Debian Med Project
Help us to see Debian used by medical practitioners and biomedical researchers! Join us on the Salsa page.
Summary
Physics
Debian Med-pakker for medicinske fysikere

Denne metapakke indeholder afhængigheder for en samling af programmer og dokumentation, som er nyttige for medicinske fysikere indenfor strålingsonkologi, diagnostik billedbehandling og relaterede felter.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Physics packages

Official Debian packages with high relevance

Biosig-tools
format-konverteringsværktøjer for biomedicinske dataformater
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package biosig-tools
ReleaseVersionArchitectures
sid1.9.3-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.3armel,armhf,i386,mips,mipsel,s390x
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
Debtags of package biosig-tools:
interfacecommandline
roleprogram
useconverting
Popcon: 6 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Baseret på BioSig-biblioteket tilbyder denne pakke værktøjer for kommandolinjen, såsom:

  • save2gdf: Konverteringsprogram mellem forskellige filformater, inklusive men ikke begrænset til SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB. save2gdf kan også bruges til at overføre eller hente data fra en bscs-server.
Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Gdf-tools
IO-bibliotek for GDF'en - hjælpeværktøjer
Versions of package gdf-tools
ReleaseVersionArchitectures
buster0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.1.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.1.2-2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
wheezy0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie0.1.2-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid0.1.2-2.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gdf-tools:
roleprogram
Popcon: 5 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals) er lavet for at tilbyde et generisk lager for biosignaler, såsom EEG, ECG, MEG etc.

Denne pakke tilbyder værktøjet leveret med biblioteket (gdf_merger).

Octave
GNU Octave-sprog til talberegninger
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
sid4.2.1-4hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
buster4.4.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy3.6.2-5+deb7u1amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
stretch4.0.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.4.1-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie3.8.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 686 users (712 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave er et (for det meste Matlab (R)-kompatibelt) højtniveausprog, primært beregnet til numeriske beregninger. Programmet tilbyder en nem brugerflade fra kommandolinjen til løsning af lineære og ikkelineære problemer numerisk.

Octave kan udvides dynamisk med filer i C++ som leveres af brugeren.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-doc texmacs
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Other screenshots of package octave
VersionURL
4.0.3-2+b1https://screenshots.debian.net/screenshots/000/015/189/large.png
Screenshots of package octave
Paw
Fysikanalyse Arbejdsstation - et grafisk analyseprogram
Versions of package paw
ReleaseVersionArchitectures
sid2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
Debtags of package paw:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 18 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB er en kontorpakke af dataanalyseværktøjer og biblioteker oprettet til brug for fysiske eksperimenter, men også for programmer på andre felter så som de biologiske videnskaber.

PAW er et interaktivt program som muliggør interaktive grafiske præsentationer, statistiske og matematiske analyseværktøjer. Det er designet til at fungere på objekter som er kendte for fysikere så som histogrammer, begivenhedsfiler (Ntuples), vektorer, etc.

Programmet er koblet statisk mod CERN-biblioteket på 64-bit arkitekturer for at fungere korrekt, da det ikke er særlig 64-bit renset.

Screenshots of package paw
Paw++
Physics Analysis Workstation (Lesstif-forbedret version)
Versions of package paw++
ReleaseVersionArchitectures
wheezy2.14.04.dfsg.2-8amd64,armel,i386,ia64,mips,mipsel,powerpc,s390,sparc
sid2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.14.04.dfsg.2-9amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package paw++:
fieldphysics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitmotif
useviewing
x11application
Popcon: 15 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB er en kontorpakke af dataanalyseværktøjer og biblioteker oprettet til brug for fysiske eksperimenter, men også for programmer på andre felter såsom de biologiske videnskaber.

Denne pakke inkluderer Paw++, et interaktivt program til brug i analyse og grafiske præsentationer. Paw++ er det samme program som PAW (i pakken paw), men med en mere brugervenlig Motif-baseret grafisk brugerflade, kompileret mod Lesstif i Debian.

Programmet er lænket statistisk mod CERN-bibliotekerne på 64-bit arkitekturer for at fungere korrekt, da dets design ikke er særlig rettet mod 64-bit.

R-base
GNU R statistisk beregning og grafiksystem
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-base
ReleaseVersionArchitectures
buster3.5.2-1all
wheezy2.15.1-4all
squeeze2.11.1-6all
sid3.5.2-1all
wheezy-security2.15.1-4+deb7u1all
jessie3.1.1-1+deb8u1all
jessie-security3.1.1-1+deb8u1all
stretch3.3.3-1all
Debtags of package r-base:
devellang:r
fieldstatistics
roledummy, metapackage
suitegnu
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

R er et system til statistisk beregning og grafik. Det består af et sprog plus et afviklingsmiljø med grafik, et aflusningsredskab, adgang til særlige systemfunktioner, samt evnen til at køre programmer som er gemt som skriptfiler.

