Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Typesetting
Debian Med-understøttelse for opsætning og udgivelse

Denne metapakke vil installere Debianpakker, som kan være nyttige for opsætning og udgivelse indenfor lægebehandling og strukturel biologi.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Typesetting packages

Official Debian packages with high relevance

king
Interaktivt system for tredimensionel vektorgrafik
Versions of package king
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.21.120420+dfsg-1all
buster2.23.161103+dfsg1-3all
bullseye2.23.161103+dfsg1-4all
bookworm2.24+dfsg2-1all
trixie2.24+dfsg2-2all
sid2.24+dfsg2-2all
stretch2.23.161103+dfsg1-1all
Popcon: 8 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

KiNG (Kinemage, Next Generation) er et interaktivt system for tredimensionel vektorgrafik. Den understøtter et sæt af grafikprimitiver, som gør det egnet til mange typer af grafer, plot og andre illustrationer; selvom dets første brug var at vise makromolekylære strukturer for biofysisk forskning. KiNG bygger på Mage, JavaMage og »kinemage«-konceptet (kinetisk billede) for at levere et Javaprogram med alle funktioner og en brugervenlig grænseflade samt integrerede redigeringsfunktioner. KiNG-jarfilen kan bruges i en netside som et Javapanelprogram eller Javaobjekt til at fremme nem adgang til kinemages eller koordinere filer fra en internetbrowser.

texlive-latex-extra
??? missing short description for package texlive-latex-extra :-(
Versions of package texlive-latex-extra
ReleaseVersionArchitectures
sid2024.20240829-1all
stretch2016.20170123-5all
buster2018.20190227-2all
bullseye2020.20210202-3all
bookworm2022.20230122-4all
trixie2024.20240829-1all
jessie2014.20141024-1all
Debtags of package texlive-latex-extra:
made-offont, tex
roleapp-data
usetypesetting
works-withfont, text
works-with-formatpdf, tex
Popcon: 4300 users (550 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Screenshots of package texlive-latex-extra
Remark of Debian Med team: For biologists specifically texshade.sty is interesting

The texlive-latex-extra package contains a lot of interesting LaTeX styles for different purposes. As a biologist you are most probably interested in

 TeXShade: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/texshade.htm

You might like to install texlive-latex-extra-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-latex-extra-doc/latex/texshade/
texlive-science
??? missing short description for package texlive-science :-(
Versions of package texlive-science
ReleaseVersionArchitectures
sid2024.20240829-1all
jessie2014.20141024-1all
stretch2016.20170123-5all
trixie2024.20240829-1all
bookworm2022.20230122-4all
buster2018.20190227-2all
bullseye2020.20210202-3all
Debtags of package texlive-science:
fieldbiology, chemistry, electronics, mathematics, physics
made-oftex
roleapp-data
sciencepublishing
usetypesetting
works-withgraphs, text
works-with-formattex
Popcon: 2792 users (277 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git
Remark of Debian Med team: For biologists specifically biotex.sty and textopo.sty are interesting

The texlive-science package contains a lot of interesting LaTeX styles for different sciences. As a biologist you are most probably interested in

 TeXTopo: http://www.uni-kiel.de/Pharmazie/chem/Prof_Beitz/textopo.htm

You might like to install texlive-science-doc as well and read the documents in

 /usr/share/doc/texlive-science-doc/latex/textopo/

Official Debian packages with lower relevance

biber
Meget forøget BibTeX-erstatning for BibLaTeX-brugere
Versions of package biber
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.9-3+deb8u1all
buster2.12-2all
bullseye2.16-1all
bookworm2.18-1all
trixie2.20-2all
sid2.20-2all
stretch2.7-2all
Popcon: 497 users (247 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Pakken biblatex af Philipp Lehman er ved at blive det definitive værktøj for citationshåndtering for LaTeX-brugere. Biblatex har været afhængig af det ærværdige BibTeX-program kun for sortering og oprettelse af en meget generisk .bbl-fil uden nogen formateringsinstruktion. Alt andet håndteres af biblatex, som tilbyder en funktionsrig og fleksibel makrogrænseflade for forfattere af citationsstile.

