessie1.9-3+deb8u1all
upstream2.13
Popcon: 411 users (728 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Das Paket biblatex von Philipp Lehman wird für LaTeX-Anwender das vorherrschende Werkzeug für die Verwaltung von Zitaten. Biblatex hat das ehrwürdige Programm BibTeX nur für die Sortierung und das Erzeugen einer sehr allgemein gehaltenen .bbl-Datei ohne Formatierungsanweisungen genutzt. Alles andere wird von biblatex erledigt, das eine leistungsfähige und flexible Makro-Schnittstelle für Autoren von Zitierstilen bietet.

Biber bietet Nutzern von biblatex eine große Obermenge der BibTeX- Funktionalität. Darüber hinaus bietet er umfassende UTF-8-Fähigkeiten (Unicode 6.0), vollständig anpassbare Sortierung, GraphViz-Ausgabe als Hilfe für die Visualisierung komplexer Querverweise, Unterstützung für entfernte Datenquellen, strukturelle Validierung der Daten anhand des (anpassbaren) Datenmodells und vieles mehr.

Bibus
Bibliografische Datenbank
Versions of package bibus
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.5.2-4all
stretch1.5.2-4all
buster1.5.2+dfsg-1all
bullseye1.5.2+dfsg-1all
sid1.5.2+dfsg-1all
squeeze1.5.1-3all
wheezy1.5.2-1all
Debtags of package bibus:
interfacex11
roleprogram
sciencebibliography, publishing
uitoolkitwxwidgets
useorganizing, typesetting
works-with-formatbib, odf
x11application
Popcon: 14 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bibus ist eine bibliografische Datenbank, die im Hinblick auf LibreOffice/OpenOffice.org entwickelt wurde. Sie kann Referenzen direkt in ein geöffnetes OpenOffice.org-Writer-Dokument einfügen und das Literaturverzeichnis formatieren. Die wesentlichen Merkmale sind:

  • hierarchische Organisation der Referenzen mit benutzerdefinierten Schlüsseln
  • für Mehrbenutzerumgebungen entwickelt (Benutzer können Datenbanken gemeinsam verwenden)
  • eine Echtzeitabfragen unterstützende Suchmaschine
  • Onlinezugriff auf PubMed
  • Import von PubMed- (Medline), EndNote/Refer-, RIS- und BibTeX-Datensätzen.

Bibus verwendet standardmäßig eine SQLite-Datenbank zur Speicherung (mit Hilfe des SQLite3-Moduls in Python >2.5), aber das Programm unterstützt auch MySQL-Datenbanken. Wenn Sie eine MySQL-Datenbank verwenden wollen, stellen Sie sicher, dass das Paket python-mysqldb installiert ist.

Screenshots of package bibus

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

Jabref-plugin-oo
LibreOffice plugin for JabRef (transitional dummy package)
Maintainer: gregor herrmann
Versions of package jabref-plugin-oo
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.7.4+ds-3all
jessie2.10+ds-3all
wheezy0.9+ds-2all
upstream4.3.1
Debtags of package jabref-plugin-oo:
roleplugin
sciencebibliography
suiteopenoffice
works-with-formatbib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This is a transitional dummy package to upgrade to a newer jabref package, which now includes the LibreOffice plugin.

It can safely be removed after upgrading jabref to at least 2.9~beta1.

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

Kbibtex
BibTeX-Editor für KDE
Versions of package kbibtex
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.2.3.90-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.4-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.4-4amd64,armel,armhf,i386
stretch0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.9
Debtags of package kbibtex:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting
works-withdtp, text
works-with-formatbib
x11application
Popcon: 62 users (31 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Eine Anwendung zur Verwaltung von bibliografischen Datenbanken im BibTeX-Format. KBibTeX kann als eigenständiges Programm eingesetzt werden, kann aber auch in eine andere KDE-Anwendung integriert werden (z.B. als bibliografischer Editor in Kile).

KBibTeX kann Onlinequellen abfragen (z.B. Googles »scholar«). Dies geschieht mittels anpassbarer Abfrage-URLs. Sie kann auch komplette Datensätze von »NCBI Pubmed« importieren. Auch unterstützt sie Markierungen im Text (tagging references) mittels Schlüsselwörtern und verwaltet die Verweise zu den lokalen Dateien.

BibTeX-Dateien können in den Formaten HTML, XML, PDF, PS und RTF exportiert werden. Sie können zwischen einer Reihe von Notationen für Literaturstellen wählen.

Screenshots of package kbibtex
R-cran-qqman
R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots
Versions of package r-cran-qqman
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.4-6all
bullseye0.1.4-6all
buster0.1.4-6all
stretch0.1.2-1all
Popcon: 6 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

qqman is an add-on package for the R statistical environment. This package provides functions for visualizing Genome-Wide Association Studies (GWAS) results using Manhattan plots and Quantile-Quantile plots.

Registry entries: OMICtools 
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 196119