Debian Med Project
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Summary
Typesetting
supporto Debian Med per impaginazione e pubblicazione

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian che possono essere utili per impaginare e pubblicare documenti relativi alle cure mediche e alla biologia strutturale.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Typesetting packages

Official Debian packages with high relevance

King
sistema interattivo per grafica vettoriale tridimensionale
Versions of package king
ReleaseVersionArchitectures
sid2.23.161103+dfsg1-3all
jessie2.21.120420+dfsg-1all
stretch2.23.161103+dfsg1-1all
buster2.23.161103+dfsg1-3all
bullseye2.23.161103+dfsg1-3all
wheezy2.21.120420-2all
Popcon: 14 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

KiNG (Kinemage, Next Generation) è un sistema interattivo per grafica vettoriale tridimensionale. Gestisce un insieme di primitive grafiche che lo rendono adatto per molti tipi di grafi, disegni e altre illustrazioni, anche se il suo uso primario era la visualizzazione di strutture macromolecolari per la ricerca biofisica. KiNG si basa su Mage, JavaMage e il concetto "kinemage" (immagine cinetica) per fornire un'applicazione Java completa con un'interfaccia utente facile da usare e funzionalità di modifica integrate. Il file jar di KiNG può essere usato in una pagina web come applet Java oppure oggetto Java per promuovere un facile accesso alle "kinemage" o ai file di coordinate da un browser web.

Texlive-latex-extra
??? missing short description for package texlive-latex-extra :-(
Versions of package texlive-latex-extra
ReleaseVersionArchitectures
sid2019.20190824-1all
squeeze2009-10+squeeze1all
wheezy2012.20120611-2all
jessie2014.20141024-1all
stretch2016.20170123-5all
buster2018.20190227-2all
bullseye2019.20190710-1all
Debtags of package texlive-latex-extra:
made-offont, tex
roleapp-data
usetypesetting
works-withfont, text
works-with-formatpdf, tex
Popcon: 3815 users (1837 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically texshade.sty is interesting

The texlive-latex-extra package contains a lot of interesting LaTeX styles for different purposes. As a biologist you are most probably interested in

 TeXShade: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/texshade.htm

You might like to install texlive-latex-extra-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-latex-extra-doc/latex/texshade/
Texlive-science
??? missing short description for package texlive-science :-(
Versions of package texlive-science
ReleaseVersionArchitectures
stretch2016.20170123-5all
sid2019.20190824-1all
wheezy2012.20120611-2all
buster2018.20190227-2all
jessie2014.20141024-1all
squeeze2009-10+squeeze1all
bullseye2019.20190710-1all
Debtags of package texlive-science:
fieldbiology, chemistry, electronics, mathematics, physics
made-oftex
roleapp-data
sciencepublishing
usetypesetting
works-withgraphs, text
works-with-formattex
Popcon: 3454 users (885 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically biotex.sty and textopo.sty are interesting

The texlive-science package contains a lot of interesting LaTeX styles for different sciences. As a biologist you are most probably interested in

 TeXTopo: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/textopo.htm

You might like to install texlive-science-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-science-doc/latex/textopo/

Official Debian packages with lower relevance

Biber
rimpiazzo BibTeX molto esteso per utenti BibLaTeX
Versions of package biber
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.7-2all
sid2.12-3all
wheezy0.9.9+release-1all
bullseye2.12-3all
buster2.12-2all
jessie1.9-3+deb8u1all
upstream2.13
Popcon: 411 users (728 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Il pacchetto biblatex di Philipp Lehman sta diventando lo strumento definitivo per la gestione delle citazioni per gli utenti di LaTeX. biblatex ha fatto assegnamento sul vecchio programma BibTeX solamente per ordinare e generare un file .bbl molto generico senza alcuna istruzione di formattazione. Qualsiasi altra cosa è controllata da biblatex, che fornisce un'interfaccia per macro potente e flessibile per gli autori di stili per citazioni.

