Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Typesetting
Debian Med - Unterstützung for Schriftsatz und Publikation

Dieses Metapaket installiert Debian-Pakete, die hilfreich beim Schriftsatz und bei der Publikation in der Medizin und strukturellen Biologie sind.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Typesetting packages

Official Debian packages with high relevance

king
Interaktives System für dreidimensionale Vektorgrafiken
Versions of package king
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.21.120420+dfsg-1all
buster2.23.161103+dfsg1-3all
bullseye2.23.161103+dfsg1-4all
bookworm2.24+dfsg2-1all
trixie2.24+dfsg2-2all
sid2.24+dfsg2-2all
stretch2.23.161103+dfsg1-1all
Popcon: 8 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

KiNG (Kinemage, Next Generation) ist ein interaktives System für dreidimensionale Vektorgrafiken. Es unterstützt eine Sammlung von Grafikprimitiven, die es für viele Arten von Grafiken, Plots und weitere Bilddarstellungen geeignet macht, auch wenn seine erste Anwendung die Darstellung makromolekularer Strukturen für die biophysikalische Forschung war. KiNG basiert auf Mage, JavaMage und dem »kinemage«-Konzept (kinetic image) zur Bereitstellung einer funktionsreichen Java-Anwendung mit nutzerfreundlicher Schnittstelle und integrierten Editiermöglichkeiten. Die KiNG jar-Datei kann innerhalb einer Webseite als Java-Applet oder als Java-Objekt verwendet werden, um von einem Webbrowser aus einen einfachen Zugang zu »kinemages« oder Koordinatendateien zu ermöglichen.

texlive-latex-extra
??? missing short description for package texlive-latex-extra :-(
Versions of package texlive-latex-extra
ReleaseVersionArchitectures
sid2024.20240706-2all
jessie2014.20141024-1all
stretch2016.20170123-5all
buster2018.20190227-2all
bullseye2020.20210202-3all
bookworm2022.20230122-4all
trixie2024.20240706-2all
Debtags of package texlive-latex-extra:
made-offont, tex
roleapp-data
usetypesetting
works-withfont, text
works-with-formatpdf, tex
Popcon: 4186 users (1149 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Screenshots of package texlive-latex-extra
Remark of Debian Med team: For biologists specifically texshade.sty is interesting

The texlive-latex-extra package contains a lot of interesting LaTeX styles for different purposes. As a biologist you are most probably interested in

 TeXShade: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/texshade.htm

You might like to install texlive-latex-extra-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-latex-extra-doc/latex/texshade/
texlive-science
??? missing short description for package texlive-science :-(
Versions of package texlive-science
ReleaseVersionArchitectures
jessie2014.20141024-1all
sid2024.20240706-2all
bookworm2022.20230122-4all
stretch2016.20170123-5all
trixie2024.20240706-2all
buster2018.20190227-2all
bullseye2020.20210202-3all
Debtags of package texlive-science:
fieldbiology, chemistry, electronics, mathematics, physics
made-oftex
roleapp-data
sciencepublishing
usetypesetting
works-withgraphs, text
works-with-formattex
Popcon: 2775 users (549 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically biotex.sty and textopo.sty are interesting

The texlive-science package contains a lot of interesting LaTeX styles for different sciences. As a biologist you are most probably interested in

 TeXTopo: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/textopo.htm

You might like to install texlive-science-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-science-doc/latex/textopo/

Official Debian packages with lower relevance

biber
Stark erweiterter BibTeX-Ersatz für Anwender von BibLaTeX
Versions of package biber
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.9-3+deb8u1all
buster2.12-2all
bullseye2.16-1all
bookworm2.18-1all
trixie2.20-2all
sid2.20-2all
stretch2.7-2all
Popcon: 427 users (658 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Das Paket biblatex von Philipp Lehman wird für LaTeX-Anwender das vorherrschende Werkzeug für die Verwaltung von Zitaten. Biblatex hat das ehrwürdige Programm BibTeX nur für die Sortierung und das Erzeugen einer sehr allgemein gehaltenen .bbl-Datei ohne Formatierungsanweisungen genutzt. Alles andere wird von biblatex erledigt, das eine leistungsfähige und flexible Makro-Schnittstelle für Autoren von Zitierstilen bietet.

