Debian Med Physics packages

Baseret på BioSig-biblioteket tilbyder denne pakke værktøjer for kommandolinjen, såsom:

• save2gdf: konverteringsprogram mellem forskellige filformater, inklusive men ikke begrænset til CP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB
• biosig2gdf: konverterer biosig-datafiler til GDF, for at forenkle fortolkning og indlæsning af skriptsprog (f.eks. loadgdf.{py,r})
• rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: flere konverteringsværktøjer baseret på save2gdf
• biosig_fhir: pakker biosignal-data til HL7/FHIR-binær skabelonfil
• physicalunits: konverteringsprogram til at kode og afkode fysiske enheder jævnfør ISO 11073-10101

GDF (General Dataformat for Biosignals) er lavet for at tilbyde et generisk lager for biosignaler, såsom EEG, ECG, MEG etc.

Denne pakke tilbyder værktøjet leveret med biblioteket (gdf_merger).

Octave er et (for det meste Matlab®-kompatibelt) sprog på højt niveau, primært beregnet til numeriske beregninger. Programmet tilbyder en nem brugerflade fra kommandolinjen til løsning af lineære og ikkelineære problemer numerisk.

Octave kan udvides dynamisk med filer i C++ som leveres af brugeren.

CERNLIB er en kontorpakke af dataanalyseværktøjer og biblioteker oprettet til brug for fysiske eksperimenter, men også for programmer på andre felter så som de biologiske videnskaber.

PAW er et interaktivt program som muliggør interaktive grafiske præsentationer, statistiske og matematiske analyseværktøjer. Det er designet til at fungere på objekter som er kendte for fysikere så som histogrammer, begivenhedsfiler (Ntuples), vektorer, etc.

Programmet er koblet statisk mod CERN-biblioteket på 64-bit arkitekturer for at fungere korrekt, da det ikke er særlig 64-bit renset.

CERNLIB er en kontorpakke af dataanalyseværktøjer og biblioteker oprettet til brug for fysiske eksperimenter, men også for programmer på andre felter såsom de biologiske videnskaber.

Denne pakke inkluderer Paw++, et interaktivt program til brug i analyse og grafiske præsentationer. Paw++ er det samme program som PAW (i pakken paw), men med en mere brugervenlig Motif-baseret grafisk brugerflade, kompileret mod Lesstif i Debian.

Programmet er lænket statistisk mod CERN-bibliotekerne på 64-bit arkitekturer for at fungere korrekt, da dets design ikke er særlig rettet mod 64-bit.

R er et system til statistisk beregning og grafik. Det består af et sprog plus et afviklingsmiljø med grafik, et aflusningsredskab, adgang til særlige systemfunktioner, samt evnen til at køre programmer som er gemt som skriptfiler.

Designet af R er tungt påvirket af to eksisterende sprog: Becker, Chambers & Wilks' S og Sussman's Scheme. Hvor sprogudformningen i sin fremtræden i høj grad ligner S, så er den underliggende implementering og semantik afledt fra Scheme.

Kernen i R er et fortolket programmeringssprog som tillader forgrening og løkker, så vel som modulær programmering med brug af funktioner. De fleste funktioner som er synlige for brugeren i R er skrevet i R. Det er muligt for brugeren at tilgå procedurer skrevet i C, C++ eller FORTRAN sprogene for effektivitet, og mange af R's kernefunktioner gør dette. Distributionen R indeholder funktionalitet til et stort antal statistiske procedurer og underliggende anvendte matematiske beregninger. Der er også et stort sæt af funktioner, der tilbyder et grafisk miljø til oprettelse af adskillige slags datarepræsentationer.

Derudover er flere tusinde udvidelsespakker tilgængelige fra CRAN (Comprehensive R Archive Network), mange også som Debianpakker, der er navngivet »r-cran-«.

Disse pakker er en metapakke, som letter overgangen fra pre-1.5.0-pakkestrukturen med dennes store r-base-pakke. Så snart den er installeret, kan den uden videre fjernes og apt-get vil automatisk opgradere dens komponenter under fremtidige opgraderinger. Denne pakke gør det muligt for brugerne kun at installere r-base-core, hvis de ønsker det.

BioSig er et bibliotek for adgang til filer i flere forskellige biomedicinske dataformater (inklusive EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). Den fulde liste over understøttede filformater er tilgængelig på http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Denne pakke tilbyder hovedfiler og det statiske bibliotek.

Denne pakke tilbyder Octavebindinger for BioSig-biblioteket. Primært formål er en I/O-grænseflade til en række biomedicinske filformater, inklusive men ikke begrænset til SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

CERNLIB er en kontorpakke af dataanalyseværktøjer og biblioteker oprettet til brug for fysiske eksperimenter, men også for programmer på andre felter såsom de biologiske videnskaber.

Denne pakke inkluderer nogle skripter for brug af PAW eller Paw++ og testskripter for at sikre, at PAW- eller Paw++-programmer opfører sig korrekt. Du kan køre eksemplerne og test med det inkluderede paw-demos-program.

Denne pakke tilbyder Python 3-bindinger for BioSig-biblioteket. Primære formål - I/O-grænseflade til en række biomedicinske filformater, inklusive men ikke begrænset til SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Multiple-tau correlation is computed on a logarithmic scale (less data points are computed) and is thus much faster than conventional correlation on a linear scale such as numpy.correlate

An online reference is available at http://paulmueller.github.io/multipletau

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.