Biber offre un vasto sovrainsieme delle funzionalità di BibTeX per gli utenti BibLaTeX. Inoltre fornisce funzionalità UTF-8 (Unicode 6.0) complete, ordinamento completamente personalizzabile, uscita su GraphViz per aiutare a visualizzare i riferimenti incrociati complessi, gestione di sorgenti dati remote, validazione strutturale dei dati in funzione del modello dei dati (personalizzabile) e molto altro.

Bibus
database bibliografico
Versions of package bibus
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.5.2-4all
stretch1.5.2-4all
buster1.5.2+dfsg-1all
bullseye1.5.2+dfsg-1all
sid1.5.2+dfsg-1all
squeeze1.5.1-3all
wheezy1.5.2-1all
Debtags of package bibus:
interfacex11
roleprogram
sciencebibliography, publishing
uitoolkitwxwidgets
useorganizing, typesetting
works-with-formatbib, odf
x11application
Popcon: 14 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bibus è un database bibliografico sviluppato pensando a LibreOffice/OpenOffice.org. È in grado di inserire direttamente citazioni e di formattare un indice bibliografico in un documento aperto di Writer di OpenOffice.org. Le funzionalità principali sono:

  • organizzazione gerarchica dei riferimenti in base a chiavi definite dall'utente;
  • progettato per ambienti multi-utente (database condivisi tra gli utenti);
  • motore di ricerca che supporta interrogazioni live;
  • accesso online a PubMed;
  • importazione di voci di PubMed (Medline), EndNote/Refer, RIS e BibTeX.

Bibus usa in modo predefinito un database SQLite per l'archiviazione (attraverso il modulo SQLite3 disponibile in Python versione superiore alla 2.5). Supporta però anche i database MySQL. Se si vuole usare un database MySQL, ci si assicuri di avere il pacchetto python-mysqldb installato.

Screenshots of package bibus

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

Jabref-plugin-oo
plugin di LibreOffice per JabRef (pacchetto fittizio di transizione)
Maintainer: gregor herrmann
Versions of package jabref-plugin-oo
ReleaseVersionArchitectures
squeeze0.7.4+ds-3all
jessie2.10+ds-3all
wheezy0.9+ds-2all
upstream4.3.1
Debtags of package jabref-plugin-oo:
roleplugin
sciencebibliography
suiteopenoffice
works-with-formatbib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo è un pacchetto fittizio di transizione per l'aggiornamento al nuovo pacchetto jabref, che ora include il plugin per LibreOffice.

Può essere rimosso senza problemi dopo aver aggiornato jabref almeno alla versione 2.9~beta1.

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

Kbibtex
editor BibTeX per KDE
Versions of package kbibtex
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
squeeze0.2.3.90-1amd64,armel,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
wheezy0.4-4amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.4-4amd64,armel,armhf,i386
stretch0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.8.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream0.9
Debtags of package kbibtex:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting
works-withdtp, text
works-with-formatbib
x11application
Popcon: 62 users (31 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Applicazione per gestire database bibliografici nel formato BibTeX. KBibTeX può essere usata come programma autonomo, ma può anche essere integrata in altre applicazioni KDE (ad esempio come editor bibliografico in Kile).

KBibTeX può interrogare risorse in rete (ad es., Google Scholar) attraverso URL di ricerca personalizzabili. È inoltre capace di importare insiemi di dati completi da NCBI Pubmed. Supporta anche l'etichettatura dei riferimenti con parole chiave e gestisce i riferimenti a file locali.

I file BibTeX possono essere esportati in formato HTML, XML, PDF, PS e RTF usando svariati stili di citazione.

Screenshots of package kbibtex
R-cran-qqman
pacchetto R per visualizzare i risultati di GWAS usando grafi Q-Q e Manhattan
Versions of package r-cran-qqman
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.4-6all
bullseye0.1.4-6all
buster0.1.4-6all
stretch0.1.2-1all
Popcon: 6 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

qqman è un pacchetto aggiuntivo per l'ambiente statistico R. Questo pacchetto fornisce funzioni per visualizzare risultati di studi di associazione a livello di tutto il genoma (GWAS, Genome-Wide Association Study) utilizzando grafi Manhattan e Quantile-Quantile.

Registry entries: OMICtools 
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 196119