Biber bietet Nutzern von biblatex eine große Obermenge der BibTeX- Funktionalität. Darüber hinaus bietet er umfassende UTF-8-Fähigkeiten (Unicode 6.0), vollständig anpassbare Sortierung, GraphViz-Ausgabe als Hilfe für die Visualisierung komplexer Querverweise, Unterstützung für entfernte Datenquellen, strukturelle Validierung der Daten anhand des (anpassbaren) Datenmodells und vieles mehr.

bibus
Bibliografische Datenbank
Versions of package bibus
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.2-4all
buster1.5.2+dfsg-1all
jessie1.5.2-4all
Debtags of package bibus:
interfacex11
roleprogram
sciencebibliography, publishing
uitoolkitwxwidgets
useorganizing, typesetting
works-with-formatbib, odf
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bibus ist eine bibliografische Datenbank, die im Hinblick auf LibreOffice/OpenOffice.org entwickelt wurde. Sie kann Referenzen direkt in ein geöffnetes OpenOffice.org-Writer-Dokument einfügen und das Literaturverzeichnis formatieren. Die wesentlichen Merkmale sind:

  • hierarchische Organisation der Referenzen mit benutzerdefinierten Schlüsseln
  • für Mehrbenutzerumgebungen entwickelt (Benutzer können Datenbanken gemeinsam verwenden)
  • eine Echtzeitabfragen unterstützende Suchmaschine
  • Onlinezugriff auf PubMed
  • Import von PubMed- (Medline), EndNote/Refer-, RIS- und BibTeX-Datensätzen.

Bibus verwendet standardmäßig eine SQLite-Datenbank zur Speicherung (mit Hilfe des SQLite3-Moduls in Python >2.5), aber das Programm unterstützt auch MySQL-Datenbanken. Wenn Sie eine MySQL-Datenbank verwenden wollen, stellen Sie sicher, dass das Paket python-mysqldb installiert ist.

Screenshots of package bibus

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

jabref-plugin-oo
LibreOffice plugin for JabRef (transitional dummy package)
Maintainer: gregor herrmann
Versions of package jabref-plugin-oo
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.10+ds-3all
upstream5.15
Debtags of package jabref-plugin-oo:
roleplugin
sciencebibliography
suiteopenoffice
works-with-formatbib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

This is a transitional dummy package to upgrade to a newer jabref package, which now includes the LibreOffice plugin.

It can safely be removed after upgrading jabref to at least 2.9~beta1.

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

kbibtex
BibTeX-Editor für KDE
Versions of package kbibtex
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.10.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid0.10.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.9.90-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.90-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.1-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package kbibtex:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting
works-withdtp, text
works-with-formatbib
x11application
Popcon: 37 users (23 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Eine Anwendung zur Verwaltung von bibliografischen Datenbanken im BibTeX-Format. KBibTeX kann als eigenständiges Programm eingesetzt werden, kann aber auch in eine andere KDE-Anwendung integriert werden (z.B. als bibliografischer Editor in Kile).

KBibTeX kann Onlinequellen abfragen (z.B. Googles »scholar«). Dies geschieht mittels anpassbarer Abfrage-URLs. Sie kann auch komplette Datensätze von »NCBI Pubmed« importieren. Auch unterstützt sie Markierungen im Text (tagging references) mittels Schlüsselwörtern und verwaltet die Verweise zu den lokalen Dateien.

BibTeX-Dateien können in den Formaten HTML, XML, PDF, PS und RTF exportiert werden. Sie können zwischen einer Reihe von Notationen für Literaturstellen wählen.

r-cran-qqman
R package for visualizing GWAS results using Q-Q and manhattan plots
Versions of package r-cran-qqman
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.9+dfsg-1all
buster0.1.4-6all
bullseye0.1.4-7all
bookworm0.1.8+dfsg-1all
trixie0.1.9+dfsg-1all
stretch0.1.2-1all
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

qqman is an add-on package for the R statistical environment. This package provides functions for visualizing Genome-Wide Association Studies (GWAS) results using Manhattan plots and Quantile-Quantile plots.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 234344