Designet af R er tungt påvirket af to eksisterende sprog: Becker, Chambers & Wilks' S og Sussman's Scheme. Hvor sprogudformningen i sin fremtræden i høj grad ligner S, så er den underliggende implementering og semantik afledt fra Scheme.

Kernen i R er et fortolket programmeringssprog som tillader forgrening og løkker, så vel som modulær programmering med brug af funktioner. De fleste funktioner som er synlige for brugeren i R er skrevet i R. Det er muligt for brugeren at tilgå procedurer skrevet i C, C++ eller FORTRAN sprogene for effektivitet, og mange af R's kernefunktioner gør dette. Distributionen R indeholder funktionalitet til et stort antal statistiske procedurer og underliggende anvendte matematiske beregninger. Der er også et stort sæt af funktioner, der tilbyder et grafisk miljø til oprettelse af adskillige slags datarepræsentationer.

Derudover er flere tusinde udvidelsespakker tilgængelige fra CRAN (Comprehensive R Archive Network), mange også som Debianpakker, der er navngivet »r-cran-«.

Disse pakker er en metapakke, som letter overgangen fra pre-1.5.0-pakkestrukturen med dennes store r-base-pakke. Så snart den er installeret, kan den uden videre fjernes og apt-get vil automatisk opgradere dens komponenter under fremtidige opgraderinger. Denne pakke gør det muligt for brugerne kun at installere r-base-core, hvis de ønsker det.

The package is enhanced by the following packages: texmacs
Screenshots of package r-base

Official Debian packages with lower relevance

Libbiosig-dev
I/O-bibliotek for biomedicinske data - udviklingsfiler
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
sid1.9.3-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
sid1.3.0-2.3armel,armhf,i386,mips,mipsel,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BioSig er et bibliotek for adgang til filer i flere forskellige biomedicinske dataformater (inklusive EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). Den fulde liste over understøttede filformater er tilgængelig på http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Denne pakke tilbyder hovedfiler og det statiske bibliotek.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Octave-biosig
Octavebindinger for BioSig-biblioteket
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package octave-biosig
ReleaseVersionArchitectures
sid1.9.3-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el
wheezy1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,ia64,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386,mips,mipsel,powerpc,s390,s390x,sparc
jessie1.3.0-2amd64,armel,armhf,i386,mips,mipsel,powerpc,ppc64el,s390x
stretch1.3.0-2.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.2hurd-i386,kfreebsd-amd64,kfreebsd-i386
buster1.3.0-2.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.3.0-2.3armel,armhf,i386,mips,mipsel,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne pakke tilbyder Octavebindinger for BioSig-biblioteket. Primært formål er en I/O-grænseflade til en række biomedicinske filformater, inklusive men ikke begrænset til SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
Paw-demos
Physics Analysis Workstation - eksempler og test
Versions of package paw-demos
ReleaseVersionArchitectures
sid2.14.04.dfsg.2-9.1all
wheezy2.14.04.dfsg.2-8all
jessie2.14.04.dfsg.2-9all
stretch2.14.04.dfsg.2-9.1all
buster2.14.04.dfsg.2-9.1all
Debtags of package paw-demos:
develexamples, testing-qa
fieldphysics
interfacecommandline, x11
roleprogram
x11application
Popcon: 15 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

CERNLIB er en kontorpakke af dataanalyseværktøjer og biblioteker oprettet til brug for fysiske eksperimenter, men også for programmer på andre felter såsom de biologiske videnskaber.

Denne pakke inkluderer nogle skripter for brug af PAW eller Paw++ og testskripter for at sikre, at PAW- eller Paw++-programmer opfører sig korrekt. Du kan køre eksemplerne og test med det inkluderede paw-demos-program.

Python-multipletau
multiple-tau algorithm for Python/NumPy
Versions of package python-multipletau
ReleaseVersionArchitectures
sid0.3.3+ds-1all
buster0.3.3+ds-1all
stretch0.1.7+ds-1all
jessie0.1.4-1all
Popcon: 4 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Multipe-tau correlation is computed on a logarithmic scale (less data points are computed) and is thus much faster than conventional correlation on a linear scale such as numpy.correlate

An online reference is available at http://paulmueller.github.io/multipletau

This is the Python 2 version of the package

Python3-biosig
Python3 bindings for BioSig library
Maintainer: NeuroDebian Team
Versions of package python3-biosig
ReleaseVersionArchitectures
sid1.9.3-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el
Popcon: users ( upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides Python3 bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

Gate - wnpp
Geant4 Application for Emission Tomography
Responsible: Nicolas Spalinger
License: LGPL
Debian package not available

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

Openvibe - wnpp
platform for the design, test and use of BCI
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 197539