Biber tilbyder et stort undersæt af BibTeX-funktionalitet for BibLaTeX-brugere. Udover at tilbyde fuld UTF-8-funktioner (Unicode 6.0), fuld tilpasset sortering, uddata til GraphViz for at hjælpe med at visualisere komplekse krydsreferencer, understøttelse for eksterne datakilder, strukturel validering af data mod (den tilpassede) datamodellen og en masse andet.

bibus
Bibliografisk database
Versions of package bibus
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.5.2-4all
buster1.5.2+dfsg-1all
jessie1.5.2-4all
Debtags of package bibus:
interfacex11
roleprogram
sciencebibliography, publishing
uitoolkitwxwidgets
useorganizing, typesetting
works-with-formatbib, odf
x11application
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Bibus er en bibliografisk database, som er blevet udviklet med tanke på LibreOffice/OpenOffice.org. Programmet kan direkte indsætte citationer og formatere det bibliografiske indeks i et åbent dokument i OpenOffice.org Writer. De væsentligste funktioner er:

  • hierarkisk organisation af referencerne med brugerdefinerede taster
  • designet for et miljø med flere brugere (del databaser mellem brugere)
  • en søgemotor der understøtter live forespørgsler
  • adgang til PubMed på internettet
  • import af PubMed- (Medline), EndNote/Refer, RIS- og BibTeX-poster.

Bibus vil bruge en SQLite-database som standard for lagring (via SQLite3-modulet som er tilgængeligt i Python >2.5). Men den understøtter også MySQL-databaser. Hvis du ønsker at bruge en MySQL-database, så vær sikker på, at du har pakken python-mysqldb installeret.

Screenshots of package bibus

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

jabref-plugin-oo
??? missing short description for package jabref-plugin-oo :-(
Maintainer: gregor herrmann
Versions of package jabref-plugin-oo
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.10+ds-3all
upstream5.15
Debtags of package jabref-plugin-oo:
roleplugin
sciencebibliography
suiteopenoffice
works-with-formatbib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Desktop tools that help inserting references in LibreOffice, or help managing PDF collections. This list is probably incomplete.

kbibtex
BibTeX-redigeringsværktøj til KDE
Versions of package kbibtex
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.10.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.10.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.9.90-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.9.90-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.8.1-1amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.4-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4-4amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package kbibtex:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting
works-withdtp, text
works-with-formatbib
x11application
Popcon: 46 users (42 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Et program til at håndtere bibliografidatabaser i BibTeX-formatet. KBibTeX kan anvendes som et enkeltstående program, men kan også indlejres i andre KDE-programmer (f.eks. som bibliografiredigeringsværktøj i Kile).

KBibTeX kan søge i onlineressourcer (f.eks. Google Scholar) gennem tilpasselige søge-URL'er. Det kan også importere komplette datasæt fra NCBI Pubmed. Det understøtter desuden referencemarkering med nøgleord og håndterer referencer til lokale filer.

BibTeX-filer kan eksporteres til formater som HTML, XML, PDF, PS og RTF gennem en række citationsformer.

r-cran-qqman
R-pakke til at visualisere GWAS-resultater via Q-Q- og Manhattan-plot
Versions of package r-cran-qqman
ReleaseVersionArchitectures
sid0.1.9+dfsg-1all
buster0.1.4-6all
bullseye0.1.4-7all
bookworm0.1.8+dfsg-1all
trixie0.1.9+dfsg-1all
stretch0.1.2-1all
Popcon: 5 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

QQman er en udvidelsespakke for det statistiske miljø R. Denne pakke tilbyder funktioner for visualisering af Genome-Wide Association Studies-resultater (GWAS) via Manhattan-plot og Quantile-Quantile-plot.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 243709